Molecular protein function prediction using sequence similarity-based and similarity-free approaches

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Molecular protein function prediction using sequence similarity-based and similarity-free approaches

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

A proposed validation framework for expert elicited Bayesian Networks

The popularity of Bayesian Network modelling of complex domains using expert elicitation has raised questions of how one might validate such a model given that no objective dataset exists for the model. Past attempts at delineating a set of tests for establishing confidence in an entirely expert-elicited model have focused on single types of validity stemming from individual sources of uncertainty within the model. This paper seeks to extend the frameworks proposed by earlier researchers by drawing upon other disciplines where measuring latent variables is also an issue. We demonstrate that even in cases where no data exist at all there is a broad range of validity tests that can be used to establish confidence in the validity of a Bayesian Belief Network.

La relation complexe du juge et de l'expert-psychiatre

L'expertise psychiatrique est requise au tribunal dans plusieurs situations juridiques tant en matière criminelle que civile et elle est soumise aux mêmes règles de preuve que n'importe quelle expertise. Pourtant, la psychiatrie et son objet sont tout à fait particuliers. La relation que peuvent entretenir le juge et l'expert-psychiatre est teintée par plusieurs éléments de nature sociale et professionnelle, mais aussi simplement juridique et procédural. Alors que les juristes parlent de cette relation comme d'une usurpation du rôle du juge par l'expert-psychiatre, les psychiatres, au contraire, croient que leur expertise est totalement pervertie dans le processus judiciaire. Mais la réalité n'est pourtant pas univoque: si l'expertise psychiatrique est de façon générale une preuve parmi les autres, elle peut également occuper une place centrale dans le mécanisme décisionnel.

QL-CONST1: an expert system for quality level prediction in concrete structures

Current trends in the fields of artifical intelligence and expert systems are moving towards the exciting possibility of reproducing and simulating human expertise and expert behaviour into a knowledge base, coupled with an appropriate, partially ‘intelligent’, computer code. This paper deals with the quality level prediction in concrete structures using the helpful assistance of an expert system, QL-CONST1, which is able to reason about this specific field of structural engineering. Evidence, hypotheses and factors related to this human knowledge field have been codified into a knowledge base. This knowledge base has been prepared in terms of probabilities of the presence of either hypotheses or evidence and the conditional presence of both. Human experts in the fields of structural engineering and the safety of structures gave their invaluable knowledge and assistance to the construction of the knowledge base. Some illustrative examples for, the validation of the expert system behaviour are included.

Automated 3D mapping & shape analysis of the lateral ventricles via fluid registration of multiple surface-based atlases

We developed and validated a new method to create automated 3D parametric surface models of the lateral ventricles, designed for monitoring degenerative disease effects in clinical neuroscience studies and drug trials. First we used a set of parameterized surfaces to represent the ventricles in a manually labeled set of 9 subjects' MRIs (atlases). We fluidly registered each of these atlases and mesh models to a set of MRIs from 12 Alzheimer's disease (AD) patients and 14 matched healthy elderly subjects, and we averaged the resulting meshes for each of these images. Validation experiments on expert segmentations showed that (1) the Hausdorff labeling error rapidly decreased, and (2) the power to detect disease-related alterations monotonically improved as the number of atlases, N, was increased from 1 to 9. We then combined the segmentations with a radial mapping approach to localize ventricular shape differences in patients. In surface-based statistical maps, we detected more widespread and intense anatomical deficits as we increased the number of atlases, and we formulated a statistical stopping criterion to determine the optimal value of N. Anterior horn anomalies in Alzheimer's patients were only detected with the multi-atlas segmentation, which clearly outperformed the standard single-atlas approach.

Caractérisation de la SERPINA1, une antiprotéase différentiellement exprimée dans le cancer épithélial de l’ovaire

Le cancer épithélial de l’ovaire est le cancer gynécologique le plus létal. La survie à 5 ans est de 30-40% chez les patientes atteintes d’une tumeur invasive (TOV), comparativement à 95% chez les patientes diagnostiquées pour une tumeur à faible potentiel de malignité ou borderline (LMP). Au laboratoire, l’analyse de l’expression des gènes de la micropuce à ADN U133 d’Affymetrix a révélé que la SERPINA1 est un gène dont l’expression varie entre les tumeurs LMP et TOV. La validation par Q-PCR nous a confirmé que cette antiprotéase est majoritairement surexprimée dans les tumeurs LMP, par rapport aux tumeurs bénignes (BOV) et aux tumeurs TOV. Nous avons donc surexprimé la SERPINA1 dans les lignées cellulaires invasives TOV 112D et TOV 1946 du cancer de l’ovaire et dérivé des clones stables. Les résultats obtenus nous indiquent que la surexpression de la SERPINA1 a un effet sur la capacité d’invasion et de migration cellulaire et non au niveau de la croissance cellulaire et la formation de structures tridimensionnelles. Les résultats issus de l’étude in vivo dans les souris SCID nous permettront de déterminer si la surexpression de la SERPINA1 a un effet sur la tumorigénèse ovarienne. Ainsi, la SERPINA1 demeure à notre avis un candidat d’intérêt pour tenter de mieux comprendre les différences biologiques entre les tumeurs LMP et TOV, ainsi que le rôle des protéases et de leurs inhibiteurs dans la progression tumorale du cancer de l’ovaire.

L'hagiographie pataphysique : enjeux de l'ethos dans les Vies de Saints du Calendrier

RÉSUMÉ Forme littéraire développée dès les débuts du IVe siècle, l’hagiographie, plus tard sanctionnée par l’Église catholique romaine, se déploie avec tout le rituel et le décorum requis par le genre institué, dévoilant les modalités du savoir et du croire qui la distingue. Cette forme fixe fut réactivée, contre toute attente, dans une somme étoffée durant la seconde moitié du XXe siècle par le Collège de ‘Pataphysique, aréopage de philosophes, littérateurs et plasticiens, qui n’est pas un conclave d’excentriques, pas davantage qu’un nouvel « isme », mais une institution qui résolument emblématise la Science. Ce réemploi générique de l’hagiographie est caractérisé par une hétérogénéité bien peu canonique s’inscrivant dans une continuité problématique par rapport au sous-texte. Une première traversée du Calendrier inviterait à croire à une entreprise parodique et iconoclaste. La parodie, qui est aussi une imitation, pose un problème de visée. Le second degré de Gérard Genette implique deux grands régimes discursifs : le sérieux (le sérieux proprement dit et le satirique) et le ludique. Ces régimes nous ont été utiles pour arrimer la question de l’humour. Il y a là en somme deux possibilités, soit la parodie sérieuse conduisant à ridiculiser l’hagiographie et le Calendrier des Saints qui seraient sérieusement visés, néantisés, tournés en dérision; soit la parodie ludique, à portée nulle, simple jeu, farce farfelue, « pour rire ». Or, nous avons tenté de démontrer dans ce mémoire que, même s’il y a lieu d’avancer des arguments en faveur de l’un et de l’autre type de parodie, le partage ne fonctionne pas, précisément peut-être parce qu’il est possible de montrer à la fois que c’est sérieux et pas sérieux. Dans un troisième temps, on peut aussi faire la démonstration que le pas-sérieux est sérieux. Les jeux de mots, d’homophonie n’engagent-ils pas le Verbe? L’imitation impossible ne réfléchit-elle pas les imitabile de la Sainte Église? La situation énonciatrice tributaire de l’hagiographie pataphysique est non différentiable d’un souci de didactisme qui place la composante moralisatrice au centre des enjeux discursifs. Elle induit de ce fait des attentes en matière d’ethos consistant à mettre au même diapason une représentation sociale de l’énonciateur et une représentation intradiscursive au ton didactique. Elle adjoint un autre ton, savant celui-là, érudit, qui vient défaire la belle convergence et fait disjoncter la rhétorique du genre. Cette rhétoricité problématique de l’hagiographie pataphysique a été abordée sous l’angle de l’ethos. L’ethos est l’instance de validation par laquelle nous renvoyons non pas au caractère de l’orateur, mais, suivant en cela Dominique Maingueneau, au type de parole engendrée par le discours et qui, en retour, rend ce discours crédible. Que devient cette instance lorsque la visée persuasive du discours est remise en question, que l’ethos se démultiplie de façon hétérogène sans véritablement assurer la cohésion du propos ni garantir sa portée? La parodie posant incidemment un problème de visée, est-ce du côté d’un ethos parodique que se trouve la réponse? Il nous a convenu de mesurer, d’articuler, de déplacer cette postulation. Nous nous sommes saisi, pour les besoins de notre argumentation, d’une discipline historiquement lourde d’investissement théorique, soit la rhétorique. Celle-ci constitue à la fois une méthode de composition d’un discours reposant sur des lieux susceptibles de susciter l’adhésion et l’émulation de l’énonciataire et une méthode d’analyse. Guidé par une définition étendue du texte, traversant les littératures non narrative et narrative, il nous a importé enfin de restituer la pratique cymbaliste à partir d’un corpus qui est resté l’apanage du « seul » pataphysicien. Nous nous sommes ainsi situé dans l’horizon plus global de la réceptivité d’un discours qui évacue l’idéologique, qui jamais ne se laisse saisir tout à fait, ni enferrer par le fétiche du sens au profit des potentialités qu’il recèle, et cela à partir d’axiomes arbitraires soumis à l’unique exigence de cohérence interne.

Mercure, arsenic et sélénium au Burkina Faso : bioaccumulation, transfert trophique dans les systèmes aquatiques et évaluation de bioaccessibilité chez les humains

L’extraction aurifère est l’une des activités humaines qui a fortement accru l’émission de contaminants métalliques dans l’environnement. Le mercure (Hg), l’arsenic (As) et le sélénium (Se) sont 3 polluants métalliques de grande toxicité environnementale. En milieu aquatique, ils peuvent subir des transformations menant à des composés capables de bioaccumulation et de bioamplification. Il peut en résulter des concentrations 106 fois celle mesurée dans l’eau chez les poissons et les organismes situés en haut des chaînes alimentaires posant de ce fait de graves menaces pour la santé de ces organismes ainsi que leurs consommateurs y compris les humains. Cette étude a évalué les teneurs en Hg, As et Se dans les milieux aquatiques au Burkina Faso, une région d’Afrique sub-saharienne soumise à une exploitation minière intensive. Le risque potentiel pour les organismes aquatiques et les humains a été évalué en considérant les effets des interactions antagonistes Se/Hg et As/Se. La bioaccumulation et le transfert du Hg et du Se dans les réseaux trophiques sont également décrits. L’exposition au Hg de poissons par les humains a été également évalué au laboratoire par mesure de la bioaccessibilité comme équivalent de la biodisponibilité par simulation de la digestion humaine. En général, les milieux aquatiques étudiés étaient peu affectés par ces 3 métal(loïd)s bien que certaines espèces de poisson issus des réservoirs les plus profonds indiquent des teneurs de Hg au dessus de 500 ngHg/g (poids frais) recommandé par l’OMS. Ces niveaux sont susceptibles de présenter des risques toxicologiques pour les poissons et pour leurs consommateurs. En considérant l’antagonisme Se/Hg, 99 % des échantillons de poisson seraient moins exposés à la toxicité du Hg dû à la présence simultanée du sélénium dans le milieu et pourraient être consommés sans risque. Cependant, les effets potentiels de l’antagonisme As/Se pourraient réduire les effets bénéfiques du Se et ramener cette proportion à 83 %. L’application des mesures de signatures en isotopes stables d’azote (δ15N) et de carbone (δ13C) des organismes aquatiques a permis le traçage des voies de transfert du Hg et du Se dans les réseaux trophiques. On y observe des chaînes trophiques très courtes (3 - 4 niveaux trophiques) et des poissons majoritairement benthiques. L’approche isotopique n’a cependant pas permis de détecter les variations saisonnières des niveaux de contamination en Hg des poissons. L’exploration des contenus stomacaux des poissons a permis de mieux expliquer la baisse des concentrations en Hg et Se observées chez certains poissons au cours de la saison sèche en lien avec la variation de la composition des proies que l’analyse isotopique n’a pas cerné. L’étude suggère que l’analyse de contenus stomacaux ainsi que l’étude de la dynamique des communautés d’invertébrés couplées à celle des métaux pourraient améliorer la compréhension du fonctionnement des écosystèmes étudiés. Enfin, l’évaluation expérimentale de l’exposition au Hg indique que les modes de traitement avant consommation ainsi que l’usage de composés alimentaires tels le thé, le café lors de repas de poisson par certaines communautés humaines ont un impact sur la bioaccessibilité du Hg de poisson. Ces résultats, sous réserve de validation par des modèles animaux, suggèrent la prise en compte des habitudes alimentaires des communautés dans l’élaboration adéquat des avis de consommation de poisson.

1er [-3e] fasc. des 150 Psaumes (éd. de 1580)

For superius, contra, tenor, bassus with piano reduction.

Conception de cartes conceptuelles pour l’enseignement explicite et l’apprentissage significatif de l’anglais, langue seconde

L’acquisition de l’anglais comme langue seconde est faite pour diverses raisons et atteinte par plusieurs moyens. Au Québec, il est enseigné obligatoirement dans les écoles primaires et secondaires ainsi que dans les institutions collégiales. L’approche privilégiée dans tous les cours d’anglais, langue seconde aux niveaux primaire et secondaire, est l’approche communicative. Cependant, bien que le programme de formation doive être respecté dans toutes les écoles de la province, les étudiantes et étudiants ne commencent pas leurs études collégiales avec le même niveau de compétences en anglais. En fait, quatre niveaux d’anglais langue, seconde, sont offerts, permettant à ceux et celles qui sont plus faibles de suivre des cours d’anglais, langue seconde, adaptés à leur niveau de compétence. L’approche communicative vise l’apprentissage d’une langue de la même manière dont on apprend sa langue maternelle. On croit qu’en plaçant les étudiantes et étudiants dans des situations de communication avec leurs pairs, ils se rendent compte de leurs propres erreurs et s’autocorrigent tout au long du cours. Cependant, bien que cette façon d’apprendre soit efficace pour un certain nombre d’étudiantes et d’étudiants, des statistiques démontrent qu’entre 20 % et 25 % d’étudiantes et d’étudiants sont incapables de réussir l’anglais de base au niveau collégial. Or, cette recherche s’est basée sur la prémisse que pour plusieurs étudiantes et étudiants, l’approche communicative au détriment des approches favorisant un enseignement explicite n’est pas suffisante pour apprendre l’anglais adéquatement. Ainsi, nous avons exploré la conception de cartes conceptuelles pour soutenir un enseignement explicite et favoriser un apprentissage significatif, plus précisément des temps de verbes de base visés dans le cours d’anglais de base, soit le Niveau I. Notre recherche-développement se fonde sur un cadre de référence contenant quatre principaux éléments. Premièrement, nous avons examiné deux courants actuels en éducation au Québec, soit l’approche par compétence implantée dans toutes les écoles primaire et secondaire ainsi qu’au niveau collégial, puis l’approche communicative qui est utilisée dans les cours d’anglais langue seconde. En deuxième lieu, nous avons présenté une recension des écrits relatifs à un enseignement explicite et enfin, en troisième lieu, une recension des écrits relatifs à un apprentissage significatif. Finalement, notre cadre de référence porte sur l’usage de cartes conceptuelles en enseignement. Notre méthodologie s’est inscrite dans un devis de recherche-développement qui est qualitative et interprétative. En se basant sur un modèle de Loiselle et Harvey (2001, 2007), notre processus de conception, de mise à l’essai et de validation a été noté dans un journal de bord. La mise à l’essai a été réalisée dans deux classes de niveau de base en anglais, langue seconde, dans un cégep francophone de la région de Québec. Cette étape a été suivie par une validation par voie d’entrevues individuelles et de groupes de discussion auprès d’expertes et d’experts et auprès d’étudiantes et d’étudiants. Les résultats de notre recherche-développement proviennent de constats à la suite d’un examen de notre journal de bord et des commentaires reçus lors de la validation. Principalement, nous avons remarqué un intérêt de la part d’autres enseignantes et enseignants à trouver des façons complémentaires d’enseigner explicitement les temps de verbes de base. De plus, un certain nombre d’étudiantes et d’étudiants ont soutenu avoir appris de façon plus significative des temps de verbes grâce aux cartes conceptuelles. Cette première exploration d’usage de cartes conceptuelles nous a permis de tirer des conclusions positives, mais il est à noter que notre recherche a été limitée en temps et en nombre de participantes et participants. Nous croyons qu’il serait pertinent de continuer à explorer l’usage des cartes conceptuelles pour un enseignement explicite et un apprentissage significatif dans les cours d’anglais langue seconde en faisant des mises à l’essai et des validations plus systématiques.

Développement d’un système d’appariement pour l’e-recrutement

Ce mémoire tente de répondre à une problématique très importante dans le domaine de recrutement : l’appariement entre offre d’emploi et candidats. Dans notre cas nous disposons de milliers d’offres d’emploi et de millions de profils ramassés sur les sites dédiés et fournis par un industriel spécialisé dans le recrutement. Les offres d’emploi et les profils de candidats sur les réseaux sociaux professionnels sont généralement destinés à des lecteurs humains qui sont les recruteurs et les chercheurs d’emploi. Chercher à effectuer une sélection automatique de profils pour une offre d’emploi se heurte donc à certaines difficultés que nous avons cherché à résoudre dans le présent mémoire. Nous avons utilisé des techniques de traitement automatique de la langue naturelle pour extraire automatiquement les informations pertinentes dans une offre d’emploi afin de construite une requête qui nous permettrait d’interroger notre base de données de profils. Pour valider notre modèle d’extraction de métier, de compétences et de d’expérience, nous avons évalué ces trois différentes tâches séparément en nous basant sur une référence cent offres d’emploi canadiennes que nous avons manuellement annotée. Et pour valider notre outil d’appariement nous avons fait évaluer le résultat de l’appariement de dix offres d’emploi canadiennes par un expert en recrutement.

Développement d’un système d’appariement pour l’e-recrutement

Ce mémoire tente de répondre à une problématique très importante dans le domaine de recrutement : l’appariement entre offre d’emploi et candidats. Dans notre cas nous disposons de milliers d’offres d’emploi et de millions de profils ramassés sur les sites dédiés et fournis par un industriel spécialisé dans le recrutement. Les offres d’emploi et les profils de candidats sur les réseaux sociaux professionnels sont généralement destinés à des lecteurs humains qui sont les recruteurs et les chercheurs d’emploi. Chercher à effectuer une sélection automatique de profils pour une offre d’emploi se heurte donc à certaines difficultés que nous avons cherché à résoudre dans le présent mémoire. Nous avons utilisé des techniques de traitement automatique de la langue naturelle pour extraire automatiquement les informations pertinentes dans une offre d’emploi afin de construite une requête qui nous permettrait d’interroger notre base de données de profils. Pour valider notre modèle d’extraction de métier, de compétences et de d’expérience, nous avons évalué ces trois différentes tâches séparément en nous basant sur une référence cent offres d’emploi canadiennes que nous avons manuellement annotée. Et pour valider notre outil d’appariement nous avons fait évaluer le résultat de l’appariement de dix offres d’emploi canadiennes par un expert en recrutement.

Catalogue d'une importante collection de vignettes par ou d'après Borel, Choffard, Eisen, Gravelot, Lebarbier, Marillier, Monnet, Moreau le jeune, Queverdo et autres, Portraits des XVIe, XVIIe et XVIIIe siècles, Estampes, dessins des XVIIIe et XIXe siècles, autographes, suites de figures, composant la collection de Mr H. de G. La vente aura lieu du lundi 27 février au mercredi 8 mars 1893... 28 rue des Bons-Enfants... / Me Maurice Delestre, commissaire-priseur ; [expert] M. Ch. Porquet, libraire, M. P. Roblin, marchand d'estampes

[Vente. Art. 1893-02-27 - 1893-03-08. Paris]