Microbial identification by detection of ligation probes on DNA microarray

Microbes in natural and artificial environments as well as in the human body are a key part of the functional properties of these complex systems. The presence or absence of certain microbial taxa is a correlate of functional status like risk of disease or course of metabolic processes of a microbial community. As microbes are highly diverse and mostly notcultivable, molecular markers like gene sequences are a potential basis for detection and identification of key types. The goal of this thesis was to study molecular methods for identification of microbial DNA in order to develop a tool for analysis of environmental and clinical DNA samples. Particular emphasis was placed on specificity of detection which is a major challenge when analyzing complex microbial communities. The approach taken in this study was the application and optimization of enzymatic ligation of DNA probes coupled with microarray read-out for high-throughput microbial profiling. The results show that fungal phylotypes and human papillomavirus genotypes could be accurately identified from pools of PCR amplicons generated from purified sample DNA. Approximately 1 ng/μl of sample DNA was needed for representative PCR amplification as measured by comparisons between clone sequencing and microarray. A minimum of 0,25 amol/μl of PCR amplicons was detectable from amongst 5 ng/μl of background DNA, suggesting that the detection limit of the test comprising of ligation reaction followed by microarray read-out was approximately 0,04%. Detection from sample DNA directly was shown to be feasible with probes forming a circular molecule upon ligation followed by PCR amplification of the probe. In this approach, the minimum detectable relative amount of target genome was found to be 1% of all genomes in the sample as estimated from 454 deep sequencing results. Signal-to-noise of contact printed microarrays could be improved by using an internal microarray hybridization control oligonucleotide probe together with a computational algorithm. The algorithm was based on identification of a bias in the microarray data and correction of the bias as shown by simulated and real data. The results further suggest semiquantitative detection to be possible by ligation detection, allowing estimation of target abundance in a sample. However, in practise, comprehensive sequence information of full length rRNA genes is needed to support probe design with complex samples. This study shows that DNA microarray has the potential for an accurate microbial diagnostic platform to take advantage of increasing sequence data and to replace traditional, less efficient methods that still dominate routine testing in laboratories. The data suggests that ligation reaction based microarray assay can be optimized to a degree that allows good signal-tonoise and semiquantitative detection.

Sieltä saa tyyneyttä, sieltä saa energiaa. Luontokokemukset päihdeongelmasta toipuneiden elämäntarinoissa.

Tutkimus käsittelee päihdeongelmasta toipuneiden henkilöiden luontokokemuksia. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää, millaisia vaikutuksia luonnolla koetaan olevan ja voiko luonto auttaa päihdeongelmasta toipumisessa. Luontoympäristöä on hyödynnetty erilaisissa kuntoutuksissa jo pitkään, mutta aihealueen tutkimus on vilkastunut vasta viime vuosina. Tutkimus liittyy A-Kiltojen Liiton Selvästi metsässä -projektiin, jossa päihdeongelmista toipuville on järjestetty monimuotoista luontotoimintaa. Tutkimusaineisto on kerätty haastattelemalla viittä henkilöä, jotka ovat toipuneet päihdeongelmasta ja joille luonto on tärkeä. Haastatteluissa muodostuneita elämäntarinoita tarkastellaan narratiivien ja narratiivisen analyysin keinoin. Tutkimus on fenomenologisesti suuntautunut, joten siinä ollaan kiinnostuneita haastateltavien kokemuksista sellaisina kuin he niitä kuvaavat. Tutkimus ei kuitenkaan ole puhtaasti aineistolähtöinen, vaan se perustuu abduktiiviseen päättelyyn, jossa lähdetään liikkeelle aineistosta mutta jossa hyödynnetään myös teoriaa. Tutkimuksen taustalla vaikuttavat erityisesti ekopsykologia ja Human Issues in Horticulture -tutkimus (HIH). Ekopsykologiassa kiinnostuksen kohteena ovat luontoympäristö, ihmisen ja luonnon välinen yhteys sekä ympäristönsuojelu. HIH-tutkimus on monitieteistä ja sen sisällä tutkitaan muun muassa kasvien terveysvaikutuksia, puutarhaterapiaa, parantavia ympäristöjä sekä ympäristökasvatusta. Analyysi aloitetaan tarkastelemalla luontokokemuksia ja luonnon merkitystä haastateltavien eri elämänvaiheissa. Erikseen tarkastellaan lapsuutta, päihdeongelman aikaa, päihdeongelman ja raittiuden välistä välivaihetta sekä raittiuden aikaa. Analyysia syvennetään tarkastelemalla, miten haastateltavat kokevat luonnon vaikuttavan heidän hyvinvointiinsa. Tulokset jäsennetään holistisen ihmiskäsityksen kolmijaon, tajunta-keho-situaatio, mukaisesti. Tajuntaan luonnon koetaan vaikuttavan tarjoamalla onnistumisen kokemuksia ja voimavaroja, lisäämällä positiivisia tunteita sekä helpottamalla negatiivisten tunteiden käsittelyä. Lisäksi luonnon koetaan vahvistavan identiteettiä ja vastaavan henkisiin tarpeisiin. Kehoon luonnon koetaan vaikuttavan liikunnan kautta ja parantamalla fyysistä kuntoa. Ihmisen situaatioon eli elämäntilanteeseen luonnon koetaan vaikuttavan helpottamalla sosiaalisten suhteiden luomista sekä tarjoamalla mahdollisuuden jonkinasteiseen omavaraisuuteen. Situaation kautta vaikuttaa myös luonnossa oleva mielipaikka, jonne mennään keräämään voimia ja rauhoittumaan. Lopuksi luodaan yksi tyypillinen tarina kaikkien viiden tarinan pohjalta. Tarinan juonen mukaan henkilöllä oli lapsuudessa vahva luontosuhde, joka katkesi päihteitä käyttäessä mutta joka löytyi uudelleen kuntoutuksen ja raitistumisen myötä. Tutkimuksen mukaan luontoa kannattaisi hyödyntää entistä enemmän osana päihdehoitoa, sillä luontoympäristön on useissa muissakin tutkimuksissa todettu vaikuttavan myönteisesti ihmisten hyvinvointiin. Päihdehoidossa ollaan siirtymässä entistä avohoitopainotteisempaan suuntaan ja siksi olisi tärkeää löytää uusia menetelmiä, jotka ovat sekä edullisia että mahdollisia toteuttaa avohoidossa. Luontotoiminta täyttää mainitut kriteerit.

Divergencies of Perception : The Possibilities of Merleau-Pontian Phenomenology in Analyses of Contemporary Art

Maurice Merleau-Ponty (1908-1961) has been known as the philosopher of painting. His interest in the theory of perception intertwined with the questions concerning the artist s perception, the experience of an artwork and the possible interpretations of the artwork. For him, aesthetics was not a sub-field of philosophy, and art was not simply a subject matter for the aesthetic experience, but a form of thinking. This study proposes an opening for a dialogue between Merleau-Pontian phenomenology and contemporary art. The thesis examines his phenomenology through certain works of contemporary art and presents readings of these artworks through his phenomenology. The thesis both shows the potentiality of a method, but also engages in the critical task of finding the possible limitations of his approach. The first part lays out the methodological and conceptual points of departure of Merleau-Ponty s phenomenological approach to perception as well as the features that determined his discussion on encountering art. Merleau-Ponty referred to the experience of perceiving art using the notion of seeing with (voir selon). He stressed a correlative reciprocity described in Eye and Mind (1961) as the switching of the roles of the visible and the painter. The choice of artworks is motivated by certain restrictions in the phenomenological readings of visual arts. The examined works include paintings by Tiina Mielonen, a photographic work by Christian Mayer, a film by Douglas Gordon and Philippe Parreno, and an installation by Monika Sosnowska. These works resonate with, and challenge, his phenomenological approach. The chapters with case studies take up different themes that are central to Merleau-Ponty s phenomenology: space, movement, time, and touch. All of the themes are interlinked with the examined artworks. There are also topics that reappear in the thesis, such as the notion of écart and the question of encountering the other. As Merleau-Ponty argued, the sphere of art has a particular capability to address our being in the world. The thesis presents an interpretation that emphasises the notion of écart, which refers to an experience of divergence or dispossession. The sudden dissociation, surprise or rupture that is needed in order for a meeting between the spectator and the artwork, or between two persons, to be possible. Further, the thesis suggests that through artworks it is possible to take into consideration the écart, the divergence, that defines our subjectivity.

Itsensä löytäjät, Järkeilijät ja Turvaverkon rakentajat : Kolme tarinatyyppiä rahapeliongelman syistä ja selättämisestä

Tutkielman tarkoituksena oli selvittää, minkälaisia tarinoita rahapeliongelmasta selviytyneet kokemuksestaan kertovat ja minkälaiset kulttuuriset tarinamallit näiden kertomusten takana vaikuttavat. Rahapelaamisen aiheuttamista ongelmista ja ongelmapelaamisesta puhutaan suomalaisessa mediassa ja kahvipöydissä edelleen vähän verraten alkoholiongelmaan. Ongelmapelaajat kokevat itse usein, että heidän ongelmaansa ei tunnisteta tai oteta todesta. Tällä tutkimuksella on haluttu tehdä ongelmapelaajien tarinaa tunnetummaksi ja laajentaa ongelmapelaajista kerrottavien tarinoiden kulttuurista tarinavarantoa. Ongelmapelaamiseen haluttiin tässä tutkimuksessa tuoda uudenlaista kulttuurintutkimuksen näkökulmaa. Sairausdiskurssin sijaan pelaamista tarkasteltiin uskonnonkaltaisena merkitysjärjestelmänä, johon ihminen voi orientoitua tai kääntyä ja josta hän voi orientoitua pois. Tutkimus oli laadullinen tapaustutkimus, jossa käytettiin etnografisia menetelmiä: havainnointia ja haastattelua. Tutkimusta varten havainnoitiin viittä pelaajien vertaistukiryhmää. Lisäksi havainnoitiin kuutta virtuaalista vertaistukiryhmää. Haastatteluaineisto koostui kahdesta osasta: toinen puoli haastatteluaineistoa oli kasvokkain toteutetut teemahaastattelut, toinen puoli virtuaalisessa ympäristössä tehdyt teemahaastattelut. Haastateltavia oli yhteensä 16, joista 11 oli kasvokkaisia ja 5 virtuaalisia. Haastattelut analysoitiin narratiivisesti, juonentaen ja yhdistellen haastateltavien kertomuksista kolme tarinatyyppiä. Tyypittelyssä käytettiin erottelevina tekijöinä peliongelmalle kertomuksissa annettuja syitä ja peliongelmaan löydettyä ratkaisua. Pelaajien kertomuksia tarkasteltiin myös arvojen ja moraalisen arvioinnin kannalta. Aineistosta löydetyt tarinatyypit olivat Itsensä löytäjät, Järkeilijät ja Turvaverkon rakentajat. Itsensä löytämisen tarina oli keski-ikäisten naisten kertoma. Tarinan kulttuurisena tarinamallina oli nimensä mukaisesti itsensä uudelleen löytäminen, jota voi verrata valaistumisen tai jälleensyntymisen kokemukseen. Tällaisen elämänmuutoksen ja uudelleenorientoitumisen voi rinnastaa voimakkuudeltaan uskonnolliseen kääntymykseen. Nuorten miesten kertoman Järjen ääni -tarinan eetoksena oli ihmisen kyky hallita luontoaan järjen avulla. Tarina näytti myös toistavan useimmissa kulttuureissa miehille varattua sankarimyyttiä. Turvaverkkotarinan kulttuurinen tarinamalli pohjasi kristinuskon ydinajatukseen lähimmäisen rakkaudesta ja anteeksiannosta. Tarinassa arvotettiin pahaksi yksinäisyys ja yksin pärjäämisen eetos, ja hyväksi anteeksianto ja rohkeus myöntää oman tuen tarve. Itsensä löytämisen tarina ja Järjen ääni -tarina olivat selkeästi sukupuolittuneita ja ikäjakautuneita. Turvaverkkotarinassa oli tarinatyypeistä eniten sisäistä vaihtelua sekä sukupuolessa että iässä. Kulttuurin tarjoamat perinteiset sukupuoliroolit toistuivat aineiston kertomuksissa: nuoret miehet toistivat kerronnassaan sankarimyyttiä siinä missä keski-ikäiset naiset kertoivat paenneensa ikuista huolehtijan ja vastuunkantajan roolia pelaamiseen. Myös tunteista puhuminen ja itsensä tutkiskelu näyttää tarinamallien vahvan sukupuolittumisen perustella olevan edelleen kulttuurisesti hyväksyttävämpää naisille kuin miehille. Haastatteluaineistossa näkyi myös pilkahduksia pelaamisen uskonnollisesta ulottuvuudesta ja pelimaailman luomasta toisesta todellisuudesta, jonne pelaajat pakenevat ja josta he hakevat ontologista turvaa yksinäisyyteensä ja ahdistukseensa.