Diagnóstico laboratorial de Mycobacterium spp. em Botucatu e região, utilizando a técnica Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em material biológico e avaliação de condições associadas

Pós-graduação em Saúde Coletiva - FMB

Estima-se que um em cada quatro brasileiros esteja infectado pelo bacilo de Koch, e apenas em 2013, 80 mil casos de tuberculose foram notificados ao Ministério da Saúde, dos quais 6,5 mil foram a óbito. O exame laboratorial para o diagnóstico da tuberculose é feito pelos seguintes métodos tradicionais: Baciloscopia (BAAR) e Cultura, considerada o padrão ouro, porém com um tempo de realização demorado (em torno de oito semanas). A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) é um método de amplificação de DNA que pode ser útil no diagnóstico diferencial da tuberculose com outras infecções pulmonares. Além disso, a PCR pode confirmar a identificação da micobactéria em materiais clínicos que apresentem uma difícil positividade. Objetivos – Avaliar a positividade de Mycobacterium spp. em diferentes materiais biológicos utilizando a técnica de PCR para os alvos Internal Transcribed Spacer (ITS) 16S-23S rDNA e gene hsp 65. Material e métodos – Cento e trinta materiais biológicos de pacientes com suspeita de tuberculose pulmonar ou extrapulmonar foram investigados para pesquisa de Mycobacterium spp. por ITS-PCR e pesquisa de fragmento do gene hsp65, no período de março de 2012 a abril de 2013. Para identificação das espécies de micobactérias foi utilizada a pesquisa do gene IS6110, e técnica Restriction Enzyme Pattern Analysis (PCR-PRA). Para algumas amostras positivas pela PCR foi realizado o sequenciamento para identificação da espécie. Foram avaliados dados demográficos e condições associadas. A comparação entre as técnicas foi verificada pelo teste χ2. Das amostras pesquisadas no escarro foram calculadas a sensibilidade e especificidade da PCR e da baciloscopia em relação à cultura. Foi considerado estatisticamente significante quando o valor do p foi < 0,05. Resultados - A positividade da técnica de PCR (31,6%) foi maior quando comparada ao BAAR (23,4%) e cultura (22,4%), (p=0,00). A sensibilidade e especificidade da baciloscopia em relação à cultura foram de 100% e 54%, respectivamente. Na comparação do PCR para as amostras de escarro a sensibilidade foi de 100% e especificidade de 81%. Ao avaliarmos os fatores de risco observamos uma associação positiva entre BAAR positivo, PCR positivo e cultura positiva com consumo de álcool e entre PCR positivo e tabagismo. Conclusão- O estudo demonstrou que a pesquisa de Mycobacterium spp. diretamente de materiais biológicos pela técnica de PCR pode ser uma perspectiva viável para diagnóstico, principalmente quando realizada em amostras extrapulmonares.

It is estimated that one in every four Brazilians is infected with Koch's bacillus, and just in 2013, eighty thousand cases of tuberculosis were reported to the Department of Health, of which 6.5 million died. The laboratory test for the diagnosis of tuberculosis is made by the following traditional methods: baciloscopy and culture, considered the gold standard, but with a long holding time (around 8 weeks). Polymerase chain reaction (PCR) is a DNA amplification method that can be useful in the differential diagnosis of pulmonary tuberculosis with other infections. In addition, PCR can confirm the identification of mycobacteria in clinical materials that exhibit a difficult positivity. Objectives - To evaluate the positivity of Mycobacterium spp. in different biological materials using the PCR technique for the Internal Transcribed Spacer (ITS) 16S-23S rDNA gene and hsp 65 targets. Materials and Methods - One hundred and thirty biological materials of patients with suspected pulmonary or extrapulmonary tuberculosis were investigated for Mycobacterium tuberculosis spp. by ITS-PCR research and gene fragment hsp65 research, from March 2012 to April 2013. To identify the species of mycobacteria was used the IS6110 gene research and PCR-PRA technique). For some positive samples was performed by PCR sequencing to species identification. They evaluated demographics and associated conditions. The comparison between the techniques was checked by χ² test. The samples surveyed in sputum were calculated sensitivity and specificity of PCR and baciloscopy in relation to culture. It was considered statistically significant when the p value was <0.05. Results - The PCR positivity (31.6%) was greater when compared to baciloscopy (23.4%) and culture (22.4%) (p = 0.00). The sensitivity and specificity of baciloscopy in relation to culture for sputum samples was 100% and 54%, respectively. When comparing the PCR for sputum samples, sensitivity was 100% and specificity of 81%. To evaluate the risk factors it was observed a positive association between baciloscopy positive, and culture positive with alcohol consumption and between PCR positive and smoking. Conclusion - The study demonstrated that the research for Mycobacterium spp. PCR directly from the biological material can be a viable approach to diagnosis, especially when performed in extrapulmonary samples.