植生克雷伯氏菌（Klebsiella planticola 19-1）nifA-like基因的克隆

植生克雷伯氏菌(Klebsiella planticola 19-1)是从新疆鄯善地区玉米根际分离得到的一株联合固氮菌。在40℃高温下有较强的乙炔还原活性。 本工作利用Southern Blot分子杂交技术, 以Klebsiella pneumoniae的nifA为探针，证明了在K．planticola 19-1中存在nifA-like基因，由nifH-lacZ实验推论其nifA-like基因产物对高温相对稳定。经过大质粒电泳和Southern Blot分子杂交，发现nifA-like基因定位于染色体外的大质粒上。本工作进一步克隆了含有K．plonticola 19-1的nifA-like基因的DNA片段，做了它的限制性酶切图谱，并将nifA-like基因初步定位。

La libertad de información y revelación de datos fiscales

[ES]Con el desarrollo de las nuevas tecnologías, se han facilitado las relaciones, acortado el tiempo de espera y agilizado los trámites con la Administración Pública. Estos adelantos, sin embargo, han propiciado que sea necesario proporcionar información de carácter personal de los ciudadanos, que en la mayoría de los casos es sensible. Es por esto que en los últimos años se han ido modificando e introduciendo nuevas leyes que permiten proteger estos datos de carácter personal. Cuando un contribuyente realiza sus obligaciones tributarias suministra datos de carácter personal a Hacienda, datos que están protegidos por la Ley Orgánica de Protección de Datos. El Sistema Tributario deber ser eficaz y transparente. Sin embargo, cabe preguntarse dónde se sitúa el límite a esa transparencia. Con el fin de que la transparencia sea máxima y de que la ciudadanía se conciencie de la importancia de cumplir con sus obligaciones tributarias el legislador se ha planteado la posibilidad de publicar una lista de deudores y las sentencias firmes condenatorias de grandes defraudadores. Esta publicación de las listas aparentemente vulneraría los derechos de los ciudadanos en lo referente a la protección de datos con opiniones encontradas. Tras informes de diferentes organismos se ha llegado al Proyecto de Ley de Modificación parcial de la Ley 58/2003, General Tributaria (Boletín Oficial de las Cortes Generales del 30 de abril de 2015), que permitiría publicar las listas con ciertos límites: publicación únicamente del nombre de la persona física o jurídica y DNI o NIF. Además, para permitir la publicación de las sentencias firmes de los defraudadores, recientemente se ha aprobado el Proyecto de reforma de la Ley Orgánica del Poder Judicial.

根瘤菌感染烟草、水稻及豌豆凝集素基因在烟草中的表达

该文用根据瘤菌合成血红素基因hemA，根瘤菌固氨氮酶调节基因nifA，固氮酶结构基因nifKDH，nifH的启动子与lacZ基因融合的质粒，通过三亲交配法将其思入豌豆根据瘤菌.接种烟草发根、烟草植株和水稻。结果表明β-半乳糖苷酶有不同强度的组织化学染色反应，hemA染色最强，其它次之。显微镜观察表明在烟草发根据的维管束中柱鞘细胞、水稻根皮层细胞内和细胞间隙有根瘤菌存在.从根中分离纯化细菌，LacZ染色，再回接豌豆结瘤和根瘤的LacZ染色，证明是LacZ标记基因的豌豆根据瘤菌。由此说明根瘤菌可以侵染非豆科植物烟草和水稻。除了对烟草、水稻根进行LacZ染色外，还对其茎、叶进行了染色，结果也有正反应现象，说明根瘤菌有可能由根向上部分移动。另一方面，说明根瘤蓖的nifA、nifKDH、 nifH的启动子在植物组织也可能起起动作用表达lacZ基因。用上述不同启动子-LacZ标记的豌豆根瘤菌接种烟草，有促进生长发育和提前开花的现象。 对豌豆凝集素基因转烟草的发根，用蛋白免疫原位杂交检测，表明该基因 的转译产物定位在根毛顶端。对发根接种豌豆根瘤菌、菜豆根瘤菌，结果只有 接种豌豆根瘤菌的发根出现瘤状物的结构。对其切片显微镜观察，可见细胞内 和细胞间隙有细菌颗粒存在。由于豌豆凝集素被认为是豌豆植物对其相应的豌 豆根瘤菌的识别因子，本结果初步表明有可能是转基因发根产生的豌豆凝集素 因子识别豌豆根瘤菌的结果。如果进一步得到证明，这一结果才具有重要的科 学意义，表明今后用基因工程的方法有可能扩大根瘤菌的宿主范围，使非豆科 植物有结瘤和固氮的可能性。

根瘤菌、铵态氮、光照强度对大豆固氮和光合作用影响的研究

生物固氮和植物光合作用作为全球生态系统的两个基本生物学过程, 在碳氮循环、自然生态系统的维持和演替，以及农业生产中起了重要作用。尽管过去关于共生固氮与光合作用的研究取得了巨大成就，但是，很少将两者直接联系起来。本研究通过比较低光效和高光效大豆接种高效固氮根瘤菌后固氮与光合作用的差异，比较接种根瘤菌和施用铵态氮肥对大豆光合生理的影响或光照强度对大豆光合固氮的影响，以及C4基因转化C3 豆科植物—苜蓿的研究，试图将两者偶联起来。研究获得以下结果： 1．用nifA和dct工程根瘤菌接种低光效和高光效大豆后，与出发菌株比，均提高了大豆的固氮和光合作用。两者相比，nifA工程菌对低光效大豆黑农37号发挥了比较好的作用，大豆的光合作用参数，固氮活性和植物株高、株重等产量参数比dct工程菌好;dct工程菌接种高光效大豆黑农40号后，尽管固氮酶活性与nifA工程菌相比没有明显差异，但是大豆光合作用和产量参数有了比较明显的提高。 2．光照培养条件下，对大豆进行了接种根瘤菌（108细菌/ mL）、低氮（5 mmol/L (NH4)2SO4）和高氮（30 mmol/L (NH4)2SO4）处理。测定的大豆生长状况和光合作用系列参数结果表明：低氮处理的最好，接种根瘤菌的次之，高氮处理的最差。由此说明单纯接种根瘤菌满足不了大豆发育过程中的氮营养要求，其光合作用和生长受到不利影响。但是，高氮处理也并没有提高大豆的光合作用，其生长发育甚至受到抑制。该结果为生产实践中合理施肥提供了光合生理方面的参考。 3．接根瘤菌和不接根瘤菌的大豆在正常光强（150μmol photons m-2s-1）下生长三周后进行遮光（15μmol photons m-2s-1，7天）和复光（正常光强，7天）处理，大豆的光合作用有下降和回复。测定的一系列光合参数、叶绿素荧光参数，以及植物的生长生理参数结果表明：接根瘤菌大豆与不接根瘤菌的大豆对遮光的响应有不同。正常光照下，接种根瘤菌能促进大豆生长与光合作用;遮光处理后，根瘤菌对大豆的促进作用不显著。 4．获得了不同苜蓿品种的愈伤组织及其诱导的再生植株。并作了用小米、甘蔗的PEPC基因转化苜蓿的研究。由于在实验过程中，考虑转基因植物的安全性，着重于用甘露糖筛选转化体系的研究工作，忽略了用抗生素筛选转化体。用PCR法从苜蓿中扩增出甘露糖异构酶基因（pmi），表明苜蓿体内含有自己的甘露糖异构酶基因，使得甘露糖筛选没有成功。

根瘤菌在植物内的迁移运动及其与植物相互作用的蛋白质组学研究

根瘤菌不但可以在豆科植物的根部形成共生固氮的根瘤，而且还可以在自然条件下与重要的谷类作物的根形成内生的联合作用。尽管内生菌在植物中广泛存在，但是关于根瘤菌在植物根内的定殖方式还有许多未知。根瘤菌作为内生菌与水稻相互作用的分子机制目前还不清楚。本研究应用显微镜观察、分子生物学和蛋白质组学的研究技术，对内生根瘤菌与植物相互作用，并促进生长的机制进行了探索。 我们用带有gfp标记的根瘤菌分别接种非豆科植物水稻、烟草和豆科植物，应用激光共聚焦显微镜和平板分离，检测其在健康植物组织内的侵染、定殖和分布过程及其对植物生长生理的影响。结果表明： 1．根瘤菌对水稻的侵染是一个动态的过程，它开始于根际表面的定殖，然后从根的裂隙进入根内，向上迁移到叶鞘和叶部分，并且发展为较高的群体密度。水稻接种不同种类的根瘤菌，显著增加了根和地上部分的生物量，提高了光合速率、气孔导度、蒸腾速率、水分利用效率和旗叶的叶面积，并且在植物体内积累了更高浓度的植物激素（生长素和赤霉素）。 2．根瘤菌同样可以在烟草体内由根部向植物地上部分的茎、叶迁移，并从叶的气孔溢出到叶的表面，具有附生－内生－附生生活方式的转换。同时，根瘤菌还可以沿植物的表面从根到地上部分迁移。在植物的生殖生长阶段，内生根瘤菌仍然保持活动性，可以进入烟草子房的子房壁、胎座和胚珠内，暗示根瘤菌通过种子向子代垂直传播的可能性。 3．根瘤菌与豆科植物形成共生固氮根瘤的同时，还可以以内生菌的生态方式定殖于豆科植物中，同样有类似于水稻、烟草的方式在体内由根向地上部分迁移。这种定殖和迁移与根瘤菌胞外多糖和鞭毛的有和无没有关系。 内生根瘤菌促进植物生长的原因是人们一直关心的问题。将根瘤菌固氮正调控基因nifA的启动子与gfp基因构建成融合质粒，设计其他nif相关基因的引物，对有内生根瘤菌的水稻和豆科植物的RNA，进行RT-PCR，表明，虽然定殖于豆科植物体内的内生根瘤菌nifA基因有表达，但是其他的nif基因不表达，因而内生根瘤菌对植物的促生作用不是固氮作用的结果。 我们还用蛋白质组学的方法，分析了Sinorhizobium meliloti 1021和Azorhizobium caulinodans ORS 571接种水稻根部后的植物根、叶鞘和叶组织的蛋白质表达的差异变化。结果表明Sinorhizobium meliloti 1021接种水稻引起的差异蛋白在根内有21个，叶鞘内有19个，叶内有12个;Azorhizobium caulinodans ORS 571接种水稻引起的差异蛋白在根内有7个，叶鞘内有 8个，叶内有8个。蛋白功能的归类中有防卫反应、光合作用、植物生长素、碳和能量代谢及氮代谢相关蛋白的变化。特别是光合作用、植物生长素等相关蛋白的表达，与生理测定光合作用和生长素有提高是一致的，为内生根瘤菌促进水稻生长提供了一个方面的分子证据。 综上所述，表明内生根瘤菌和植物的联合作用比以前所认识的更为复杂，更具有侵染力和动态性。因此，本研究提高了人们对根瘤菌的新认识，不仅与豆科植物根部结瘤，进行共生固氮，而且以内生菌与水稻等植物联合，提高光合作用和生长素含量，促进生长，从另一个方面补充了根瘤菌对植物的有益作用，为根瘤菌作为广谱生物肥料的发展策略奠定分子基础，对可持续农业有重要意义。

Étude de la régulation de la nitrogénase chez Rhodobacter capsulatus dans la noirceur

L’atmosphère terrestre est très riche en azote (N2). Mais cet azote diatomique est sous une forme très stable, inutilisable par la majorité des êtres vivants malgré qu’il soit indispensable pour la synthèse de matériels organiques. Seuls les procaryotes diazotrophiques sont capables de vivre avec le N2 comme source d’azote. La fixation d’azote est un processus qui permet de produire des substances aminées à partir de l’azote gazeux présent dans l’atmosphère (78%). Cependant, ce processus est très complexe et nécessite la biosynthèse d’une vingtaine de protéines et la consommation de beaucoup d’énergie (16 molécules d’ATP par mole de N2 fixé). C’est la raison pour laquelle ce phénomène est rigoureusement régulé. Les bactéries photosynthétiques pourpres non-sulfureuses sont connues pour leur capacité de faire la fixation de l’azote. Les études faites à la lumière, dans le mode de croissance préféré de ces bactéries (photosynthèse anaérobie), ont montré que la nitrogénase (enzyme responsable de la fixation du diazote) est sujet d’une régulation à trois niveaux: une régulation transcriptionnelle de NifA (protéine activatrice de la transcription des gènes nif), une régulation post-traductionnelle de l’activité de NifA envers l’activation de la transcription des autres gènes nif, et la régulation post-traductionnelle de l’activité de la nitrogénase quand les cellules sont soumises à un choc d’ammoniaque. Le système de régulation déjà décrit fait intervenir essentiellement une protéine membranaire, AmtB, et les deux protéines PII, GlnB et GlnK. Il est connu depuis long temps que la nitrogénase est aussi régulée quand une culture photosynthétique est exposée à la noirceur, mais jusqu’aujourd’hui, on ignore encore la nature des systèmes intervenants dans cette régulation. Ainsi, parmi les questions qui peuvent se poser: quelles sont les protéines qui interviennent dans l’inactivation de la nitrogénase lorsqu’une culture anaérobie est placée à la noirceur? Une analyse de plusieurs souches mutantes, amtB- , glnK- , glnB- et amtY- poussées dans différentes conditions de limitation en azote, serait une façon pour répondre à ces interrogations. Alors, avec le suivi de l’activité de la nitrogénase et le Western Blot, on a montré que le choc de noirceur provoquerait un "Switch-off" de l’activité de la nitrogénase dû à une ADP-ribosylation de la protéine Fe. On a réussit aussi à montrer que ii tout le système déjà impliqué dans la réponse à un choc d’ammoniaque, est également nécessaire pour une réponse à un manque de lumière ou d’énergie (les protéines AmtB, GlnK, GlnB, DraG, DraT et AmtY). Or, Rhodobacter capsulatus est capable de fixer l’azote et de croitre aussi bien dans la micro-aérobie à la noirceur que dans des conditions de photosynthèse anaérobies, mais jusqu'à maintenant sa régulation dans l’obscurité est peu étudiée. L’étude de la fixation d’azote à la noirceur nous a permis de montrer que le complexe membranaire Rnf n’est pas nécessaire à la croissance de R. capsulatus dans de telles conditions. Dans le but de développer une façon d’étudier la régulation de la croissance dans ce mode, on a tout d’abord essayé d’identifier les conditions opératoires (O2, [NH4 + ]) permettant à R. capsulatus de fixer l’azote en microaérobie. L’optimisation de cette croissance a montré que la concentration optimale d’oxygène nécessaire est de 10% mélangé avec de l’azote.

Maximum Series-Parallel Subgraph

Consider the NP-hard problem of, given a simple graph G, to find a series-parallel subgraph of G with the maximum number of edges. The algorithm that, given a connected graph G, outputs a spanning tree of G, is a 1/2-approximation. Indeed, if n is the number of vertices in G, any spanning tree in G has n-1 edges and any series-parallel graph on n vertices has at most 2n-3 edges. We present a 7/12 -approximation for this problem and results showing the limits of our approach.

Comparative genomic and transcriptome analyses of pathotypes of Xanthomonas citri subsp. citri provide insights into mechanisms of bacterial virulence and host range

Abstract Background Citrus bacterial canker is a disease that has severe economic impact on citrus industries worldwide and is caused by a few species and pathotypes of Xanthomonas. X. citri subsp. citri strain 306 (XccA306) is a type A (Asiatic) strain with a wide host range, whereas its variant X. citri subsp. citri strain Aw12879 (Xcaw12879, Wellington strain) is restricted to Mexican lime. Results To characterize the mechanism for the differences in host range of XccA and Xcaw, the genome of Xcaw12879 that was completed recently was compared with XccA306 genome. Effectors xopAF and avrGf1 are present in Xcaw12879, but were absent in XccA306. AvrGf1 was shown previously for Xcaw to cause hypersensitive response in Duncan grapefruit. Mutation analysis of xopAF indicates that the gene contributes to Xcaw growth in Mexican lime but does not contribute to the limited host range of Xcaw. RNA-Seq analysis was conducted to compare the expression profiles of Xcaw12879 and XccA306 in Nutrient Broth (NB) medium and XVM2 medium, which induces hrp gene expression. Two hundred ninety two and 281 genes showed differential expression in XVM2 compared to in NB for XccA306 and Xcaw12879, respectively. Twenty-five type 3 secretion system genes were up-regulated in XVM2 for both XccA and Xcaw. Among the 4,370 common genes of Xcaw12879 compared to XccA306, 603 genes in NB and 450 genes in XVM2 conditions were differentially regulated. Xcaw12879 showed higher protease activity than XccA306 whereas Xcaw12879 showed lower pectate lyase activity in comparison to XccA306. Conclusions Comparative genomic analysis of XccA306 and Xcaw12879 identified strain specific genes. Our study indicated that AvrGf1 contributes to the host range limitation of Xcaw12879 whereas XopAF contributes to virulence. Transcriptome analyses of XccA306 and Xcaw12879 presented insights into the expression of the two closely related strains of X. citri subsp. citri. Virulence genes including genes encoding T3SS components and effectors are induced in XVM2 medium. Numerous genes with differential expression in Xcaw12879 and XccA306 were identified. This study provided the foundation to further characterize the mechanisms for virulence and host range of pathotypes of X. citri subsp. citri.

Azotobacter vinelandii NIFL is a flavoprotein that modulates transcriptional activation of nitrogen-fixation genes via a redox-sensitive switch.

The NIFL regulatory protein controls transcriptional activation of nitrogen fixation (nif) genes in Azotobacter vinelandii by direct interaction with the enhancer binding protein NIFA. Modulation of NIFA activity by NIFL, in vivo occurs in response to external oxygen concentration or the level of fixed nitrogen. Spectral features of purified NIFL and chromatographic analysis indicate that it is a flavoprotein with FAD as the prosthetic group, which undergoes reduction in the presence of sodium dithionite. Under anaerobic conditions, the oxidized form of NIFL inhibits transcriptional activation by NIFA in vitro, and this inhibition is reversed when NIFL is in the reduced form. Hence NIFL is a redox-sensitive regulatory protein and may represent a type of flavoprotein in which electron transfer is not coupled to an obvious catalytic activity. In addition to its ability to act as a redox sensor, the activity of NIFL is also responsive to adenosine nucleotides, particularly ADP. This response overrides the influence of redox status on NIFL and is also observed with refolded NIFL apoprotein, which lacks the flavin moiety. These observations suggest that both energy and redox status are important determinants of nif gene regulation in vivo.

The amino-terminal domain of the prokaryotic enhancer-binding protein XylR is a specific intramolecular repressor.

The mechanism under which the signal-reception amino-terminal portion (A domain) of the prokaryotic enhancer-binding protein XylR controls the activity of the regulator has been investigated through complementation tests in vivo, in which the various protein segments were produced as independent polypeptides. Separate expression of the A domain repressed the otherwise constitutive activity of a truncated derivative of XylR deleted of its A domain (XylR delta A). Such inhibition was not released by m-xylene, the natural inducer of the system. Repression caused by the A domain was specific for XylR because it did not affect activation of the sigma 54 promoter PnifH by a derivative of its cognate regulator, NifA, deleted of its own A domain. The A domain was also unable to repress the activity of a NifA-XylR hybrid protein resulting from fusing two-thirds of the central domain of NifA to the carboxyl-terminal third of XylR, which includes its DNA-binding domain. The inhibitory effect caused by the A domain of XylR on XylR delta A seems, therefore, to result from specific interactions in trans between the two truncated proteins and not from mere hindering of an activating surface.

Identification of the essential histidine residue for high-affinity binding of AlbA protein to albicidin antibiotics

The albA gene from Klebsiella oxytoca encodes a protein that binds albicidin phytotoxins and antibiotics with high affinity. Previously, it has been shown that shifting pH from 6 to 4 reduces binding activity of AlbA by about 30%, indicating that histidine residues might be involved in substrate binding. In this study, molecular analysis of the albA coding region revealed sequence discrepancies with the albA sequence reported previously, which were probably due to sequencing errors. The albA gene was subsequently cloned from K oxytoca ATCC 13182(T) to establish the revised sequence. Biochemical and molecular approaches were used to determine the functional role of four histidine residues (His(78), HiS(125), HiS(141) and His(189)) in the corrected sequence for AlbA. Treatment of AlbA with diethyl pyrocarbonate (DEPC), a histidine-specific alkylating reagent, reduced binding activity by about 95%. DEPC treatment increased absorbance at 240-244 nm by an amount indicating conversion to N-carbethoxyhistidine of a single histidine residue per AlbA molecule. Pretreatment with albicidin protected AlbA against modification by DEPC, with a 1 : 1 molar ratio of albicidin to the protected histidine residues. Based on protein secondary structure and amino acid surface probability indices, it is predicted that HiS125 might be the residue required for albicidin binding. Mutation of HiS125 to either alanine or leucine resulted in about 32% loss of binding activity, and deletion of HiS125 totally abolished binding activity. Mutation of HiS125 to arginine and tyrosine had no effect. These results indicate that HiS125 plays a key role either in an electrostatic interaction between AlbA and albicidin or in the conformational dynamics of the albicidin-binding site.

Cross-talk towards the response regulator NtrC controlling nitrogen metabolism in Rhodobacter capsulatus

Rhodobacter capsulatus NtrB/NtrC two-component regulatory system controls expression of genes involved in nitrogen metabolism including urease and nitrogen fixation genes. The ntrY-ntrX genes, which are located immediately downstream of the nifR3-ntrB-ntrC operon, code for a two-component system of unknown function. Transcription of ntrY starts within the ntrC-ntrY intergenic region as shown by primer extension analysis, but maximal transcription requires, in addition, the promoter of the nifR3-ntrB-ntrC operon. While ntrB and ntrY single mutant strains were able to grow with either urea or N-2 as sole nitrogen source, a ntrB/ntrY double mutant (like a ntrC-deficient strain) was no longer able to use urea or N-2. These findings suggest that the histidine kinases NtrB and NtrY can substitute for each other as phosphodonors towards the response regulator NtrC.

Climate-smart soils

We thank A. Swan for figure design. We thank the following organisations for support: USDA/NIFA (grant number 2011-67003-30205 to K.P. and S.O.); USDA/NRCS (grant number CESU-68-7482-15-507 to K.P.); the NSF (grant number DEB 1027253 to G.P.R.); the US DOE (grant number DE-FCO2-07ER64494 to G.P.R.); NERC (grant number NE/M016900/1 to P.S.); and the Belmont Forum/FACCE-JPI (grant number NE/M021327/1 to P.S.).

Improving photofermentative hydrogen production through metabolic engineering and DOE (Design of Experiments)

A l’heure actuelle, les biocarburants renouvelables et qui ne nuit pas à l'environnement sont à l'étude intensive en raison de l'augmentation des problèmes de santé et de la diminution des combustibles fossiles. H2 est l'un des candidats les plus prometteurs en raison de ses caractéristiques uniques, telles que la densité d'énergie élevée et la génération faible ou inexistante de polluants. Une façon attrayante pour produire la H2 est par les bactéries photosynthétiques qui peuvent capter l'énergie lumineuse pour actionner la production H2 avec leur système de nitrogénase. L'objectif principal de cette étude était d'améliorer le rendement de H2 des bactéries photosynthétiques pourpres non sulfureuses utilisant une combinaison de génie métabolique et le plan des expériences. Une hypothèse est que le rendement en H2 pourrait être améliorée par la redirection de flux de cycle du Calvin-Benson-Bassham envers du système de nitrogénase qui catalyse la réduction des protons en H2. Ainsi, un PRK, phosphoribulose kinase, mutant « knock-out » de Rhodobacter capsulatus JP91 a été créé. L’analyse de la croissance sur des différentes sources de carbone a montré que ce mutant ne peut croître qu’avec l’acétate, sans toutefois produire d' H2. Un mutant spontané, YL1, a été récupéré qui a retenu l'cbbP (codant pour PRK) mutation d'origine, mais qui avait acquis la capacité de se développer sur le glucose et produire H2. Une étude de la production H2 sous différents niveaux d'éclairage a montré que le rendement d’YL1 était de 20-40% supérieure à la souche type sauvage JP91. Cependant, il n'y avait pas d'amélioration notable du taux de production de H2. Une étude cinétique a montré que la croissance et la production d'hydrogène sont fortement liées avec des électrons à partir du glucose principalement dirigés vers la production de H2 et la formation de la biomasse. Sous des intensités lumineuses faibles à intermédiaires, la production d'acides organiques est importante, ce qui suggère une nouvelle amélioration additionnel du rendement H2 pourrait être possible grâce à l'optimisation des processus. Dans une série d'expériences associées, un autre mutant spontané, YL2, qui a un phénotype similaire à YL1, a été testé pour la croissance dans un milieu contenant de l'ammonium. Les résultats ont montré que YL2 ne peut croître que avec de l'acétate comme source de carbone, encore une fois, sans produire de H2. Une incubation prolongée dans les milieux qui ne supportent pas la croissance de YL2 a permis l'isolement de deux mutants spontanés secondaires intéressants, YL3 et YL4. L'analyse par empreint du pied Western a montré que les deux souches ont, dans une gamme de concentrations d'ammonium, l'expression constitutive de la nitrogénase. Les génomes d’YL2, YL3 et YL4 ont été séquencés afin de trouver les mutations responsables de ce phénomène. Fait intéressant, les mutations de nifA1 et nifA2 ont été trouvés dans les deux YL3 et YL4. Il est probable qu'un changement conformationnel de NifA modifie l'interaction protéine-protéine entre NifA et PII protéines (telles que GlnB ou GlnK), lui permettant d'échapper à la régulation par l'ammonium, et donc d'être capable d'activer la transcription de la nitrogénase en présence d'ammonium. On ignore comment le nitrogénase synthétisé est capable de maintenir son activité parce qu’en théorie, il devrait également être soumis à une régulation post-traductionnelle par ammonium. Une autre preuve pourrait être obtenue par l'étude du transcriptome d’YL3 et YL4. Une première étude sur la production d’ H2 par YL3 et YL4 ont montré qu'ils sont capables d’une beaucoup plus grande production d'hydrogène que JP91 en milieu d'ammonium, qui ouvre la porte pour les études futures avec ces souches en utilisant des déchets contenant de l'ammonium en tant que substrats. Enfin, le reformage biologique de l'éthanol à H2 avec la bactérie photosynthétique, Rhodopseudomonas palustris CGA009 a été examiné. La production d'éthanol avec fermentation utilisant des ressources renouvelables microbiennes a été traitée comme une technique mature. Cependant, la plupart des études du reformage de l'éthanol à H2 se sont concentrés sur le reformage chimique à la vapeur, ce qui nécessite généralement une haute charge énergetique et résultats dans les émissions de gaz toxiques. Ainsi le reformage biologique de l'éthanol à H2 avec des bactéries photosynthétiques, qui peuvent capturer la lumière pour répondre aux besoins énergétiques de cette réaction, semble d’être plus prometteuse. Une étude précédente a démontré la production d'hydrogène à partir d'éthanol, toutefois, le rendement ou la durée de cette réaction n'a pas été examiné. Une analyse RSM (méthode de surface de réponse) a été réalisée dans laquelle les concentrations de trois facteurs principaux, l'intensité lumineuse, de l'éthanol et du glutamate ont été variés. Nos résultats ont montré que près de 2 moles de H2 peuvent être obtenus à partir d'une mole d'éthanol, 33% de ce qui est théoriquement possible.