Filogenia molecular de cianobactérias baseada em sequências do 16S-23S-ITS rDNA e PC-IGS: investigação de transferência lateral do PC

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Trentepohliales (Ulvophyceae, Chlorophyta) de biomas brasileiros: flora, taxonomia e filogenia

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biologia Vegetal) - IBRC

Filogenia e classificação dos percevejos-verdes do grupo Nezara Amyot & Serville (Hemiptera, Pentatomidae, Pentanominae)

Os percevejos-do-mato da família Pentatomidae formam um dos maiores grupos dentre os hemípteros-heterópteros, sendo encontrados principalmente nas regiões tropicais. São exclusivamente terrestres e a maioria das espécies têm hábitos fitófagos, algumas delas registradas como pragas de plantas. A atual classificação do grupo encontra-se em intenso debate, mas a definição de grupos monofiléticos e o estudo das relações entre esses grupos dentro de Pentatomidae ainda são relativamente escassos. Este trabalho aborda o estudo de um grupo de percevejos-verdes (Pentatomidae) historicamente relacionados ao gênero Nezara Amyot & Serville. A análise cladística incluíndo, incialmente, 28 espécies de 11 gêneros de Pentatominae e 53 caracteres morfológicos permitiu a definição de um grupo monofilético que inclui 8 gêneros (6 conhecidos e dois novos), aqui denominado grupo Nezara. As características diagnósticas para o grupo incluem duas sinapomorfias: lobo ventral do tubérculo antenífero desenvolvido e espessamento secundário das gonapófises 9 amplos. Os resultados indicam que o gênero Chinavia, como atualmente configurado, é polifilético. A seguinte classificação para o grupo Nezara, em notação parentética, é proposta: (Pseudoacrosternum((Aethemenes, Nezara) (Genêro1 (Porphyroptera (Neoacrosternum (Gênero2(Chinavia))))))) Os gêneros Glaucias, Acrosternum e Parachinavia não compartilham as sinapomorfias dos gêneros do grupo Nezara e os resultados indicam uma relação mais próxima com outros gêneros de Pentatominae. As espécies Parachinavia prunasis (Dallas) comb. nov. e Neoacrosternum varicornis (Dallas) comb. nov. são transferidas dos gêneros Acrosternum e Chinavia, respectivamente. Com base no padrão de distribuição dos táxons do grupo Nezara, é discutida uma hipótese sobre a origem e diversificação do grupo. Dois novos gêneros são propostos: Schoutedenia gen. nov., para incluir S. distans (Schouteden) comb. nov., e Afrochinavia gen. nov., para incluir A. rinapsa comb. nov. Uma chave dicotômica para identificação, a diagnose dos clados resultantes da análise cladística e a descrição atualizada dos gêneros do grupo Nezara são apresentadas Com base no exame dos holótipos das espécies de Chinavia, as seguintes sinonimias são propostas: Chinavia aequale (Linnavuori, 1975) é sinônimo júnior de Chinavia aliena (Schouteden, 1960); Chinavia amosi (Linnavuori, 1982) é sinônimo júnior de Chinavia kaisaka (Schouteden, 1960); Chinavia bella (Rolston, 1983) é sinônimo júnior de Chinavia nigrodorsata (Breddin, 1901); Chinavia gerstockeri (Bergroth, 1893) é sinônimo júnior de Chinavia pallidoconspersa (Stal, 1858); e Chinavia panizzi (Frey-da- Silva & Grazia, 2001) é sinônimo júnior de Chinavia obstinata (Stal, 1860). Uma lista remissiva das espécies incluídas é fornecida, incluíndo as seis novas espécies de Chinavia Orian descritas neste trabalho: Chinavia vanduzeei sp. nov. do Peru e Brasil (AM, PA); Chinavia schuhi sp. nov. do Peru, Colômbia e Brasil (AM); Chinavia sebastiaoi sp. nov. do Brasil (MS), Bolívia e Paraguai; Chinavia cearensis sp. nov., Chinavia tuiucauna sp. nov. e Chinavia rufitibia sp. nov. do Brasil (CE, BA e PR, respectivamente). No Brasil, são registradas 32 espécies de Chinavia, dentre as quais 18 endêmicas; uma chave pictórica para a identificação das espécies e a diagnose, dados de distribuição e, quando disponível, o registro das plantas hospedeiras de cada uma delas, são apresentados.

Filogenia molecular, taxas evolutivas, tempo de divergência e herança organelar em Passiflora L. (Passifloraceae)

Passiflora é um gênero neotropical que apresenta uma grande variabilidade floral e foliar, o que dificulta enormemente sua classificação taxonômica. A característica mais marcante do gênero é a corona de filamentos em suas flores. Para melhor entender a taxonomia de Passiflora, foram analisadas sete regiões de seu DNA, englobando os genomas plastidial, mitocondrial e nuclear de 104 espécies. Essas espécies incluem 19 dos 23 subgêneros da classificação morfológica antiga e todos os quatro subgêneros da classificação mais recente, também baseada em caracteres externos. Os resultados corroboraram a proposta mais recente, que divide o gênero em quatro subgêneros (Astrophea, Decaloba, Deidamioides e Passiflora), com a adição de mais um, Tryphostemmatoides. Os três subgêneros com o número de espécies mais representativo (Astrophea, Decaloba e Passiflora) formam grupos monofiléticos estatisticamente bem fundamentados. No entanto, Deidamioides não é monofilético em todas as análises e marcadores, enquanto que Tryphostemmatoides é representado por apenas uma espécie. Foram também estudadas as prováveis datas de surgimento de Passiflora e sua diversificação nos três principais subgêneros, através do estudo de quatro regiões do DNA, englobando também os três genomas, em 70 espécies. Verificou-se que o gênero Passiflora deve ter aparecido há cerca de 42 milhões de anos atrás (Ma); Decaloba parece ter sido o primeiro subgênero a se estabelecer (35 Ma), enquanto que os subgêneros Astrophea e Passiflora devem ter se diversificado há 24 Ma Estes dois subgêneros parecem ter tido uma radiação rápida em comparação a Decaloba, que possui árvores filogenéticas com comprimentos dos ramos significativamente maiores que os outros dois. As adaptações morfológicas a diferentes polinizadores devem ter sido as principais responsáveis pela radiação rápida. A herança organelar de dois subgêneros, Decaloba e Passiflora, foi investigada através de um e quatro híbridos interespecíficos, respectivamente. A herança foi estritamente materna para a mitocôndria e o cloroplasto em Decaloba, enquanto que no subgênero Passiflora ocorreu herança materna para o DNA mitocondrial e paterna para o DNA plastidial. Esses resultados reforçam os dados obtidos pela filogenia, no que se refere à diferenciação e diversificação dos subgêneros, pois há evidências de que a herança materna dos cloroplastos seja ancestral em plantas.

Influência da filogenia em redes de interações ecológicas

In this thesis we deal with a class of composed networks that are formed by two tree networks, TP and TA, whose end points touches each other through a bipartite network BPA. We explore this network using a functional approach. We are interested in what extend the topology, or the structure, of TX (X = A or P) determines the links of BPA. This composed structure is an useful model in evolutionary biology, where TP and TA are the phylogenetic trees of plants and animals that interact in an ecological community. We use in this thesis two cases of mutualist interactions: frugivory and pollinator networks. We analyse how the phylogeny of TX determines or is correlated with BPA using a Monte Carlo approach. We use the phylogenetic distance among elements that interact with a given species to construct an index κ that quantifies the influence of TX over BPA. The algorithm is based in the assumption that interaction matrices that follows a phylogeny of TX have a total phylogenetic distance smaller than the average distance of an ensemble of Monte Carlo realizations generated by an adequate shuffling data. We find that the phylogeny of animals species has an effect on the ecological matrix that is more marked than plant phylogeny

Traços florais e filogenia em espécies lenhosas do cerrado

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Botânica) - IBB

Fenologia remota: uso de imagens digitais no acompanhamento fenológico de plantas em uma área de cerrado sensu stricto, no município de Itirapina, São Paulo

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Filogenia molecular das enzimas isocitrato liase e malato sintase e sua evolução em Viridiplanta

The plant metabolism consists of a complex network of physical and chemical events resulting in photosynthesis, respiration, synthesis and degradation of organic compounds. This is only possible due to the different kinds of responses to many environmental variations that a plant could be subject through evolution, leading also to conquering new surroundings. The glyoxylate cycle is a metabolic pathway found in glyoxysomes plant, which has unique role in the seedling establishment. Considered as a variation of the citric acid cycle, it uses an acetyl coenzyme A molecule, derived from lipids beta-oxidation to synthesize compounds which are used in carbohydrate synthesis. The Malate synthase (MLS) and Isocitrate lyase (ICL) enzyme of this cycle are unique and essential in regulating the biosynthesis of carbohydrates. Because of the absence of decarboxylation steps as rate-limiting steps, detailed studies of molecular phylogeny and evolution of these proteins enables the elucidation of the effects of this route presence in the evolutionary processes involved in their distribution across the genome from different plant species. Therefore, the aim of this study was to establish a relationship between the molecular evolution of the characteristics of enzymes from the glyoxylate cycle (isocitrate lyase and malate synthase) and their molecular phylogeny, among green plants (Viridiplantae). For this, amino acid and nucleotide sequences were used, from online repositories as UniProt and Genbank. Sequences were aligned and then subjected to an analysis of the best-fit substitution models. The phylogeny was rebuilt by distance methods (neighbor-joining) and discrete methods (maximum likelihood, maximum parsimony and Bayesian analysis). The identification of structural patterns in the evolution of the enzymes was made through homology modeling and structure prediction from protein sequences. Based on comparative analyzes of in silico models and from the results of phylogenetic inferences, both enzymes show significant structure conservation and their topologies in agreement with two processes of selection and specialization of the genes. Thus, confirming the relevance of new studies to elucidate the plant metabolism from an evolutionary perspective

Evaluación de la calidad higiénica de la leche en las plantas de acopio "San Pedro" y "Manantial" en San Pedro de Lóvago, Chontales, Nicaragua

El presente estudio se realizó con el objetivo de evaluar la calidad higiénica de la leche en dos plantas de acopio del Municipio de San Pedro de Lóvago, Chontales. El municipio se localiza (San Pedro y Manantial) entre las coordenadas 12º 07 ́ latitud norte y 85º07 ́ latitud oeste. La altitud promedio es de 340msnm. El clima es semi-húmedo, conocido como, de sabana tropical.La temperatura promedio anual oscila entre los 25 y 26ºC; su precipitación pluvial varía entre los 1200 y 1400mm, caracterizándose por una buena distribución de las lluvias durante todo el año.Se utilizó información de 24 meses (2004-2005), con un promedio de 30 muestras mensuales,por cada planta de acopio, para un total de 1440 muestras. Se tomó directamente 1 ó 2 muestras de leche al arribo del carro tanque recolector a la planta, con previa homogenización. La variables calidad higiénica de la leche se analizó utilizando un análisis de varianza con los efectos año, planta e interacción entre plantas (2004-2005) para comparar las medias se utilizó la prueba de Tukey p<0.05.De las muestras analizadas en las dos plantas de acopio de San Pedro y Manantial de un total de 9 323 355 de litros de leche acopiados entre las dos plantas se clasificaron como leche A 7 744 821 y como leche B: 15 785 34 litros. La Planta de acopio San Pedro, acopio más leche (clasificación A y B) en el 2004 que la planta Manantial. Los productores asociados a la planta de acopio San Pedro dejaron de percibir por concepto de clasificación de leche B la cantidad de 3 394 076 Córdobas, mientras que los de la planta Manantial dejaron de percibir la cantidad de 1 578 534 Córdobas respectivamente.

Jugo o vinagre de madera (savia de plantas)

La savia de las plantas denominada para efecto de este Proyecto de investigación Jugo ó vinagre de Madera , es el punto de partida y uno de los descubrimientos mas acertados en el campo de la investigación de nuevas tecnologías para el mejoramiento productivo de todos los cultivos. Esta investigación, ha conllevado un poco más de nueve años de observación y dos años de experimentación e investigación a nivel de los laboratorios. El documento está estructurado en cuatro aspectos: El Primero describe el procedimiento para la extracción de la savia de las plantas, como se denomina en la práctica Jugo ó vinagre de madera, en un segundo plano, se describe todo el proceso de investigación ó validación de la tecnología y el estudio mismo de sus componentes macros y micro elementos y los componentes estructurales de la sustancia. En un tercer plano está el análisis comparativo de los resultados y su relación directa con cada variable de la investigación. Por tratarse de una sustancia nueva y tan novedosa en términos prácticos, el estudio estuvo dirigido al descubrimiento de sus componentes orgánicos e inorgánicos, más que su funcionamiento lo que se ha venido observando por mucho más tiempo en forma práctica. Un cuarto aspecto abordado, se describe una exposición de resultados presentadas por el equipo investigador y particularmente a por los campesinos participantes con los que se llevó este proyecto. Los campesinos beneficiarios y experimentadores exponen a productores de otras comunidades los resultados productivos y comportamientos interesantes en términos de reacciones de las plantas a sobre dosis, desarrollo vegetativos por encimas de rangos normales de crecimientos y rendimientos propiamente dichos. Este cuarto aspecto es abordado mediante una memoria del día de campo celebrado a nivel institucional y a todas las comunidades beneficiadas por el Proyecto Auspiciado por FUNICA e INPRHU. En el día de campo se tuvo la oportunidad de observar plantas de café manejadas manejas de forma tradicional (químicamente) y plantas áreas y surcos manejados con jugo de madera en donde se puede observar la diferencia de crecimiento y reacciones bioquímicas de las en torno al desarrollo vegetativo, floración y 5 fructificación a escasos (8) ocho meses no plantas que poseen un tamaño inferior al metro y que los frutos se encuentran a una altura no mayor a los diez centímetros. Finalmente de expresan las conclusiones y recomendaciones en torno a esta investigación y posibles investigaciones en torno a tema de fertilización orgánica tomando como base el Jugo o Vinagre de madera.

Determinación de la autocompatibilidad de veintiún plantas élites seleccionadas en un ensayo comparativo de treinta y seis genotipos de cacao (Theobroma cacao L.)

El trabajo se realizó en el Centro Experimental de "El Recreo" ubicado a 279 km carretera a El Rama.El objetivo fue determinar la autocompatibilidad de 21 árboles élites de cacao ( 'l'heobroma cacao L.), seleccionadas en un ensayo comparativo de 36 genotipos. Los árboles fueron evaluados bajo parámetros estadísticos como Chi cuadrado y porcentaje de prendimiento. Según la prueba estadística realizada bajo el criterio de los diez días resultaron 19 árboles autocompatibles y dos autoincompatibles y conforme al criterio de prendimiento de los tres días, no se halló un árbol que fuese autoincompatible. Las investigaciones realizadas hasta la fecha sobre la incompatibilidad del cacao, todavía no han definido con plena certeza el tipo de reacción de incompatibilidad que presenta, pero presumen que presenta dos tipos de incompatibilidad como es el esporofitico y el gametofitico, aunque la mayoría de autores se inclinan por el sistema de incompatibilidad esporofitico, pero existen evidencias que en el cacao también predomina la incompatibilidad gametofitica,la cual ha sido utilizada para explicar algunos casos que bajo la teoría del sistema esporofitico no son explicados.

Determinación del tamaño conglomerado de plantas para el muestreo de nematodos en café

Con el propósito de determinar un tamaño mínimo de muestras, que con cierto grado de precisión permita hacer una estimación confiable y con bajos costos para el productor cafetalero sobre la densidad de nematodos, se realizó un muestreo en 4 fincas del departamento de Carazo (Mª Auxiliadora, El Porvenir, San Marquitos y La Palmerita) En cada una de las fincas se seleccionó una hectárea tomando 15 plantas al azar, formando 5 conglomerados de 3 plantas cada uno, en cada planta se muestrearon 2 sitios a una distancia de 15 cm del pie de la planta y a una profundidad de 15cm en donde se recolectaron raíces simultáneamente se recolectaron muestras de raíces entre cada planta de tal manera que se formó una sola muestra por cada conglomerado a la cual nombramos " muestra compuesta". Por cada conglomerado de 3 plantas se recolectaron 3 muestras individuales y una muestra compuesta totalizando en las 4 fincas un total de 80 muestras de raices. Los géneros estudiados fueron: Meloidogyne sp., Pratylenchus sp y Rotylenchulus sp. Los resultados indican que la situación actual de la población de nematodos se encuentra agregada en el caso de los géneros Meloidogyne y Pratylenchus; mientras que en el caso del género Rotylenchulus sus poblaciones se encuentran de forma uniforme en las fincas muestreadas. La muestra individual arrojó mejores resultados que el tipo de muestra compuesta; se determinó que aceptando un 10% de error se hace necesario muestrear al azar 6 plantas(l00grs de raíz) distribuidas en 2 sitios por hectárea.

Comportamiento de plantas micropropagadas del clon de banano "Enano ecuatoriano" (Musa spp), en condiciones del regen, primer ciclo

Con el objetivo de evaluar el comportamiento en el campo de plantas micro propagadas del clon de banano "Enano Ecuatoriano" se estableció un ensayo comparativo, en Bloque Completamente al Azar, con plantas del mismo clon propagadas de manera convencional (cormo). El estudio se llevó a cabo en áreas del Programa de Recursos Genéticos Nicaragüenses (REGEN) en el periodo comprendido entre marzo 1990 y marzo 1991; en el primer ciclo vegetativo del cultivo. Se evaluó el comportamiento morfológico, productivo y la fenología de las plantas durante el ensayo. No se encontró diferencia entre las vitro-plantas y las plantas cormo en cuanto a Número de hijos, Altura de planta y Área foliar, al momento del inicio de la floración, no obstante las plantas micro propagadas fueron significativamente superiores que las plantas convencionales en cuanto al Número de hojas y Diámetro del pseudotallo. El Rendimiento de las plantas in vitro fue significativamente mayor que las plantas cormo; aunque en la fecha de inicio y duración de la floración lo mismo que en el momento de cosecha no hubo diferencia entre ellos.

Comportamiento en condiciones de Masaya de plantas de quequisque (Xanthosoma sagittifolium (L) Schott), cultivar Masaya, obtenidas de tres técnicas de propagación

El objetivo del presente estudio fue de evaluar el comportamiento morfológico, fenológico y de rendimiento; la presencia de enfermedades virales, fungosas y bacterianas; y sus efectos sobre el rendimiento en plantas obtenidas a través de tres técnicas de reproducción asexual (CRAS, convencional e in vitro), en condiciones de Masaya. Se utilizó el diseño de bloques completos al azar (BCA), con 4 bloques de 3 tratamientos cada uno. El área de cada bloque fue de 60 m2 El de la parcela 20m2 para un área total del experimento de 312m2• Cada parcela estuvo conformada por 4 surcos de S m, con 10 plantas/surco, 40 plantas por parcela, 120 plantas por bloque y 480 plantas totales. La distancia de siembra fue de 0.5 m entre plantas y 1.0 m entre surcos. El ANDEVA realizado a la variables morfológicas demuestra que las plantas CRAS fueron casi siempre los estadísticamente mejores, seguido de la plantas CONV y en última instancia las plantas de cultivo de tejidos; a excepción de la variable número de hijos donde las vitroplantas fueron superior estadísticamente que las plantas propagadas por las otras técnicas. EÍ análisis de los componentes del rendimiento revela que las vitroplantas produjeron valores de número de cormelos y peso de cormelos/planta (96.42 qq/mz) estadísticamente superiores a lo reportado por las plantas CRAS (66.40 qq/mz) y CONV (41.93 qq/mz). En los componentes peso promedio por cormelo y dimensión de los cormelos las plantas convencionales y CRAS resultaron similares entre sí, pero superiores estadísticamente a la plantas obtenidas en el laboratorio. El ahijamiento es claramente favorable a las plantas de cultivo de tejidos, causado posiblemente por las porciones remanentes de reguladores de crecimiento que permanecieron en la células de plantas sometidas a las condiciones de laboratorio. Hubo tendencia a disminuir los valores de la variables grosor del seudotallo, número de hojas y área foliar en las vitroplantas a partir de los 180 dds, unido al hecho que los cormelos de estas plantas presentaron raíces y las yemas apicales y axilares brotadas al momento de cosecha, lo que señala la precocidad de las plantas in vitro con relación a las plantas originadas de las otras técnicas. El primer test de ELISA sobre las muestras de hojas de plantas que• presentaban los síntomas de la presencia del DMV, demostró que el98% de las plantas con sintomas presentaban el DMV en su estructura. El segundo test de ELISA realizado sobre plantas escogidas al azar señala que el 100% de las plantas muestreadas contenían el virus. Las plantas CONV e in vitro ubicadas en la parcela útil no presentaron diferencias infectadas en cuanto a los componentes del rendimiento. Las plantas in vitro independiente que presenten infección o no registraron mayor número de cormelos y peso de cormelos/planta. En el peso promedio de cormelo las plantas CONV­ PU fueron superiores a las plantas CONV infectadas e in vitro en sus dos variantes. Las plantas CONV infectadas produjeron los cormelos con dimensiones superiores a los datos registrados por las plantas CONV-PU, in vitro PU e infectadas . Los dos conteos visuales realizados a las plantas con síntomas de la presencia de la bacteria Xanthomona campestris y el hongo Collectrotrichum gloesporoides (Penz) a los 180 y 270 dds indica escasa presencia en el ensayo.

Efecto de número de plantas por nido y frutas por planta sobre el crecimiento y rendimiento del cultivo de la sandía (Citrullus vulgaris schrad)

El presente trabajo se planificó con el propósito de determinar el efecto número de plantas/nido y frutos/planta sobre el crecimeinto y rendimiento del cultivo de la sandía (Citrullus vulgaris Scharad), variedad Charleston Gray y análisis económico de los tratamientos en estudio, bajo las condiciones ecológicas de la finca la Concepción, Nagarote, León. El ensayo se estableció en la siembra de Postrera de 1999 (lO de Octubre/1999 al 5 de Enero del 2000), utilizándose un diseño de bloques completos al azar con arreglos de parcelas divididas y estableciéndose cuatro repeticiones. Para las variables de crecimiento (longitud del tallo y número de hojas/planta) los resultados estadísticos mostraron diferencias significativas para los efectos de los niveles del Factor A (plantas/nido) y la interacción plantas/nido y frutas/planta a los 50 y 75 dds. De los componentes del rendimento, solamente las variables plantas cosechadas/ha y frutas cosechadas/ha mostraron diferencias no significativas. Los resultados del análisis económico indican que cuando se dejó dos planta/nido y 3 frutas/planta (tratamiento a2b2), se obtuvo el mayor beneficio neto, con un rendimiento de 93,333 kg/ha y una tasa de retorno marginal de 297.84 por ciento.