A chemometric study on the analgesic activity of cannabinoid compounds using SDA, KNN and SIMCA methods

The supervised pattern recognition methods K-Nearest Neighbors (KNN), stepwise discriminant analysis (SDA), and soft independent modelling of class analogy (SIMCA) were employed in this work with the aim to investigate the relationship between the molecular structure of 27 cannabinoid compounds and their analgesic activity. Previous analyses using two unsupervised pattern recognition methods (PCA-principal component analysis and HCA-hierarchical cluster analysis) were performed and five descriptors were selected as the most relevants for the analgesic activity of the compounds studied: R (3) (charge density on substituent at position C(3)), Q (1) (charge on atom C(1)), A (surface area), log P (logarithm of the partition coefficient) and MR (molecular refractivity). The supervised pattern recognition methods (SDA, KNN, and SIMCA) were employed in order to construct a reliable model that can be able to predict the analgesic activity of new cannabinoid compounds and to validate our previous study. The results obtained using the SDA, KNN, and SIMCA methods agree perfectly with our previous model. Comparing the SDA, KNN, and SIMCA results with the PCA and HCA ones we could notice that all multivariate statistical methods classified the cannabinoid compounds studied in three groups exactly in the same way: active, moderately active, and inactive.

Improvements on the KNN classifier

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Cost-plus-loss analyses of forest inventory strategies based on kNN-assigned reference sample plot data

Abstract

Työn ja perheen vuorovaikutus : menetelmä kielteisen ja myönteisen vuorovaikutuksen tutkimiseen

Summary: Work-family interface : a measure for identifying negative and positive spillover between work and family

Absoluuttisten solmukoordinaattien menetelmä kuorimaisten kappaleiden mallinnuksessa

Työn tavoitteena oli kehittää nopeasti konvergoiva kuorielementti epälineaarisesti joustavien kappaleiden analysointiin. Kuorielementti perustuu absoluuttisten solmukoordinaattien menetelmään ja se hyödyntää kaarevuuden kuvausta elastisten voimien määrityksessä. Kehitettyä elementtiä verrattiin kontinuumimekaniikalla kehitettyyn kuorielementtiin ja kaupallisen elementtimenetelmän kuorielementtiin. Yksinkertaisimman kuormitustapauksen tuloksia verrattiin teknisen taivutusteorian mukaiseen analyyttiseen ratkaisuun. Staattisten testien tulokset tässä työssä kehitetyllä kuorielementillä vastasivat hyvin kaupallisella elementtimenetelmällä saatuja tuloksia. Deformaatioiden ollessa geometrisesti lineaarisella alueella, kehitetyllä kuorielementillä saadut tulokset vastasivat paremmin sekä analyyttistä ratkaisua että kaupallisella elementtimenetelmällä saatuja tuloksia kuin aiemman kontinuumimekaniikkaan perustuvan kuorielementin tulokset. Kehitetyn kuorielementin ongelmana verrattuna kontinuumimekaniikkaan perustuvaan elementtiin on monimutkaisempi kinematiikan kuvaus. Tästä on seurauksena laskenta-ajan huomattava kasvaminen. Jatkossa kannattaisi keskittyä numeeristen ratkaisumenetelmien kehittämiseen.