Conservation of Computational Scientific Execution Environments for Workflow-based Experiments Using Ontologies

La reproducibilidad de estudios y resultados científicos es una meta a tener en cuenta por cualquier científico a la hora de publicar el producto de una investigación. El auge de la ciencia computacional, como una forma de llevar a cabo estudios empíricos haciendo uso de modelos matemáticos y simulaciones, ha derivado en una serie de nuevos retos con respecto a la reproducibilidad de dichos experimentos. La adopción de los flujos de trabajo como método para especificar el procedimiento científico de estos experimentos, así como las iniciativas orientadas a la conservación de los datos experimentales desarrolladas en las últimas décadas, han solucionado parcialmente este problema. Sin embargo, para afrontarlo de forma completa, la conservación y reproducibilidad del equipamiento computacional asociado a los flujos de trabajo científicos deben ser tenidas en cuenta. La amplia gama de recursos hardware y software necesarios para ejecutar un flujo de trabajo científico hace que sea necesario aportar una descripción completa detallando que recursos son necesarios y como estos deben de ser configurados. En esta tesis abordamos la reproducibilidad de los entornos de ejecución para flujos de trabajo científicos, mediante su documentación usando un modelo formal que puede ser usado para obtener un entorno equivalente. Para ello, se ha propuesto un conjunto de modelos para representar y relacionar los conceptos relevantes de dichos entornos, así como un conjunto de herramientas que hacen uso de dichos módulos para generar una descripción de la infraestructura, y un algoritmo capaz de generar una nueva especificación de entorno de ejecución a partir de dicha descripción, la cual puede ser usada para recrearlo usando técnicas de virtualización. Estas contribuciones han sido aplicadas a un conjunto representativo de experimentos científicos pertenecientes a diferentes dominios de la ciencia, exponiendo cada uno de ellos diferentes requisitos hardware y software. Los resultados obtenidos muestran la viabilidad de propuesta desarrollada, reproduciendo de forma satisfactoria los experimentos estudiados en diferentes entornos de virtualización. ABSTRACT Reproducibility of scientific studies and results is a goal that every scientist must pursuit when announcing research outcomes. The rise of computational science, as a way of conducting empirical studies by using mathematical models and simulations, have opened a new range of challenges in this context. The adoption of workflows as a way of detailing the scientific procedure of these experiments, along with the experimental data conservation initiatives that have been undertaken during last decades, have partially eased this problem. However, in order to fully address it, the conservation and reproducibility of the computational equipment related to them must be also considered. The wide range of software and hardware resources required to execute a scientific workflow implies that a comprehensive description detailing what those resources are and how they are arranged is necessary. In this thesis we address the issue of reproducibility of execution environments for scientific workflows, by documenting them in a formalized way, which can be later used to obtain and equivalent one. In order to do so, we propose a set of semantic models for representing and relating the relevant information of those environments, as well as a set of tools that uses these models for generating a description of the infrastructure, and an algorithmic process that consumes these descriptions for deriving a new execution environment specification, which can be enacted into a new equivalent one using virtualization solutions. We apply these three contributions to a set of representative scientific experiments, belonging to different scientific domains, and exposing different software and hardware requirements. The obtained results prove the feasibility of the proposed approach, by successfully reproducing the target experiments under different virtualization environments.

Diseño y desarrollo de un robot esférico. Integración electromecánica y programación del software de control.

En este Trabajo Fin de Grado se aborda la concepción, diseño, desarrollo y testeo de un robot esférico. En el se cubre el diseño mecánico y su fabricación, el modelado dinámico y su control, y el diseño hardware y software.

Implementación de efectos de audio en la tarjeta Raspberry Pi B+

Este proyecto consiste en el diseño e implementación de un procesador digital de efectos de audio en tiempo real orientado a instrumentos eléctricos tales como guitarras, bajos, teclados, etc. El procesador está basado en la tarjeta Raspberry Pi B+, ordenador de placa reducida de bajo coste, desarrollado en Reino unido y cuyo lanzamiento tuvo lugar en el año 2012. En primer lugar, ha sido necesario lograr que la tarjeta asuma la funcionalidad de un procesador de audio en tiempo real. Para ello se ha instalado un sistema operativo Linux orientado a Raspberry (Raspbian) y se ha hecho uso de Pure Data (Pd): lenguaje de programación gráfico que fue desarrollado en los años 90 por Miller Puckette con intención de ser enfocado a la creación de eventos multimedia y de música por computador. El papel que desempeña Pd es de capa intermedia entre el hardware y el software ya que se encarga de tomar bloques de N muestras del convertidor analógico/digital y encaminarlas a través del flujo de señal diseñado gráficamente. En segundo lugar, se han implementado diferentes efectos de audio de distintas características. Así pues, se encuentran efectos basados en retardos, filtros digitales y procesadores de dinámica. Concretamente, los efectos implementados son los siguientes: delay, flanger, vibrato, reverberador de Schroeder, filtros (paso bajo, paso alto y paso banda), ecualizador paramétrico y compresor y expansor de dinámica. Estos efectos han sido implementados en lenguaje C de acuerdo con la API de Pd. Con esto se ha conseguido obtener un objeto por cada efecto, el cual es “instanciado” en Pd pudiendo ejecutarlo en tiempo real. En este proyecto se expone la problemática que supone cada paso del diseño proponiendo soluciones válidas. Además se incluye una guía paso a paso para configurar la tarjeta y lograr realizar un bypass de señal y un efecto simple partiendo desde cero. ABSTRACT. This project involves the design and implementation of a digital real-time audio processor for electrical instruments (guitars, basses, keyboards, etc.). The processor is based on the Raspberry Pi B + card: low cost computer, developed in UK in 2012. First, it was necessary to make the cards assume the functionality of a real time audio processor. A Linux operating system called Raspberry (Raspbian) was installed. In this Project is used Pure Data (Pd): a graphical programming language developed in the 90s by Miller Puckette intending to be focused on creating multimedia and computer music events. The role of Pd is an intermediate layer between the hardware and the software. It is responsible for taking blocks of N samples of the analog/digital converter and route it through the signal flow. Secondly, it is necessary to implemented the different audio effects. There are delays based effects, digital filter and dynamics effects. Specifically, the implemented effects are: delay, flanger, vibrato, Schroeder reverb, filters (lowpass, highpass and bandpass), parametric equalizer and compressor and expander dynamics. These effects have been implemented in C language according to the Pd API. As a result, it has been obtained an object for each effect, which is instantiated in Pd. In this Project, the problems of every step are exposed with his corresponding solution. It is inlcuded a step-by-step guide to configure the card and achieve perform a bypass signal process and a simple effect.

Herramienta de interacción persona-ordenador para la operación de vehículos aéreos no tripulados

En la presente memoria se describe el trabajo de diseño de una herramienta de interacción persona-ordenador (HMI) para la operación y supervisión de vehículos aéreos no tripulados (UAV). En primer lugar se hace una introducción a los tipos de UAVs y aplicaciones más comunes, describiendo sus características técnicas y los componentes que integra en el sistema. Mediante la revisión y análisis de los diferentes niveles de autonomía y las diferentes soluciones de presentación existentes en el mercado, se identifican los modos de operación y componentes principales de la interfaz. A continuación se describe el diseño final del software de la interfaz y el proceso de desarrollo de la misma, para ello se hace un análisis previo del software robótico sobre el que opera el sistema abordo del UAV y se establecen los enlaces de comunicación entre cada uno de los componentes y los requisitos de integración con el sistema. Finalmente, se muestran las pruebas que se han realizado para validar la construcción de la herramienta. This report outlines the design and construction of a human-machine interface (HMI), designed to facilitate the supervision and operation with unmanned aerial vehicles (UAV). First, it is described an introduction to UAVs classification and application fields, reviewing the hardware features and software integration components. In order to define the basic components and operation modes in the general design, a brief review of the different presentation solutions and autonomous levels is described. As a result, it is presented the final software design, the components details and the system integration requirements. Finally, it is also concluded with some of the tests that have been conducted to validate the design and construction of the human-machine interface

Configuración de un entorno de trabajo para el desarrollo de software ágil con integración continua

Hoy en día, existen numerosos sistemas (financieros, fabricación industrial, infraestructura de servicios básicos, etc.) que son dependientes del software. Según la definición de Ingeniería del Software realizada por I. Sommerville, “la Ingeniería del Software es una disciplina de la ingeniería que comprende todos los aspectos de la producción de software desde las etapas iniciales de la especificación del sistema, hasta el mantenimiento de éste después de que se utiliza.” “La ingeniería del software no sólo comprende los procesos técnicos del desarrollo de software, sino también actividades tales como la gestión de proyectos de software y el desarrollo de herramientas, métodos y teorías de apoyo a la producción de software.” Los modelos de proceso de desarrollo software determinan una serie de pautas para poder desarrollar con éxito un proyecto de desarrollo software. Desde que surgieran estos modelos de proceso, se investigado en nuevas maneras de poder gestionar un proyecto y producir software de calidad. En primer lugar surgieron las metodologías pesadas o tradicionales, pero con el avance del tiempo y la tecnología, surgieron unas nuevas llamadas metodologías ágiles. En el marco de las metodologías ágiles cabe destacar una determinada práctica, la integración continua. Esta práctica surgió de la mano de Martin Fowler, con el objetivo de facilitar el trabajo en grupo y automatizar las tareas de integración. La integración continua se basa en la construcción automática de proyectos con una frecuencia alta, promoviendo la detección de errores en un momento temprano para poder dar prioridad a corregir dichos errores. Sin embargo, una de las claves del éxito en el desarrollo de cualquier proyecto software consiste en utilizar un entorno de trabajo que facilite, sistematice y ayude a aplicar un proceso de desarrollo de una forma eficiente. Este Proyecto Fin de Grado (PFG) tiene por objetivo el análisis de distintas herramientas para configurar un entorno de trabajo que permita desarrollar proyectos aplicando metodologías ágiles e integración continua de una forma fácil y eficiente. Una vez analizadas dichas herramientas, se ha propuesto y configurado un entorno de trabajo para su puesta en marcha y uso. Una característica a destacar de este PFG es que las herramientas analizadas comparten una cualidad común y de alto valor, son herramientas open-source. El entorno de trabajo propuesto en este PFG presenta una arquitectura cliente-servidor, dado que la mayoría de proyectos software se desarrollan en equipo, de tal forma que el servidor proporciona a los distintos clientes/desarrolladores acceso al conjunto de herramientas que constituyen el entorno de trabajo. La parte servidora del entorno propuesto proporciona soporte a la integración continua mediante herramientas de control de versiones, de gestión de historias de usuario, de análisis de métricas de software, y de automatización de la construcción de software. La configuración del cliente únicamente requiere de un entorno de desarrollo integrado (IDE) que soporte el lenguaje de programación Java y conexión con el servidor. ABSTRACT Nowadays, numerous systems (financial, industrial production, basic services infrastructure, etc.) depend on software. According to the Software Engineering definition made by I.Sommerville, “Software engineering is an engineering discipline that is concerned with all aspects of software production from the early stages of system specification through to maintaining the system after it has gone into use.” “Software engineering is not just concerned with the technical processes of software development. It also includes activities such as software project management and the development of tools, methods, and theories to support software production.” Software development process models determine a set of guidelines to successfully develop a software development project. Since these process models emerged, new ways of managing a project and producing software with quality have been investigated. First, the so-called heavy or traditional methodologies appeared, but with the time and the technological improvements, new methodologies emerged: the so-called agile methodologies. Agile methodologies promote, among other practices, continuous integration. This practice was coined by Martin Fowler and aims to make teamwork easier as well as automate integration tasks. Nevertheless, one of the keys to success in software projects is to use a framework that facilitates, systematize, and help to deploy a development process in an efficient way. This Final Degree Project (FDP) aims to analyze different tools to configure a framework that enables to develop projects by applying agile methodologies and continuous integration in an easy and efficient way. Once tools are analyzed, a framework has been proposed and configured. One of the main features of this FDP is that the tools under analysis share a common and high-valued characteristic: they are open-source. The proposed framework presents a client-server architecture, as most of the projects are developed by a team. In this way, the server provides access the clients/developers to the tools that comprise the framework. The server provides continuous integration through a set of tools for control management, user stories management, software quality management, and software construction automatization. The client configuration only requires a Java integrated development environment and network connection to the server.

Looking for the Holy Grail of Software Development

The history of Software Engineering has been marked by many famous project failures documented in papers, articles and books. This pattern of lack of success has prompted the creation of dozens of software analysis, requirements definition, and design methods, programming languages, software development environments and software development processes all promoted as solving ?the software problem.? What we hear less about are software projects that were successful. This article reports on the findings of an extensive analysis of successful software projects that have been reported in the literature. It discusses the different interpretations of success and extracts the characteristics that successful projects have in common. These characteristics provide Software Project Managers with an agenda of topics to be addressed that will help ensure, not guarantee, that their software project will be successful.

Diseño de un cuadricóptero de bajo coste basado en herramientas de software libre

El presente proyecto tiene como objetivo la realización de un cuadricóptero de bajo coste desarrollado con herramientas de software libre, con el fin de permitir el acceso y modificación del mismo a cualquiera que posea los conocimientos necesarios. Los cuadricópteros se definen como un vehículo aéreo no tripulado con cuatro rotores en los extremos. Los ejemplos existentes de estos tipos de vehículos son casi siempre de grandes cuadricópteros, los cuales utilizan diferentes tecnologías en los motores y control de los mismos. Los cuadricópteros de similar tamaño al que se pretende realizar son por lo general de compañías con hardware y software cerrado. En el caso de este proyecto se ha realizado un cuadricóptero de tamaño menor a 5 x 5 cm. La innovación que se propone con este proyecto es una forma de detectar obstáculos para cuadricópteros de tamaño similar, en los que la limitación del peso del dron supone una disminución de las opciones disponibles. Se desea que el cuadricóptero sea capaz de realizar un vuelo estable detectando y esquivando obstáculos sin necesidad de ayuda externa como operadores con mando de radio frecuencia. Para la creación del cuadricóptero, se ha realizado tanto el diseño de los esquemáticos como el diseño de las huellas para la utilización en el desarrollo de la PCB. Para ello se ha hecho uso de herramientas de software libre como es Kicad, software para el desarrollo de esquemáticos y placas de circuito impreso con las funcionalidades principales de cualquier software privativo relacionado. Se pretende de esta forma aportar a la literatura, un aspecto práctico de la realización de cuadricópteros, tanto desde los aspectos teóricos del diseño como los aspectos prácticos de la fabricación y soldadura de los componentes del cuadricóptero. En la realización del presente proyecto se ha tenido en cuenta los diferentes algoritmos que existen para la fusión de datos de la unidad de medida inercial, tanto la facilidad de implementación de los mismos como la facilidad de los cálculos resultantes de esta implementación. Se ha hecho una implementación de un filtro complementario, dando resultados satisfactorios debido a las características intrínsecas de la unidad de medida inercial. Además del filtro complementario, se ha realizado una implementación del filtro diseñado por Sebastian Madgwick [1]. Este filtro está especialmente diseñado para la fusión de los datos provenientes de la unidad de medida inercial, proporcionando la orientación del sistema haciendo uso de la representación en cuaternios de los datos del acelerómetro y giróscopo, permitiendo el uso del método del gradiente para el cálculo del error del giróscopo. Para la selección de los componentes, se ha hecho un análisis pormenorizado de las diferentes opciones disponibles, tomando como punto de partida los cuadricópteros que existen en la actualidad. Se han elegido estos componentes en función de las características de los mismos, prestando especial atención al tamaño, relacionado directamente con el peso de los mismos así como del precio, para lograr un cuadricóptero fácilmente reproducible de bajo coste. En este análisis se ha tenido en cuenta las dificultades existentes en la selección de determinados componentes como son los motores y las hélices. Al ser estos dos componentes caracterizados mediante tablas creadas por los fabricantes y usuarios de los mismos, la selección de los mismos se ha visto dificultada a la hora de elegir componentes de coste reducido al poseer poca información sobre los mismos. En especial, las formulas desarrolladas para el cálculo del empuje de los motores están directamente relacionados con los parámetros de las hélices. Estos parámetros están caracterizados para la mayoría de las hélices comerciales utilizadas en cuadricópteros. Para caracterizar las hélices se utiliza un banco de trabajo en donde es posible medir el empuje realizado por el conjunto del motor y hélice. En el caso del presente proyecto, no se disponía de la herramienta necesaria por lo que se ha realizado una estimación de los parámetros en función de las tablas disponibles para hélices similares de mayor tamaño. Para la elección de los sensores para la detección de los obstáculos se ha realizado un estudio de los diferentes sensores disponibles, analizando las ventajas y desventajas de los mismos para la elección del más adecuado para el proyecto. Se ha decidido el uso de sensores de distancia basados en tecnología infrarroja por ser los únicos que se adaptan a los requisitos de peso impuesto por el modelo. Además en este proyecto se ha realizado el montaje y soldadura de los componentes de la PCB. Estos componentes al ser de tamaño reducido, se ha comprobado que para la soldadura de los mismos es necesario el uso de herramientas especializadas, como puede ser estaciones de soldadura y pistola de aire caliente lo que dificulta su soldadura de manera no profesional. Al término de este proyecto se ha comprobado la dificultad de la realización de una correcta soldadura de los componentes, lo que introduce errores de conectividad entre los componentes, en concreto se ha detectado errores entre el microprocesador y unidad de medida inercial. Además de estos errores, se ha comprobado la dificultad de regular el sistema, no logrando un vuelo estable en el tiempo de escritura del presente proyecto. Por último se presenta el prototipo creado a lo largo del proyecto, al cual se le pueden hacer diferentes modificaciones como posibles líneas futuras, entre las que se encuentran una mejor regulación que permita el vuelo de un conjunto de drones.

Development of a tool for designing tests based on statistics and metadata

Background: This project’s idea arose derived of the need of the professors of the department “Computer Languages and Systems and Software Engineering (DLSIIS)” to develop exams with multiple choice questions in a more productive and comfortable way than the one they are currently using. The goal of this project is to develop an application that can be easily used by the professors of the DLSIIS when they need to create a new exam. The main problems of the previous creation process were the difficulty in searching for a question that meets some specific conditions in the previous exam files; and the difficulty for editing exams because of the format of the employed text files. Result: The results shown in this document allow the reader to understand how the final application works and how it addresses successfully every customer need. The elements that will help the reader to understand the application are the structure of the application, the design of the different components, diagrams that show the workflow of the application and some selected fragments of code. Conclusions: The goals stated in the application requirements are finally met. In addition, there are some thoughts about the work performed during the development of the application and how it improved the author skills in web development.