Mechanisms of Transposable Element Repression by Piwi Proteins in the piRNA Pathway of Drosophila Germ Cells

The ability to reproduce is a defining characteristic of all living organisms. During reproduction, the integrity of genetic material transferred from one generation to the next is of utmost importance. Organisms have diverse strategies to ensure the fidelity of genomic information inherited between generations of individuals. In sexually reproducing animals, the piRNA pathway is an RNA-interference (RNAi) mechanism that protects the genomes of germ cells from the replication of ‘selfish’ genetic sequences called transposable elements (TE). When left unabated, the replication of TE sequences can cause gene disruption, double-stranded DNA breaks, and germ cell death that results in sterility of the organism. In Drosophila, the piRNA pathway is divided into a cytoplasmic and nuclear branch that involves the functions of three Piwi-clade Argonaute proteins—Piwi, Aubergine (Aub) and Argonaute-3 (Ago3)—which bind piwi-interacting RNA (piRNA) to form the effector complexes that represses deleterious TE sequences.

The work presented in this thesis examines the function and regulation of Piwi proteins in Drosophila germ cells. Chapter 1 presents an introduction to piRNA biogenesis and to the essential roles occupied by each Piwi protein in the repression of TE. We discuss the architecture and function of germ granules as the cellular compartments where much of the piRNA pathway operates. In Chapter 2, we present how Piwi in the nucleus co-transcriptionally targets genomic loci expressing TE sequences to direct the deposition of repressive chromatin marks. Chapter 3 examines the cytoplasmic function of the piRNA pathway, where we find that the protein Krimper coordinates Aub and Ago3 in the piRNA ping-pong pathway to adaptively target and destroy TE transcripts. Chapter 4 explores how interactions of Piwis with associated proteins are modulated by arginine methylation modifications. Lastly, in Chapter 5 I present evidence that the cytoplasmic branch of the piRNA pathway can potentially ‘cross-talk’ with the nuclear branch to transfer sequence information to better target and co-transcriptionally silence the genomic loci coding active TE sequences. Overall, the work presented in this thesis constitutes a part of the first steps in understanding the molecular mechanisms that protect germ cells from invasion by TE sequences.

Que mulher é essa?: identidade, política e saúde no movimento de travestis e transexuais

O objeto desta dissertação é explorar os discursos militantes relativos à diferenciação entre as identidades coletivas de travestis e transexuais no âmbito do movimento de travestis e transexuais brasileiro e sua repercussão nas demandas e proposições de políticas públicas de saúde, mais especificamente no que tange às transformações corporais. Realizei entrevistas semi-estruturadas com ativistas reconhecidas como lideranças desse movimento, tendo como principais eixos: trajetória militante, diferenciação entre travestis e transexuais, organização do movimento, agenda política, transformações corporais e demandas relativas à saúde. Além disso, realizei etnografias em encontros gerais do movimento LGBT, assim como nos específicos de travestis e transexuais, com destaque para o XVI e XVII Encontro Nacional de Travestis e Transexuais (ENTLAIDS), realizados no Rio de Janeiro em 2009 e em Aracaju em 2010; a V Conferência Regional para América Latina e Caribe da ILGA (International Lesbian and Gay Association), realizada em Curitiba em 2009; e a I Marcha Nacional Contra a Homofobia, realizada em 19 de maio de 2010 em Brasília. A partir dos resultados das entrevistas e das etnografias, busco construir um histórico do movimento de travestis e transexuais no Brasil, no qual é possível localizar a emergência das categorias identitárias e seus conflitos. Assim, minha investigação passa pela análise da relação com categorias estigmatizantes como a prostituição e, especialmente, das capacidades de incorporação ou de apropriação de discursos médicos e psiquiátricos na construção de identidades, o que inclui a influência de fatores de classe e de acesso a serviços de saúde especializados, notoriamente o processo transexualizador no SUS. A análise das principais demandas do movimento me levou a uma relação entre políticas de reconhecimento e processos de purificação. Por fim, busco compreender o processo de construção de uma carreira militante no movimento de travestis e transexuais.

Structural Characterization of Pro-inflammatory and Anti-inflammatory Immunoglobulin G Fc Proteins

Immunoglobulin G (IgG) is central in mediating host defense due to its ability to target and eliminate invading pathogens. The fragment antigen binding (Fab) regions are responsible for antigen recognition; however the effector responses are encoded on the Fc region of IgG. IgG Fc displays considerable glycan heterogeneity, accounting for its complex effector functions of inflammation, modulation and immune suppression. Intravenous immunoglobulin G (IVIG) is pooled serum IgG from multiple donors and is used to treat individuals with autoimmune and inflammatory disorders such as rheumatoid arthritis and Kawasaki’s disease, respectively. It contains all the subtypes of IgG (IgG1-4) and over 120 glycovariants due to variation of an Asparagine 297-linked glycan on the Fc. The species identified as the activating component of IVIG is sialylated IgG Fc. Comparisons of wild type Fc and sialylated Fc X-ray crystal structures suggests that sialylation causes an increase in conformational flexibility, which may be important for its anti-inflammatory properties.

Although glycan modifications can promote the anti-inflammatory properties of the Fc, there are amino acid substitutions that cause Fcs to initiate an enhanced immune response. Mutations in the Fc can cause up to a 100-fold increase in binding affinity to activating Fc gamma receptors located on immune cells, and have been shown to enhance antibody dependent cell-mediated cytotoxicity. This is important in developing therapeutic antibodies against cancer and infectious diseases. Structural studies of mutant Fcs in complex with activating receptors gave insight into new protein-protein interactions that lead to an enhanced binding affinity.

Together these studies show how dynamic and diverse the Fc region is and how both protein and carbohydrate modifications can alter structure, leading to IgG Fc’s switch from a pro-inflammatory to an anti-inflammatory protein.

Investigations on saprolegniosis. II. Study on the process of penetrations showing evidence of a proteolytic enzyme and histopathological aspects [Translation from: Riv.ital.Piscicolt.Ittiopatol. 11(4), 109-117, 1976]

The study of enzymatic activity is of great importance in the immunology of fungi. Indeed, knowledge of biological activity of antigenic structures is important for the elucidation of host-parasite relations as well as in the search for a taxonomic factor permitting differential diagnoses. The authors used Saprolegnia cultures to analyse soluble antigenic fractions arising from the mycelium of cultures of 4 species of Saprolegnia, which are found most frequently in the parasitic state on fish: S. parasitica, S. ferax, S. delica, S. diclina. The authors conclude that in the study of saprolegniasis, the enzymatic approach affords new elements for the examination of the etiology of fungi as well as an element of gravity concerning the biochemical modifications necessary to the change of saprophytism to parasitism.

Remoção de compostos sulfurados e nitrogenados de diesel hidrotratado por adsorção em argila, alumina e sílica-alumina, impregnadas com metais de transição

Na matriz energética brasileira, o óleo diesel tem lugar de destaque, porém ainda é comercializado com teores de compostos sulfurados e nitrogenados considerados altos para as legislações ambientais que entrarão em vigor nos próximos anos. Tradicionalmente, a remoção desses compostos de enxofre de correntes de petróleo é realizada por processos de hidrotratamento (HDT). No entanto, devido as características do diesel brasileiro, se faz necessária maior severidade para atingir as novas especificações dos combustíveis. Isto implica em investimentos e custos operacionais crescentes para atender a demanda que se instala. Neste contexto, a adsorção está sendo estudada para a purificação da corrente de óleo diesel oriunda da etapa de hidrotratamento como polimento final para alcançar as especificações mais exigentes. Sabe-se que os adsorventes comerciais apresentam limitações na remoção destes contaminantes e uma alternativa que tem se mostrado promissora é a incorporação de metais de transição na estrutura do sólido. No presente trabalho foram modificados adsorventes comerciais, tais como aluminas, sílica-aluminas e argilas pela introdução dos elementos níquel, colbalto e molibdênio e testado o desempenho dessas modificações frente à adsorção de compostos sulfurados e nitrogenados presentes em um diesel hidrotratado. Foram feitas caracterizações químicas, físicas, texturais e morfológicas dos sólidos com e sem incorporação de metais de transição na estrutura original. Os experimentos de adsorção foram realizados a 40C. Avaliando todos os sólidos, o adsorvente que mostrou o melhor desempenho na remoção de compostos sulfurados e nitrogenados por massa de adsorvente foi a sílica-alumina sem modificações, que foi capaz de remover em torno de 90% de compostos nitrogenados e 55 % de sulfurados para 2 g de sólido / 10 mL de diesel. Para os materiais modificados, observou-se que a incorporação dos metais de transição ocasionou redução da sua área superficial e do volume total de poros. Desta maneira, os efeitos esperados pelas interações entre o sítios metálicos e os compostos de nitrogênio e enxofre foram reduzidos

Design of an oxygen flow meter for hospital application

A general description of the need for hospital flow meters is given along with an analysis of some common flow measurement methods.

The design criteria, establishment of the basic configuration of the instrument, and the evolution of the final design are presented in detail. The ability of the magnetic crossover mechanism to extract the square root of an input is explained, and design curves are presented. The action of the flow totalizer is described in relation to the rest of the instrument. A complete set of manufacturing drawings for the instrument and its tooling is included in the thesis.

In conclusion, an evaluation of the completed instrument is made, and improvements and modifications are indicated. Mention is made of the adaptability of the magnetic crossover mechanism to other instrumentation.

Tenacificação em Nanocompósitos de Poliamida 6 e Argila

Nanocompósitos de poliamida 6 (PA6) e montmorilonita modificada com sal de amônio quaternário têm sido estudados, visando melhorar as propriedades térmicas e mecânicas. De fato os efeitos da nano-escala e da interação carga-matriz resultam em maior módulo de elasticidade e resistência à tração, porém a deformação é reduzida. Assim, nesse trabalho, optou-se por adicionar elastômeros, terpolímero de etileno-propileno-dieno (EPDM) e terpolímero de etileno-propileno-dieno modificado com anidrido maleico (EPDM-MA), ao sistema PA 6/argila organofílica para recuperar os valores de deformação. Foi utilizada montmorilonita modificada com cloreto de dimetildioctadecil amônio. A intercalação por fusão foi realizada em câmara interna de mistura. Além das propriedades mecânicas, térmicas e reológicas, foram investigadas as modificações na cristalinidade da fase PA-6 em função da adição da argila modificada, EPDM e EPDM-MA, detectando-se as variações no grau de cristalinidade e nas temperaturas de fusão e cristalização. Os difratogramas de raios-x revelaram ocorrência de intercalação/esfoliação e também modificação da forma cristalina da PA 6, indicando a formação do cristal gama

Reform of Spain's profesional services market: Implementation of the EU Services Directive

The implementation of the European Commission Services Directive initiated the modernization process of services markets within the European Union. The objective was to guarantee the creation of a single market by ensuring the freedom of establishment and circulation. The transposition of the Directive in Spain triggered an initial wave of reforms in the Spanish legal system. A second package of reforms is currently underway, following recommendations by the EC, IMF and OECD, which highlight the relative lack of competition in Spain’s services as one of the major imbalances in its economy, alongside the public deficit and unemployment. Both the implemented and planned reforms represent a major step forward. Nevertheless, the government has recently announced modifications to the draft bill of the Professional Services and Associations Law, which is expected to soon be submitted for parliamentary debate and approval. Taking into consideration modifications already introduced, together with anticipated further changes, it will be important to maintain the main points of the draft bill and to introduce a deeper review of the legal framework for professional services, of the professional associations themselves, and for the activities that are subject to compulsory membership within a professional association. Spain’s territorial map of professional associations must too be redrawn.

Metrologia de instrumentos endodônticos por microscopia eletrônica de varredura e análise digital de imagens: uma proposta metodológica

A padronização para a fabricação de instrumentos endodônticos em aço inoxidável contribuiu para o desenvolvimento de novos aspectos geométricos. Surgiram propostas de alterações no desenho da haste helicoidal, da seção reta transversal, da ponta, da conicidade e do diâmetro na extremidade (D0). Concomitantemente, o emprego de ligas em Níquel-Titânio possibilitou a produção de instrumentos acionados a motor, largamente empregados hoje. A cada ano a indústria lança instrumentos com diversas modificações, sem, contudo, disponibilizar informações suficientes quanto às implicações clínicas destas modificações. Existe um crescente interesse no estudo dos diferentes aspectos geométricos e sua precisa metrologia. Tradicionalmente, a aferição de aspectos geométricos de instrumentos endodônticos é realizada visualmente através de microscopia ótica. Entretanto, esse procedimento visual é lento e subjetivo. Este trabalho propõe um novo método para a metrologia de instrumentos endodônticos baseado no microscópio eletrônico de varredura e na análise digital das imagens. A profundidade de campo do MEV permite obter a imagem de todo o relevo do instrumento endodôntico a uma distância de trabalho constante. Além disso, as imagens obtidas pelo detector de elétrons retro-espalhados possuem menos artefatos e sombras, tornando a obtenção e análise das imagens mais fáceis. Adicionalmente a análise das imagens permite formas de mensuração mais eficientes, com maior velocidade e qualidade. Um porta-amostras específico foi adaptado para obtenção das imagens dos instrumentos endodônticos. Ele é composto de um conector elétrico múltiplo com terminais parafusados de 12 pólos com 4 mm de diâmetro, numa base de alumínio coberta por discos de ouro. Os nichos do conector (terminais fêmeas) têm diâmetro apropriado (2,5 mm) para o encaixe dos instrumentos endodônticos. Outrossim, o posicionamento ordenado dos referidos instrumentos no conector elétrico permite a aquisição automatizada das imagens no MEV. Os alvos de ouro produzem, nas imagens de elétrons retro-espalhados, melhor contraste de número atômico entre o fundo em ouro e os instrumentos. No porta-amostras desenvolvido, os discos que compõem o fundo em ouro são na verdade, alvos do aparelho metalizador, comumente encontrados em laboratórios de MEV. Para cada instrumento, imagens de quatro a seis campos adjacentes de 100X de aumento são automaticamente obtidas para cobrir todo o comprimento do instrumento com a magnificação e resolução requeridas (3,12 m/pixel). As imagens obtidas são processadas e analisadas pelos programas Axiovision e KS400. Primeiro elas são dispostas num campo único estendido de cada instrumento por um procedimento de alinhamento semi-automático baseado na inter-relação com o Axiovision. Então a imagem de cada instrumento passa por uma rotina automatizada de análise de imagens no KS400. A rotina segue uma sequência padrão: pré-processamento, segmentação, pós-processamento e mensuração dos aspectos geométricos.

Desenvolvimento de membranas de poli(éter imida) sultonada para a permeacão de gases

A busca por membranas com propriedades adequadas a separação de gases em escala industrial tem levado a modificação e sIntese de polImeros de engenharia, com objetivo de obter membranas com propriedades adequadas. Uma das modificaçoes que tem se apresentado promissora é a inserção de grupos sulfônicos em polImeros comerciais. Espera-se que o polImero sulfonado apresente um aumento na permeação de gases polares, em relação a gases apolares, devido a sua estrutura mais polar e flexIvel. Neste contexto, o objetivo do presente trabalho é a sIntese e caracterização de membranas de poli(éter imida) sulfonada para a permeação de gases. Um planejamento experimental foi desenvolvido, em diferentes condiçoes reacionais de temperatura, tempo e excesso de um dos reagentes (ácido acético), para a sIntese de poli(éter imida) sulfonada (SPEI). Através deste planejamento, constatou-se que as variáveis que mais influenciam o grau de sulfonação são a temperatura e o tempo. O polImero com o maior grau de sulfonação, determinado por capacidade de troca iônica (IEC= 92 mEq H+/g), foi utilizado para o preparo da membrana de SPEI, obtida pela técnica de inversão de fase por evaporação do solvente, utilizando-se clorofórmio como solvente. Este filme foi caracterizado a partir das seguintes análises: espectroscopia de infravermelho (FTIR), calorimetria diferencial de varredura (DSC), análise termogravimétrica (TGA) e microscopia eletrônica de varredura (MEV), a fim de avaliar a influência da inserção do grupo sulfônico na matriz polimérica. O espectro de infravermelho de SPEI apresentou bandas relacionadas as vibraçoes assimétricas em 1240 cm-1 (ligação O=S=O), ligação simétrica em 1171 cm-1 (O=S=O) e ligação S-O entre 1010-1024 cm-1. Isto indica a presença de grupos sulfônicos. A análise de DSC foi realizada entre 150-250C. Nesta faixa, não foram observadas alteraçoes na temperatura de transição vItrea (Tg) do polImero modificado (217C). Acredita-se que a decomposição do grupo sulfona aconteça antes da temperatura atingir o Tg do polImero. Esta suposição é confirmada na análise de TGA. As imagens de MEV mostraram que foram obtidos filmes livres de poros e defeitos. A membrana da SPEI foi utilizada no ensaio de permeaçao dos gases 02, N2 e C02, a fim de determinar a permeabilidade e seletividade da membrana. As permeabilidades encontradas para o gas oxigênio foram de 0,76 barrer para a PEI e 0,46 barrer para a SPEI. A seletividade do dióxido de carbono em relaçao ao oxigênio aumentou de 3,5, na membrana de PEI, para 4,83, na membrana de SPEI. Em relaçao ao nitrogênio, as permeabilidades medidas foram 0,064 barrer e 0,043 barrer, para a PEI e para a SPEI, respectivamente, enquanto a seletividade em relaçao ao C02 aumentou de 41,1 para 55,5. Estes resultados indicam que o efeito de sorçao predominou devido ao aumento das interaçöes moleculares, reduzindo assim o volume livre, o que tornou a membrana sulfonada mais compacta, com permeabilidade menor e maior seletividade. Estes resultados corroboram com a premissa de que a sulfonaçao é um processo promissor para o desenvolvimento de membranas mais eficientes.

Theoretical investigation of turbulent boundary layer over a wavy surface

The important features of the two-dimensional incompressible turbulent flow over a wavy surface of wavelength comparable with the boundary layer thickness are analyzed.

A turbulent field method using model equation for turbulent shear stress similar to the scheme of Bradshaw, Ferriss and Atwell (1967) is employed with suitable modification to cover the viscous sublayer. The governing differential equations are linearized based on the small but finite amplitude to wavelength ratio. An orthogonal wavy coordinate system, accurate to the second order in the amplitude ratio, is adopted to avoid the severe restriction to the validity of linearization due to the large mean velocity gradient near the wall. Analytic solution up to the second order is obtained by using the method of matched-asymptotic-expansion based on the large Reynolds number and hence the small skin friction coefficient.

In the outer part of the layer, the perturbed flow is practically "inviscid." Solutions for the velocity, Reynolds stress and also the wall pressure distributions agree well with the experimental measurement. In the wall region where the perturbed Reynolds stress plays an important role in the process of momentum transport, only a qualitative agreement is obtained. The results also show that the nonlinear second-order effect is negligible for amplitude ratio of 0.03. The discrepancies in the detailed structure of the velocity, shear stress, and skin friction distributions near the wall suggest modifications to the model are required to describe the present problem.

Estudio comparativo entre tumor primario y metastásico de la trimetilación de la Histona H3 en el modelo in vivo de metástasis hepática de cáncer colorrectal murino.

Los mecanismos epigenéticos, entre los que está implicada la modificación covalente de histonas, son esenciales para el mantenimiento estable de la actividad génica en las células. Estos mecanismos también están implicados en la aparición de enfermedades como el cáncer colorrectal (CCR), siendo la metástasis hepática una de las formas más agresivas de la misma al producir una drástica disminución de la esperanza de vida del enfermo. Las modificaciones en las histonas, conocidas recientemente como código histónico, afectan a la estructura de la cromatina y juegan un papel importante en el desarrollo de la tumorogénesis. Sin embargo, se sabe poco acerca de aquellas células que adquieren la capacidad de metastatizar, y es por ello que en el presente trabajo se estudian las diferencias epigenéticas entre células tumorales primarias y células tumorales metastásicas para el patrón de trimetilación de la histona H3 en tres residuos diferentes del aminoácido lisina: lisina 4 (H3K4me3), lisina 9 (H3K9me3) y lisina 27 (H3K27me3).

The bullhead Cottus gobio , a versatile and successful fish

A series of studies on the ecology of the bullhead, Cottus gobio is described. Habitat choice, growth rate and longevity, population density, biomass and production, reproduction, life history and feeding is compared at 8 sites in England and 1 site in Wales. Evidence suggests that in Cottus gobio the prevailing environmental conditions result in considerable modifications in longevity, growth rate and egg production. It also indicates that the advantages of fast growth and high reproductive effort in favourable habitats are offset, at least partially by increases in mortality.

Incremental Control Synthesis for Robotics in the Presence of Temporal Logic Specifications

This thesis presents methods for incrementally constructing controllers in the presence of uncertainty and nonlinear dynamics. The basic setting is motion planning subject to temporal logic specifications. Broadly, two categories of problems are treated. The first is reactive formal synthesis when so-called discrete abstractions are available. The fragment of linear-time temporal logic (LTL) known as GR(1) is used to express assumptions about an adversarial environment and requirements of the controller. Two problems of changes to a specification are posed that concern the two major aspects of GR(1): safety and liveness. Algorithms providing incremental updates to strategies are presented as solutions. In support of these, an annotation of strategies is developed that facilitates repeated modifications. A variety of properties are proven about it, including necessity of existence and sufficiency for a strategy to be winning. The second category of problems considered is non-reactive (open-loop) synthesis in the absence of a discrete abstraction. Instead, the presented stochastic optimization methods directly construct a control input sequence that achieves low cost and satisfies a LTL formula. Several relaxations are considered as heuristics to address the rarity of sampling trajectories that satisfy an LTL formula and demonstrated to improve convergence rates for Dubins car and single-integrators subject to a recurrence task.

A importância do estudo de história da língua portuguesa no curso de Letras

Este trabalho tem como objetivo ressaltar a importância dos conteúdos da disciplina História da Língua Portuguesa para a formação do graduando do curso de Letras. O ensino de Língua Portuguesa se dá, por questões didáticas, de forma recortada, sendo cada um de seus recortes (Morfologia, Fonética, Sintaxe etc.) trabalhado em semestres diferentes. A forma fragmentada de estudar a língua parece induzir o graduando a uma visão também fragmentada (e fragmentária) de seu objeto de estudo, prejudicando a formação do futuro professor/pesquisador da língua. A análise dos fenômenos linguísticos sob a ótica da diacronia em que uma alteração fonética pode, por exemplo, resultar em alterações morfológicas e sintáticas possibilita a visão da língua em seu funcionamento como um todo, com suas partes interagindo e se interpenetrando. Essa visão mais ampla, segundo cremos, poderá capacitar o aluno para conectar as informações de diferentes recortes, a fim de alcançar conhecimentos novos e mais complexos. Procuramos evidenciar os benefícios da abordagem diacrônica apresentando o conteúdo programático da disciplina História da Língua Portuguesa e tecendo comentários que apontam a relevância de cada conteúdo para a formação do graduando. Acrescentamos, algumas vezes, sugestões de atividades didáticas com o intuito de granjear o interesse do aluno para a disciplina