Analyse des complexes protéiques interagissant avec la machinerie de l'ARN polymérase II dans les cellules humaines

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mécanismes de transcription par l'ARN polymérase II : étude structure-fonction du site catalytique et rôles des facteurs de transcription TFIIA, TFIIE et TFIIF

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mécanismes de transcription par l'ARN polymérase II : étude structure-fonction du site catalytique et rôles des facteurs de transcription TFIIA, TFIIE et TFIIF

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Synthèse des travaux effectués au CRO sur les végétations envahissantes flottantes (1985-1990). Propositions et recommandations

The present document represents a synthesis of the scientific knowledge gathered by the CRO in the years 1985-1990, and related to the proliferation of aquatic macrophytes, commonly called floating aquatic weeds, in the Ebrié lagoon.

Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

La bio-informatique est un champ pluridisciplinaire qui utilise la biologie, l’informatique, la physique et les mathématiques pour résoudre des problèmes posés par la biologie. L’une des thématiques de la bio-informatique est l’analyse des séquences génomiques et la prédiction de gènes d’ARN non codants. Les ARN non codants sont des molécules d’ARN qui sont transcrites mais pas traduites en protéine et qui ont une fonction dans la cellule. Trouver des gènes d’ARN non codants par des techniques de biochimie et de biologie moléculaire est assez difficile et relativement coûteux. Ainsi, la prédiction des gènes d’ARNnc par des méthodes bio-informatiques est un enjeu important. Cette recherche décrit un travail d’analyse informatique pour chercher des nouveaux ARNnc chez le pathogène Candida albicans et d’une validation expérimentale. Nous avons utilisé comme stratégie une analyse informatique combinant plusieurs logiciels d’identification d’ARNnc. Nous avons validé un sous-ensemble des prédictions informatiques avec une expérience de puces à ADN couvrant 1979 régions du génome. Grace à cette expérience nous avons identifié 62 nouveaux transcrits chez Candida albicans. Ce travail aussi permit le développement d’une méthode d’analyse pour des puces à ADN de type tiling array. Ce travail présente également une tentation d’améliorer de la prédiction d’ARNnc avec une méthode se basant sur la recherche de motifs d’ARN dans les séquences.

Évaluer la téléréadaptation : la synthèse des effets et l’analyse des changements cliniques et organisationnels

La téléréadaptation, tout comme d’autres champs en télésanté, est de plus en plus interpelée pour la prestation de services. Le but de ce projet de thèse est d’enrichir l’évaluation de la téléréadaptation afin que les connaissances qui en découlent puissent venir soutenir la prise de décision d’acteurs impliqués à différents niveaux en téléréadaptation. Le premier article présente une revue systématique dont l’objectif était de faire synthèse critique des études en téléréadaptation. La revue rassemble 28 études en téléréadaptation, qui confirment l’efficacité de la téléréadaptation pour diverses clientèles dans différents milieux. Certaines des études suggèrent également des bénéfices en termes de coûts, mais ces résultats demeurent préliminaires. Cette synthèse critique est utile pour soutenir la décision d’introduire la téléréadaptation pour combler un besoin. Par contre, les décideurs bénéficieraient aussi de connaissances par rapport aux changements cliniques et organisationnels qui sont associés à la téléréadaptation lorsqu’elle est introduite en milieu clinique. Les deux autres articles traitent d’une étude de cas unique qui a examiné un projet clinique de téléréadaptation dans l’est de la province de Québec, au Canada. Le cadre conceptuel qui sous-tend l’étude de cas découle de la théorie de structuration de Giddens et des modèles de structuration de la technologie, en particulier de l’interaction entre la structure, l’agent et la technologie. Les données ont été recueillies à partir de plusieurs sources (groupes de discussion, entrevues individuelles, documents officiels et observation d’enregistrements) suivi d’une analyse qualitative. Le deuxième article de la thèse porte sur le lien entre la structure, l’agent et la culture organisationnelle dans l’utilisation de la téléréadaptation. Les résultats indiquent que les différences de culture organisationnelle entre les milieux sont plus évidentes avec l’utilisation de la téléréadaptation, entraînant des situations de conflits ainsi que des occasions de changement. De plus, la culture organisationnelle joue un rôle au niveau des croyances liées à la technologie. Les résultats indiquent aussi que la téléréadaptation pourrait contribuer à changer les cultures organisationnelles. Le troisième article examine l’intégration de la téléréadaptation dans les pratiques cliniques existantes, ainsi que les nouvelles routines cliniques qu’elle permet de soutenir et la pérennisation de la téléréadaptation. Les résultats indiquent qu’il y a effectivement certaines activités de téléréadaptation qui se sont intégrées aux routines des intervenants, principalement pour les plans d’intervention interdisciplinaire, tandis que pour les consultations et le suivi des patients, l’utilisation de la téléréadaptation n’a pas été intégrée aux routines. Plusieurs facteurs en lien avec la structure et l’agent ont contraint et facilité l’intégration aux routines cliniques, dont les croyances partagées, la visibilité de la téléréadaptation, le leadership clinique et organisationnel, la disponibilité des ressources, et l’existence de liens de collaboration. La pérennité de la téléréadaptation a aussi pu être observée à partir de la généralisation des activités et le développement de nouvelles applications et collaborations en téléréadaptation, et ce, uniquement pour les activités qui s’étaient intégrées aux routines des intervenants. Les résultats démontrent donc que lorsque la téléréadaptation n’est pas intégrée aux routines cliniques, elle n’est pas utilisée. Par contre, la téléréadaptation peut démontrée certains signes de pérennité lorsque les activités, qui sont reproduites, deviennent intégrées aux routines quotidiennes des utilisateurs. Ensemble, ces études font ressortir des résultats utiles pour la mise en place de la téléréadaptation et permettent de dégager des pistes pour enrichir le champ de l’évaluation de la téléréadaptation, afin que celui-ci devienne plus pertinent et complet, et puisse mieux soutenir les prises de décision d’acteurs impliqués à différents niveaux en téléréadaptation.

Synthèse des connaissances de l’évaluation clinique de la marche en physiothérapie

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.

Synthèse des matériaux électroactifs à base de thiophènes et de bipyrroles dissymétriques

Ces travaux ont été réalisés en collaboration avec le groupe du professeur William Skene.

Rôle de la cyclo-oxygénase-2 constitutive dans la synthèse des prostaglandines et caractérisation de ses relations avec les prostaglandines synthases terminales

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Synthèse des O-Aryl glycosides ainsi que le design et la génération de nouvelles classes de groupes partants

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Influence de l'initiation de la traduction sur le changement programmé du cadre de lecture en -1 responsable de la synthèse des enzymes du virus de l’immunodéficience humaine de type 1

Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est responsable du syndrome de l’immunodéficience acquise (SIDA). Il faut identifier de nouvelles cibles pour le développement d’agents anti-VIH-1, car ce virus développe une résistance aux agents présentement utilisés. Notre but est d’approfondir la caractérisation de l’étape du changement de cadre de lecture ribosomique en -1 (déphasage -1) nécessaire à la production du précurseur des enzymes du VIH-1. Ce déphasage est programmé et effectué par une minorité de ribosomes lorsqu’ils traduisent la séquence dite glissante à un endroit spécifique de l’ARN messager (ARNm) pleine-longueur du VIH-1. L’efficacité de déphasage est contrôlée par le signal stimulateur de déphasage (SSF), une tige-boucle irrégulière située en aval de la séquence glissante. La structure du SSF est déroulée lors du passage d’un ribosome, mais elle peut se reformer ensuite. Nous avons montré que des variations de l’initiation de la traduction affectent l’efficacité de déphasage. Nous avons utilisé, dans des cellules Jurkat-T et HEK 293T, un rapporteur bicistronique où les gènes codant pour les luciférases de la Renilla (Rluc) et de la luciole (Fluc) sont séparés par la région de déphasage du VIH-1. La Rluc est produite par tous les ribosomes traduisant l’ARNm rapporteur alors que la Fluc est produite uniquement par les ribosomes effectuant un déphasage. L’initiation de ce rapporteur est coiffe-dépendante, comme pour la majorité des ARNm cellulaires. Nous avons examiné l’effet de trois inhibiteurs de l’initiation et montré que leur présence augmente l’efficacité de déphasage. Nous avons ensuite étudié l’effet de la tige-boucle TAR, qui est présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm du VIH-1. TAR empêche la liaison de la petite sous-unité du ribosome (40S) à l’ARNm et module aussi l’activité de la protéine kinase dépendante de l’ARN double-brin (PKR). L’activation de PKR inhibe l’initiation en phosphorylant le facteur d’initiation eucaryote 2 (eIF2) alors que l’inhibition de PKR a l’effet inverse. Nous avons étudié l’effet de TAR sur la traduction et le déphasage via son effet sur PKR en utilisant TAR en trans ou en cis, mais à une certaine distance de l’extrémité 5’ afin d’éviter l’interférence avec la liaison de la 40S. Nous avons observé qu’une faible concentration de TAR, qui active PKR, augmente l’efficacité de déphasage alors qu’une concentration élevée de TAR, qui inhibe PKR, diminue cette efficacité. Nous avons proposé un modèle où des variations de l’initiation affectent l’efficacité de déphasage en modifiant la distance entre les ribosomes parcourant l’ARNm et, donc, la probabilité qu’ils rencontrent un SSF structuré. Par la suite, nous avons déterminé l’effet de la région 5’ non traduite (UTR) de l’ARNm pleine-longueur du VIH-1 sur l’efficacité de déphasage. Cette 5’UTR contient plusieurs régions structurées, dont TAR à l’extrémité 5’, qui peut interférer avec l’initiation. Cet ARNm a une coiffe permettant une initiation coiffe-dépendante ainsi qu’un site d’entrée interne des ribosomes (IRES), permettant une initiation IRES-dépendante. Nous avons introduit cette 5’UTR, complète ou en partie, comme 5’UTR de notre ARNm rapporteur bicistronique. Nos résultats démontrent que cette 5’UTR complète inhibe l’initiation coiffe dépendante et augmente l’efficacité de déphasage et que ces effets sont dus à la présence de TAR suivie de la tige-boucle Poly(A). Nous avons aussi construit un rapporteur tricistronique où les ribosomes exprimant les luciférases utilisent obligatoirement l’IRES. Nous avons observé que cette initiation par l’IRES est faible et que l’efficacité de déphasage correspondante est également faible. Nous avons formulé une hypothèse pour expliquer cette situation. Nous avons également observé que lorsque les deux modes d’initiation sont disponibles, l’initiation coiffe dépendante est prédominante. Finalement, nous avons étudié l’effet de la protéine virale Tat sur l’initiation de la traduction et sur l’efficacité de déphasage. Nous avons montré qu’elle augmente l’initiation de la traduction et que son effet est plus prononcé lorsque TAR est située à l’extrémité 5’ des ARNm. Nous proposons un modèle expliquant les effets de Tat sur l’initiation de la traduction par l’inhibition de PKR ainsi que par des changements de l’expression de protéines cellulaires déroulant TAR. Ces résultats permettent de mieux comprendre les mécanismes régissant le déphasage du VIH-1, ce qui est essentiel pour le développement d’agents anti-déphasage.

Régionalisation et synthèse des patrons de la végétation du Québec : utilisation d'indices de patrons à l'échelle provinciale.

Le Québec est une immense province à l’intérieur de laquelle existe une grande diversité de conditions bioclimatiques et où les perturbations anthropiques et naturelles du couvert végétal sont nombreuses. À l’échelle provinciale, ces multiples facteurs interagissent pour sculpter la composition et la distribution des paysages. Les objectifs généraux de cette recherche visaient à explorer et comprendre la distribution spatiale des patrons des paysages du Québec, de même qu’à caractériser les patrons observés à partir d’images satellitaires. Pour ce faire, les patrons des paysages ont été quantifiés avec un ensemble complet d’indices calculés à partir d’une cartographie de la couverture végétale. Plusieurs approches ont été développées et appliquées pour interpréter les valeurs d’indices sur de vastes étendues et pour cartographier la distribution des patrons des paysages québécois. Les résultats ont révélé que les patrons de la végétation prédits par le Ministère des Ressources naturelles du Québec divergent des patrons de la couverture végétale observée. Ce mémoire dresse un portrait des paysages québécois et les synthétise de manière innovatrice, en plus de démontrer le potentiel d’utilisation des indices comme attributs biogéographiques à l’échelle nationale.

La collaboration interprofessionnelle au sein de communautés de pratique œuvrant auprès de patients atteints de maladies chroniques : synthèse des expériences rapportées dans la littérature

Le système de santé est aujourd’hui marqué d’une complexité attribuable aux maladies chroniques, dont la hausse anticipée de la prévalence génère l’urgence d’une organisation et d’une approche différentes des services dispensés. Ce réaménagement des soins de santé fait appel à un changement de paradigme basé sur la collaboration interprofessionnelle et l’ouverture à l’incertitude, aptes à favoriser une mise en commun des connaissances. Dans cette perspective, les communautés de pratique (CdeP) semblent un moyen qui favorise le développement de la collaboration interprofessionnelle et le partage des connaissances. Elles apparaissent donc comme une formule qui mérite une investigation, à savoir si elles peuvent favoriser une telle collaboration et faciliter la co-construction de connaissances permettant une pratique évolutive, centrée sur le patient. Notre recherche s’inscrit dans cette optique et s’intéresse aux expériences, rapportées dans la littérature, de collaboration interprofessionnelle au sein de communautés de pratique centrées sur le patient atteint de maladie chronique. Pour ce faire, nous avons d’abord développé un cadre conceptuel visant à identifier les fondements théoriques et conceptuels de la notion de communauté de pratique. Ceci nous a amené à : 1) analyser l’évolution du concept de CdeP dans les principales œuvres de Wenger et de ses collaborateurs; 2) positionner les CdeP eu égard à d’autres formules de travail collaboratif (communauté, communauté d’apprentissage, communauté apprenante, organisation apprenante, communauté épistémique); 3) comparer le concept de collaboration avec d’autres s’en rapprochant (coopération notamment), de même que les notions d’interdisciplinarité et d’interprofessionnalité souvent associées à celle de CdeP; 4) étayer les dimensions cognitive et collaborative inhérentes aux expériences de CdeP; et 5) identifier les avancées et les limites attribuées à la mise en application du concept de CdeP dans le domaine de la santé. La métasynthèse (Beaucher et Jutras, 2007) dans une approche « compréhensive interprétative », s’est imposée comme méthode appropriée à notre intention de mieux saisir les expériences de collaboration interprofessionnelle menées dans le cadre des CdeP dans le domaine de la santé. La métasynthèse nous a ainsi permis d’obtenir une vue d’ensemble de la littérature portant sur les CdeP dans le domaine de la santé et de catégoriser les 194 articles rassemblés, pour ensuite retenir 13 articles traitant d’une réelle expérience de CdeP. Ainsi, dans une perspective contributoire, basée sur notre cadre conceptuel, l’analyse des principaux résultats de la métasynthèse, nous a permis 1) d’identifier les flous conceptuels liés aux expériences de CdeP rapportées, ainsi que 2) de dégager les retombées et les difficultés de leur mise en application dans le domaine de la santé et, enfin, 3) de démontrer la nécessité de mener des recherches visant l’étude du processus de développement de CdeP sur le terrain de la pratique de soins, notamment mais non exclusivement, lorsqu’il s’agit de maladies chroniques.

Identification de déterminants impliqués dans la différenciation des cellules souches embryonnaires

Les cellules souches ont attiré l’attention du public ces dernières années, grâce non-seulement à leur utilisation comme thérapies visant à s’attaquer à certains types de cancers, mais aussi en relation avec leur potentiel dans le domaine de la médecine regénérative. Il est établi que le destin cellulaire des cellules souches embryonnaires (ESC) est régulé de façon intensive par un groupe de facteur clés agissant sur leur pluripotence. Il est néanmoins envisageable que certains déterminants influençant l’auto-renouvellement et la différenciation de ces cellules soient toujours inconnus. Afin de tester cette hypothèse, nous avons généré, en utilisant une méthode par infections virales, une collection de ESC contenant des délétions chromosomales chevauchantes que nous avons baptisée DelES (Deletion in ES cells). Cette librairie contient plus de 1000 clones indépendants dont les régions délétées couvrent environ 25% du génome murin. À l’aide de cette ressource, nous avons conduit un criblage de formation de corps embryoïdes (EB), démontrant que plusieurs clones délétés avaient un phénotype de différenciation anormal. Nos études de complémentation sur un groupe de clones ont par la suite permis l’identification de Rps14 - un gène codant pour une protéine ribosomale (RP) comme étant haploinsuffisant pour la formation de EB. Dans un deuxième temps, l’analyse approfondie des résultats de notre crible a permis d’identifier un groupe de gènes codants pour des RP qui semblent essentiels pour la différenciation des ESC, mais dispensables pour leur auto-renouvellement. De manière intéressante, les phénotypes anormaux de formation en EB les plus marqués sont associés à des délétions de RP qui se retrouvent au site de sortie des ARN messagers (ARNm) du ribosome, soit Rps5, Rps14 et Rps28. Étonnament, alors qu’un débalancement des RP conduit généralement à une réponse de type p53, l’haploinsuffisance de ces trois gènes ne peut être renversée par une simple réduction des niveaux d’expression de ce gène suppresseur de tumeurs. Finalement, nos études de profilage polysomal et de séquençage à haut-débit montrent une signature spécifique de gènes liés au mésoderme chez un clone hétérozygote pour Rps5, suggérant ainsi une explication au phénotype de différenciation p53-indépendant identifié chez ces ESC. Nos travaux rapportent donc la création d’une ressource intéressante de génomique fonctionnelle qui a permis de mettre à jour le rôle essentiel que jouent les RP dans le processus de formation de EB. Nos résultats permettent aussi de documenter une réponse p53-indépendante suite à un débalancement de RP dans un contexte opposant l’auto-renouvellement et la différenciation des ESC.