Optimización de la factorización de matrices no negativas en Bioinformática

En los últimos años se ha incrementado el interés de la comunidad científica en la Factorización de matrices no negativas (Non-negative Matrix Factorization, NMF). Este método permite transformar un conjunto de datos de grandes dimensiones en una pequeña colección de elementos que poseen semántica propia en el contexto del análisis. En el caso de Bioinformática, NMF suele emplearse como base de algunos métodos de agrupamiento de datos, que emplean un modelo estadístico para determinar el número de clases más favorable. Este modelo requiere de una gran cantidad de ejecuciones de NMF con distintos parámetros de entrada, lo que representa una enorme carga de trabajo a nivel computacional. La mayoría de las implementaciones de NMF han ido quedando obsoletas ante el constante crecimiento de los datos que la comunidad científica busca analizar, bien sea porque los tiempos de cómputo llegan a alargarse hasta convertirse en inviables, o porque el tamaño de esos datos desborda los recursos del sistema. Por ello, esta tesis doctoral se centra en la optimización y paralelización de la factorización NMF, pero no solo a nivel teórico, sino con el objetivo de proporcionarle a la comunidad científica una nueva herramienta para el análisis de datos de origen biológico. NMF expone un alto grado de paralelismo a nivel de datos, de granularidad variable; mientras que los métodos de agrupamiento mencionados anteriormente presentan un paralelismo a nivel de cómputo, ya que las diversas instancias de NMF que se ejecutan son independientes. Por tanto, desde un punto de vista global, se plantea un modelo de optimización por capas donde se emplean diferentes tecnologías de alto rendimiento...

Alonso Mudarra, vihuelista en la casa del infantado y canónigo en la catedral de Sevilla

La presente tesis doctoral estudia la vida y obra del vihuelista Alonso Mudarra (c. 1509- Sevilla, 1 de abril de 1580). A pesar de que ya existe un trabajo previo a cargo de Emilio Pujol, creemos necesario revisitar esta música y a su creador a la luz de las investigaciones realizadas en los dos tercios de siglo transcurridos desde la publicación de dicha monografía. El estudio está dividido en tres partes y dos volúmenes. En primer lugar abordamos la biografía de Mudarra, enfocándola desde la perspectiva de las tres ciudades que constituyen su itinerario vital: Valladolid, Guadalajara y Sevilla. En la segunda parte se estudia su obra, los Tres libros de música en cifras para vihuela, tanto en lo referente a aspectos bibliográficos como de su contenido. La tercera parte es la edición crítica de la obra musical contenida en los Tres libros. Los posibles orígenes vallisoletanos de Alonso Mudarra nos han llevado a indagar en la familia Mudarra, miembros del patriciado urbano de Valladolid desde el siglo XIII. Las importantes ramificaciones de la familia en San Martín de Valdeiglesias y en Palencia también son objeto de nuestro estudio. Nuestro propósito ha sido ubicar al Mudarra vihuelista dentro de esta gran familia. Para ello hemos recurrido a diferentes archivos: el Archivo de la Real Chancillería de Valladolid, el Archivo General de Simancas y el Archivo de Protocolos de Valladolid, bien de forma directa o a través de la plataforma Portal de Archivos Españoles (PARES). En otros casos hemos utilizado fuentes indirectas. Hemos podido reconstruir las ramas principales del árbol genealógico para gran parte del siglo XVI y establecer una hipótesis sobre nuestro vihuelista y su familia más cercana, la cual conocemos a través del testamento de Alonso y por la notoriedad de alguno de sus miembros, como es el caso de su hermano Francisco, importante miembro de la curia vaticana...