Integração modular em visualizadores médicos e aposição da marcação CE do Dispositivo Médico

Neste documento ´e feita a descrição detalhada da integração modular de um script no software OsiriX. O objectivo deste script ´e determinar o diâmetro central da artéria aorta a partir de uma Tomografia Computorizada. Para tal são abordados conceitos relacionados com a temática do processamento de imagem digital, tecnologias associadas, e.g., a norma DICOM e desenvolvimento de software. Como estudo preliminar, são analisados diversos visualizadores de imagens médica, utilizados para investigação ou mesmo comercializados. Foram realizadas duas implementações distintas do plugin. A primeira versão do plugin faz a invocação do script de processamento usando o ficheiro de estudo armazenado em disco; a segunda versão faz a passagem de dados através de um bloco de memória partilhada e utiliza o framework Java Native Interface. Por fim, é demonstrado todo o processo de aposição da Marcação CE de um dispositivo médico de classe IIa e obtenção da declaração de conformidade por parte de um Organismo Notificado. Utilizaram-se os Sistemas Operativos Mac OS X e Linux e as linguagens de programação Java, Objective-C e Python.

Aplicação para intervenção em terapia ocupacional com o Leap Motion

O projeto “À Descoberta das Ilhas” surge das lacunas de atenção e motivação por parte das crianças na realização de exercícios na terapia ocupacional, aliadas a uma subjetividade na análise do seu progresso. Direcionado para crianças com dificuldades de integração bilateral motora, com idades compreendidas entre os cinco e nove anos, este projeto tem como base um jogo 3D para as plataformas Windows, Mac OS X e Linux, controlado com os movimentos dos membros superiores através do dispositivo Leap Motion. Através do controlo de um avião, a criança descobre várias ilhas e desbloqueia componentes do mesmo, alcançando os diversos bónus e checkpoints ao longo de cada percurso. Ao terapeuta são apresentados gráficos com dados obtidos pelo dispositivo aquando do momento lúdico da criança que permitem acompanhar a sua evolução a cada nível. O sucesso no cumprimento dos objetivos do projeto permitiu confirmar a utilidade da aplicação na intervenção e avaliação do público-alvo.

Social Media Integration in Video Games GameNshare: A Social Overlay for Desktop Games

The ever increasing popularity of social media makes it a promising source for the personalization of gameplay experiences. Furthermore, involving social network friends in a game can greatly enrich the satisfaction of the player and also attract potential novel players to a game. This master thesis describes a social overlay designed for desktop games, called GameNshare. It allows players to easily capture and share with multiple social networks game-related screenshots, videos and stories. Additionally, it also provides asynchronous multiplayer game mechanics to directly integrate social network friends in the game. GameNshare was designed to interact with the users in a non-intrusive way allowing them to be in complete control of what is shared. It prevents unsolicited sharing of messages, a key problem in social media integration tools, by the use of built-in message monitoring and anti-spam measures. GameNshare was specially designed for players aged from 18 to 25 years that are regular users of Twitter and Facebook. It was tested by a group of 10 individuals from the target age range that were surveyed to capture their insights on the use of the social overlay. The implemented GameNshare features were well accepted by the testers that were also useful in highlighting features for future development. GameNshare ultimate goal is to make players look and ask for social integration and allow them to take full advantage of their social communities to improve gaming experiences.

Diffusional kurtosis imaging using a fast heuristic constrained linear least squares algorithm: a plugin for OsiriX

Diffusion Kurtosis Imaging (DKI) is a fairly new magnetic resonance imag-ing (MRI) technique that tackles the non-gaussian motion of water in biological tissues by taking into account the restrictions imposed by tissue microstructure, which are not considered in Diffusion Tensor Imaging (DTI), where the water diffusion is considered purely gaussian. As a result DKI provides more accurate information on biological structures and is able to detect important abnormalities which are not visible in standard DTI analysis. This work regards the development of a tool for DKI computation to be implemented as an OsiriX plugin. Thus, as OsiriX runs under Mac OS X, the pro-gram is written in Objective-C and also makes use of Apple’s Cocoa framework. The whole program is developed in the Xcode integrated development environ-ment (IDE). The plugin implements a fast heuristic constrained linear least squares al-gorithm (CLLS-H) for estimating the diffusion and kurtosis tensors, and offers the user the possibility to choose which maps are to be generated for not only standard DTI quantities such as Mean Diffusion (MD), Radial Diffusion (RD), Axial Diffusion (AD) and Fractional Anisotropy (FA), but also DKI metrics, Mean Kurtosis (MK), Radial Kurtosis (RK) and Axial Kurtosis (AK).The plugin was subjected to both a qualitative and a semi-quantitative analysis which yielded convincing results. A more accurate validation pro-cess is still being developed, after which, and with some few minor adjust-ments the plugin shall become a valid option for DKI computation

Gestión de Procesos en los Sistemas Operativos

Comparación de los sistemas operativos Windows 7 Profesional, Ubuntu 10.10 Desktop y Mac OS X Snow Leopard Desktop respecto al rendimiento que ofrecen sobre el servidorweb Apache instalado en cada uno de ellos.

VariScan Software

VariScan is a software package for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the whole genome scale. Among other features, the software:(1) can conduct many population genetic analyses; (2) incorporates a multiresolution wavelet transform-based method that allows capturing relevant information from DNA polymorphism data; and (3) it facilitates the visualization of the results in the most commonly used genome browsers.

Morphologic evaluation of ruptured abdominal aortic aneurysm by 3D modeling

This thesis was created in Word and converted to PDF using Mac OS X 10.7.5 Quartz PDFContext.

Integración de redes de microcontroladores distribuidos basados en bus CAN. Lado microcontrolador

[ES] El principal objetivo de este TFG fue la creación de un protocolo basado en CAN que facilitase la integración de redes de microcontroladores. Dicho protocolo tendría que ser sencillo de usar pero con funcionalidades potentes. Se eligió CAN como base puesto que se trataba de un estándar robusto y ampliamente reconocido. El resultado obtenido fue TouCAN, una librería potente pero amigable al usuario. TouCAN posee dos partes claramente diferenciadas pero estrechamente relacionadas, un lado microcontrolador y un lado supervisor. El lado microncontrolador que es sobre el que versa este TFG, está diseñado sobre Arduino, una tecnología muy en boga actualmente dada la facilidad de desarrollo y a una comunidad entusiasta. El objetivo principal de esta parte es la de interconectar los microcontroladores entre sí mediante el protocolo definido en TouCAN, proporcionando las clases y los métodos necesarios para ello. Por otra parte proporciona una serie de métodos de comunicación por el puerto serie para la interacción con un PC supervisor. El lado supervisor está basado en sistemas UNIX, por lo que es compatible con las diversas distribuciones Linux existentes además de ser fácilmente portables a otros sistemas como Mac OS X. Su principal función es la de servir como supervisor del lado microcontrolador. Conectándose a uno de los nodos maestros es capaz de interactuar con el resto de la red, permitiéndole al usuario comunicarse con sus dispositivos en todo momento. TouCAN tiene el potencial necesario para convertirse en una herramienta libre de amplio uso puesto que es sencillo pero potente, sostenida por una tecnología ampliamente conocida.

Desarrollo de un videojuego multiplataforma en Java

[ES] El trabajo consistirá en abordar el desarrollo de un videojuego utilizando el lenguaje de programación Java y una librería especializada en desarrollo de videojuegos. Crearemos un videojuego del género plataformas. Para ello utilizaremos una vista en dos dimensiones, el jugador controlará un personaje humanoide con el que deberá atravesar una serie de niveles. Los niveles estarán agrupados en mundos con distintas temáticas (nieve, espacio, etc.) y en ellos el jugador se encontrará con múltiples obstáculos y enemigos. Los mundos se definen como agrupaciones de diez niveles en las que en el décimo nivel de cada mundo (nivel final) el jugador se enfrenta a un enemigo con una complejidad mayor al resto. Un ejemplo de videojuego de plataformas similar al que se va a desarrollar sería: "Super Mario Bros.". La librería que utilizaremos permite el desarrollo de videojuegos de escritorio y para móviles utilizando el mismo código. Es multiplataforma y soporta Windows, Linux, Mac OS X, Android, iOS, y navegadores con soporte WebGL.

Sincronizzazione e condivisione di file system tra sistemi operativi

La necessità di sincronizzare i propri dati si presenta in una moltitudine di situazioni, infatti il numero di dispositivi informatici a nostra disposizione è in continua crescita e, all' aumentare del loro numero, cresce l' esigenza di mantenere aggiornate le multiple copie dei dati in essi memorizzati. Vi sono diversi fattori che complicano tale situazione, tra questi la varietà sempre maggiore dei sistemi operativi utilizzati nei diversi dispositivi, si parla di Microsoft Windows, delle tante distribuzioni Linux, di Mac OS X, di Solaris o di altri sistemi operativi UNIX, senza contare i sistemi operativi più orientati al settore mobile come Android. Ogni sistema operativo ha inoltre un modo particolare di gestire i dati, si pensi alla differente gestione dei permessi dei file o alla sensibilità alle maiuscole. Bisogna anche considerare che se gli aggiornamenti dei dati avvenissero soltanto su di uno di questi dispositivi sarebbe richiesta una semplice copia dei dati aggiornati sugli altri dispositivi, ma che non è sempre possibile utilizzare tale approccio. Infatti i dati vengono spesso aggiornati in maniera indipendente in più di un dispositivo, magari nello stesso momento, è pertanto necessario che le applicazioni che si occupano di sincronizzare tali dati riconoscano le situazioni di conflitto, nelle quali gli stessi dati sono stati aggiornati in più di una copia ed in maniera differente, e permettano di risolverle, uniformando lo stato delle repliche. Considerando l' importanza e il valore che possono avere i dati, sia a livello lavorativo che personale, è necessario che tali applicazioni possano garantirne la sicurezza, evitando in ogni caso un loro danneggiamento, perchè sempre più spesso il valore di un dispositivo dipende più dai dati in esso contenuti che dal costo dello hardware. In questa tesi verranno illustrate alcune idee alternative su come possa aver luogo la condivisione e la sincronizzazione di dati tra sistemi operativi diversi, sia nel caso in cui siano installati nello stesso dispositivo che tra dispositivi differenti. La prima parte della tesi descriverà nel dettaglio l' applicativo Unison. Tale applicazione, consente di mantenere sincronizzate tra di loro repliche dei dati, memorizzate in diversi dispositivi che possono anche eseguire sistemi operativi differenti. Unison funziona a livello utente, analizzando separatamente lo stato delle repliche al momento dell' esecuzione, senza cioè mantenere traccia delle operazioni che sono state effettuate sui dati per modificarli dal loro stato precedente a quello attuale. Unison permette la sincronizzazione anche quando i dati siano stati modificati in maniera indipendente su più di un dispositivo, occupandosi di risolvere gli eventuali conflitti che possono verificarsi rispettando la volontà dell' utente. Verranno messe in evidenza le strategie utilizzate dai suoi ideatori per garantire la sicurezza dei dati ad esso affidati e come queste abbiano effetto nelle più diverse condizioni. Verrà poi fornita un' analisi dettagiata di come possa essere utilizzata l' applicazione, fornendo una descrizione accurata delle funzionalità e vari esempi per renderne più chiaro il funzionamento. Nella seconda parte della tesi si descriverà invece come condividere file system tra sistemi operativi diversi all' interno della stessa macchina, si tratta di un approccio diametralmente opposto al precedente, in cui al posto di avere una singola copia dei dati, si manteneva una replica per ogni dispositivo coinvolto. Concentrando l' attenzione sui sistemi operativi Linux e Microsoft Windows verranno descritti approfonditamente gli strumenti utilizzati e illustrate le caratteristiche tecniche sottostanti.

MARVIN: a medical research application framework based on open source software

This paper describes the open source framework MARVIN for rapid application development in the field of biomedical and clinical research. MARVIN applications consist of modules that can be plugged together in order to provide the functionality required for a specific experimental scenario. Application modules work on a common patient database that is used to store and organize medical data as well as derived data. MARVIN provides a flexible input/output system with support for many file formats including DICOM, various 2D image formats and surface mesh data. Furthermore, it implements an advanced visualization system and interfaces to a wide range of 3D tracking hardware. Since it uses only highly portable libraries, MARVIN applications run on Unix/Linux, Mac OS X and Microsoft Windows.

An automatic documentation generator for (C)LP - Reference manual

Lpdoc is an automatic program documentation generator for (C)LP systems. Lpdoc generates a reference manual automatically from one or more source files for a logic program (including ISO-Prolog, Ciao, many CLP systems, ...). It is particularly useful for documenting library modules, for which it automatically generates a description of the module interface. However, lpdoc can also be used quite successfully to document full applications and to generate nicely formatted plain ascii "readme" files. A fundamental advantage of using lpdoc to document programs is that it is much easier to maintain a true correspondence between the program and its documentation, and to identify precisely to what version of the program a given printed manual corresponds. The quality of the documentation generated can be greatly enhanced by including within the program text: • assertions (types, modes, etc. ...) for the predicates in the program, and • machine-readable comments (in the "literate programming" style). The assertions and comments included in the source file need to be written using the Ciao system assertion language. A simple compatibility library is available to make traditional (constraint) logic programming systems ignore these assertions and comments allowing normal treatment of programs documented in this way. The documentation is currently generated in HTML or texinf o format. From the texinf o output, printed and on-line manuals in several formats (dvi, ps, info, etc.) can be easily generated automatically, using publicly available tools, lpdoc can also generate 'man' pages (Unix man page format) as well as brief descriptions in html or emacs info formats suitable for inclusion in an on-line index of applications. In particular, lpdoc can create and maintain fully automatically WWW and info sites containing on-line versions of the documents it produces. The lpdoc manual (and the Ciao system manuals) are generated by lpdoc. Lpdoc is distributed under the GNU general public license. Note: lpdoc is fully supported on Linux, Mac OS X, and other Un*x-like systems. Due to the use of several Un*x-related utilities, some documentation back-ends may require Cygwin under Win32. This documentation corresponds to version 3.0 (2011/7/7, 16:33:15 CEST).

Chemotherapy and radiotherapy in nasopharyngeal carcinoma: an update of the MAC-NPC meta-analysis.

BACKGROUND: A previous individual patient data meta-analysis by the Meta-Analysis of Chemotherapy in Nasopharynx Carcinoma (MAC-NPC) collaborative group to assess the addition of chemotherapy to radiotherapy showed that it improves overall survival in nasopharyngeal carcinoma. This benefit was restricted to patients receiving concomitant chemotherapy and radiotherapy. The aim of this study was to update the meta-analysis, include recent trials, and to analyse separately the benefit of concomitant plus adjuvant chemotherapy. METHODS: We searched PubMed, Web of Science, Cochrane Controlled Trials meta-register, ClinicalTrials.gov, and meeting proceedings to identify published or unpublished randomised trials assessing radiotherapy with or without chemotherapy in patients with non-metastatic nasopharyngeal carcinoma and obtained updated data for previously analysed studies. The primary endpoint of interest was overall survival. All trial results were combined and analysed using a fixed-effects model. The statistical analysis plan was pre-specified in a protocol. All data were analysed on an intention-to-treat basis. FINDINGS: We analysed data from 19 trials and 4806 patients. Median follow-up was 7·7 years (IQR 6·2-11·9). We found that the addition of chemotherapy to radiotherapy significantly improved overall survival (hazard ratio [HR] 0·79, 95% CI 0·73-0·86, p<0·0001; absolute benefit at 5 years 6·3%, 95% CI 3·5-9·1). The interaction between treatment effect (benefit of chemotherapy) on overall survival and the timing of chemotherapy was significant (p=0·01) in favour of concomitant plus adjuvant chemotherapy (HR 0·65, 0·56-0·76) and concomitant without adjuvant chemotherapy (0·80, 0·70-0·93) but not adjuvant chemotherapy alone (0·87, 0·68-1·12) or induction chemotherapy alone (0·96, 0·80-1·16). The benefit of the addition of chemotherapy was consistent for all endpoints analysed (all p<0·0001): progression-free survival (HR 0·75, 95% CI 0·69-0·81), locoregional control (0·73, 0·64-0·83), distant control (0·67, 0·59-0·75), and cancer mortality (0·76, 0·69-0·84). INTERPRETATION: Our results confirm that the addition of concomitant chemotherapy to radiotherapy significantly improves survival in patients with locoregionally advanced nasopharyngeal carcinoma. To our knowledge, this is the first analysis that examines the effect of concomitant chemotherapy with and without adjuvant chemotherapy as distinct groups. Further studies on the specific benefits of adjuvant chemotherapy after concomitant chemoradiotherapy are needed. FUNDING: French Ministry of Health (Programme d'actions intégrées de recherche VADS), Ligue Nationale Contre le Cancer, and Sanofi-Aventis.

Qualidade física e fisiológica de sementes de Eremanthus erythropappus (DC.) Mac. Leish

Este trabalho teve como objetivo identificar e sugerir métodos para avaliação da qualidade física e fisiológica de sementes de candeia (Eremanthus erythropappus). As sementes utilizadas foram colhidas nos anos de 2001 e 2002, respectivamente nos municípios de Carrancas e Lavras, no estado de Minas Gerais. As sementes foram secas, limpas e guardadas em sacos semipermeáveis, em câmara fria a 5ºC e 60% de umidade relativa até o início dos experimentos. Para facilitar a identificação de sementes vazias foi desenvolvido protocolo com a utilização de raios-x, combinando potência de radiação (Kv) e tempo de exposição das sementes à radiação (segundos). Para a eliminação das sementes vazias foi realizado experimento utilizando soprador de sementes, tipo South Dakota, combinando as aberturas do aparelho e tempo. Para os testes de germinação, as sementes foram passadas pelo soprador, lavadas em hipoclorito de sódio e colocadas para germinar sobre papel, em gerbox. O primeiro experimento avaliou temperaturas de germinação e foi realizado em mesa termogradiente, o segundo experimento testou sensibilidade à luz e alternância de temperatura e foi conduzida em germinadores tipo Mangelsdorfii. Foram determinadas curvas de embebição, nas condições de 30ºC, 20-30ºC/10 horas de luz e 30-20ºC/10 horas de luz. O protocolo para avaliação radiológica que melhor permitiu a visualização das estruturas internas da semente foi 30Kv por 45 segundos. A separação das sementes pelo soprador na abertura 6,0 e tempo de 30 segundos permitiu elevar de 14,75 para 93,37%, o número de sementes com embrião. Os resultados mostraram que as sementes não apresentam dormência e que, quando eliminadas as sementes vazias, a porcentagem de germinação foi alta. As sementes atingiram a máxima porcentagem de germinação aos 14 dias de embebição e a melhor condição para germinação foi alternância de temperatura de 20-30ºC/10 horas de luz. Os estudos revelaram ainda que a germinação de sementes desta espécie pode ocorrer na ausência de luz.