Développement de méthodes de synthèse pour les acides aminés indolizidin-9-ones substitués et utilisation des acides aminés azabicycloalcanes en tant que mimes peptidiques

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Développement de méthodes de synthèse pour les acides aminés indolizidin-9-ones substitués et utilisation des acides aminés azabicycloalcanes en tant que mimes peptidiques

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

État des conditions qui favorisent l'intégration des technologies de l'information et de la communication en adaptation scolaire au primaire et au secondaire selon les perceptions des enseignantes et des enseignants du Québec

Les recherches menées en éducation permettent de constater que les technologies de l'information et de la communication ont des effets positifs sur plusieurs dimensions de l'élève. Pourtant, dans ce domaine, l'implantation de la micro-informatique s'effectue lentement. Le projet de recherche trace le portrait des conditions qui favorisent l'intégration des TIC en adaptation scolaire et démontre dans quelle mesure elles sont présentes selon les perceptions des enseignants au Québec. Les sujets sont des enseignants en adaptation scolaire à la commission scolaire de Montréal (CSDM). Le questionnaire et l'entrevue semi-structurée ont été utilisés pour la collecte de données. Les résultats de l'enquête sont présentés à partir d'une analyse quantitative et qualitative. Ils démontrent que des efforts ont été déployés pour fournir aux écoles des ressources matérielles et pour développer des attitudes et perceptions positives chez les enseignants. Cependant, les enseignants réclament davantage de formation ainsi qu'un soutien technique et pédagogique continu.

Programmes innovants en formation des enseignants du secondaire perceptions, conceptions et pratiques

Compte tenu que le contexte dans lequel les futurs professionnels exerceront leur profession évolue, de nombreux programmes universitaires de formation initiale innovent déjà depuis plusieurs années. La formation des enseignants connaît elle aussi des changements profonds. Toutefois, peu d'écrits en relatent les effets sur les professeurs et/ou les étudiants. Dès lors, notre thèse trouve son origine dans une réflexion et un questionnement sur ces changements curriculaires en enseignement supérieur, et plus précisément sur les innovations mises en place dans les programmes de formation des enseignants du secondaire. Notre thèse vise à faire état d'une part, des perceptions et des conceptions des étudiants et des professeurs quant aux programmes innovants dans lesquels ils évoluent; et d'autre part, des pratiques des professeurs dans ces mêmes programmes. De plus, l'évolution de ces dimensions dans le temps est regardée. Pour ce faire, notre recherche fait appel à deux outils: le questionnaire avec échelle de Likert et l'observation directe en classe. L'échantillon est constitué d'étudiants et de professeurs de l'Université de Sherbrooke (Québec) et du Collège universitaire de Saint-Boniface.(Manitoba). Ceux-ci ont été sondés, et observés dans le cas des professeurs, une fois par année pendant deux ou trois ans. Les résultats montrent que les perceptions des étudiants et des professeurs sont positives quant au programme dans lequel ils évoluent et sont stables dans le temps. En outre, les sujets indiquent s'inscrire dans le paradigme de l'apprentissage et se sentent ainsi comme des acteurs actifs dans leur programme. Des différences apparaissent entre les résultats des étudiants des deux établissements, probablement dues, en partie, à la structure des programmes. En outre, les observations des pratiques des professeurs sont cohérentes avec les perceptions et les conceptions déclarées par ceux-ci. Ces résultats semblent indiquer que l'impact des activités innovantes du programme est positif, autant pour les étudiants.que pour les professeurs des deux établissements considérés. Notre étude a contribué à explorer le terrain quasi vierge des innovations curriculaires en formation des enseignants du secondaire et donc du réel changement de culture que vivent actuellement certains établissements d'enseignement post-secondaire quant aux pratiques des professeurs et, de facto , aux perceptions et aux conceptions des étudiants et des professeurs concernant ces pratiques et le programme dans lequel elles s'inscrivent. Notre étude a d'ailleurs mis de l'avant un certain nombre d'éléments concernant les programmes innovants et la compréhension de ceux-ci.

L'analyse de la cohérence et de la cohésion dans la restitution orale et dans la restitution écrite par un jeune francophone du premier cycle secondaire diagnostiqué dysphasique

La présente recherche porte sur la cohérence et la cohésion qu'il existe dans l'expression orale d'un jeune dysphasique du premier cycle du secondaire et dans la production écrite effectuée par celui-ci. Compte tenu du problème de langage parlé que présente entre autres la dysphasie, le risque de trouver le même problème est possiblement présent dans la production écrite. Cela a des répercussions au niveau scolaire dans l'expression de ses idées, l'apprentissage de l'écriture, peut-être même dans la compréhension de ce qu'il écoute et lit. Non seulement, cela a-t-il des conséquences dans les résultats académiques, mais aussi dans les relations sociales avec ses pairs et ses enseignants puisqu'il ne saisit pas certains énoncés du langage tels que des jeux de mots ou des métaphores. De plus, il a de la difficulté à exprimer clairement ses idées et ses opinions. Ces obstacles à l'expression orale et celle écrite peuvent éventuellement marginaliser le jeune dysphasique et le démotiver. Des études ont mis en évidence qu'il existe une relation entre le langage parlé et l'apprentissage de l'écriture : si le jeune dysphasique éprouve des difficultés à s'exprimer oralement, il en sera de même dans la production écrite. Toutefois, d'autres études démontrent que l'apprentissage de l'écriture aide à améliorer le langage oral. Toutes ces études ont été effectuées sur de jeunes enfants au niveau préscolaire ou au primaire; elles ont été faites à partir de textes narratifs restitués par des jeunes n'ayant par de problème de langage. Notre recherche, qui est exploratoire et descriptive, concerne des jeunes du premier cycle du secondaire et la collecte de données s'est faite à partir d'un texte courant. Elle visait deux objectifs spécifiques : premièrement, analyser la cohérence et la cohésion dans la restitution orale et celle écrite d'un sujet tout-venant et dans celles d'un jeune dysphasique; et deuxièmement, décrire les relations entre les restitutions des deux sujets. Pour ce faire, la collecte de données s'est déroulée de la manière suivante : nous avons demandé à deux jeunes de deuxième et troisième secondaires, l'un, tout-venant et l'autre, dysphasique, de restituer ce qu'ils se rappelaient de l'écoute d'un texte à dominante descriptive laquelle leur a été faite à tour de rôle. Dans un premier temps, ils devaient rappeler oralement le contenu du texte lu, et dans un deuxième temps, ils devaient écrire ce dont ils se souvenaient du même texte. Une fois les restitutions orales transcrites sous forme de Verbatim, elles ont été, tout comme les restitutions écrites, décrites et comparées entre elles selon les critères suivants : la cohérence (intégration et hiérarchisation et la cohésion (récurrence, coréférence, contiguïté sémantique et connecteurs). Les résultats obtenus montrent d'abord que les restitutions orales et écrites présentent des similitudes quant à la cohérence et la cohésion. Les restitutions écrites sont légèrement plus détaillées, c'est-à-dire quelques idées ont été ajoutées ou précisées. Par exemple, dans la restitution orale, comme dans celle écrite, le sujet tout-venant mentionne que les fourmis d'Argentine pourraient être "dangereuses pour les arbres fruitiers". Dans sa restitution écrite, il ajoute comme informations que ces insectes "aiment le sucre" et qu'elles "vont dans les maisons". Les observations montrent aussi une différence entre les restitutions du jeune toutvenant et celles du jeune dysphasique. Ce dernier rappelle les informations du texte de façon cohérente et presque complète alors que le sujet tout-venant ne restitue que les informations de la première partie, et ce, de la façon la plus simple, soit par l'énumération sans connecteurs autres que ceux de l'énumération. Par contre, le sujet tout-venant maîtrise les procédés cohésifs mieux que le sujet dysphasique. Quant à ce dernier, il semble mieux réussir à l'écrit qu'à l'oral. La compréhension des informations de façon globale et, peut-être, le type de texte influencent les résultats dans le rappel des informations. Le sujet dysphasique peut restituer les idées, et ce, de façon structurée s'il saisit bien l'idée globale du texte qu'il lui a été lu, mais la microstructure est moins maîtrisée, sauf l'utilisation des connecteurs qui a probablement un lien plus étroit - que les autres procédés cohésifs - avec la cohérence et la compréhension des idées. Donc, à partir de l'analyse des restitutions orale et écrite, il semble que le trouble de langage aurait des répercussions au niveau des procédés de la cohésion, sauf dans le cas des connecteurs. L'utilisation de ceux-ci et les procédés de cohérence sont maîtrisés par le jeune dysphasique qui a compris le contenu du texte qui lui a été lu.

Importance du stress oxydant dans le diabète secondaire à la fibrose kystique

Introduction : La fibrose kystique (FK) est une maladie génétique mortelle qui touche principalement les poumons et l’appareil digestif. Elle est causée par des mutations sur le gène codant la protéine du CFTR, un canal chlore exprimé à la surface des organes à sécrétions exocrines. Les fonctions principales du CFTR sont les suivantes: 1) la régulation de l’homéostasie ionique des sécrétions; 2) le maintien de la fluidité des sécrétions et; 3) le transport du glutathion. Le dysfonctionnement de la protéine du CFTR rend les sécrétions visqueuses et épaisses, avec des phénomènes obstructifs qui sont responsables de l’apparition de fibrose au sein des divers organes. Dans le poumon, l’accumulation du mucus épais rend difficile l’élimination des bactéries inhalées, ces dernières établissent alors des cycles d’infection qui endommagent les tissus pulmonaires à travers des processus inflammatoires. Dans le tube digestif, le mucus épais entrave l’absorption d’une quantité suffisante d’éléments nutritifs incluant les principaux antioxydants. L’infection et l’inflammation des poumons favorisent l’apparition d’un stress oxydant qui détruit davantage le tissu pulmonaire. Le déficit en glutathion, probablement lié au dysfonctionnement de la proteine du CFTR, et la malabsorption des antioxydants favorisent l’augmentation du stress oxydant. Une augmentation du stress oxydant a été démontrée au cours du diabète et les produits dérivés du stress oxydant ont été mis en évidence dans la pathogenèse des complications associées au diabète. Une augmentation du stress oxydant a également été montrée durant la FK, mais sans pour autant expliquer la survenue du diabète secondaire à la FK dont la prévalence augmente sans cesse. Objectifs : Notre étude consiste à évaluer l’impact du stress oxydant dans les anomalies du métabolisme du glucose durant la FK, et à étudier son rôle dans les mécanismes de sécrétion d’insuline induite par le glucose. Pour ce faire, nous avons déterminé l’impact de la peroxydation lipidique sur la tolérance au glucose et la défense antioxydante globale, in vivo, chez des patients FK présentant une altération du métabolisme du glucose. De plus, nous avons évalué le rôle du stress oxydatif sur la synthèse et la sécrétion d’insuline, in vitro, dans les cellules pancréatiques βTC-tet. Résultats : Dans l’étude in vivo, nous avons démontré que l’intolérance au glucose et le diabète étaient associés à une augmentation de la peroxydation lipidique, traduite par la hausse des niveaux sanguins de 4-hydroxynonenal lié aux protéines (HNE-P). La défense antioxydante évaluée par la mesure du glutathion sanguin démontre que les niveaux de glutathion oxydé restent également élevés avec l’intolérance au glucose. Dans l’étude in vitro, nos résultats ont mis en évidence que l’exposition de la cellule βTC-tet au stress oxydant: 1) induit un processus de peroxydation lipidique; 2) augmente la sécrétion basale d’insuline; 3) diminue la réponse de la sécrétion d’insuline induite par le glucose; et 4) n’affecte que légèrement la synthèse de novo de l’insuline. Nous avons aussi démontré que les cellules pancréatiques βTC-tet résistaient au stress oxydant en augmentant leur synthèse en glutathion tandis que la présence d’un antioxydant exogène pouvait restaurer la fonction sécrétoire de ces cellules. Conclusion : Le stress oxydant affecte le fonctionnement de la cellule pancréatique β de plusieurs manières : 1) il inhibe le métabolisme du glucose dont les dérivés sont nécessaires à la sécrétion d’insuline; 2) il active la voie de signalisation impliquant les gènes pro-inflammatoires et; 3) il affecte l’intégrité membranaire en induisant le processus de peroxydation lipidique.

Fondements épistémologiques et représentations sociales d’enseignants d’histoire du secondaire à l’égard de l’enseignement de l’histoire et de la formation citoyenne

Cette thèse s’intéresse aux fondements épistémologiques et à la vision que des enseignants d’histoire au secondaire entretiennent à l’égard de l’enseignement de l’histoire et de la formation citoyenne. La réflexion s’inscrit dans le contexte de la refonte des programmes d’enseignement de l’histoire qui engage dorénavant les maîtres d’histoire à éduquer à la citoyenneté démocratique. Ce projet éducationnel repose sur le postulat suivant : l’apprentissage de l’histoire, de sa pensée et de sa méthode permet de former des individus capables de réflexion critique autonome et informée. Cette vision de l’enseignement de l’histoire implique que les élèves s’exercent à la pensée historienne, à l’analyse des sources et à la construction d’interprétations historiques. Ce faisant, ils développeraient une compréhension du monde fondée sur la maîtrise de concepts et une pensée complexe, ce qui servirait de ce fait la citoyenneté. La recherche a par ailleurs démontré que les maîtres avaient recours à des méthodes pédagogiques plus traditionnelles (Charland, 2003; Martineau, 1997). C’est donc à des changements de pratiques qu’appelle le ministère de l’Éducation. Or un tel changement ne se déclare pas « d’en haut ». Les convictions des maîtres sont lentes à se transformer et ce sont elles qui déterminent la formation historienne et citoyenne que recevront les élèves. Nous en avons fait notre objet d’étude pour cette recherche en recourant à la théorie des représentations sociales. Nous avons adopté le modèle du noyau central (Abric, 1994) et celui des principes organisateurs qui permet d’identifier les relations existantes entre plusieurs représentations. Nous avons effectué une recherche exploratoire de type qualitative. Des entretiens individuels semi-dirigés d’une durée moyenne de 120 minutes ont été réalisés avec un échantillon comptant 18 enseignants d’histoire au secondaire de Montréal, de Québec et de communautés amérindiennes du Québec. L’outil de cueillette et d’analyse des données s’inspire grandement des développements méthodologiques réalisés par la recherche sur les représentations sociales (évocation hiérarchisée continuée ou limitée, schémas conceptuels) (Abric, 1994; 1997). Les résultats permettent d’identifier les fondements épistémologiques et didactiques, le contenu et la structure, de même que les relations existant entre les représentations de l’enseignement de l’histoire et de la formation à la citoyenneté. Ils ont également mis en lumière les convictions idéologiques et pédagogiques des maîtres d’histoire.

Études de type structure fonction du couplage électromécanique et de la coopérativité sous-unitaire chez les canaux potassiques dépendants du voltage

Les canaux potassiques voltage-dépendants forment des tétramères dont chaque sous-unité comporte six segments transmembranaires (S1 à S6). Le pore, formé des segments S5-S6 de chaque sous-unité, est entouré de quatre domaines responsables de la sensibilité au potentiel membranaire, les senseurs de voltage (VS; S1-S4). Lors d’une dépolarisation membranaire, le mouvement des résidus chargés situés dans le VS entraine un mouvement de charges détectable en électrophysiologie, le courant de « gating ». L’activation du VS conduit à l'ouverture du pore, qui se traduit par un changement de conformation en C-terminal du segment S6. Pour élucider les principes qui sous-tendent le couplage électromécanique entre ces deux domaines, nous avons étudié deux régions présumées responsables du couplage chez les canaux de type Shaker K+, soit la région carboxy-terminale du segment S6 et le lien peptidique reliant les segments transmembranaire S4-S5 (S4-5L). Avec la technique du « cut-open voltage clamp fluorometry » (COVCF), nous avons pu déterminer que l’interaction inter-sous-unitaire RELY, formée par des acides aminés situés sur le lien S4-5L et S6 de deux sous-unités voisines, est impliquée dans le développement de la composante lente observée lors du retour des charges de « gating » vers leur état de repos, le « OFF-gating ». Nous avons observé que l’introduction de mutations dans la région RELY module la force de ces interactions moléculaires et élimine l’asymétrie observée dans les courants de « gating » de type sauvage. D’ailleurs, nous démontrons que ce couplage inter-sous-unitaire est responsable de la stabilisation du pore dans l’état ouvert. Nous avons également identifié une interaction intra-sous-unitaire entre les résidus I384 situé sur le lien S4-5L et F484 sur le segment S6 d’une même sous-unité. La déstabilisation de cette interaction hydrophobique découple complètement le mouvement des senseurs de voltage et l'ouverture du pore. Sans cette interaction, l’énergie nécessaire pour activer les VS est moindre en raison de l’absence du poids mécanique appliqué par le pore. De plus, l’abolition du couplage électromécanique élimine également le « mode shift », soit le déplacement de la dépendance au voltage des charges de transfert (QV) vers des potentiels hyperpolarisants. Ceci indique que le poids mécanique du pore imposé au VS entraine le « mode shift », en modulant la conformation intrinsèque du VS par un processus allostérique.

Synthèse et caractérisation physicochimique de peptides de polyglutamines

Neuf maladies neurodégénératives sont le produit de l’expression de gènes mutés, dans lesquels le codon CAG est répété au-delà d’un seuil pathologique. Ceci produit des protéines mutantes dans lesquelles sont insérés des segments de polyglutamines (polyGln), qui perdent leur activité et acquièrent une nouvelle fonction, ce qui est toxique pour le neurone. Ces altérations sont attribuables aux propriétés particulières de la polyGln. En effet, ces dernières possèdent la capacité de s’assembler pour former des corps d’inclusion intracellulaires. Cette propension à l’agrégation de la polyGln rend difficile l’étude de ces pathologies. C’est ainsi que l’utilisation de peptides peut s’avérer une approche avantageuse. Toutefois, la synthèse de polyGln est associée à de nombreuses délétions et nécessite l’ajout de groupements chargés afin de permettre leur purification. Cependant, ce prérequis donne lieu à des interactions électrostatiques qui biaisent la structure et la cinétique d’agrégation de ces peptides, en plus d’interférer avec l’évaluation d’éventuels agents thérapeutiques. L’objectif du projet est de développer un système permettant l’étude de la polyGln en s’affranchissant des effets de charges. Pour ce faire, deux approches ont été explorées, la première utilise la polyGln non chargée et la seconde utilise une structure polyGln-morpholine ayant des charges labiles en fonction du pH. Ces peptides ont été produits en utilisant une approche linéaire de synthèse peptidique sur support solide avec protection maximale des chaînes latérales. La purification a été effectuée par chromatographie de haute performance en phase inverse en milieu acide. Ces stratégies ont permis de produire des peptides de polyGln de grande pureté avec des rendements acceptables. Une procédure de solubilisation des peptides alliant sonication et lyophilisation a été développée afin d’étudier chacun de ces peptides à l’aide de diverses techniques physicochimiques, telles que la diffusion de la lumière, la spectroscopie de résonance magnétique nucléaire, Raman et UV-visible, le dichroïsme circulaire et la microscopie optique polarisée. La polyGln non chargée solubilisée dans le trifluoroéthanol-eau a montré que la taille des particules et la vitesse d’agrégation sont proportionnelles à la fraction volumique en eau. De plus, la structure secondaire en solution est à prédominance alpha et semble être peu sensible à la fraction d’eau jusqu’à un certain seuil (25%) après lequel la structure aléatoire prédomine. L’analyse des agrégats à l’état solide montre des structures hélicoïdales > aléatoires et ont les caractéristiques des fibrilles amyloïdes. Le peptide de polyGln-morpholines a un pKa de 7,3 en milieu aqueux. Il demeure en solution lorsque le pH < pKa et à faible force ionique, alors qu’il s’autoassemble lorsque ces conditions ne sont pas respectées. Ceci suggère que la répulsion électrostatique est responsable de la stabilisation du peptide en solution. La dimension fractale nous indique que le peptide forme des agrégats compacts dont les constituants ont une taille de 2,5 nm, compatibles avec une conformation aléatoire compacte, en coude bêta ou hélicoïdale. Ceci est en accord avec l’étude structurale des peptides en solution qui a montré des espèces aléatoires > bêta > alpha. De plus, en RMN, l’élargissement des signaux du 1Hγ en cours d’agrégation suggère une interaction via les chaînes latérales. Les analyses en phase solide ont plutôt montré une prédominance de structures bêta et alpha. L’inhibition de l’agrégation à pH 8 varie selon rouge de Congo > tréhalose, alors que le peptide liant la polyGln 1 et la thioflavine T ne semble pas avoir d’effet. Ces approches ont donc permis pour la première fois de s’affranchir des effets de charges auparavant inhérents à l’étude de la polyGln en solution et par conséquent d’obtenir des informations inédites quant à la solubilité, la structure et la cinétique d’agrégation. Enfin, le dispositif à charges labiles permet d’évaluer l’efficacité d’éventuels agents thérapeutiques à pH quasi physiologique.

Développement de peptidomimétiques antagonistes du récepteur de l’interleukine-1β

Dans ce mémoire, je présente mes études sur la synthèse, la caractérisation et l’évaluation biologique de différentes séries d’analogues du D-heptapeptide appelé 101.10, un modulateur négatif allostérique du récepteur de l’interleukine-1β (IL-1β). Sachant que les peptides ont généralement de faibles propriétés pharmacologiques, le but de ce projet portait sur l’examen des structures nécessaires à la bioactivité, la conformation tridimensionnelle de ces derniers afin d’améliorer la droguabilité du peptide parent. Les stratégies d’optimisation du 101.10 utilisées furent : la coupure N- et C-terminale; la substitution par la proline, α-amino-γ-lactame (Agl), β-amino-γ-lactame (Bgl) et α-amino-β-hydroxy-γ-lactame (Hgl); et la rigidification du squelette à l’aide d’un bicycle, l’indolozidin-2-one (I2aa). Afin de clarifier certaines relations de structure-activité, quelques modifications furent apportées au peptide, incluant l’échange de la thréonine pour la valine, la permutation de la stéréochimie de certains résidus clés ainsi que le remplacement de certaines chaînes latérales par un méthyle. Pour pallier aux difficultés de reproductibilité des résultats avec des échantillons provenant de différentes sources, des études sur l’identité du contre-anion et la pureté du peptide furent conduites. Afin d’évaluer l’effet des modifications sur la conformation aqueuse et l’activité biologique du peptide, des analyses de dichroïsme circulaire et des tests in vitro mesurant l’inhibition de certains effets de l’IL-1β furent effectués. Ces essais cellulaires comportaient l’inhibition de la prolifération de cellules immunes et de l’activation des voies de signalisation inflammatoires du facteur nucléaire κB (NF-κB) et de la protéine kinase activée par mitogène (MAPK), toutes deux stimulées par l’IL-1β. La compilation de ces données a permis de déceler certaines tendances entre la structure, la conformation et l’activité anti-IL-1β des peptidomimétiques.

Conception, synthèse et diversification de l'azaGly-Pro : un mime de tour beta, outil d'étude structure-activité : application au développement d'un nouvel agent tocolytique

Les accouchements prématurés constituent un problème médical majeur en constante augmentation et ce, malgré tous les efforts mis en œuvre afin de contrer le déclenchement des contractions avant terme. Cette thèse relate du ''design'' rationnel d'un nouvel agent thérapeutique (i.e., tocolytique) qui serait capable de 1) arrêter les contractions, et 2) prolonger la gestation. Pour ce faire, une nouvelle cible, la prostaglandine F2α et son récepteur ont été sélectionnés et le peptidomimétisme a été choisi afin de résoudre cette problématique. L'introduction contient un historique rapide de la conception à la synthèse (''drug design'') du peptide parent, le PDC113, premier peptide a avoir démontré des aptitudes tocolytiques suffisantes pour faire du peptidomimétisme. La deuxième partie de l'introduction présente les concepts du peptidomimétisme appliqués au PDC113 qui ont permis d'accéder au PDC113.824, inhibiteur allostérique du récepteur de la prostaglandine F2α, et explique comment ce mime nous a permis d'élucider les mécanismes de signalisation intracellulaire impliqués dans la contraction musculaire lisse. Cette thèse présente la conception, la synthèse et l'étude structure-activité de mimes de repliement de tour β au sein du mime peptidique original (PDC113.824) dans lequel nous avons remplacé l'azabicycloalkane central (l'indolizidin-2-one) par une série d'autres azabicycloalcanes connus et des acides aza-aminés dont nous avons élaboré la synthèse. Dans un premier temps, une nouvelle stratégie de synthèse en solution de l'aza-glycyl-proline à partir de la diphényle hydrazone et du chloroformate de p-nitrophényle a été réalisée. Cette stratégie a permis d'éliminer les réactions secondaires de cyclisation intramoléculaires communément obtenues lors de l'introduction d'acides aza-aminés avec les protections traditionnelles de type carbamate en présence de phosgène, mais aussi de faciliter l'accès en une étape à des dérivés peptidiques du type aza-glycyle. L'élongation de l'aza-glycyl-proline en solution nous a permis d'accéder à un nouveau mime tetrapeptidique du Smac, un activateur potentiel de l'apoptose au sein de cellules cancéreuses. Par la suite, nous avons développé une stratégie de diversification sélective de l'azote α du résidu azaglycine en utilisant différents types d'halogénures d'alkyle en présence de tert-butoxyde de potassium. Afin de valider le protocole d'alkylation de l'aza-dipeptide, différents halogénures d'alkyle ont été testés. Nous avons également démontré l'utilité des aza-dipeptides résultants en tant que ''building block'' afin d'accéder à une variété d'azapeptides. En effet, l'aza-dipeptide a été déprotégée sélectivement soit en N-terminal soit en C-terminal, respectivement. D'autre part, la libération de l'amine de l'ester méthylique de l'aza-alkylglycyl-proline a conduit à une catégorie de composés à potentiel thérapeutique, les azadicétopipérazines (aza-DKP) par cyclisation intramoléculaire. Enfin, notre intérêt quant au développement d'un nouvel agent tocolytique nous a amené à développer une nouvelle voie de synthèse en solution du PDC113.824 permettant ainsi d'élucider les voies de signalisation intracellulaires du récepteur de la prostaglandine F2α. Afin de valider l'importance de la stéréochimie et d'étudier la relation structure/ activité du mime, nous avons remplacé l'indolizidin-2-one (I2aa) centrale du PDC113.824 par une série d'autres azabicycloalcanes et azadipeptides. Les azabicycloalcanes D-I2aa, quinolizidinone, et indolizidin-9-one ont été synthétisés et incorporés au sein du dit peptide ne donnant aucune activité ni in vitro ni ex vivo, validant ainsi l'importance du tour β de type II' pour le maintien de l'activité biologique du PDC113.824. Finalement, l'insertion d'une série de dérivés aza(alkyl)glycyl-prolyles a mené à de nouveaux inhibiteurs allostériques du récepteur de la PGF2α, l'un contenant l'azaglycine et l'autre, l'azaphénylalanine. Cette thèse a ainsi contribué, grâce à la conception et l'application de nouvelles méthodes de synthèse d'aza-peptides, au développement de nouveaux composés à potentiel thérapeutique afin d'inhiber le travail prématuré.

Quantification de la relation séquence-activité de l’ARN par prédiction de structure tridimensionnelle

Dans un premier temps, nous avons modélisé la structure d’une famille d’ARN avec une grammaire de graphes afin d’identifier les séquences qui en font partie. Plusieurs autres méthodes de modélisation ont été développées, telles que des grammaires stochastiques hors-contexte, des modèles de covariance, des profils de structures secondaires et des réseaux de contraintes. Ces méthodes de modélisation se basent sur la structure secondaire classique comparativement à nos grammaires de graphes qui se basent sur les motifs cycliques de nucléotides. Pour exemplifier notre modèle, nous avons utilisé la boucle E du ribosome qui contient le motif Sarcin-Ricin qui a été largement étudié depuis sa découverte par cristallographie aux rayons X au début des années 90. Nous avons construit une grammaire de graphes pour la structure du motif Sarcin-Ricin et avons dérivé toutes les séquences qui peuvent s’y replier. La pertinence biologique de ces séquences a été confirmée par une comparaison des séquences d’un alignement de plus de 800 séquences ribosomiques bactériennes. Cette comparaison a soulevée des alignements alternatifs pour quelques unes des séquences que nous avons supportés par des prédictions de structures secondaires et tertiaires. Les motifs cycliques de nucléotides ont été observés par les membres de notre laboratoire dans l'ARN dont la structure tertiaire a été résolue expérimentalement. Une étude des séquences et des structures tertiaires de chaque cycle composant la structure du Sarcin-Ricin a révélé que l'espace des séquences dépend grandement des interactions entre tous les nucléotides à proximité dans l’espace tridimensionnel, c’est-à-dire pas uniquement entre deux paires de bases adjacentes. Le nombre de séquences générées par la grammaire de graphes est plus petit que ceux des méthodes basées sur la structure secondaire classique. Cela suggère l’importance du contexte pour la relation entre la séquence et la structure, d’où l’utilisation d’une grammaire de graphes contextuelle plus expressive que les grammaires hors-contexte. Les grammaires de graphes que nous avons développées ne tiennent compte que de la structure tertiaire et négligent les interactions de groupes chimiques spécifiques avec des éléments extra-moléculaires, comme d’autres macromolécules ou ligands. Dans un deuxième temps et pour tenir compte de ces interactions, nous avons développé un modèle qui tient compte de la position des groupes chimiques à la surface des structures tertiaires. L’hypothèse étant que les groupes chimiques à des positions conservées dans des séquences prédéterminées actives, qui sont déplacés dans des séquences inactives pour une fonction précise, ont de plus grandes chances d’être impliqués dans des interactions avec des facteurs. En poursuivant avec l’exemple de la boucle E, nous avons cherché les groupes de cette boucle qui pourraient être impliqués dans des interactions avec des facteurs d'élongation. Une fois les groupes identifiés, on peut prédire par modélisation tridimensionnelle les séquences qui positionnent correctement ces groupes dans leurs structures tertiaires. Il existe quelques modèles pour adresser ce problème, telles que des descripteurs de molécules, des matrices d’adjacences de nucléotides et ceux basé sur la thermodynamique. Cependant, tous ces modèles utilisent une représentation trop simplifiée de la structure d’ARN, ce qui limite leur applicabilité. Nous avons appliqué notre modèle sur les structures tertiaires d’un ensemble de variants d’une séquence d’une instance du Sarcin-Ricin d’un ribosome bactérien. L’équipe de Wool à l’université de Chicago a déjà étudié cette instance expérimentalement en testant la viabilité de 12 variants. Ils ont déterminé 4 variants viables et 8 létaux. Nous avons utilisé cet ensemble de 12 séquences pour l’entraînement de notre modèle et nous avons déterminé un ensemble de propriétés essentielles à leur fonction biologique. Pour chaque variant de l’ensemble d’entraînement nous avons construit des modèles de structures tertiaires. Nous avons ensuite mesuré les charges partielles des atomes exposés sur la surface et encodé cette information dans des vecteurs. Nous avons utilisé l’analyse des composantes principales pour transformer les vecteurs en un ensemble de variables non corrélées, qu’on appelle les composantes principales. En utilisant la distance Euclidienne pondérée et l’algorithme du plus proche voisin, nous avons appliqué la technique du « Leave-One-Out Cross-Validation » pour choisir les meilleurs paramètres pour prédire l’activité d’une nouvelle séquence en la faisant correspondre à ces composantes principales. Finalement, nous avons confirmé le pouvoir prédictif du modèle à l’aide d’un nouvel ensemble de 8 variants dont la viabilité à été vérifiée expérimentalement dans notre laboratoire. En conclusion, les grammaires de graphes permettent de modéliser la relation entre la séquence et la structure d’un élément structural d’ARN, comme la boucle E contenant le motif Sarcin-Ricin du ribosome. Les applications vont de la correction à l’aide à l'alignement de séquences jusqu’au design de séquences ayant une structure prédéterminée. Nous avons également développé un modèle pour tenir compte des interactions spécifiques liées à une fonction biologique donnée, soit avec des facteurs environnants. Notre modèle est basé sur la conservation de l'exposition des groupes chimiques qui sont impliqués dans ces interactions. Ce modèle nous a permis de prédire l’activité biologique d’un ensemble de variants de la boucle E du ribosome qui se lie à des facteurs d'élongation.

Les ressources didactiques : typologie d’usages en lien avec la méthode historique et l’intervention éducative d’enseignants d’histoire au secondaire

Les manuels d’histoire ont souvent fait l’objet d’analyses concernant leur contenu et leur qualité, mais rarement leurs usages en classe. Cette thèse vise à décrire et analyser comment des enseignants d’histoire du Québec au secondaire utilisent le manuel et toute autre ressource didactique. Le problème consiste à mieux connaître ce qui se passe en classe depuis l’implantation de la réforme curriculaire, en 2001, et comment les conceptions des enseignants influencent leurs pratiques en lien avec l’exercice de la méthode historique. Ce travail décrit des pratiques enseignantes selon leur intervention éducative, les ressources didactiques utilisées et l’activité de l’élève en classe. Pour ce faire, la collecte de données est réalisée au travers d’un sondage en ligne (n= 81), d’observations en classe et d’entrevues (n=8) avec les participants. Les enseignants d’histoire utilisent souvent le manuel, mais leur intervention n’est pas structurée par son contenu ou ses exercices. Les cahiers d’exercices ou le récit de l’enseignant semblent structurer principalement leurs interventions. En fait, leurs conceptions sur l’enseignement et l’apprentissage en histoire déterminent le plus souvent l’usage du manuel et des autres ressources didactiques d’une manière traditionnelle ou d’une manière qui exerce authentiquement la méthode historique. Afin de décrire ces différents usages, la thèse propose une typologie qui distingue les différentes modalités mises en place afin d’utiliser les ressources didactiques et exercer la méthode historique. Trois principaux types sont énoncés : intensif, extensif et critique. Un quatrième type a été ajouté afin de mieux nuancer les différentes pratiques enseignantes rencontrées : extensif-méthodique. Ce dernier type s’explique par une pratique enseignante qui concilie les types extensif et critique selon les besoins de l’enseignant. La thèse souligne la persistance de pratiques transmissives et magistrocentrées qui limitent un exercice authentique de la méthode historique, alors que le curriculum vise un enseignement constructiviste et que plus de ressources sont disponibles pour les enseignants.

Portrait des difficultés des élèves du secondaire relativement à l’orthographe des formes homophones

Cette recherche descriptive vise à établir un portrait des principales difficultés rencontrées par les élèves du secondaire relativement à l’orthographe des homophones et cela à travers différents angles d’analyse. Nous avons d’abord fait ressortir l’importance des difficultés orthographiques chez les élèves du secondaire québécois et mis en relief la proportion de ces erreurs attribuée à l’orthographe des homophones. À partir des données recueillies par le groupe de recherche Projet grammaire-écriture qui s’est donné comme objectif, dans un premier temps, de recueillir de nombreuses données à travers deux instruments de collecte (une dictée et une production écrite), nous avons tout d’abord relevé les erreurs d’homophonie commises le plus fréquemment par les élèves pour ensuite analyser chacune des formes homophones problématiques en fonction de critères variés tels que leur fréquence lexicale dans la langue française, leur appartenance à une catégorie grammaticale particulière ou encore la structure syntaxique qui les sous-tend. Les erreurs les plus importantes ont fait l’objet d’une observation plus poussée : nous avons établi le pourcentage de graphies correctes versus erronées dans tous les textes des élèves. Finalement, nous avons aussi comparé nos résultats à ceux obtenus par McNicoll et Roy (1984) auprès d’une population de niveau primaire. Les résultats révélés par notre analyse montrent que ce sont principalement les finales verbales en /E/ qui posent problème aux élèves du secondaire, suivies par les formes homophones s’est/c’est/ces/ses et se/ce.

Portrait des difficultés des élèves du secondaire relativement à l’orthographe des formes homophones

Cette recherche descriptive vise à établir un portrait des principales difficultés rencontrées par les élèves du secondaire relativement à l’orthographe des homophones et cela à travers différents angles d’analyse. Nous avons d’abord fait ressortir l’importance des difficultés orthographiques chez les élèves du secondaire québécois et mis en relief la proportion de ces erreurs attribuée à l’orthographe des homophones. À partir des données recueillies par le groupe de recherche Projet grammaire-écriture qui s’est donné comme objectif, dans un premier temps, de recueillir de nombreuses données à travers deux instruments de collecte (une dictée et une production écrite), nous avons tout d’abord relevé les erreurs d’homophonie commises le plus fréquemment par les élèves pour ensuite analyser chacune des formes homophones problématiques en fonction de critères variés tels que leur fréquence lexicale dans la langue française, leur appartenance à une catégorie grammaticale particulière ou encore la structure syntaxique qui les sous-tend. Les erreurs les plus importantes ont fait l’objet d’une observation plus poussée : nous avons établi le pourcentage de graphies correctes versus erronées dans tous les textes des élèves. Finalement, nous avons aussi comparé nos résultats à ceux obtenus par McNicoll et Roy (1984) auprès d’une population de niveau primaire. Les résultats révélés par notre analyse montrent que ce sont principalement les finales verbales en /E/ qui posent problème aux élèves du secondaire, suivies par les formes homophones s’est/c’est/ces/ses et se/ce.