Técnicas multivariadas na determinação da diversidade genética em gergelim usando marcadores RAPD

O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes técnicas multivariadas na caracterização de 35 genótipos de gergelim mediante 769 marcadores RAPD. As distâncias genéticas foram obtidas pelo complemento aritmético do coeficiente de Jaccard e agrupadas pelos métodos hierárquicos do vizinho mais próximo, do vizinho mais distante, das médias aritméticas não ponderadas (UPGMA), do método de otimização de Tocher e análises de coordenadas principais. O agrupamento dos genótipos foi alterado em função dos diferentes métodos usados. Adotando-se a mesma distância genética (0,36) como valor de corte, diferenciaram-se quatro grupos no método do vizinho mais próximo, 13 para o vizinho mais distante, 11 no UPGMA e quatro no Tocher. Entre os métodos hierárquicos, o UPGMA apresentou o melhor ajuste das distâncias originais e estimadas (CCC = 0,89). As análises das coordenadas principais confirmaram a baixa diversidade existente entre os genótipos. A maior divergência ocorreu entre as cultivares Seridó 1 e Arawaca 4, e a menor, entre os genótipos VCR-101 e GP-3314. As três primeiras coordenadas principais contabilizaram 35,13% do total da variabilidade, e 18 autovalores foram necessários para explicar 81% da variação genética. Os métodos UPGMA, de otimização de Tocher, e as análises de coordenadas principais são complementares na formação dos grupos.

Variabilidade e divergência genética entre genótipos de tucumanzeiro-do-pará (Astrocaryum vulgare Mart.) promissores para a produção de frutos por marcadores rapd

O objetivo deste trabalho foi estimar a variabilidade e a divergência genética entre genótipos de tucumanzeiro-do-pará promissores para a produção de frutos por marcadores de RAPD. Foram coletadas amostras de folhas de 29 plantas-matrizes selecionadas no Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental, com base na produção de frutos por planta, mas com pronunciadas variações para outras características. As amostras de DNA foram amplificadas por 24 iniciadores RAPD e analisadas por três métodos multivariados, usando a matriz de dissimilaridades genéticas obtidas pelo complemento aritmético do coeficiente de Jaccard. Foram gerados 332 marcadores moleculares que expressaram 98,5% de polimorfismo. Os marcadores RAPD apresentaram poder de discriminação eficiente entre os 29 genótipos avaliados, constatando-se distância genética média entre os genótipos de 51,7%, variando entre 26,9% e 71,5%. A maior média de distância ocorreu entre o genótipo 22 e os demais, com 66,8%. Os genótipos formaram oito e quinze grupos distintos, possivelmente grupos heteróticos, pelos métodos de agrupamentos UPGMA e Tocher, respectivamente. As análises das coordenadas principais confirmaram a alta variabilidade entre os genótipos. Os marcadores moleculares utilizados permitiram a identificação de ampla variabilidade e forte divergência genética entre os genótipos com ausência de duplicatas, o que possibilita a indicação desses materiais para compor programa de melhoramento genético para a produção de frutos.

Banco de sementes do solo em áreas de cultivo de subsistência na Floresta Ombrófila Aberta com Babaçu (Orbygnia phalerata Mart.) no Maranhão

Os objetivos desta pesquisa foram identificar e avaliar a estrutura das comunidades e a diversidade das espécies herbáceas invasoras presentes no banco de sementes do solo, em áreas de cultivo de subsistência nos Municípios de Bacabal, Lago Verde, São Luís Gonzaga e Vitorino Freire, localizados em trechos da Floresta Ombrófila Aberta com Babaçu, no Maranhão. Em cada município foram alocadas 15 parcelas de 50 m2, de onde foram retiradas 90 amostras de solo com um gabarito de metal vazado de 25 x 16 x 3 cm e colocadas em bandejas em casa telada. Foi avaliado o número de espécies e de indivíduos, bem como os valores relativos da densidade, frequência, abundância e o valor de importância de cada espécie. Os dados foram submetidos às Análises de Variância e de Coordenadas Principais. A diversidade foi calculada por meio do Índice de Diversidade de Shannon. O banco de sementes apresentou a maior riqueza florística em Bacabal, com 50 espécies de 34 gêneros e 17 famílias, bem como o maior número de indivíduos, 11.541. A maior similaridade florística foi observada entre Lago Verde e Vitorino Freire. As espécies predominantes, baseado no valor de importância, foram: Ludwigia octovalvis (VI = 34,8%) em Bacabal; Scleria lithosperma (VI = 37,0%), em Lago Verde; e Boerhavia erecta (VI = 40,4%), em São Luís Gonzaga; e (VI = 57,0%), em Vitorino Freire. A maior diversidade foi observada em Bacabal, com H’ = 2,66 nats ind-1. Os resultados podem ser aplicados na previsão de infestações de plantas invasoras nos municípios da região.

Estrutura espacial e sazonal da avifauna e considerações sobre a conservação de aves aquáticas em uma área úmida no Rio Grande do Sul, Brasil

Mosaicos de áreas úmidas fornecem hábitats para uma ampla gama de espécies de aves, que raramente se distribuem uniformemente dentro das mesmas. O cenário mundial atual do estudo de aves em áreas úmidas deixa bem claro que as metodologias para estudos quantitativos de aves em áreas úmidas ainda estão sendo criadas ou aperfeiçoadas. O mosaico formado pelas áreas úmidas do Banhado dos Pachecos é de reconhecida importância para a conservação de aves aquáticas, constituindo-se numa área ideal para estudos da avifauna. A presente dissertação tem como objetivo avaliar a estrutura espacial e sazonal da avifauna do Banhado dos Pachecos, tecer considerações sobre a conservação das aves aquáticas sob uma perspectiva de paisagem e testar a viabilidade de se utilizar amostragens matinais e vespertinas para análises de distribuição e abundância da avifauna. O Banhado dos Pachecos, juntamente com o Banhado Grande, formam o Sistema Banhado Grande. A amostragem da avifauna foi conduzida através de levantamentos qualitativos e quantitativos de modo a cobrir quatro estações climáticas: verão, outono, inverno e primavera. As amostragens qualitativas foram realizadas através de deslocamentos ad libitum entre e durante as amostragens quantitativas em todas as fisionomias. As amostragens quantitativas foram realizadas através de pontos de contagem, transecções e contagens totais. Riqueza, grupos funcionais de forrageio, grupos funcionais de nidificação, aves aquáticas, situação de ocorrência no Rio Grande do Sul, espécies ameaçadas de extinção e abundância foram os descritores utilizados para a caracterização da avifauna. A estatística empregada na análise dos dados multivariados baseou-se em métodos não-paramétricos de reamostragem através de aleatorização e “bootstrap”. Análises de agrupamentos foram realizadas para determinar a formação de grupos de fisionomias e análises de coordenadas principais foram realizadas para determinar se existia algum padrão de associação entre as diferentes fisionomias. Registraram-se 209 espécies de aves, vinte e e três grupos funcionais de forrageio, sete grupos funcionais de nidificação e 60 espécies de aves aquáticas e 11 espécies ameaçadas de extinção. Trinta e duas espécies apresentaram evidências discordantes da situação de ocorrência conhecida para o estado. Alguns fatores que poderiam ser fontes de viés para a interpretação das análises na presente dissertação foram abordados. A constância encontrada no conjunto de espécies da área de estudo pode refletir uma maior estabilidade ambiental. O alto número de grupos funcionais de forrageio e de nidificação registrados para a área de estudo sugere uma grande diversidade de recursos, reflexo da heterogeneidade entre as diferentes fisionomias. A origem de algumas espécies que se mostraram efetivamente migratórias, pois usaram a área de estudo em um período estacional bem definido, se mostra uma incógnita. Somente estudos extensivos e abrangentes poderão responder essas perguntas e propor medidas eficientes para a conservação tanto das áreas úmidas como das espécies que delas dependem. A restauração de um corredor de áreas úmidas entre o banhado dos Pachecos e o banhado Grande, juntamente com um manejo rotativo de cultivos de arroz parece ser a alternativa mais viável e conciliatória entre pontos de vista econômico e conservacionista para possibilitar o aumento da conectividade no Sistema Banhado Grande.

Estudo do componente árboreo de mata Ribeirinha no rio Camaquã, Cristal, RS

As matas ribeirinhas no rio Camaquã constituem os maiores remanescentes da Floresta Estacional Semidecidual Ribeirinha no Estado, sendo muito pouco conhecidas florística e fitossociologicamente. Em um fragmento de mata ribeirinha na margem esquerda do baixo rio Camaquã, município de Cristal (31°01’01.7’’S e 51°56’42.0’’W, em torno de 14 m.n.m.) realizou-se um estudo do componente arbóreo, com o intuito de se determinar sua estrutura e relacionar os resultados obtidos com outras florestas no Estado. O clima da região é do tipo Cfa de Köppen, com médias anuais de temperatura de 18,9 °C, e de precipitação de 1.234 mm. Os solos são do tipo Planossolo Hidromórfico Eutrófico (Sge), de textura média/siltosa. O levantamento fitossociológico foi realizado em uma área de 1 ha, dividida em 100 parcelas de 10 x 10 m, onde foram amostradas todas as árvores com DAP maior ou igual a 5 cm. Foram calculados os parâmetros fitossociológicos empregados usualmente, além das estimativas de diversidade de Shannon (H’) e equabilidade de Pielou (J’). Relações florísticas com outras áreas foram feitas através da análise de coordenadas principais e de agrupamento, utilizando os índices de similaridade de Jaccard e Dice. No levantamento florístico foram encontradas 68 espécies arbóreas, a maioria características de ambientes ribeirinhos. Na fitossociologia foram amostrados 2.179 indivíduos, pertencentes a 29 espécies, 25 gêneros e 14 famílias. As famílias Myrtaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Sapindaceae e Salicaceae apresentaram as maiores riquezas. Os valores de importância mais elevados foram registrados para espécies típicas de sub-bosque, que apresentam grande densidade (Sebastiania commersoniana, Allophylus edulis e Eugenia schuechiana). As espécies ocupantes do dossel, com densidades baixas ou intermediárias (Luehea divaricata e Nectandra megapotamica) destacam-se pela dominância. O índice de diversidade foi estimado em 2,342 nats.ind.-1 (J’= 0,695), sendo intermediário entre os menores valores estimados para as matas de restingas e os maiores para Florestas Estacionais Semideciduais na região. O predomínio de espécies zoocóricas demonstra ser uma floresta madura, embora se tenha encontrado uma grande participação de indivíduos com síndrome de dispersão abióticas. Por sua localização na Planície Costeira Interna, a área apresentou, floristicamente, uma grande influência de espécies provenientes das matas de encosta da Serra do Sudeste, havendo uma maior similaridade com as matas do rio Piratini e outras Florestas Estacionais Semideciduais.

Diversidade genética do sistema HLA em Portugal, Cabo Verde e Guiné-Bissau

O polimorfismo dos genes HLA-A, HLA-B e HLA-DRB1 foi estudado em três populações Portuguesas (Portugal continental, Madeira e Açores) e em duas Africanas (Guiné-Bissau e Cabo Verde). Os dados em alta resolução, obtidos por sequenciação (SBT), foram comparados com a caracterização efectuada pelo método SSOP revelando 4,6% de incongruências entre os resultados destes dois métodos. Os alelos mais frequentes em cada um dos loci foram: HLA-A*0201 em todas as populações (13,5-26%); HLA-B*5101 em Portugal continental (12%, o mesmo para o B*440301), Madeira (9,7%) e Açores (9,8%) e B*350101 na Guiné-Bissau (14,4%) e Cabo Verde (13,2%); HLADRB1*0701 em Portugal continental (15%), Madeira (15,7%) e Açores (18,3%), DRB1*1304 na Guiné-Bissau (19,6%) e DRB1*110101 em Cabo Verde (10,1%). Os haplotipos 3-loci mais predominantes em cada população foram: A*020101-B*440301-DRB1*070101 em Portugal continental (3,1%), A*020101-B*510101- DRB1*130101 na Madeira (2,7%), A*2902-B*4403-DRB1*0701 nos Açores (2,4%), A*2301-B*1503-DRB1*110101 na Guiné-Bissau (4,6%) e A*3002-B*350101-DRB1*1001 em Cabo Verde (2,8%). O presente trabalho revela que a população continental Portuguesa tem sido influenciada geneticamente por Europeus e Norte Africanos devido a várias imigrações históricas. O Norte de Portugal parece concentrar, provavelmente devido à pressão da expansão Árabe, um antigo pool genético originado pela influência milenar de Europeus e Norte Africanos. Os dados obtidos nos genes do sistema HLA corroboram as fontes históricas que confirmam que o povoamento dos Açores teve o contributo de outros Europeus, essencialmente Flamengos, para além dos Portugueses. As frequências alélicas e haplotípicas neste arquipélago não apresentam uma distribuição homogénea entre as ilhas do grupo Oriental e Central. O grupo Central revela uma influência clara daEuropa Central e uma muito menor afinidade a Portugal continental. As frequências alélicas e haplotípicas mostram que a ilha da Madeira foi povoada por Europeus, a maioria Portugueses, mas também por sub-Saharianos devido ao comércio de escravos. Cabo Verde não é uma população tipicamente sub-Sahariana pois revela uma importante influência genética Europeia, para além da base genética Africana. A análise dos haplotipos e dendrogramas mostram uma influência genética Caucasiana no actual pool genético Cabo-Verdiano. Os dendrogramas e a análise das coordenadas principais mostram que os Guineenses são mais semelhantes aos Norte Africanos do que qualquer outra população sub-Sahariana já estudada ao nível do sistema HLA, provavelmente devido a contactos históricos com outros povos, nomeadamente Árabes do Este Africano e Berberes.

Técnicas multivariadas na determinação da diversidade genética em gergelim usando marcadores RAPD

O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes técnicas multivariadas na caracterização de 35 genótipos de gergelim mediante 769 marcadores RAPD. As distâncias genéticas foram obtidas pelo complemento aritmético do coeficiente de Jaccard e agrupadas pelos métodos hierárquicos do vizinho mais próximo, do vizinho mais distante, das médias aritméticas não ponderadas (UPGMA), do método de otimização de Tocher e análises de coordenadas principais. O agrupamento dos genótipos foi alterado em função dos diferentes métodos usados. Adotando-se a mesma distância genética (0,36) como valor de corte, diferenciaram-se quatro grupos no método do vizinho mais próximo, 13 para o vizinho mais distante, 11 no UPGMA e quatro no Tocher. Entre os métodos hierárquicos, o UPGMA apresentou o melhor ajuste das distâncias originais e estimadas (CCC = 0,89). As análises das coordenadas principais confirmaram a baixa diversidade existente entre os genótipos. A maior divergência ocorreu entre as cultivares Seridó 1 e Arawaca 4, e a menor, entre os genótipos VCR-101 e GP-3314. As três primeiras coordenadas principais contabilizaram 35,13% do total da variabilidade, e 18 autovalores foram necessários para explicar 81% da variação genética. Os métodos UPGMA, de otimização de Tocher, e as análises de coordenadas principais são complementares na formação dos grupos.

Taxocenose de serpentes (Squamata: Serpentes) em uma área de transição cerrado-caatinga no município de Castelo do Piauí, Piauí, Brasil

Foi realizado um inventário da fauna de serpentes da área de transição entre Cerrado e Caatinga no Município de Castelo do Piauí. Foram realizadas seis expedições entre Outubro de 2005 e Julho de 2006, em fitofisionomias de Cerrado Rupestre, Cerrado Aberto e Mata Secundária de Cerrado Típico, que totalizaram 120 dias de trabalho de campo. Foram utilizados três métodos: Armadilhas de Interceptação e Queda, Procura Limitada por Tempo e Encontros Ocasionais. Foram registradas 18 espécies. A família Colubridae apresentou a maior riqueza de espécies, assim como nas diferentes formações da América do Sul. A comunidade é composta por Xenodontinae (11 espécies), seguido por Colubrinae (Mastigodryas bifossatus e Spilotes pullatus) e apenas uma espécie de Dipsadinae (Leptodeira annulata), refletindo o padrão evolutivo das linhagens filogenéticas dos colubrídeos e a estrutura da comunidade. Thamnodynastes sp. (n= 7), Philodryas nattereri (n= 5) e Phimophis iglesiasi (n= 5) foram as espécies mais abundantes na área estudada, diferente da dominância de viperídeos observada em outras taxocenoses de serpentes no Brasil. Os estimadores de riqueza Chao 2 e Jack1 indicam que a comunidade é composta por aproximadamente 24 espécies. Procura Limitada por Tempo apresentou o melhor desempenho dentre os métodos utilizados, embora a utilização dos três métodos seja recomendada para um inventário mais completo de serpentes. Foi demonstrada a predominância de serpentes terrestres e criptozóicas, diurnas, ovíparas e que possivelmente alimentam-se na sua maioria de anfíbios e lagartos. A Análise de Coordenadas Principais, análise de agrupamento, similaridade e padrão de distribuição das espécies dentre os biomas, mostram que a área estudada é mais similar a áreas abertas (Cerrado, Caatinga e Pantanal). A comunidade de serpentes de Castelo do Piauí sofre influência direta da fauna dos biomas Cerrado e Caatinga, de acordo com os estudos florísticos da área, apontando associação preferencial a taxocenoses de caatinga. As análises do PCO e de Agrupamento sugerem que a hipótese sobre composição mista das faunas de cerrado e caatinga, como apontada em outros trabalhos, possa ser conseqüência de análises inadequadas.

Composição, ecologia e história natural das serpentes de uma região de transição Amazônia - Cerrado, Mato grosso, Brasil

Este trabalho foi feito em formato de artigo de acordo com as normas da revista Biota Neotropica, foi desenvolvido na Fazenda Tanguro, localizada em uma região de transição Amazônia - Cerrado, município de Querência/ MT, com o objetivo de estudar a composição e história natural da comunidade de serpentes encontrada na região. Foram realizadas seis expedições a área de estudo, que resultaram no registro de 203 espécimes (194 capturas), distribuídos em 34 espécies, 26 gêneros e 8 famílias. Uma Estimativa baseada na incidência de espécies raras (Jackknife 1) indicou uma riqueza total de 38 espécies na área. As espécies mais abundantes foram Caudisona durissa (N=50), Philodryas olfersii (N=15), Philodryas nattereri (N=13), Xenodon rabdocephalus (N=12), Lachesis muta (N=10) e Liophis almadensis (N=10). Uma análise de Coordenadas Principais (PCO) demonstrou que as taxocenoses se sobrepõem, revelando uma tendência para a formação de três grupos distintos: taxocenoses amazônicas, Cerrado e Mata Atlântica. A composição de espécies na fazenda Tanguro apresentou-se intermediária em relação aos agrupamentos formados por espécies Amazônicas e de Cerrado, ocorrendo espécies tanto com ampla distribuição, como endêmicas dos biomas Cerrado ou Amazônico. O padrão de utilização de habitat da taxocenose é terrícola, seguido de semi-arboricolas e fossorial. Há predominância de espécies de serpentes generalistas quanto a alimentação. Na análise de agrupamentos ecológicos, foram observados quatro grupos funcionais, mostrando que a complexidade da taxocenose é explicada tanto por fatores ecológicos como históricos.

Florística e fitossociologia de Cerrado Sentido Restrito em regeneração natural no município de Pirassununga, estado de São Paulo

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estrutura da população e epidemiologia de Moniliophthora roreri no Magdalena Medio Colombiano

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Diversidade e estrutura genética de populações de batata da serra (Ipomoea serrana Sim.-Bianch. & L.V. Vasconcelos) da Chapada Diamantina, Bahia, utilizando marcadores ISSR

A batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianch. & L.V. Vasconcelos, é uma liana endêmica da Chapada Diamantina, Bahia, cuja raiz tuberosa e consumida por populações humanas ha muitos anos. Apesar da espécie, classificada como vulnerável pela IUCN (União Internacional para a Conservação da Natureza), estar submetida à pressão antrópica devido à exploração de raízes tuberosas, para uso na alimentação, são raros os estudos com a espécie, razão pela qual e de grande importância conhecer a diversidade e estrutura genética da espécie. Estudos sobre diversidade e estrutura genética a partir de marcadores moleculares são importantes por fornecerem dados sobre impactos da exploração antrópica sobre as populações, podendo oferecer subsídio para planos de manejo e conservação de espécie. Cinco populações da Chapada Diamantina, constituindo um total de 142 indivíduos, foram investigados com quatro iniciadores Inter Simple Sequence Repeats (ISSR), resultando em 34 bandas, das quais 25 foram polimórficas. A analise dos parâmetros genéticos mostrou que as populações apresentam variabilidade moderada, com 73,8% de bandas polimórficas, 0,264 de índice de diversidade de Nei e 0,389 de índice de Shannon (valores médios). A maior parte da variação ocorreu dentro das populações (77%), estimado pela analise de variância molecular (AMOVA), enquanto que a variação entre populações foi de 23%, o que corroborou os resultados de estruturação obtidos pelo programa Structure, analise de coordenadas principais (PCoA) e agrupamento estimado pelo método Neighbor-Joining, a partir do coeficiente de dissimilaridade de Jaccard. A analise Bayesiana separou os indivíduos em quatro grupos, sendo que as populações Andaraí e Capão foram alocadas em grupos distintos, enquanto as outras três populações compartilharam indivíduos distribuídos em outros dois grupos. Este estudo, por seu caráter pioneiro com relação aos marcadores moleculares, constituiu o primeiro passo para o conhecimento da diversidade genética da espécie. Estudos futuros poderão ampliar o conhecimento sobre a espécie podendo oferecer subsidio para a elaboração de um plano de manejo para esta espécie que tem sido explorada na região.

ESTRUTURA DO COMPONENTE DE REGENERAÇÃO NATURAL E ARBÓREO DE DOIS MANGUEZAIS NO ESTADO DO PARANÁ

Esse estudo avaliou comparativamente os parâmetros fitossociológicos da regeneração natural e da vegetação arbórea em dois manguezais distintos no Estado do Paraná, um pertencente à Baía de Paranaguá (manguezal de Antonina) e outro à Baía de Guaratuba (manguezal de Guaratuba). Em cada área, três subáreas foram marcadas e amostradas cinco parcelas de 10 x 10 m para avaliação do componente arbóreo e quinze subparcelas de 1 x 1 m para avaliação da regeneração natural. Avicennia schaueriana , Rhizophora mangle e Laguncularia racemosa exibiram domínio e densidade relativa distintos entre as áreas. Manguezais de Antonina e Guaratuba diferiram tanto na estrutura da regeneração natural como no componente arbóreo. A Análise de Coordenadas Principais (PCoA) mostrou que as diferenças entre as áreas em relação às variáveis abióticas do solo estão fortemente relacionadas com os parâmetros estruturais do componente arbóreo dos manguezais. Os fatores edáficos dos manguezais têm grande importância na separação entre as áreas, já que reflete na capacidade de adaptação das plantas.

Biotransformação de limoneno: uma revisão das principais rotas metabólicas

There is considerable progress in the study of the biotransformation of limonene. Extensive research on the biotransformation of limonene has resulted in the elucidation of new metabolic pathways. Natural flavors can be produced via biotransformation, satisfying consumer demand for natural products. This review presents some elements concerning the biotransformation of limonene with emphasis on the metabolic pathways. Some comments are also made on problems related to biocatalysis as well as on the application of some compounds originating from the biotransformation of the inexpensive limonene.

Espécies reativas de oxigênio e de nitrogênio, antioxidantes e marcadores de dano oxidativo em sangue humano: principais métodos analíticos para sua determinação

We review here the chemistry of reactive oxygen and nitrogen species, their biological sources and targets; particularly, biomolecules implicated in the redox balance of the human blood, and appraise the analytical methods available for their detection and quantification. Those biomolecules are represented by the enzymatic antioxidant defense machinery, whereas coadjutant reducing protection is provided by several low molecular weight molecules. Biomolecules can be injured by RONS yielding a large repertoire of oxidized products, some of which can be taken as biomarkers of oxidative damage. Their reliable determination is of utmost interest for their potentiality in diagnosis, prevention and treatment of maladies.