In silico analysis of mitochondrial proteins

Le rôle important joué par la mitochondrie dans la cellule eucaryote est admis depuis longtemps. Cependant, la composition exacte des mitochondries, ainsi que les processus biologiques qui sy déroulent restent encore largement inconnus. Deux facteurs principaux permettent dexpliquer pourquoi létude des mitochondries progresse si lentement : le manque defficacité des méthodes didentification des protéines mitochondriales et le manque de précision dans lannotation de ces protéines. En conséquence, nous avons développé un nouvel outil informatique, YimLoc, qui permet de prédire avec succès les protéines mitochondriales à partir des séquences génomiques. Cet outil intègre plusieurs indicateurs existants, et sa performance est supérieure à celle des indicateurs considérés individuellement. Nous avons analysé environ 60 génomes fongiques avec YimLoc afin de lever la controverse concernant la localisation de la bêta-oxydation dans ces organismes. Contrairement à ce qui était généralement admis, nos résultats montrent que la plupart des groupes de Fungi possèdent une bêta-oxydation mitochondriale. Ce travail met également en évidence la diversité des processus de bêta-oxydation chez les champignons, en corrélation avec leur utilisation des acides gras comme source dénergie et de carbone. De plus, nous avons étudié le composant clef de la voie de bêta-oxydation mitochondriale, lacyl-CoA déshydrogénase (ACAD), dans 250 espèces, couvrant les 3 domaines de la vie, en combinant la prédiction de la localisation subcellulaire avec la classification en sous-familles et linférence phylogénétique. Notre étude suggère que les gènes ACAD font partie dune ancienne famille qui a adopté des stratégies évolutionnaires innovatrices afin de générer un large ensemble denzymes susceptibles dutiliser la plupart des acides gras et des acides aminés. Finalement, afin de permettre la prédiction de protéines mitochondriales à partir de données autres que les séquences génomiques, nous avons développé le logiciel TESTLoc qui utilise comme données des Expressed Sequence Tags (ESTs). La performance de TESTLoc est significativement supérieure à celle de tout autre outil de prédiction connu. En plus de fournir deux nouveaux outils de prédiction de la localisation subcellulaire utilisant différents types de données, nos travaux démontrent comment lassociation de la prédiction de la localisation subcellulaire à dautres méthodes danalyse in silico permet daméliorer la connaissance des protéines mitochondriales. De plus, ces travaux proposent des hypothèses claires et faciles à vérifier par des expériences, ce qui présente un grand potentiel pour faire progresser nos connaissances des métabolismes mitochondriaux.

Rôle du GPR91 dans la réponse à l'hypoxie-ischémie et l'importance de sa localisation intracellulaire

L'adaptation à l'environnement est essentielle à la survie cellulaire et des organismes en général. La capacité d'adaptation aux variations en oxygène repose sur des mécanismes de détection de l'hypoxie et une capacité à répondre en amorçant un programme d'angiogenèse. Bien que la contribution du facteur induit par l'hypoxie (HIF) est bien définie dans l'induction d'une telle réponse, d'autres mécanismes sont susceptibles d'être impliqués. Dans cette optique, les études démontrant l'influence du métabolisme énergétique sur le développement vasculaire sont de plus en plus nombreuses. L'un de ces composés, le succinate, a récemment été démontré comme étant le ligand du GPR91, un récepteur couplé aux protéines G. Parmi les différents rôles attribués à ce récepteur, notre laboratoire s'intéressa aux rôles du GPR91 dans la revascularisation observée suite à des situations d'hypoxie dont ceux affectant la rétine. Il existe cependant d'autres conditions pour lesquelles une revascularisation serait bénéfique notamment suite à un stress hypoxique-ischémique cérébral. Nos travaux ont pour objectifs de mieux comprendre le rôle et le fonctionnement de ce récepteur durant le développement et dans le cadre de pathologies affectant la formation de vaisseaux sanguins. Dans un premier temps, nous avons déterminé le rôle du GPR91 dans la guérison suite à un stress hypoxique-ischémique cérébral chez le nouveau-né. Nous montrons que ce récepteur est exprimé dans le cerveau et en utilisant des souris n'exprimant pas le GPR91, nous démontrons que dans un modèle d'hypoxie-ischémie cérébrale néonatal l'angiogenèse prenant place au cours de la phase de guérison dépend largement du récepteur. L'injection intracérébrale de succinate induit également l'expression de nombreux facteurs proangiogéniques et les résultats suggèrent que le GPR91 contrôle la production de ces facteurs. De plus, l'injection de ce métabolite avant le modèle d'hypoxie-ischémie réduit substantiellement la taille de l'infarctus. In vitro, des essaies de transcription génique démontrent qu'à la fois les neurones et les astrocytes répondent au succinate en induisant l'expression de facteurs bénéfiques à la revascularisation. En considérant le rôle physiologique important du GPR91, une seconde étude a été entreprise afin de comprendre les déterminants moléculaires régissant son activité. Bien que la localisation subcellulaire des RCPG ait traditionnellement été considérée comme étant la membrane plasmique, un nombre de publications indique la présence de ces récepteurs à l'intérieur de la cellule. En effet, tel qu'observé par microscopie confocale, le récepteur colocalise avec plusieurs marqueurs du réticulum endoplasmique, que celui-ci soit exprimé de façon endogène ou transfecté transitoirement. De plus, l’activation des gènes par stimulation avec le succinate est fortement affectée en présence d'inhibiteur du transport d'acides organiques. Nous montrons que le profil de facteurs angiogéniques est influencé selon la localisation ce qui affecte directement l'organisation du réseau tubulaire ex vivo. Finalement, nous avons identifié une région conservée du GPR91 qui agit de signal de rétention. De plus, nous avons découvert l'effet de l'hypoxie sur la localisation. Ces travaux confirment le rôle de régulateur maître de l'angiogenèse du GPR91 lors d'accumulation de succinate en condition hypoxique et démontrent pour la première fois l'existence, et l'importance, d'un récepteur intracellulaire activé par un intermédiaire du métabolisme. Ces données pavent donc la voie à une nouvelle avenue de traitement ciblant GPR91 dans des pathologies hypoxiques ischémiques cérébrales et soulèvent l'importance de tenir compte de la localisation subcellulaire de la cible dans le processus de découverte du médicament.

Prédiction de la réponse aux SSRI chez les patients avec épisode majeur de dépression par l'étude du métabolisme cérébral par PET/CT au F-18-FDG

Contexte : Les patients souffrant d'un épisode dépressif sévère sont fréquemment traités par des inhibiteurs sélectifs de la recapture de la sérotonine (SSRI). Cependant, seulement 30-50% des patients répondront à ce type de traitement. Actuellement, il n'existe pas de marqueur biologique utilisable pour prédire la réponse à un traitement par SSRI. Un délai dans la mise en place d'une thérapie efficace peut avoir comme conséquences néfastes une augmentation du risque de suicide et une association avec un moins bon pronostic à long terme lors d'épisodes ultérieurs. Objectif : Par l'étude du métabolisme cérébral par tomographie par émission de positons (PET) au F-18-fluorodeoxyglucose (FDG), nous étudierons la présence de corrélations éventuelles entre la réponse clinique, qui généralement survient dans les 4 à 6 semaines après l'instauration du traitement antidépresseur, et une modification du métabolisme cérébral mesuré plus précocement, dans le but d'identifier les futurs répondeurs au traitement par SSRI. Méthodes : Cette étude longitudinale comprendra 20 patients unipolaires avec un épisode dépressif sévère au bénéfice d'un traitement par SSRI. Chacun des patients aura deux examens PET cérébraux au F-18-FDG. Le premier PET aura lieu juste avant le début du traitement aux SSRI et le second dans la 3ème semaine après début du traitement. La réponse clinique sera mesurée à 3 mois, et les répondeurs seront identifiés par une diminution significative des scores lors d'évaluation sur échelles de dépression. La recherche d'altérations métaboliques cérébrales sera faite en évaluant: (1) l'examen de base ou (2) l'examen PET précoce, à la recherche d'altérations spécifiques corrélées à une bonne réponse clinique, afin d'obtenir une valeur pronostique quant à la réponse au traitement. L'analyse de l'imagerie cérébrale utilisera la technique SPM (Statistical Parameter Mapping) impliquant un traitement numérique voxel par voxel des images PET. Résultats escomptés : Cette étude caractérisant les variations du métabolisme cérébral dans la phase précoce d'un traitement par SSRI vise à identifier des marqueurs métaboliques potentiels fournissant une valeur prédictive quant à la future efficacité du traitement SSRI introduit. Plus-value escomptée : L'identification d'un tel marqueur métabolique permettrait d'identifier rapidement les futurs répondeurs aux SSRI, et par conséquent d'éviter de proposer aux non-répondeurs la poursuite d'une médication, pendant plusieurs semaines, qui aurait peu de chance d'être efficace. Ainsi, une identification précoce des répondeurs aux SSRI pourrait permettre d'éviter des délais dans la mise en place d'une thérapie efficace et d'obtenir une amélioration du pronostic à plus long terme, avec une influence favorable sur les coûts de la santé.

La cohorte OstéoLaus: évaluation des outils de routine clinique pour la prédiction de la fracture ostéoporotique [OsteoLaus: prediction of osteoporotic fractures by clinical risk factors and DXA, IVA and TBS].

OsteoLaus is a cohort of 1400 women 50 to 80 years living in Lausanne, Switzerland. Clinical risk factors for osteoporosis, bone ultrasound of the heel, lumbar spine and hip bone mineral density (BMD), assessment of vertebral fracture by DXA, and microarchitecture evaluation by TBS (Trabecular Bone Score) will be recorded. TBS is a new parameter obtained after a re-analysis of a DXA exam. TBS is correlated with parameters of microarchitecture. His reproducibility is good. TBS give an added diagnostic value to BMD, and predict osteoporotic fracture (partially) independently to BMD. The position of TBS in clinical routine in complement to BMD and clinical risk factors will be evaluated in the OsteoLaus cohort.

Intérêt des marqueurs sanguins dans la prédiction de la toxicité radio-induite [Interest of blood markers in predicting radiation-induced toxicity].

The oncologic outcome and the total dose are highly correlated with the treatment by ionizing radiation. The dose increase (total or per fraction) may provoke late-side effects that are potentially irreversible. The radiation-induced CD8 lymphocyte apoptotic value and the molecular modifications within the lymphocyte are capable of predicting the level of risk of developing late-side effects after curative intent radiotherapy. In this review, we present the different blood assays in this setting and discuss the current possibilities of researches, namely those involving the proteomic process.

Apport de l'angiographie au vert d'indocyanine (ICG) dans la localisation des néovascularisations chororoidiennes occultes [Value of indocyanine green angiography in localization of occult choroid neovascularization]

PURPOSE: To determine the role of Indocyanin Green (ICG) angiography in localizing occult new vessels associated with age-related macular degeneration (ARMD) and assess the possibilities of ICG guided laser photocoagulations. PATIENTS AND METHODS: Fluorescein and ICG angiographies (IMAGEnet system) of 62 patients with occult new vessels (ONV), serous (SPED) or vascular (VPED) pigment epithelium detachment have been studied. RESULTS: Based on fondoscopic examination and fluorescein angiography, 43 eyes (69%) disclosed ONV, 8 (13%) SPED and 11 (18%) VPED. Choroidal neovascularisation was confirmed by ICG angiography in 37 ONV cases (86%), in 8 (72%) VPED cases, but in no SPED. Conversion of ONV in classical neovascular membranes was possible in 19 ONV cases (44%) and in 6 (54%) VPED cases, making a laser photocoagulation possible in 9 eyes (36%). CONCLUSION: ICG angiography plays an important role in the evaluation, classification and laser treatment of patients with ONV secondary to ARMD.

Prédiction de la fracture vertébrale: pouvoir discriminant de l'IMC, de la DMO, du TBS, du FRAX, seuls ou combinés. L'étude OsteoLaus.

Introduction. - L'ostéoporose est caractérisée par une diminution de la DMO et une altération de la microarchitecture (MA). La MA est évaluable en routine clinique par la mesure du Trabecular Bone Score (TBS), par simple ré-analyse de l'image lombaire de la DMO. Le TBS a démontré sa valeur diagnostique et pronostique, partiellement indépendante des FRC et le la DMO. Le but de la cohorte OsteoLaus est de combiner en routine clinique les FRC et les informations données par la DXA (DMO, TBS, VFA) et FRAX pour mieux identifier les femmes à risque de fracture. Matériels et Méthodes. - Dans la cohorte OsteoLaus (1 500 femmes, 50 à 80 ans, Lausanne, Suisse) les FRC, la DMO lombaire et de la hanche, l'IVA, le TBS et le FRAX sont relevés. La sensibilité et la spécificité des différents outils pour prédire les fractures vertébrales (FxV) de grade 2/3 ont été calculées. Résultats. - Nous avons inclus 451 femmes : âge 67,4 ± 6,7 ans, IMC 26,1 ± 4,6, DMO lombaire 0,943 ± 0,168 (T-score -1,4 SD), TBS 1,271 ± 0,103. La corrélation entre DMO et TBS est faible (r2 = 0,16). La prévalence des FxV 2/3 est de 9,3 %. Conclusion. - L'IMC a un mauvais pouvoir discriminant dans notre cohorte. Ces résultats préliminaires confirment l'indépendance partielle entre le TBS et la DMO. Une approche combinant TBS et FRAX semble être le meilleur compromis en termes de sensibilité/spécificité pour identifier les femmes avec une FxV 2/3 prévalente qui aurait pu être mal classifiée par la DMO ou le TBS ou le FRAX seuls.

L'impact de la fiscalite sur la localisation des investissements au canada, 1971-1988.

Rapport de recherche

Analyse de la localisation génomique et identification de nouvelles fonctions des sous-unités Rpb4/Rpb7 de l’ARN polymérase II et des facteurs TFIIF, TFIIS et UBR5

Grâce à un grand nombre d’études biochimiques, génétiques et structurales effectuées dans les dernières années, des avancements considérables ont été réalisés et une nouvelle vision du processus par lequel la machinerie transcriptionnelle de l’ARN polymérase II (Pol II) décode l’information génétique a émergé. De nouveaux indices ont été apportés sur la diversité des mécanismes de régulation de la transcription, ainsi que sur le rôle des facteurs généraux de transcription (GTFs) dans cette diversification. Les travaux présentés dans cette thèse amènent de nouvelles connaissances sur le rôle des GTFs humains dans la régulation des différentes étapes de la transcription. Dans la première partie de la thèse, nous avons analysé la fonction de la Pol II et des GTFs humains, en examinant de façon systématique leur localisation génomique. Les patrons obtenus par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) des versions de GTFs portant une étiquette TAP (Tandem-Affinity Purification) indiquent de nouvelles fonctions in vivo pour certains composants de cette machinerie et pour des éléments structuraux de la Pol II. Nos résultats suggèrent que TFIIF et l’hétérodimère Rpb4–Rpb7 ont une fonction spécifique pendant l’étape d’élongation transcriptionnelle in vivo. De plus, notre étude amène une première image globale de la fonction des GTFs pendant la réaction transcriptionnelle dans des cellules mammifères vivantes. Deuxièmement, nous avons identifié une nouvelle fonction de TFIIS dans la régulation de CDK9, la sous-unité kinase du facteur P-TEFb (Positive Transcription Elongation Factor b). Nous avons identifié deux nouveaux partenaires d’interaction pour TFIIS, soit CDK9 et la E3 ubiquitine ligase UBR5. Nous montrons que UBR5 catalyse l’ubiquitination de CDK9 in vitro. De plus, la polyubiquitination de CDK9 dans des cellules humaines est dépendante de UBR5 et TFIIS. Nous montrons aussi que UBR5, CDK9 and TFIIS co-localisent le long du gène  fibrinogen (FBG) et que la surexpression de TFIIS augmente les niveaux d’occupation par CDK9 de régions spécifiques de ce gène, de façon dépendante de UBR5. Nous proposons que TFIIS a une nouvelle fonction dans la transition entre les étapes d’initiation et d’élongation transcriptionnelle, en régulant la stabilité des complexes CDK9-Pol II pendant les étapes précoces de la transcription.

L’évaluation du risque en fonction de l’âge : l’efficacité de l’évaluation structurée dans la prédiction de la récidive

Huit instruments d’évaluation du risque ont été appliqués sur 580 délinquants sexuels. Il s’agit du VRAG, du SORAG, du RRASOR, de la Statique-99, de la Statique-2002, du RM-2000, du MnSORT-R et du SVR-20. De plus, les sujets ont été cotés sur la PCL-R, qui vise la mesure de la psychopathie, mais qui a fait ses preuves en matière de prédiction de la récidive (Gendreau, Little, et Goggin, 1996). En vue de mesurer l’efficacité de ces instruments et de la PCL-R, une période de suivi de 25 ans a été observée. Aussi, une division de l’échantillon a été faite par rapport à l’âge au moment de la libération, afin de mesurer les différences entre les délinquants âgés de 34 ans et moins et ceux de 35 ans et plus. Le présent travail vise à répondre à trois objectifs de recherche, soit 1) Décrire l’évolution du risque en fonction de l’âge, 2) Étudier le lien entre l’âge, le type de délinquant et la récidive et 3) Comparer l’efficacité de neuf instruments structurés à prédire quatre types de récidive en fonction de l’âge. Les résultats de l’étude suggèrent que l’âge influence le niveau de risque représenté par les délinquants. Par ailleurs, les analyses des différents types de récidive indiquent que le type de victime privilégié par les délinquants influence également ce niveau de risque. Les implications théoriques et pratiques seront discutées.

La prédiction de la récidive sexuelle, violente et criminelle chez les agresseurs de femmes adultes et d'enfants

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Prédiction de la toxicocinétique des composés organiques volatils à partir de leur structure moléculaire

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Développement de la sensibilité à la localisation sonore dans le collicule supérieur du rat Long-Evans

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal