Molecular Details of Serum Resistance of Yersinia enterocolitica

In complement activation, Factor H (FH) and C4b-binding protein (C4bp) are the key regulators that prevent the complement cascade from attacking host tissues. Some bacteria may bind and deposit these regulators on their own surfaces and thus provide themselves with an efficient means to avoid complement activation. In consequence, bacteria resist complement-mediated lysis and opsonin-dependent phagocytosis. This study has demonstrated that Y. enterocolitica, similar to many other pathogens, recruits both FH and C4bp to its surface to ensure protection against the complement-mediated killing. YadA and Ail, the most crucial serum resistance factors of Y.enterocolitica, mediate the binding of FH and C4bp. FH - YadA interaction involves multiple higher structural motifs on the YadA stalk and the short consensus repeats (SCRs) of the entire polypeptide chain of FH. The Ail binding site on FH has been located to SCRs 6 and 7. The binding site for FH on Ail, however, remains undetermined. Both YadA- and Ail-bound regulators display full cofactor activity for FI-mediated cleavage of C3b/C4b. FH/C4bp-binding characteristics do, however, differ between YadA and Ail. In addition, Ail captures the regulators only in the absence of blocking lipopolysaccharide O-antigen and outer core, whereas YadA binds FH/C4bp independent of the presence of other surface factors Independent of mode of binding, however, YadA and Ail provide Y. enterocolitica a means to avoid complement-mediated lysis, enhancing chances for the bacteria to survive in the host during various phases of infection.

Foodborne Yersinia : Identification and Molecular Epidemiology of Isolates from Human Infections

Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis are among the major enteropathogenic bacteria causing infections in humans in many industrialized countries. In Finland, Y. pseudotuberculosis has caused 10 outbreaks among humans during 1997-2008. Some of these outbreaks have been very extensive involving over 400 cases; mainly children attending schools and day-care. Y. enterocolitica, on the contrary, has caused mainly a large number of sporadic human infections in Finland. Y. pseudotuberculosis is widespread in nature, causing infections in a variety of domestic and wild animals. Foodborne transmission of human infections has long been suspected, however, attempts to trace the pathogen have been unsuccessful before this study that epidemiologically linked Y. pseudotuberculosis to a specific food item. Furthermore, due to modern food distribution systems, foodborne outbreaks usually involve many geographically separate infection clusters difficult to identify as part of the same outbreak. Among pathogenic Y. enterocolitica, the global predominance of one genetically homogeneous type (bioserotype 4/O:3) is a challenge to the development of genetic typing methods discriminatory enough for epidemiological purposes, for example, for tracing back to the sources of infections. Furthermore, the diagnostics of Y. enterocolitica infections is hampered because clinical laboratories easily misidentify some other members of the Yersinia species (Y. enterocolitica–like species) as Y. enterocolitica. This results in misleading information on the prevalence and clinical significance of various Yersinia isolates. The aim of this study was to develop and optimize molecular typing methods to be used in epidemiological investigations of Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis, particularly in active surveillance and outbreak investigations of Y. pseudotuberculosis isolates. The aim was also to develop a simplified set of phenotypic tests that could be used in routine diagnostic laboratories for the correct identification of Y. enterocolitica and Y. enterocolitica –like species. A PFGE method designed here for typing of Y. pseudotuberculosis was efficient in linking the geographically dispersed and apparently unrelated Y. pseudotuberculosis infections as parts of the same outbreak. It proved to be useful in active laboratory-based surveillance of Y. pseudotuberculosis outbreaks. Throughout the study period, information about the diversity of genotypes among outbreak and non-outbreak related strains of human origin was obtained. Also, to our knowledge, this was the first study to epidemiologically link a Y. pseudotuberculosis outbreak of human illnesses to a specific food item, iceberg lettuce. A novel epidemiological typing method based on the use of a repeated genomic region (YeO:3RS) as a probe was developed for the detection and differentiation between strains of Y. enterocolitica subspecies palearctica. This method was able to increase the discrimination in a set of 106 previously PFGE typed Finnish Y. enterocolitica bioserotype 4/O:3 strains among which two main PFGE genotypes had prevailed. The developed simplified method was a more reliable tool than the commercially available biochemical test kits for differentiation between Y. enterocolitica and Y. enterocolitica –like species. In Finland, the methods developed for Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis have been used to improve the identification protocols and in subsequent outbreak investigations.

Structural and Functional Studies on Trimeric Autotransporters

Trimeric autotransporters are a family of secreted outer membrane proteins in Gram-negative bacteria. These obligate homotrimeric proteins share a conserved C-terminal region, termed the translocation unit. This domain consists of an integral membrane β-barrel anchor and associated α-helices which pass through the pore of the barrel. The α-helices link to the extracellular portion of the protein, the passenger domain. Autotransportation refers to the way in which the passenger domain is secreted into the extracellular space. It appears that the translocation unit mediates the transport of the passenger domain across the outer membrane, and no external factors, such as ATP, ion gradients nor other proteins, are required. The passenger domain of autotransporters contains the specific activities of each protein. These are usually related to virulence. In trimeric autotransporters, the main function of the proteins is to act as adhesins. One such protein is the Yersinia adhesin YadA, found in enteropathogenic species of Yersinia. The main activity of YadA from Y. enterocolitica is to bind collagen, and it also mediates adhesion to other molecules of the extracellular matrix. In addition, YadA is involved in serum resistance, phagocytosis resistance, binding to epithelial cells and autoagglutination. YadA is an essential virulence factor of Y. enterocolitica, and removal of this protein from the bacteria leads to avirulence. In this study, I investigated the YadA-collagen interaction by studying the binding of YadA to collagen-mimicking peptides by several biochemical and biophysical methods. YadA bound as tightly to the triple-helical model peptide (Pro-Hyp-Gly)10 as to native collagen type I. However, YadA failed to bind a similar peptide that does not form a collagenous triple helix. As (Pro-Hyp-Gly)10 does not contain a specific sequence, we concluded that a triple-helical conformation is necessary for YadA binding, but no specific sequence is required. To further investigate binding determinants for YadA in collagens, I examined the binding of YadA to a library of collagen-mimicking peptides that span the entire triple-helical sequences of human collagens type II and type III. YadA bound promiscuously to many but not all peptides, indicating that a triple-helical conformation alone is not sufficient for binding. The high-binding peptides did not share a clear binding motif, but these peptides were rich in hydroxyproline residues and contained a low number of charged residues. YadA thus binds collagens without sequence specificity. This strategy of promiscuous binding may be advantageous for pathogenic bacteria. The Eib proteins from Escherichia coli are immunoglobulin (Ig)-binding homologues of YadA. I showed conclusively that recombinant EibA, EibC, EibD and EibF bind to IgG Fc. I crystallised a fragment of the passenger domain of EibD, which binds IgA in addition to IgG. The structure has a YadA-like head domain and an extended coiled-coil stalk. The top half of the coiled-coil is right-handed with hendecad periodicity, whereas the lower half is a canonical left-handed coiled-coil. At the transition from right- to left-handedness, a small β-sheet protrudes from each monomer. I was able to map the binding regions for IgG and IgA using truncations and site-directed mutagenesis to the coiled-coil stalk and identified residues critical for Ig binding.

Huellas de Eros y Thánatos en la narrativa de Diamela Eltit : La palabra en movimiento en el juego entre tropos, metáforas y deconstrucciones lingüísticas

Väitöskirja analysoi espanjan kielen dekonstruktioita ruumiin metaforista ja troopeista koostuvassa aineistossa chileläisen kirjailijan Diamela Eltitin (1949 -) neljässä romaanissa: Lumpérica (1983), Vaca sagrada (1991), El infarto del alma (1994) ja Los trabajadores de la muerte (1998). Näkökulma on kielen muutoksessa Eltitin proosassa 1980- ja 1990-luvuilla alkaen kokeellisesta huippuvaiheesta 1983, jolloin hän julkaisi esikoisromaaninsa Lumpérica. Tutkimus korostaa Eltitin romaanien historiallista arvoa, kirjallisuuden tapaa murtaa kielen rakenteita ja sitä miten tämä murros kytkeytyy taideteoreettiseen muutokseen kulttuuridiskursseissa. Tutkimus tarkastelee Eltitin kehityskaarta kenraali Augusto Pinochetin sotilasvallankaappauksesta 1973 halki sotilashallituksen kauden (1973-1990) aina kansalaisyhteiskunnan vahvistumiseen ja vuoteen 1998. Tutkimus analysoi ruumiin troopeista ja metaforista koostuvaa tutkimusaineistoa lingvistiikan, kirjallisuustieteen, historian ja sukupuolen tutkimuksen monitieteisessä viitekehyksessä. Sen vuoksi väitöskirja liittyy espanjalaisen filologian, yleisen kirjallisuustieteen, Latinalaisen Amerikan tutkimuksen ja naistutkimuksen oppiaineisiin. Kolme tärkeintä oppiteoreettista runkoa ovat lingvistinen strukturalismi, dekonstruktio ja feministiset kirjallisuusteoriat. Dekonstruktiivinen lähestymistapa tekstiin korostaa kielen merkityksen muodostumisen filosofista perustaa. Se pyrkii selvittämään, miten merkitys muodostuu kirjoittajan, tekstin ja lukijan välillä. Tekstikritiikki koostuu semanttisesta ja dekonstruktiivisesta tekstianalyysistä, jonka metodologisen mallin perusta on tanskalaisen kielitieteilijän Louis Hjelmslevin (1899-1965) kielitieteellinen malli. Väitös ei käytä mallia suoraan, vaan soveltaa sitä kaunokirjallisuuden tutkimukseen. Oppiteoreettisen viitekehyksen osalta tutkimus sijoittuu strukturalismin ja poststrukturalismin murrokseen. Tutkimus korostaa Eltitin radikaalia muotokieltä ja teatraalisuutta, hänen kielensä visuaalisuutta ja ruumiin metaforien eroottista jännitettä, mikä ilmenee mm. falloksen metaforaksi tulkitun hehkuvan valon kuvissa romaanissa Lumpérica. Vanhat kreikkalaiset myytit Éros ja Thánatos kasvavat esille länsimaisen taidehistorian perinteestä ja kontekstualisoituvat uusiksi kielikuviksi Chilen kirjallisessa maaperässä. Ne muodostavat Eltitin taiteellisen tuotannon pysyvän aihepiirin ja luovat teoksiin synkkää ja karua virettä sekä tummia ja eroottisia sävyjä. Tutkimus osoittaa, että Eltit dekonstruoi kieltä, mutta dekonstruktiot eivät ole jatkuvia eivätkä samanlaisia kaikissa romaaneissa. Kielellisten dekonstruktioiden variaatio on laaja eikä Eltit murra kielen syntaktisia ja morfologisia rakenteita kaikissa teksteissään. Tutkimuksen perusteella väitän, että Eltitin kirjoituksesta puhuttaessa useat tutkijat käyttävät epämääräisesti dekonstruktio-termiä. Useiden tutkijoiden toteamus dekonstruktiosta Diamela Eltitin kirjallisessa tuotannossa pysyvänä piirteenä on epätäsmällinen. Sen sijaan dekonstruktiivinen kirjoitus tarkoittaa Eltitillä laajasti vaihtelevaa lähestymistapaa kieleen, mikä ilmenee kehityslinjana hänen tuotannossaan ja eri tavoin jokaisessa teoksessa.

Análisis de la preposición hacia y establecimiento de sus equivalentes en finés

Title of the Master's thesis: Análisis de la preposición hacia y establecimiento de sus equivalentes en finés (trans. Analysis of the Spanish preposition hacia and the finding of its equivalents in Finnish) Abstracts: The aim of this Master thesis is to provide a detailed analysis of the Spanish preposition hacia from a cognitive perspective and to establish its equivalents in Finnish language. In this sense, my purpose is to demonstrate the suitability of both cognitive perspectives and Contrastive Linguistics for semantic analysis. This thesis is divided into five chapters. The first chapter includes a presentation and a critical review of the monolingual lexical processing and semantic analysis of the Spanish preposition hacia in major reference works. Through this chapter it is possible to see both the inadequacies and omissions that are present in all the given definitions. In this sense, this chapter shows that these problems are not but the upper stage of an ontological (and therefore methodological) problem in the treatment of prepositions. The second chapter covers the presentation of the methodological and theoretical perspective adopted for this thesis for the monolingual analysis and definition of the Spanish preposition hacia, following mainly the guidelines established by G. Lakoff (1987) and R. Langacker (2008) in his Cognitive grammar. Taken together, and within the same paradigm, recent analytical and methodological contributions are discussed critically for the treatment of polysemy in language (cf. Tyler ja Evans 2003). In the third chapter, and in accordance with the requirements regarding the use of empirical data from corpora, is my aim to set out a monolingual original analysis of the Spanish preposition hacia in observance of the principles and the methodology spelled out in the second chapter. The main objective of this chapter is to build a full fledged semantic representation of the polysemy of this preposition in order to understand and articulate its meanings with Finnish language (and other possible languages). The fourth chapter, in accordance with the results of chapter 3, examines and describes and establishes the corresponding equivalents in Finnish for this preposition. The results obtained in this chapter are also contrasted with the current bilingual lexicographical definitions found in the most important dictionaries and grammars. Finally, in the fifth chapter of this thesis, the results of this work are discussed critically. In this way, some observations are given regarding both the ontological and theoretical assumptions as well regarding the methodological perspective adopted. I also present some notes for the construction of a general methodology for the semantic analysis of Spanish prepositions to be carried out in further investigations. El objetivo de este trabajo, que caracterizamos como una tarea de carácter comparativo-analítico, es brindar un análisis detallado de la preposición castellana hacia desde una perspectiva cognitiva en tanto y a través del establecimiento de sus equivalentes en finés. Se procura, de esta forma, demostrar la adecuación de una perspectiva cognitiva tanto para el examen como para el establecimiento y articulación de la serie de equivalentes que una partícula, en nuestro caso una preposición, encuentra en otra lengua. De esta forma, y frente a definiciones canónicas que advierten sobre la imposibilidad de una caracterización acabada del conjunto de usos de una preposición, se observa como posible, a través de la aplicación de una metodología teórica-analítica adecuada, la construcción de una definición viable tanto en un nivel jerárquico como descriptivo. La presente tesis se encuentra dividida en cinco capítulos. El primer capítulo comprende una exposición y revisión critica del tratamiento monolingüe lexicográfico y analítico que la preposición hacia ha recibido en las principales obras de referencia, donde se observa que las inadecuaciones y omisiones presentes en la totalidad de las definiciones analizadas representan tan sólo el estadio superior de una problemática de carácter ontológico y, por tanto, metodológico, en el tratamiento de las preposiciones. El capítulo segundo comprende la presentación de la perspectiva teórica metodológica adoptada en esta tesis para el análisis y definición monolingüe de la preposición hacia, teniendo por líneas directrices las propuestas realizadas por G. Lakoff , así como a los fundamentos establecidos por R. Langacker en su propuesta cognitiva para una nueva gramática. En forma conjunta y complementaria, y dentro del mismo paradigma, empleamos, discutimos críticamente y desarrollamos diferentes aportes analítico-metodológicos para el tratamiento de la polisemia en unidades lingüísticas locativas. En el capítulo tercero, y en acuerdo con las exigencias respecto a la utilización de datos empíricos obtenidos a partir de corpus textuales, se expone un análisis original monolingüe de la preposición hacia en observancia de los principios y la metodología explicitada en el capítulo segundo, teniendo por principal objetivo la construcción de una representación semántica de la polisemia de la preposición que comprenda y articule los sentidos prototípicos para ésta especificados. El capítulo cuarto, y en acuerdo con los resultados de nuestro análisis monolingual de la preposición, se examinan, describen y establecen los equivalentes correspondientes en finés para hacia; asimismo, se contrastan en este capítulo los resultados obtenidos con las definiciones lexicográficas bilingües vigentes. Se recogen en el último y quinto capítulo de esta tesis algunas observaciones tanto respecto a los postulados ontológicos y teórico-metodológicos de la perspectiva adoptada, así como algunas notas para la construcción de una metodología general para el análisis semántico preposicional.

Estudio diacrónico comparativo de los usos y la semántica de la preposición DE en dos novelas españolas: Libro del caballero Zifar y El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha

Prepositioner är välkända för sin polysemi eller betydelsemångfald, och utgångspunkten för den här uppsatsen har varit ett intresse av att undersöka om det är möjligt att för en av de mest mångtydiga spanska prepositionerna, DE, finna en sammanhängande semantisk struktur, eller om det är nödvändigt att se de olika betydelserna som inbördes orelaterade. För att utreda den här frågan och ge den ett diakroniskt perspektiv undersöker jag i den här uppsatsen användningen av den spanska prepositionen DE i två romaner ur den spanska litteraturhistorien, Libro del caballero Zifar och El ingenioso hidalgo don Quijote de la Mancha, del I. Uppsatsen består av tre delar. I kapitel två ger jag en teoretisk översikt över spanskans prepositionssystem och prepositionerna beskrivs både ur syntaktisk och semantisk synvinkel. Dessutom presenteras den kognitiva grammatiken och dess synsätt på prepositioner. Huvuddelen av arbetet koncentrerar sig på att presentera prepositionen DE på två sätt och enligt två skilda metoder. I kapitel tre presenteras de olika kontextuella användningarna av DE enligt den traditionella, historisk-komparativa metoden. Med utgångspunkt i dessa kontextuella användningar ställer jag i kapitel fyra med stöd av den kognitiva grammatikens begreppssystem upp en semantisk nätverksmodell av de olika betydelser som jag fastställt för DE i den funktionella analysen. För den semantiska beskrivningen har jag använt mig av den kognitiva grammatiken, eftersom denna grammatikuppfattning i motsats till den traditionella grammatiken ser polysemin som regel och utgångspunkt i den semantiska strukturen. Analysdelen av uppsatsen inleds med den funktionella presentationen av användningarna av DE av två grundläggande skäl: För det första anser jag det ändamålsenligt att för den semantiska beskrivningen ha en solid bas av exempel där användningen av DE analyserats med hänsyn till kontexten. Kapitel tre är därför indelat i fyra huvuddelar, enligt vilken ordklass DEs huvudord tillhör, t.ex.: substantiv, adjektiv, verb. I exemplen i den fjärde gruppen fungerar prepositionsfrasen som inleds av DE som en mer fristående bestämning på frasnivå, där huvudordets ordklasstillhörighet inte är av avgörande betydelse. För det andra utgår jag från att en viss utveckling av DE har skett under de 300 år som tidsmässigt skiljer de båda romanerna åt, både vad gäller dess användning och dess semantik. För att komma underfund med och beskriva utsträckningen hos denna utveckling är det nödvändigt att den komparativa delen presenteras innan den semantiska beskrivningen kan inledas. Resultaten av den komparativa analysen är att ett antal smärre skillnader i användningen förekommer, men detta till trots har ingen betydande semantisk utveckling kunnat iakttas. Detta innebär att den semantiska beskrivningen av DE kan göras utifrån ett relativt enhetligt material. Jag har följaktligen också kunnat ställa upp en enhetlig semantisk nätverksmodell av tolv olika, relaterade betydelser hos DE. Utgående från mitt material är det sålunda möjligt att se DEs polysemi som ett sammanhängande nätverk, trots att vissa av betydelserna kan verka sinsemellan motstridiga och att 300 år skiljer åt de två böckerna. Nyckelord: prepositioner, DE: semantik och användning, polysemi, kognitiv grammatik, diakroni

Uso del pronombre personal sujeto de la primera persona del singular en español y portugués hablados: factores semánticos y pragmáticos

Tutkimuksen aihe on subjektipronominin ei-pakollinen käyttö finiittisten verbimuotojen yhteydessä espanjan ja portugalin kielessä. Tutkimuskohteena ovat yksikön ensimmäisen persoonan verbimuodot Espanjassa ja Portugalissa kerätyissä puhekielen korpuksissa. Tutkimuksen tarkoitus on selvittää, mitkä semanttiset ja pragmaattiset tekijät vaikuttavat subjektipronominin ei-pakollisen käytön yleisyyteen ja mitä systemaattisia eroja subjektipronominin käytössä on espanjan ja portugalin välillä. Tutkimus kuuluu korpuslingvistiikan alaan ja ensisijaisena tutkimusmetodina on kvantitatiivinen vertailu. Tutkimus osoittaa, että yksikön ensimmäisen persoonan subjektipronominin ei-pakollinen käyttö on käytännössä kaikissa konteksteissa yleisempää portugalissa kuin espanjassa. Tätä eroa voidaan selittää kielten konstituenttirakenteen typologisella erilaisuudella. Subjektin semanttinen rooli on tutkimuksen perusteella sidoksissa subjektipronominin käyttöön enemmän espanjassa kuin portugalissa, mutta kummassakaan kielessä subjektipronominin käyttöä ei voida selittää pelkästään subjektin semanttisella roolilla. Molemmissa kielissä samanviitteisyys edellisen subjektin kanssa vähentää subjektipronominin käyttöä, kun taas subjektipronominin ei-referentiaalinen käyttö ja toisaalta verbin ilmaiseman toiminnan irreaalisuus lisäävät sitä. Tutkimustulokset antavat aihetta lisätutkimukseen pronominien ja verbien ei-referentiaalisesta ja irreaalisesta käytöstä espanjassa ja portugalissa sekä typologi-seen tutkimukseen subjektipronominien käyttöön vaikuttavista tekijöistä eri kielissä.

Conservadurismo, negación y diáspora

This contribution deals with social and political aspects affecting cultural life in Jalisco (Mexico), during the last forty years. It is, especially, a critical view on the regional deterioration of experimental music, analysing ethnic, religion, gender and other social components in one of the culturally foremost states of Mexico.

Perunan Y-viruksen testaaminen korkeassa happi-hiilidioksidipitoisuudessa idätetyistä perunoista

Perunalla (Solanum tuberosum L.) tällä hetkellä maailmanlaajuisesti eniten sato- ja laatutappioita aiheuttaa perunan Y-virus (PVY). Vaikka pelkän Y-viruksen aiheuttamaa satotappiota on vaikea mitata, on sen arvioitu olevan 20-80 %. Viruksen tärkein leviämistapa on viroottinen siemenperuna. Korkealaatuinen siemenperuna on edellytys ruoka-, ruokateollisuus- ja tärkkelysperunan tuotannolle. Kasvuston silmämääräinen tarkastelu aliarvioi yleensä Y-viruksen esiintyvyyttä. Laboratoriotestauksen avulla saadaan tarkempi tieto pellolta korjatun sadon saastunta-asteesta. Ongelmana Y-viruksen testaamisessa on, että sitä ei havaita dormanssissa olevista perunoista otetuista näytteistä yhtä luotettavasti kuin jo dormanssin ohittaneista perunoista testattaessa. Erilaisia menetelmiä kemikaaleista (Rindite, bromietaani) kasvihormoneihin (mm. gibberelliinihappo) ja varastointiolosuhteiden muutoksiin (kylmä- ja lämpökäsittely) on kokeiltu perunan dormanssin purkamiseen, mutta tulokset ovat olleet vaihtelevia. Tässä tutkielmassa perunan dormanssin purkamiseen käytettiin happi-hiilidioksidikäsittelyä (O2 40 % ja CO2 20 %) eripituisina käsittelyaikoina. Tarkoituksena oli selvittää, vaikuttaako käsittely perunan itämiseen ja dormanssin luontaista aikaisempaan purkautumiseen tai Y-viruksen havaitsemiseen. Lisäksi haluttiin selvittää, voiko Y-viruksen määrittämisen ELISA-testillä (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) tehdä yhtä luotettavasti myös muista kasvinosista (mukula, itu), kuin tällä hetkellä yleisesti käytetystä perunan lehdestä. Idätyskäsittelyn vaikutuksista dormanssin purkautumiseen saatiin vaihtelevia, eikä kovinkaan yleistettäviä tuloksia. Käsittelyn ei myöskään havaittu vaikuttavan PYY-viroottisuuden havaitsemiseen eri näytemateriaaleilla testattaessa. Kun eri kasvinosien toimivuutta testissä vertailtiin, mukulamateriaalin todettiin aliarvioivan PVY-viroottisuutta kaikissa kokeissa. Myös itumateriaali aliarvioi pääsääntöisesti PVY-viroottisuutta ELISA:lla tehdyissä määrityksissä. Luotettavin testimateriaali oli perunan lehti.