OpenWordNet-PT: an open brazilian wordnet for reasoning

Brazilian Portuguese needs a Wordnet that is open access, downloadable and changeable, so that it can be improved by the community interested in using it for knowledge representation and automated deduction. This kind of resource is also very valuable to linguists and computer scientists interested in extracting and representing knowledge obtained from texts. We discuss briefly the reasons for a Brazilian Portuguese Wordnet and the process we used to get a preliminary version of such a resource. Then we discuss possible steps to improving our preliminary version.

Coxsackievirus 135 induced apoptosis of HeLa cells: Effects on p53 and SUMO

Coxsackievirus B5 (CVB5), a human enterovirus of the family Picornaviridae, is a frequent cause of acute and chronic human diseases. The pathogenesis of enteroviral infections is not completely understood, and the fate of the CVB5-infected cell has a pivotal role in this process. We have investigated the CVB5-induced apoptosis of HeLa cells and found that it happens by the intrinsic pathway by a mechanism dependent on the ubiquitin-proteasome system, associated with nuclear aggregation of p53. Striking redistribution of both SUMO and UBC9 was noted at 4 h post-infection, simultaneously with a reduction in the levels of the ubiquitin-ligase HDM2. Taken together, these results suggest that CVB5 infection of HeLa cells elicit the intrinsic pathway of apoptosis by MDM2 degradation and p53 activation, destabilizing protein sumoylation, by a mechanism that is dependent on a functional ubiquitin-proteasome system. (C) 2009 Elsevier Inc. All rights reserved.

The Object Management Group Ontology Definition Metamodel

Report of a submission being made to a major international software engineering standards group, the Object Management Group which ties together OMG standards with World-Wide Web Consortium and International Standards Organization standards. Major industry bodies including IBM are collaborating, and the submission has the support of 24 companies. OMG, W3C and ISO standards strongly influence the industry, especially in combination. Colomb was a major contributor, responsible for 30% of the submission, and the primary author of the paper.

Conceptual modelling and ontology: Possibilities and pitfalls

Conceptual modelling is an activity undertaken during information systems development work to build a representation of selected semantics about some real-world domain. Ontological theories have been developed to account for the structure and behavior of the real world in general. In this paper, I discuss why ontological theories can be used to inform conceptual modelling research, practice, and pedagogy. I provide examples from my research to illustrate how a particular ontological theory has enabled me to improve my understanding of certain conceptual modelling practices and grammars. I describe, also, how some colleagues and I have used this theory to generate several counter-intuitive, sometimes surprising predictions about widely advocated conceptual modelling practices - predictions that subsequently were supported in empirical research we undertook. Finally, I discuss several possibilities and pitfalls I perceived to be associated with our using ontological theories to underpin research on conceptual modelling.

Representing organizational structures in enterprise architecture : an ontology-based approach

Arquitetura Corporativa promove o estabelecimento de uma visão holística da estrutura e forma de trabalho de uma organização. Um dos aspectos abordados em Arquitetura Corporativa está associada a "estrutura ativa" da organização, que diz respeito a “quem" realiza as atividades organizacionais. Várias abordagens têm sido propostas a fim de proporcionar um meio para a representação de Arquitetura Corporativa, entre as quais ARIS, RM-ODP, UPDM e ArchiMate. Apesar da aceitação por parte da comunidade, as abordagens existentes se concentram em propósitos diferentes, têm limitações de escopo e algumas não têm semântica de mundo real bem definida. Além das abordagens de modelagem, muitas abordagens de ontologias têm sido propostas, a fim de descrever o domínio de estrutura ativa, incluindo as ontologias de SUPER Project, TOVE, Enterprise Ontology e W3C Org Ontology. Embora especificadas para fundamentação semântica e negociação de significado, algumas das abordagens propostas têm fins específicos e cobertura limitada. Além disso, algumas das abordagens não são definidas usando linguagens formais e outras são especificadas usando linguagens sem semântica bem definida. Este trabalho apresenta uma ontologia de referência bem fundamentada para o domínio organizacional. A ontologia organizacional de referência apresentada abrange os aspectos básicos discutidos na literatura organizacional, tais como divisão do trabalho, relações sociais e classificação das unidades estruturais. Além disso, também abrange os aspectos organizacionais definidos em abordagens existentes, levando em consideração tanto abordagens de modelagem quanto abordagens ontológicas. A ontologia resultante é especificada em OntoUML e estende os conceitos sociais de UFO-C.

Ontology mapping evolution

Introdução Hoje em dia, o conceito de ontologia (Especificação explícita de uma conceptualização [Gruber, 1993]) é um conceito chave em sistemas baseados em conhecimento em geral e na Web Semântica em particular. Entretanto, os agentes de software nem sempre concordam com a mesma conceptualização, justificando assim a existência de diversas ontologias, mesmo que tratando o mesmo domínio de discurso. Para resolver/minimizar o problema de interoperabilidade entre estes agentes, o mapeamento de ontologias provou ser uma boa solução. O mapeamento de ontologias é o processo onde são especificadas relações semânticas entre entidades da ontologia origem e destino ao nível conceptual, e que por sua vez podem ser utilizados para transformar instâncias baseadas na ontologia origem em instâncias baseadas na ontologia destino. Motivação Num ambiente dinâmico como a Web Semântica, os agentes alteram não só os seus dados mas também a sua estrutura e semântica (ontologias). Este processo, denominado evolução de ontologias, pode ser definido como uma adaptação temporal da ontologia através de alterações que surgem no domínio ou nos objectivos da própria ontologia, e da gestão consistente dessas alterações [Stojanovic, 2004], podendo por vezes deixar o documento de mapeamento inconsistente. Em ambientes heterogéneos onde a interoperabilidade entre sistemas depende do documento de mapeamento, este deve reflectir as alterações efectuadas nas ontologias, existindo neste caso duas soluções: (i) gerar um novo documento de mapeamento (processo exigente em termos de tempo e recursos computacionais) ou (ii) adaptar o documento de mapeamento, corrigindo relações semânticas inválidas e criar novas relações se forem necessárias (processo menos existente em termos de tempo e recursos computacionais, mas muito dependente da informação sobre as alterações efectuadas). O principal objectivo deste trabalho é a análise, especificação e desenvolvimento do processo de evolução do documento de mapeamento de forma a reflectir as alterações efectuadas durante o processo de evolução de ontologias. Contexto Este trabalho foi desenvolvido no contexto do MAFRA Toolkit1. O MAFRA (MApping FRAmework) Toolkit é uma aplicação desenvolvida no GECAD2 que permite a especificação declarativa de relações semânticas entre entidades de uma ontologia origem e outra de destino, utilizando os seguintes componentes principais: Concept Bridge – Representa uma relação semântica entre um conceito de origem e um de destino; Property Bridge – Representa uma relação semântica entre uma ou mais propriedades de origem e uma ou mais propriedades de destino; Service – São aplicados às Semantic Bridges (Property e Concept Bridges) definindo como as instâncias origem devem ser transformadas em instâncias de destino. Estes conceitos estão especificados na ontologia SBO (Semantic Bridge Ontology) [Silva, 2004]. No contexto deste trabalho, um documento de mapeamento é uma instanciação do SBO, contendo relações semânticas entre entidades da ontologia de origem e da ontologia de destino. Processo de evolução do mapeamento O processo de evolução de mapeamento é o processo onde as entidades do documento de mapeamento são adaptadas, reflectindo eventuais alterações nas ontologias mapeadas, tentando o quanto possível preservar a semântica das relações semântica especificadas. Se as ontologias origem e/ou destino sofrerem alterações, algumas relações semânticas podem tornar-se inválidas, ou novas relações serão necessárias, sendo por isso este processo composto por dois sub-processos: (i) correcção de relações semânticas e (ii) processamento de novas entidades das ontologias. O processamento de novas entidades das ontologias requer a descoberta e cálculo de semelhanças entre entidades e a especificação de relações de acordo com a ontologia/linguagem SBO. Estas fases (“similarity measure” e “semantic bridging”) são implementadas no MAFRA Toolkit, sendo o processo (semi-) automático de mapeamento de ontologias descrito em [Silva, 2004].O processo de correcção de entidades SBO inválidas requer um bom conhecimento da ontologia/linguagem SBO, das suas entidades e relações, e de todas as suas restrições, i.e. da sua estrutura e semântica. Este procedimento consiste em (i) identificar as entidades SBO inválidas, (ii) a causa da sua invalidez e (iii) corrigi-las da melhor forma possível. Nesta fase foi utilizada informação vinda do processo de evolução das ontologias com o objectivo de melhorar a qualidade de todo o processo. Conclusões Para além do processo de evolução do mapeamento desenvolvido, um dos pontos mais importantes deste trabalho foi a aquisição de um conhecimento mais profundo sobre ontologias, processo de evolução de ontologias, mapeamento etc., expansão dos horizontes de conhecimento, adquirindo ainda mais a consciência da complexidade do problema em questão, o que permite antever e perspectivar novos desafios para o futuro.

Enhancing information retrieval in folksonomies using ontology of place constructed from Gazetteer information

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Development of an interface for ontology‐based transformation between features of different types

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Evaluating the combination of relaxation and argumentation in ontology matching negotiation

No decorrer dos últimos anos, os agentes (inteligentes) de software foram empregues como um método para colmatar as dificuldades associadas com a gestão, partilha e reutilização de um crescente volume de informação, enquanto as ontologias foram utilizadas para modelar essa mesma informação num formato semanticamente explícito e rico. À medida que a popularidade da Web Semântica aumenta e cada vez informação é partilhada sob a forma de ontologias, o problema de integração desta informação amplifica-se. Em semelhante contexto, não é expectável que dois agentes que pretendam cooperar utilizem a mesma ontologia para descrever a sua conceptualização do mundo. Inclusive pode revelar-se necessário que agentes interajam sem terem conhecimento prévio das ontologias utilizadas pelos restantes, sendo necessário que as conciliem em tempo de execução num processo comummente designado por Mapeamento de Ontologias [1]. O processo de mapeamento de ontologias é normalmente oferecido como um serviço aos agentes de negócio, podendo ser requisitado sempre que seja necessário produzir um alinhamento. No entanto, tendo em conta que cada agente tem as suas próprias necessidades e objetivos, assim como a própria natureza subjetiva das ontologias que utilizam, é possível que tenham diferentes interesses relativamente ao processo de alinhamento e que, inclusive, recorram aos serviços de mapeamento que considerem mais convenientes [1]. Diferentes matchers podem produzir resultados distintos e até mesmo contraditórios, criando-se assim conflitos entre os agentes. É necessário que se proceda então a uma tentativa de resolução dos conflitos existentes através de um processo de negociação, de tal forma que os agentes possam chegar a um consenso relativamente às correspondências que devem ser utilizadas na tradução de mensagens a trocar. A resolução de conflitos é considerada uma métrica de grande importância no que diz respeito ao processo de negociação [2]: considera-se que existe uma maior confiança associada a um alinhamento quanto menor o número de conflitos por resolver no processo de negociação que o gerou. Desta forma, um alinhamento com um número elevado de conflitos por resolver apresenta uma confiança menor que o mesmo alinhamento associado a um número elevado de conflitos resolvidos. O processo de negociação para que dois ou mais agentes gerem e concordem com um alinhamento é denominado de Negociação de Mapeamentos de Ontologias. À data existem duas abordagens propostas na literatura: (i) baseadas em Argumentação (e.g. [3] [4]) e (ii) baseadas em Relaxamento [5] [6]. Cada uma das propostas expostas apresenta um número de vantagens e limitações. Foram propostas várias formas de combinação das duas técnicas [2], com o objetivo de beneficiar das vantagens oferecidas e colmatar as suas limitações. No entanto, à data, não são conhecidas experiências documentadas que possam provar tal afirmação e, como tal, não é possível atestar que tais combinações tragam, de facto, o benefício que pretendem. O trabalho aqui apresentado pretende providenciar tais experiências e verificar se a afirmação de melhorias em relação aos resultados das técnicas individuais se mantém. Com o objetivo de permitir a combinação e de colmatar as falhas identificadas, foi proposta uma nova abordagem baseada em Relaxamento, que é posteriormente combinada com as abordagens baseadas em Argumentação. Os seus resultados, juntamente com os da combinação, são aqui apresentados e discutidos, sendo possível identificar diferenças nos resultados gerados por combinações diferentes e possíveis contextos de utilização.

An ontology to support evolvable production systems

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Multilingual ontology specification: a collaborative approach

19-22 June 2012 Madrid, Spain

An ontology roadmap for crowdsourcing innovation intermediaries

Ontologies have proliferated in the last years, essentially justified by the need of achieving a consensus in the multiple representations of reality inside computers, and therefore the accomplishment of interoperability between machines and systems. Ontologies provide an explicit conceptualization that describes the semantics of the data. Crowdsourcing innovation intermediaries are organizations that mediate the communication and relationship between companies that aspire to solve some problem or to take advantage of any business opportunity with a crowd that is prone to give ideas based on their knowledge, experience and wisdom, taking advantage of web 2.0 tools. Various ontologies have emerged, but at the best of our knowledge, there isn’t any ontology that represents the entire process of intermediation of crowdsourcing innovation. In this paper we present an ontology roadmap for developing crowdsourcing innovation ontology of the intermediation process. Over the years, several authors have proposed some distinct methodologies, by different proposals of combining practices, activities, languages, according to the project they were involved in. We start making a literature review on ontology building, and analyse and compare ontologies that propose the development from scratch with the ones that propose reusing other ontologies. We also review enterprise and innovation ontologies known in literature. Finally, are presented the criteria for selecting the methodology and the roadmap for building crowdsourcing innovation intermediary ontology.

An ontology-based representation of an agent-based controlled robotic cell

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciência e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Upper Ontology for Multi-Agent Energy Systems’ Applications

Energy systems worldwide are complex and challenging environments. Multi-agent based simulation platforms are increasing at a high rate, as they show to be a good option to study many issues related to these systems, as well as the involved players at act in this domain. In this scope the authors research group has developed three multi-agent systems: MASCEM, which simulates the electricity markets; ALBidS that works as a decision support system for market players; and MASGriP, which simulates the internal operations of smart grids. To take better advantage of these systems, their integration is mandatory. For this reason, is proposed the development of an upper-ontology which allows an easier cooperation and adequate communication between them. Additionally, the concepts and rules defined by this ontology can be expanded and complemented by the needs of other simulation and real systems in the same areas as the mentioned systems. Each system’s particular ontology must be extended from this top-level ontology.