Climate change technology transfer to developing countries: evidence analysis and policy recommendations

Developing countries are experiencing unprecedented levels of economic growth. As a result, they will be responsible for most of the future growth in energy demand and greenhouse gas (GHG) emissions. Curbing GHG emissions in developing countries has become one of the cornerstones of a future international agreement under the United Nations Framework Convention for Climate Change (UNFCCC). However, setting caps for developing countries’ GHG emissions has encountered strong resistance in the current round of negotiations. Continued economic growth that allows poverty eradication is still the main priority for most developing countries, and caps are perceived as a constraint to future growth prospects. The development, transfer and use of low-carbon technologies have more positive connotations, and are seen as the potential path towards low-carbon development. So far, the success of the UNFCCC process in improving the levels of technology transfer (TT) to developing countries has been limited. This thesis analyses the causes for such limited success and seeks to improve on the understanding about what constitutes TT in the field of climate change, establish the factors that enable them in developing countries and determine which policies could be implemented to reinforce these factors. Despite the wide recognition of the importance of technology and knowledge transfer to developing countries in the climate change mitigation policy agenda, this issue has not received sufficient attention in academic research. Current definitions of climate change TT barely take into account the perspective of actors involved in actual climate change TT activities, while respective measurements do not bear in mind the diversity of channels through which these happen and the outputs and effects that they convey. Furthermore, the enabling factors for TT in non-BRIC (Brazil, Russia, India, China) developing countries have been seldom investigated, and policy recommendations to improve the level and quality of TTs to developing countries have not been adapted to the specific needs of highly heterogeneous countries, commonly denominated as “developing countries”. This thesis contributes to enriching the climate change TT debate from the perspective of a smaller emerging economy (Chile) and by undertaking a quantitative analysis of enabling factors for TT in a large sample of developing countries. Two methodological approaches are used to study climate change TT: comparative case study analysis and quantitative analysis. Comparative case studies analyse TT processes in ten cases based in Chile, all of which share the same economic, technological and policy frameworks, thus enabling us to draw conclusions on the enabling factors and obstacles operating in TT processes. The quantitative analysis uses three methodologies – principal component analysis, multiple regression analysis and cluster analysis – to assess the performance of developing countries in a number of enabling factors and the relationship between these factors and indicators of TT, as well as to create groups of developing countries with similar performances. The findings of this thesis are structured to provide responses to four main research questions: What constitutes technology transfer and how does it happen? Is it possible to measure technology transfer, and what are the main challenges in doing so? Which factors enable climate change technology transfer to developing countries? And how do different developing countries perform in these enabling factors, and how can differentiated policy priorities be defined accordingly? vi Resumen Los paises en desarrollo estan experimentando niveles de crecimiento economico sin precedentes. Como consecuencia, se espera que sean responsables de la mayor parte del futuro crecimiento global en demanda energetica y emisiones de Gases de Efecto de Invernadero (GEI). Reducir las emisiones de GEI en los paises en desarrollo es por tanto uno de los pilares de un futuro acuerdo internacional en el marco de la Convencion Marco de las Naciones Unidas para el Cambio Climatico (UNFCCC). La posibilidad de compromisos vinculantes de reduccion de emisiones de GEI ha sido rechazada por los paises en desarrollo, que perciben estos limites como frenos a su desarrollo economico y a su prioridad principal de erradicacion de la pobreza. El desarrollo, transferencia y uso de tecnologias bajas en carbono tiene connotaciones mas positivas y se percibe como la via hacia un crecimiento bajo en carbono. Hasta el momento, la UNFCCC ha tenido un exito limitado en la promocion de transferencias de tecnologia (TT) a paises en desarrollo. Esta tesis analiza las causas de este resultado y busca mejorar la comprension sobre que constituye transferencia de tecnologia en el area de cambio climatico, cuales son los factores que la facilitan en paises en desarrollo y que politicas podrian implementarse para reforzar dichos factores. A pesar del extendido reconocimiento sobre la importancia de la transferencia de tecnologia a paises en desarrollo en la agenda politica de cambio climatico, esta cuestion no ha sido suficientemente atendida por la investigacion existente. Las definiciones actuales de transferencia de tecnologia relacionada con la mitigacion del cambio climatico no tienen en cuenta la diversidad de canales por las que se manifiestan o los efectos que consiguen. Los factores facilitadores de TT en paises en desarrollo no BRIC (Brasil, Rusia, India y China) apenas han sido investigados, y las recomendaciones politicas para aumentar el nivel y la calidad de la TT no se han adaptado a las necesidades especificas de paises muy heterogeneos aglutinados bajo el denominado grupo de "paises en desarrollo". Esta tesis contribuye a enriquecer el debate sobre la TT de cambio climatico con la perspectiva de una economia emergente de pequeno tamano (Chile) y el analisis cuantitativo de factores que facilitan la TT en una amplia muestra de paises en desarrollo. Se utilizan dos metodologias para el estudio de la TT a paises en desarrollo: analisis comparativo de casos de estudio y analisis cuantitativo basado en metodos multivariantes. Los casos de estudio analizan procesos de TT en diez casos basados en Chile, para derivar conclusiones sobre los factores que facilitan u obstaculizan el proceso de transferencia. El analisis cuantitativo multivariante utiliza tres metodologias: regresion multiple, analisis de componentes principales y analisis cluster. Con dichas metodologias se busca analizar el posicionamiento de diversos paises en cuanto a factores que facilitan la TT; las relaciones entre dichos factores e indicadores de transferencia tecnologica; y crear grupos de paises con caracteristicas similares que podrian beneficiarse de politicas similares para la promocion de la transferencia de tecnologia. Los resultados de la tesis se estructuran en torno a cuatro preguntas de investigacion: .Que es la transferencia de tecnologia y como ocurre?; .Es posible medir la transferencia de tecnologias de bajo carbono?; .Que factores facilitan la transferencia de tecnologias de bajo carbono a paises en desarrollo? y .Como se puede agrupar a los paises en desarrollo en funcion de sus necesidades politicas para la promocion de la transferencia de tecnologias de bajo carbono?

ACGT: advancing clinico-genomic trials on cancer - four years of experience.

The challenges regarding seamless integration of distributed, heterogeneous and multilevel data arising in the context of contemporary, post-genomic clinical trials cannot be effectively addressed with current methodologies. An urgent need exists to access data in a uniform manner, to share information among different clinical and research centers, and to store data in secure repositories assuring the privacy of patients. Advancing Clinico-Genomic Trials (ACGT) was a European Commission funded Integrated Project that aimed at providing tools and methods to enhance the efficiency of clinical trials in the -omics era. The project, now completed after four years of work, involved the development of both a set of methodological approaches as well as tools and services and its testing in the context of real-world clinico-genomic scenarios. This paper describes the main experiences using the ACGT platform and its tools within one such scenario and highlights the very promising results obtained.

Image processing methods for human brain connectivity analysis from in-vivo diffusion MRI

In this PhD Thesis proposal, the principles of diffusion MRI (dMRI) in its application to the human brain mapping of connectivity are reviewed. The background section covers the fundamentals of dMRI, with special focus on those related to the distortions caused by susceptibility inhomogeneity across tissues. Also, a deep survey of available correction methodologies for this common artifact of dMRI is presented. Two methodological approaches to improved correction are introduced. Finally, the PhD proposal describes its objectives, the research plan, and the necessary resources.

Bases metodológicas para un sistema de apoyo a la selección de especies en la restauración de la vegetación

RESUMEN El apoyo a la selección de especies a la restauración de la vegetación en España en los últimos 40 años se ha basado fundamentalmente en modelos de distribución de especies, también llamados modelos de nicho ecológico, que estiman la probabilidad de presencia de las especies en función de las condiciones del medio físico (clima, suelo, etc.). Con esta tesis se ha intentado contribuir a la mejora de la capacidad predictiva de los modelos introduciendo algunas propuestas metodológicas adaptadas a los datos disponibles actualmente en España y enfocadas al uso de los modelos en la selección de especies. No siempre se dispone de datos a una resolución espacial adecuada para la escala de los proyectos de restauración de la vegetación. Sin embrago es habitual contar con datos de baja resolución espacial para casi todas las especies vegetales presentes en España. Se propone un método de recalibración que actualiza un modelo de regresión logística de baja resolución espacial con una nueva muestra de alta resolución espacial. El método permite obtener predicciones de calidad aceptable con muestras relativamente pequeñas (25 presencias de la especie) frente a las muestras mucho mayores (más de 100 presencias) que requería una estrategia de modelización convencional que no usara el modelo previo. La selección del método estadístico puede influir decisivamente en la capacidad predictiva de los modelos y por esa razón la comparación de métodos ha recibido mucha atención en la última década. Los estudios previos consideraban a la regresión logística como un método inferior a técnicas más modernas como las de máxima entropía. Los resultados de la tesis demuestran que esa diferencia observada se debe a que los modelos de máxima entropía incluyen técnicas de regularización y la versión de la regresión logística usada en las comparaciones no. Una vez incorporada la regularización a la regresión logística usando penalización, las diferencias en cuanto a capacidad predictiva desaparecen. La regresión logística penalizada es, por tanto, una alternativa más para el ajuste de modelos de distribución de especies y está a la altura de los métodos modernos con mejor capacidad predictiva como los de máxima entropía. A menudo, los modelos de distribución de especies no incluyen variables relativas al suelo debido a que no es habitual que se disponga de mediciones directas de sus propiedades físicas o químicas. La incorporación de datos de baja resolución espacial proveniente de mapas de suelo nacionales o continentales podría ser una alternativa. Los resultados de esta tesis sugieren que los modelos de distribución de especies de alta resolución espacial mejoran de forma ligera pero estadísticamente significativa su capacidad predictiva cuando se incorporan variables relativas al suelo procedente de mapas de baja resolución espacial. La validación es una de las etapas fundamentales del desarrollo de cualquier modelo empírico como los modelos de distribución de especies. Lo habitual es validar los modelos evaluando su capacidad predictiva especie a especie, es decir, comparando en un conjunto de localidades la presencia o ausencia observada de la especie con las predicciones del modelo. Este tipo de evaluación no responde a una cuestión clave en la restauración de la vegetación ¿cuales son las n especies más idóneas para el lugar a restaurar? Se ha propuesto un método de evaluación de modelos adaptado a esta cuestión que consiste en estimar la capacidad de un conjunto de modelos para discriminar entre las especies presentes y ausentes de un lugar concreto. El método se ha aplicado con éxito a la validación de 188 modelos de distribución de especies leñosas orientados a la selección de especies para la restauración de la vegetación en España. Las mejoras metodológicas propuestas permiten mejorar la capacidad predictiva de los modelos de distribución de especies aplicados a la selección de especies en la restauración de la vegetación y también permiten ampliar el número de especies para las que se puede contar con un modelo que apoye la toma de decisiones. SUMMARY During the last 40 years, decision support tools for plant species selection in ecological restoration in Spain have been based on species distribution models (also called ecological niche models), that estimate the probability of occurrence of the species as a function of environmental predictors (e.g., climate, soil). In this Thesis some methodological improvements are proposed to contribute to a better predictive performance of such models, given the current data available in Spain and focusing in the application of the models to selection of species for ecological restoration. Fine grained species distribution data are required to train models to be used at the scale of the ecological restoration projects, but this kind of data are not always available for every species. On the other hand, coarse grained data are available for almost every species in Spain. A recalibration method is proposed that updates a coarse grained logistic regression model using a new fine grained updating sample. The method allows obtaining acceptable predictive performance with reasonably small updating sample (25 occurrences of the species), in contrast with the much larger samples (more than 100 occurrences) required for a conventional modeling approach that discards the coarse grained data. The choice of the statistical method may have a dramatic effect on model performance, therefore comparisons of methods have received much interest in the last decade. Previous studies have shown a poorer performance of the logistic regression compared to novel methods like maximum entropy models. The results of this Thesis show that the observed difference is caused by the fact that maximum entropy models include regularization techniques and the versions of logistic regression compared do not. Once regularization has been added to the logistic regression using a penalization procedure, the differences in model performance disappear. Therefore, penalized logistic regression may be considered one of the best performing methods to model species distributions. Usually, species distribution models do not consider soil related predictors because direct measurements of the chemical or physical properties are often lacking. The inclusion of coarse grained soil data from national or continental soil maps could be a reasonable alternative. The results of this Thesis suggest that the performance of the models slightly increase after including soil predictors form coarse grained soil maps. Model validation is a key stage of the development of empirical models, such as species distribution models. The usual way of validating is based on the evaluation of model performance for each species separately, i.e., comparing observed species presences or absence to predicted probabilities in a set of sites. This kind of evaluation is not informative for a common question in ecological restoration projects: which n species are the most suitable for the environment of the site to be restored? A method has been proposed to address this question that estimates the ability of a set of models to discriminate among present and absent species in a evaluation site. The method has been successfully applied to the validation of 188 species distribution models used to support decisions on species selection for ecological restoration in Spain. The proposed methodological approaches improve the predictive performance of the predictive models applied to species selection in ecological restoration and increase the number of species for which a model that supports decisions can be fitted.

New agri-environmental policies for the sustainability of mountainous olive farming. Evidences from Andalusia, Spain

La sostenibilidad de los sistemas olivareros situados en zonas de pendiente y montaña (SMOPS) en Andalucía se encuentra actualmente amenazada por las elevadas tasas de abandono que afectan a estos sistemas productivos. Así, la consumación de este proceso de abandono, no sólo pondría en peligro a las propias explotaciones, sino a todo el conjunto de bienes y servicios no productivos y al patrimonio cultural generado por este sistema productivo. En este contexto, la búsqueda de alternativas políticas enfocadas a revertir este proceso se erige como una necesidad categórica en aras de garantizar en el largo plazo la sostenibilidad de los olivares de montaña. Esta tesis pretende hacer frente a esta necesidad a través de la construcción de un marco político alternativo para los SMOPS, que permita la integración simultánea de todas las dimensiones que pueden influir en su desarrollo; esto es: el marco político actual, principalmente determinado por la Política Agraria Común (PAC) de la Unión Europea (UE); las preferencias de la sociedad hacia la oferta de bienes y servicios públicos generados por los SMOPS; y las preferencias y voluntad de innovación hacia nuevos manejos y sistemas de gestión de los agricultores y propietarios de las explotaciones. Para ello, se emplea una metodología de investigación mixta, que abarca la realización de cuatro encuestas (personales y online) llevadas a cabo a los agentes o grupos de interés involucrados directa o indirectamente en la gestión de los SMOPS –ciudadanos, agricultores y propietarios y expertos-; una profunda revisión de las herramientas de política agroambiental actuales y posibles alternativas a las mismas; y el desarrollo de nuevas estrategias metodológicas para dotar de mayor precisión y fiabilidad las estimaciones obtenidas a partir del Método del Experimento de Elección (MEE) en el campo de la valoración medioambiental. En general, los resultados muestran que una estrategia de política agroambiental basada en la combinación de los Contratos Territoriales de Zona Rural (CTZR) y el manejo ecológico supondría una mejora en la sostenibilidad de los sistemas olivareros de montaña andaluces, que, al mismo tiempo, propiciaría una mejor consideración de las necesidades y demandas de los agentes implicados en su gestión. Asimismo, los hallazgos obtenidos en esta investigación demandan un cambio de paradigma en los actuales pagos agroambientales, que han de pasar de una estrategia basada en la implementación de acciones, a otra enfocada al logro de objetivos, la cual, en el caso del olivar, se podría centrar en el aumento del secuestro de carbono en el suelo. Desde un punto de vista metodológico, los resultados han contribuido notablemente a mejorar la fiabilidad y precisión de las conclusiones estimadas a partir del MEE, mediante el diseño de un novedoso proceso iterativo para detectar posibles comportamientos inconsistentes por parte de los entrevistados con respecto a su máxima Disposición al Pago (DAP) para lograr la situación considerada como “óptima” en los olivares ecológicos de montaña andaluces. En líneas generales, el actual marco institucional favorece la puesta en práctica de la mayoría de las estrategias propuestas en esta tesis; sin embargo son necesarios mayores esfuerzos para reconducir los actuales Pagos Agroambientales y Climáticos de la PAC, hacia una estrategia de política agroambiental adaptada a las necesidades y requisitos del territorio en el que se aplica, enfocada al logro de objetivos y que sea capaz de integrar y coordinar al conjunto de agentes y grupos de interés involucrados -directa o indirectamente- en la gestión de los olivares de montaña. En este contexto, se espera que la puesta en práctica de nuevas estructuras y acuerdos de gobernanza territorial juegue un importante papel en el desarrollo de una política agroambiental realmente adaptada a las necesidades de los sistemas olivareros de montaña andaluces. ABSTRACT The long-term sustainability of Andalusian sloping and mountainous olive production systems (SMOPS) is currently threatened by the high abandonment rates that affect these production systems. The effective occurrence of this abandonment process is indeed menacing not only farms themselves, but also the wide array of public goods and services provided by SMOPS and the cultural heritage held by this production system. The search of policy alternatives aimed at tackling this process is thus a central necessity. This thesis aims to undertake this necessity by building an alternative policy framework for SMOPS that simultaneously integrates the several dimensions that are susceptible to influence it, namely: the current policy framework, mainly determined by the European Union’s (EU) Common Agricultural Policy (CAP); the social preferences toward the supply of SMOPS’ public goods and services; and farmers’ preferences and willingness to innovate toward new management practices in their farms. For this purpose, we put into practice a mixed-method strategy that combines four face-to-face and online surveys carried out with SMOPS’ stakeholders -including citizens, farmers and experts-; in-depth analysis of current and alternative agrienvironmental policy (AEP) instruments; and the development of novel methodological approaches to advance toward more reliable Discrete Choice Experiment’s (DCE) outcomes in the field of environmental valuation. Overall, results show that a policy strategy based on the combination of Territorial Management Contracts (TMC) and organic management would further enhance Andalusian SMOPS’ sustainability by simultaneously taking into account stakeholders’ demands and needs. Findings also call for paradigm shift of the current action-oriented design of Agri-Environmental-Climate Schemes (AECS), toward a result-based approach, that in the case of olive orchards should particularly be focused on enhancing soil carbon sequestration. From a methodological perspective, results have contributed to improve the accuracy and feasibility of DCE outcomes by designing a novel and iterative procedure focused in ascertaining respondents’ inconsistent behaviour with respect to their stated maximum WTP for the attainment of an ideal situation to be achieved in organic Andalusian SMOPS. Generally, the present institutional framework favours the implementation of the main policy strategies proposed in this thesis, albeit further efforts are required to better conduct current CAP’s agri-environmental instruments toward a territorially targeted result-oriented strategy capable to integrate and coordinate the whole set of stakeholders involved in the management of SMOPS. In this regard, alternative governance structures and arrangements are expected to play a major role on the process of tackling SMOPS’ agri-environmental policy challenge.

Feo, inútil, inestable: pensamiento crítico contemporáneo y procesos proyectivos en arquitectura = Ugly, useless, unstable: contemporary critical thought and projective processes in architecture

La presente tesis doctoral persigue dos objetivos simultáneos: Determinar el alcance de los criterios clásicos para la evaluación de arquitectura y poner en crisis la prevalencia de esos mismos criterios dentro del marco crítico y productivo actual. En concreto, esta tesis se interroga sobre la posible contribución de determinadas corrientes del pensamiento post-estructuralista y neo-materialista a las tareas de expansión y transformación de los criterios clásicos antes mencionados. Asimismo, se plantea la oportunidad de formalizar estas incorporaciones conceptuales como metodologías para el proyectar arquitectónico. La tesis emplea un análisis pormenorizado de las cualidades implícitas en la triada Firmitas, Utilitas, Venustas elaborada por Vitruvio como vehículo para calibrar la influencia de los paradigmas de pensamiento clásico en nuestras posiciones críticas contemporáneas. Como reacción al carácter dominante de dichos paradigmas, y con la ayuda de una compilación selectiva de ejemplos procedentes de los campos artístico y arquitectónico, la presente tesis procede a examinar y clasificar diversas estrategias arquitectónicas basadas en la no conformidad con los criterios clásicos de evaluación de la disciplina. A la hora de realizar esta tarea, y con el objetivo de superar el dualismo trascendental que caracteriza la gran mayoría de dichos criterios clásicos, se propone un modelo analítico y multidimensional que formula las instancias arquitectónicas como posibles posiciones dentro de un extenso continuo combinatorio de cualidades formales, estructurales y organizativas. Este modelo conceptual permite replantear el aparente antagonismo entre los principios de Vitruvio y sus opuestos, estableciendo en su lugar un dominio operativo continuo de producción arquitectónica. Esta operación abre una ventana de oportunidad para expandir los límites del marco crítico actual más allá de las fronteras establecidas por nuestra herencia clásica. En consecuencia con esta voluntad, la presente tesis pretende habilitar un ámbito para el análisis crítico de las estrategias que caracterizan ciertas corrientes del proyectar contemporáneo, pero también contribuir a informar nuevas aproximaciones metodológicas al proceso de proyecto, desplazando progresivamente su foco desde lo descriptivo hacia lo proyectivo. ABSTRACT This doctoral thesis attempts to simultaneously determine the scope of the classical criteria for the evaluation of architecture and challenge their prevalence within the current framework of architectural production and criticism. It examines how specific strands of post-structuralism and neo-materialism may contribute to both the expansion and the transformation of these criteria and, in doing so, sets itself the goal of mobilising these conceptual incorporations as explicit design methodologies. A detailed analysis of the formal, structural and organisational qualities implicit in Vitruvius’ triad Firmitas, Utilitas, Venustas is used as a starting point to determine the influence of classical paradigms in our current critical positions. As a reaction to this critical pervasiveness, and supported by a curated collection of artistic and architectural works, diverse approaches to non-compliance with the classical criteria of assessment are examined and classified. In order to facilitate this endeavour -and to overcome the transcendental dualism of most classical critical approaches in architecture- this thesis puts forward an analytical, multidimensional model that formulates architectural instances as possible positions within a larger combinatory continuum of formal, structural and organisational qualities. Using this conceptual model, the apparent antagonism between Vitruvius’ principles and its non-compliant opposites is reframed as a continuous operative domain of architectural production, which in turn opens up a window of opportunity to expand the limits of our critical framework beyond the boundaries of classical paradigms. In doing so, this thesis attempts not only to foster a better understanding of some of the strategic approaches that characterise contemporary systems of architectural production, but also to inform future methodological approaches to architectural design, hence situating itself beyond the domain of the descriptive and moving towards the projective.

Pulmonary Artery-Vein Segmentation in Real and Synthetic CT Images = Segmentación Arteria-Vena Pulmonares en Imágenes de CT Reales y Sintéticas

La tomografía axial computerizada (TAC) es la modalidad de imagen médica preferente para el estudio de enfermedades pulmonares y el análisis de su vasculatura. La segmentación general de vasos en pulmón ha sido abordada en profundidad a lo largo de los últimos años por la comunidad científica que trabaja en el campo de procesamiento de imagen; sin embargo, la diferenciación entre irrigaciones arterial y venosa es aún un problema abierto. De hecho, la separación automática de arterias y venas está considerado como uno de los grandes retos futuros del procesamiento de imágenes biomédicas. La segmentación arteria-vena (AV) permitiría el estudio de ambas irrigaciones por separado, lo cual tendría importantes consecuencias en diferentes escenarios médicos y múltiples enfermedades pulmonares o estados patológicos. Características como la densidad, geometría, topología y tamaño de los vasos sanguíneos podrían ser analizados en enfermedades que conllevan remodelación de la vasculatura pulmonar, haciendo incluso posible el descubrimiento de nuevos biomarcadores específicos que aún hoy en dípermanecen ocultos. Esta diferenciación entre arterias y venas también podría ayudar a la mejora y el desarrollo de métodos de procesamiento de las distintas estructuras pulmonares. Sin embargo, el estudio del efecto de las enfermedades en los árboles arterial y venoso ha sido inviable hasta ahora a pesar de su indudable utilidad. La extrema complejidad de los árboles vasculares del pulmón hace inabordable una separación manual de ambas estructuras en un tiempo realista, fomentando aún más la necesidad de diseñar herramientas automáticas o semiautomáticas para tal objetivo. Pero la ausencia de casos correctamente segmentados y etiquetados conlleva múltiples limitaciones en el desarrollo de sistemas de separación AV, en los cuales son necesarias imágenes de referencia tanto para entrenar como para validar los algoritmos. Por ello, el diseño de imágenes sintéticas de TAC pulmonar podría superar estas dificultades ofreciendo la posibilidad de acceso a una base de datos de casos pseudoreales bajo un entorno restringido y controlado donde cada parte de la imagen (incluyendo arterias y venas) está unívocamente diferenciada. En esta Tesis Doctoral abordamos ambos problemas, los cuales están fuertemente interrelacionados. Primero se describe el diseño de una estrategia para generar, automáticamente, fantomas computacionales de TAC de pulmón en humanos. Partiendo de conocimientos a priori, tanto biológicos como de características de imagen de CT, acerca de la topología y relación entre las distintas estructuras pulmonares, el sistema desarrollado es capaz de generar vías aéreas, arterias y venas pulmonares sintéticas usando métodos de crecimiento iterativo, que posteriormente se unen para formar un pulmón simulado con características realistas. Estos casos sintéticos, junto a imágenes reales de TAC sin contraste, han sido usados en el desarrollo de un método completamente automático de segmentación/separación AV. La estrategia comprende una primera extracción genérica de vasos pulmonares usando partículas espacio-escala, y una posterior clasificación AV de tales partículas mediante el uso de Graph-Cuts (GC) basados en la similitud con arteria o vena (obtenida con algoritmos de aprendizaje automático) y la inclusión de información de conectividad entre partículas. La validación de los fantomas pulmonares se ha llevado a cabo mediante inspección visual y medidas cuantitativas relacionadas con las distribuciones de intensidad, dispersión de estructuras y relación entre arterias y vías aéreas, los cuales muestran una buena correspondencia entre los pulmones reales y los generados sintéticamente. La evaluación del algoritmo de segmentación AV está basada en distintas estrategias de comprobación de la exactitud en la clasificación de vasos, las cuales revelan una adecuada diferenciación entre arterias y venas tanto en los casos reales como en los sintéticos, abriendo así un amplio abanico de posibilidades en el estudio clínico de enfermedades cardiopulmonares y en el desarrollo de metodologías y nuevos algoritmos para el análisis de imágenes pulmonares. ABSTRACT Computed tomography (CT) is the reference image modality for the study of lung diseases and pulmonary vasculature. Lung vessel segmentation has been widely explored by the biomedical image processing community, however, differentiation of arterial from venous irrigations is still an open problem. Indeed, automatic separation of arterial and venous trees has been considered during last years as one of the main future challenges in the field. Artery-Vein (AV) segmentation would be useful in different medical scenarios and multiple pulmonary diseases or pathological states, allowing the study of arterial and venous irrigations separately. Features such as density, geometry, topology and size of vessels could be analyzed in diseases that imply vasculature remodeling, making even possible the discovery of new specific biomarkers that remain hidden nowadays. Differentiation between arteries and veins could also enhance or improve methods processing pulmonary structures. Nevertheless, AV segmentation has been unfeasible until now in clinical routine despite its objective usefulness. The huge complexity of pulmonary vascular trees makes a manual segmentation of both structures unfeasible in realistic time, encouraging the design of automatic or semiautomatic tools to perform the task. However, this lack of proper labeled cases seriously limits in the development of AV segmentation systems, where reference standards are necessary in both algorithm training and validation stages. For that reason, the design of synthetic CT images of the lung could overcome these difficulties by providing a database of pseudorealistic cases in a constrained and controlled scenario where each part of the image (including arteries and veins) is differentiated unequivocally. In this Ph.D. Thesis we address both interrelated problems. First, the design of a complete framework to automatically generate computational CT phantoms of the human lung is described. Starting from biological and imagebased knowledge about the topology and relationships between structures, the system is able to generate synthetic pulmonary arteries, veins, and airways using iterative growth methods that can be merged into a final simulated lung with realistic features. These synthetic cases, together with labeled real CT datasets, have been used as reference for the development of a fully automatic pulmonary AV segmentation/separation method. The approach comprises a vessel extraction stage using scale-space particles and their posterior artery-vein classification using Graph-Cuts (GC) based on arterial/venous similarity scores obtained with a Machine Learning (ML) pre-classification step and particle connectivity information. Validation of pulmonary phantoms from visual examination and quantitative measurements of intensity distributions, dispersion of structures and relationships between pulmonary air and blood flow systems, show good correspondence between real and synthetic lungs. The evaluation of the Artery-Vein (AV) segmentation algorithm, based on different strategies to assess the accuracy of vessel particles classification, reveal accurate differentiation between arteries and vein in both real and synthetic cases that open a huge range of possibilities in the clinical study of cardiopulmonary diseases and the development of methodological approaches for the analysis of pulmonary images.

La forma del agua. Temas e invariantes en el jardín y el paisaje. Análisis de casos (Holanda-España, 1548-1648)

El espacio geográfico, entendido como territorio que da soporte a la vida y a la civilización, ha estado siempre fuertemente supeditado a la presencia de agua. Desde la Prehistoria el hombre otorgó al agua, junto a otros elementos que aseguraban o protegían su vida, un valor superior, por encima de lo humano. Paralelamente y de manera natural, el jardín, en sus inicios en estrecha relación con la agricultura y con el paisaje, fue el ámbito idóneo para la creación de nuevas formas acuáticas artificiales. Este proceso dio lugar a un extenso repertorio de formas compositivas que parece que tuvo en el Renacimiento un punto de inflexión, en el que se observa como la mayoría de recursos y configuraciones básicas del agua estaban ya plenamente establecidas. Esta evolución y sus resultados ha sido el objeto de la primera parte de la tesis: su objetivo ha sido analizar cómo el agua configura, cualifica o puede llegar a construir el jardín y el territorio en el que se inserta, así como establecer las posibles relaciones entre estos dos ámbitos de estudio. Aunque la historia es su fundamento, el planteamiento aquí ha sido más bien conceptual; estudiando los componentes acuáticos desde un punto de vista fundamentalmente compositivo. Esta indagación previa ha sido indispensable para llegar a entender en profundidad los modos en los que el agua se muestra en el jardín y en el paisaje renacentista y manierista, momentos en que se insertan los dos casos de estudio que constituyen la segunda parte de la tesis. Sin caer en un determinismo geográfico extremo, puede admitirse que el jardín, como manifestación cultural intrínsecamente ligada al entorno, depende fuertemente del territorio en el que se asienta; hecho particularmente evidente en aquellas regiones en las que su especial geografía ha sido un claro factor condicionante de su historia. Por ello, Holanda y España han sido las dos localizaciones elegidas para profundizar en este estudio; no tanto por su estrecha relación política y cultural, sino por su profundo y sugerente contraste de medio físico y climático. La Península Ibérica, geográficamente el término del mundo conocido en Occidente hasta el final de la Edad Media, y por esta circunstancia convertida en destino, en territorio de permanencia y fusión, estará además supeditada en la mayoría de su territorio a la falta de agua, siendo a la vez heredera directa del universo y la tradición del jardín meridional originario de Oriente. En el extremo opuesto, Holanda, espacio de transición entre el mar y la tierra firme “real”, es un territorio permeado de humedad y surcado con generosidad por grandes ríos. El país, con una relación ambivalente con el agua, unas veces como amenaza y otras como fuente de nuevas oportunidades, será por el contrario especialmente favorable para el desarrollo de un modelo de jardín septentrional. Un jardín del norte, que no obstante, no surgirá de despejar los bosques, como en el arquetipo nórdico, sino que crecerá sobre planicies antes saturadas de agua o directamente anegadas. El marco temporal de los dos casos concretos ha considerado como fecha inicial 1548, momento en el que Felipe II, aún príncipe, realizó su primer viaje a los Países Bajos, y entró en contacto con el modelo holandés. La extensa producción posterior de jardines de Felipe II, siempre con el agua como protagonista, tuvo como destacado referente la adaptación al suelo y la geografía hispánicos de dicho modelo. Como fecha final se fija 1648, justo un siglo después, fecha coincidente con la firma de la Paz de Westfalia, tratado que supone la total reorganización política del territorio europeo y la pérdida de la hegemonía española en Europa. En Holanda sólo dos años después nacerá Guillermo III de Orange, estatúder de las Provincias Unidas, también futuro rey de Inglaterra, Escocia e Irlanda. Para entonces en Holanda ya se había asistido al desarrollo de un arte propio de jardín, íntimamente ligado al agua, sorprendentemente no demasiado bien conocido y que será uno de los temas de esta investigación. Finalmente, se propone una lectura conjunta de toda esta serie de intervenciones que tienen como argumento el agua, en la que se integra la información procedente de distintos campos de estudio, cada una con su metodología particular. El resultado es una tesis en la que el jardín y el territorio son tratados desde un nuevo y enriquecedor punto de vista. ABSTRACT Geographical space, understood as the territory that provides support to human life and civilization, has always been strongly subjected to the presence of water. From Prehistory man gave to water, along with other elements that ensured or protected life, a higher value than the merely human. At the same time and in a natural way, the garden, in its beginnings with a close relationship with agriculture and landscape, soon developed as the appropriate ground for the creation of new artificial aquatic forms, in a process that seems to have a turning point in the Renaissance, when most of the basic waterworks and resources were already fully established. This development and its outcomes are the subjects of the first part of the thesis: its scope has been to analyse how water configures, qualifies and might even help to construct the garden or landscape attached to it; and to establish the possible links between these two fields of study. Although history based, the point of view here is mainly conceptual, studying the water components understood as composite elements. This exploratory research has been essential to deeply understand the water patterns shown in the Renaissance and Mannerist garden and landscape, periods in which the two case studies are inserted. Without falling in extreme determinism, it can be accepted however, that garden, as a cultural expression linked to environment, is strongly dependant on territorial setting; something particularly evident in those areas where specific geography has been a clear history conditioning factor. This is the reason that leads to choose the Netherlands and Spain to deepen this study, no so much for their interesting cultural and politics relations as for the suggestive and profound contrast of their physical environment and climate. The Iberian Peninsula, geographically the limit of the known world in Occident until the end of the Medium Age, and by this circumstance understood as endpoint, more a destination than a crossroad, a territory of permanence and fusion, but also subjected to water shortage; is thus associated with the universe and tradition of the meridional garden imported from Orient. In the opposite, the Netherlands, a transitional space between the sea and the “real” firm land, is a territory permeated by water and crossed by big rivers. Always with an ambivalent relationship with water, sometimes seen as a threat and sometimes as a source of new opportunities, it was in the other hand the adequate land for the development of a special model of Northern garden. A garden that will not arise, however, from the clearing of woods as in the Nordic archetype, but that will grow on plains originally saturated of water or directly waterlogged. The timeframe of the two cases has 1548 as the initial year, moment in which Philip II, yet prince, made his first trip to the Low Lands and imbibed the Dutch garden model. The later and bountiful garden works of the king, always with the water as the main focus, adapted the imported model to the Spanish ground and geography. The final date is fixed in 1648, just a century after, in coincidence with the Westfalia Peace; a treaty that implied the total political reorganization of the European territory and the end of the Spanish hegemony in the continent. In Holland, only two years later, William III of Orange, Stadtholder of the United Provinces and also future king of England, Scotland and Ireland, was born. But by then the Netherlands had developed an own garden art, closely linked to water. This type garden, surprisingly not very well known, and its relationship with water, will be other of the addressing questions of this work. Finally, the investigation merges the different interventions that have water as an argument, integrating all the fields considered with their particular methodological approaches. The final result is a thesis in which garden and territory are treated from a new and enriching perspective.

Enriquecimiento de fuentes de datos con descripciones lingüísticas mediante bases de datos geográficas externas

El presente trabajo se ha centrado en la investigación de soluciones para automatizar la tarea del enriquecimiento de fuentes de datos sobre redes de sensores con descripciones lingüísticas, con el fin de facilitar la posterior generación de textos en lenguaje natural. El uso de descripciones en lenguaje natural facilita el acceso a los datos a una mayor diversidad de usuarios y, como consecuencia, permite aprovechar mejor las inversiones en redes de sensores. En el trabajo se ha considerado el uso de bases de datos abiertas para abordar la necesidad de disponer de un gran volumen y diversidad de conocimiento geográfico. Se ha analizado también el enriquecimiento de datos dentro de enfoques metodológicos de curación de datos y métodos de generación de lenguaje natural. Como resultado del trabajo, se ha planteado un método general basado en una estrategia de generación y prueba que incluye una forma de representación y uso del conocimiento heurístico con varias etapas de razonamiento para la construcción de descripciones lingüísticas de enriquecimiento de datos. En la evaluación de la propuesta general se han manejado tres escenarios, dos de ellos para generación de referencias geográficas sobre redes de sensores complejas de dimensión real y otro para la generación de referencias temporales. Los resultados de la evaluación han mostrado la validez práctica de la propuesta general exhibiendo mejoras de rendimiento respecto a otros enfoques. Además, el análisis de los resultados ha permitido identificar y cuantificar el impacto previsible de diversas líneas de mejora en bases de datos abiertas. ABSTRACT This work has focused on the search for solutions to automate the task of enrichment sensor-network-based data sources with textual descriptions, so as to facilitate the generation of natural language texts. Using natural language descriptions facilitates data access to a wider range of users and, therefore, allows better leveraging investments in sensor networks. In this work we have considered the use of open databases to address the need for a large volume and diversity of geographical knowledge. We have also analyzed data enrichment in methodological approaches and data curation methods of natural language generation. As a result, it has raised a general method based on a strategy of generating and testing that includes a representation using heuristic knowledge with several stages of reasoning for the construction of linguistic descriptions of data enrichment. In assessing the overall proposal three scenarios have been addressed, two of them in the environmental domain with complex sensor networks and another real dimension in the time domain. The evaluation results have shown the validity and practicality of our proposal, showing performance improvements over other approaches. Furthermore, the analysis of the results has allowed identifying and quantifying the expected impact of various lines of improvement in open databases.