PAnalyzer: A software tool for protein inference in shotgun proteomics

Background Protein inference from peptide identifications in shotgun proteomics must deal with ambiguities that arise due to the presence of peptides shared between different proteins, which is common in higher eukaryotes. Recently data independent acquisition (DIA) approaches have emerged as an alternative to the traditional data dependent acquisition (DDA) in shotgun proteomics experiments. MSE is the term used to name one of the DIA approaches used in QTOF instruments. MSE data require specialized software to process acquired spectra and to perform peptide and protein identifications. However the software available at the moment does not group the identified proteins in a transparent way by taking into account peptide evidence categories. Furthermore the inspection, comparison and report of the obtained results require tedious manual intervention. Here we report a software tool to address these limitations for MSE data. Results In this paper we present PAnalyzer, a software tool focused on the protein inference process of shotgun proteomics. Our approach considers all the identified proteins and groups them when necessary indicating their confidence using different evidence categories. PAnalyzer can read protein identification files in the XML output format of the ProteinLynx Global Server (PLGS) software provided by Waters Corporation for their MSE data, and also in the mzIdentML format recently standardized by HUPO-PSI. Multiple files can also be read simultaneously and are considered as technical replicates. Results are saved to CSV, HTML and mzIdentML (in the case of a single mzIdentML input file) files. An MSE analysis of a real sample is presented to compare the results of PAnalyzer and ProteinLynx Global Server. Conclusions We present a software tool to deal with the ambiguities that arise in the protein inference process. Key contributions are support for MSE data analysis by ProteinLynx Global Server and technical replicates integration. PAnalyzer is an easy to use multiplatform and free software tool.

Cosmology in an accelerated universe: observations and phenomenology

En las últimas décadas la cosmología ha experimentado notables avances como consecuencia del desarrollo de nuevos experimentos que nos han abastecido con precisos datos observacionales. La calidad de estos datos ha permitido construir una imagen global del universo actual; un universo acelerado compuesto principalmente por materia oscura (23%) distinta a la materia ordinaria (5%), y energía oscura (70%), la componente del universo que contrarresta el efecto gravitatorio y explica la expansión acelerada de éste. Con la existencia de estas dos principales componentes se puede explicar la situación actual del universo y los fenómenos que tienen lugar en él. Sin embargo, su naturaleza es todavía un misterio, por lo que nos encontramos ante un largo y apasionante camino que recorrer.Es en este contexto donde se enmarca el trabajo presentado en esta tesis, cuyo principal objetivo es ir más allá y obtener algunas pistas nuevas sobre la naturaleza de la energía oscura. Las investigaciones llevadas a cabo durante esta tesis tratan de hacer frente a este sector ¿oscuro" desde varias perspectivas, combinando la teoría y el análisis de datos astronómicos.Como primer acercamiento, en el capítulo 2 se propone un nuevo modelo para unificar el sector ¿oscuro¿: materia y energía oscura. En los capítulos 3 y 4 se aborda el problema de la energía oscura desde una nueva perspectiva y se presentan unas nuevas parametrizaciones de la ecuación de estado de la energía oscura. Por último, en el capítulo 5, a través de los datos del fondo cósmico de microondas, se da un paso más allá en física de las épocas tempranas del universo, y se obtienen restricciones sobre el exceso de densidad de radiación observado. Por otra parte, se da una explicación a este fenómeno: se atribuye este exceso al fondo cósmico de ondas gravitacionales primordiales producido por las cuerdas cósmicas, bajo condiciones adiabáticas.

La gastronomía como recurso cómico en la literatura griega

Presentado en las Jornadas sobre "El humor (y los humores) en el mundo antiguo", organizado por el Departamento de Estudios Clásicos y el Instituto de Ciencias de la Antigüedad de la UPV y celebrado en Vitoria-Gasteiz los días 16 y 17 de octubre de 2007.

Humor y retórica: Antiochikós o Misopógon de Juliano

Presentado en las Jornadas sobre "El humor (y los humores) en el mundo antiguo", organizado por el Departamento de Estudios Clásicos y el Instituto de Ciencias de la Antigüedad de la UPV y celebrado en Vitoria-Gasteiz los días 16 y 17 de octubre de 2007.

Humor y comicidad en el misántropo: la evolución del tipo desde el ámbito dramático (Menandro y Molière) hasta la narrativa (Villalonga, Moravia y Castellani)

Presentado en las Jornadas sobre "El humor (y los humores) en el mundo antiguo", organizado por el Departamento de Estudios Clásicos y el Instituto de Ciencias de la Antigüedad de la UPV y celebrado en Vitoria-Gasteiz los días 16 y 17 de octubre de 2007.

Humor y comicidad: la aportación freudiana

Presentado en las Jornadas sobre "El humor (y los humores) en el mundo antiguo", organizado por el Departamento de Estudios Clásicos y el Instituto de Ciencias de la Antigüedad de la UPV y celebrado en Vitoria-Gasteiz los días 16 y 17 de octubre de 2007.

Humor y puesta en escena en la comedia de Aristófanes

Presentado en las Jornadas sobre "El humor (y los humores) en el mundo antiguo", organizado por el Departamento de Estudios Clásicos y el Instituto de Ciencias de la Antigüedad de la UPV y celebrado en Vitoria-Gasteiz los días 16 y 17 de octubre de 2007.

Herramienta software para el análisis de rendimiento de redes 4G

[ES]El objetivo de este proyecto ha sido desarrollar una herramienta software que permita medir el rendimiento de redes con tecnología móvil 4G, también conocida como LTE. Para ello se ha creado un sistema software que está compuesto por una aplicación móvil y un servidor de aplicaciones. El sistema en conjunto realiza la función de recoger indicadores de calidad de la red móvil de diversa índole, que posteriormente son procesados utilizando herramientas software matemáticas, para así obtener gráficas y mapas que permiten analizar la situación y el rendimiento de una red 4G concreta. El desarrollo del software ha llegado a nivel de prototipo y se han realizado pruebas reales con él obteniendo resultados positivos de funcionamiento.

Centro de gestión de contenido en RDF

La primera idea de la realización de este proyecto, fue concebida por la necesidad de tener un sistema por el cual se pudieran cambiar datos de una aplicación, en un sistema móvil, a través de una página web. Sin embargo al conocer la potencia que tiene RDF para ser muy escalable terminó siendo un sistema de gestión de contenido general en RDF. Este sistema de gestión se ha realizado para ser lo más simple posible para un usuario, de tal manera que con solo 2 click en la página web y rellenando un formulario simple, pudiera tener una base de datos sin muchos conocimientos sobre la gestión de las mismas. Aunque claramente no es un sistema potente como si fuera una base de datos en Oracle, por citar un ejemplo, sirve para poder agregar, modificar y eliminar datos con sencillez. Así este sistema de gestión da una posibilidad muy sencilla de realizar tus propias bases de datos. Además aunque tiene un motor SQL para la gestión interna de almacenamiento, la salida de los datos es en RDF/XML con lo que podría ser compatible con un sistema más amplio como Oracle Database Semantic Technologies. Este CMS también tendrá un sistema de seguridad basado en usuario y contraseña. Para que la edición del contenido sea accesible solo a usuarios con acceso, mientras que la exportación de los datos será pública, y podrá ser accesible por cualquier usuario mediante una URI.

Study of crystal structure and phase transition studies in perovskite-type oxides using powder-diffraction techniques and symmetry-mode analysis.

251 p.

Implementación de sistema ETCS en entorno cliente-servidor.

[ES]La interoperabilidad entre distintas redes ferroviarias europeas es muy escasa. Para dar solución a este problema, la Unión Europea creó el sistema europeo de gestión del tráfico ferroviario (ERTMS), encargado de crear un estándar único para toda la red europea. El objetivo de este proyecto es la implementación del sistema ETCS ( European Train Control System ) en un entorno cliente-servidor. La implementación incluye el sistema del tren y el del centro de control (RBC). Se ha implementado de forma que se pueda operar sobre dos protocolos de red transporte, de forma que será compatible tanto para redes orientadas a la conexión (TCP) como no orientadas a conexión (UDP).

Zonas de Brillouin de los grupos de capa

La base de datos de las zonas de Brillouin de los grupos de capa del Bilbao Crystallographic Server incluye tablas de vectores de onda y figuras que forman la base para la clasificación de las representaciones de los grupos de capa. Las propiedades de simetría de los vectores de onda se determinan por los llamados grupos del espacio recíproco y esta clasificación se compara con la que recoge el libro “Character Tables and Compatibility Relations of The Eighty Layer Groups and Seventeen Plane Groups” de Litvin & Wike.