ClpB proteina: informazio-bilketa eta proteomika ituratuaren bidez aztertzeko esperimentuaren diseinua

Zelulen bizi zikloan zehar zein inguruneko estimulu edo erasoen aurrean, geneek adierazpenean aldaketak pairatzen dituzte; proteinen sintesia beraz, prozesu dinamikoa da. Proteomikak izugarrizko jauzia suposatu du egoera ezberdinetan sintetizatzen diren proteinen inguruko ezagutzan. Hasiera batean esfortzu gehienak identifikaziora bideratzen ziren arren, azken hamarkadetan identifikazioaz gain, kuantifikazioak indar handia hartu du. Hala izanik, gaur egun ikerkuntza arloan lagin biologiko konplexuetako proteinen identifikazio eta kuantifikazioa bereizmen handiz eta era errepikakorrean burutzeko metodoen behar handia dago. Proteomika diziplina sortu zenetik eta berrikuntza teknologikoek lagunduta, geneen adierazpen mailaren, isoformen eta itzulpen ondoko eraldaketen inguruko geroz eta informazio gehiago lortzen den arren, egunera arte erabilitako metodo guztiek zenbait muga edo traba agertzen dituztela ukaezina da. 2D geletako proteinen analisiarekin hasi eta masa espektrometrian oinarritutako eskala handiko proteomikatik igarota, gaur egun masa espektrometrian oinarritzen den eta puri-purian dagoen proteomika ituratura heldu gara. Azken hurbilketa honek lagin konplexuetan bereizmen eta espezifikotasun handiz, interesekoa den proteina jakin bat edo batzuk identifikatu eta kuantifikatzeko aukera eskaintzen du. Proteomika ituratua SRM (Single Reaction Monitoring) teknikaren eskutik agertu zen arren, gaur egun PRM (Parallel Reaction Monitoring) teknika ari da aurrekoarekiko gailentzen are bereizmen eta sentikortasun handiagoa eskaintzen baitu. Testuingurua hau izanik, aurkezten den lan honetan, Escherichia coliren (E. coli) ClpB proteinaren identifikazioa burutzeko PRM bidezko esperimentu bat diseinatu da. Batetik, proteina honen jarraipena egiteko erabiliko diren peptido proteotipikoen aukeraketa eskala handiko MS/MS esperimentuen bidez zein eskuragarri dauden datu-baseak erabilita burutu daitekeela frogatu da. Bestetik, PRM esperimentua lagin konplexu batekin burutu eta hautatutako peptidoak behatu daitezkeela ikusi da. Are gehiago, lortutako emaitzei erreparatuta, peptidoen aukeraketa esperimentuaren arrakastarako faktore erabakigarria dela ondorioztatu da. Gainera, proiektu honetan aurkezten den lanarekin, orain arteko biokimikako beste teknikek eskatzen duten lan eskerga ekiditen da. Hortaz, PRM teknika lagin konplexuetan inolako frakzionamendu, purifikazio edo aberastasun pausorik gabe intereseko proteina baten kuantifikazioa burutzeko metodo egokia dela frogatu da.

Nup93: informazio-bilketa eta proteomika ituratuaren bidez aztertzeko esperimentuaren diseinua

Gaur egun informazio teknologiei esker edozein gairi buruz eskuratu dezakegun informazioa izugarria da. Proteinei buruzko informazioa leku askotan sakabanatuta dago eta informazio hori bilatu eta biltzeak garrantzi handia du ikerketa proiektu bat abiatzerakoan. Proteomikak oso lagin konplexuetan dauden proteinak identifikatu eta kuantifikatzen ditu. Orain arte proteomika egiteko modurik arruntena shotgun proteomika izan da, bere helburua ahalik eta proteina gehien inolako aurreiritzirik gabe analizatzea delarik. Orain dela gutxi, proteomika kuantitatibo ituratua aplikatzen hasi da, proteina jakin batzuk oso modu sentikorrean eta fidagarrian kuantifikatzeko asmotan, Western plapaketaren alternatiba izatera helduz. Behin metodo ituratua diseinatu eta gero, lagin askotan erabiltzeko aukera ematen du, baina estrategia honek proteina bakoitzarentzako metodo ituratua diseinatzea eskatzen du. Nukleoko poro-konplexuak [Nuclear pore complexes (NPCs)] nukleoaren azalean zeharreko zitoplasma eta nukleoplasmaren arteko proteinen eta azido nukleikoen garraioan dira bitartekari. Aldi berean, iragazkortasun-hesia osatzen dute sarbidea mugatuz. NPCak zelulako konplexu handienetarikoak dira. Euren tamaina handia izanik ere (60 MDa ornodunen kasuan), gutxi gora behera nukleoporina (Nups) izeneko 30 proteina desberdinez osatuta daude. Nukleoporina desberdinak azpikonplexuak osatuz agertu ohi dira. Nup93 konplexuak, NPC egiturara errekrutatutako bigarren azpi-konplexurik handienak, NPCaren mihiztaduran ezinbesteko rola betetzen duela argitaratu dute berriki. Hizkuntza/Idioma: Euskera