Patient-based Literature Retrieval and Integration: A Use Case for Diabetes and arterial Hypertension

Specialized search engines such as PubMed, MedScape or Cochrane have increased dramatically the visibility of biomedical scientific results. These web-based tools allow physicians to access scientific papers instantly. However, this decisive improvement had not a proportional impact in clinical practice due to the lack of advanced search methods. Even queries highly specified for a concrete pathology frequently retrieve too many information, with publications related to patients treated by the physician beyond the scope of the results examined. In this work we present a new method to improve scientific article search using patient information. Two pathologies have been used within the project to retrieve relevant literature to patient data and to be integrated with other sources. Promising results suggest the suitability of the approach, highlighting publications dealing with patient features and facilitating literature search to physicians.

A New Method to Retrieve, Cluster And Annotate Clinical Literature Related To Electronic Health Records

The access to medical literature collections such as PubMed, MedScape or Cochrane has been increased notably in the last years by the web-based tools that provide instant access to the information. However, more sophisticated methodologies are needed to exploit efficiently all that information. The lack of advanced search methods in clinical domain produce that even using well-defined questions for a particular disease, clinicians receive too many results. Since no information analysis is applied afterwards, some relevant results which are not presented in the top of the resultant collection could be ignored by the expert causing an important loose of information. In this work we present a new method to improve scientific article search using patient information for query generation. Using federated search strategy, it is able to simultaneously search in different resources and present a unique relevant literature collection. And applying NLP techniques it presents semantically similar publications together, facilitating the identification of relevant information to clinicians. This method aims to be the foundation of a collaborative environment for sharing clinical knowledge related to patients and scientific publications.

Using Open Geographic Data to Generate Natural Language Descriptions for Hydrological Sensor Networks

Providing descriptions of isolated sensors and sensor networks in natural language, understandable by the general public, is useful to help users find relevant sensors and analyze sensor data. In this paper, we discuss the feasibility of using geographic knowledge from public databases available on the Web (such as OpenStreetMap, Geonames, or DBpedia) to automatically construct such descriptions. We present a general method that uses such information to generate sensor descriptions in natural language. The results of the evaluation of our method in a hydrologic national sensor network showed that this approach is feasible and capable of generating adequate sensor descriptions with a lower development effort compared to other approaches. In the paper we also analyze certain problems that we found in public databases (e.g., heterogeneity, non-standard use of labels, or rigid search methods) and their impact in the generation of sensor descriptions.

Estudio de las formas de aplicación de la fotografía sobre los materiales pétreos para la arquitectura = Study of photography application methods over architectural stony materials

Desde que el Hombre era morador de las cavernas ha sido manifiesto su deseo innato por grabar y reproducir "instantáneas con las que perpetuarse o sobre las que mirarse ". La aparición y desarrollo de la fotografía como medio para poder captar y fijar "la imagen directa de la realidad circundante " pronto se convierte en un nuevo lenguaje estético y poético que permite al artista la interpretación y reflexión de lo observado. Se imprime a la imagen el carácter de la mirada del fotógrafo, estableciendo un diálogo conceptual con el juego de luces. La presente Tesis plantea la creación de una nueva piel de arquitectura mediante la impresión fotográfica sobre materiales pétreos. La búsqueda de la expresividad de los materiales como soporte de expresión artística implica un cambio de escala al trasladar la instantánea fotográfica a la arquitectura y la aplicación de un nuevo soporte al imprimir la fotografía sobre materiales arquitectónicos. Se justifica la elección del dispositivo láser CO2 como sistema de impresión fotográfica sobre los materiales pétreos arquitectónicos, como la técnica que permite la unión física de la imagen y el proyecto arquitectónico, generando un valor añadido a través del arte de la fotografía. Se justifica la elección de los materiales investigados, Silestone® Blanco Zeus y GRC® con TX Active® Aria, de forma que la investigación de esta nueva piel de arquitectura abarca tanto la envolvente del edificio como su volumen interior, permitiendo cerrar el círculo arquitectónico "in&out" y dota al proyecto arquitectónico de un valor añadido al introducir conceptos sostenibles de carácter estético y medioambiental. Se realiza una consulta a las empresas del sector arquitectónico relacionadas directamente con la producción y distribución de los materiales Silestone® y GRC®, así como a las empresas especializadas en sistemas de impresión fotográfica sobre materiales, acerca del estado del arte. Se recorre la Historia de la fotografía desde sus orígenes hasta el desarrollo de la era digital y se analiza su condición artística. Se recopilan los sistemas de impresión fotográfica que han evolucionado en paralelo con los dispositivos de captura de la instantánea fotográfica y se describe en profundidad el sistema de impresión fotográfica mediante dispositivo láser CO2. Se describen los procesos de fabricación, las características técnicas, cualidades y aplicaciones de los materiales pétreos arquitectónicos Silestone® Blanco Zeus y GRC® con TX Active® Aria. Se explica la técnica utilizada para la captación de la imagen fotográfica, su justificación artística y su proceso de impresión mediante dispositivo láser CO2 bajo diferentes parámetros sobre muestras de los materiales arquitectónicos investigados. Se comprueba la viabilidad de desarrollo de la nueva piel de arquitectura sobre Silestone® Blanco Zeus y GRC® con TX Active® Aria sometiendo a las piezas impresas bajo diferentes parámetros a tres ensayos de laboratorio. En cada uno de ellos se concreta el objetivo y procedimiento del ensayo, la enumeración de las muestras ensayadas y los parámetros bajo los que han sido impresas, el análisis de los resultados del ensayo y las conclusiones del ensayo. Ensayo de amplitud térmica. Se determina el grado de afectación de las imágenes impresas bajo la acción de contrastes térmicos. Series de muestras de Silestone® Blanco Zeus y GRC® con TX Active® Aria impresas con láser CO2 se someten a ciclos de contraste frío-calor de 12 horas de duración para una amplitud térmica total de 102°C. Se realiza una toma sistemática de fotografías microscópicas con lupa de aumento de cada pieza antes y después de los ciclos frío-calor y la observación de las transformaciones que experimentan los materiales bajo la acción del láser CO2. Ensayo de exposición a la acción de la radiación ultravioleta (UV). Se determina el grado de afectación de las imágenes impresas al activar la capacidad autolimpiante de partículas orgánicas. Una serie de muestras de GRC® con TX Active® Aria impresa con láser CO2 se someten a ciclos de exposición de radiación ultravioleta de 26 horas de duración. Se somete la serie a un procedimiento de activación del aditivo TX Active®. Se simula la contaminación orgánica mediante la aplicación controlada de Rodamina B, tinte orgánico, y se simula la radiación UV mediante el empleo de una bombilla de emisión de rayos ultravioleta. Se realiza una toma sistemática de fotografías macroscópicas de la serie de muestras ensayadas: antes de aplicación de la Rodamina B, momento 00:00h, momento 04:00h y momento 26:00h del ensayo. Se procede a la descarga y análisis del histograma de las fotografías como registro de la actividad fotocatalítica. Ensayo de la capacidad autodescontaminante del GRC® con TX Active® impreso con láser CO2. Se comprueba si la capacidad autodescontaminante del GRC® con TX Active® se ve alterada como consecuencia de la impresión de la imagen fotográfica impresa con láser CO2. Serie de muestras de GRC® con TX Active® Aria impresa con láser CO2 se someten a test de capacidad autodescontaminante: atmósfera controlada y contaminada con óxidos de nitrógeno en los que se coloca cada pieza ensayada bajo la acción de una lámpara de emisión de radiación ultravioleta (UV). Se registra la actividad fotocatalítica en base a la variación de concentración de óxido de nitrógeno. Se recopila el análisis e interpretación de los resultados de los ensayos de laboratorio y se elaboran las conclusiones generales de la investigación. Se sintetizan las futuras líneas de investigación que, a partir de las investigaciones realizadas y de sus conclusiones generales, podrían desarrollarse en el ámbito de la impresión fotográfica sobre materiales arquitectónicos. Se describe el rendimiento tecnológico y artístico generado por las investigaciones previas que han dado origen y desarrollo a la Tesis Doctoral. ABSTRACT Since ancient time, humanity has been driven by an innate wish to reproduce and engrave "snapshots that could help to perpetúate or to look at one self". Photography's birth and its development as a mean to capture and fix "the direct image of the surrounding reality" quickly becomes a new aesthetical and poetical language allowing the artist to interpret and think over what has been observed. The photographer's eye is imprinted onto the image, and so the conceptual dialogue between the artist and the light beams begins. The current thesis suggests the creation of a new architectural skin through photography imprinting over stony materials. The search for material's expressiveness as a medium of artistic expression involves a change of scale as it transfers photographic snapshot into architecture and the use of a new photographic printing support over architectural materials. CO2 laser is the chosen printing system for this technique as it allows the physical union of the image and the architectonic project, generating an added value through the art of photography. The researched materials selected were Silestone®, Blanco Zeus and GRC® with TX Active® Aria. This new architectural skin contains the building surrounding as well as its interior volume, closing the architectonic "in & out" circle and adding a value to the project by introducing aesthetical and environmental sustainable concepts. Architecture companies related to the production and distribution of materials like Silestone® and GRC®, as well as companies specialized in photography printing over materials were consulted to obtain a State of the Art. A thorough analysis of photography's History from its origins to the digital era development was made and its artistic condition was studied in this thesis. In this study the author also makes a compilation of several photographic printing systems that evolved together with photographic snapshot devices. The CO2 laser-based photographic printing system is also described in depth. Regarding stony materials of architecture like Silestone®, Blanco Zeus and GRC® with TX Active® Aria, the present study also describes their manufacture processes as well as technical features, quality and application. There is also an explanation about the technique to capture the photographic image, its artistic justification and its CO2 laser-based printing system over the researched materials under different parameters. We also tested the feasibility of this new architectural skin over Silestone® Blanco Zeus and GRC® with TX Active® Aria. The pieces were tested under different parameters in three laboratory trials. Each trial comprises of an explanation of its objective and its process, the samples were numbered and the printing parameters were specified. Finally, with the analysis of the results some conclusions were drawn. In the thermal amplitude trial we tried to determine how printed images were affected as a result of the action of thermal contrasts. Series of samples of Silestone® Blanco Zeus and GRC® with TX Active® Aria printed with CO2 laser were subjected to several 12h warm-cold cycles for thermal total amplitude of 102oc. Each sample was captured systematically with microscopic enhanced lenses before and after cold-warm cycles. The changes experienced by these materials under the effect of CO2 laser were observed and recorded. Trial regarding the Ultraviolet Radiation (UR) effect on images. We determined to which extent printed images were affected once the self-cleaning organic particles were activated. This time GRC® with TX Active® Aria samples printed with CO2 laser were exposed to a 26h UR cycle. The samples were subjected to the activation of TX Active® additive. Through the controlled application of Rodamine B and organic dye we were able to simulate the organic contamination process. UR was simulated using an ultraviolet beam emission bulb. A systematic capture of macroscopic pictures of the tested sample series was performed at different time points: before Rodamine B application, at moment 00:00h, moment 04:00h and moment 26:00h of the trial. Picture's histogram was downloaded and analyzed as a log of photocatalytic activity. Trial regarding the self-decontaminating ability of GRC® with TX Active® printed with CO2 laser. We tested if this self-decontaminating ability is altered as a result of CO2 laser printed image. GRC® with TX Active® Aria samples printed with CO2 laser, were subject to self-decontaminating ability tests with controlled and nitrogen oxide contaminated atmosphere. Each piece was put under the action of an UR emission lamp. Photocatalytic activity was recorded according to the variation in nitrogen oxide concentration. The results of the trial and their interpretation as well as the general conclusions of the research are also compiled in the present study. Study conclusions enable to draw future research lines of potential applications of photographic printing over architecture materials. Previous research generated an artistic and technological outcome that led to the development of this doctoral thesis.

Computational methods to create and analyze a digital gene expression atlas of embryo development from microscopy images

Abstract The creation of atlases, or digital models where information from different subjects can be combined, is a field of increasing interest in biomedical imaging. When a single image does not contain enough information to appropriately describe the organism under study, it is then necessary to acquire images of several individuals, each of them containing complementary data with respect to the rest of the components in the cohort. This approach allows creating digital prototypes, ranging from anatomical atlases of human patients and organs, obtained for instance from Magnetic Resonance Imaging, to gene expression cartographies of embryo development, typically achieved from Light Microscopy. Within such context, in this PhD Thesis we propose, develop and validate new dedicated image processing methodologies that, based on image registration techniques, bring information from multiple individuals into alignment within a single digital atlas model. We also elaborate a dedicated software visualization platform to explore the resulting wealth of multi-dimensional data and novel analysis algo-rithms to automatically mine the generated resource in search of bio¬logical insights. In particular, this work focuses on gene expression data from developing zebrafish embryos imaged at the cellular resolution level with Two-Photon Laser Scanning Microscopy. Disposing of quantitative measurements relating multiple gene expressions to cell position and their evolution in time is a fundamental prerequisite to understand embryogenesis multi-scale processes. However, the number of gene expressions that can be simultaneously stained in one acquisition is limited due to optical and labeling constraints. These limitations motivate the implementation of atlasing strategies that can recreate a virtual gene expression multiplex. The developed computational tools have been tested in two different scenarios. The first one is the early zebrafish embryogenesis where the resulting atlas constitutes a link between the phenotype and the genotype at the cellular level. The second one is the late zebrafish brain where the resulting atlas allows studies relating gene expression to brain regionalization and neurogenesis. The proposed computational frameworks have been adapted to the requirements of both scenarios, such as the integration of partial views of the embryo into a whole embryo model with cellular resolution or the registration of anatom¬ical traits with deformable transformation models non-dependent on any specific labeling. The software implementation of the atlas generation tool (Match-IT) and the visualization platform (Atlas-IT) together with the gene expression atlas resources developed in this Thesis are to be made freely available to the scientific community. Lastly, a novel proof-of-concept experiment integrates for the first time 3D gene expression atlas resources with cell lineages extracted from live embryos, opening up the door to correlate genetic and cellular spatio-temporal dynamics. La creación de atlas, o modelos digitales, donde la información de distintos sujetos puede ser combinada, es un campo de creciente interés en imagen biomédica. Cuando una sola imagen no contiene suficientes datos como para describir apropiadamente el organismo objeto de estudio, se hace necesario adquirir imágenes de varios individuos, cada una de las cuales contiene información complementaria respecto al resto de componentes del grupo. De este modo, es posible crear prototipos digitales, que pueden ir desde atlas anatómicos de órganos y pacientes humanos, adquiridos por ejemplo mediante Resonancia Magnética, hasta cartografías de la expresión genética del desarrollo de embrionario, típicamente adquiridas mediante Microscopía Optica. Dentro de este contexto, en esta Tesis Doctoral se introducen, desarrollan y validan nuevos métodos de procesado de imagen que, basándose en técnicas de registro de imagen, son capaces de alinear imágenes y datos provenientes de múltiples individuos en un solo atlas digital. Además, se ha elaborado una plataforma de visualization específicamente diseñada para explorar la gran cantidad de datos, caracterizados por su multi-dimensionalidad, que resulta de estos métodos. Asimismo, se han propuesto novedosos algoritmos de análisis y minería de datos que permiten inspeccionar automáticamente los atlas generados en busca de conclusiones biológicas significativas. En particular, este trabajo se centra en datos de expresión genética del desarrollo embrionario del pez cebra, adquiridos mediante Microscopía dos fotones con resolución celular. Disponer de medidas cuantitativas que relacionen estas expresiones genéticas con las posiciones celulares y su evolución en el tiempo es un prerrequisito fundamental para comprender los procesos multi-escala característicos de la morfogénesis. Sin embargo, el número de expresiones genéticos que pueden ser simultáneamente etiquetados en una sola adquisición es reducido debido a limitaciones tanto ópticas como del etiquetado. Estas limitaciones requieren la implementación de estrategias de creación de atlas que puedan recrear un multiplexado virtual de expresiones genéticas. Las herramientas computacionales desarrolladas han sido validadas en dos escenarios distintos. El primer escenario es el desarrollo embrionario temprano del pez cebra, donde el atlas resultante permite constituir un vínculo, a nivel celular, entre el fenotipo y el genotipo de este organismo modelo. El segundo escenario corresponde a estadios tardíos del desarrollo del cerebro del pez cebra, donde el atlas resultante permite relacionar expresiones genéticas con la regionalización del cerebro y la formación de neuronas. La plataforma computacional desarrollada ha sido adaptada a los requisitos y retos planteados en ambos escenarios, como la integración, a resolución celular, de vistas parciales dentro de un modelo consistente en un embrión completo, o el alineamiento entre estructuras de referencia anatómica equivalentes, logrado mediante el uso de modelos de transformación deformables que no requieren ningún marcador específico. Está previsto poner a disposición de la comunidad científica tanto la herramienta de generación de atlas (Match-IT), como su plataforma de visualización (Atlas-IT), así como las bases de datos de expresión genética creadas a partir de estas herramientas. Por último, dentro de la presente Tesis Doctoral, se ha incluido una prueba conceptual innovadora que permite integrar los mencionados atlas de expresión genética tridimensionales dentro del linaje celular extraído de una adquisición in vivo de un embrión. Esta prueba conceptual abre la puerta a la posibilidad de correlar, por primera vez, las dinámicas espacio-temporales de genes y células.

Spatial sampling methods for improved communication for wireless relay robots

Having reliable wireless communication in a network of mobile robots is an ongoing challenge, especially when the mobile robots are given tasks in hostile or harmful environments such as radiation environments in scientific facilities, tunnels with large metallic components and complicated geometries as found at CERN. In this paper, we propose a decentralised method for improving the wireless network throughput by optimizing the wireless relay robot position to receive the best wireless signal strength using implicit spatial diversity concepts and gradient-search algorithms. We experimentally demonstrate the effectiveness of the proposed solutions with a KUKA Youbot omni-directional mobile robot. The performance of the algorithms is compared under various scenarios in an underground scientific facility at CERN.

Desing and development of a robotic platform for the evaluation of search algorithms

Plant diseases represent a major economic and environmental problem in agriculture and forestry. Upon infection, a plant develops symptoms that affect different parts of the plant causing a significant agronomic impact. As many such diseases spread in time over the whole crop, a system for early disease detection can aid to mitigate the losses produced by the plant diseases and can further prevent their spread [1]. In recent years, several mathematical algorithms of search have been proposed [2,3] that could be used as a non-invasive, fast, reliable and cost-effective methods to localize in space infectious focus by detecting changes in the profile of volatile organic compounds. Tracking scents and locating odor sources is a major challenge in robotics, on one hand because odour plumes consists of non-uniform intermittent odour patches dispersed by the wind and on the other hand because of the lack of precise and reliable odour sensors. Notwithstanding, we have develop a simple robotic platform to study the robustness and effectiveness of different search algorithms [4], with respect to specific problems to be found in their further application in agriculture, namely errors committed in the motion and sensing and to the existence of spatial constraints due to land topology or the presence of obstacles.

Object tracking using direct methods in RGB-D cameras

En esta tesis se presenta un análisis en profundidad de cómo se deben utilizar dos tipos de métodos directos, Lucas-Kanade e Inverse Compositional, en imágenes RGB-D y se analiza la capacidad y precisión de los mismos en una serie de experimentos sintéticos. Estos simulan imágenes RGB, imágenes de profundidad (D) e imágenes RGB-D para comprobar cómo se comportan en cada una de las combinaciones. Además, se analizan estos métodos sin ninguna técnica adicional que modifique el algoritmo original ni que lo apoye en su tarea de optimización tal y como sucede en la mayoría de los artículos encontrados en la literatura. Esto se hace con el fin de poder entender cuándo y por qué los métodos convergen o divergen para que así en el futuro cualquier interesado pueda aplicar los conocimientos adquiridos en esta tesis de forma práctica. Esta tesis debería ayudar al futuro interesado a decidir qué algoritmo conviene más en una determinada situación y debería también ayudarle a entender qué problemas le pueden dar estos algoritmos para poder poner el remedio más apropiado. Las técnicas adicionales que sirven de remedio para estos problemas quedan fuera de los contenidos que abarca esta tesis, sin embargo, sí se hace una revisión sobre ellas.---ABSTRACT---This thesis presents an in-depth analysis about how direct methods such as Lucas- Kanade and Inverse Compositional can be applied in RGB-D images. The capability and accuracy of these methods is also analyzed employing a series of synthetic experiments. These simulate the efects produced by RGB images, depth images and RGB-D images so that diferent combinations can be evaluated. Moreover, these methods are analyzed without using any additional technique that modifies the original algorithm or that aids the algorithm in its search for a global optima unlike most of the articles found in the literature. Our goal is to understand when and why do these methods converge or diverge so that in the future, the knowledge extracted from the results presented here can efectively help a potential implementer. After reading this thesis, the implementer should be able to decide which algorithm fits best for a particular task and should also know which are the problems that have to be addressed in each algorithm so that an appropriate correction is implemented using additional techniques. These additional techniques are outside the scope of this thesis, however, they are reviewed from the literature.