Sur une méthode algorithmique de synthése d'une machine séquentielle

Dans le problème de la synthèse d'une machine séquentielle, on peut, grosso modo, distinguer trois étapes : le passage des données du système à construire à la représentation tabulée (table de fluence ou table des phases, dans le cas d'un système asynchrone);le codage des états internes de cette table (de façon,dans le cas d'une machine synchrone, à obtenir si possible une décomposition en sous-machines, et,dans le cas d'une machine asynchrone, de façon à éviter les phénomènes de courses et d'aléas); enfin,l'écriture des équations et le dessin du schéma logique de la machine (en essayant par exemple de minimaliser le nombre de composants nécessaires à la. réalisation du circuit).

Algorithmique et complexité des systèmes à compteurs

Réalisé en cotutelle avec l'École normale supérieure de Cachan – Université Paris-Saclay

Une approche algorithmique des difficultés de raisonnement clinique : étude d’utilité, d’acceptabilité et de faisabilité

Résumé: INTRODUCTION Si les cliniciens enseignants détectent aisément les difficultés des apprenants, ils sont souvent peu outillés pour les étapes subséquentes, du diagnostic à la remédiation. Quoique des outils aient été développés pour les guider face aux difficultés de raisonnement clinique de leurs apprenants, ces outils peuvent être moins familiers des cliniciens et moins adaptés à des contextes de supervision ponctuelle et de soins aigus comme l’urgence. Nous avons donc développé une application algorithmique, à partir de la taxonomie d’Audétat et al. (2010), pour guider les cliniciens enseignants juste-à-temps face aux difficultés de raisonnement clinique. MÉTHODOLOGIE Une étude descriptive interprétative a été réalisée afin d’évaluer l’utilité, l’acceptabilité et la faisabilité d’utiliser cette application à l’urgence. Des entrevues semi-dirigées ont été menées auprès d’un échantillon de convenance de douze urgentistes, avant et après une période d’essai de l’outil de trois mois. RÉSULTATS L’application a été perçue comme particulièrement utile pour préciser les difficultés de raisonnement clinique des apprenants. Utiliser l’outil a été considérée acceptable et faisable en contexte d’urgence, en particulier grâce au format mobile. DISCUSSION Ces résultats suggèrent que l’outil peut être considéré utile pour faciliter l’identification des difficultés des apprenants, mais aussi pour offrir un soutien professoral accessible. Le format mobile et algorithmique semble avoir été un facteur facilitant, ce format étant déjà utilisé par les cliniciens pour consulter ponctuellement de l’information lors de la résolution de problèmes cliniques. CONCLUSION L’étude a démontré globalement une bonne utilité, acceptabilité et faisabilité de l’outil dans un contexte de supervision ponctuelle en soins aigus, ce qui soutient son utilisation par les cliniciens enseignants dans ce contexte. L’étude corrobore également l’intérêt d’un format mobile et algorithmique pour favoriser le transfert de connaissances en pédagogie médicale.

Algorithmique et complexité des systèmes à compteurs

Réalisé en cotutelle avec l'École normale supérieure de Cachan – Université Paris-Saclay

Regularization and Bang-bang conjugate times in optimal control

Consideramos o problema de controlo óptimo de tempo mínimo para sistemas de controlo mono-entrada e controlo afim num espaço de dimensão finita com condições inicial e final fixas, onde o controlo escalar toma valores num intervalo fechado. Quando aplicamos o método de tiro a este problema, vários obstáculos podem surgir uma vez que a função de tiro não é diferenciável quando o controlo é bang-bang. No caso bang-bang os tempos conjugados são teoricamente bem definidos para este tipo de sistemas de controlo, contudo os algoritmos computacionais directos disponíveis são de difícil aplicação. Por outro lado, no caso suave o conceito teórico e prático de tempos conjugados é bem conhecido, e ferramentas computacionais eficazes estão disponíveis. Propomos um procedimento de regularização para o qual as soluções do problema de tempo mínimo correspondente dependem de um parâmetro real positivo suficientemente pequeno e são definidas por funções suaves em relação à variável tempo, facilitando a aplicação do método de tiro simples. Provamos, sob hipóteses convenientes, a convergência forte das soluções do problema regularizado para a solução do problema inicial, quando o parâmetro real tende para zero. A determinação de tempos conjugados das trajectórias localmente óptimas do problema regularizado enquadra-se na teoria suave conhecida. Provamos, sob hipóteses adequadas, a convergência do primeiro tempo conjugado do problema regularizado para o primeiro tempo conjugado do problema inicial bang-bang, quando o parâmetro real tende para zero. Consequentemente, obtemos um algoritmo eficiente para a computação de tempos conjugados no caso bang-bang.

Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités

Les gènes sont les parties du génome qui codent pour les protéines. Les gènes d’une ou plusieurs espèces peuvent être regroupés en "familles", en fonction de leur similarité de séquence. Cependant, pour connaître les relations fonctionnelles entre ces copies de gènes, la similarité de séquence ne suffit pas. Pour cela, il est important d’étudier l’évolution d’une famille par duplications et pertes afin de pouvoir distinguer entre gènes orthologues, des copies ayant évolué par spéciation et susceptibles d’avoir conservé une fonction commune, et gènes paralogues, des copies ayant évolué par duplication qui ont probablement développé des nouvelles fonctions. Étant donnée une famille de gènes présents dans n espèces différentes, un arbre de gènes (obtenu par une méthode phylogénétique classique), et un arbre phylogénétique pour les n espèces, la "réconciliation" est l’approche la plus courante permettant d’inférer une histoire d’évolution de cette famille par duplications, spéciations et pertes. Le degré de confiance accordé à l’histoire inférée est directement relié au degré de confiance accordé à l’arbre de gènes lui-même. Il est donc important de disposer d’une méthode préliminaire de correction d’arbres de gènes. Ce travail introduit une méthodologie permettant de "corriger" un arbre de gènes : supprimer le minimum de feuilles "mal placées" afin d’obtenir un arbre dont les sommets de duplications (inférés par la réconciliation) sont tous des sommets de "duplications apparentes" et obtenir ainsi un arbre de gènes en "accord" avec la phylogénie des espèces. J’introduis un algorithme exact pour des arbres d’une certaine classe, et une heuristique pour le cas général.

Étude de la formation et de l'évolution de nanostructures par méthodes Monte Carlo

Cette thèse, composée de quatre articles scientifiques, porte sur les méthodes numériques atomistiques et leur application à des systèmes semi-conducteurs nanostructurés. Nous introduisons les méthodes accélérées conçues pour traiter les événements activés, faisant un survol des développements du domaine. Suit notre premier article, qui traite en détail de la technique d'activation-relaxation cinétique (ART-cinétique), un algorithme Monte Carlo cinétique hors-réseau autodidacte basé sur la technique de l'activation-relaxation nouveau (ARTn), dont le développement ouvre la voie au traitement exact des interactions élastiques tout en permettant la simulation de matériaux sur des plages de temps pouvant atteindre la seconde. Ce développement algorithmique, combiné à des données expérimentales récentes, ouvre la voie au second article. On y explique le relâchement de chaleur par le silicium cristallin suite à son implantation ionique avec des ions de Si à 3 keV. Grâce à nos simulations par ART-cinétique et l'analyse de données obtenues par nanocalorimétrie, nous montrons que la relaxation est décrite par un nouveau modèle en deux temps: "réinitialiser et relaxer" ("Replenish-and-Relax"). Ce modèle, assez général, peut potentiellement expliquer la relaxation dans d'autres matériaux désordonnés. Par la suite, nous poussons l'analyse plus loin. Le troisième article offre une analyse poussée des mécanismes atomistiques responsables de la relaxation lors du recuit. Nous montrons que les interactions élastiques entre des défauts ponctuels et des petits complexes de défauts contrôlent la relaxation, en net contraste avec la littérature qui postule que des "poches amorphes" jouent ce rôle. Nous étudions aussi certains sous-aspects de la croissance de boîtes quantiques de Ge sur Si (001). En effet, après une courte mise en contexte et une introduction méthodologique supplémentaire, le quatrième article décrit la structure de la couche de mouillage lors du dépôt de Ge sur Si (001) à l'aide d'une implémentation QM/MM du code BigDFT-ART. Nous caractérisons la structure de la reconstruction 2xN de la surface et abaissons le seuil de la température nécessaire pour la diffusion du Ge en sous-couche prédit théoriquement par plus de 100 K.

Une signature du polymorphisme structural d’acides ribonucléiques non-codants permettant de comparer leurs niveaux d’activités biochimiques

Des évidences expérimentales récentes indiquent que les ARN changent de structures au fil du temps, parfois très rapidement, et que ces changements sont nécessaires à leurs activités biochimiques. La structure de ces ARN est donc dynamique. Ces mêmes évidences notent également que les structures clés impliquées sont prédites par le logiciel de prédiction de structure secondaire MC-Fold. En comparant les prédictions de structures du logiciel MC-Fold, nous avons constaté un lien clair entre les structures presque optimales (en termes de stabilité prédites par ce logiciel) et les variations d’activités biochimiques conséquentes à des changements ponctuels dans la séquence. Nous avons comparé les séquences d’ARN du point de vue de leurs structures dynamiques afin d’investiguer la similarité de leurs fonctions biologiques. Ceci a nécessité une accélération notable du logiciel MC-Fold. L’approche algorithmique est décrite au chapitre 1. Au chapitre 2 nous classons les impacts de légères variations de séquences des microARN sur la fonction naturelle de ceux-ci. Au chapitre 3 nous identifions des fenêtres dans de longs ARN dont les structures dynamiques occupent possiblement des rôles dans les désordres du spectre autistique et dans la polarisation des œufs de certains batraciens (Xenopus spp.).

Galois lattice dynamics

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

De computatione quantica

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Galois lattice dynamics

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

De computatione quantica

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.