An SNP-based PCR assay to differentiate between Listeria monocytogenes lineages derived from phylogenetic analysis of the sigB gene

The alternative sigma factor sigB gene is involved in the stress response regulation of Listeria monocytogenes, and contributes towards growth and survival in adverse conditions. This gene was examined to determine if it could be a useful indicator of lineage differentiation, similar to the established method based on ribotyping. The sigB sequence was resolved in four local L. monocytogenes strains and the phylogenetic relationship among these, and a further 21 sigB gene sequences from strains of different serotype and lineage including two Listeria innocua strains, obtained from the GenBank database were determined. The sigB nucleotide sequences of these 25 Listeria strains were then examined for single nucleotide polymorphic (SNP) sites that could differentiate between the three lineages. Based on nucleotide sequences L. monocytogenes lineage F serotype 1/2b and 4b clustered together, lineage II/serotype 1/2a and 1/2c strains clustered together, lineage III/serotypes 4a and 4c strains clustered together and L. innocua strains clustered together as an outgroup. SNPs differentiating the three lineages were identified. Individual allele-specific PCR reactions based on these polymorphisms were successful in grouping known and a further 37 local L. monocytogenes isolates into the three lineages. (C) 2003 Elsevier B.V. All fights reserved.

Experiència de migració a Koha : Informe del procés d'implementació del SIGB Koha a la biblioteca de la Universidade Portucalense

Aquest treball té per objectiu reflectir l'experiència d'implementació del sistema integrat gestor de biblioteques (SIGB) Koha amb la corresponent migració de registres bibliogràfics en una biblioteca universitària. S'hi tracten els problemes amb què s'ha topat i les solucions adoptades.

Avaliação de software em open source para a gestão da Biblioteca UNL no Campus de Caparica

O presente trabalho parte da caracterização da Biblioteca UNL para desenvolver um estudo de avaliação dos principais Sistemas Integrados de Gestão de Bibliotecas (SIGB) em open source. Os SIGB são utilizados na automatização dos processos de trabalho das bibliotecas, através de diversos módulos funcionais e opções de configuração, e permitem a interoperabilidade através de normas e protocolos. O open source define-se como abordagem para o desenvolvimento e distribuição de software baseada no livre acesso ao código fonte, estando assim em oposição ao conceito de software proprietário. A Biblioteca UNL é caracterizada através da sua organização, dos seus espaços e recursos, dos seus processos de gestão documental e da infraestrutura tecnológica subjacente. O open source é abordado a partir da sua contextualização histórica, da organização dos seus projectos, das vantagens e inconvenientes para as instituições e do desenvolvimento e adopção de SIGB open source.

Identification of components of the Sigma B Regulon in Listeria monocytogenes that contribute to acid and salt tolerance

Sigma B (σB) is an alternative sigma factor that controls the transcriptional response to stress in Listeria monocytogenes and is also known to play a role in the virulence of this human pathogen. In the present study we investigated the impact of a sigB deletion on the proteome of L. monocytogenes grown in a chemically defined medium both in the presence and in the absence of osmotic stress (0.5 M NaCl). Two new phenotypes associated with the sigB deletion were identified using this medium. (i) Unexpectedly, the strain with the ΔsigB deletion was found to grow faster than the parent strain in the growth medium, but only when 0.5 M NaCl was present. This phenomenon was independent of the carbon source provided in the medium. (ii) The ΔsigB mutant was found to have unusual Gram staining properties compared to the parent, suggesting that σB contributes to the maintenance of an intact cell wall. A proteomic analysis was performed by two-dimensional gel electrophoresis, using cells growing in the exponential and stationary phases. Overall, 11 proteins were found to be differentially expressed in the wild type and the ΔsigB mutant; 10 of these proteins were expressed at lower levels in the mutant, and 1 was overexpressed in the mutant. All 11 proteins were identified by tandem mass spectrometry, and putative functions were assigned based on homology to proteins from other bacteria. Five proteins had putative functions related to carbon utilization (Lmo0539, Lmo0783, Lmo0913, Lmo1830, and Lmo2696), while three proteins were similar to proteins whose functions are unknown but that are known to be stress inducible (Lmo0796, Lmo2391, and Lmo2748). To gain further insight into the role of σB in L. monocytogenes, we deleted the genes encoding four of the proteins, lmo0796, lmo0913, lmo2391, and lmo2748. Phenotypic characterization of the mutants revealed that Lmo2748 plays a role in osmotolerance, while Lmo0796, Lmo0913, and Lmo2391 were all implicated in acid stress tolerance to various degrees. Invasion assays performed with Caco-2 cells indicated that none of the four genes was required for mammalian cell invasion. Microscopic analysis suggested that loss of Lmo2748 might contribute to the cell wall defect observed in the ΔsigB mutant. Overall, this study highlighted two new phenotypes associated with the loss of σB. It also demonstrated clear roles for σB in both osmotic and low-pH stress tolerance and identified specific components of the σB regulon that contribute to the responses observed.

Proteomic analyses of a Listeria monocytogenes mutant lacking σB identify new components of the σB regulon and highlight a role for σB in the utilization of glycerol

In Listeria monocytogenes the alternative sigma factor σB plays important roles in both virulence and stress tolerance. In this study a proteomic approach was used to define components of the σB regulon in L. monocytogenes 10403S (serotype 1/2a). Using two-dimensional gel electrophoresis and the recently developed isobaric tags for relative and absolute quantitation technique, the protein expression profiles of the wild type and an isogenic ΔsigB deletion strain were compared. Overall, this study identified 38 proteins whose expression was σB dependent; 17 of these proteins were found to require the presence of σB for full expression, while 21 were expressed at a higher level in the ΔsigB mutant background. The data obtained with the two proteomic approaches showed limited overlap (four proteins were identified by both methods), a finding that highlights the complementarity of the two technologies. Overall, the proteomic data reaffirmed a role for σB in the general stress response and highlighted a probable role for σB in metabolism, especially in the utilization of alternative carbon sources. Proteomic and physiological data revealed the involvement of σB in glycerol metabolism. Five newly identified members of the σB regulon were shown to be under direct regulation of σB using reverse transcription-PCR (RT-PCR), while random amplification of cDNA ends-PCR was used to map four σB-dependent promoters upstream from lmo0796, lmo1830, lmo2391, and lmo2695. Using RT-PCR analysis of known and newly identified σB-dependent genes, as well as proteomic analyses, σB was shown to play a major role in the stationary phase of growth in complex media.

Adopción de software libre y cooperación bibliotecaria : Implementación del sistema Koha en una biblioteca de investigación especializada en ciencias sociales

El objetivo del presente trabajo es describir la experiencia de implementación del Sistema Integrado de Gestión Bibliotecaria (SIGB) Koha en una biblioteca especializada en el campo de las ciencias sociales, la Biblioteca de Ciencias Sociales "Enzo Faletto" de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, Sede Académica Argentina. El software seleccionado responde a la intención de adaptar sus procesos a los avances tecnológicos y estándares internacionales que permitan la interoperabilidad con otros sistemas, así como al trabajo cooperativo con otras bibliotecas que facilite el intercambio de datos. De igual forma se corresponde con la política institucional de la Facultad de utilización de software libre. Se exponen las etapas de trabajo aplicadas para el cambio de sistema: tareas iniciales de evaluación de todos los tipos de datos registrados en los catálogos de la biblioteca y las correcciones y homogeneización de los mismos. Asimismo, se detalla el proceso de migración, a través de una proceso de reformateo, de los formatos CEPAL y RELAP, que incluyen registros bibliográficos de ;obras monográficas, artículos y revistas en diversos soportes físicos, al formato MARC21 empleado por Koha. Se destaca la captación de la experiencia realizada por una biblioteca universitaria en este aspecto para resolver de modo cooperativo la problemática de la migración de datos. Se presenta también una de las principales dificultades de la biblioteca de no contar con un número de identificación unívoco que identifique cada ítem existente en su colección, requisito indispensable para todos los SIGB, y la solución adoptada ante esta problemática. Finalmente, se exponen la etapa ;de instalación y configuración del software en su versión 3.16.01.000, y las tareas de adaptación y ajustes del catálogo para su consulta en línea por los usuarios finales, con opciones enriquecidas para las búsquedas de diferente tipo y la navegabilidad de los resultados

Evaluación de colecciones en una biblioteca académica : Aplicación y comparación de los métodos de Slote y McClellan en relación al expurgo

En el presente trabajo se realiza una evaluación de una sección de la colección de una biblioteca universitaria argentina con el fin de conocer la viabilidad de aplicación y la utilidad de los métodos de Slote y McClellan orientados al expurgo. Se acota el estudio a la clase 33X y sus subclases de CDU. Los métodos seleccionados son cuantitativos y se basan en el historial de préstamo de los ejemplares de dicha área temática. El método de Slote propone el cálculo de la variable shelf-time period, teniendo en cuenta la fecha de alta en el sistema, la fecha de último préstamo y la fecha de préstamo anterior. Mientras que el método de McClellan propone calcular la escala de expurgo dividiendo la cantidad de préstamos que experimentan los ejemplares del área temática elegida a lo largo de un año, por el objetivo de fondos, que se calcula teniendo en cuenta la cantidad de libros en estante, la cantidad de libros prestados y fondo disponible ideal; y de esa manera conocer qué punto de la colección requiere acciones correctivas en lo inmediato. Los resultados dan cuenta tanto de la utilidad, como de las ventajas y desventajas de las variables de análisis propuestas por cada autor. En este sentido, queda comprobado que el método de McClellan resulta complejo en su aplicación, por la cantidad de datos que requiere, mientras que el de Slote es sencillo y permite, incluso, recolectar los datos de manera manual. La principal problemática encontrada al finalizar el análisis es que el Sistema Integrado de Gestión Bibliotecaria (SIGB) llevaba poco tiempo en funcionamiento y complicó la interpretación de los resultados, que se vieron totalmente sesgados por la gran cantidad de ejemplares que no habían circulado nunca. Dicho estudio se complementa con un análisis de las Políticas de Desarrollo de Colecciones (PDC) de bibliotecas académicas argentinas, latinoamericanas y españolas en las que se intenta observar qué lugar se le da a la evaluación de la colección y al expurgo

Evaluación de colecciones en una biblioteca académica : Aplicación y comparación de los métodos de Slote y McClellan en relación al expurgo

En el presente trabajo se realiza una evaluación de una sección de la colección de una biblioteca universitaria argentina con el fin de conocer la viabilidad de aplicación y la utilidad de los métodos de Slote y McClellan orientados al expurgo. Se acota el estudio a la clase 33X y sus subclases de CDU. Los métodos seleccionados son cuantitativos y se basan en el historial de préstamo de los ejemplares de dicha área temática. El método de Slote propone el cálculo de la variable shelf-time period, teniendo en cuenta la fecha de alta en el sistema, la fecha de último préstamo y la fecha de préstamo anterior. Mientras que el método de McClellan propone calcular la escala de expurgo dividiendo la cantidad de préstamos que experimentan los ejemplares del área temática elegida a lo largo de un año, por el objetivo de fondos, que se calcula teniendo en cuenta la cantidad de libros en estante, la cantidad de libros prestados y fondo disponible ideal; y de esa manera conocer qué punto de la colección requiere acciones correctivas en lo inmediato. Los resultados dan cuenta tanto de la utilidad, como de las ventajas y desventajas de las variables de análisis propuestas por cada autor. En este sentido, queda comprobado que el método de McClellan resulta complejo en su aplicación, por la cantidad de datos que requiere, mientras que el de Slote es sencillo y permite, incluso, recolectar los datos de manera manual. La principal problemática encontrada al finalizar el análisis es que el Sistema Integrado de Gestión Bibliotecaria (SIGB) llevaba poco tiempo en funcionamiento y complicó la interpretación de los resultados, que se vieron totalmente sesgados por la gran cantidad de ejemplares que no habían circulado nunca. Dicho estudio se complementa con un análisis de las Políticas de Desarrollo de Colecciones (PDC) de bibliotecas académicas argentinas, latinoamericanas y españolas en las que se intenta observar qué lugar se le da a la evaluación de la colección y al expurgo

Adopción de software libre y cooperación bibliotecaria : Implementación del sistema Koha en una biblioteca de investigación especializada en ciencias sociales

El objetivo del presente trabajo es describir la experiencia de implementación del Sistema Integrado de Gestión Bibliotecaria (SIGB) Koha en una biblioteca especializada en el campo de las ciencias sociales, la Biblioteca de Ciencias Sociales "Enzo Faletto" de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, Sede Académica Argentina. El software seleccionado responde a la intención de adaptar sus procesos a los avances tecnológicos y estándares internacionales que permitan la interoperabilidad con otros sistemas, así como al trabajo cooperativo con otras bibliotecas que facilite el intercambio de datos. De igual forma se corresponde con la política institucional de la Facultad de utilización de software libre. Se exponen las etapas de trabajo aplicadas para el cambio de sistema: tareas iniciales de evaluación de todos los tipos de datos registrados en los catálogos de la biblioteca y las correcciones y homogeneización de los mismos. Asimismo, se detalla el proceso de migración, a través de una proceso de reformateo, de los formatos CEPAL y RELAP, que incluyen registros bibliográficos de ;obras monográficas, artículos y revistas en diversos soportes físicos, al formato MARC21 empleado por Koha. Se destaca la captación de la experiencia realizada por una biblioteca universitaria en este aspecto para resolver de modo cooperativo la problemática de la migración de datos. Se presenta también una de las principales dificultades de la biblioteca de no contar con un número de identificación unívoco que identifique cada ítem existente en su colección, requisito indispensable para todos los SIGB, y la solución adoptada ante esta problemática. Finalmente, se exponen la etapa ;de instalación y configuración del software en su versión 3.16.01.000, y las tareas de adaptación y ajustes del catálogo para su consulta en línea por los usuarios finales, con opciones enriquecidas para las búsquedas de diferente tipo y la navegabilidad de los resultados

Adopción de software libre y cooperación bibliotecaria : Implementación del sistema Koha en una biblioteca de investigación especializada en ciencias sociales

El objetivo del presente trabajo es describir la experiencia de implementación del Sistema Integrado de Gestión Bibliotecaria (SIGB) Koha en una biblioteca especializada en el campo de las ciencias sociales, la Biblioteca de Ciencias Sociales "Enzo Faletto" de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, Sede Académica Argentina. El software seleccionado responde a la intención de adaptar sus procesos a los avances tecnológicos y estándares internacionales que permitan la interoperabilidad con otros sistemas, así como al trabajo cooperativo con otras bibliotecas que facilite el intercambio de datos. De igual forma se corresponde con la política institucional de la Facultad de utilización de software libre. Se exponen las etapas de trabajo aplicadas para el cambio de sistema: tareas iniciales de evaluación de todos los tipos de datos registrados en los catálogos de la biblioteca y las correcciones y homogeneización de los mismos. Asimismo, se detalla el proceso de migración, a través de una proceso de reformateo, de los formatos CEPAL y RELAP, que incluyen registros bibliográficos de ;obras monográficas, artículos y revistas en diversos soportes físicos, al formato MARC21 empleado por Koha. Se destaca la captación de la experiencia realizada por una biblioteca universitaria en este aspecto para resolver de modo cooperativo la problemática de la migración de datos. Se presenta también una de las principales dificultades de la biblioteca de no contar con un número de identificación unívoco que identifique cada ítem existente en su colección, requisito indispensable para todos los SIGB, y la solución adoptada ante esta problemática. Finalmente, se exponen la etapa ;de instalación y configuración del software en su versión 3.16.01.000, y las tareas de adaptación y ajustes del catálogo para su consulta en línea por los usuarios finales, con opciones enriquecidas para las búsquedas de diferente tipo y la navegabilidad de los resultados

A stationary-phase stress-response sigma factor from Mycobacterium tuberculosis.

Alternative RNA polymerase sigma factors are a common means of coordinating gene regulation in bacteria. Using PCR amplification with degenerate primers, we identified and cloned a sigma factor gene, sigF, from Mycobacterium tuberculosis. The deduced protein encoded by sigF shows significant similarity to SigF sporulation sigma factors from Streptomyces coelicolor and Bacillus subtilis and to SigB, a stress-response sigma factor, from B. subtilis. Southern blot surveys with a sigF-specific probe identified cross-hybridizing bands in other slow-growing mycobacteria, Mycobacterium bovis bacille Calmette-Guérin (BCG) and Mycobacterium avium, but not in the rapid-growers Mycobacterium smegmatis or Mycobacterium abscessus. RNase protection assays revealed that M. tuberculosis sigF mRNA is not present during exponential-phase growth in M. bovis BCG cultures but is strongly induced during stationary phase, nitrogen depletion, and cold shock. Weak expression of M. tuberculosis sigF was also detected during late-exponential phase, oxidative stress, anaerobiasis, and alcohol shock. The specific expression of M. tuberculosis sigF during stress or stationary phase suggests that it may play a role in the ability of tubercle bacilli to adapt to host defenses and persist during human infection.

Evaluación de colecciones en una biblioteca académica : Aplicación y comparación de los métodos de Slote y McClellan en relación al expurgo

En el presente trabajo se realiza una evaluación de una sección de la colección de una biblioteca universitaria argentina con el fin de conocer la viabilidad de aplicación y la utilidad de los métodos de Slote y McClellan orientados al expurgo. Se acota el estudio a la clase 33X y sus subclases de CDU. Los métodos seleccionados son cuantitativos y se basan en el historial de préstamo de los ejemplares de dicha área temática. El método de Slote propone el cálculo de la variable shelf-time period, teniendo en cuenta la fecha de alta en el sistema, la fecha de último préstamo y la fecha de préstamo anterior. Mientras que el método de McClellan propone calcular la escala de expurgo dividiendo la cantidad de préstamos que experimentan los ejemplares del área temática elegida a lo largo de un año, por el objetivo de fondos, que se calcula teniendo en cuenta la cantidad de libros en estante, la cantidad de libros prestados y fondo disponible ideal; y de esa manera conocer qué punto de la colección requiere acciones correctivas en lo inmediato. Los resultados dan cuenta tanto de la utilidad, como de las ventajas y desventajas de las variables de análisis propuestas por cada autor. En este sentido, queda comprobado que el método de McClellan resulta complejo en su aplicación, por la cantidad de datos que requiere, mientras que el de Slote es sencillo y permite, incluso, recolectar los datos de manera manual. La principal problemática encontrada al finalizar el análisis es que el Sistema Integrado de Gestión Bibliotecaria (SIGB) llevaba poco tiempo en funcionamiento y complicó la interpretación de los resultados, que se vieron totalmente sesgados por la gran cantidad de ejemplares que no habían circulado nunca. Dicho estudio se complementa con un análisis de las Políticas de Desarrollo de Colecciones (PDC) de bibliotecas académicas argentinas, latinoamericanas y españolas en las que se intenta observar qué lugar se le da a la evaluación de la colección y al expurgo