Visibility recovery on images acquired in attenuating media. Application to underwater, fog, and mammographic imaging

136 p.

Evaluation of bioactive sphingolipids in 4-HPR-resistant leukemia cells

Background -- N-(4-hydroxyphenyl)retinamide (4-HPR, fenretinide) is a synthetic retinoid with potent pro-apoptotic activity against several types of cancer, but little is known regarding mechanisms leading to chemoresistance. Ceramide and, more recently, other sphingolipid species (e.g., dihydroceramide and dihydrosphingosine) have been implicated in 4-HPR-mediated tumor cell death. Because sphingolipid metabolism has been reported to be altered in drug-resistant tumor cells, we studied the implication of sphingolipids in acquired resistance to 4-HPR based on an acute lymphoblastic leukemia model. Methods -- CCRF-CEM cell lines resistant to 4-HPR were obtained by gradual selection. Endogenous sphingolipid profiles and in situ enzymatic activities were determined by LC/MS, and resistance to 4-HPR or to alternative treatments was measured using the XTT viability assay and annexin V-FITC/propidium iodide labeling. Results -- No major crossresistance was observed against other antitumoral compounds (i.e. paclitaxel, cisplatin, doxorubicin hydrochloride) or agents (i.e. ultra violet C, hydrogen peroxide) also described as sphingolipid modulators. CCRF-CEM cell lines resistant to 4-HPR exhibited a distinctive endogenous sphingolipid profile that correlated with inhibition of dihydroceramide desaturase. Cells maintained acquired resistance to 4-HPR after the removal of 4-HPR though the sphingolipid profile returned to control levels. On the other hand, combined treatment with sphingosine kinase inhibitors (unnatural (dihydro)sphingosines ((dh)Sph)) and glucosylceramide synthase inhibitor (PPMP) in the presence or absence of 4-HPR increased cellular (dh)Sph (but not ceramide) levels and were highly toxic for both parental and resistant cells. Conclusions -- In the leukemia model, acquired resistance to 4-HPR is selective and persists in the absence of sphingolipid profile alteration. Therapeutically, the data demonstrate that alternative sphingolipid-modulating antitumoral strategies are suitable for both 4-HPR-resistant and sensitive leukemia cells. Thus, whereas sphingolipids may not be critical for maintaining resistance to 4-HPR, manipulation of cytotoxic sphingolipids should be considered a viable approach for overcoming resistance.

PAnalyzer: A software tool for protein inference in shotgun proteomics

Background Protein inference from peptide identifications in shotgun proteomics must deal with ambiguities that arise due to the presence of peptides shared between different proteins, which is common in higher eukaryotes. Recently data independent acquisition (DIA) approaches have emerged as an alternative to the traditional data dependent acquisition (DDA) in shotgun proteomics experiments. MSE is the term used to name one of the DIA approaches used in QTOF instruments. MSE data require specialized software to process acquired spectra and to perform peptide and protein identifications. However the software available at the moment does not group the identified proteins in a transparent way by taking into account peptide evidence categories. Furthermore the inspection, comparison and report of the obtained results require tedious manual intervention. Here we report a software tool to address these limitations for MSE data. Results In this paper we present PAnalyzer, a software tool focused on the protein inference process of shotgun proteomics. Our approach considers all the identified proteins and groups them when necessary indicating their confidence using different evidence categories. PAnalyzer can read protein identification files in the XML output format of the ProteinLynx Global Server (PLGS) software provided by Waters Corporation for their MSE data, and also in the mzIdentML format recently standardized by HUPO-PSI. Multiple files can also be read simultaneously and are considered as technical replicates. Results are saved to CSV, HTML and mzIdentML (in the case of a single mzIdentML input file) files. An MSE analysis of a real sample is presented to compare the results of PAnalyzer and ProteinLynx Global Server. Conclusions We present a software tool to deal with the ambiguities that arise in the protein inference process. Key contributions are support for MSE data analysis by ProteinLynx Global Server and technical replicates integration. PAnalyzer is an easy to use multiplatform and free software tool.

Design,optimization and in vivo evaluation of non-viral vectors for gene therapy. Applications in ocular disorders

227 págs.

Online exercise for the design and simulation of PCR and PCR-RFLP experiments

[EN] Background: Polymerase Chain Reaction (PCR) and Restriction Fragment Length Polymorphism of PCR products (PCR-RFLP) are extensively used molecular biology techniques. An exercise for the design and simulation of PCR and PCR-RFLP experiments will be a useful educational tool. Findings: An online PCR and PCR-RFLP exercise has been create that requires users to find the target genes,compare them, design primers, search for restriction endonucleases, and finally to simulate the experiment. Each user of the service is randomly assigned a gene from Escherichia coli; to complete the exercise, users must design an experiment capable of distinguishing among E. coli strains. By applying the experimental procedure to all completely sequenced E. coli, a basic understanding of strain comparison and clustering can also be acquired. Comparison of results obtained in different experiments is also very instructive. Conclusions: The exercise is freely available at http://insilico.ehu.es/edu.

Water quality assessment and characterisation of chlorophyll-a variability related to river discharges, within the southeastern Bay of Biscay : evaluation and development of chlorophyll-a algorithms for MODIS and MERIS imagery

222 p. : il.

Using the system dynamics paradigm in teaching and learning technological university subjets

2nd International Conference on Education and New Learning Technologies

Plataforma de investigación en el ámbito de la resucitación cardio-pulmonar basada en un maniquí de entrenamiento sensorizado

[ES]Hoy en día las muertes por parada cardiorrespiratoria superan en número a otras más mediáticas como aquellas que se producen por incendios o en accidentes de tráfico, y sin embargo su repercusión es mucho menor. Este hecho debe ser motivo de preocupación ya que, con una correcta formación de la población en materia de resucitación cardíaca, muchas de estas muertes podrían ser evitadas. Con el objetivo de reducir estas estadísticas han surgido multitud de estudios y proyectos de investigación consistentes en tratar de mejorar las herramientas disponibles tanto para personal sanitario como no sanitario. En este marco se encuadra el proyecto presentado en este documento, consistente en la sensorización de un maniquí de entrenamiento para episodios de parada cardiorrespiratoria, el cual ofrecerá la posibilidad de analizar con detalle el artifact o interferencia generada por el rescatador sobre el paciente en el momento de efectuar la maniobra de resucitación, así como la interferencia causada por el contacto electrodo-piel. Paralelamente podrá ser utilizado como mero instrumento de entrenamiento para posibles situaciones reales. El porqué de la utilización de este tipo de maniquíes reside principalmente en la imposibilidad de emplear personas debido a las posibles lesiones torácicas que pueden ocurrir por las compresiones realizadas. Finalmente debe citarse el hecho de que no es imprescindible tener conocimientos médicos para poder aplicar las técnicas básicas de resucitación cardíaca, acción que incrementa las posibilidades de supervivencia de un paciente de manera excepcional, ya que cada minuto que pasa desde la parada cardiorrespiratoria la probabilidad de supervivencia disminuye en un porcentaje significativamente elevado. Tomando como base lo descrito hasta ahora, en este documento se detalla la solución técnica de la sensorización de un maniquí genérico para la adquisición de las señales de fuerza de compresión, aceleración sufrida por el pecho en tres ejes ortogonales, profundidad de compresión, impedancia entre los dos electrodos colocados sobre el pecho del paciente y señal electrocardiográfica emitida por el corazón; además, se incluye la posibilidad de inyectar una señal electrocardiográfica previamente grabada. La base de registros obtenida de estos ensayos podrá ser utilizada posteriormente para su análisis, ya que su similitud con señales extraídas en un caso real es máxima.

Marketing Industrial: Diagnóstico de las Relaciones con Clientes y de las estrategias de marketing en mercados industriales

A lo largo de este trabajo, realizaremos un diagnóstico de las relaciones con clientes y de las estrategias de marketing en mercados industriales. Para ello, dividimos el trabajo en dos grandes partes y lo cerramos con unas conclusiones globales. La primera parte, el marco teórico, se ha elaborado tras la revisión crítica de la bibliografía referenciada al final del trabajo y el conocimiento adquirido en las sesiones magistrales de la asignatura Marketing Industrial de 4º curso del Grado en Marketing, impartida por la profesora Mª Soledad Aguirre, a las que asistí como oyente puesto que yo no soy alumno de dicho grado. En la segunda parte, el estudio empírico, realizamos un análisis de nueve empresas y organizaciones vascas (a excepción de una de ellas) que mantienen relaciones comerciales esencialmente del tipo Business to Business, que es lo que en la bibliografía que hemos trabajado se entiende por relaciones comerciales propias de Mercados Industriales. No se habla tanto de productos industriales como de clientes industriales o empresariales (relaciones empresa-empresa). Para ello, hemos utilizado como método de análisis y contraste el Método del Caso. Por último, concluimos el trabajo con la enumeración de las principales conclusiones extraídas de nuestra investigación y con la relación de la Bibliografía y Webgrafía consultada.

Social, economic, and health impact of the respiratory syncytial virus: a systematic search

Background: Bronchiolitis caused by the respiratory syncytial virus (RSV) and its related complications are common in infants born prematurely, with severe congenital heart disease, or bronchopulmonary dysplasia, as well as in immunosuppressed infants. There is a rich literature on the different aspects of RSV infection with a focus, for the most part, on specific risk populations. However, there is a need for a systematic global analysis of the impact of RSV infection in terms of use of resources and health impact on both children and adults. With this aim, we performed a systematic search of scientific evidence on the social, economic, and health impact of RSV infection. Methods: A systematic search of the following databases was performed: MEDLINE, EMBASE, Spanish Medical Index, MEDES-MEDicina in Spanish, Cochrane Plus Library, and Google without time limits. We selected 421 abstracts based on the 6,598 articles identified. From these abstracts, 4 RSV experts selected the most relevant articles. They selected 65 articles. After reading the full articles, 23 of their references were also selected. Finally, one more article found through a literature information alert system was included. Results: The information collected was summarized and organized into the following topics: 1. Impact on health (infections and respiratory complications, mid-to long-term lung function decline, recurrent wheezing, asthma, other complications such as otitis and rhino-conjunctivitis, and mortality; 2. Impact on resources (visits to primary care and specialists offices, emergency room visits, hospital admissions, ICU admissions, diagnostic tests, and treatments); 3. Impact on costs (direct and indirect costs); 4. Impact on quality of life; and 5. Strategies to reduce the impact (interventions on social and hygienic factors and prophylactic treatments). Conclusions: We concluded that 1. The health impact of RSV infection is relevant and goes beyond the acute episode phase; 2. The health impact of RSV infection on children is much better documented than the impact on adults; 3. Further research is needed on mid-and long-term impact of RSV infection on the adult population, especially those at high-risk; 4. There is a need for interventions aimed at reducing the impact of RSV infection by targeting health education, information, and prophylaxis in high-risk populations.

Leukemia-Associated Mutations in Nucleophosmin Alter Recognition by CRM1: Molecular Basis of Aberrant Transport

Nucleophosmin (NPM) is a nucleocytoplasmic shuttling protein, normally enriched in nucleoli, that performs several activities related to cell growth. NPM mutations are characteristic of a subtype of acute myeloid leukemia (AML), where mutant NPM seems to play an oncogenic role. AML-associated NPM mutants exhibit altered subcellular traffic, being aberrantly located in the cytoplasm of leukoblasts. Exacerbated export of AML variants of NPM is mediated by the nuclear export receptor CRM1, and due, in part, to a mutationally acquired novel nuclear export signal (NES). To gain insight on the molecular basis of NPM transport in physiological and pathological conditions, we have evaluated the export efficiency of NPM in cells, and present new data indicating that, in normal conditions, wild type NPM is weakly exported by CRM1. On the other hand, we have found that AML-associated NPM mutants efficiently form complexes with CRM1HA (a mutant CRM1 with higher affinity for NESs), and we have quantitatively analyzed CRM1HA interaction with the NES motifs of these mutants, using fluorescence anisotropy and isothermal titration calorimetry. We have observed that the affinity of CRM1HA for these NESs is similar, which may help to explain the transport properties of the mutants. We also describe NPM recognition by the import machinery. Our combined cellular and biophysical studies shed further light on the determinants of NPM traffic, and how it is dramatically altered by AML-related mutations.

Administratzaileen erantzunkizuna: akzio soziala/akzio indibiduala

[EU]Gradu Bukaerako Lan honek bi helburu nagusi ditu. Alde batetik, gure praktika profesionala ikertzea eta hobetzea. Bestetik, administratzaileen erantzukizunaren eremuan liskar egoerak sortzen dituzten egoerei eta zalantzei erantzuna ematea, nolabait, eremu honetan, ideiak argitu eta sendotzeko helburuarekin. Lanketa hori egiteko Graduan zehar barneratutako hainbat ezagutza eta zenbait adituren ezagutza teorikoen ekarpenak egiten dira lanean. Nagusiki, lau aspektu izango dira lan honen aztertze objektu. Horrela, lehen atal batean, erantzukizunaren ikuspegi orokorra landuko dugu. Behin, eremu hau azterturik, Legeak aurreikusten dituen akzioen aspektu garrantzitsuenetara joko dugu. Ondoren, modu labur batean bada ere, aipamen txiki bat egingo diogu konkurtso egoeran sortzen diren egoerei. Azkenik, urteetan zalantza egoera sortu duen gaiari erreparatuko diogu, hau da, preskripzioaren gaia. Proiektuak ondorioztatzen du, erantzukizunaren eremuan Legegileak jasotzen dituen aldaketek helburu dutela, arauketa osatuago bat eskaintzea.

Skate elektriko baten gauzatzea, hautabideak eta diseinua.

[EU]Lan honetan hutsetik hasita skate motorizatu baten diseinu bat egin da, Industria Teknologian Ingeniaritzako Graduan eskuratutako jakintzak erabiliz. Skatea gazteengan oso erabilia den garraiobide bat da aisia dela-eta, eta sinpletasuna eta ekonomia kontuan hartuta, aisia eta ingurugiroarekiko konpromisoa nahasten dira diseinu honekin. Lanak bide argi bat dauka: hasieran merkatuaren egoera aztertzen da, gero diseinu posible batzuk proposatu ahal izateko, eta hortik aukera bat jorratu ahal izateko. Hortaz, prozesua hasieratik hasita, egitura hau izango du lanak: Hasteko, skate motorizatuen merkatuko egoera zein den aztertzen da, ondoren eta helburuak zeintzuk diren kontutan izanda, diseinu posible batzuk proposatu ahal izateko, alternatiben analisien atalean ageri direnak. Proposamen horiek aztertu egiten dira, alde on eta txarrak desberdinduz eta horietako soluzio bat aukeratuz. Aukeratutako diseinuaren CAD modelo bat eraikitzen da, ondoren egoera fisikoa matematikoki modelizatzeko eta beharrezko kalkuluak egin ahal izateko, metodologia atalean eta eranskinetan ageri direnak, hala nola, azelerazio jakin bat lortzeko behar den potentzia, transmisioan beharrezkoak diren kalkuluak kokatu beharreko elementuak zeintzuk diren erabaki ahal izateko, etab. Bide honetan, jorraturiko diseinuaz gain beste diseinu optimizatu eta konplexuago bat proposatzen da, ikerketa bidea zabalik duena, enpresa mundura gehiago zuzendua. Azkenik, lana burutzeko bete behar izan diren ataza bakoitzaren deskribapena eta iraupena, aurrekontua eta gastu aitorpena, arriskuen analisia eta proiektu honetatik atera ditugun ondorioak ematen dira.

Interacción y programación de trayectorias de robot industrial tipo SCARA.

[ES]En el desarrollo de este Trabajo de Fin De Grado (TFG) en el curso 2014-2015 se ha trabajado con un robot de tipo SCARA, muy utilizado en la industria. El objetivo era analizar su cinemática y programar trayectorias que el robot pudiera realizar. En primer lugar se ha llevado a cabo un estudio del Estado del Arte, en el que se describe la robótica industrial y su desarrollo histórico hasta nuestros días, desarrollo que presenta un futuro prometedor. Además, se han descrito las particularidades que atañen al SCARA: sus características, su relevancia y su historia. En cuanto al robot, previamente se ha realizado un análisis cinemático del SCARA. Mediante métodos matriciales se han resuelto los problemas de posiciones y velocidades, para luego programarlas en MATLAB. Una vez comprendida su cinemática, se ha interactuado con él en el taller para poder entender su funcionamiento, sus componentes y su control. Después, con los conocimientos que se han adquirido, se han programado varias trayectorias usando el lenguaje del robot, el lenguaje V+, para finalmente ejecutar esos movimientos. El Trabajo se completa con la descripción de las tareas mediante un diagrama de Gantt, el presupuesto, la declaración de gastos y el análisis de riesgos.

Diseño y fabricación de un basculante para moto de competición.

[ES]El presente documento expone el trabajo realizado en el diseño y la fabricación de un basculante para una moto de competición el cual deberá cumplir unos requisitos técnicos, formando parte del conjunto de la moto y principalmente de la suspensión trasera, teniendo presente que dicho basculante corresponderá a una moto de competición, cuyo objetivo será el de medirse con otros prototipos en una carrera y no el de una moto de calle, en la cual las prestaciones buscadas no tienen porqué ser las mismas, también se buscará cumplir unos requisitos estéticos ya que dicho basculante ha de ser también atractivo visualmente. A su vez se expondrá el método de fabricación del mismo atendiendo a criterios económicos y de obtención de los requisitos que dicho basculante debe cumplir. El método de fabricación del basculante condicionará en gran parte su diseño. A lo largo del presente documento se expondrán también diferentes alternativas a la finalmente escogida, analizando las posibles ventajas y desventajas de las mismas y justificando así la solución escogida. Dicho trabajo se enmarca en el contexto de la competición internacional MotoStudent, que se celebra en el circuito de Aragón, en el cual cada dos años universidades de todo el mundo se miden en el desafío de diseñar y fabricar una moto de 250cc con la que se medirán con sus competidores en una serie de pruebas, entre ellas, una carrera en la que se pondrán a prueba la aplicación directa de los conocimientos y experiencia adquiridos a lo largo de la vida académica de los participantes.