Bacteriobenthos diversity in the surface of different sediment environments in Ria Farmosa

Dissertação de Mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

A diversidade pode ser definida como o número e variedade de espécies e a sua relação espacial, numa determinada área. De forma a observar eventuais padrões de diversidade bacteriobentónica associados com as diferentes origens das camadas superficiais de sedimentos de diferentes ambientes, pretendeu-se estudar diferentes conjuntos de ambientes sedimentares localizados nas imediações das barras do sistema lagunar da Ria Formosa, tendo em consideração o hidrodinamismo e a variação temporal e como poderão afectar os diferentes ambientes sedimentares e a sua biologia. Num contexto geral, pretendeu-se analisar a camada superficial de sedimentos, e proceder à extração de DNA das bactérias aderidas, nos diferentes locais. Pretendeu-se assim, avaliar a diversidade bacteriana nestes ambientes, e a forma como poderá estar relacionada com os diferentes ambientes sedimentares. Serão as populações bacterianas as mesmas nos diferentes ambientes, ou existirá um padrão distinto na sua diversidade? De forma a obter a diversidade dos grupos bacterianos de diferentes ambientes sedimentares, na Ria Formosa, procedeu-se à aplicação da técnica de “Nested PCR-DGGE” (electroforese desnaturante de amplicões obtidos em sucessivas reacções de PCR – reacção em cadeia da DNA polimerase). De acordo com a literatura, foram escolhidos fragmentos iniciadores («primer») específicos do 16S cDNA. Após a primeira amplificação, foi efetuada uma segunda com os produtos da anterior, resultando em amplicões mais específicos que foram subsequentemente separados por electroforese em gel desnaturante - DGGE, da qual se obtiveram perfis característicos. A comparação estatística entre os replicados e entre as amostras dos diferentes ambientes sedimentares, produziu informação suficiente para identificar padrões específicos de diversidade bacteriobentónica.