ICGE: an R package for detecting relevant clusters and atypical units in gene expression

Background: Gene expression technologies have opened up new ways to diagnose and treat cancer and other diseases. Clustering algorithms are a useful approach with which to analyze genome expression data. They attempt to partition the genes into groups exhibiting similar patterns of variation in expression level. An important problem associated with gene classification is to discern whether the clustering process can find a relevant partition as well as the identification of new genes classes. There are two key aspects to classification: the estimation of the number of clusters, and the decision as to whether a new unit (gene, tumor sample ... ) belongs to one of these previously identified clusters or to a new group. Results: ICGE is a user-friendly R package which provides many functions related to this problem: identify the number of clusters using mixed variables, usually found by applied biomedical researchers; detect whether the data have a cluster structure; identify whether a new unit belongs to one of the pre-identified clusters or to a novel group, and classify new units into the corresponding cluster. The functions in the ICGE package are accompanied by help files and easy examples to facilitate its use. Conclusions: We demonstrate the utility of ICGE by analyzing simulated and real data sets. The results show that ICGE could be very useful to a broad research community.

Quironómidos (Díptera) de las instalaciones de la E.D.A.R. de Galindo

[ES] La finalidad de este trabajo es la identificación taxonómica de algunos de los quironómidos (Diptera) presentes en el entorno de la Estación Depuradora de Aguas Residuales de Galindo. La captura de los insectos se llevó a cabo mediante dos metodologías distintas, en los clarificadores de Decantación Secundaria de la E.D.A.R. La identificación taxonómica se ha realizado con la consulta de guías de identificación de machos adultos, los cuales presentan características morfológicas diferenciadoras más útiles y complejas. La identificación llevó al establecimiento de cuatro morfotipos, que agrupan a los individuos observados según características morfológicas comunes. En cada morfotipo se incluyen los taxones correspondientes de acuerdo con su identificación taxonómica. Sin embargo, en algunos casos, la identificación no ha alcanzado el nivel de especie.