999 resultados para essai de complémentation des fragments protéiques
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"Tiré à 200 exemplaires numérotés. No "
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Les protéines sont les produits finaux de la machinerie génétique. Elles jouent des rôles essentiels dans la définition de la structure, de l'intégrité et de la dynamique de la cellule afin de promouvoir les diverses transformations chimiques requises dans le métabolisme et dans la transmission des signaux biochimique. Nous savons que la doctrine centrale de la biologie moléculaire: un gène = un ARN messager = une protéine, est une simplification grossière du système biologique. En effet, plusieurs ARN messagers peuvent provenir d’un seul gène grâce à l’épissage alternatif. De plus, une protéine peut adopter plusieurs fonctions au courant de sa vie selon son état de modification post-traductionelle, sa conformation et son interaction avec d’autres protéines. La formation de complexes protéiques peut, en elle-même, être déterminée par l’état de modifications des protéines influencées par le contexte génétique, les compartiments subcellulaires, les conditions environmentales ou être intrinsèque à la croissance et la division cellulaire. Les complexes protéiques impliqués dans la régulation du cycle cellulaire sont particulièrement difficiles à disséquer car ils ne se forment qu’au cours de phases spécifiques du cycle cellulaire, ils sont fortement régulés par les modifications post-traductionnelles et peuvent se produire dans tous les compartiments subcellulaires. À ce jour, aucune méthode générale n’a été développée pour permettre une dissection fine de ces complexes macromoléculaires. L'objectif de cette thèse est d'établir et de démontrer une nouvelle stratégie pour disséquer les complexes protéines formés lors du cycle cellulaire de la levure Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae). Dans cette thèse, je décris le développement et l'optimisation d'une stratégie simple de sélection basée sur un essai de complémentation de fragments protéiques en utilisant la cytosine déaminase de la levure comme sonde (PCA OyCD). En outre, je décris une série d'études de validation du PCA OyCD afin de l’utiliser pour disséquer les mécanismes d'activation des facteurs de transcription et des interactions protéine-protéines (IPPs) entre les régulateurs du cycle cellulaire. Une caractéristique clé du PCA OyCD est qu'il peut être utilisé pour détecter à la fois la formation et la dissociation des IPPs et émettre un signal détectable (la croissance des cellules) pour les deux types de sélections. J'ai appliqué le PCA OyCD pour disséquer les interactions entre SBF et MBF, deux facteurs de transcription clés régulant la transition de la phase G1 à la phase S. SBF et MBF sont deux facteurs de transcription hétérodimériques composés de deux sous-unités : une protéine qui peut lier directement l’ADN (Swi4 ou Mbp1, respectivement) et une protéine commune contenant un domain d’activation de la transcription appelée Swi6. J'ai appliqué le PCA OyCD afin de générer un mutant de Swi6 qui restreint ses activités transcriptionnelles à SBF, abolissant l’activité MBF. Nous avons isolé des souches portant des mutations dans le domaine C-terminal de Swi6, préalablement identifié comme responsable dans la formation de l’interaction avec Swi4 et Mbp1, et également important pour les activités de SBF et MBF. Nos résultats appuient un modèle où Swi6 subit un changement conformationnel lors de la liaison à Swi4 ou Mbp1. De plus, ce mutant de Swi6 a été utilisé pour disséquer le mécanisme de régulation de l’entrée de la cellule dans un nouveau cycle de division cellulaire appelé « START ». Nous avons constaté que le répresseur de SBF et MBF nommé Whi5 se lie directement au domaine C-terminal de Swi6. Finalement, j'ai appliqué le PCA OyCD afin de disséquer les complexes protéiques de la kinase cycline-dépendante de la levure nommé Cdk1. Cdk1 est la kinase essentielle qui régule la progression du cycle cellulaire et peut phosphoryler un grand nombre de substrats différents en s'associant à l'une des neuf protéines cycline régulatrice (Cln1-3, Clb1-6). Je décris une stratégie à haut débit, voir à une échelle génomique, visant à identifier les partenaires d'interaction de Cdk1 et d’y associer la cycline appropriée(s) requise(s) à l’observation d’une interaction en utilisant le PCA OyCD et des souches délétées pour chacune des cyclines. Mes résultats nous permettent d’identifier la phase(s) du cycle cellulaire où Cdk1 peut phosphoryler un substrat particulier et la fonction potentielle ou connue de Cdk1 pendant cette phase. Par exemple, nous avons identifié que l’interaction entre Cdk1 et la γ-tubuline (Tub4) est dépendante de Clb3. Ce résultat est conforme au rôle de Tub4 dans la nucléation et la croissance des faisceaux mitotiques émanant des centromères. Cette stratégie peut également être appliquée à l’étude d'autres IPPs qui sont contrôlées par des sous-unités régulatrices.
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Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Introduction : Au CHUV, les contrôles microbiologiques des préparations pharmaceutiques stériles produites par la pharmacie de l'hôpital se basent sur l'essai de stérilité de la Pharmacopée Européenne. Avant 2000, une méthode en circuit ouvert était utilisée, puis, dès l'année 2000, une nouvelle méthode développée par H. Ing du service de pharmacie des HUG a été adoptée (méthode « Ing »). Cette dernière permet d'opérer en circuit fermé et de filtrer le milieu de culture. De plus, elle utilise du matériel bon marché (trousse de perfusion, filtres à usage unique). Objectifs : Le présent travail avait pour but : 1) l'évaluation préliminaire de cette méthode (validation). 2) l'évaluation du bénéfice apporté en terme d'incidence de faux positifs sur les préparations stériles filtrables. Matériel et méthode : La validation a été effectuée en analysant des flexs de NaCl 0.9% préalablement inoculés avec 10-100 CFU de 6 souches microbiennes décrites dans la Pharmacopée pour le test de validation, ainsi qu'un flex « contrôle » non inoculé. Le bénéfice de la méthode a été évalué à partir des résultats des essais de routine effectués au laboratoire. Un taux de faux positifs imputable à chaque méthode a ainsi pu être déterminé (i.e. croissance microbienne due à une contamination lors de l'essai et non à une contamination initiale de la préparation pharmaceutique) et la comparaison a été effectuée à l'aide du test statistique de Fisher. Résultats : Une croissance a été observée dans toutes les préparations préalablement inoculées par des micro-organismes. La méthode a donc pu être implantée dans le laboratoire pour les analyses de routine dès février 2000. L'analyse rétrospective des résultats des essais de stérilité effectués sur une période de plus de 4 ans (2 ans avec l'ancienne méthode (système ouvert) et de presque 3 ans avec la nouvelle méthode) montre que l'ancienne méthode produisait un taux de faux positifs de 1.57 %, alors que ce taux n'est que de 0.21% avec la méthode « Ing ». Cette dernière se caractérise donc par un taux de faux positifs significativement plus bas que celui de l'ancienne méthode (p < 0.0001). Conclusion : La méthode « Ing » constitue une technique bien adaptée à l'essai de stérilité pour l'hôpital, suffisamment sensible et conforme aux recommandations de la Pharmacopée. En maintenant le produit dans un espace clos, elle permet de diminuer les risques de contamination susceptibles de se produire lors de l'essai.
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Comprend : Fragments / Fénelon