9 resultados para rpoC1


Relevância:

10.00% 10.00%

Publicador:

Resumo:

Syanobakteerit (sinilevät) ovat olleet Itämeressä koko nykymuotoisen Itämeren ajan, sillä paleolimnologiset todisteet niiden olemassaolosta Itämeren alueella ovat noin 7000 vuoden takaa. Syanobakteerien massaesiintymät eli kukinnat ovat kuitenkin sekä levinneet laajemmille alueille että tulleet voimakkaimmiksi viimeisten vuosikymmenien aikana. Tähän on osasyynä ihmisten aiheuttama kuormitus, joka rehevöittää Itämerta. Suomenlahti, jota tämä tutkimus käsittelee, on kärsinyt tästä rehevöitymiskehityksestä muita Itämeren altaita enemmän. Syanobakteerit muodostavat jokakesäisiä kukintoja Suomenlahdella - niin sen avomerialueilla kuin rannoillakin. Yleisimmät kukintoja muodostavat syanobakteerisuvut ovat Nodularia, Anabaena ja Aphanizomenon. Kukinnat aiheuttavat paitsi esteettistä haittaa myös terveydellisen riskitekijän. Niiden myrkyllisyys liitetään usein Nodularia-suvun tuottamaan nodulariini-maksamyrkkyyn. Itämeren Aphanizomenon-suvun on todettu olevan myrkytön. Vaikka Itämeren kukintoja aiheuttavista Nodularia- ja Aphanizomenon-syanobakteereista tiedetään varsin paljon, on molekyylimenetelmiin pohjautuva syanobakteeritutkimus ohittanut Itämeren Anabaena-suvun monelta osin. Tämän työn tarkoituksena oli syventää käsitystämme Itämeren Anabaena-syanobakteerista, sen mahdollisesta myrkyllisyydestä, geneettisestä monimuotoisuudesta ja fylogeneettisista sukulaisuussuhteista. Tässä työssä eristettiin 49 planktista Anabaena-kantaa, joista viisi tuottivat mikrokystiinejä. Tämä oli ensimmäinen yksiselitteinen todiste, että Itämeren Anabaena tuottaa maksamyrkyllisiä mikrokystiini-yhdisteitä. Jokainen eristetty myrkyllinen Anabaena-kanta tuotti useita mikrokystiini-variantteja. Lisäksi mikrokystiinejä löydettiin kukintanäytteistä, joissa oli myrkkyä syntetisoivia geenejä sisältäneitä Anabaena-syanobakteereita. Myrkkyjä löydettiin molempina tutkimusvuosina 2003 ja 2004. Myrkkyjen esiintyminen ei siten ollut vain yksittäinen ilmiö. Tässä työssä saimme viitteitä siitä, että maksamyrkyllinen Anabaena-syanobakteeri esiintyisi vähäsuolaisissa vesissä. Tämä riippuvuussuhde jää kuitenkin tulevien tutkimuksien selvitettäväksi. Tässä työssä havaittiin mikrokystiinisyntetaasi-geenien inaktivoituminen Itämeren Anabaena-kannassa ja kukintanäytteissä. Kuvasimme Anabaena-kannan mikrokystiinisyntetaasigeenien sisältä insertioita, jotka hyvin todennäköisesti inaktivoivat myrkyntuoton. Insertion sisältäneeltä kannalta löysimme kuitenkin kaikki mikrokystiinisyntetaasigeenit osoittaen, että geenien olemassaolo ei välttämättä varmista kannan mikrokystiinintuottoa. Mielenkiintoista oli se, että inaktivaation aiheuttavia insertioita löytyi kukintanäytteistä molemmilta tutkimusvuosilta. Vastaavia insertioita ei kuitenkaan löydetty makean veden Anabaena-kannoista tai järvinäytteistä. On yleistä, että syanobakteerikukinnoista löytyy usean syanobakteerisuvun edustajia. Myrkyllisiä sukuja tai lajeja ei voida kuitenkaan erottaa mikroskooppisesti myrkyttömistä. Käsillä olevassa tutkimuksessa kehitettiin molekyylimenetelmä, jolla on mahdollista määrittää kukinnan mahdollisesti maksamyrkylliset syanobakteerisuvut. Tätä menetelmää sovellettiin Itämeren kukintojen tutkimiseen. Itämeren pintavesistä ja ranta-alueiden pohjasta eristetyt Anabaena-kannat osoittautuivat geneettisesti monimuotoisiksi. Tämä Anabaena-syanobakteerien geneettinen monimuotoisuus vahvistettiin monistamalla geenejä suoraan kukintanäytteistä ilman kantojen eristystä. Makeiden vesien ja Itämeren Anabaena-kannat ovat geneettisesti hyvin samankaltaisia. Geneettisissä vertailuissa kävi kuitenkin ilmi, että pohjassa elävien Anabaena-kantojen geneettinen monimuotoisuus oli suurempaa kuin pintavesistä eristettyjen kantojen. Itämeren Anabaena-kantojen sekvenssit muodostivat omia ryhmiä sukupuun sisällä, jolloin on mahdollista, että nämä edustavat Itämeren omia Anabaena-ekotyyppejä. Tämä tutkimus oli ensimmäinen, jossa uusin molekyylimenetelmin systemaattisesti selvitettiin Itämeren Anabaena-syanobakteerin geneettistä populaatiorakennetta, fylogeniaa ja myrkyntuottoa. Tulevaisuudessa monitorointitutkimuksissa on otettava huomioon myös Itämeren Anabaena-syanobakteerin mahdollinen maksamyrkyntuotto – erityisesti vähäsuolaisemmilla rannikkovesillä.

Relevância:

10.00% 10.00%

Publicador:

Resumo:

第三纪末期和第四纪的气候变冷使广泛分布于北半球的暖温带/亚热带生物区系的分布区破碎化,形成了各种洲际间断分布格局。其中东亚—北美东部间断分布最为常见,自林奈时代起就吸引了植物学家们的关注。为了探讨这一地理分布格局的形成过程,前人开展了大量的研究工作,包括间断类群分布的比较、种间关系的经典分类学和化学分类学研究、地理分布的分支分析、遗传距离的估算等。随着分子系统学的发展,在各级分类阶元水平上探讨植物系统发育关系的研究取得了重大进展,很多植物类群的系统发育得到了重建,这使东亚-北美间断分布类群的历史生物地理学研究变得更为切实可行。同时,生物地理学的理论有了新的发展,新的分析方法不断涌现,化石记录及古气候和古地质资料得到大量积累,为深入探讨东亚—北美间断分布提供了条件。目前,已有20 多个东亚-北美间断分布的植物类群被详细研究,丰富了我们对这一现象的认知。然而,以往的研究多基于单亲遗传的叶绿体基因和(或)PCR 直接测序所得的nrDNA ITS 序列,在探讨杂交和网状进化方面存在较大的局限性。在本研究中,我们选取了崖柏属(Thuja L.)这一典型东亚—北美间断分布类群,用来自叶绿体和细胞核的多个基因序列重建其系统发育,探讨其地理分布格局的形成过程,并讨论不同遗传体系的多基因联合分析在植物生物地理学研究中的应用。此外,我们还初步探讨了低拷贝核基因4CL 在广义柏科的进化式样。 1、崖柏属的系统发育和生物地理学研究 崖柏属共 5 种,其中3 种分布于东亚,2 种分别分布于北美东、西部。我们用5 个叶绿体DNA 片段(rpl16 内含子, atpI-rpoC1、trnS-trnfM 和trnS-trnG 基因间区以及trnT-trnF 区)和3 个核基因片段(ITS,LEAFY,4CL)的序列重建了崖柏属的系统发育。发现:(1)基因树拓扑结构的冲突存在于叶绿体基因和核基因之间,甚至不同的核基因之间,说明崖柏属曾发生多次种间杂交并导致网状进化;(2)崖柏属中存在两个种对,即日本香柏-崖柏和朝鲜崖柏-北美香柏;(3)朝鲜崖柏在叶绿体和核基因树上位于不同的位置,可能因古老的杂交和叶绿体捕获所致;(4)北美乔柏的叶绿体基因存在镶嵌式的变异,可能在物种形成过程中发生了叶绿体重组。根据分子钟度量结果,崖柏属两个种对的分化时间为51.1±3.96 Mya,日本香柏和崖柏的分化时间为23.7±5.04 Mya,朝鲜崖柏和北美乔柏的分化时间为14.7±6.06 Mya。 基于多个基因的系统发育分析、DIVA 分析、化石证据和分子钟度量,我们推测崖柏属在古新世或更早的时候起源于北美高纬度地区,并通过白令陆桥扩散到东亚,然后通过隔离分化形成日本香柏-崖柏这一种对。白令陆桥和阿留申陆桥可能在崖柏属的进一步迁移中起了重要介导作用,使崖柏属内发生了多次种间杂交事件,并导致了崖柏-日本香柏和朝鲜崖柏-北美香柏这两种主要的叶绿体类型间的重组以及朝鲜崖柏对北美香柏叶绿体基因的捕获。携带重组叶绿体DNA 的杂交个体迁入北美西部,产生了北美乔柏。根据分子钟估算结果,该迁移事件可能发生在中新世。 鉴于以往对东亚—北美间断分布植物类群的分子系统学研究多基于单亲遗传的叶绿体基因和(或)PCR 直接测序的ITS 数据,这些类群中的网状进化事件可能被低估。同时,我们的结论也部分解释了为什么东亚、北美东部、北美西部三者间的关系存在很多争议:频繁的杂交和渐渗模糊了种间的系统发育关系。因此,我们建议在生物地理学研究中用来源于多个基因组的多基因分析,特别是用单/低拷贝核基因。 2、广义柏科4CL 基因进化的初步研究 广义柏科是松杉类植物中唯一在南、北半球广泛分布的类群,该科中既有古老的孑遗属和寡种属,也有第三纪起源、呈南北半球间断分布的类群。研究4CL 基因在这一类群中的进化,有助于探讨低拷贝核基因在松杉类植物中的进化式样和规律。4CL 在植物次生化合物的生物合成中起重要作用,它催化激活4-香豆酸和一些相关的底物形成不同的辅酶A,促进各种苯丙烷类的代谢。 我们从广义柏科 17 个属中扩增并克隆到23 条4CL 基因序列。基因结构和系统发育分析表明,4CL 在广义柏科中分为4CLI 和4CL II 两大类,二者间的序列相似性为67-70%,进化速率也有很大差异。RT-PCR 结果证明这两种类型均能转录,推测它们都具有功能,且基因结构的差异和序列之间的高度分化暗示这两大类可能执行不同的功能。在4CL 基因树中,落羽杉亚科、北美红杉亚科、狭义柏科的单系都得到了支持。尽管4CL 在广义柏科中的类型及拷贝数还有待研究,但4CLI 很可能以单拷贝或低拷贝存在,其高变的内含子序列可以用来探讨种间的系统发育关系。

Relevância:

10.00% 10.00%

Publicador:

Resumo:

The success of some phylogenetic markers in cyanobacteria owes to the design of cyanobacteria-specific primers, but a few studies have directly investigated the evolution "behavior" of the loci. In this study, we performed a case study in Nostoc to evaluate rpoC1, hetR, rbcLX, and 16S rRNA-tRNA(Ile)-tRNA(Ala)-23S rRNA internal transcribed spacer (ITS) as phylogenetic markers. The results indicated that the gene trees of these loci are not congruent with the phylogeny based on 16S rRNA gene. The mechanisms contributing to the incongruence include randomized variation and recombination. As the results suggested, one should be careful to choose the molecular markers for phylogenetic reconstruction at the intrageneric level in cyanobacteria.

Relevância:

10.00% 10.00%

Publicador:

Resumo:

Tese de Doutoramento em Biologia apresentada à Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, 2015.

Relevância:

10.00% 10.00%

Publicador:

Resumo:

An in silico screen of 41 of the 81 coding regions of the Nicotiana plastid genome generated a shortlist of 12 candidates as DNA barcoding loci for land plants. These loci were evaluated for amplification and sequence variation against a reference set of 98 land plant taxa. The deployment of multiple primers and a modified multiplexed tandem polymerase chain reaction yielded 85–94% amplification across taxa, and mean sequence differences between sister taxa of 6.1 from 156 bases of accD to 22 from 493 bases of matK. We conclude that loci should be combined for effective diagnosis, and recommend further investigation of the following six loci: matK, rpoB, rpoC1, ndhJ, ycf5 and accD.

Relevância:

10.00% 10.00%

Publicador:

Resumo:

Plastid genes in photosynthetic higher plants are transcribed by at least two RNA polymerases. The plastid rpoA, rpoB, rpoC1, and rpoC2 genes encode subunits of the plastid-encoded plastid RNA polymerase (PEP), an Escherichia coli-like core enzyme. The second enzyme is referred to as the nucleus-encoded plastid RNA polymerase (NEP), since its subunits are assumed to be encoded in the nucleus. Promoters for NEP have been previously characterized in tobacco plants lacking PEP due to targeted deletion of rpoB (encoding the β-subunit) from the plastid genome. To determine if NEP and PEP share any essential subunits, the rpoA, rpoC1, and rpoC2 genes encoding the PEP α-, β′-, and β"-subunits were removed by targeted gene deletion from the plastid genome. We report here that deletion of each of these genes yielded photosynthetically defective plants that lack PEP activity while maintaining transcription specificity from NEP promoters. Therefore, rpoA, rpoB, rpoC1, and rpoC2 encode PEP subunits that are not essential components of the NEP transcription machinery. Furthermore, our data indicate that no functional copy of rpoA, rpoB, rpoC1, or rpoC2 that could complement the deleted plastid rpo genes exists outside the plastids.

Relevância:

10.00% 10.00%

Publicador:

Resumo:

Despite differences in their morphologies, comparative analyses of 16S rRNA gene sequences revealed high levels of similarity (> 94 %) between strains of the filamentous bacterium 'Candidatus Nostocoida limicola' and the cocci Tetrasphaera australiensis and Tetrasphaera japonica and the rod Tetrasphaera elongata, all isolated from activated sludge. These sequence data and their chemotaxonomic characters, including cell wall, menaquinone and lipid compositions and fingerprints of their 16S-23S rRNA intergenic regions, support the proposition that these isolates should be combined into a single genus containing six species, in the family Intrasporangiaceae in the Actinobacteria. This suggestion receives additional support from DNA-DNA hybridization data and when partial sequences of the rpoC1 gene are compared between these strains. Even though few phenotypic characterization data were obtained for these slowly growing isolates, it is proposed, on the basis of the extensive chemotaxonomic and molecular evidence presented here, that 'Candidatus N. limicola' strains Ben 17, Ben 18, Ben 67, Ben 68 and Ben 74 all be placed into the species Tetrasphaera jenkinsii sp. nov. (type strain Ben 74(T) = DSM 17519(T) = NCIMB 14128(T)), 'Candidatus N. limicola' strain Ben 70 into Tetrasphaera vanveenii sp. nov. (type strain Ben 70(T) = DSM 17518(T) = NCIMB 14127(T)) and 'Candidatus N. limicola' strains Ver 1 and Ver 2 into Tetrasphaera veronensis sp. nov. (type strain Ver 1(T) = DSM 17520(T) = NCIMB 14129(T)).