SARS对中国入境旅游人数影响的研究

今年爆发的SARS对中国旅游业冲击很大。本文利用双变量ARIMA模型,结合突发事件后人的心理发展变化曲线研究本次突发事件对入境旅游人数的影响。根据同类事件旅游心理恢复期的研究,结合中国实际情况,笔者讨论了恢复期分别为12、18、24个月时,SARS对入境旅游人数的影响。当恢复期为12个月时,入境旅游同比增长率平均降幅为1796%,入境旅游人数共减少238493万人次;当恢复期为18个月时,入境旅游同比增长率平均降幅为1707%,入境旅游人数共减少311703万人次;当恢复期为24个月时,入境旅游同比增长率

SARS控制与预警地理信息系统

针对我国当前非典型肺炎(SARS)疫情防治工作的迫切需求,中国科学院地理科学与资源研究所基于其在地理信息科研领域具有大型国产GIS软件平台(SuperMAP)及其在辅助决策空间信息模型工具等方面的科研优势,紧急研制了“国家SARS疫情控制与预警信息系统”。该系统由五个子系统构成,是一个将空间定位、空间信息管理、空间信息分析技术和通信技术进行有机的整合,形成了前后端一体的SARS疫情实时传输、处理、分析和分布完整的信息系统。在SARS疫情的信息采集、管理、分析及其防治与监控措施的发布等方面发挥了重要的作用。

SARS控制与预警地理信息系统的研制与应用

针对中国当前非典型肺炎(SARS)疫情防治工作的迫切需求,作者基于其在地理信息科研领域具有大型国产GIS软件平台(SuperMAP)及其在辅助决策空间信息模型工具等方面的科研优势,紧急研制了“国家SARS疫情控制与预警信息系统”。该系统由5个子系统构成,是一个将空间定位、空间信息管理、空间信息分析技术和通信技术进行有机的整合,形成了前后端一体的SARS疫情实时传输、处理、分析和分布完整的信息系统。在SARS疫情的信息采集、管理、分析及其防治与监控措施的发布等方面发挥了重要的作用。

Control dynamics of severe acute respiratory syndrome transmission

Severe acute respiratory syndrome (SARS) is a serious disease with many puzzling features. We present a simple, dynamic model to assess the epidemic potential of SARS and the effectiveness of control measures. With this model, we analysed the SARS epidemic data in Beijing. The data fitting gives the basic case reproduction number of 2.16 leading to the outbreak, and the variation of the effective reproduction number reflecting the control effect. Noticeably, our study shows that the response time and the strength of control measures have significant effects on the scale of the outbreak and the lasting time of the epidemic.

Phage M13Ko7 Detection With Biosensor Based On Imaging Ellipsometry And Afm Microscopic Confirmation

A rapid detection and identification of pathogens is important for minimizing transfer and spread of disease. A label-free and multiplex biosensor based on imaging ellipsometry (BIE) had been developed for the detection of phage M13KO7. The surface of silicon wafer is modified with aldehyde, and proteins can be patterned homogeneously and simultaneously on the surface of silicon wafer in an array format by a microfluidic system. Avidin is immobilized on the surface for biotin-anti-M13 immobilization by means of interaction between avidin and biotin, which will serve as ligand against phage M13KO7. Phages M13KO7 are specifically captured by the ligand when phage M13KO7 solution passes over the surface, resulting in a significant increase of mass surface concentration of the anti-M13 binding phage M13KO7 layer, which could be detected by imaging ellipsometry with a sensitivity of 10(9) pfu/ml. Moreover, atomic force microscopy is also used to confirm the fact that phage M13KO7 has been directly captured by ligands on the surface. It indicates that BIE is competent for direct detection of phage M13KO7 and has potential in the field of virus detection. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

分子系统学分析平台的建立和应用

分子系统学建立在实验和计算的基础之上。DNA快速测序技术的普及为分子系统学家提供了大量数据，而序列分析技术则是探索数据发现知识的重要工具。在基因组时代，随着大量模式生物完整基因组序列的获得，分子系统学正面临着前所未有的机遇和挑战。一方面，生命之树计划有助于确定新的模式生物和开展相应的基因组计划;另一方面，模式生物的基因组计划有助于阐明它们之间的进化关系和基因组的进化模式。更为重要的是，分子系统学序列分析技术已经发展成为探索与整合基因组数据的强有力工具，从而在生命科学中发挥重要作用。事实上，分子系统学和基因组学的相互渗透正在形成一门崭新的交叉学科——系统发育基因组学。 为了奠定分子系统学研究中信息管理和数据分析工作的坚实基础，我们建立了分子系统发育分析平台。该平台为研究人员提供专业数据库服务和数据分析技术支持，以及相关的网络资源。 分子系统发育分析平台包括了3个专业数据库。第一个是DNA凭证标本数据库。该数据库中的记录包括了7项字段：英文科名、中文科名、物种拉丁名、采集人、采集号、采集地和采集时间。用户可以通过设定单个或多个字段的取值进行检索。截止2004年6月1日，该数据库共包括3491条标本记录。第二个是引物数据库。PCR引物是分子系统学实验的重要条件之一。该数据库中的记录包括3项字段：引物名称、序列内容和退火温度。用户可以通过设定单个或多个字段的取值进行检索。截止2004年6月1日，该数据库共包括170条用于扩增植物细胞核、叶绿体和线粒体基因组DNA序列的引物记录。第三个是生物计算数据库。该数据库为研究人员提供传输和保存序列分析数据和结果文件的服务。 为了确保数据库的安全性和使用性，我们开发了数据库的接口和检索工具，以及系统管理员和用户资格认证程序。通过前者，使用者可以进行数据的上传、下载、管理和检索等操作。而后者则是对不同使用者身份和权限进行设定。管理员的权限高于用户，主要负责本系统的日常维护和管理工作，以及对新增管理员和用户进行资格认证。 分析技术支持旨在帮助用户快速掌握常用的系统发育分析方法，进行有效的数据分析，从复杂的统计学算法和计算机程序中解放出来，将精力集中于计算结果的生物学解释。在该部分中，我们首先简要介绍了常用的分析方法，并且针对分子系统学中的不同问题提供了相应的解决方案。这些问题包括：系统发育重建、替代速率和分歧时间的估计、祖先分布区的重建、性状进化假说的检验、以及密码子水平适应性进化的检测。我们特别强调了似然比检验和贝叶斯推测作为方法论上的重要进展在分子系统学中所发挥的关键作用。本部分还包括大量常用的分子系统学程序或软件包及其快速使用说明和命令模块。下载安装之后，用户即可按照说明使用命令模块进行数据分析。 此外，该平台还提供了一些常用的网络资源地址，如生物信息中心、分子进化和系统发育实验室、专业期刊和相关数据库等。 最后还给出了4个应用实例，即针对特定分子系统学问题的解决方案和初步的分析结果。 第一个例子说明系统发育重建方法的应用。为了确定杨梅科的系统学位置，对6种DNA序列和叶绿体trnL-F区内的间隔性状进行了分析。单个分析表明这6种序列之间在系统学信息上存在显著差异。叶绿体基因组序列的合并分析强烈支持杨梅科和（木麻黄科，（桦木科，核果桦科））的姐妹群关系，而间隔性状的存在能够充分提高其分辨率和支持率。 第二个例子说明如何推测历史生物地理学过程。我们对壳斗目8科25属植物叶绿体基因组的trnL-F、matK、rbcL和atpB的合并序列进行了最大简约分析，得到唯一的最大简约树。基于该系统树和25属植物的地理分布数据，采用扩散－替代分析方法重建了系统树每个节点上的祖先分布区，推测了壳斗目的分布历史。结果表明，壳斗目的历史生物地理学过程由3次替代事件和20次扩散事件组成。其中最重要的替代事件是由于冈瓦纳大陆和劳亚大陆分离所导致的南青冈科及其姐妹群之间的分化。另外，在壳斗科和核心高等金缕梅类中多次发生从欧亚大陆到北美洲、甚至南美洲的平行扩散事件。 第三个例子说明如何估计分歧时间。我们仍然使用扩散－替代分析中所用的最大简约树作为分析的依据，并根据等级制似然比检验确定的最优替代模型对该系统树的支长进行了最大似然优化。似然比检验表明，该系统树不服从分子钟假说。我们以冈瓦纳大陆和劳亚大陆分离的地质事件和5个属的最早化石记录作为标定点，采用罚分似然法在没有分子钟的条件下估计了壳斗目的科间分歧时间。结果表明，绝大多数科间分歧事件都发生在白垩纪。 第四个例子说明如何检测密码子水平的适应性进化。分支间可变选择压力模型的似然比检验表明SARS冠状病毒的S基因在跨种传播过程中发生了正选择。

冠状病毒

冠状病毒(coronavirus)是一种常见的单链、非片段化、线性、正链RNA包膜病毒，能感染脊椎动物而引起，特别 是呼吸系统疾病。此病毒可分三大类，感染不同动物，其遗传物质RNA表现出一种特殊的、有趣的、目前并不为人们 完全所知的策略完成其自身繁殖。最近，科学家发现“非典型肺炎”的病原体为一种新型的冠状病毒，表现出其特别 的基因组结构，有别于已知的典型冠状病毒，相关研究正在进行中。

中国枝角类四新记录亚种(鳃足纲:双甲目)

本文描述了采自四川等省的、我国首次发现的4个枝角类亚种,即美弧网纹溞Ceriodaphnia pulchella pseudohamata Bowkiewcz,1925,西方笔纹溞Graptoleberis testudinaria occidentalis Sars,1901,无常平直溞Pleuroxus laevis incertus Brehm,1934以及宽尾平直潘P.aduncus latic-audatus Brehm,1933。解剖观察描述了盘肠溞科枝角类的头孔,并首次将我国淡水枝角类的分类

武昌东湖的数种介形类甲壳动物

<正> 介形类是底栖的切甲类甲壳动物,部分种类的触角上具有发达的游泳刚毛,所以在通常采到的浮游生物标本中亦很常见。早在1903年,G.O.Sars 氏曾经报导过采自我国的介形类共三属五新种。1923年,V.Brehm 也报导过采自我国广州、北京、四川等地的数种介形类,其中还有一新属,三新种及一新变种。

武昌的秀体溞

<正> 秀体溞(Diaphanosoma)是枝角类栉足族仙达溞科(Sididae)中包括种类最多的一个属,根据已往的记录,共计约有20种。关于我国秀体溞的计载,总共只有7种。最早是由 Spandl 在广东记述了镰角秀体溞(D.excisum Sars)一种。上野益三曾发表过有关我国枝角类的文章多篇,他报告了浙江、四川、台湾、黑龙江、吉林以及内蒙古等地的秀体溞共有6种,即:短尾秀体溞[D.brachyurum(Liévin)],长肢秀体溞

寡聚核苷酸与中药化学成分的相互作用研究

药物分子与生物分子的相互作用是分子水平上研究药物构效关系及药物筛选的基础。测定形成的非共价复合物及其稳定性是研究药物与靶分子相互作用的关键。单链和双链DAN与小分子的相互作用提供了包括抗癌、抗病毒及抗菌在内的大量治疗药物的作用机理。本论文选择合成了与SARS病毒和肿瘤相关的寡聚核昔酸靶分子，利用质谱高灵敏、专一性、快速、化学计量的特点，研究靶分子与临床上确有疗效的抗病毒、抗肿瘤中药中几大类化学成分的相互作用，探讨它们相互作用的规律，通过相互作用强度的比较，考察这些中药化学成分在抗病毒、抗肿瘤方面的可能活性。在单链寡聚核营酸靶分子（RNA，DNA）与皂昔类化合物的相互作用的研究中，首先建立了区分皂普类异构体的高分辨电喷雾质谱及多级串联质谱的分析方法，通过皂普准分子离子在CID谱中产生的碎片离子，可以提供皂昔昔元、糖基类型、糖链的连接位点，为类似化合物的异构体的区分提供了一个简捷、灵敏、准确的分析方法。考察了实验条件对单链寡聚核营酸靶分子（RNA，DNA）与中药化学成分相互作用的影响；在皂营、黄酮类化合物与单链寡聚核昔酸靶分子的作用研究中，发现非共价作用强度的大小与普元、糖链的结构有关，包括昔元的类型、轻基的数目、糖链的长短，以及糖链上甲基取代的位置。单链寡聚核普酸靶分子与生物碱的相互作用研究表明，相互作用亲和力的大小与生物碱的碱性强弱有关，季胺型生物碱的作用最强，如巴马汀、药根碱、小巢碱与靶分子均生成了较强的非共价复合物。与昔类、内酩、酚类等成分的相互作用同样与其结构密切相关。双链DNA与生物碱类化合物的相互作用研究发现，它们与生物碱的作用强度与双链DNA的AF碱基对富有或GC-碱基对富有有关，且复合物离子的CID断裂途径不同。生物碱化合物的结构不同，其作用强度存在较大差异。述研究结果建立了核昔酸与中药化学成分相互作用研究的软电离质谱方法，利用该方法的研究结果，可以为中药活性成分的初步筛选提供一条可以借鉴的途径。

中国汉族人群若干疾病相关基因的定位研究

1. 中国一个轴前多指 II/III 型家系候选基因的定位 轴前多指（PPD）是人类众多肢体异常症状中比较常见的一种。前人的研 究把它定位到染色体7q36 上450Kb 的区段内。在这个候选区段内，不同的遗传 背景的几个多指家系的致病突变已被发现，它们位于SHH 基因的顺式调控元件 （ZRS）上，这个调控元件调控SHH 正常的时空表达，对指/趾的正常发育起着 重要的作用。在本研究之中，我们分析了我国一个大的多指家系，这个家系的多 指疾病的遗传方式是常染色体显性遗传并有接近100%的疾病外显率。通过连锁 分析和单倍型构建，我们把这个家系的致病基因定位到染色体7q36 上微卫星标 记D7S2465 和 D7S2423 之间1.7cM 的区域内，这个区域包含了上述的450Kb。 为了确定这个家系的致病突变，我们采用了直接测序的方法，筛查了我们定位的 这个区段内的5 个基因（HLXB9, C7orf2, NOM1, RNF32 和C7orf4）的编码区， SHH 基因的ZRS，C7orf2 基因的第5 内含子，和18 个在多物种中保守的非编码 区段（CNS）。我们的结果表明，在这个中国多指家系中，不是上述的5 个基因 和18 个多物种中保守非编码区段（CNS）的突变导致了多指的表型，也不是其 他研究小组报道的SHH 基因的ZRS 突变导致了多指表型。是否在我们界定的这 1.7cM 的候选区段内还存在着SHH 基因的其他调控元件，它的突变也一样会引 起SHH 基因异常的时空表达，最终导致多指表型的产生还需要进一步的研究来 证实。 2. 中国一个单纯性小眼球家系致病基因的定位 先天性小眼球是一种在临床上具有异质性的眼球发育异常疾病，表型从单 侧眼球体积变小到两侧眼球组织的完全缺失。单纯性小眼球疾病指的是除了眼球 的异常不伴随身体其他组织的异常，其遗传学上的致病机理到目前为止还未完全 清楚。之前的研究表明，不同遗传背景的小眼球家系的致病基因被定位到完全不 同的染色体区段上。本研究中的这个中国单纯性小眼球家系，具有常染色体显性的遗传方式，而且是第一个在分子水平上被研究的中国小眼球家系。为了研究这 个家系的致病基因，我们使用了382 个微卫星标记对这个家系进行了全基因组的 扫描，结果表明这个中国小眼球家系的致病基因定位于2 号染色体长臂上，这个 结果不同于以往报道的任何其他小眼球家系。两点连锁分析在重组率为0 时在微 卫星标记D2S2265 上得到最大值3.290，单倍型分析表明所有的受累个体在染色 体2q11-14 上微卫星标记D2S1890 和 D2S347 之间共享相同的单倍型，所以将 这个家系的致病基因定位到染色体2q11-14 上15 cM 的区段内。我们的结果进一 步提示了小眼球疾病的遗传异质性，并且定位了一个新的关于眼球发育的相关基 因。 3. 19 号染色体C 型凝集素家族与中国南方汉族人群的SARS 易感性研究 2003 年SARS 在全球爆发时，不同的个体在感染后表现出不同的病程和 最终的治疗结果，这被认为是个体本身的遗传因素在这个过程中起了一定的作 用，即不同个体在一些基因上的多态影响了他们对一些疾病的易感性。CD209L 基因是19 号染色体上C 型凝集素家族中的一员，它被证明是SARS 病毒的受体， 并且它的第4 外显子的VNTR 多态被认为和宿主对病毒的易感性有关。但是这 个结论在其后其他两个研究小组的工作未被得到证实。可能的原因有：(1) CD209L 基因本身的多态和宿主对SARS 病毒的易感性无关，而是和它紧密连锁 的其它基因的多态发挥真正的作用；(2)可能是由于以前未检测到的群体分层现 象的存在，使最初的研究得到了一个假阳性的结果。为了探讨这个问题，我们对 19 号染色体上C 型凝集素家族的4 个成员(FCER2, CLEC4G, CD209 和 CD209L) 作了全面的研究，我们采用了检测tagSNPs 的方法，在C 型凝集素家族基因簇上 选取了23 个tagSNPs 位点来代表这个基因簇的多态。我们检测了来自中国香港 的181 个SARS 病人和172 个匹配的正常对照，结果表明C 型凝集素家族的4 个基因跟中国南方汉族群体对SARS 病毒的易感之间没有相关性。同时我们检测 了来自中国不同地区的1145 个汉族样本CD209L 基因VNTR 的多态分布情况， 结果表明这个位点在中国人群中存在群体分层现象，这也解释了之前的研究小组 得到的假阳性结果可能正是由于他们忽略了这个问题而导致的

翼手目四个类群的比较分子细胞遗传学研究

翼手类(Order Chiroptera)是现生哺乳动物中唯一真正具有空中飞翔能力的动物；同时，它也是哺乳动物中为数不多的具有回声定位功能的几个分类类群之一。现存的翼手目动物约有1100种，占整个哺乳动物种类的20％以上，是哺乳动物中仅次于啮齿目的第二大目。尽管对于翼手目系统发育已经进行了大量的形态学和分子系统学等方面研究，但是翼手目中主要类群的系统发育关系尚存在着许多争议。进化过程中发生的染色体重排在揭示物种的系统发育关系中起到非常重要的作用。种间染色体涂色可以准确、快速、直观地鉴定物种进化过程中发生的大规模染色体重排，已成为在全基因组水平上比较研究哺乳动物核型多样性及其起源和演化的首选方法。利用染色体涂色可以构建不同物种间的比较染色体图谱，通过分析进化过程中保守的染色体片段在不同类群物种核型中的分布和排列方式，可以推导各类群可能的祖先核型，并重建伴随物种形成所发生的基因组变化历史，包括染色体重排的类型、速率和核型演化的趋势。但是，目前关于翼手目染色体涂色研究还很少，至今仍不能为翼手目各级分类水平上的系统发育关系研究提供系统完整的细胞遗传学证据。本研究利用大鼠耳蝠染色体特异涂色探针，通过种间染色体涂色，首次构建了狐蝠科、菊头蝠科、蹄蝠科和蝙蝠科代表物种间的比较染色体同源图谱，并且将它们与之前发表的用人的染色体探针构建的比较染色体图谱进行整合。通过分析这些物种之间保守染色体片段的分布，推测翼手目动物在核型进化过程中所发生的染色体重排的类型和数量，以期为研究翼手目的系统发育关系提供细胞遗传学证据。研究结果表明： 1. 翼手目动物的大多数染色体臂具有高度保守性，罗伯逊易位是其核型进化的主要机制。此外，倒位也是翼手目染色体进化过程中常见的染色体重排方式。 2. 小蝙蝠亚目的菊头蝠科和蹄蝠科与大蝙蝠亚目的狐蝠科亲缘关系更为接近，而与小蝙蝠亚目其它科的亲缘关系较远。 3. 菊头蝠科和蹄蝠科应该各自作为独立的科，但这两个科拥有一个共同的细胞遗传学衍生特征，这一特征在翼手目其它科中并未发现，表明它们之间有非常紧密的系统发育关系。 4. 菊头蝠科的祖先核型可能并不是前人所推测的全由端着丝粒染色体构成的2n＝62的核型；很有可能是包含有双臂染色体的，2n低于62的核型。 5. 三叶小蹄蝠比中蹄蝠保留更多的祖先染色体特征，其核型蹄蝠科中较为原始的核型。 6. 着丝粒融合是蝙蝠科物种核型演化的主要机制。蝙蝠科的祖先核型并不是类似于2n=44鼠耳蝠的核型，而可能更类似于棕蝠的2n＝50核型，由全端着丝粒染色体构成。 7. 除着丝粒融合外，异染色质的扩增也是蝙蝠科扁颅蝠属和山蝠属的染色体进化方式之一。 8. 绒山蝠与三种亚洲的伏翼共有两个同源染色体片段联合（MMY 8＋11和9＋13）,提示蝙蝠科的山蝠属和伏翼属有非常紧密的亲缘关系。 9. MMY 9 + 23和MMY 18＋19 这两个保守的同源染色体片段联合是蝙蝠科扁颅蝠属的细胞遗传学鉴定特征。 通过翼手目这些动物的染色体涂色研究，我们不但在全基因组的水平上揭示了翼手目几个主要类群代表动物的核型系统发育关系，而且所构建的比较染色体图谱将有助于基因组的序列信息从已测序物种（人）向序列信息较少的翼手目物种转移，这些研究结果也可以为翼手目的分类、物种鉴定、系统发育关系和生物医学研究（如SARS病毒）等提供基础性资料。

Studies on the Interaction between Single-strand Oligonucleotide and Ginsenosides by Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Oligonucleotide from SARS virus was selected as a target molecule in the paper. The noncovalent complexes of ginsenosides with the target molecule were investigated by electrospray ionization mass spectrometry. The effects of experimental conditions were examined firstly on the formation of noncovalent complexes. Based on the optimized experimental conditions, the interaction of different ginsenosides with the target molecule was researched, finding that the interaction orders are relative with the structure of aglycons, the length and terminal sugar types of saccharide chains in the ginsenosides. There are certain rules for the interaction between the ginsenosides and DNA target molecule. For different type ginsenosides, the interaction intensity takes the orders 20-S-protopanaxatriol > 20-S-protopanaxadiol, and panaxatriol ginsenosides > panaxadiol ginsenosides. For the ginsenosides with the same type aglycone, tri-saccharide chain > di-saccharide chain > tetra-saccharide chain and single-saccharide chain > panaxatriol. For the ginsenosides with the same tetra-saccharide chain, the ginsenosides with smaller molecule masses > the ginsenosides with larger molecule masses.