Nanismo amarelo em cereais de inverno.

2007

Pragas ocasionais em lavouras de soja no Rio Grande do Sul.

2007

Avaliação da adubação com nitrogênio e potássio em soqueiras de cana-de-açúcar sem queima.

2007

Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes.

2007

Modelagem molecular da proteína small heat shock de Xylella fastidiosa.

Este documento descreve o modelo molecular da proteína XF2234 e a análise preliminar da sua estrutura. O modelo foi construído por modelagem por homologia (ou modelagem comparativa) com a estrutura cristalográfica de uma proteína small heat shock de Triticum aestivum (trigo). A análise da estrutura tridimensional da proteína XF2234 tem o objetivo de contribuir para aumentar o conhecimento sobre o papel biológico das smHSPs, necessário para o combate à CVC.

Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas.

Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles obtidos pelas principais técnicas para seleção de parâmetros na literatura.Termos para indexação classificação de enzimas,predição de função de proteínas, estruturas de proteínas, banco de dados de proteínas, seleção de parâmetros, métodos para classsificação de dados.

Rotâmeros raros no Java Protein Dossier.

O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.

Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer.

O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.

Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting.

Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia

VPRO - um identificador de padrões de seqüências.

2007

Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida.

O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.

Avaliação da variabilidade espacial de parâmetros físicos do solo sob plantio direto em São Paulo - Brasil.

Este trabalho utiliza aplicações de métodos de geoestatística como semivariogramas e krigagem, para analisar a variabilidade espacial de alguns parâmetros físicos como permeabilidade, infiltração e condutividade hidráulica, sob plantio direto, como subsídio para averiguar possíveis causas de variação do rendimento de grãos em sistemas de rotação de culturas, sob Latossolo Vermelho-escuro na região de São Paulo.

Grau de conservação de aminoácidos de proteínas: comparação entre entropia relativa e pressão evolucionária.

2004

Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS.

Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.

Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD.

2005