Phylogenetic relationships among six species of Epistylis inferred from 18S-ITS1 sequences

Phylogenetic relationships among six species of Epistylis (i.e. E. plicatilis, E. urceolata, E. chrysemydis, E. hentscheli, E. wenrichi, and E, galea) were investigated using sequences of the first internal transcribed spacer region (ITS-1) of ribosomal DNA (rDNA). Amplified rDNA fragment sequences consisted of 215 or 217 bases of the flanking 18S and 5.8S regions, and the entire ITS-1 region (from 145 to 155 bases). There were more than 33 variable bases between E. galea and the other five species in both the 18S region and the ITS-1 region. The affiliation of them was assessed using Neighbor-joining (NJ), maximum parsimony (MP) and maximum likelihood (ML) analyses. In all the NJ, MP and ML analyses E. galea, whose macronucleic position and shape are distinctly different from those of the other five species, was probably diverged from the ancestor of Epistylis earlier than the other five species. The topology in which E. plicatilis and E, hentscheli formed a strongly supported sister clade to E. urceolata, E. chrysemydis, and E. wenrichi was consistent with variations in the thickness of the peristomial lip. We concluded that the macronucleus and peristomial lip might be the important phylogenetic characteristics within the genus Epistylis.

Isolation and Characterization of a Methomyl-Degrading Paracoccus sp mdw-1

Methomyl, an extremely toxic pesticide, is widely used in agriculture. A strain named mdw-1 capable of degrading methomyl rapidly was successfully isolated from activated sludge in this study. It could utilize methomyl as the sole carbon or nitrogen source. The optimal temperature and medium pH for its growth and methomyl biodegradation were 30 degrees C and 7.0, respectively. It was identified as a Paracoccus sp. according to its morphological features, physiological and biochemical characteristics, and phylogenetic analysis based on the sequence of 16S rDNA. Gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) analysis showed that methomyl could be completely transformed to S-methyl-N-hydroxythioacetamidate in 10 h of incubation with the isolate mdw-1.

铬污染土壤修复过程中土壤细菌群落多样性的RFLP分析

对污染土壤修复过程中土壤细菌群落多样性的变化进行研究。【方法】以淹水培养后的模拟铬污染土壤为供试材料,通过直接提取土壤中总细菌DNA,利用细菌专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立克隆文库。利用PCR-RFLP技术,分析比较了土壤淹水10 d(对照,S1)、添加Cr(Ⅵ)淹水10 d(S2)、添加Cr(Ⅵ)和Fe(OH)3淹水10 d(S3)及20 d(S4)4个处理中土壤细菌群落的变化。【结果】用专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立了克隆文库;用限制性内切酶RsaⅠ进行细菌16S rDNA PCR-RFLP分析,分别得到123,120,97和69个酶切类型,库容值分别为54.92%,55.43%,65.33%和76.60%;Shannon-Wiener指数、Gini指数、物种丰富度指数(dMa)和物种均匀度指数(Jgi)均表现为S1>S2>S3>S4,以上4个指数的变异系数分别为11.51%,1.84%,23.64%和1.55%;基于细菌多样性参数的聚类分析结果,将对照S1和添加Cr(Ⅵ)处理的S2归于一类,而2个添加Fe处理的土壤S3和S4聚为一类。【结论】经过10 d淹水处理,...

氮肥缺失对旱地土壤细菌群落多样性的影响

本文旨在研究氮肥缺失对旱地土壤细菌群落多样性的影响。采用直接提取土壤微生物总DNA的方法,对不施肥(CK)、适量施肥(F1)、和缺氮施肥(F2)3种不同施肥水平土样DNA进行提取,扩增细菌16S rDNA基因片段,建立克隆文库。用限制性内切酶HhaI和RsaI进行PCR-RFLP分析,分别得到146、187、11个酶切类型。采用α多样性的测度对试验结果进行分析统计结果表明,不同处理间土壤细菌的多样性(H′、Ds和Dg)和物种丰富度(dMa、R2和E)均为F1>CK>F2;λ、dMa、E和H′指数在不同施肥处理间的变异系数达到56.96%~163.1%,尤其Simpson指数λ是非常敏感的指标,处理间的差异最大,表明氮肥缺失严重影响土壤细菌群落多样性,合理施肥有利于土壤细菌的多样性。

贾第虫的“双等核”及其保持等同机制的研究

贾第虫是一类寄生于肠道的单细胞原生动物，也被认为是目前已知的最原始的真核细胞。它的一个十分奇特和令人感兴趣的特点是：具有在形态和大小上都很相似的左右对称的两个细胞核。已有一些证据表明贾第虫的这样的两个核在其它一些方面也都很相似甚至完全相同，如两核的DNA含量相等，两核都含有rDNA和至少一套染色体，并且在DNA复制、转录和核分裂等功能活动方面也基本都是同步的。但是，这两个核在基因的组成方面是否完全一致，甚至两核之间的对应基因（等位基因）的序列是否完全相同呢？若是，贾第虫为什么需要这样两个完全“等价”的细胞核（“双等核”）？这两个核又是如何长期保持一致而不会因两个核内发生不同的基因变异而产生差异呢？此外，目前普遍认为贾第虫至少是四倍体，即每个核至少为二倍体。那么同一个核内的等位基因是否序列也一致？保持其一致的机制又是什么？这些问题不仅饶有趣味，而且对于揭示贾第虫特殊的遗传机制乃至真核细胞基因组倍性的起源进化等问题具有重要意义。 本文首先对其两个核内是否有相同的基因组成进行了检验。我们选择了三个执行不同功能蛋白的基因为代表以检验贾第虫的两个细胞核是否都含有这些基因。这三个基因分别是：DNA拓扑异构酶II基因（topII）, 核仁蛋白KRR1基因（krr1）和目前贾第虫中报道的极少数含有内含子的基因之一的铁硫蛋白基因（fes）。利用荧光原位杂交(FISH)技术在两个核中进行了定位分析。结果表明这几个代表性的基因在贾第虫的两个细胞核中都同时存在。这提示着贾第虫的两核中具有相同的基因组成，也表明贾第虫的这两个核可能在功能方面也是“等价”的。 其次，我们对其两个核中的等位基因是否具有一致的序列进行了检验，并对其两核之间以及同一核内的等位基因保持一致的机制进行了研究。选择前人文献报道的存在多态位点（即这些位点可能是易变位点）的两个基因：fen1和pdi为研究对象，在自己建立的一个贾第虫克隆培养系上进行单细胞PCR和测序的跟踪分析。跟踪分析了18个月（约分裂1600代）后，检测到如下结果：尽管在fen1基因上尚未发现位点变异的规律，但在pdi基因上发现存在几个位点会间歇出现套峰。据此我们推测套峰的出现可能是由于其中一个等位基因发生了突变，而后套峰消失则可能是突变被恢复。这种等位基因的修复机制很可能是基因转换（gene conversion）。进而我们在贾第虫基因组中找到了参与基因转换的很多酶基因的同源基因，RT-PCR的结果也表明这些基因在贾第虫中是活跃转录的。这进一步提示了贾第虫中发生基因转换的可能性。因此以上结果不仅表明贾第虫的两核之间和同一核内的等位基因的序列都是一致的，同时还说明基因转换可能是同一核内等位基因保持一致的机制。至于两个核之间保持等位基因序列一致的机制，我们采用了两种染核的方法对大量的贾第虫细胞进行了观察，以期能从中找到两核保持等同的证据。结果发现在大量细胞群体中存在一定比例的单核细胞和一侧含有两个核的细胞。据此我们推测：贾第虫可能通过发生一侧细胞核的丢失或萎缩，然后由另外一侧的核进行复制，经过核的重排恢复正常的左右核的状态。这可能就是贾第虫消除两核基因出现的差异，保持两核之间等位基因一致乃至两个核完全等同的机制。

核仁蛋白基因组的原核起源与核仁蛋白网络进化组装分析

核仁是真核细胞间期核中最明显的结构，其主要功能是作为rDNA 的转录加 工和核糖体亚基合成、组装的场所。这一重要功能是包括原核生物和真核生物在 内的所有细胞生物都具有的，但核仁这一结构却只存在于真核细胞中。那么在从 原核到真核的进化过程中，核仁是如何进化而来，核仁的蛋白成分又是通过怎样 的方式从简单到复杂地组装起来，这些问题到目前为止都还没有得到深入的了 解。随着 “组学”的发展，核仁蛋白基因组的研究逐渐开展起来。越来越多的 核仁蛋白基因组数据为我们从“组学”的角度来探讨核仁的起源及其蛋白网络的 进化组装等问题奠定了基础。 1）本文首先通过比较目前仅有的三种真核生物（人，拟南芥，芽殖酵母） 的核仁蛋白基因组数据库，将三个核仁蛋白基因组共享的直系同源蛋白簇提取出 来构建出真核生物基本核仁蛋白基因组I (EBNP I)。由于拟南芥和芽殖酵母核仁 蛋白数据库明显偏小，为避免它们可能不全而带来的影响，进一步将人的核仁蛋 白基因组与拟南芥和芽殖酵母的全蛋白基因组共享的直系同源蛋白簇提取出来 构建出真核生物基本核仁蛋白基因组II（EBNP II）。EBNP 中的人核仁蛋白质序 列用作搜索序列去BLASTP 原核基因组，并构建同源关系矩阵进行聚类分析。 结果发现核仁蛋白基因组原核起源部分具有复合起源的特性，一部分来源于古细 菌，一部分来源于真细菌。并对EBNP II 中人核仁蛋白进行功能划分和对不同的 功能类群进行了起源分析，结果发现‘与核糖体有关’这一功能类群起源于古细 菌，‘与mRNA 有关’和‘与翻译有关’功能类群可能起源于古细菌，并在真核 阶段招募了大量蛋白成分，‘与染色质有关’这一功能类群可能起源于真细菌， 随后在真核阶段此功能类群招募了大量蛋白成分。 2）本文利用芽殖酵母的蛋白质相互作用数据，通过在原核生物基因组和原 生生物基因组的同源搜索，将芽殖酵母核仁蛋白分成不同进化时期产生的三个部 分：原核起源蛋白，原生生物起源蛋白，酵母特异蛋白。通过分析各部分蛋白质 的GO 注释，结果发现，原核起源蛋白主要行使与核糖体亚基合成与组装等核仁最基本的功能。通过比较各个部分之间以及各部分内蛋白质相互连接情况，结果 发现，芽殖酵母核仁蛋白网络按照不对称原则将招募的新蛋白组装入网络，整个 芽殖酵母核仁蛋白网络以原核起源蛋白所构建的框架为基础，原核起源蛋白起着 核心的作用。

麂属动物的DNA进化

本文分析了麂属动物及其近缘种的线粒体DNA（Mitochondrial DNA, mtDNA)和核塘体DNA（Ribosomal DNA, rDNA）限制性片段长度多态性（RFLP），建立了麂属动物mtDNA和rDNA的限制性内切酶间谱。据此计算出各个物种的种内及种间的遗传距离，构建了麂属动物的种内及种间的分子聚类图。结果表明，在现生麂类中，黑麂和贡山麂之间的关缘关系最近，其次是费氏麂；印度麂是一个特化的特种，它和黑麂支系（包括费氏麂、贡山麂和黑麂）可能是从小麂的祖先类群中独立分化出来的。在近缘物种中，毛冠鹿与麂属动物的亲缘关系较近。结合前人有关的工作，计算19种鹿科动物之间的遗传距离并绘制它们的分子聚类图。

寇氏隐甲藻(Cryp the codinium cohnii 涡鞭毛虫类)核仁的分裂

对涡鞭毛虫寇氏隐甲藻（Cryp thecodinium cohnii）细胞周期中的核仁进行了电镜连续超薄切片三维重组观察，并进行了Ag-NOR银染的光镜和电镜观察。在整个细胞周期中，寇氏隐甲藻的核仁内都有由核仁染色体发出的染色质索，又由染色质索发出细胞染色质丝进入核仁纤维区中。细胞进入分裂期后，核仁内的染色质索逐渐变粗。在核仁拉长前，核仁内大部分染色质索凝集成为“核仁内染色体”。Ag-NOR染色结果表明，有少量的rDNA也收回到核仁内染色体上，但绝大部分rDNA始终分散地分布在核仁内。核仁染色体象其它染色体一样，也是以一端结合在贯穿细胞核的细胞质管道的壁上，看来也会以同样的方式移到两极。核仁染色体向二极移动，而与核仁染色体相连的rDNA的绝大部分又始终分散地分布在核仁纤维区中，这显然是甲藻核仁拉长并分裂为二的根本原因。核仁内始终存在分散的rDNA也是它们的核仁不瓦解的根本原因。我们观察到，寇氏隐甲藻的染色体不仅连接于细胞质管道壁上，而且还与管道中的微管形成结构上的联系，从而可以认为它们的染色体移动也有微管参与。这点修正了kubai与Ris(1969)的报导。本文根据涡鞭毛虫（甲藻）的核仁在核仁分裂过程中只是拉长和分裂，而并不瓦解和重建的根本原因，探讨了典型有丝分裂过程中核仁的瓦解与重建的起源问题。

硫化叶菌病毒STFV、STSV1及其与宿主关系研究

硫化叶菌病毒表现出了极为独特、多样的形态学和基因组学特征，它们为研究硫化叶菌提供了很好的模型，同时也为构建可在硫化叶菌中进行分子操作的分子工具提供了有用的材料。 本研究从西藏热泉中分离出一株嗜酸热菌S3-3，S3-3的16S rDNA序列和腾冲硫化叶菌同源性最高，为96％，而和其它硫化叶菌同源性相对较低。基于16S rDNA序列进行的系统发育学分析同样证实了，S3-3和腾冲硫化叶菌亲缘关系最近，推测S3-3是硫化叶菌属的一新种。 从S3-3a中分离出一株硫化叶菌病毒，命名为西藏硫化叶菌丝状病毒（Sulfolobus Tibet Filamentous Virus, STFV）。STFV呈丝状，外面有一层脂膜包裹，病毒长约1.4 μm，病毒直径约20 nm，两端各有一约60 nm长的小尾巴。病毒的复制抑制宿主细胞生长，但并不引起宿主细胞的裂解。STFV的DNA为线性双链DNA，推测其DNA末端含共价闭合的发夹结构。已经完成了除病毒末端以外的基因组序列的测定，共测得序列29 568 bp。病毒基因组DNA的GC含量为32.70％，编码49个阅读框，其中包括四个解旋酶基因，四个糖基转移酶基因，一个核苷酸转移酶基因和一个磷酸转移酶基因。其中35个阅读框在已知硫化叶菌病毒中有同源基因。病毒含有两个主要的结构蛋白，分别由ORF162 和 ORF219所编码，这两个结构蛋白在Betalipothrixvirus中非常保守。基因组比对发现，STFV和Betalipothrixvirus的同源性很高。所有的证据表明，STFV为一新的病毒，属于硫化叶菌病毒Lipothrixviridae病毒科，Betalipothrixvirus病毒属。 腾冲硫化叶菌纺锤型病毒STSV1由向小宇博士分离。该病毒编码一个整合酶基因。但通过Southern杂交分析，未检测到病毒基因组整合至宿主基因组中。STSV1病毒颗粒的蛋白由5个阅读框所编码，而其主要的结构蛋白由ORF40编码。

中国白腐真菌小薄孔菌等四属系统学研究

对采集自我国不同地区、不同森林生态类型中的，以及现保存于中国科学院沈阳应用生态研究所东北生物标本馆（IFP）、中国科学院微生物研究所真菌标本馆（HMAS）等国内主要标本馆的非褶菌目木材白色腐朽菌，小薄孔菌属（Antrodiella Ryvarden & I. Johans.）、耙齿菌属（Irpex Fr.）、容氏菌属（Junghuhnia Corda. emend. Ryvarden）和齿耳属（Steccherinum Gray）四属真菌标本进行了全面系统的研究。按照现代分类学方法对四属白腐菌进行详细的描述和显微结构绘图，记载了每种的寄主、国内分布及研究标本，并对每种与其相似种的联系和区别进行了讨论。我国范围内共记录及描述小薄孔菌属（Antrodiella）15种，耙齿菌属（Irpex）2种，容氏菌属（Junghuhnia）7种，齿耳属（Steccherinum）12种。其中，共发现新种4个，分别是：柄生小薄孔菌Antrodiella stipitata H.S. Yuan & Y.C. Dai，柏生小薄孔菌Antrodiella thujae Y.C. Dai & H.S.Yuan，亚圆孢齿耳菌Steccherinum subglobosum H.S. Yuan & Y.C. Dai和尖囊齿耳菌Steccherinum subulatum H.S. Yuan & Y.C. Dai；发现中国新记录种4个，分别是：柔韧小薄孔菌Antrodiella duracina (Pat.) I. Lindblad & Ryvarden，日本容氏孔菌Junghuhnia japonica Núñez & Ryvarden，集刺齿耳菌Steccherinum aggregatum Hjortstam & Spooner和圆孢齿耳菌Steccherinum hydneum (Rick) Maas Geest.。对四属中的代表性种类和重要种类进行了rDNA ITS片段序列测定，利用系统发育分析软件PHYLIP3.6对Antrodiella属和Steccherinum属中的种类进行系统发育分析，并探讨了Antrodiella等上述四属间的系统发育关系。结果表明，与Irpex相比，Junghuhnia和Steccherinum 与Antrodiella具有更近的亲缘关系。Irpex和Steccherinum两个属虽然都具有齿状子实层体结构，但其亲缘关系较远。

长期重金属污染胁迫下农田土壤微生物特征研究

本论文以沈阳张士污灌区土壤为例，首次采用传统微生物生态学与现代微生物分子生态学相结合的研究方法系统地研究了污灌区长期重金属污染胁迫下原位农田土壤微生物特征。结果表明，虽然已经停止污灌十多年，张士灌区土壤耕作层（0～30 cm）仍然存在普遍的Cd污染，灌区土壤Cd含量高达1.75～3.89 mg kg-1。部分区域土壤Cd呈现向下迁移的趋势,且同时伴随有Cu、Zn复合污染。灌区土壤Cd含量较高时清水灌溉能降低土壤表层Cd含量，灌区土壤Cd含量下降到一定程度（约2 mg kg-1）后，清水灌溉对消除土壤表层Cd污染的作用消失。重金属元素中Cd对土壤微生物的影响最突出，在三个不同季节中土壤Cd与土壤微生物生物量（MBC）和微生物商（qM）呈显著负相关，与土壤微生物代谢商（qCO2）呈显著正相关。所检测的微生物指标中qM和qCO2与多种重金属元素呈显著相关性，可作为评价一定程度重金属污染的微生物指标。土壤营养元素（除P外）与微生物特征呈显著正相关性，土壤营养元素对微生物的刺激作用有可能在某种程度上掩盖了重金属对土壤微生物的负面影响。 用16S rDNA-PCR-DGGE方法，研究了不同浓度Cd胁迫下土壤Cd抗性细菌群落结构的动态变化，结果表明在Cd的胁迫下Cd抗性细菌多样性显著增加，不同土壤样品中Cd抗性细菌群落结构向相似的方向偏移，群落结构最终将可能趋向一致。Cd胁迫使敏感菌Pontibacter消失，而伯克氏菌（Burkholderia）、罗尔斯通氏菌（Ralstonia）、芽孢杆菌（Bacillus）和节杆菌（Arthrobacter）则富集成为优势菌。 从张士灌区Cd污染土壤中分离出32株Cd抗性细菌，研究了Cd抗性细菌和Cd抗性基因cadA的分布特征。这32株Cd抗性细菌分别归属于拟杆菌门(Bacteroidetes)（37.5%）、变形菌门(Proteobacteria) （37.5%）、放线菌门(Actinobacteria)（9.4%） 和厚壁菌门(Firmicutes)（15.6%）。在液体LB培养基中对Cd的抗性浓度都大于2 mmol L-1，对Zn抗性浓度介于5～13 mmol L-1。首次从Cetobacillus属的Cd抗性菌株S1基因组DNA中扩增出cadA基因的部分片断。在芽孢杆菌属(Bacillus)的4株菌N7，N9，N10和N11的基因组DNA中扩增出cadA基因的部分片断。序列分析结果表明这5株菌的cadA基因序列相似性为99％～93％，它们与坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus） cadA 基因序列(M90750）相似性为94％～92％。系统发育分析结果表明这5株菌的cadA都与Bacillus firmus cadA 基因有着较近的亲缘关系。不同属的Cd抗性细菌间cadA基因的高度相似性揭示了cadA基因能在不同种属间转移的特性。

中国急流牙甲族的系统学研究

急流牙甲族Sperchopsini属于鞘翅目Coleoptera牙甲科Hydrophilidae的水牙甲亚科Hydrophilinae，共包括五属，即水龟虫属 Hydrocassis、革牙甲属 Ametor、Sperchopsis、Anticura、Cylomissus，世界共计有25种，我国分布有2属18个种。 本文回顾了水甲虫、牙甲科以及急流牙甲族的研究简史；综述了水甲虫在分类学、保护生物学、形态学、遗传学、分子生物学等方面研究进展，总结了水甲虫与生态因子的关系以及水甲虫作为生态系统健康指示物的可行性。还简要介绍了昆虫分子系统学，以及细胞色素氧化酶亚基I（COI）和rDNA内部转录间隔区（ITS）在昆虫学研究中的应用。 通过对收集到的700余号急流牙甲族的标本观察和分类研究，发现了一新种（内蒙水龟甲Hydrocassis mongolica sp.nov.）。并且对已知全部种类重新作了描述，特别是长茎革牙甲 Ametor elongatus雄性外生殖器部分，首次对7个种类（长茎革牙甲 Ametor elongatus、粗革牙甲 Ametor scabrosus、帝水龟甲 Hydrocassis imperialis、伪舟水龟甲Hydrocassis pesudoscapha、条纹水龟甲Hydrocassis scapulata、舟水龟甲 Hydrocassi scapha、四川水龟甲Hydrocassis sichuana）的雌性个体进行了描述。编制了急流牙甲族的分属、分种检索表。 采用支序分类学的方法对中国急流牙甲族种类的系统发育关系进行探讨。结果显示革牙甲属内的A. latus、A. rudesculptus、A. rugosus 及A. scabrosus 构成单系（不包括A. elongates），支持皱革牙甲A. rugosus和A. latus属于革牙甲属。水龟虫属内H. anhuiensis、H. baoshanensis、H. lacustris、H. pseudoscapha、H. scaphoides、H. scapulata、H. sichuana、H. taiwana、H. uncinata、H. schillhammeri构成一个单系。水龟虫属包括两大类群，一类群包括H. anhuiensis、H. lacustris、H. scapulata、H. sichuana 、H. taiwana，另一类群包括H. baoshanensis、H. scaphoides、 H. schillhammeri 、H. uncinata。两类群的不同之处在于后一类群的阳基侧突上有一齿状凸起。 测序了H. scapulata、H. sichuana和H. mongolica雌雄各一个个体的COI和ITS2序列。全部的COI基因序列为828bp，编码275个氨基酸。H. scapulata的ITS2序列有446bp，H. sichuana的有456bp，H. mongolica的有455bp。用MEGA 3.1计算比对距离（pairwise distances）和构建邻近系统树。结果显示对于COI，种内的比对距离分别是0(H. scapulata)、0.008(H. mongolica)、0.004(H. sichuana)，种间的比对距离在0.024-0.045之间。对于ITS2，种内的比对距离分别为0.005(H. scapulata)、0(H. mongolica)、0.007(H. sichuana)，种间的比对距离在0.028-0.047之间。H. sichuana和新种间的比对距离在0.024-0.037(COI)和0.044(ITS2)。比对距离揭示出种内低于0.008，种间在0.024-1.078之间。因而，它们之间应该是种间关系而不是种内的关系。COI数据集和ITS2数据集所构建的系统树存在一定的差异，前者显示四川水龟甲和条纹水龟甲是姐妹种，后者显示新种和条纹水龟甲是姐妹种。总之，在内蒙古自治区发现的为一新的物种。

细菌对芘的降解特性及其降解性质粒研究

本研究通过富集培养，从沈抚灌区石油污染土壤中分离到两株以芘为惟一碳源和能源生长的细菌，分别命名为ZHL-4和B61。经过形态观察、生理生化实验与16S rDNA序列分析鉴定，ZHL-4和B61分别为苍白杆菌属（Ochrobactrum）和假单胞菌属（Pseudomonas）。 ZHL-4和B61均对芘具有较强的降解能力，在不添加任何其它碳源的情况下，分别在7d内将10mg•L-1芘降解了71.8%和67.4%，各加入500mg•L-1的葡萄糖和酵母膏作为共代谢底物后，7d内对芘的降解率分别提高到86.8%和89.9%。 经电泳检测，菌株ZHL-4和B61均存在内生质粒。质粒消除实验表明，消除质粒后的菌株ZHL-4和B61不能利用芘进行生长；将质粒转化入大肠杆菌中后，转化子获得了在芘固体培养基上生长的能力，初步证明两株细菌的内生质粒是与芘代谢有关的降解性质粒，其降解芘的基因位于质粒上，这与其它高分子量PAHs降解菌的降解基因位于染色体上不同。 通过设计引物、PCR扩增，菌株ZHL-4和B61并不具有已报道的芘降解基因nidA，这表明ZHL-4和B61具有可能不同于nidA基因的新的芘降解基因，有待于进一步研究。

乙草胺、甲胺磷胁迫下土壤抑真菌作用退化的微生物学机理

利用微生物分子生态学方法（16S rDNA-PCR-DGGE，clone library，ARDRA，sequencing），研究了乙草胺、甲胺磷胁迫对土壤抑真菌作用的影响及微生物学机理。首次构建了具有相同理化性质而抑真菌作用不同的土壤模型，报道了乙草胺和甲胺磷胁迫可降低土壤抑真菌作用，土壤细菌，尤其是假单胞菌群落结构以及phlD功能基因丰度和多样性与土壤抑真菌作用密切相关。 经100℃、110℃和121℃处理得到土壤抑真菌作用逐渐下降的系列土壤样品，经PCR-DGGE分析、克隆文库构建以及测序等证实了土壤细菌多样性和群落结构与土壤抑真菌作用密切相关，其中假单胞菌是重要的功能种群，酸细菌、α，β-变形细菌、节杆菌以及一些不可培养细菌可能存在潜在的抑真菌能力。 乙草胺（50、150、250 mg•Kg-1）处理可降低自然清洁土壤抑真菌能力。随着土壤抑真菌作用的逐渐下降，土壤细菌、真菌以及特异性功能种群假单胞菌和芽孢杆菌的群落结构均发生一定改变。乙草胺通过改变土壤微生物群落组成而降低土壤抑真菌作用。甲胺磷（50、150、250 mg•Kg-1）处理在低浓度时即可极大降低土壤抑真菌作用，且不同浓度处理间差异不显著。 乙草胺和甲胺磷胁迫（浓度均为50、150、250 mg•Kg-1）均能降低土壤中总的可培养假单胞菌和抗典型病原真菌立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）的假单胞菌多样性，改变其群落结构。同时还能降低重要抗真菌抗生素2，4-DAPG合成的关键功能基因phlD的多样性。而phlD基因的丰度在甲胺磷胁迫下亦逐渐下降。上述影响在实验5周内持续存在，不可恢复。 研究结果表明乙草胺和甲胺磷胁迫可通过改变土壤细菌，尤其是假单胞菌群落结构及phlD功能基因多样性而降低土壤抑真菌作用，对土壤质量存在潜在生态风险。 此外，对土壤真菌DNA的提取方法进行了优化，得到了适于我国北方土壤类型且真菌多样性程度较高的真菌DNA提取方法。