Hardware paralelo reconfigurável para identificação de alinhamentos de sequências de DNA.

Amostras de DNA são encontradas em fragmentos, obtidos em vestígios de uma cena de crime, ou coletados de amostras de cabelo ou sangue, para testes genéticos ou de paternidade. Para identificar se esse fragmento pertence ou não a uma sequência de DNA, é necessário compará-los com uma sequência determinada, que pode estar armazenada em um banco de dados para, por exemplo, apontar um suspeito. Para tal, é preciso uma ferramenta eficiente para realizar o alinhamento da sequência de DNA encontrada com a armazenada no banco de dados. O alinhamento de sequências de DNA, em inglês DNA matching, é o campo da bioinformática que tenta entender a relação entre as sequências genéticas e suas relações funcionais e parentais. Essa tarefa é frequentemente realizada através de softwares que varrem clusters de base de dados, demandando alto poder computacional, o que encarece o custo de um projeto de alinhamento de sequências de DNA. Esta dissertação apresenta uma arquitetura de hardware paralela, para o algoritmo BLAST, que permite o alinhamento de um par de sequências de DNA. O algoritmo BLAST é um método heurístico e atualmente é o mais rápido. A estratégia do BLAST é dividir as sequências originais em subsequências menores de tamanho w. Após realizar as comparações nessas pequenas subsequências, as etapas do BLAST analisam apenas as subsequências que forem idênticas. Com isso, o algoritmo diminui o número de testes e combinações necessárias para realizar o alinhamento. Para cada sequência idêntica há três etapas, a serem realizadas pelo algoritmo: semeadura, extensão e avaliação. A solução proposta se inspira nas características do algoritmo para implementar um hardware totalmente paralelo e com pipeline entre as etapas básicas do BLAST. A arquitetura de hardware proposta foi implementada em FPGA e os resultados obtidos mostram a comparação entre área ocupada, número de ciclos e máxima frequência de operação permitida, em função dos parâmetros de alinhamento. O resultado é uma arquitetura de hardware em lógica reconfigurável, escalável, eficiente e de baixo custo, capaz de alinhar pares de sequências utilizando o algoritmo BLAST.

Efeitos de regimes de sobreclareamento associados a produtos clareadores caseiros sobre o conteúdo mineral e a rugosidade do esmalte dentário humano

O clareamento dental se tornou um dos tratamentos estéticos mais realizados nos consultórios odontológicos, devido à simplicidade técnica e popularização através da mídia. Consiste na utilização de géis à base de peróxido de carbamida, peróxido de hidrogénio e, em uma menor escala, de perborato de sódio, com intuito de oxidar moléculas responsáveis pela pigmentação da estrutura dentária. Apesar da grande quantidade de estudos sobre o tema, não se sabe os efeitos do uso excessivo desses agentes sobre a estrutura dentária. O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos sobre a rugosidade superficial e conteúdo mineral do esmalte dental humano submetido a regimes de sobreclareamento associados ao uso de géis clareadores caseiros: peróxido de carbamida 10% (Opalescence PF Regular 10%, Ultradent do Brasil Produtos Odontológicos Ltda., Indaiatuba, São Paulo), peróxido de hidrogênio 9,5% (DayWhite 9,5%, Discus, LLC Culver City, EUA), bem como tiras clareadoras (Oral-B WhiteStrips, Anderson Packaging, Rockford, Estados Unidos). Quatro fragmentos de esmalte obtidos a partir de cinco dentes foram submetidos a um diferente tratamento: Grupo I - armazenamento em saliva artificial por oito semanas; Grupo 2 oito semanas de tratamento com gel de peróxido de carbamida 10% por 6 horas diárias; Grupo 3 oito semanas de tratamento com gel de peróxido de hidrogênio 9,5% com duas aplicações diárias de 30 minutos; Grupo 4 oito semanas de tratamento com tiras clareadoras duas aplicações diárias de 30 minutos. A alteração no conteúdo mineral foi avaliada semanalmente em seis pontos de cada fragmento devidamente identificados através de um sistema de coordenadas (X, Y e Z) utilizando-se a técnica de fluorescência de raios X (Artax 200). Alterações na rugosidade superficial das amostras também foram avaliadas através de um rugosímetro 3D (FormTalysurf 60, Taylor Leicester, Reino Unido). Apenas o grupo 3 apresentou diferenças estatísticas significativas com relação aos níveis de rugosidade (p<0,05), porém não consideradas como clinicamente significativos. Para os demais tratamentos e intervalos propostos, não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas (p>0,05). Desse modo, não houve alterações compatíveis com um processo de desmineralização ou aumento real da rugosidade da superfície. Nas condições desse estudo in vitro os géis clareadores caseiros foram considerados seguros. São necessários novos estudos in situ e in vitro que analisem os efeitos de regimes de sobreclareamento quando em condições de somatório de desafios intra-orais.

Reverberações da Lei n 8.213/91 à luz das concepções de deficiência: estudo de caso sobre o programa de sensibilização gerencial em uma organização privada de ensino profissionalizante

Com base nos rebatimentos da Lei n 8.213/1991, que prevê a obrigatoriedade legal de empresas privadas brasileiras contratarem de 2% a 5% de beneficiários da Previdência Social reabilitados ou de pessoas com deficiência (PcDs) habilitadas em seus quadros funcionais, o objetivo da presente pesquisa foi avaliar as repercussões da Lei de Cotas, tendo como referência as concepções de deficiência preponderantes dentro de uma organização privada de ensino profissionalizante por meio do seu Projeto de Sensibilização Gerencial. O projeto de sensibilização gerencial objetivou consolidar as etapas iniciais, na implementação de um programa institucional de valorização da diversidade. A hipótese principal formulada para a pesquisa, dentre outras relativas às concepções de deficiência, por parte de gestores, é que as reverberações positivas produzidas pela Lei de Cotas atingem, inclusive, as organizações empresariais supostamente distanciadas do movimento inclusionista. Para fins de avaliação das concepções de deficiência foram utilizados delineamentos de pesquisa estatística, compreendendo o teste de Shapiro-Wilk para determinar se as respostas às perguntas configuravam ou não uma distribuição normal, além do Coeficiente de Correlação de Pearson para medir a intensidade da relação linear entre as variáveis estudadas. Serviram como instrumentos da pesquisa um questionário sociodemográfico e um inventário de concepções de deficiência (ICD), sendo este direcionado para o objeto atitudinal, considerando-se as percepções sociais favoráveis e desfavoráveis no grupo pesquisado. Esse inventário de concepções de deficiência é composto de sete blocos de asserções e de uma escala do tipo Likert de seis pontos, que foi aplicada em um universo que contempla estrategicamente 60 participantes selecionados em três (3) grupos (Grupo piloto 1 envolvendo 30 participantes das áreas do Comitê Gestor do projeto na empresa; Grupo piloto 2 envolvendo 12 trainees; e Grupo Gerencial envolvendo 18 participantes, incluindo Gerentes de Área e Gerentes de Equipe da Superintendência de Produtos Educacionais). De posse dos resultados da avaliação das concepções de deficiência pelo ICD, foram realizados workshops de sensibilização com os participantes com o objetivo de sensibilizá-los e disseminar o conhecimento sobre inclusão social e laboral de PcDs, as ações de políticas públicas na atualidade, a natureza das deficiências, considerando-se os aspectos sociais da profissionalização, empregabilidade de pessoas com deficiência na empresa. Para tanto, foram empregadas técnicas e procedimentos lúdicos, além de debates para fins de reflexão crítica por parte dos participantes. A avaliação de reação foi conduzida ao término desses workshops. O conjunto dos dados levantados até então possibilitou proceder-se a um diagnóstico das concepções que prevalecem sobre PcDs na organização alvo da pesquisa. Os resultados evidenciaram a coexistência de concepções distintas da deficiência, indicando que, embora concepções negativas se perpetuem, as reverberações da Lei de Cotas têm apresentado também repercussões visivelmente positivas valorizando, assim, as ações corporativas apontadas para a diversidade humana, no contexto do trabalho. Em termos conclusivos, considera-se, no entanto, que o processo de inclusão laboral deva ser percebido por parte dos gestores como contínuo e em direção à mudança do comportamento humano nas organizações frente à profissionalização de PcDs. Posteriormente, tendo-se como suporte os resultados da presente pesquisa, um plano de ação institucional será implementado, como proposta de um programa balizado em 10 projetos sintéticos que servirão de modelo para empresas brasileiras interessadas em incluir a diversidade e reter talentos com deficiência em seus postos de trabalho, de modo a garantir-lhes o direito de exercício pleno da cidadania.

Diversidade de morcegos (Mammalia, Chiroptera) em um mosaico de paisagens na Reserva Ecológica de Guapiaçu, RJ, Sudeste do Brasil

A Mata Atlântica brasileira é um dos biomas mais ameaçados do planeta e abriga uma das maiores biodiversidades conhecidas dentre os ecossistemas terrestres. Este bioma apresenta uma mastofauna diversificada e em algumas áreas as taxocenoses de morcegos podem representar mais da metade de toda a riqueza local de mamíferos. Diante da variedade de hábitos alimentares, suas interações ecológicas e abundância na Mata Atlântica fluminense, a análise da comunidade de morcegos torna-se crucial para subsidiar planos de manejo. Apesar do Rio de Janeiro ser um dos estados mais bem amostrados para morcegos, muitos locais ainda não foram amostrados satisfatoriamente e ainda sabemos pouco sobre a dinâmica das comunidades de morcegos em paisagens fragmentadas. De maio de 2011 a julho de 2014, realizamos 72 noites de amostragens em seis diferentes usos de solo numa paisagem fragmentada na Reserva Ecológica de Guapiaçu, município de Cachoeiras de Macacu, região metropolitana do estado do Rio de Janeiro, Sudeste do Brasil. Utilizamos 10 redes de neblina de 9 x 3m, abertas durante toda a noite (média de 12 horas por noite), totalizando um esforço de captura de 233280 m.h. Esta dissertação está dividida em dois capítulos. No primeiro, baseando-se nos dados obtidos e na literatura, sugerimos algumas diretrizes para o desenho amostral de inventários de morcegos, apresentando a importância de cada diretriz para maximizar o sucesso na amostragem de morcegos na Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. No segundo capítulo, investigamos as diferenças na riqueza de espécies, abundância e guildas tróficas entre os seis usos de solo amostrados e discuto a distribuição das espécies entre elas. Nós capturamos 1821 morcegos distribuídos em três famílias: Phyllostomidae (25 espécies), Molossidae (3 espécies) e Vespertilionidae (6 espécies). Outras duas espécies de duas famílias, Noctilionidae e Thyropteridae, foram registradas por observações diretas (sem capturas), totalizando 36 espécies de morcegos para a Reserva Ecológica de Guapiaçu. Os morcegos frugívoros representaram 82,7% das capturas. As maiores riquezas de espécies foram registradas na área antropizada (22 espécies) e borda de floresta contínua (21 espécies) enquanto as menores foram na floresta contínua (13 espécies) e no fragmento pequeno (10 espécies). A mesma tendência foi encontrada para as guildas tróficas. Sete guildas foram registradas na área antropizada e na borda de floresta, enquanto apenas cinco na floresta contínua e três no fragmento pequeno. O escalonamento multidimensional não-métrico (NMDS) e análise de Cluster, ambos com a dissimilaridade de Bray-Curtis, mostraram a separação dos usos de solo em grupos distintos dependendo do grau de alteração dos mesmos.

MAS Ontology: uma ontologia de métodos orientados a agentes

A modelagem orientada a agentes surge como paradigma no desenvolvimento de software, haja vista a quantidade de iniciativas e estudos que remetem à utilização de agentes de software como solução para tratar de problemas mais complexos. Apesar da popularidade de utilização de agentes, especialistas esbarram na falta de universalidade de uma metodologia para construção dos Sistemas Multiagentes (MAS), pois estas acabam pecando pelo excesso ou falta de soluções para modelar o problema. Esta dissertação propõe o uso de uma Ontologia sobre Metodologias Multiagentes, seguindo os princípios da Engenharia de Métodos Situacionais que se propõe a usar fragmentos de métodos para construção de metodologias baseados na especificidade do projeto em desenvolvimento. O objetivo do estudo é sedimentar o conhecimento na área de Metodologias Multiagentes, auxiliando o engenheiro de software a escolher a melhor metodologia ou o melhor fragmento de metodologia capaz de modelar um Sistema Multiagentes.

Estudo de polimorfismos nos genes TP53 e p21(WAF1) e do perfil imunohistoquímico das proteínas p53, p21(WAF1), p16(INK4a) e ciclina D1 pela técnica de Tissue Microarray (TMA) e sua importância para o desenvolvimento e/ou severidade das neoplasias cervicais

O câncer de colo do útero é o terceiro tipo de câncer mais frequente em mulheres no mundo, e a infecção persistente pelo papilomavirus humano (HPV) oncogênico é condição necessária, mas não suficiente para seu desenvolvimento. As oncoproteínas virais E6 e E7 interferem direta ou indiretamente na ação de várias proteínas celulares. Entretanto, as variantes proteicas, resultantes de polimorfismos genéticos, podem apresentar comportamento distinto mediante a infecção pelo HPV. O objetivo deste estudo foi avaliar possíveis associações entre polimorfismos nos genes TP53 (p53 PIN3, p53 72C>G) e p21 (p21 31C>A) e o desenvolvimento de neoplasias cervicais, considerando os níveis de expressão das proteínas p53, p21, p16 e ciclina D1, e fatores de risco clássicos para o câncer cervical. Foram selecionadas 466 mulheres residentes no Rio de Janeiro, 281 com diagnóstico histopatológico de neoplasia cervical de baixo (LSIL) e alto grau (HSIL) e câncer (grupo de casos) e 185 sem história atual ou pregressa de alteração citológica do colo uterino (grupo controle). A técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia da polimerase - polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição), foi empregada na análise dos polimorfismos p53 72C>G e p21 31C>A, usando as enzimas de restrição BstUI e BsmaI, respectivamente. A avaliação do polimorfismo p53 PIN3 (duplicação de 16 pb) foi feita por meio da análise eletroforética direta dos produtos de PCR. A expressão das proteínas p53, p21, p16, ciclina D1 e Ki-67 e a pesquisa de anticorpos anti-HPV 16 e HPV pool foram avaliadas por imunohistoquímica (Tissue Microarray - TMA) em 196 biópsias do grupo de casos. O grupo controle se mostrou em equilíbrio de Hardy-Weinberg em relação aos três polimorfismos avaliados. As distribuições genotípicas e alélicas relativas a p53 PIN3 e p53 72C>G nos grupos controles e de casos não apresentaram diferenças significativas, embora o genótipo p53 72CC tenha aumentado o risco atribuído ao uso de contraceptivos das pacientes apresentarem lesões mais severas (OR=4,33; IC 95%=1,19-15,83). O genótipo p21 31CA(Ser/Arg) conferiu proteção ao desenvolvimento de HSIL ou câncer (OR=0,61, IC 95%=0,39-0,97), e modificou o efeito de fatores de risco associados à severidade das lesões. A interação multiplicativa de alelos mostrou que a combinação p53 PIN3A1, p53 72C(Pro) e p21 31C(Ser), representou risco (OR=1,67, IC95%=1,03-2,72) e a combinação p53 PIN3A1, p53 72C(Pro) e p21 31A(Arg) conferiu efeito protetor (OR=0,26, IC95%=0,08-0,78) para o desenvolvimento de HSIL e câncer cervical. Observou-se correlação positiva da expressão de p16 e p21 e negativa da ciclina D1 com o grau da lesão. A distribuição epitelial de p16, Ki-67, p21 e p53 se mostrou associada à severidade da lesão. Os polimorfismos analisados não apresentaram associação com a expressão dos biomarcadores ou positividade para HPV. Nossos resultados sugerem a importância do polimorfismo p21 31C>A para o desenvolvimento das neoplasias cervicais e ausência de correlação dos polimorfismos p53 PIN3 e p53 72C>G com a carcinogênese cervical, embora alguns genótipos tenham se comportado como modificadores de risco. Nossos resultados de TMA corroboram o potencial de uso de biomarcadores do ciclo celular para diferenciar as lesões precursoras do câncer cervical.

Avaliação da influência do manejo agrícola no uso e cobertura das terras através de ferramentas de geoprocessamento e indicadores de qualidade dos solos na bacia hidrográfica do Córrego da Caçada - Paraty/RJ

A avaliação da qualidade dos solos e a redução da Mata Atlântica tem sido alvo de diversas pesquisas no Brasil e no mundo, principalmente quando estes estão atrelados ao recorte espacial de Unidades de Conservação. No entanto, tem sido difícil para os gestores dessas unidades a avaliação dos impactos ambientais gerados ao longo dos anos nas bacias hidrográficas, principalmente pela falta de investimentos. Esta dissertação teve por objetivo geral avaliar o atual estágio de degradação da bacia hidrográfica do Córrego da Caçada pertencente à Área de Proteção Ambiental Federal de Cairuçu, no município de Paraty RJ, analisando quantitativamente e qualitativamente a redução dos fragmentos de Mata Atlântica e estabelecendo relações com a degradação física e química dos solos dentro e fora dos fragmentos florestais. A metodologia utilizada para a redução ou avanço dos fragmentos de Mata Atlântica baseou-se no uso de fotografias aéreas do ano de 1956 e imagens de satélite de 2012, onde possibilitou a avaliação espaço-temporal do uso e cobertura das terras, através da produção de um mapa temático final. Além disso, foram elaborados mapas temáticos de reconhecimento da área de estudo, como o de hipsometria, de declividade, de orientação e forma das encostas, além da geração de perfis topográficos. Para a avaliação da qualidade física, química e biológica dos solos foram determinadas as curvas de distribuição granulométrica, a densidade relativa dos grãos sólidos e a densidade aparente, porosidade total, os limites de liquidez e plasticidade, a estabilidade dos agregados em água, análises morfológicas, a saturação de bases, a capacidade de troca catiônica (CTC), a saturação por alumínio, fósforo, pH e o carbono orgânico. Para tal, foi realizada a abertura de três perfis, sendo um em área de fragmento florestal e dois em áreas de pasto. O resultado das análises permitiu, segundo a Sociedade Brasileira de Ciência do solo, a classificação de dois tipos de solos na bacia, sendo: Cambissolo Háplico Tb Distrófico Típico em área fragmento florestal e em área de pasto, e um Latossolo Amarelo Tb Distrófico Típico em área de pasto. Os resultados de laboratório mostraram que os solos avaliados têm baixa fertilidade e valores variados nos resultados de física do solo. No entanto, além do histórico de uso do solo caracterizado pelas práticas rudimentares do manejo empregado pelos Caiçaras, o clima predominante na região possibilita um regime pluviométrico anual que passa dos 2.000mm de chuva/ano, caracterizando solos muito lixiviados e pobres quimicamente. Portanto, conclui-se que a relação das propriedades físicas e químicas avaliadas junto ao manejo inadequado ao longo dos anos tem apresentado um cenário de grandes dificuldades para a recuperação florestal na bacia hidrográfica do Córrego da Caçada, o que mostra a importância da avaliação dos impactos ambientais não só pelo recorte de bacias hidrográficas, como contextualizar seu posicionamento dentro de Unidades de Conservação, com legislações e objetivos específicos.