Investigação de Leishmania SP em carrapatos de cães de bairros de Imperatriz-MA, através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR)

A Leishmaniose é uma doença causada pelo protozoário Leishmania sp, podendo acometer homem e animais dependendo da espécie do parasita, São transmitidos pelos flebotomíneos fêmeas, insetos do gênero Lutzomyia, que ao exercer o hematofagismo inoculam as formas promastigota infectantes, mas recentemente, tem sido levantado hipóteses sobre a transmissão por carrapatos. Segundo a vigilância epidemiológica de Imperatriz-MA a cidade é endêmica tanto para Leishmaniose Tegumentar (LT) quanto para a Leishmaniose Visceral (LV). Este trabalho teve como objetivo principal investigar a presença de DNA de Leishmania sp em carrapatos coletados de cães atendidos em petshop e Centro de Controle de Zoonoses do município de Imperatriz utilizando a técnica de PCR. O DNA foi extraído a partir de 640 carrapatos fêmeas e testadas utilizando o primer que amplifica o gene de mini-exon de Leishmania sp. Os carrapatos foram coletados de 41 cães de diferentes bairros da cidade de Imperatriz. A maioria dos carrapatos foram identificados como Rhipicephalus sanguineus. Os seguintes sinais clínicos sugestivos de leishmaniose foram observados nos cães: onicogrifose em 53,65% (22/41); úlceras em 63,41% (26/41), a perda de cabelo e inapetência em 39,02% (16/41). Cento e setenta carrapatos (26,56%) coletados de 16 cães apresentaram DNA de Leishmania do subgênero Viannia, responsável pela forma cutânea da doença. Não foi detectado nenhum DNA de Leishmania infantum chagasi. Carrapatos infectados foram coletados de ambos os cães sintomáticos e assintomáticos. Embora ainda não tenha sido demonstrado que os carrapatos possam transmitir Leishmania aos cães sob condições naturais, o resultado deste estudo tem vários aspectos importantes, pois é um método não-invasivo de detecção, capaz de diferenciar os grupos de parasitas em circulação, em especial se os animais não têm lesões, pode ser um indicador biológico em locais onde não é feito uma investigação sorológica e nem entomológica, podendo dar suporte aos programas de vigilância de saúde local.

Metodologia microbiológica convencional e reação em cadeia pela polimerase (PCR) na detecção de Salmonellasp. a partir de caldos de enriquecimento – Tetrathionato e Rappaport-Vassiliadis

The progressive increase in consumption and production of poultry meat in later years comes forth with an increase of the occurrence of foodborne diseases, including salmonellosis. Salmonellosis is caused by the ingestion of contaminated products, mainly by the consumption of poultry meat which processing and preparation for consumption were not effective to eliminate pathogens. Thus, there is a need for the development of faster more sensitive methods of detection of pathogens as a way to ensure the quality of the food offered to consumers. The goal of this essay was to evaluate the effect of enrichment broths on naturally contaminated poultry meat samples. A total of 65 samples was collected, these samples were rinsed with 370 mL of buffered peptone water (BPS) 1% according with the traditional methodology. All of the samples were enriched with both Tetrathionate (TT) and Rappaport-Vassiliadis (RV) and all were analyzed by the convencional identification method and polimerasis chain reaction (PCR). Of the 65 analized samples, 34 (52%) were positive when analized by the conventional method, while 45 (69%) were positive when analized by the PCR. Amongst the 45 positive PCR samples, 44 samples were positive when enriched with TT, while just 32 samples were positive when enriched by RV. Of the 34 positive conventional samples, 29 samples were positive when enriched by TT and 31 were positive when enriched by RV

Freqüência do parvovírus suíno em fetos mumificados, abortados e natimortos detectado através da reação em cadeia pela polimerase (PCR)

Porcine parvovirus (PPV) is associated with reproductive failure and it has been found worldwide, including Brazil. Many diagnostic procedures are used for its detection, for example, immunofluorescence, HA, HI and PCR and this is an important technique because it is very specific and sensitive. In this work, the presence of PPV in fetuses from swine farms with reproductive problems was detected by PCR. All of 170 samples from aborted fetuses, mummies or stillborns were sampled by PCR with primers designed to VP2 region of PPV and c-myc (endogenous control). Only 142 samples (83,53%) were positive for c-myc and among them six samples (4,22%) were positive for PPV which were tested in HA. In this test, erythrocytes suspension 1% was used and three samples (50%) agglutinated but they presented low titer (4). For this work, porcine parvovirus was detected in the samples analyzed by PCR and HA. It is important to emphasize the use of endogenous control when material with elevated degree of autolysis is examined

Metodologia Microbiológica Convencional e Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) na detecção de Salmonella spp em carcaças de frango

Salmonella is the etiological agent responsible for one of the most important Food Borne Disease (FBD), Salmonellosis, which generates significant economic consequences in several countries, including Brazil. Poultry meat is one of the most important disseminators of the pathogen. Accordingly, several countries have developed programs trying to reduce the prevalence of Salmonella in poultry meat. Such programs are based on the research of the pathogen in the carcasses, establishing a maximum limit of positive samples at each set of analysis. The Salmonella scans are usually made using the conventional microbiological methods, which tend to be expensive and time consuming. In recent years were developed rapid methods such as polymerase chain reaction (PCR), which can greatly shorten the results time, showing greater sensitivity and specificity than conventional methodology

Identificação molecular por reação em cadeia da polimerase multiplex para espécies do gênero Candida de importância médica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Detecção de Histophilus somni (Haemophilus somnus) no sêmen bovino mediante reação em cadeia pela polimerase (PCR)

The present study evaluated the use of PCR for Histophilus somni detection in bovine semen. Semen samples were experimentally infected with H. somni at dilutions ranging from 107 to 101 bacteria/mL and subjected to DNA extraction by the phenol/chloroform method, followed by PCR amplification. The amplification products were analyzed by electrophoresis in 8% acrylamide gel. The oligonucleotide primers used yielded an amplification fragment of 400 base pairs from the bacterial DNA. Positive amplification was obtained even for the 101 bacteria/mL dilution. PCR proved to be an efficient method for the detection of H. somni. The results obtained in this study have brought relevant information for the diagnosis of H. somni, justifying the need for the diagnosis of this bacterium in bulls, especially in semen samples that should be free of contamination. The PCR method has shown to be a useful tool for the quality control of semen produced in artificial insemination centers.

Diagnóstico laboratorial de Mycobacterium spp. em Botucatu e região, utilizando a técnica Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em material biológico e avaliação de condições associadas

Pós-graduação em Saúde Coletiva - FMB

Detecção de Brucella spp. em leite bovino não pasteurizado através da Reação de Cadeia pela Polimerase (PCR)

Brucellosis is a zoonosis caused by bacteria of the genus Brucella. Man infection occurs through contact with reproductive secretions as placenta and its lochia, semen and penile secretion of infected animals or by consuming unpasteurized milk and dairy products. With the objective of investigating the presence of bacteria in milk, 30 samples of raw milk sold illegally in the region of Botucatu, São Paulo, Brazil, as well as 50 samples of milk delivered to a dairy industry previously to its pasteurization were evaluated by the polymerase chain reaction (PCR) technique. Of the 80 samples analyzed, 10 samples (12.5%) were positive and 70 (87.5%) were negative. Among the  positive samples,  5 (16.6%)  were from  illegal traders  and other  5  (10%) were obtained  from the dairy industry. Brucella spp. positivity shows that the pathogen is representatively present in Botucatu, São Paulo, Brazil, and the risk associated to public health due to the commercialization of illegal products without pasteurization is real.

Comparação de métodos para extração de dna na reação em cadeia da polimerase para detecção de Salmonella enterica sorovar enteritidis em produtos avícolas

The identification of Salmonella spp. in food samples by microbiological diagnosis is time consuming, with approximately five different stages, requiring about 120 hours until the final result. The utilization of the polymerase chain reaction technique (PCR) can reduce this time, but substances present in samples may affect the reaction. The present work aimed to compare DNA extraction by thermic treatment and by the use of cetyltrimethil ammonium bromide (CTAB), in products originated from poultry houses corresponding to raw material (meat meal) and experimentally contaminated drag swabs. Materials obtained from the extractions were submitted to PCR, utilizing a pair of initiator oligonucleotides for amplification of Sdf 1 gene fragments. Comparing the methods of extraction, it was observed that when CTAB was employed, SE was detected in 70% of meat meal and in 80% of drag swabs, while the thermic treatment method yielded positive results in 20% of meat meal and in 40% of drag swabs. SE was detected under both methods utilized for DNA extraction, but the use of CTAB detected a greater number of positive samples, compared with thermal treatment.

Detecção de Brucella spp. em queijos artesanais pela técnica da reação em cadeia da polimerase

2015

Análise do perfil de genes relacionados ao SST5 e SST6, formação de biofilme e invasão em cepas de Escherichia coli enteroagregativa

A Escherichia coli enteroagregativa (EAEC) é um patotipo emergente e heterogêneo que causa a diarréia aguda ou persistente em indivíduos de diferentes faixas etárias e em pacientes imunocomprometidos. Além disso, EAEC é um dos principais agentes etiológicos da diarréia dos viajantes. O padrão de aderência agregativa de EAEC está associado ao plasmídeo de aderência agregativa (pAA). Genes presentes no plasmídeo e no cromossomo codificam proteínas envolvidas na secreção extracelular de fatores de virulência na superfície ou diretamente na célula hospedeira. A capacidade de produção de muco e biofilme, elaboração de toxinas, aderência e indução de inflamação intensa na mucosa intestinal são importantes características da patogenicidade de EAEC. Nesse estudo, determinamos o perfil genotípico de genes do sistema de secreção Tipo V (SST5) e sistema de secreção Tipo VI (SST6) em cepas de EAEC. Os genes do SST5 ocorreram com mais frequência que os genes do SST6. A presença de pelo menos um gene do SST5 foi detectada em 79% das cepas, enquanto que os genes relacionados ao SST6 foram detectados em apenas 42% das cepas analisadas. A produção de biofilme foi observada em teste quantitativo e verificamos que 67% das cepas produziram biofilme. No teste qualitativo, o tipo de biofilme que predomina é o biofilme moderado (11 cepas), seguido do biofilme forte (9 cepas) e do biofilme discreto (4 cepas). A presença ou ausência de genes do SST5 e SST6 não parece interferir com a capacidade de produção de biofilme, nem com o tipo de biofilme formado. Em ensaios de citotoxicidade, apenas 25% das cepas EAEC (sobrenadante) causaram redução significativa na viabilidade de células T84 avaliada pelo teste de redução com MTT. Nossos resultados mostram que as cepas EAEC isoladas de crianças com diarréia aguda ou de grupo controle são invasoras para células T84. Ao compararmos a capacidade invasora das cepas clinicas e controle, observamos que a média do índice de internalização obtido nas 15 cepas do grupo clinico foi de 5,7% 1,7 e para as 9 cepas do grupo controle foi de 2.4 % 0,7; entretanto essa diferença observada não foi estatisticamente significativa. Não foi possível correlacionar o perfil genotípico dos genes do SST5 e SST6 com o perfil fenotípico analisado (formação de biofilme, citotoxicidade e invasão).O que pode ser atribuído a heterogeneidade genotípica e fenotípica, uma característica relevante de cepas EAEC.

Análise do polimorfismo numérico de sequências repetitivas em múltiplos loci (MLVA) como instrumentos de avaliação da diversidade genética de Streptococcus pneumoniae do sorotipo 14

Streptococcus pneumoniae é um importante agente etiológico de infecções invasivas e não invasivas, incluindo meningite, pneumonia e otite média. A cápsula polissacarídica é o principal fator de virulência desse microrganismo, sendo também considerada um importante marcador em estudos epidemiológicos. Dentre os mais de 90 tipos capsulares conhecidos, o sorotipo 14 se destaca pela prevalência elevada em várias regiões, inclusive no Brasil. A avaliação da diversidade genética desse microrganismo também inclui a aplicação de métodos moleculares, como PFGE e MLST. Entretanto, essas metodologias são relativamente onerosas, consomem muito tempo e os resultados obtidos com a técnica de PFGE são de difícil comparação entre diferentes laboratórios. A técnica de análise do polimorfismo numérico de segmentos repetitivos em múltiplos loci [MLVA, do inglês Multiple Loci VTNR (Variable-Number Tandem Repeat) Analysis] se apresenta como uma alternativa, embora ainda necessite de padronização e avaliação mais ampla para a espécie em questão. No presente estudo, 60 amostras de Streptococcus pneumoniae pertencentes ao sorotipo 14, isoladas de diversas fontes clínicas, em diferentes locais e períodos de tempo, foram caracterizadas pelas técnicas de MLVA (baseada na análise de 18 loci distintos), MLST, PFGE e tipagem do gene pspA. O gene pspA2 predominou entre as amostras analisadas, seguido pelo gene pspA1. Os tipos de MLVA, perfis de PFGE, e STs encontrados apresentaram resultados, em geral, concordantes, indicando o elevado poder discriminatório da versão da técnica de MLVA empregada. Cinco complexos clonais (CC) de MLVA e cinco singletons puderam ser definidos. O CC de MLVA denominado de L7 foi o predominante, compreendendo 36,7% da amostragem estudada. O CC L7 mostrou-se relacionado com genes pspA da família 2, com o CC1 de MLST, com o CC Pen14-H de PFGE, e com a não susceptibilidade à penicilina, Entre os complexos clonais de MLST, o CC1 foi o prevalente e incluiu predominantemente o ST156, pertencente ao clone internacional Spain9V-3. O CC L3 e o singleton L17 de MLVA apresentaram-se associados ao CC de PFGE Eri14-A, a família 1 de PspA e ao CC2 de MLST, que por sua vez também estava relacionado com o clone internacional England14-9. O CC L15 de MLVA esteve associado ao CC de PFGE Pen14-A, ao gene pspA2, aos CC3 e CC4 de MLST e ao clone internacional do PMEN Tennessee14-18. A técnica de MLVA revelou-se significativamente mais discriminatória que as técnicas de PFGE e MLST, conforme exemplificado pela detecção de 21 perfis de MLVA, 13 perfis de PFGE e cinco STs, entre as 22 amostras pertencentes ao CC de MLVA L7. Uma versão de MLVA, compreendendo um painel com os oito loci de maior poder discriminatório, pôde ser proposta a partir da análise dos resultados obtidos. Estes aspectos, aliados ao menor tempo e custo de execução, indicam que a técnica de MLVA constitui uma alternativa importante e satisfatória para uso em estudos sobre a diversidade genética de S. pneumoniae.

Avaliação microbiológica, detecção e susceptibilidade a antimicrobianos de potenciais enteropatógenos das famílias Enterobacteriaceae e Vibrionaceae em mexilhões Perna perna da praia de Itaipu, Niterói-RJ

Por serem organismos filtradores, os mexilhões devem ser extraídos para consumo somente de águas com padrões microbiológicos regulamentados pelo Conselho Nacional do Meio Ambiente, uma vez que intoxicações alimentares de origem bacteriana são as consequências mais comuns relacionadas ao consumo destes moluscos. Após a retirada dos costões, estes organismos passam por processos de fervura, lavagem, acondicionamento em sacos plásticos e transporte até a chegada ao mercado onde são comercializados; etapas estas, realizadas sem cuidados assépticos. Objetivando avaliar a qualidade microbiológica de mexilhões Perna perna coletados na praia de Itaipu, Niterói, RJ; após a sua fervura; e comercializados no Mercado São Pedro, foram realizadas contagens de coliformes totais e termotolerantes e pesquisa de Escherichia coli, Salmonella spp. e Vibrio spp. por metodologia convencional e molecular em amostras obtidas destes locais. Pelo teste de disco-difusão foi observado o perfil de resistência das cepas isoladas. Do total de amostras analisadas (27) apenas 3 dos mexilhões que sofreram processo de aferventação, 1 do comercializado e 3 do in natura, se encontravam dentro dos padrões aceitáveis pela legislação. Não houve diferença significativa entre as contagens de coliformes termotolerantes dos diferentes mexilhões analisados, mas sim entre os períodos seco e chuvoso. Somente uma das nove coletas de água mostrou-se própria para o cultivo de mexilhões (até 14 CF/mL). Foram isoladas e caracterizadas fisiológicamente, 77 estirpes da espécie E. coli, sendo confirmadas molecularmente por PCR os sorotipos EPEC, STEC e EAEC; 4 cepas Salmonella spp. sendo apenas uma confirmada por PCR; e das 57 cepas caracterizadas como Vibrio spp., 51 foram confirmadas por PCR, sendo 46 Vibrio spp., 2 V. cholerae, 1 V. vulnificus, 1 V. parahaemolyticus e 1 V. mimicus. Entre as estirpes de E. coli, 13% apresentaram multirresistência e 15,6% apresentaram resistência múltipla. A estirpe de Salmonella spp. se mostrou sensível a todos os antimicrobiados testados. Das estirpes de Vibrio spp. testadas, 68,6% apresentaram multirresistência e 72,5% apresentaram resistência múltipla. A partir da pesquisa de genes direto do caldo de enriquecimento foi possível detectar todos os genes pesquisados, com exceção para os sorotipos de Salmonella e V. cholerae. Baseado nos resultados do presente trabalho pode-se inferir que os mexilhões, amplamente comercializados no município de Itaipú, podem se constituir em risco para a saúde pública dos consumidores no Rio de Janeiro, necessitando dos órgãos competentes uma eficiente fiscalização nos pontos de venda e cultivo destes moluscos.

Investigação de variantes exônicas nos genes VPS35, EIF4G1 e LRRK2 como causa da doença de Parkinson em casuística brasileira

A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais frequente no mundo, afetando 1-2% da população acima de 65 anos, caracterizada clinicamente por tremor em repouso, bradicinesia, instabilidade postural e rigidez muscular. Essas manifestações surgem devido à degeneração neuronal progressiva e à presença de inclusões proteicas ricas em &#945;-sinucleína. A DP é decorrente da interação entre fatores ambientais e genéticos, e entre os fatores genéticos, variantes exônicas de transmissão dominante nos genes LRRK2 (leucine-rich repeat kinase 2), VPS35 (vacuolar protein sorting 35) e EIF4G1 (eukaryotic translation initiation factor 4-gamma 1) têm sido associadas à etiologia da doença. Entretanto, estudos sobre o efeito dessas variantes na população brasileira são raros ou inexistentes. Por essa razão, neste trabalho rastreamos mutações nos genes VPS35 (p.D620N; p.R524W), EIF4G1 (p.R1205H; p.A502V) e LRRK2 (p.G2019S) em uma amostra de 582 pacientes brasileiros com DP não aparentados e 329 indivíduos controles saudáveis. Além disso, conduzimos o primeiro estudo caso-controle para análise de variantes exônicas raras (p.Q1111H, p.T1410M, p.M1646T, p.S1761R, p.Y2189C) e comuns (p.N551K, p.R1398H, p.K1423K) no gene LRRK2 em um subgrupo de 329 pacientes brasileiros com DP, não aparentados, naturais da região sudeste. Esse subgrupo foi analisado e comparado com 222 indivíduos controles saudáveis a fim de verificar associações dessas variantes e a DP. Em relação às mutações dos genes VPS35 e EIF4G1, não foram encontradas alterações nos pacientes com DP. A mutação p.G2019S no gene LRRK2 foi encontrada em 15 probandos (2,6%), dos quais 9 são do sexo feminino (64,3%). O tremor em repouso foi observado em 47,36% dos pacientes com a mutação p.G2019S como primeiro sintoma motor. As análises das variantes raras no gene LRRK2 não revelaram qualquer associação estatisticamente significante. Entre as variantes comuns, a p.K1423K mostrou evidência de associação de risco com a DP (p<0,05) na estratificação contendo o grupo de indivíduos com história familiar da doença e para as variantes p.N551K e p.R1398H não foram observadas associações. A análise do haplótipo p.N551K-p.R1398H-p.K1423K revelou associação de proteção na amostra sudeste e na estratificação Rio de Janeiro (p<0,05). Esse haplótipo não está em desequilíbrio de ligação na amostra de 222 indivíduos controles brasileiros analisados (r2&#8804;45). Os resultados obtidos neste estudo representam contribuições valiosas ao entendimento da relação entre as variantes genéticas estudadas e o risco de desenvolvimento da doença de Parkinson, principalmente no que se refere aos endofenótipos associados.

Estudo das características fenotípicas e genotípicas de amostras de <i>Corynebacterium pseudotuberculosis</i>

Uma vez que <i>C. pseudotuberculosis</i> é o agente etiológico de processos infecciosos em animais caprinos e ovinos e que também pode ser isolado de processos infecciosos em seres humanos as investigações direcionadas para a espécie em questão são necessárias, visto que a escassez de dados epidemiológicos e de conhecimento relativo ao comportamento do microrganismo em hospedeiros animais e humanos em nosso país dificulta o diagnóstico laboratorial da espécie, à semelhança do observado com outra espécie de transmissão zoonótica, o <i>C. ulcerans</i>. Uma preocupação adicional é o fato da espécie em questão também ser capaz de albergar bacteriófagos codificadores da toxina diftérica, representando uma ameaça à circulação dos bacteriófagos. Assim, o presente estudo tem como objetivo geral analisar as características fenotípicas e genotípicas de amostras de <i>C. pseudotuberculosis</i>. Neste sentido, foram propostos os seguintes objetivos: Avaliar as características bioquímicas das amostras através de testes bioquímicos convencionais; avaliar as características bioquímicas das amostras utilizando o sistema semi-automatizado API Coryne; diferenciar amostras de <i>C. pseudotuberculosis</i> de </i>C. ulcerans</i> utilizando a técnica de PCR multiplex; pesquisar a presença de gene tox. Os resultados demonstraram que amostras de <i>C. diphtheriae</i>, <i>C. ulcerans</i> e <i>C. pseudotuberculosis</i> podem ser caracterizadas por métodos bioquímicos convencionais e por taxonomia numérica (API Coryne System). <i>C. ulcerans</i> e <i>C. pseudotuberculosis</i>, com potencial de circulação zoonótica, da mesma forma que <i>C. diphtheriae</i> são capazes de albergar o gene da toxina diftérica. A reação m-PCR foi capaz de discernir as amostras de <i>C. diphtheriae</i>, <i>C. ulcerans</i> e <i>C. pseudotuberculosis</i> e ainda definir o potencial das amostras em produzir a toxina diftérica. Os dados enfatizam a necessidade da técnica multiplex PCR para o diagnostico e para o controle de espécies associadas a quadros de difteria em populações humana.