A continent revealed - The European Geotraverse - Link to Atlas of compiled data

The continent of Europe has a complex geological history of successive tectonic events. Over several thousand million years these have formed the present day configuration of major tectonic provinces. A Continent Revealed unravels this history by presenting and interpreting the results of the European Geotraverse (EGT) a unique study of the continent of Europe and the first comprehensive cross section of continental lithosphere. This illustrated book has been put together by key workers in the EGT project. It uses the wealth of information yielded by the ten years of experiments, study centres and workshops to provide a concise and thought provoking account of the geological processes that created the European continent. It provides a summary of the European Geotraverse, and at the same time a starting point for further work.

Controversy on the Free Energy of Formation of CaO Additional Evidence in Support of Thermochemical Data

The standard free energies of formation of CaO derived from a variety of high-temperature equilibrium measurements made by seven groups of experimentalists are significantly different from those given in the standard compilations of thermodynamic data. Indirect support for the validity of the compiled data comes from new solid-state electrochemical measurements using single-crystal CaF2 and SrF2 as electrolytes. The change in free energy for the following reactions are obtained: CaO + MgF2 --> MgO + CaF2 Delta G degrees = -68,050 -2.47 T(+/-100) J mol(-1) SrO + CaF2 --> SrF2 + CaO Delta G degrees = -35,010 + 6.39 T (+/-80) J mol(-1) The standard free energy changes associated with cell reactions agree with data in standard compilations within +/- 4 kJ mol(-1). The results of this study do not support recent suggestions for a major revision in thermodynamic data for CaO.

A compilation of global bio-optical in situ data for ocean-colour satellite applications

A compiled set of in situ data is important to evaluate the quality of ocean-colour satellite-data records. Here we describe the data compiled for the validation of the ocean-colour products from the ESA Ocean Colour Climate Change Initiative (OC-CCI). The data were acquired from several sources (MOBY, BOUSSOLE, AERONET-OC, SeaBASS, NOMAD, MERMAID, AMT, ICES, HOT, GeP&CO), span between 1997 and 2012, and have a global distribution. Observations of the following variables were compiled: spectral remote-sensing reflectances, concentrations of chlorophyll a, spectral inherent optical properties and spectral diffuse attenuation coefficients. The data were from multi-project archives acquired via the open internet services or from individual projects, acquired directly from data providers. Methodologies were implemented for homogenisation, quality control and merging of all data. No changes were made to the original data, other than averaging of observations that were close in time and space, elimination of some points after quality control and conversion to a standard format. The final result is a merged table designed for validation of satellite-derived ocean-colour products and available in text format. Metadata of each in situ measurement (original source, cruise or experiment, principal investigator) were preserved throughout the work and made available in the final table. Using all the data in a validation exercise increases the number of matchups and enhances the representativeness of different marine regimes. By making available the metadata, it is also possible to analyse each set of data separately. The compiled data are available at doi: 10.1594/PANGAEA.854832 (Valente et al., 2015).

Potential soil carbon sequestration in overgrazed grassland ecosystems

Excessive grazing pressure is detrimental to plant productivity and may lead to declines in soil organic matter. Soil organic matter is an important source of plant nutrients and can enhance soil aggregation, limit soil erosion, and can also increase cation exchange and water holding capacities, and is, therefore, a key regulator of grassland ecosystem processes. Changes in grassland management which reverse the process of declining productivity can potentially lead to increased soil C. Thus, rehabilitation of areas degraded by overgrazing can potentially sequester atmospheric C. We compiled data from the literature to evaluate the influence of grazing intensity on soil C. Based on data contained within these studies, we ascertained a positive linear relationship between potential C sequestration and mean annual precipitation which we extrapolated to estimate global C sequestration potential with rehabilitation of overgrazed grassland. The GLASOD and IGBP DISCover data sets were integrated to generate a map of overgrazed grassland area for each of four severity classes on each continent. Our regression model predicted losses of soil C with decreased grazing intensity in drier areas (precipitation less than 333 mm yr(-1)), but substantial sequestration in wetter areas. Most (93%) C sequestration potential occurred in areas with MAP less than 1800 mm. Universal rehabilitation of overgrazed grasslands can sequester approximately 45 Tg C yr(-1), most of which can be achieved simply by cessation of overgrazing and implementation of moderate grazing intensity. Institutional level investments by governments may be required to sequester additional C.

História da pescaria de camarāo de águas pouco produndas no Banco de Sofala

This work compiled data and information previously reported on the shrimp fishery and stock, since the beginning of commercial fishery in 1965. It includes a fishery description, the evolution of the fishing effort, landing and catch rates. The main historical management measures implemented in the fishery are also described, which includes the licensing regime, minimum mesh size requirements, closed seasons and total allowable catch. The methodologies used for stock assessment are also presented.

Geotecnia urbana da zona ribeirinha de Vila Nova de Gaia: criação de uma base de dados SIG geotécnica

O presente trabalho apresenta os resultados dos estudos geotécnicos e de uma base de dados da zona ribeirinha de Vila Nova de Gaia, com o objectivo de compreender melhor os aspectos geotécnicos em ambiente urbano numa área sensível com um registo histórico de instabilidade de taludes rochosos. Além disso, os escassos estudos científicos recentes de natureza geológica e geotécnica em Vila Nova de Gaia justificam o estudo exploratório da geotecnia urbana da zona ribeirinha de Vila Nova de Gaia. A importância de Vila Nova de Gaia como a terceira maior cidade portuguesa e como centro de intensa actividade económica e cultural despoleta uma constante necessidade de expansão. O aumento da densidade populacional acarreta a realização de projectos complexos de engenharia, utilizando o subsolo para a construção e, com frequência, em terrenos com características geotécnicas desfavoráveis. As cidades de Vila Nova de Gaia e do Porto foram sendo edificadas ao longo de encostas numa plataforma litoral caracterizada por uma vasta área aplanada, inclinando ligeiramente para Oeste. Esta plataforma foi cortada pelo Rio Douro num vale encaixado de vertentes abruptas, nas quais se localizam as zonas ribeirinhas das duas cidades. Este trabalho envolveu, inicialmente, uma caracterização topográfica, morfoestrutural, geotectónica e geomecânica da área de estudo e, numa fase posterior, o desenvolvimento duma base de dados geotécnica. Todos os dados geológicos e geotécnicos locais e os estudos geotécnicos levados a cabo in situ pelas diversas empresas e instituições foram representados cartograficamente numa base apoiada pelos Sistemas de Informação Geográfica (SIG). Esta metodologia inter‐disciplinar foi de grande valor para um melhor conhecimento dos riscos geológico‐geotécnicos ao longo das margens do Rio Douro. De facto, a cartografia geotécnica da zona ribeirinha de Vila Nova de Gaia deve constituir uma ferramenta importante para uma previsão mais rigorosa de futuras instabilidades de taludes e um bom instrumento para a gestão do espaço urbano.

Cartografia de zonamento geotécnico no apoio ao planeamento e valorização da exploração do georrecurso: o caso do maciço rochoso da Curviã (Joane)

Este trabalho centra-se no estudo do aproveitamento expectável do maciço rochoso da pedreira da Curviã N.o 2 (Joane, Vila Nova de Famalicão, no N Portugal), através da obtenção de um bloco unitário tipo que forneça indicações para a exploração do recurso geológico para fins industriais e/ou ornamentais. Desta forma, investiga-se se num dado limite de zona geotécnica do maciço rochoso e propicio a obtenção de blocos com dimensão, avaliados apos o processo de transformação, nomeadamente, para enrocamento em obras marítimas ou balastro em obras ferroviárias. Foram seleccionados diversos afloramentos, tendo-se recorrido a técnica de amostragem linear as superfícies expostas do maciço. Esta técnica e uma das formas mais expeditas de coligir dados geológico-geotécnicos relativos as descontinuidades. Procedeu-se, ainda, a um tratamento estatístico das descontinuidades, bem como dos parâmetros geológico-geotécnicos e geomecânicos a estas associadas, propostos pela Sociedade Internacional de Mecânica das Rochas (ISRM). Todos os dados foram representados cartograficamente numa base apoiada pelos Sistemas de Informação Geográfica (SIG) e utilizadas as ferramentas de geologia estrutural, analise morfotectónica, modelação digital de terreno e cartografia de zonamento geotécnico. O zonamento geotécnico do maciço granítico foi realizado sempre em estreita ligação com o conhecimento das características do maciço ”in situ”. Pretende-se que esta metodologia contribua para um melhor conhecimento da compartimentação dos maciços rochosos em geral e, em particular, do modelo geotécnico comportamental do maciço rochoso da Curviã N.o2.

Pressions et stratégies dans la formation professionnelle universitaire : le cas de la formation des directions d’établissement scolaire du Québec (1988-1989 à 2008-2009)

La multiplication des formations professionnelles universitaires (FPU) a poussé plusieurs chercheurs à s’intéresser aux caractéristiques de ces formations, leur perméabilité à une multitude de pressions étant l’une des plus fréquemment relevées. Ainsi, les unités responsables de FPU sont confrontées à des pressions diverses et souvent contradictoires. Si les écrits scientifiques sur les FPU témoignent bien de cette réalité, ceux-ci nous informent moins bien de la manière dont les unités responsables de ce type de formation répondent à ces pressions. Cette thèse a donc fait appel à plusieurs concepts de l’approche institutionnelle issue de la sociologie des organisations pour analyser l’évolution récente de la FPU destinée aux directions d’établissement scolaire (DES) du Québec, un champ qui a connu d’importantes transformations au cours des vingt-cinq dernières années. Construite sur une étude de cas interprétative dite à « unités enchâssées » (Yin, 2003), cette thèse s’est intéressée à l’évolution de cette formation dans deux unités universitaires francophones : le Département d’administration et fondements de l’éducation de l’Université de Montréal et le Département de gestion de l’éducation et de la formation de l’Université de Sherbrooke. Couvrant la période allant des années universitaires 1988-1989 à 2008-2009, elle repose sur une analyse du discours produit par les deux unités sélectionnées, et, dans une moindre mesure, par les organisations qui composent le champ organisationnel de la formation des DES au Québec. Pour ce faire, trois corpus documentaires distincts ont été assemblés et une série d’entrevues (dix par unités) ont été réalisées auprès d’informateurs-clés (doyens, directeurs de département/section, responsables de formation). Les résultats montrent comment ces unités tendent à se rendre isomorphes à leur environnement, et comment cela se fait en réponse à des pressions institutionnelles et de compétition diverses émanant d’un champ organisationnel en pleine transformation. En fait, poussée par des changements plus profonds touchant l’administration scolaire, cette transformation amène un champ organisationnel plus structuré, où les attentes concernant la FPU destinée aux DES sont plus explicites. Cela n’est pas sans conséquence sur l’évolution de la formation dans les deux unités. En effet, celle-ci connaît des changements importants, dont plusieurs convergent autour d’une logique de professionnalisation, d’un archétype spécifique de formation (un continuum de formation de 2e cycle, au cœur duquel se trouve un diplôme de deuxième cycle) et d’outils conséquents (conditions d’admission et populations étudiantes élargies; flexibilité dans la structure du programme et professionnalisation des activités; équipes enseignantes plus diversifiées). Les deux unités n’apparaissent cependant pas impuissantes devant ces pressions. Les résultats témoignent d’un certain niveau d’agence des deux unités, qui déploient un éventail de stratégies en réaction à ces pressions. Ces stratégies évoluent au cours de la période observée et visent surtout à gérer la situation de « pluralisme institutionnel » à laquelle elles sont confrontées, notamment entre les pressions externes de nature plus professionnalisantes, et les pressions intraorganisationnelles de nature plus académisantes. Ainsi, plusieurs des stratégies et tactiques composant la typologie d’Oliver (1991) ont été observées, les stratégies de compromis et de manipulation occupant, dans les deux unités, une place de plus en plus importante au gré de l’évolution du champ. La mise en œuvre de ces stratégies vise surtout à maintenir la légitimité de leur offre de formation devant des pressions plurielles et parfois contradictoires. Les résultats montrent aussi que la nature de l’entrepreneuriat institutionnel en place détermine en grande partie les stratégies qu’elles déploient. Cet « entrepreneuriat » est au cœur de l’évolution de la formation. Cependant, les résultats montrent aussi comment celui-ci est en partie contraint ou, a contrario, stimulé par les choix historiques qui ont été faits par les unités et leur université, et par l’empreinte et les dépendances de sentier qui en découlent. Ces résultats apportent un éclairage « institutionnaliste » sur la manière dont deux unités universitaires ont réagi, à une période donnée, aux pressions diverses provenant de leur environnement. Ils brossent un portrait complexe et nuancé qui vient à la fois (1) approfondir notre compréhension de cette spécificité des FPU, (2) approfondir notre compréhension de l’évolution récente de la FPU destinée aux DES québécoises, et (3) confirmer la puissance d’analyse de plusieurs concepts tirés de l’approche institutionnelle.

Classification et relations entre les traits fonctionnels des crustacés zooplanctoniques : de l’organisme à l’écosystème

Les écologistes reconnaissent depuis longtemps que les organismes sont soutenus par le flux, l’emmagasinage et le renouvellement d’énergie et de matériel de l’écosystème, puisqu’ils sont nécessaires au métabolisme biologique et à la construction de biomasse. L’importance des organismes dans la régularisation des processus écosystémiques est maintenant de plus en plus considérée. Situé au centre des chaînes trophiques aquatiques, le zooplancton influence les flux d’énergie et de matériel dans les écosystèmes. Plusieurs de leurs caractéristiques sont connues comme étant de bons indicateurs de leur effet sur l’environnement, notamment leur taille, contenu corporel et taux métabolique. La plupart de ces caractéristiques peuvent être appelées « traits fonctionnels ». Alors que l’emploi des traits devient de plus en plus populaire en écologie des communautés aquatiques, peu ont su utiliser cette approche afin de concrètement lier la structure des communautés zooplanctoniques aux processus écosystémiques. Dans cette étude, nous avons colligé les données provenant d’une grande variété de littérature afin de construire une base de données sur les traits du zooplancton crustacé contribuant directement ou indirectement aux flux de C, N et P dans les écosystèmes. Notre méta-analyse a permis d’assembler plus de 9000 observations sur 287 espèces et d’identifier par le fait même ce qu’il manque à nos connaissances. Nous avons examiné une série de corrélations croisées entre 16 traits, dont 35 étaient significatives, et avons exploré les relations entre les unités taxonomiques de même qu’entre les espèces marines et d’eaux douces. Notre synthèse a entre autres révélé des patrons significativement différents entre le zooplancton marin et dulcicole quant à leur taux de respiration et leur allométrie (masse vs. longueur corporelle). Nous proposons de plus une nouvelle classification de traits liant les fonctions des organismes à celles de l’écosystème. Notre but est d’offrir une base de données sur les traits du zooplancton, des outils afin de mieux lier les organismes aux processus écosystémiques et de stimuler la recherche de patrons généraux et de compromis entre les traits.

Identification de caractéristiques communes et rares dans les ARN structurés dans la base de données Rfam

Les ARN non codants (ARNnc) sont des transcrits d'ARN qui ne sont pas traduits en protéines et qui pourtant ont des fonctions clés et variées dans la cellule telles que la régulation des gènes, la transcription et la traduction. Parmi les nombreuses catégories d'ARNnc qui ont été découvertes, on trouve des ARN bien connus tels que les ARN ribosomiques (ARNr), les ARN de transfert (ARNt), les snoARN et les microARN (miARN). Les fonctions des ARNnc sont étroitement liées à leurs structures d’où l’importance de développer des outils de prédiction de structure et des méthodes de recherche de nouveaux ARNnc. Les progrès technologiques ont mis à la disposition des chercheurs des informations abondantes sur les séquences d'ARN. Ces informations sont accessibles dans des bases de données telles que Rfam, qui fournit des alignements et des informations structurelles sur de nombreuses familles d'ARNnc. Dans ce travail, nous avons récupéré toutes les séquences des structures secondaires annotées dans Rfam, telles que les boucles en épingle à cheveux, les boucles internes, les renflements « bulge », etc. dans toutes les familles d'ARNnc. Une base de données locale, RNAstem, a été créée pour faciliter la manipulation et la compilation des données sur les motifs de structure secondaire. Nous avons analysé toutes les boucles terminales et internes ainsi que les « bulges » et nous avons calculé un score d’abondance qui nous a permis d’étudier la fréquence de ces motifs. Tout en minimisant le biais de la surreprésentation de certaines classes d’ARN telles que l’ARN ribosomal, l’analyse des scores a permis de caractériser les motifs rares pour chacune des catégories d’ARN en plus de confirmer des motifs communs comme les boucles de type GNRA ou UNCG. Nous avons identifié des motifs abondants qui n’ont pas été étudiés auparavant tels que la « tetraloop » UUUU. En analysant le contenu de ces motifs en nucléotides, nous avons remarqué que ces régions simples brins contiennent beaucoup plus de nucléotides A et U. Enfin, nous avons exploré la possibilité d’utiliser ces scores pour la conception d’un filtre qui permettrait d’accélérer la recherche de nouveaux ARN non-codants. Nous avons développé un système de scores, RNAscore, qui permet d’évaluer un ARN en se basant sur son contenu en motifs et nous avons testé son applicabilité avec différents types de contrôles.