Transition metal ion activation of DNA binding by the diphtheria tox repressor requires the formation of stable homodimers.

The diphtheria tox repressor (DtxR) is a transition metal ion-dependent regulatory element that controls the expression of diphtheria toxin and several genes involved in the synthesis of siderophores in Corynebacterium diphtheriae. In the presence of transition metal ions apo-DtxR becomes activated and specifically binds to its target DNA sequences. We demonstrate by glutaraldehyde cross-linking that monomeric apo-DtxR is in weak equilibrium with a dimeric form and that upon addition of activating metal ions to the reaction mixture a dimeric complex is stabilized. Addition of the DNA-binding-defective mutant apo-DtxR(delta 1-47) to apo-DtxR in the absence of transition metal ions inhibits conversion of the apo-repressor to its activated DNA-binding form. We also show that the binding of Ni2+ to both apo-DtxR and apo-DtxR(delta 1-47) is cooperative and that upon ion binding there is a conformational change in the environment of the indole ring moiety of Trp-104. For the wild-type repressor the consequences of this conformational change include a shift in equilibrium toward dimer formation and activation of target DNA binding by the repressor. We conclude that the formation of DtxR homodimers is mediated through a protein-protein interaction domain that is also activated on metal ion binding.

A new levan producing bacterium, Corynebacterium laev aniformans nov spec

Raw sewage and activated sludge have been shown to be good sources for isolating a levan-synthesising bacterium. The morphological, cultural and physiological characteristics of the bacterium have been described and the designation. Corynebacterium laevaniformans, nov. spec. has been proposed for it. Some of the factors which influence levan synthesis are reported.

Paixões e afetos: possibilidades de leitura das teses da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro no século XIX

Este trabalho busca investigar as condições de produção dos saberes psicológicos contidos nas teses de doutoramento da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro no século XIX. Tal meta visa, a partir de conceitos diversos, obter os princípios norteadores das obras dos futuros doutores, tomando como ponto de partida o seu contexto sócio-cultural. Dois conceitos, no entanto, serão privilegiados: os de paixão e afeto. Estes são conceitos que surgem em diversas teses, principalmente naquelas da primeira metade do séulo XIX período da maior parte das teses selecionadas nesta ocasião. Uma das principais questões levantadas diz respeito à maneira como os autores das teses elaboram seus trabalhos: utilizam-se das mais diversas referências para que possam corroborar aquilo que propõem em seus trabalhos. Assim, freqüentemente recorrem a textos de autores consagrados mesmo que, por vezes, não haja concordância entre os autores escolhidos. Os conteúdos utilizados são díspares, mas, como são aparentemente concordantes com o que os médicos produzem, são apropriados por estes. Esta apropriação vem a ser discutida a partir do trabalho de Michel de Certeau. Também vemos alguns elementos das teses sofrerem transformações, num trabalho de bricolagem, tal como propõe Claude Lévi-Strauss. É inegável que a apropriação e a bricolagem vão além do que se verifica nas obras de Certeau e Lévi-Strauss: estes se referem à cultura popular quando tratam daqueles temas, mas ao fazer uma incursão pelos escritos das teses, pode-se perceber que os mesmos fenômenos são característicos também de materiais que estão além do que geralmente se chama de cultura popular, haja vista que teses de medicina não poderiam ser interpretadas como tal. Sendo o período pesquisado uma época em que a psicologia ainda não se constituiu como ciência, os trabalhos médicos tornam-se instrumentos privilegiados de difusão de saberes psicológicos. Fazem parte de um material que impulsiona a produção de conhecimento sobre o homem em seus aspectos individuais, culturais, sociais, psicológicos, indo além das discussões fisiológicas e orgânicas. Embora estas estejam presentes, formam um conjunto com o qual os autores das teses buscam verificar as vicissitudes humanas. Para realizar este estudo foi necessária uma pesquisa documental, onde as teses servem como fontes primárias para a execução do trabalho. Através da análise dos temas e termos constantes das teses, pretende-se constituir um mapa sobre o qual torna-se possível articular as idéias veiculadas nas teses com o contexto sócio-cultural em que são produzidos os materiais dos escritos dos médicos

A Pesquisa acadêmica sobre Ação afirmativa no Brasil: um estudo conceitual das teses e dissertações no período entre 1.987 e 2.010

Este trabalho tem como objeto a análise conceitual da produção acadêmica de teses e dissertações sobre o tema Ações Afirmativas (AAs) no Brasil, no período compreendido entre 1987 e 2010. A abordagem metodológica utilizada foi pautada na pesquisa qualitativa de natureza bibliográfica. A principal fonte de dados foi o Banco de Teses e Dissertações da Capes/MEC. A escolha da amostra, composta de 206 textos acadêmicos, se deu com base na utilização do termo ação afirmativa como categoria de busca. Dessas amostras, foram analisados, por meio de mapas conceituais, 35 trabalhos completos, de modo a atender ao critério de proporcionalidade entre o tema AAs e as demais categorias que emergiram da análise do corpo de dados com utilização software Atlas.ti. Incialmente foi realizada a leitura crítica e a seleção de categorias pertinentes ao tema, posteriormente utilizou-se o software para confirmar e/ou desconfirmar essas categorias. Com esse procedimento foi possível não somente extrair o foco dado por cada trabalho acadêmico, como a abordagem teórica, a metodológica, a posição dos autores em relação ao tema AAs, a população alvo eleita por cada autor, como também identificar os autores/teóricos recorrentes ao tema AAs utilizados para fundamentar esses trabalhos. Para demonstrar os resultados optou-se pela análise dos mapas conceituais de modo descritivo e ainda por apresentá-los no apêndice II de modo ilustrativo. Como resultado identificou-se que a grande maioria dos trabalhos refere-se as AAs a partir da aplicação de políticas públicas de redução das desigualdades, como o sistema de cotas relacionado ao acesso da população negra no sistema de ensino superior. Quanto ao posicionamento dos autores em relação a essas ações, foram raros os trabalhos que se posicionaram contra as AAs. De modo geral, os autores estudados entendem que esta é uma forma de justiça distributiva e de reparação social das desigualdades entre diferentes segmentos e grupos sociais. Considera-se que este estudo se faz importante na medida em que é crescente no ensino superior no Brasil, nos últimos anos, a utilização deste recurso político de equalização das desigualdades sociais. Este estudo mostra um diagnóstico do perfil da produção acadêmica e permite identificar as áreas de estudo e os temas mais frequentemente associados às AAs. Pretende-se com ele, contribuir com um marco teórico-conceitual para que novas pesquisas possam ser realizadas de modo a enriquecer o campo de estudos das ciências sociais, em especial sobre o tema AAs

Caracterização molecular de bastonetes Gram positivos irregulares e actinomicetos aeróbios obtidos de espécimes clínicos, de ensaios de esterilidade e de áreas limpas

Os bastonetes Gram positivos irregulares (BGPIs) compõem um grupo de espécies bacterianas com ampla diversidade fenotípica e que podem estar presente no meio ambiente, na microbiota humana e de animais. A identificação acurada de BGPIs em nível de gênero e espécie empregando métodos bioquímicos convencionais é bastante limitada, sendo recomendado, portanto, o uso de técnicas moleculares. No presente estudo, foram identificadas amostras de BGPIs oriundas de espécimes clínicos de humanos, de produtos farmacêuticos e de áreas limpas através da análise de sequencias do gene 16S rRNA e de outros genes conservados (housekeeping genes). Os resultados obtidos pelo sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB demonstraram C. striatum multi-resistente (MDR) como responsável por surto epidêmico em ambiente hospitalar da cidade do Rio de Janeiro. Quinze cepas de C. striatum foram isoladas em cultura pura a partir de secreção traqueal de pacientes adultos submetidos a procedimentos de entubação endotraqueal. A análise por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) indicou a presença de quatro perfis moleculares, incluindo dois clones relacionados com cepas MDR (PFGE I e II). Os dados demonstram a predominância de PFGE I entre cepas MDR isoladas de unidades de terapia intensiva e enfermarias cirúrgicas. Uma potencial ligação causal entre a morte e a infecção por C. striatum MDR (PFGE tipos I e II) foi observada em cinco casos. Adicionalmente, acreditamos que este seja o primeiro estudo de identificação de espécies de Nocardia relacionadas com infecções humanas pela análise da sequencia multilocus (MLSA) no Brasil. Diferente dos dados observados na literatura (1970 a 2013) e obtidos pelos testes fenotípicos convencionais, a caracterização molecular de quatro lócus (gyrB-16S-secA1-hsp65) permitiu a identificação das espécies N. nova, N. cyriacigeorgica, N. asiatica e N. exalbida/gamkensis relacionadas com quadros de nocardiose em humanos. Cepas de N. nova isoladas de diferentes materiais clínicos de um único paciente apresentaram padrões de susceptibilidade antimicrobianos idênticos e dois perfis PFGE, indicando a possibilidade de quadros de co-infecção por N. nova em humanos. Em outra etapa da investigação, amostras de BGPIs obtidos de ambientes de salas limpas que não puderam ser identificadas por critérios convencionais foram submetidas a análise da sequência do gene 16S rRNA e caracterizadas 95,83% em nível de gênero e 35,42% em espécies. Para gêneros mais encontrados no estudo, foram analisados os genes rpoB e recA de dezessete cepas de Microbacterium e utilizado o MLSA para a identificação de sete cepas identificadas como Streptomyces. Os ensaios permitiram a identificação de três cepas de Microbacterium e de uma única amostra de Streptomyces ao nível de espécie. A análise da sequencia do gene rpoB também se mostrou eficaz na identificação de espécies de cepas de Corynebacterium. Finalmente, para as cepas ambientais pertencentes à classe Actinobacteria os dados morfológicos, bioquímicos e genotípicos permitiram documentar a cepa 3117BRRJ como representante de uma nova espécie do gênero Nocardioides, para o qual o nome Nocardioides brasiliensis sp. nov. e as cepas 3712BRRJ e 3371BRRJ como representante de um novo gênero e espécie para o qual o nome Guaraldella brasiliensis nov. foi proposto.

Análise da variabilidade intra-espécie dos genes pld e rpoB de Corynebacterium pseudotuberculosis por meio de marcadores PCR-RFLP.

Corynebacterium pseudotuberculosis é o agente etiológico da linfadenite caseosa em ovinos e caprinos, uma doença infectocontagiosa crônica caracterizada por abscessos em linfonodos superficiais ou internos. Os animais acometidos podem apresentar lesões internas ou externas, o que representa perdas econômicas graves na caprinovinocultura, como o comprometimento da produção de lã em ovinos, deficiência reprodutiva, condenação da carne ou morte do animal. Uma vez estabelecida a infecção no rebanho, torna-se difícil sua erradicação. Com o objetivo de avaliar a variabilidade genética intra-espécie em C. pseudotuberculosis, 31 isolados provenientes de seis municípios do Estado de Pernambuco, sendo 23 de caprinos e oito de ovinos, tiveram os seus DNAs genômicos extraídos e analisados por reação em cadeia da polimerase e análise de polimorfismos por tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Os locis escolhidos foram os genes pld e rpoB, cujas seqüências dos oligonucleotídeos amplificaram fragmentos de 924 e 447 pares de bases (pb), respectivamente. Os produtos da amplificação foram digeridos com as enzimas Pst I e Msp I (gene pld) e HpyCh4 IV e Msp I (gene rpoB). Os fragmentos de restrição foram corridos em gel de poliacrilamida a 15%, os quais foram corados com brometo de etídeo. Para o gene pld, digerido com a enzima Pst I, foram obtidos fragmentos de 566, 195, 91 e 72 pb; e com a enzima Msp I, fragmentos de 395, 369, 108 e 52 pb. O gene rpoB digerido com a enzima HpyCh4 IV apresentou fragmentos de 235, 126 e 86 pb; e com a enzima Msp I apresentou fragmentos de 222, 93, 78 e 54 pb. O padrão de bandas obtido para os 31 isolados de C. pseudotuberculosis, analisados neste estudo, foi monomórfico, não havendo, portanto, polimorfismo entre os diferentes isolados, independentes da espécie hospedeira ou da área geográfica estudada, o que corrobora com o padrão homogêneo da infecção para a região.

Catalogo de teses; Centro Nacional de Pesquisa de Soja.

Difusao de tecnologia; Ecologia; Economia; Entomologia; Estatistica; Fisiologia; Fitopatologia; Fixacao de nitrogenio; Industrializacao e usos; Informatica; Mecanizacao agricola; Melhoramento; Nematologia; Plantas daninhas; Praticas culturais; Sementes; Solos.

Fractionation of Corynebacterium pekinense AS 1.299 phage subtypes by anion-exchange chromatography

A novel method to fractionate phage into its subtypes while fully retaining biological function is reported. Corynebacterium pekinense AS 1.299 phage samples, purified by either conventional ultracentrifugation or gel chromatography on a Superose® 6 Prep column (0.78×30 cm), were fractionated further into four fractions by anion-exchange chromatography on a Toyopearl SuperQ 650C column (0.5×20 cm) with a linear gradient of NaCl concentration from 0.2 to 1.0 M in 0.02 M carbonate–biocarbonate buffer, pH 10.0. Two peaks were identified to be C. pekinense AS 1.299 phages by their ability to infect the host bacteria when inoculated into the culture media, and when examined by electron microscopy. These two types of the phage were found to be morphologically the same except for the difference in the length of their non-contractile tails. Both possessed an isometric head with a diameter of 50±3 nm, while their tails were 170±10 and 210±10 nm, respectively. This simple technique provides a convenient method for phage isolation not only to its species homogeneity, but also to determine its subtype or variant homogeneity.

Resumos de teses de mestrado

A publicação de um livro de resumos de teses de mestrado, elaboradas na Faculdade de Economia da Universidade do Algarve, é um propósito da Direcção da ADIFE, agora cumprido. Não foi possível obter todos os resumos de teses, cerca de 90, apesar dos pedidos formais endereçados aos autores. Não obstante, esta edição conta com 41 resumos, aos quais se juntam mais quatro de docentes da Faculdade, que concluíram os seus mestrados noutras instituições. Pretende-se, pela relevância desta iniciativa, despertar o interesse para a leitura das versões completas das dissertações, existentes nas bibliotecas da Universidade do Algarve, e contribuir para a divulgação da investigação realizada na Faculdade, ao nível dos cursos de mestrado. De igual modo, também é propósito desta edição motivar os actuais e os futuros estudantes de mestrado a enveredar pelos caminhos estimulantes da investigação científica e a realizar a sua própria dissertação. Tendo em conta este propósito, e para facilitar a identificação das teses que abordam determinados temas específicos, inclui-se no final do livro um índice remissivo de palavras chave, bem ainda como um índice remissivo de autores. Aos mestres que decidiram aliar-se a esta iniciativa, enviando os seus resumos, é devida uma palavra de profundo agradecimento. Aos restantes estende-se novo convite de publicação dos seus resumos numa futura edição.

Anuário Científico – 2002 Resumos de Artigos, Comunicações, Teses e Livros

O Conselho Cientifico do Instituto Superior de Engenharia de Lisboa dá continuidade à publicação do Anuário Científico do ISEL com esta edição relativa ao ano de 2002. Os trabalhos científicos, artigos, comunicações, teses e livros, cujos resumos integram este Anuário Científico são reveladores do entrosamento do nosso corpo docente com a comunidade científica (académica e de investigação) e são um indicador da qualidade do trabalho científico e de investigação realizado. A investigação é uma das obrigações da academia. Esta actividade, por envolver o desconhecido e a procura de soluções inéditas, não se coaduna com a imposição de limitações, especialmente quando estas são artificiais. Todos aqueles que para o trabalho de investigação possuam competência devem, em nosso entender, ser estimulados a dar o seu contributo para o desenvolvimento da sociedade. No âmbito do ensino da engenharia, estamos certos que as alterações legislativas em curso no nosso país, se forem orientadas no sentido do incremento da qualidade, terão em conta o real valor de cada instituição e saberão aproveitar o potencial humano, científico e tecnológico do Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, quebrando o actual espartilho legal, cerceador de parte da actividade de I&D, que inibe, presentemente, a concessão dos graus académicos de Mestre e Doutor. É nosso entendimento que a faculdade de atribuição, pelas instituições de ensino superior, dos graus de pós-graduação deve ser estabelecida com base em critérios, universais e predefinidos, afiançadoras das competências específicas e garantes da qualidade dos resultados.

Utopias pol??tico-educacionais em teses de doutorado sobre forma????o de professores de Hist??ria (Barcelona, 1991-2008)

Resumen basado en el de la publicaci??n

Corynebacterium suicordis sp. nov., from pigs

Nineteen strains of Gram-positive, non-motile, non-spore-forming, catalase-positive, rod-shaped bacteria isolated from pigs were characterized by using biochemical, molecular chemical and molecular genetic methods. Two distinct groups of organisms were discerned, based on their colonial morphology, CAMP (Christie-Atkins-Munch-Petersen) reaction and numerical profile by using the API Coryne system. The first group (113 strains) gave a doubtful discrimination between Corynebacterium striatum and Corynebacterium amycolatum, whilst the second group (six strains) were identified tentatively as Corynebacterium urealyticum. Comparative 16S rRNA gene sequencing studies demonstrated that all of the isolates belonged phylogenetically to the genus Corynebacterium. The first group of organisms was highly similar to Corynebacterium testudinoris with respect to 16S rRNA gene sequences and physiological characteristics, whereas the remaining six isolates formed a hitherto unknown subline within the genus, associated with a small subcluster of species that included Corynebacterium auriscanis and its close relatives. The unknown Corynebacterium sp. was distinguished readily from these and other species of the genus by biochemical tests. Based on both phenotypic and phylogenetic evidence, it is proposed that the new isolates from pigs should be classified as a novel species, Corynebacterium suicordis sp. nov. The type strain is P81/02(T) (=CECT 5724(T) =CCUG 46963(T)).

Corynebacterium atypicum sp. nov., from a human clinical source, does not contain corynomycolic acids

An unusual Gram-positive, facultatively anaerobic, catalase-positive, diphtheroid-shaped organism originating from an unknown human clinical source was characterized by biochemical, molecular chemical and molecular phylogenetic methods. Based on its morphological and biochemical characteristics and the presence of a murein based on meso-diaminopimelic acid, the unidentified organism was tentatively assigned to the genus Corynebacterium. However, the unknown organism was found to lack the distinctive, short-chain corynomycolic acids that are considered to be characteristic of this genus. Despite the absence of these characteristic lipids, comparative 16S rRNA gene sequencing showed that the unknown bacterium was phylogenetically a member of the genus Corynebacterium and was distinct from all currently known species. Based on both phenotypic and 16S rRNA sequence considerations, it is proposed that the unknown organism be classified as a novel species, Corynebacterium atypicum sp. nov. The type strain of C. atypicum is strain R2070(T) (= CCUG 45804(T) = CIP 107431(T)).