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This item provides supplementary materials for the paper mentioned in the title, specifically a range of organisms used in the study. The full abstract for the main paper is as follows: Next Generation Sequencing (NGS) technologies have revolutionised molecular biology, allowing clinical sequencing to become a matter of routine. NGS data sets consist of short sequence reads obtained from the machine, given context and meaning through downstream assembly and annotation. For these techniques to operate successfully, the collected reads must be consistent with the assumed species or species group, and not corrupted in some way. The common bacterium Staphylococcus aureus may cause severe and life-threatening infections in humans,with some strains exhibiting antibiotic resistance. In this paper, we apply an SVM classifier to the important problem of distinguishing S. aureus sequencing projects from alternative pathogens, including closely related Staphylococci. Using a sequence k-mer representation, we achieve precision and recall above 95%, implicating features with important functional associations.
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ADEFFI annual conference
Trinity College Dublin
October 2007
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Notre étude s'insère dans le cadre d'un plus large projet de recherche portant sur le traitement lexicographique des noms d'espèces naturelles, dont l'un des objectifs généraux est de faire la lumière sur la pratique actuelle dans les dictionnaires usuels du français. Notre objet spécifique est le traitement définitoire des noms d'arbres dans Le Petit Larousse , qui est un dictionnaire d'orientation encyclopédique. Nous étudions et comparons deux éditions successives de ce dictionnaire (1997 et 1998), entre lesquelles la maison Larousse dit avoir fait une importante révision. Notre objectif est de décrire précisément la pratique observée, notamment en ce qui a trait à l'utilisation du modèle définitoire par inclusion, tout en faisant ressortir les modifications apportées dans la seconde édition pour rendre compte de l'orientation des travaux de révision. Nous adoptons l'approche méthodologique par segmentation qui a été développée au sein du projet de recherche auquel nous sommes associée [i.e. associés]. D'une part, celle-ci nous permet de décrire précisément la métalangue utilisée et de faire ressortir les principales variantes structurelles du modèle définitoire. D'autre part, elle nous permet de faire des bilans en ce qui a trait à la nature et à l'importance des modifications apportées.
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La présente étude, de type métalexicographique, s'insère dans une perspective de recherche visant à dresser le bilan de la pratique lexicographique réservée aux noms d'espèces naturelles dans les dictionnaires usuels du français. Elle porte sur le traitement définitoire de tous les noms de plantes herbacées répertoriés dans le Petit Robert (édition électronique 1996). Son objectif principal est de décrire très précisément la pratique définitoire en cause. Nous commençons par passer rapidement en revue les différents procédés définitoires illustrés par notre corpus, avant de procéder à l'analyse détaillée du procédé le plus exploité, celui de la définition par inclusion. Notre méthode d'analyse est basée sur la segmentation et l'examen comparatif des différentes composantes sémantiques et formelles présentes dans les définitions par inclusion de notre corpus. Elle permet non seulement de mieux connaître la pratique du Petit Robert , mais aussi d'en extraire un certain savoir-faire. Nous étudions quatre grandes catégories d'éléments descriptifs bien représentées dans notre corpus: les éléments de classification, les éléments de localisation, les éléments de valorisation ainsi que les éléments de morphologie en lien avec ces derniers. Nous donnons, de la métalangue utilisée et des principaux modèles de description exploités, un portrait relativement précis qui pourra alimenter la réflexion des lexicographes et autres linguistes qui s'intéressent à la description des noms d'espèces naturelles en général et des noms de plantes en particulier.
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1901/07/26 (T15,SER2,N183)- (T15,SER2,N195).
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1900/09/11 (T8,SER2,N92)- (T8,SER2,N104).
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1899/12/12 (T2,SER2,N14).
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1901 (T12,SER2,N144)- (T12,SER2,N156).
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1901 (SER2,T18,N222)- (SER2,T18,N234).
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1902 (T20,SER2,N248)- (T20,SER2,N260).
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1898/07/12 (T2,N27).
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1898 (T1,N1).
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1900/04/27 (T5,SER2,N53)-1900/06/12 (T5,SER2,N66).
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1899/07/11 (T6,N131)-1899/10/06 (T6,N156).
