Application of RNAi to silence tartrate-resistant acid phosphatase: unexpected effects on the monocyte-macrophage lineage

Tartraatti-resistentin happaman fosfataasin hiljentäminen RNAi menetelmällä: odottamaton vaikutus monosyytti-makrofagi linjan soluissa RNA interferenssi (RNAi) eli RNA:n hiljentyminen löydettiin ensimmäisenä kasveissa, ja 2000-luvulla RNAi menetelmä on otettu käyttöön myös nisäkässoluissa. RNAi on mekanismi, jossa lyhyet kaksi juosteiset RNA molekyylit eli siRNA:t sitoutuvat proteiinikompleksiin ja sitoutuvat komplementaarisesti proteiinia koodaavaan lähetti RNA:han katalysoiden lähetti RNA:n hajoamisen. Tällöin RNA:n koodaamaa proteiinia ei solussa tuoteta. Tässä työssä on RNA interferenssi menetelmän avuksi kehitetty uusi siRNA molekyylien suunnittelualgoritmi siRNA_profile, joka etsii lähetti RNA:sta geenin hiljentämiseen sopivia kohdealueita. Optimaalisesti suunnitellulla siRNA molekyylillä voi olla mahdollista saavuttaa pitkäaikainen geenin hiljeneminen ja spesifinen kohdeproteiinin määrän aleneminen solussa. Erilaiset kemialliset modifikaatiot, mm. 2´-Fluoro-modifikaatio, siRNA molekyylin riboosirenkaassa lisäsivät siRNA molekyylin stabiilisuutta veren plasmassa sekä siRNA molekyylin tehokkuutta. Nämä ovat tärkeitä siRNA molekyylien ominaisuuksia kun RNAi menetelmää sovelletaan lääketieteellisiin tarkoituksiin. Tartraatti-resistentti hapan fosfataasi (TRACP) on entsyymi, joka esiintyy luunsyöjäsoluissa eli osteoklasteissa, antigeenejä esittelevissä dendiriittisissä soluissa sekä eri kudosten makrofageissa, jotka ovat syöjäsoluja. TRACP entsyymin biologista tehtävää ei ole saatu selville, mutta oletetaan että TRACP entsyymin kyvyllä tuottaa reaktiivisia happiradikaaleja on tehtävä sekä luuta hajoittavissa osteoklasteissa sekä antigeenia esittelevissä dendriittisissä soluissa. Makrofageilla, jotka yliekpressoivat TRACP entsyymiä, on myös solunsisäinen reaktiivisten happiradikaalien tuotanto sekä bakteerin tappokyky lisääntynyt. TRACP-geenin hiljentämiseen tarkoitetut spesifiset DNA ja siRNA molekyylit aiheuttivat monosyytti-makrofagilinjan soluviljelymallissa TRACP entsyymin tuoton lisääntymistä odotusten vastaisesti. DNA ja RNA molekyylien vaikutusta TRACP entsyymin tuoton lisääntymiseen tutkittiin myös Tolllike reseptori 9 (TLR9) poistogeenisestä hiirestä eristetyissä monosyyttimakrofaagisoluissa. TRACP entsyymin tuoton lisääntyminen todettiin sekvenssistä ja TLR9:stä riippumattomaksi vasteeksi solun ulkopuolisia DNA ja RNA molekyylejä vastaan. Havainto TRACP entsyymin tuoton lisääntymisestä viittaa siihen, että TRACP entsyymillä on tehtävä solun immuunipuolustusjärjestelmässä.

ROBOTTIHITSAUKSEN KÄYTTÖÖNOTON EDELLYTYKSET ASIAKASOHJAUTUVASSA YKSITTÄIS- JA PIENSARJATUOTANNOSSA

Diplomityö koostuu teoria- ja tutkimusosasta. Teoriaosassa on käsitelty robottihitsaus-järjestelmän hankinnan edellytyksiä asiakasohjautuvan yksittäis- ja piensarjatuotannon lähtökohdista. Tarkastelun osa-alueita ovat asiakasohjautuva tuotanto, robottihitsaus yksittäis- ja piensarjatuotannossa, robottien ohjelmointimenetelmät, robottihitsauksen laatu ja laadunvarmistus, tehokkuus, tuottavuus, kannattavuus, robottihitsattavan tuotteen ja robottihitsausjärjestelmän suunnittelu, robottihitsausaseman turvallisuus sekä robotti-järjestelmän toteutus ja käyttöönotto. Teoriaosa on koottu siten, että sitä voidaan käyttää myös oppimateriaalina. Siinä esitetään myös sovellusesimerkki Imatran ammattikoululla toteutetusta robottihitsausaseman turvallisuusrakenneratkaisusta, jonka on suunnitellut ja toteuttanut diplomityön laatija. Diplomityön tutkimusosassa selvitetään kyselytutkimuksen avulla robottihitsauksen käyt-töönoton edellytyksiä asiakasohjautuvassa yksittäis- ja piensarjatuotannossa eteläkarjalai-sissa konepaja- ja metallialan yrityksissä. Tutkimukseen mukaan valituille 25 yritykselle ja yrityksistä valituille vastuuhenkilöille lähetettiin kirjallinen kyselytutkimus, johon vastaus saatiin 17 yritykseltä. Diplomityön tavoitteena oli selvittää robottihitsauksen käyttöönoton edellytyksiä. Tutkimuksella haettiin tietoja myös muusta yritysten suunnittelemasta hitsaus-tuotannon kehittämisestä kuten mekanisoinnista ja sen nykytilasta sekä muista mahdollisista hitsaukseen liittyvistä hankkeista. Tutkimustulosten perusteella on todettavissa, että Etelä-Karjalassa toimivista asiakas-ohjautuvista yksittäis- ja piensarjatuotantoa harjoittavista konepaja- ja metallialan yri-tyksistä löytyy yrityksiä, jotka ovat kiinnostuneita robottihitsausjärjestelmän hankinnasta, mutta saatujen tulosten perusteella voidaan todeta, että edellytyksiä siihen ei vielä näyttäisi olevan. Syiksi robottihitsausjärjestelmän hankinnan edellytysten puuttumiseen voidaan mainita muun muassa sopimaton tuoterakenne, liian yksilölliset tuotteet ja pienet sarjat, joilla ei ole toistuvuutta. Lisäksi yritykset toimivat pelkästään alihankintayrityksinä eikä niillä ole omaa tuotetta. Robottihitsausjärjestelmän hankinta voisi olla mahdollista niissä yrityksissä, jotka ovat verkottuneet, toimivat vakaavaraisesti ja joiden viennistä osa suuntautuu välillisesti tai välittömästi ulkomaille. Yhteistyöverkkojen voidaan olettaa parantavan robottihitsaus-järjestelmän hankinnan mahdollisuuksia. Tällöin kustannuksia voidaan jakaa usealle eri yritykselle ja siten voidaan tehostaa myös järjestelmän käyttöastetta sekä hankkia uusia asiakkaita. Kaksi yrityksistä on harkinnut joko oman tai leasing-robottihitsausjärjestelmän hankintaa. Ongelmina robottihitsausjärjestelmän yhteishankinnalle pidettiin esim. kenen tiloihin järjestelmä hankitaan, kuka huolehtii kunnossapidosta, miten palkat maksetaan työntekijöille ja miten käytössä oleva työaika jaetaan eri yrityksille. Diplomityön johtopäätökset ja suositukset osassa esitetään muutamia jatkotoimenpide-ehdotuksia siitä, kuinka tiettyjen yritysten osalta voitaisiin robottihitsauksen käyttöönottoa edistää. Tutkimuksen tuloksena saatua tietoa hyödynnetään muun muassa Lappeenrannan teknillisen yliopiston tutkimus- ja koulutushankkeissa sekä toisen asteen kone- ja metallitekniikan koulutuksen suunnittelussa ja toteutuksessa.

Kalvon modifioinnin vaikutus pienten molekyylien nanosuodatukseen

Tässä työssä tutkittiin pienten molekyylien nanosuodatusta kolmella kalvolla. Lappeenrannan teknillisen korkeakoulun laboratoriomittakaavan nanosuodatuslaitteistolla suodatettiin glukoosin, maitohapon ja oktaanihapon vesiliuoksia 0,45 m/s virtausnopeudella. Lisäksi NF 45, NF 270 ja NTR 7450 –kalvoja modifioitiin UV-säteilytyksellä modifiointiaineen kanssa tai ilman. Modifiointiaineina olivat maito- ja oktaanihappo. Kalvon modifioinnilla pyrittiin parantamaan permeabiliteettia ilman retentiohäviöitä. Kirjallisuusosassa käsiteltiin nanosuodatuksen erottumisperiaatteita ja konsentraatiopolarisaation merkitystä liuenneiden aineiden erottumisessa. Lisäksi käsiteltiin kalvon modifioinnin merkitystä suodatuksen parantamiseen ja pienten orgaanisten molekyylien nanosuodatusta. Aluksi suodatettiin glukoosi- ja oktaanihappoliuoksia NF 270 –kalvolla. Glukoosin retentio oli 80% pitoisuudesta riippumatta, mutta oktaanihapon retentio, 70-100%, riippui pitoisuudesta. 100 ppm oktaanihapon pitoisuudessa retentio oli 100% ja suuremmilla pitoisuuksilla alhaisempi. Kun oktaanihappoa suodatettiin modifioimattomilla kalvoilla pH:n funktiona, niin retentiot olivat pH-riippuvaisia. Alhaisilla pH-arvoilla oktaanihapon retentiot olivat lähes nolla ja nousivat jyrkästi pH:ssa 6 siten, että korkeilla pH-arvoilla retentiot olivat yli 80%. Glukoosin suodatuksissa NF 270 –kalvolla modifiointi aina hieman paransi vuota, mutta retentiot huononivat. Oktaanihapon suodatuksissa vuo parani hieman, kun kalvoja (NF 270 ja NTR 7450) oli modifioitu 20 minuuttia UV-säteilytyksellä 100 ppm maitohappoliuoksessa. NTR 7450 –kalvon vuo moninkertaistui modifioimattoman kalvon vuohon verrattuna, kun kalvoa oli UV-säteilytetty 20 minuuttia 2000 ppm maitohappoliuoksessa. Oktaanihapposuodatuksissa retentiot modifioiduilla kalvoilla olivat suurimmat pH-alueella 7-10. Modifioitujen kalvojen permeabiliteetit nousivat jyrkästi pH:ssa 12 kaikilla malliaineilla, mikä viittaa siihen, että modifiointiaine irtosi pH:ssa 12. Toisaalta korkeilla pH-arvoilla kalvo muuttuu avoimemmaksi, joten modifiointiaineen irtoamista ei voitu näiden mittausten perusteella varmentaa. Kalvon modifiointi oli onnistunut, sillä malliainesuodatuksissa havaittiin vuo- ja retentiomuutoksia.

Electrochemical and spectroelectrochemical characterization of alkylated and thiolated polyanilines

Vi omges i vardagen av alla sorters plaster, som kemiskt kallas för polymerer. Vi anknyter dem oftast till vardagliga föremål såsom muggar, leksaker eller platskassar. Det finns dock en särklass av polymerer som fås elektriskt ledande genom en så kallad dopningsprocess. Dopning innebär i detta fall oxidation eller reduktion av konjugerade dubbelbindningar i polymerstrukturen. Detta har lett till utveckling av elektriska apparater där dyra, och i vissa fall även sällsynta, metall och halvledarmaterial ersätts genom av elektriskt ledande polymerer (plaster). Utöver elektronisk ledningsförmåga uppvisar dessa polymerer också jonisk ledningsförmåga. Denna kombination av unika egenskaper möjliggör skapandet av t.ex. nya sensormaterial som kan överföra kemisk information till en mätbar elektronisk signal. Detta öppnar i sin tur möjligheter att göra snabba, billiga och känsliga sensorer för bl.a. mediciniska analyser. I denna avhandling karakteriserades elektrokemiskt och spektroelektrokemiskt N- och ring-substituerade polyanilinfilmer. Polyanilin (PANI) hör till de mest studerade elektriskt ledande polymererna. Den är stabil och lätt att framställa. Substituerade polyaniliner har ändå studerats måttligt, mest p.g.a. att substituerade PANIs ledningsförmåga är lägre än PANIs och deras framställning kan vara svår. De nya grupperna i PANI-kedjan ger dock en möjlighet att binda ytterligare molekyler av intresse till PANI-kedjan, som t.ex. jonselektiva grupper. Kovalent bundna selektiva molekyler ger upphov till stabila, känsliga och selektiva sensormaterial. Karakteriseringen av de studerade polymerer är viktig för den fundamentala förståelsen av deras unika egenskaper och för utvecklingen av framtidens sensormaterial. -------------------------------------- Käytämme joka päivä monenlaisia muoveja, joita kutsutaan kemiassa myös polymeereiksi. Olemme tottuneet yhdistämään muovit arkisiin esineisiin kuten mukeihin, leluihin tai muovikasseihin. On kuitenkin olemassa erityisiä polymeerejä, jotka voidaan saada sähköä johtaviksi hapetus- ja pelkistysreaktioiden avulla. Tästä johtuen on kehitteillä sähköisiä laitteita, joissa kalliit ja jossain tapauksissa myös harvinaisia metalleja sisältävät osat ja puolijohteet voidaan korvata johdepolymeereillä (eli muoveilla). Sähkönjohtavuuden lisäksi johdepolymeereillä on myös ionijohtavuutta. Näiden erityislaatuisten ominaisuuksien yhdistelmä on mahdollistanut mm. sensorimateriaalin kehittämisen, sillä kemiallinen tieto voidaan kääntää mitattavaksi sähköiseksi signaaliksi. Tämä taas omalta osaltaan mahdollistaisi nopeiden, halpojen ja herkkien sensorien valmistuksen, mm. diagnostiikkaan. Tässä väitöksessä on tutkittu sähkökemiallisesti valmistettuja N- ja rengassubstituoituja polyaniliinikalvoja. Polyaniliini (PANI) on yksi eniten tutkituista johdepolymeereistä. Se on stabiili ja helppo valmistaa. Substituoidut polyaniliinit ovat herättäneet vain kohtalaista tieteellistä kiinnostusta, lähinnä, koska niiden sähköinen johdekyky on alhaisempi kuin PANIn. Myös niiden valmistus voi olla vaikeaa. Substituoidut molekyylit PANI-ketjussa mahdollistavat kuitenkin, että niihin voi liittää uusia molekyylejä, esim. ioniherkkiä ryhmiä. Kovalentisti sitoutuneilla selektiivisillä molekyyleillä saadaan tehtyä stabiileja, herkkiä ja selektiivisiä sensorimateriaaleja. Väitöksessä käytettyjen polymeerien karakterisointi on tärkeää, jotta niiden erityisominaisuuksia pystyttäisiin ymmärtämään paremmin ja myös kehittämään sopivia tulevaisuuden sensorimateriaaleja.

Leukocyte trafficking: a special focus on VAP-1 and CLEVER-1

It is crucial that lymphocytes patrol the body against foreign intruders and that leukocytes invade inflamed tissues to ameliorate the infection or injury. The adhesion molecules in leukocytes and endothelial cells play an essential role in the immune response by directing the traffic of leukocytes. However, the same molecules that guide leukocyte traffic under physiological conditions are also involved in pathological situations, when an overly excessive or harmful inflammatory response leads to tissue destruction and organ dysfunction or tumor growth. Vascular adhesion protein-1 (VAP-1) and Common lymphatic endothelial and vascular endothelial receptor-1 (CLEVER-1) are endothelial molecules that participate in the adhesion of leukocytes to the endothelia. This study was designed to elucidate, using different inflammation models, the role of VAP-1 and CLEVER-1 in leukocyte migration to the inflamed tissue, and to evaluate the use of antibodies against these molecules as an anti-adhesive therapy. Also, the role of CLEVER-1 during tumorigenesis was studied. Blocking the function of VAP-1 with antibodies significantly decreased the accumulation of leukocytes in the inflamed tissue. Targeting CLEVER-1 prevented cell migration via lymphatic vessels, as well as leukocyte traffic during inflammation. Following the anti-CLEVER-1 antibody treatment the number of immune regulating leukocytes in tumors was reduced, which led to a decrease in tumor growth. However, the normal immune response towards immunization or bacterial infection was not compromised. Thus, VAP-1 and CLEVER-1 are both potential targets for antiinflammatory therapies for preventing the harmful accumulation of leukocytes in inflamed areas. Targeting CLEVER-1 may also inhibit tumor growth by reducing immunosuppressive leukocytes in tumors

MicroRNAs as novel regulators of skeletal homeostasis

The human skeleton is composed of bone and cartilage. The differentiation of bone and cartilage cells from their bone marrow progenitors is regulated by an intrinsic network of intracellular and extracellular signaling molecules. In addition, cells coordinate their differentiation and function through reciprocal cell‐to‐cell interactions. MicroRNAs (miRNAs) are small, single‐stranded RNA molecules that inhibit protein translation by binding to messenger RNAs (mRNAs). Recent evidence demonstrates the involvement of miRNAs in multiple biological processes. However, their role in skeletal development and bone remodeling is still poorly understood. The aim of this thesis was to elucidate miRNA‐mediated gene regulation in bone and cartilage cells, namely in osteoblasts, osteoclasts, chondrocytes and bone marrow adipocytes. Comparison of miRNA expression during osteogenic and chondrogenic differentiation of bone marrow‐derived mesenchymal stem cells (MSCs) revealed several miRNAs with substantial difference between bone and cartilage cells. These miRNAs were predicted to target genes essentially involved in MSC differentiation. Three miRNAs, miR‐96, miR‐124 and miR‐199a, showed marked upregulation upon osteogenic, chondrogenic or adipogenic differentiation. Based on functional studies, these miRNAs regulate gene expression in MSCs and may thereby play a role in the commitment and/or differentiation of MSCs. Characterization of miRNA expression during osteoclastogenesis of mouse bone marrow cells revealed a unique expression pattern for several miRNAs. Potential targets of the differentially expressed miRNAs included many molecules essentially involved in osteoclast differentiation. These results provide novel insights into the expression and function of miRNAs during the differentiation of bone and cartilage cells. This information may be useful for the development of novel stem cell‐based treatments for skeletal defects and diseases.

Chromatoid body mediated RNA regulation in mouse male germline

Male germ cell differentiation, spermatogenesis is an exceptional developmental process that produces a massive amount of genetically unique spermatozoa. The complexity of this process along with the technical limitations in the germline research has left many aspects of spermatogenesis poorly understood. Post-meiotic haploid round spermatids possess the most complex transcriptomes of the whole body. Correspondingly, efficient and accurate control mechanisms are necessary to deal with the huge diversity of transcribed RNAs in these cells. The high transcriptional activity in round spermatids is accompanied by the presence of an uncommonly large cytoplasmic ribonucleoprotein granule, called the chromatoid body (CB) that is conjectured to participate in the RNA post-transcriptional regulation. However, very little is known about the possible mechanisms of the CB function. The development of a procedure to isolate CBs from mouse testes was this study’s objective. Anti-MVH immunoprecipitation of cross-linked CBs from a fractionated testicular cell lysate was optimized to yield considerable quantities of pure and intact CBs from mice testes. This protocol produced reliable and reproducible data from the subsequent analysis of CB’s protein and RNA components. We found that the majority of the CB’s proteome consists of RNA-binding proteins that associate functionally with different pathways. We also demonstrated notable localization patterns of one of the CB transient components, SAM68 and showed that its ablation does not change the general composition or structure of the CB. CB-associated RNA analysis revealed a strong accumulation of PIWI-interacting RNAs (piRNAs), mRNAs and long non-coding RNAs (lncRNAs) in the CB. When the CB transcriptome and proteome analysis results were combined, the most pronounced molecular functions in the CB were related to piRNA pathway, RNA post-transcriptional processing and CB structural scaffolding. In addition, we demonstrated that the CB is a target for the main RNA flux from the nucleus throughout all steps of round spermatid development. Moreover, we provided preliminary evidence that those isolated CBs slice target RNAs in vitro in an ATPdependent manner. Altogether, these results make a strong suggestion that the CB functions involve RNA-related and RNA-mediated mechanisms. All the existing data supports the hypothesis that the CB coordinates the highly complex haploid transcriptome during the preparation of the male gametes for fertilization. Thereby, this study provides a fundamental basis for the future functional analyses of ribonucleoprotein granules and offers also important insights into the mechanisms governing male fertility.

Players of Th-cell differentiation and immune dysregulation – focus on GIMAP family genes

The balance of T helper (Th) cell differentiation is the fundamental process that ensures that the immune system functions correctly and effectively. The differentiation is a fine tuned event, the outcome of which is driven by activation of the T-cell in response to recognition of the specific antigen presented. The co-stimulatory signals from the surrounding cytokine milieu help to determine the outcome. An impairment in the differentiation processes may lead to an imbalance in immune responses and lead to immune-mediated pathologies. An over-representation of Th1 type cytokine producing cells leads to tissue-specific inflammation and autoimmunity, and excessive Th2 response is causative for atopy, asthma and allergy. The major factors of Th-cell differentiation and in the related disease mechanisms have been extensively studied, but the fine tuning of these processes by the other factors cannot be discarded. In the work presented in this thesis, the association of T-cell receptor costimulatory molecules CTLA4 and ICOS with autoimmune diabetes were studied. The underlying aspect of the study was to explore the polymorphism in these genes with the different disease rates observed in two geographically close populations. The main focus of this thesis was set on a GTPase of the immunity associated protein (GIMAP) family of small GTPases. GIMAP genes and proteins are differentially regulated during human Th-cell differentiation and have been linked to immune-mediated disorders. GIMAP4 is believed to contribute to the immunological balance via its role in T-cell survival. To elucidate the function of GIMAP4 and GIMAP5 and their role in human immunity, a study combining genetic association in different immunological diseases and complementing functional analyses was conducted. The study revealed interesting connections with the high susceptibility risk genes. In addition, the role of GIMAP4 during Th1-cell differentiation was investigated. A novel function of GIMAP4 in relation to cytokine secretion was discovered. Further assessment of GIMAP4 and GIMAP5 effect for the transcriptomic profile of differentiating Th1-cells revealed new insights for GIMAP4 and GIMAP5 function.

Uridiini- ja sytidiinimolekyylien hajoamisprosessien tutkimusta massaspektroskopian avulla

DNA- ja RNA-molekyylit sisältävät kaiken eliöiden geneettisen tiedon. Nämä molekyylit vahingoittuvat helposti ulkoisen voiman, esimerkiksi säteilyn vaikutuksesta. Vaurioitunut rakenne voi joissakin tapauksissa korjautua, mutta jos korjausmekanismi tapahtuu virheellisesti tai sen suorittaminen ei ole mahdollista, on seurauksena ohjelmoitu solukuolema eli apoptoosi. Jos vaurioitunut ja apoptoosiin ohjautunut solu ehtii jakaantumaan, voi seurauksena olla pahanlaatuinen muutosketju, jossa syntyy mutaatioita. Säteilyn, esimerkiksi ultraviolettisäteilyn vaikutusta DNA- ja RNA- molekyylien ja niiden rakenneosien hajoamiseen tutkitaan nykyään paljon. Tutkimukset ovat painottuneet erityisesti pienempien rakenneosien hajoamisten tutkimiseen. Näin on saatu hyödyllistä tietoa siitä, millaisia vaikutuksia substituenteilla ja funktionaalisilla ryhmillä on molekyyliin ja sen hajoamiseen. Tässä Pro gradu-tutkielmassa tutkittiin kaasumaisten RNA:n nukleosidien, uridiinin ja sytidiinin termistä fragmentaatiota eli hajoamista lämpötilan vaikutuksesta, kun niitä samaan aikaan ionisoitiin ultraviolettisäteilyllä. Tutkimuslaitteena käytettiin TOF- eli lentoaikamassaspektrometriä. Näytemolekyylien ionisoimiseen käytettyä ultraviolettisäteilyä tuotettiin uridiinin mittauksissa synkrotronilla ja sytidiinin mittauksissa kaasupurkauslampulla. Tutkielman tarkoituksena oli selvittää yhtäläisyyksiä näiden kahden nukleosidin fragmentaatioiden välillä. Tuloksista huomattiin, että uridiinin terminen fragmentaatio alkaa lämpötilassa T = 125 ˚C. Ultraviolettisäteilyn vaikutuksia molekyyliin voidaan tutkia ennen termisen fragmentaation alkamista. Sytidiinin terminen fragmentaation tapahtuu niin nopeasti ja alhaisissa lämpötiloissa, että varsinaisia säteilyn vaikutuksia näytteeseen ei ehditä tarkastelemaan tällä menetelmällä. Tuloksista voidaan todeta, että nukleosidien hajoaminen ei ole suoraviivaista eikä noudata aina samaa kaavaa.

Role of fibroblast growth factors and their receptors in prostate cancer

Prostate cancer (PCa) is the most common non-cutaneous malignant disease among males in the developed countries. Radical prostatectomy (RP) is an effective therapy for most PCa patients with localized or locally invaded tumors but in some cases the cancer recurs after RP. PCa is a heterogeneous disease, which is regulated by many factors, such as androgen receptor (AR), estrogen receptors and  (ER and ER), fibroblast growth factors (FGFs) and their receptors (FGFRs). In this study, the role of ERβ, FGF8, FGF13 and FGFRL1 was investigated in PCa. Previous studies have suggested that ER is protective against PCa whereas FGF8 has been shown to induce PCa in transgenic mice. FGF13 and FGFRL1 are poorly understood members of the FGF and FGFR families, respectively. Transgenic mouse models were used to investigate the ability of inactivated ERβ to facilitate FGF8-induced prostate tumorigenesis. Human PCa tissue microarrays (TMAs) were used to study the expression pattern of FGF13 and FGFRL1 in PCa and the results were correlated to corresponding patient data. The targets and biological functions of FGF13 and FGFRL1 were characterized using experimental in vivo and in vitro models. The results show that deficiency of ERβ, which had been expected to have tumor suppressing capacity, seemed to influence epithelial differentiation but did not affect FGF8-induced prostate tumorigenesis. Analysis of the TMAs showed increased expression of FGF13 in PCa. The level of cytoplasmic FGF13 was associated with the PCa biochemical recurrence (BCR), demonstrated by increasing serum PSA value, and was able to act as an independent prognostic biomarker for PCa patients after RP. Expression of FGFRL1, the most recently identified FGFR, was also elevated in PCa. Cytoplasmic and nuclear FGFRL1 was associated with high Gleason score and Ki67 level whereas the opposite was true for the cell membrane FGFRL1. Silencing of FGFRL1 in PC-3M cells led to a strongly decreased growth rate of these cells as xenografts in nude mice and the experiments with PCa cell lines showed that FGFRL1 is able to modulate the FGF2- and FGF8-induced signaling pathways. The next generation sequencing (NGS) experiments with FGFRL1-silenced PC-3M cells revealed candidates for FGFRL1 target genes. In summary, these studies provide new data on the FGF/FGFR signaling pathways in normal and malignant prostate and suggest a potential role for FGF13 and FGFRL1 as novel prognostic markers for PCa patients. Keywords: FGF8, FGF13, FGFRL1, ERβ, prostate cancer, prognostic marker

”Kuin olisin itse ollut lintu”. Inhimillinen ja ei-inhimillinen Hannele Huovin Höyhenketjussa ja Siiri Enorannan Painajaisten lintukodossa

Tutkimukseni tavoitteena on tutkia inhimillisen ja ei-inhimillisen sekoittumista, kytköksiä ja samuutta Hannele Huovin Höyhenketjussa (2002) ja Siiri Enorannan Painajaisten lintukodossa (2012). Tarkastelen kohdeteosteni henkilöhahmojen inhimillisyyden ja ei-inhimillisyyden rakentumista. Toinen keskeinen tutkimuskysymykseni on, kuinka teoksissa esiintyvät henkilöhahmot ja ympäristöt materiaalisesti muodostuvat. Kumpikin tutkimani teos edustaa suomalaista nuortenfantasiaa. Teosten maailmat ovat runsaita ja niistä on löydettävissä hahmoja, jotka eivät selkeästi ole niin inhimillisiä kuin ei-inhimillisiäkään. Molemmissa teoksissani keskeisiä ovat luonto-kulttuuri-oppositiot, jotka selkeimmin näkyvät teosten pääpareissa: Höyhenketjussa matkaa tekevät lintu ja tyttö, Painajaisten lintukodossa poika ja robotti. Tutkimuksessani purankin näitä kulttuurisesti omaksuttuja oppositioita ja pyrin osoittamaan, että luonto ja kulttuuri ovat enemmänkin verkottuneet, päällekkäin menevät kategoriat kuin kaksi toisilleen vastakkaista maailmaa. Haluan tutkimuksessani irrottautua siitä perinteestä, jossa luonto tai ei-inhimillinen nähdään vertauskuvana ihmisen toiminnalle. Haluan ymmärtää luonnon nimenomaan luonnoksi; linnun linnuksi; koneen koneeksi. En myöskään keskity tarkastelemaan sitä, mitä teokset pyrkivät opettamaan luonnosta tai luonnonsuojelusta. Minua kiinnostavat luonto ja ei-inhimillinen sellaisenaan, ilman inhimillisyyden peiliä. Teoreettiset lähtökohtani ovat ekokriittisessä ja posthumanistisessa tutkimuksessa. Tärkeimmät käsitteeni ovat inhimillinen, ei-inhimillinen ja materiaalisuus. Inhimillinen ja ei-inhimillinen ovat vakiintunut vastinpari, jossa inhimillinen tarkoittaa ihmistä ja ei-inhimillinen kaikkea, joka määrittyy ihmisyyden ulkopuolella. Materiaalisuus tarkoittaa tutkimuksessani nimenomaan kohdeteosten maailmojen sisäistä materiaalisuutta, sitä kuinka teosten maailmat konkreettisesti rakentuvat. Hyödynnän materiaalisuuden uutta tulkintaa, jossa materia nähdään elävänä ja aktiivisena toimijana. Lopputuloksena avautuu maailmoja, joissa inhimillisen ja ei-inhimillisen sekä materiaalisen ja ei-materiaalisen rajat ovat ylitettävissä ja purettavissa.