A transcriptomic analysis of the kidney tissue of Tra catfish (pangasianodon hypophthalmus) reared in saline condition: De novo assembly, annotation, SNP discovery

Pangasianodon hypophthalmus is a commercially important freshwater fish used in inland aquaculture in the Mekong Delta, Vietnam. The current study using Ion Torrent technology generated EST resources from the kidney for Tra catfish reared at a salinity level of 9 ppt. We obtained 2,623,929 reads after trimming and processing with an average length of 104 bp. De novo assemblies were generated using CLC Genomic Workbench, Trinity and Velvet/Oases with the best overall contig performance resulting from the CLC assembly. De novo assembly using CLC yielded 29,940 contigs, and allowing identification of 5,710 putative genes when comppared with NCBI non-redundant database. A large number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) were also detected. The sequence collection generated in our study represents the most comprehensive transcriptomic resource for P. hypophthalmus available to date.

The complete validated mitochondrial genome of the black marlin Istiompax indica (Cuvier, 1832)

Two complete mitochondrial genomes of the black marlin Istiompax indica were assembled from approximately 3.5 and 2.5 million reads produced by Ion Torrent next generation sequencing. The complete genomes were 16,531 bp and 16,532 bp in length consisting of 2 rRNA, 13 protein-coding genes, 22tRNA and 2 coding regions. They demonstrated a similar A + T base (52.6%) to other teleosts. Intraspecific sequence variation was 99.5% for three I. indica mitogenomes and 99.7% for X. gladius. A lower value (85%) was found for the I. platypterus mitogenomes from genbank and accredited to inadvertent inclusion of gene regions from a con-familial species in one record, highlighting the need for cautious downstream use of genbank data. © 2014 Informa UK Ltd.

Prevalência de sintomas depressivos em uma população de idosos usuários de serviços públicos

Esta dissertação pretende estimar a prevalência de sintomas depressivos em idosos segundo três níveis de complexidade de atenção à saúde e estudar a co-ocorrência de sintomas depressivos e incapacidade funcional. No Brasil, a transição demográfica ocorreu de forma rápida e explosiva. À medida que o número de idosos cresce ocorre o aumento da prevalência de doenças crônicas e suas complicações. A habilidade funcional pode ser vista como uma medida de resumo do impacto geral das condições médicas no contexto do ambiente e do sistema de apoio social do indivíduo, e deve ser uma consideração importante em qualquer planejamento de saúde. Uma enfermidade associada a elevado grau de incapacidade funcional é a depressão. Entre os agravos de saúde mental, a depressão é um dos mais comuns e importantes problemas psiquiátricos entre indivíduos idosos. Trata-se de estudo transversal com tamanho amostral de 643 idosos com idade de 65 ou mais anos selecionados aleatoriamente e usuários de três serviços públicos de saúde com níveis crescentes de complexidade (primário, secundário e terciário). A prevalência de sintomas depressivos foi estimada a partir da EDG-15, já traduzida e validada para uso no Brasil. O nível de estado funcional foi definido conforme os escores dos instrumentos SF-36 e HAQ. A prevalência de sintomas depressivos na amostra total foi de 45,2% (IC=41,1 49,3). Estratificando por unidade, a prevalência foi de 35,3% no nível primário, 47,6% no nível secundário e 51,7% no nível terciário (p=0,004). As prevalências encontradas foram altas nos três níveis de complexidade de atendimento, inclusive na população de idosos da unidade básica de saúde, apesar de serem idosos mais independentes e mais saudáveis. A prevalência geral de sintomas depressivos aumentou à medida que o grau de incapacidade funcional também aumentou. A busca ativa por idosos com sintomas depressivos é importante em todos os níveis de complexidade de atendimento do sistema de saúde.

Avaliação dos efeitos da disponibilidade de luz sobre o crescimento e competição entre cepas de Planktothrix agardhii e Microcystis aeruginosa

As cianobactérias Microcystis aeruginosa e Planktothrix agardhii são espécies formadoras de florações comuns em ecossistemas aquáticos eutrofizados. Nestes ambientes, a disponibilidade de luz é um dos fatores determinantes para o desenvolvimento e estruturação da comunidade fitoplanctônica. O presente estudo teve como objetivo investigar o efeito da luz na fisiologia de cepas de cianobactérias (M. aeruginosa e P. agardhii), avaliando o crescimento, a variabilidade inter e intra-específica e a competição por luz. Para tanto foram realizados cultivos estanques em diferentes intensidades luminosas (10, 40, 60, 100 e 500 mol m-2 s-1) e calculadas as taxas de crescimento e os rendimentos máximos das culturas. O requerimento mínimo de luz de cada cepa foi determinado em experimentos com monoculturas em sistemas de cultivo contínuo (quimiostatos) sob condições de limitação de luz. A competição por luz foi avaliada através de experimentos com biculturas em quimiostatos. Foi observada variabilidade intra e inter-específica das cepas, nas diferentes intensidades luminosas testadas. Em 500 μmol m-2 s-1, as cepas de M. aeruginosa obtiveram maior biomassa do que P. agardhii, corroborando a maior sensibilidade de P. agardhii luz. Embora com rendimento máximo menor, P. agardhii cresceu em intensidades luminosas consideradas elevadas para a espécie, 100 e 500 μmol m-2 s-1. Estes resultados evidenciam a capacidade de P. agardhii ocorrer em ambientes com grandes amplitudes de luminosidade. Na intensidade de 10 μmol m-2 s-1, M. aeruginosa e P. agardhii apresentaram crescimento semelhante, demonstrando a habilidade das duas espécies em crescer com pouca luz. Nas monoculturas em quimiostato, sob condições de limitação de luz, as cepas de M. aeruginosa atingiram maior biomassa durante o equilíbrio (steady-state) do que P. agadhii, refletindo uma capacidade suporte mais elevada, enquanto que os valores de requerimento mínimo de luz foram semelhantes entre as duas espécies. Ao competirem, M. aeruginosa superou P. agardhii imediatamente após o início do experimento. Esse rápido crescimento resultou na dominância de M. aeruginosa em todos os pares de cepas testados e, em dois casos, ocorreu exclusão competitiva de P. agardhii. Quando não ocorreu exclusão, P. agardhii conseguiu manter-se no sistema com uma baixa biomassa (ca.15%). Estes resultados ajudam a entender a co-ocorrência destas espécies no ambiente e a dominância de M. aeruginosa mesmo em condições de baixa luminosidade.

Estrutura das assembleias de peixes de igarapés de terra firme da bacia do rio Machado/RO

No presente estudo foi avaliada (i) a estrutura das assembleias de peixes de igarapés de terra-firme ao longo do contínuo fluvial do rio Machado, na bacia do rio Amazonas, (ii) os efeitos de alterações ambientais sobre as assembleias de peixes de igarapés através de comparações entre áreas íntegras (em uma Unidade de conservação) e alteradas por ação antrópica na bacia hidrográfica do rio Machado, e (iii) a organização espacial das assembleias de peixes de tributários de baixa ordem na bacia do rio Machado através da avaliação dos padrões de co-ocorrência das espécies, identificando os possíveis fatores estruturadores dessas assembleias e através de uma Análise de Parcimônia de Endemismo (PAE). As amostragens foram realizadas entre os meses de agosto e setembro de 2011, junho e agosto de 2012 e julho de 2013, totalizando 81 igarapés. Os peixes foram coletados durante uma hora em um trecho de 80 metros, com o auxilio de uma rede de mão (picaré) e um puçá. Para o capítulo 1, um maior número de indivíduos e espécies foram encontradas no trecho baixo quando comparado o trecho alto da bacia. Todavia, somente foram encontradas diferenças significativas entre o trecho alto e os trechos médio e baixo. Assim, rejeitamos nossa hipótese de diferenças entre os trechos analisados, onde esperávamos que a riqueza e abundância de espécies de igarapés aumentaria no gradiente longitudinal cabeceira-foz do rio Machado. Contudo, apesar da não confirmação da hipótese, um padrão de adição e substituição de espécies foi observado do trecho alto para o médio, e um padrão de substituição de espécies foi observado do trecho médio para o baixo. Referente ao capítulo 2, apontamos que apesar da área desflorestada não apresentar diferenças marcantes na riqueza de espécies e abundância, quando comparada com a área com igarapés conservados, esta (área desflorestada) apresentou elevada similaridade a nível composicional entre os igarapés amostrados (menor diversidade beta), diferentemente dos igarapés localizados na Rebio, que apresentaram maior número de espécies com hábitos mais especializados. Igarapés desflorestados apresentaram homogeneização da sua ictiofauna em comparação com igarapés providos de mata ripária, refletindo a maior homogeneização estrutural encontrada em igarapés com baixo percentual de cobertura vegetal. Dessa forma, a retirada da cobertura vegetal em igarapés com comunidades mais diversificads e especializadas, como os da Rebio Jaru, promoveria a homogeneização das espécies acarretando a perda destas, assim como a substituição destas por espécies tolerantes a condições ambientais comuns a ambientes alterados. Para o capítulo 3, embora não tenhamos encontrado áreas de endemismo na bacia analisada, apontamos que a influência da estrutura física dos igarapés sobre a composição de espécies é o principal fator modulador da estruturação da assembleia de peixes. Todavia, tal fator não se aplica a estruturação da assembleia baseada na coocorrência de espécies, haja vista que, a análise de toda a bacia com diferentes níveis de uso de solo, apresentou um padrão organizacional não aleatório

SPIN AND VALENCE STATE EQUILIBRIA OF COBALT AND MAGNETIC-PROPERTIES OF LACOO3

On the basis of the spin and valence state equilibria and superexchange interaction of the various cobalt ions in LaCoO3, an approximate semiempirical formula has been proposed and used to calculate magnetic susceptibilities of LaCoO3 over a wide temperature range (100-1200 K). The results indicate that there are thermodynamic equilibria between the low spin state Co(III) (t2g6e(g)0) ion, the high spin state Co3+ (t2g4e(g)2) ion, the Co(II) (t2g6e(g)1) ion and the Co(IV) (t2g5e(g)0) ion in LaCoO3. The energy difference between the low spin state Co(III) and the high spin state Co3+ is about 0.006 eV. The content of the low spin state Co(III) ion is predominant in LaCoO3 and the content of the high spin state Co3+ ion varies with temperature, reaching a maximum at about 350 K, then decreasing gradually with increasing temperature. At low temperature the contents of the Co(II) ion and the Co(IV) ion in LaCoO3 are negligible, while above 200 K the contents of both the Co(II) ion and the Co(IV) ion increase with increasing temperature; however, the content of the Co(II) ion always is larger than that of the Co(IV) ion at any temperature. These calculated results are in good agreement with experimental results of the Mossbauer effect, magnetic susceptibility and electrical conductivity of LaCoO3.

Análise Biográfica, do Estilo de Vinculação e da Personalidade, em Indivíduos com História de Abuso de Substâncias e Condutas Delinquentes

Tese de Doutoramento apresentada à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Doutor em Ciências Sociais.

Contrasting transcriptome response to thermal stress in two key zooplankton species, Calanus finmarchicus and C. glacialis

Climate change has already led to the range expansion of warm-water plankton assemblages in the northeast Atlantic and the corresponding range contraction of colder-water species. The temperate copepod Calanus finmarchicus is predicted to shift farther northward into polar waters traditionally dominated by the arctic copepod C. glacialis. To identify temperaturemediated changes in gene expression that may be critical for the thermal acclimation and resilience of the 2 Calanus spp., we conducted a whole transcriptome profiling using RNA-seq on an Ion Torrent platform. Transcriptome responses of C. finmarchicus and C. glacialis from Disko Bay, west Greenland, were investigated under realistic thermal stresses (at + 5, +10 and +15°C) for 4 h and 6 d. C. finmarchicus showed a strong response to temperature and duration of stress, involving up-regulation of genes related to protein folding, transcription, translation and metabolism. In sharp contrast, C. glacialis displayed only low-magnitude changes in gene expression in response to temperature and duration of stress. Differences in the thermal responses of the 2 species, particularly the lack of thermal stress response in C. glacialis, are in line with laboratory and field observations and suggest a vulnerability of C. glacialis to climate change.

Whole-mitochondrial genome sequencing in primary open-angle glaucoma using massively parallel sequencing identifies novel and known pathogenic variants

Purpose:The aim of this study was to determine whether mutations in mitochondrial DNA play a role in high-pressure primary open-angle glaucoma (OMIM 137760) by analyzing new data from massively parallel sequencing of mitochondrial DNA.
Methods:Glaucoma patients with high-tension primary open-angle glaucoma and ethnically matched and age-matched control subjects without glaucoma were recruited. The entire human mitochondrial genome was amplified in two overlapping fragments by long-range polymerase chain reaction and used as a template for massively parallel sequencing on an Ion Torrent Personal Genome Machine. All variants were confirmed by conventional Sanger sequencing.
Results:Whole-mitochondrial genome sequencing was performed in 32 patients with primary open-angle glaucoma from India (n = 16) and Ireland (n = 16). In 16 of the 32 patients with primary open-angle glaucoma (50% of cases), there were 22 mitochondrial DNA mutations consisting of 7 novel mutations and 8 previously reported disease-associated sequence variants. Eight of 22 (36.4%) of the mitochondrial DNA mutations were in complex I mitochondrial genes.
Conclusion:Massively parallel sequencing using the Ion Torrent Personal Genome Machine with confirmation by Sanger sequencing detected a pathogenic mitochondrial DNA mutation in 50% of the primary open-angle glaucoma cohort. Our findings support the emerging concept that mitochondrial dysfunction results in the development of glaucoma and, more specifically, that complex I defects play a significant role in primary open-angle glaucoma pathogenesis.

Diagnostic value of increased sensitivity by massively parallel sequencing

Routine molecular diagnostics modalities are unable to confidently detect low frequency mutations (<5-15%) that may indicate response to targeted therapies. We confirm the presence of a low frequency NRAS mutation in a rectal cancer patient using massively parallel sequencing when previous Sanger sequencing results proved negative and Q-PCR testing inconclusive. There is increasing evidence that these low frequency mutations may confer resistance to anti-EGFR therapy. In view of negative/inconclusive Sanger sequencing and Q-PCR results for NRAS mutations in a KRAS wt rectal case, the diagnostic biopsy and 4 distinct subpopulations of cells in the resection specimen after conventional chemo/radiotherapy were massively parallel sequenced using the Ion Torrent PGM. DNA was derived from FFPE rectal cancer tissue and amplicons produced using the Cancer Hotspot Panel V2 and sequenced using semiconductor technology. NRAS mutations were observed at varying frequencies in the patient biopsy (12.2%) and all four subpopulations of cells in the resection with an average frequency of 7.3% (lowest 2.6%). The results of the NGS also provided the mutational status of 49 other genes that may have prognostic or predictive value, including KRAS and PIK3CA. NGS technology has been postulated in diagnostics because of its capability to generate results in large panels of clinically meaningful genes in a cost-effective manner. This case illustrates another potential advantage of this technology: its use for detecting low frequency mutations that may influence therapeutic decisions in cancer treatment.

Next-generation sequencing is highly sensitive for the detection of beta-catenin mutations in desmoid-type fibromatoses

Desmoid-type fibromatoses are locally aggressive and frequently recurrent tumours, and an accurate diagnosis is essential for patient management. The majority of sporadic lesions harbour beta-catenin (CTNNB1) mutations. We used next-generation sequencing to detect CTNNB1 mutations and to compare the sensitivity and specificity of next-generation sequencing with currently employed mutation detection techniques: mutation-specific restriction enzyme digestion and polymerase chain reaction amplification. DNA was extracted from formalin-fixed paraffin-embedded needle biopsy or resection tissue sections from 144 patients with sporadic desmoid-type fibromatoses, four patients with syndrome-related desmoid-type fibromatoses and 11 morphological mimics. Two primer pairs were designed for CTNNB1 mutation hotspots. Using ≥10 ng of DNA, libraries were generated by Fluidigm and sequenced on the Ion Torrent Personal Genome Machine. Next-generation sequencing had a sensitivity of 92.36 % (133/144, 95 % CIs: 86.74 to 96.12 %) and a specificity of 100 % for the detection of CTNNB1 mutations in desmoid-type fibromatoses-like spindle cell lesions. All mutations detected by mutation-specific restriction enzyme digestion were identified by next-generation sequencing. Next-generation sequencing identified additional mutations in 11 tumours that were not detected by mutation-specific restriction enzyme digestion, two of which have not been previously described. Next-generation sequencing is highly sensitive for the detection of CTNNB1 mutations. This multiplex assay has the advantage of detecting additional mutations compared to those detected by mutation-specific restriction enzyme digestion (sensitivity 82.41 %). The technology requires minimal DNA and is time- and cost-efficient.

Chicken Caecal Microbiome Modifications Induced by Campylobacter jejuni Colonization and by a Non-Antibiotic Feed Additive

Campylobacter jejuni is an important zoonotic foodborne pathogen causing acute gastroenteritis in humans. Chickens are often colonized at very high numbers by C. jejuni, up to 109 CFU per gram of caecal content, with no detrimental effects on their health. Farm control strategies are being developed to lower the C. jejuni contamination of chicken food products in an effort to reduce human campylobacteriosis incidence. It is believed that intestinal microbiome composition may affect gut colonization by such undesirable bacteria but, although the chicken microbiome is being increasingly characterized, information is lacking on the factors affecting its modulation, especially by foodborne pathogens. This study monitored the effects of C. jejuni chicken caecal colonization on the chicken microbiome in healthy chickens. It also evaluated the capacity of a feed additive to affect caecal bacterial populations and to lower C. jejuni colonization. From day-0, chickens received or not a microencapsulated feed additive and were inoculated or not with C. jejuni at 14 days of age. Fresh caecal content was harvested at 35 days of age. The caecal microbiome was characterized by real time quantitative PCR and Ion Torrent sequencing. We observed that the feed additive lowered C. jejuni caecal count by 0.7 log (p<0.05). Alpha-diversity of the caecal microbiome was not affected by C. jejuni colonization or by the feed additive. C. jejuni colonization modified the caecal beta-diversity while the feed additive did not. We observed that C. jejuni colonization was associated with an increase of Bifidobacterium and affected Clostridia and Mollicutes relative abundances. The feed additive was associated with a lower Streptococcus relative abundance. The caecal microbiome remained relatively unchanged despite high C. jejuni colonization. The feed additive was efficient in lowering C. jejuni colonization while not disturbing the caecal microbiome.

Análise micológica e quantificação de zearalenona e deoxinivalenol em alimentos compostos para suínos

As análises micológica e micotoxicológica representam uma parte importante da monitorização da qualidade e segurança dos alimentos compostos para animais. O objectivo deste trabalho foi avaliar o nível de contaminação fúngica em amostras de alimentos compostos para suínos, identificar as espécies fúngicas presentes e quantificar os níveis de zearalenona (ZEA) e deoxinivalenol (DON). Para tal, foram analisadas 55 amostras, encontrando-se 52 (94.5%) contaminadas com fungos, apresentando teores médios de 1.7×104 UFC/g. Os fungos mais predominantes foram o Fusarium spp (81.8%), o Aspergillus flavus (69.0%), as leveduras (60.0%) e o Aspergillus candidus (56.3%). A análise micotoxicológica foi efectuada por Cromatografia Líquida de Alta Performance (HPLC), com purificação por colunas IAC (Colunas de imunoafinidade), e revelou 18 amostras positivas para ZEA e 13 positivas para DON, com níveis de ZEA variando entre 6.1 e 5.4×101 μg/kg, e de DON variando de 1.0×102 e 9.0×102 μg/kg. Foi observada co-ocorrência em 3 amostras (5.5%). Todos os resultados encontrados estavam abaixo dos limites máximos permitidos pela União Europeia (UE). As taxas de recuperação para amostras contaminadas com ZEA, a concentrações de 0.005; 0.010 e 0.10 μg/kg foram de 93.0; 95.0 e 95.0%, respectivamente e as de DON foram de 98.0; 85.0 e 88.0%, para soluções contaminadas com 100.0; 250.0 e 500.0 μg/kg, respectivamente.

Padrões de espécies e tipos funcionais de plantas lenhosas em bordas de floresta e campo sob influência do fogo

Mosaicos naturais de floresta e campo são freqüentes no sul do Brasil, apesar das condições climáticas em geral serem favoráveis às formações florestais. Os campos portanto têm sido considerados um tipo de vegetação relictual de um clima mais frio e seco. Dados paleopalinológicos têm confirmado a hipótese de expansão florestal proposta por Lindman e Rambo com base em evidências fitogeográficas. Porém, fogo e pastejo têm sido utilizados no manejo dos campos, limitando o estabelecimento de árvores em áreas de campo, e parecem ser essenciais para a existência dos campos num clima úmido. Mudanças na intensidade ou freqüência do fogo ou do pastejo podem permitir o adensamento de espécies lenhosas em comunidades campestres. Todavia, os processos envolvidos são influenciados pelas condições locais e tipo de espécies pioneiras. Esta tese aborda padrões espaciais de transição da floresta ao campo, na ausência de pastejo, porém sob diferentes condições locais relacionadas à exposição do relevo (norte, sul, sudoeste) e ao fogo. Os dados abrangem arbustos e árvores pela composição de espécies e tipos funcionais de plantas (plant functional types, PFTs), e variáveis do solo em bordas de floresta-campo, sob diferentes períodos de tempo transcorrido desde a última queimada nas áreas de campo. Dados sobre composição, diversidade, categoria de plantas (que rebrotam e não rebrotam) e PFTs foram analisados de acordo com o período de tempo sem fogo em dois levantamentos realizados em anos consecutivos. O objetivo desta última análise foi descrever como reagem as plantas lenhosas em áreas de campo freqüentemente queimadas, num contexto de ecótonos de floresta-campo O estudo foi conduzido no Morro Santana (30°03’ S, 51°07’ W, altitude máxima: 311m), Porto Alegre, RS, Brasil. A vegetação da área apresenta mosaicos de floresta-campo. Os dados foram coletados em seis pares de transecção (4,5 x 58,5 m cada) perpendiculares à borda florestacampo. Cada transecção era composta por seis quadros grandes (LP= 20,25 m²) consecutivos na floresta e sete no campo. Em cada um dos LP, foram instalados três quadros pequenos (SPs) consecutivos, a fim de medir todos os indivíduos iguais ou maiores que 10 cm de altura. Nos LPs, o critério de inclusão foi a altura mínima de 80 cm. Uma queimada experimental foi realizada nos quadros de campo, considerando sempre uma transecção de cada pa r, antes da coleta dos dados. Ao todo foram amostradas 124 espécies lenhosas de 42 famílias. Destas, 90 espécies foram amostradas nos quadros da floresta e 76 nos quadros do campo, das quais 44 foram comuns a ambas as formações (espécies típicas de borda ou pioneiras). No interior da floresta, plântulas e indivíduos jovens de árvores foram significativamente mais abundantes nos quadros próximos da borda, onde os índices de diversidade, eqüidade e riqueza também foram maiores. Os gradientes da floresta ao campo foram analisados como trajetórias de composição em um espaço de ordenação multidimensional. Diferenças nos padrões espaciais reveladas entre locais com exposição distinta foram evidenciadas. Bordas abruptas ocorreram principalmente nas transecções de exposição sul e sudoeste, enquanto transições mais graduais foram observadas no norte As condições do solo também diferiram em relação às exposições predominantes, porém os principais parâmetros variaram conforme a distância espacial do limite da floresta. Assim, apesar dos padrões de vegetação diferirem conforme a exposição predominante, o fator mais importante na explicação dos padrões foi a distância do limite florestal, não somente per se, mas por todos parâmetros correlacionados que variam no gradiente. Em relação aos dois levantamentos realizados em áreas de campo, 31 espécies arbustivas de campo e 45 florestais foram analisadas, das quais 65,8% tinham capacidade de rebrotar. A composição de espécies diferiu com o tempo após o fogo. Densidade, riqueza e diversidade foram menores nos quadros recentemente queimados, principalmente nos sítios com exposição sul. Considerando arbustos de campo, a riqueza e a densidade foram maiores nos quadros não queimados há um e dois anos do que naqueles há mais de três anos. Comparando arbustos com e sem capacidade de rebrotar, os que rebrotam tiveram sempre maior densidade Árvores com capacidade de rebrote predominaram nas áreas com exposição norte, apresentando densidades similares, independente do tempo após o fogo. Porém, árvores sem capacidade de rebrote apresentaram maior densidade nos quadros não queimados. Diferenças na dinâmica de recrutamento de arbustos ou árvores uni- ou multi-caulinares também foram detectadas. Nas análises com base em PFTs, foram identific ados nove PFTs florestais com máxima associação com a variável distância da borda. A habilidade de rebrote foi o principal atributo de plantas florestais que colonizam áreas de campo. A diversidade de PFTs foi maior nos quadros próximos da borda que no interior da floresta. Quatro PFTs foram identificados, entre espécies lenhosas florestais e campestres, com máxima associação com o tempo decorrido após o fogo nas áreas de campo. Alguns dos principais aspectos descritos no parágrafo anterior foram corroborados. Arbustos altos com base uni-caulinar predominaram nas áreas não queimadas (3-4 anos), enquanto arbustos baixos com base multi-caulinar predominaram nas áreas recentemente queimadas (3 meses a 1 ano). PFTs florestais ocorreram nos quadros da borda ou como adultos estabelecidos no campo, não sendo afetados pelo fogo. Com base nos principais resultados, as seguintes conclusões são possíveis: A alta proporção de espécies com capacidade de rebrote nas áreas de campo e a alta taxa de recrutamento das demais espécies caracterizam comunidades com distúrbios freqüentes e espécies bem adaptadas. O regime de fogo com intervalos de dois a três anos não impede o adensamento de arbustos do campo, porém retarda o avanço de espécies arbóreas florestais, exceto em sítios bastante próximos a borda ou em “ilhas” protegidas do fogo intenso PFTs lenhosos de áreas de campo, associados com os intervalos de fogo, sugerem que atributos facilmente mensurados são suficientes para avaliar a dinâmica pós-fogo em comunidades de espécies lenhosas. PFTs florestais nas áreas de campo se restringem àqueles com capacidade de rebrote, para sobreviver às queimadas recorrentes. Com base nas estratégias das plantas, nos PFTs e no padrão espacial das espécies nas bordas de floresta-campo sob influência freqüente do fogo, nós reforçamos a presença de dois mecanismos principais como formas de expansão florestal. Um deles refere-se ao adensamento gradual de espécies arbóreas junto à borda, em áreas cujo intervalo de tempo sem fogo é maior. Outro está relacionado ao recrutamento de árvores pioneiras isoladas no campo, freqüentemente próximo de matacões, onde menor biomassa de gramíneas conduz a menor intensidade do fogo. O fogo é portanto um fator de prevenção da expansão florestal sobre as áreas adjacentes de campo nas condições atuais de clima úmido. O presente regime de distúrbio permite a manutenção de uma elevada biodiversidade na paisagem dos morros de Porto Alegre pela co-ocorrência de ecossistemas ricos em espécies distintas (campos e florestas); a supressão de queimadas pode alterar o mosaico de tipos de hábitat, aumentando a proporção de áreas florestais.

Feições de textura para classificação de imagens

Presentemente, os métodos utilizados no processo classificação de imagens, em sua grande maioria, fazem uso exclusivamente dos atributos espectrais. Nesta pesquisa,são introduzidos os atributos espaciais, em particular a textura, no processo de classificação de imagens digitais. As informações de textura são quantificadas pelo método das matrizes de co-ocorrência, proposto por Haralick, e organizadas em um formato similar ao utilizado nas bandas espectrais, gerando desta forma canais de textura. Com a implementação deste atributo em adição aos espectrais, obtêm-se um acréscimo na exatidão obtida no processo de classificação de imagens.