Les cartes fonctionnelles dans le cortex visuel du chat : nouvelles stratégies d’évaluation en imagerie optique et mise en évidence de l’organisation anatomo-fonctionnelle

Le regroupement des neurones de propriétés similaires est à l’origine de modules permettant d’optimiser l’analyse de l’information. La conséquence est la présence de cartes fonctionnelles dans le cortex visuel primaire de certains mammifères pour de nombreux paramètres tels que l’orientation, la direction du mouvement ou la position des stimuli (visuotopie). Le premier volet de cette thèse est consacré à caractériser l’organisation modulaire dans le cortex visuel primaire pour un paramètre fondamental, la suppression centre / pourtour et au delà du cortex visuel primaire (dans l’aire 21a), pour l’orientation et la direction. Toutes les études ont été effectuées à l’aide de l’imagerie optique des signaux intrinsèques sur le cortex visuel du chat anesthésié. La quantification de la modulation par la taille des stimuli à permis de révéler la présence de modules de forte et de faible suppression par le pourtour dans le cortex visuel primaire (aires 17 et 18). Ce type d’organisation n’avait été observé jusqu’ici que dans une aire de plus haut niveau hiérarchique chez le primate. Une organisation modulaire pour l’orientation, similaire à celle observée dans le cortex visuel primaire a été révélée dans l’aire 21a. Par contre, contrairement à l’aire 18, l’aire 21a ne semblait pas être organisée en domaine de direction. L’ensemble de ces résultats pourront permettre d’alimenter les connaissances sur l’organisation anatomo-fonctionnelle du cortex visuel du chat mais également de mieux comprendre les facteurs qui déterminent la présence d’une organisation modulaire. Le deuxième volet abordé dans cette thèse s’est intéressé à l’amélioration de l’aspect quantitatif apporté par l’analyse temporelle en imagerie optique des signaux intrinsèques. Cette nouvelle approche, basée sur l’analyse de Fourier a permis d’augmenter considérablement le rapport signal / bruit des enregistrements. Toutefois, cette analyse ne s’est basée jusqu’ici que sur la quantification d’une seule harmonique ce qui a limité son emploi à la cartographie de l’orientation et de rétinotopie uniquement. En exploitant les plus hautes harmoniques, un modèle a été proposé afin d’estimer la taille des champs récepteurs et la sélectivité à la direction. Ce modèle a par la suite été validé par des approches conventionnelles dans le cortex visuel primaire.

A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting

La microscopie par fluorescence de cellules vivantes produit de grandes quantités de données. Ces données sont composées d’une grande diversité au niveau de la forme des objets d’intérêts et possèdent un ratio signaux/bruit très bas. Pour concevoir un pipeline d’algorithmes efficaces en traitement d’image de microscopie par fluorescence, il est important d’avoir une segmentation robuste et fiable étant donné que celle-ci constitue l’étape initiale du traitement d’image. Dans ce mémoire, je présente MinSeg, un algorithme de segmentation d’image de microscopie par fluorescence qui fait peu d’assomptions sur l’image et utilise des propriétés statistiques pour distinguer le signal par rapport au bruit. MinSeg ne fait pas d’assomption sur la taille ou la forme des objets contenus dans l’image. Par ce fait, il est donc applicable sur une grande variété d’images. Je présente aussi une suite d’algorithmes pour la quantification de petits complexes dans des expériences de microscopie par fluorescence de molécules simples utilisant l’algorithme de segmentation MinSeg. Cette suite d’algorithmes a été utilisée pour la quantification d’une protéine nommée CENP-A qui est une variante de l’histone H3. Par cette technique, nous avons trouvé que CENP-A est principalement présente sous forme de dimère.

Développement d'une méthode de quantification des varicosités synaptiques et asynaptiques établies par les neurones dopaminergiques

Les neurones dopaminergiques (DA) de la substance noire compacte (SNc) et de l’aire tegmentaire ventrale (ATV) développent des contacts de type synaptique et non synaptique. Malgré de nombreux travaux sur la synaptogénèse en général, aucune méthode autre que la microscopie électronique, n’a été développée pour quantifier les varicosités synaptiques et asynaptiques issues des neurones DA. L’objectif principal de ce projet était de développer une méthode d’analyse et de quantification des varicosités synaptiques et asynaptiques des neurones DA. L’hypothèse proposée est qu’il devait être possible de détecter la présence de synapses en visualisant la colocalisation d’une protéine présynaptique telle que synaptotagmine 1 (SYT1) avec un marqueur post-synaptique tel que la postsynaptic density protein 95 (PSD95). Pour ce faire, nous avons préparé des cultures primaires de neurones DA à l’aide d’une lignée de souris transgéniques exprimant la protéine fluorescente verte (GFP) sous le contrôle du promoteur de la tyrosine hydroxyalse (TH). Nous avons ensuite visualisé les terminaisons axonales à l'aide de marquages immunocytochimiques de protéines pré et post-synaptiques. L’analyse quantitative des images a été effectuée avec le logiciel de traitement d’image Image-J. Nos résultats montrent que, via l’association d’un marqueur présynaptique tel que SYT1 avec un marqueur postsynaptique tel que PSD95, seule une minorité des terminaisons établies par les neurones DA sont de type synaptique. En contraste, des neurones glutamatergiques du cortex, établissent une majorité de terminaisons associées à un marqueur postsynaptique. Nos résultats valident donc la mise en place d'une technique d'analyse permettant de quantifier la proportion de terminaisons synaptiques et asynaptiques établies par les neurones DA.

Imagerie par résonance magnétique fonctionnelle du rat à 7T

Des métastases cérébrales vont se développer chez 10 à 30% des patients atteints de cancer. La radiothérapie fait partie des possibilités de traitement, et ceci même si les dommages induits au cerveau par des rayonnements ionisants sont potentiellement importants. Nous proposons l’utilisation de l’Imagerie par Résonance Magnétique fonctionnelle (IRMf) sur le rat pour mieux comprendre ces effets. Ce mémoire traite de la mise en place d’un tel protocole d’IRMf. Les principaux points abordés sont la préparation de l’animal, les différentes insultes et stimulations sensorielles possibles ainsi que la méthode d’acquisition. Notre protocole d’insulte hyperoxique permet de déceler des dommages physiques d’origine vasculaire suite à une intense irradiation dans le cerveau du rat. Toutefois, la même procédure associée à une stimulation mécanique de la patte arrière de l’animal n’amène pas de changement observable à l’IRMf sur un sujet sain. Malgré tout, ce type de stimulation induit une réponse respiratoire, même sous anesthésie d’isoflurane. Une telle méthode n’est donc pas adéquate à l’étude d’animaux anesthésiés, surtout ceux dont la réponse cérébrale pourra avoir été réduite par une irradiation. Quelques améliorations et modifications du protocole seraient possiblement à même de permettre une mesure reproductible de la réponse d’IRMf à une stimulation sensorielle. Le présent mémoire décrit les tentatives de mise en place d’une stimulation sensorielle donnant lieu à une activation IRMf reproductible et localisée. De plus, un protocole de traitement d’image adapté au petit animal ainsi qu’une implémentation de la méthode keyhole ont été mis en place. L’insulte hyperoxique et ses effets sur le cerveau de rat ont été explorés plus en détail.

Chaines de traitement des statistiques de pêche artisanale. II - annexes et codages

The different coding methods concerning artisanal collective fishing in the Ebrié lagoon, are exposed. For each computer program one example is proposed.

Écologie de bassins de lagunage pour le traitement d'effluents domestiques en milieu tropical humide (Côte d'Ivoire)

The waste water treatment of Dabou (Côte d'Ivoire), made of three oxydation ponds (B1, B2 and B3), is designed to ensure a biological treatment of domestic sewage and a valorization of the final effluent in aquaculture. In order to understand the ecological mechanisms and the performance of this system, a pluridisciplinary program was achieved in February 1989.

Chaine de traitement des statistiques de pêche artisanale: les sennes des lagunes de Côte d'Ivoire

Computer programs were developed to calculate the parameters commonly used in fisheries statistics: catch per unit effort, catch by species, size distribution, etc. These parameters were computed for collective fishing, purse seine and beach seine; important aspects of the artisanal fisheries in the Ebrié Lagoon.

Récolte et traitement des données statistiques de la pêche des palangriers asiatiques dans l'Atlantique

The authors report on the computer programmes developed in the Oceanographic Research Centre of Abidjan for the collection and treatment of statistical data on the fisheries of the asiatic trawlers in the Atlantic. They provide yield by boat, by fishing sector (5 degrees x 5 degrees) and by 15 days fishing in the Atlantic.

Nouveau programme de traitement des statistiques de pêche des sardiniers du port d'Abidjan

The author reports on a simplified computer programme which allows the computation of only those fishery statistical data which are directly useful, particularly for the problem related with studies on sardine stocks.

La place de la chimiothérapie dans le traitement du cancer broncho pulmonaire

SCOPUS: ar.j

Traitement de données issues d'un corpus écrit multilingue. Approche agile pour l'analyse du discours eurorégional

L'article présente quelques éléments de la procédure mise en place pour traiter un corpus écrit comportant 617 textes (près de 500 000 mots) relatifs aux eurorégions. Complexe et hétérogène à plusieurs titres (technique, linguistique, éditorial, générique, énonciatif), le corpus pose la difficulté majeure de l’appréhension de données multilingues (français, italien, espagnol, anglais, allemand, néerlandais). Sa manipulation a nécessité une réflexion adaptée et une démarche de modélisation que nous qualifions d’« agile » en raison de son caractère souple et itératif. La plateforme d’analyse élaborée permet de disposer de résultats utiles à l’analyse qualitative ultérieure du discours eurorégional. Elle articule un logiciel d'analyse morphosyntaxique éprouvé (TreeTagger) à des programmes (Perl) et à une base de données (SQLite) développés pour optimiser les requêtes multilingues simultanées et l’exportation automatique des résultats. Les fonctionnalités liées à la localisation contextualisée de mots- pivots, au recueil de dénominations et à la détection de segments répétés nous servent ici de guides pour exprimer les besoins de la recherche, les problèmes rencontrés et les solutions proposées. L'analyse d'observables récurrents, à savoir les notions de décision et de responsabilité, illustre le propos.

Le traitement de l'erreur à l'oral entre pairs sous l'approche communicative dans une classe de français langue seconde

Ce mémoire aborde le traitement de l'erreur à l'oral entre apprenants dans une classe de français langue seconde de l'Université de Sherbrooke (Québec). Dans les classes de français langue seconde de cette institution, les étudiants travaillent la plupart du temps en équipes du fait que l'approche communicative est utilisée comme modèle pédagogique. L'objectif général de cette recherche a été d'explorer, à partir du moment où une erreur est produite, les relations entre les types de rétroactions utilisées par les apprenants dans le but de corriger leurs collègues et les réponses suivant ces rétroactions. Principalement, cette étude sur le traitement de l'erreur à l'oral dans un contexte de travail en équipe a révélé que la correction faite par un pair ne passe pas inaperçue et qu'elle est fréquemment suivie par une réparation immédiate de l'énoncé fautif initial ou encore, d'une tentative de correction.

Le traitement définitoire des noms de plantes herbacées dans le Petit Robert

La présente étude, de type métalexicographique, s'insère dans une perspective de recherche visant à dresser le bilan de la pratique lexicographique réservée aux noms d'espèces naturelles dans les dictionnaires usuels du français. Elle porte sur le traitement définitoire de tous les noms de plantes herbacées répertoriés dans le Petit Robert (édition électronique 1996). Son objectif principal est de décrire très précisément la pratique définitoire en cause. Nous commençons par passer rapidement en revue les différents procédés définitoires illustrés par notre corpus, avant de procéder à l'analyse détaillée du procédé le plus exploité, celui de la définition par inclusion. Notre méthode d'analyse est basée sur la segmentation et l'examen comparatif des différentes composantes sémantiques et formelles présentes dans les définitions par inclusion de notre corpus. Elle permet non seulement de mieux connaître la pratique du Petit Robert , mais aussi d'en extraire un certain savoir-faire. Nous étudions quatre grandes catégories d'éléments descriptifs bien représentées dans notre corpus: les éléments de classification, les éléments de localisation, les éléments de valorisation ainsi que les éléments de morphologie en lien avec ces derniers. Nous donnons, de la métalangue utilisée et des principaux modèles de description exploités, un portrait relativement précis qui pourra alimenter la réflexion des lexicographes et autres linguistes qui s'intéressent à la description des noms d'espèces naturelles en général et des noms de plantes en particulier.

Le traitement lexicographique des noms propres du vocabulaire politique dans les dictionnaires généraux de langue française

La tradition lexicographique de langue française opère, en théorie, une séparation stricte entre noms communs et noms propres. Or, dans les faits, cette séparation touche surtout les noms propres de lieux et de personnes. En effet, l'observation des articles du vocabulaire politique révèle un nombre important de noms propres d'une autre nature dans les pages de dictionnaires, comme des noms propres d'institutions, de partis politiques ou d'événements et de périodes historiques. Qui plus est, ces noms propres reçoivent souvent un traitement lexicographique comparable à celui des noms communs. Toutefois, ce traitement n'a pas encore fait l'objet d'une étude approfondie. Afin de faire la lumière sur le traitement lexicographique des noms propres du vocabulaire politique, nous avons procédé à une analyse de ces noms propres à travers quatre dictionnaires généraux de langue française : Le Nouveau Petit Robert 2007 (version électronique), Le Petit Larousse Illustré 2007 (version électronique), le Dictionnaire du français Plus - À l'intention des francophones d'Amérique (1988) et le Dictionnaire québécois d'aujourd'hui (1992). Nous avons d'abord mis sur pied une typologie des noms propres du vocabulaire politique susceptibles d'être définis dans les dictionnaires généraux de langue française; puis nous avons relevé ces noms propres dans les dictionnaires à l'étude. Il ressort de ce relevé que le nombre de noms propres du vocabulaire politique dans les dictionnaires est assez élevé pour nécessiter une caractérisation de la pratique lexicographique les entourant. En outre, la description du vocabulaire politique passe par une description de certains types de noms propres en plus des mots du lexique commun. Nous nous sommes penchée sur la manière dont sont présentés les noms propres dans les dictionnaires, pour conclure que leur intégration et leur identification n'obéissent pas à une méthode systématique.La majuscule initiale n'est pas systématiquement utilisée pour les noms propres de même type.La nomenclature des noms propres à inclure dans le dictionnaire de langue à été étudiée à travers l'exemple des noms de partis politiques.La méthode servant à dresser cette nomenclature devrait se baser sur l'observation d'un corpus (fréquence) et l'importance dans un système socioculturel de référence - pour les noms de partis politiques, les noms des partis représentés dans les instances officielles devraient être décrits dans les dictionnaires généraux. Nous avons ensuite analysé les catégories de noms propres les plus représentées dans notre corpus d'articles du vocabulaire politique (les noms propres d'événements et de périodes historiques, les noms de partis politiques, dont les sigles, et les noms propres d'institutions). À la suite de cette analyse, nous proposons une liste d'éléments que le traitement lexicographique devrait inclure afin de permettre une circonscription efficace du référent (c'est-à-dire les traits distinctifs que devrait contenir une définition suffisante pour ces types de noms propres). Un point commun à toutes les catégories concerne l'explicitation du contexte référentiel : en contexte francophone particulièrement, le lieu doit être précisé par le traitement lexicographique. L'étude se termine par une analyse de l'arrimage entre noms propres et lexique commun dans les dictionnaires où ils sont intégrés dans un même ouvrage (PLI) ou dans une même nomenclature ( Dictionnaire Hachette, Dixel ). Nous arrivons à la conclusion que ces particularités dictionnairiques n'ont pas pour l'instant permis de corriger certaines faiblesses dans l'intégration des noms propres du vocabulaire politique, surtout en ce qui a trait à leur présence (nomenclature) et à leur traitement en terme de définition suffisante.

La qualification et le traitement légal des ressources phytogénétiques au bénéfice de la sécurité alimentaire mondiale durable - Regard critique sur leur gestion

L’agrobiodiversité est le résultat de la domestication, de l’amélioration des caractères génétiques, de la conservation et de l’échange des semences par les agriculteurs depuis la première révolution agricole, il y a près de 10 000 ans. Toutefois, cette diversification agricole s’amenuise, s’érode. Cette érosion touche désormais les espèces végétales majeures. Plusieurs variétés de plantes cultivées sont abandonnées au profit de variétés artificialisées et uniformisées. Suivant une logique plus économique, les ressources génétiques végétales ou phytogénétiques, d’abord qualifiées de patrimoine commun de l’humanité, deviennent rapidement des biens prisés par l’industrie biotechnologique confortant les pays riches en biodiversité, mais économiquement faibles, à subordonner cette richesse au principe de la souveraineté permanente sur les ressources naturelles. Ce principe à la base du droit international a permis aux États hôtes de contrôler l’accès aux ressources biologiques sur leur territoire, mettant ainsi fin au pillage de celles-ci, mais également au libre accès pour tous à la ressource. À l’évidence, la nature hybride des ressources phytogénétiques enclenche un processus complexe d’exclusivismes et de prérogatives. D’une part, ces ressources composent la base de notre alimentation et à ce titre elles intéressent l’humanité entière, d’autre part, elles sont la matière première utilisée par les oligopoles semenciers, une double vocation qui suscite un partage antagonique à plusieurs égards. Cette thèse analyse les perspectives offertes par le droit international public afin de réconcilier ces positions au bénéfice de la sécurité alimentaire mondiale durable, et s’interroge sur le meilleur cadre juridique que le droit international puisse attribuer aux ressources phytogénétiques afin d’améliorer la circulation et la disponibilité des denrées agricoles et alimentaires. À cet effet, l’entrée en vigueur du Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture va créer une sorte de système compromissoire conciliant dans un même souffle, l’intérêt général et l’appropriation privative au profit de la sécurité alimentaire mondiale durable : le Système multilatéral d’accès et de partage des avantages. Un dispositif ad hoc exceptionnel qui facilite l’accès à une partie négociée de ces ressources ainsi que le partage juste et équitable des avantages qui découlent de leur utilisation entre tous les usagers. Le Système multilatéral est la clé de voûte du Traité. Par le truchement de ce système, le Traité matérialise un ordre juridique raffiné et complexe qui opère une récursivité des ressources phytogénétiques vers le domaine public international, et par incidence, invite à considérer ces ressources comme des biens communs libres d’accès pour la recherche, l’amélioration et le réensemencement. Outre cette requalification, ce système ouvrira la voie à une nouvelle forme de gestion fiduciaire octroyant des droits et impliquant des responsabilités à l’égard d’un groupe d’usagers particuliers.