In vitro characterization of two small nucleolytic ribozymes-the hairpin and the hammerhead ribozymes in their natural context

Hairpin Ribozyme kommen natürlich in den Minussträngen der Satelliten RNAs dreier Pflanzenviren (sTRsV, sArMV and sCYMoV) vor. In dieser Arbeit wurden mit dem Programm Mfold darin mehrere distinkte Sekundärstrukturelemente gefunden, die außerhalb des katalytischen Zentrums der Ribozyme lokalisieren. Verschiedene Varianten der drei Ribozyme wurden hergestellt und die Funktion der beobachteten peripheren Strukturelemente biochemisch untersucht. Die sTRsV Hairpin Ribozyme mit unterschiedlichen Längen in Arm C wiesen ähnliche cis-Spaltungsreaktionen auf, unabhängig von der Anzahl interner bulges in Arm C. Das gleiche Verhalten, jedoch bei schnelleren Spaltungsraten, wurde nach Entfernen der three-way junction, die 3’ von der Spaltstelle in Arm A liegt, beobachtet. Hier hat Arm C demnach keinen Einfluss auf die Katalyse, wogegen ein verlängerter Arm A die Reaktion verlangsamt. Unter den experimentellen Bedingungen war die Rückreaktion in Anwesenheit des natürlichen Arms A nicht messbar. Im Gegensatz dazu zeigten alle Varianten ohne die Arm A Erweiterung Ligationsaktivität, die am höchsten in dem Molekül mit dem längsten Arm C war, und gleichermaßen erniedrigt für zwei Varianten mit kürzerem Arm C. Keine der Reaktionen diverser sArMV Hairpin Ribozyme konnte reproduzierbar analysiert werden. Für das sCYMoV Hairpin Ribozym wurde schließlich in cis-Spaltungsreaktionen eine Zunahme der Geschwindigkeit mit Abnahme der Länge von Arm D beobachtet. Dies war der Fall in Anwesenheit der three-way junction in Arm A, nicht jedoch in ihrer Abwesenheit, wo Varianten mit unterschiedlichen Längen des Arms D ähnliche Spaltungsreaktionen aufwiesen. In Anwesenheit der three-way junction in Arm A war eine Reduzierung der Ligationsgeschwindigkeit zu beobachten, und bei ihrer Abwesenheit stieg diese mit der Länge von Arm D. Dies zeigt, dass sowohl die three-way junction in Arm A, als auch die Länge und Anzahl der bulges in Arm D die Reaktion des Hairpin Ribozyms aus sCYMoV beeinflussen, wobei sich Unterschiede in Vorwärts- und Rückreaktion auf die experimentellen Bedingungen zurückführen lassen. In zwei Serien wurde die zentrale five-way junction dieses Ribozyms durch verschiedene four-way junctions ersetzt. Die kinetischen Parameter der Selbstspaltung waren ähnlich für Varianten ohne Arm E auf, jedoch verlangsamt bei Varianten ohne Arm C. Dies zeigt, dass das sCYMoV Hairpin Ribozym auch um eine four-way junction gebildet werden kann, deren konstituierenden Helices jedoch nicht beliebig sind. In einem zweiten Projekt wurde die Konservierung von Hammerhead Ribozym-motiven, die bereits früher im Genom der Brassicacee A. thaliana gefunden worden waren, exemplarisch an zehn Mitgliedern dieser Familie untersucht. Da deren Genome nicht sequenziert sind, wurde PCR mit Primern angewandt, die für die A. thaliana Motive spezifisch waren. Damit konnten Ribozymmotive in allen untersuchten Brassicaceen außer B. nigra and B. oleracea gefunden werden. Diese gehören zu den sechs Brassica Pflanzen, für die der koreanische Botaniker U 1935 im “triangle of U” die genetische Verwandtschaft beschrieb. Darin ist B. carinata, für die Ribozymmotive gezeigt wurden, die Tochterspezies der Brassica Pflanzen ohne diese Motive. Dieser Widerspruch könnte darauf zurückzuführen sein, dass in der PCR unspezifische Primer genutzt wurden, oder aber die Motive aus B. carinata könnten ein Artefakt aus einer Luft-übertragenen Kontamination sein. Technische Schwierigkeiten in der Durchführung von Southern Blots, mit denen zwischen diesen Möglichkeiten unterschieden werden sollte, haben eine abschließende Antwort verhindert. Nach einer Optimierung der Methode sollte diese aber geeignet sein, diese Frage zu klären.

Verification with Natural Contexts: Soundness of Safe Compositional Network Sketches

In research areas involving mathematical rigor, there are numerous benefits to adopting a formal representation of models and arguments: reusability, automatic evaluation of examples, and verification of consistency and correctness. However, accessibility has not been a priority in the design of formal verification tools that can provide these benefits. In earlier work [30] we attempt to address this broad problem by proposing several specific design criteria organized around the notion of a natural context: the sphere of awareness a working human user maintains of the relevant constructs, arguments, experiences, and background materials necessary to accomplish the task at hand. In this report we evaluate our proposed design criteria by utilizing within the context of novel research a formal reasoning system that is designed according to these criteria. In particular, we consider how the design and capabilities of the formal reasoning system that we employ influence, aid, or hinder our ability to accomplish a formal reasoning task – the assembly of a machine-verifiable proof pertaining to the NetSketch formalism. NetSketch is a tool for the specification of constrained-flow applications and the certification of desirable safety properties imposed thereon. NetSketch is conceived to assist system integrators in two types of activities: modeling and design. It provides capabilities for compositional analysis based on a strongly-typed domain-specific language (DSL) for describing and reasoning about constrained-flow networks and invariants that need to be enforced thereupon. In a companion paper [13] we overview NetSketch, highlight its salient features, and illustrate how it could be used in actual applications. In this paper, we define using a machine-readable syntax major parts of the formal system underlying the operation of NetSketch, along with its semantics and a corresponding notion of validity. We then provide a proof of soundness for the formalism that can be partially verified using a lightweight formal reasoning system that simulates natural contexts. A traditional presentation of these definitions and arguments can be found in the full report on the NetSketch formalism [12].

The natural radioactivity in Guarani aquifer groundwater, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

On linear series and a conjecture of D. C. Butler

Let C be a smooth irreducible projective curve of genus g and L a line bundle of degree d generated by a linear subspace V of H-0 (L) of dimension n+1. We prove a conjecture of D. C. Butler on the semistability of the kernel of the evaluation map V circle times O-C -> L and obtain new results on the stability of this kernel. The natural context for this problem is the theory of coherent systems on curves and our techniques involve wall crossing formulae in this theory.

Quem conta um conto aumenta um ponto: trabalhando o gênero no 9 ano do Ensino Fundamental II

A presente dissertação nasceu da necessidade particular de abrir espaço para o texto literário no ambiente escolar. A escola é o espaço natural no qual os alunos entram em contato com as linguagens escritas; é, pois, o espaço onde os estudantes devem conviver com diferentes textos de gêneros variados. É preciso, contudo, refletir sobre a forma como estes textos serão apresentados aos estudantes. A partir desse questionamento, algumas dúvidas motivaram a presente pesquisa: como trabalhar a leitura e a escrita no Ensino Fundamental II?, como formar jovens leitores?, como despertar o gosto pelo texto literário?, como trabalhar a produção do texto escrito com esses jovens? Pesquisar o trabalho com o texto literário no segundo segmento, todavia, seria um tema amplo demais. Desse modo, foi realizado um recorte, definindo a série e o gênero textual que seriam o foco da pesquisa. O 9 ano foi eleito por ser a última etapa do Ensino Fundamental. Nessa fase, teoricamente, os alunos já tiveram contato com diversos gêneros textuais e já estudaram (e produziram) textos com diferentes modos de organização do discurso: narração, exposição, argumentação, injunção, descrição. A escolha do gênero conto se justifica por ser este um texto mais curto, possibilitando a leitura em sala com a turma. O corpus se compõe de contos de dois grandes autores brasileiros: Machado de Assis e Lima Barreto. Um dos propósitos dessa escolha era mostrar que autores clássicos podem e devem ser lidos no Ensino Fundamental. O objetivo principal desta pesquisa é apresentar atividades realizadas em sala de aula com o gênero selecionado, visando à formação do leitor e ao desenvolvimento da produção escrita, ressaltando a importância do texto literário no contexto escolar. Defende-se, portanto, que o trabalho com os contos pode ser um estímulo para desenvolver o gosto e, se possível, ao prazer da leitura, o enriquecimento vocabular e, por conseguinte, para o amadurecimento da escrita

Lightweight Formal Verification in Classroom Instruction of Reasoning about Functional Code

In college courses dealing with material that requires mathematical rigor, the adoption of a machine-readable representation for formal arguments can be advantageous. Students can focus on a specific collection of constructs that are represented consistently. Examples and counterexamples can be evaluated. Assignments can be assembled and checked with the help of an automated formal reasoning system. However, usability and accessibility do not have a high priority and are not addressed sufficiently well in the design of many existing machine-readable representations and corresponding formal reasoning systems. In earlier work [Lap09], we attempt to address this broad problem by proposing several specific design criteria organized around the notion of a natural context: the sphere of awareness a working human user maintains of the relevant constructs, arguments, experiences, and background materials necessary to accomplish the task at hand. We report on our attempt to evaluate our proposed design criteria by deploying within the classroom a lightweight formal verification system designed according to these criteria. The lightweight formal verification system was used within the instruction of a common application of formal reasoning: proving by induction formal propositions about functional code. We present all of the formal reasoning examples and assignments considered during this deployment, most of which are drawn directly from an introductory text on functional programming. We demonstrate how the design of the system improves the effectiveness and understandability of the examples, and how it aids in the instruction of basic formal reasoning techniques. We make brief remarks about the practical and administrative implications of the system’s design from the perspectives of the student, the instructor, and the grader.

Efficient Support for Common Relations in Lightweight Formal Reasoning Systems

In work that involves mathematical rigor, there are numerous benefits to adopting a representation of models and arguments that can be supplied to a formal reasoning or verification system: reusability, automatic evaluation of examples, and verification of consistency and correctness. However, accessibility has not been a priority in the design of formal verification tools that can provide these benefits. In earlier work [Lap09a], we attempt to address this broad problem by proposing several specific design criteria organized around the notion of a natural context: the sphere of awareness a working human user maintains of the relevant constructs, arguments, experiences, and background materials necessary to accomplish the task at hand. This work expands one aspect of the earlier work by considering more extensively an essential capability for any formal reasoning system whose design is oriented around simulating the natural context: native support for a collection of mathematical relations that deal with common constructs in arithmetic and set theory. We provide a formal definition for a context of relations that can be used to both validate and assist formal reasoning activities. We provide a proof that any algorithm that implements this formal structure faithfully will necessary converge. Finally, we consider the efficiency of an implementation of this formal structure that leverages modular implementations of well-known data structures: balanced search trees and transitive closures of hypergraphs.

Neuromuscular and biomechanical factors codetermine the solution to motor redundancy in rhythmic multijoint arm movement

How the CNS deals with the issue of motor redundancy remains a central question for motor control research. Here we investigate the means by which neuromuscular and biomechanical factors interact to resolve motor redundancy in rhythmic multijoint arm movements. We used a two-df motorised robot arm to manipulate the dynamics of rhythmic flexion-extension (FE) and supination-pronation (SP) movements at the elbow-joint complex. Participants were required to produce rhythmic FE and SP movements, either in isolation, or in combination (at the phase relationship of their choice), while we recorded the activity of key bi-functional muscles. When performed in combination, most participants spontaneously produced an in-phase pattern of coordination in which flexion is synchronised with supination. The activity of the Biceps Brachii (BB), the strongest arm muscle which also has the largest moment arms in both flexion and supination was significantly higher for FE and SP performed in combination than in isolation, suggesting optimal exploitation of the mechanical advantage of this muscle. In a separate condition, participants were required to produce a rhythmic SP movement while a rhythmic FE movement was imposed by the motorised robot. Simulations based upon a musculoskeletal model of the arm demonstrated that in this context, the most efficient use of the force-velocity relationship of BB requires that an anti-phase pattern of coordination (flexion synchronized with pronation) be produced. In practice, the participants maintained the in-phase behavior, and BB activity was higher than for SP performed in isolation. This finding suggests that the neural organisation underlying the exploitation of bifunctional muscle properties, in the natural context, constrains the system to maintain the

Innate immunogenicity and in vitro protective potential of Schistosoma mansoni lung schistosomula excretory-secretory candidate vaccine antigens

Excretory secretory products (ESP) of Schistosoma mansoni developing larvae are ideal potential vaccines as such molecules may readily induce host primary immune responses, and local memory immune response effectors that would target, surround, and pursue the larvae while negotiating the lung blood capillaries. We herein characterized the cytokines response ESP, e.g., SG3PDH, 14-3-3-like protein, TPX, and calpain induce in the natural context of infection, and defined the global cytokine profile conducive to effective schistosome larvae killing. Accordingly, spleen cells (SC) taken from naive, and 7-, or 9-day S. mansoni-infected mice were stimulated in vitro with the selected ESP, in a recombinant or multiple antigen peptide (MAP) form, and examined for production of T helper type (Th) 1, Th2, and Th17 cytokines, and the ability to mediate in vitro attrition of lung-stage schistosomula. The study indicated that larval ESP principally elicit Th1 and Th17 type cytokines. Recombinant SG3PDH was the only test ESP to additionally activate SC from S. mansoni-infected BALB/c mice to release higher IL-4 levels than unstimulated SC and mediate significant (P

Aumentar as oportunidades de comunicação nos momentos de brincadeira - descrição de um programa de intervenção

Objetivo: Partindo da análise da literatura realizada, em que é salientada a ideia de que o desenvolvimento e aprendizagem ocorrem a partir das experiências e influência dos contextos em que as crianças estão incluídas e a partir das interações que estabelecem nesses mesmos contextos, pretende-se compreender, neste estudo, se partindo do contexto natural, com diferentes materiais e atores, é possível aumentar as oportunidades de comunicação e participação de uma criança com restrições ao nível da linguagem, nos momentos de jogo. Método: Foi delineado e implementado um programa de intervenção, num estabelecimento de ensino, na valência de pré-escolar, onde estiveram envolvidas uma criança de 4 anos com restrições ao nível da linguagem oral, o grupo de crianças em que estava incluída e a educadora do grupo. Para monitorização do programa e avaliação da sua eficácia realizou-se um pré e pós teste, onde foi definida a linha de base da criança. Ao longo do programa foram registados, a partir de uma grelha de observação da frequência dos atos comunicativos da criança, nas situações de jogo planificadas. Os comportamentos e modelagem realizada por parte educador, foram igualmente registados e analisados. Recorreu-se a realização de entrevistas semiestruturadas para a recolha de dados relativos à criança e perceção do educador. Resultados/Discussão: Os dados recolhidos demonstram um aumento significativo das tomadas de iniciativa verbal e alternância entre turnos, ao longo da intervenção por parte da criança alvo. A presença do adulto e dos pares parecem revelar-se como facilitador dos atos comunicativos da criança com restrições ao nível da linguagem

L’influence d’un contexte virtuel sur les processus de contrôle en ligne des mouvements d’atteinte manuelle

L’objectif principal de la présente thèse était de déterminer les facteurs susceptibles d’influencer l’efficacité des processus de contrôle en ligne des mouvements d’atteinte manuelle. De nos jours, les mouvements d’atteinte manuelle réalisés dans un environnement virtuel (déplacer une souris d’ordinateur pour contrôler un curseur à l’écran, par exemple) sont devenus chose commune. Par comparaison aux mouvements réalisés en contexte naturel (appuyer sur le bouton de mise en marche de l’ordinateur), ceux réalisés en contexte virtuel imposent au système nerveux central des contraintes importantes parce que l’information visuelle et proprioceptive définissant la position de l’effecteur n’est pas parfaitement congruente. Par conséquent, la présente thèse s’articule autour des effets d’un contexte virtuel sur le contrôle des mouvements d’atteinte manuelle. Dans notre premier article, nous avons tenté de déterminer si des facteurs tels que (a) la quantité de pratique, (b) l’orientation du montage virtuel (aligné vs. non-aligné) ou encore (c) l’alternance d’un essai réalisé avec et sans la vision de l’effecteur pouvaient augmenter l’efficacité des processus de contrôle en ligne de mouvement réalisés en contexte virtuel. Ces facteurs n’ont pas influencé l’efficacité des processus de contrôle de mouvements réalisés en contexte virtuel, suggérant qu’il est difficile d’optimiser le contrôle des mouvements d’atteinte manuelle lorsque ceux-ci sont réalisés dans un contexte virtuel. L’un des résultats les plus surprenants de cette étude est que nous n’avons pas rapporté d’effet concernant l’orientation de l’écran sur la performance des participants, ce qui était en contradiction avec la littérature existante sur ce sujet. L’article 2 avait pour but de pousser plus en avant notre compréhension du contrôle du mouvement réalisé en contexte virtuel et naturel. Dans le deuxième article, nous avons mis en évidence les effets néfastes d’un contexte virtuel sur le contrôle en ligne des mouvements d’atteinte manuelle. Plus précisément, nous avons observé que l’utilisation d’un montage non-aligné (écran vertical/mouvement sur un plan horizontal) pour présenter l’information visuelle résultait en une importante diminution de la performance comparativement à un montage virtuel aligné et un montage naturel. Nous avons aussi observé une diminution de la performance lorsque les mouvements étaient réalisés dans un contexte virtuel aligné comparativement à un contexte naturel. La diminution de la performance notée dans les deux conditions virtuelles s’expliquait largement par une réduction de l’efficacité des processus de contrôle en ligne. Nous avons donc suggéré que l’utilisation d’une représentation virtuelle de la main introduisait de l’incertitude relative à sa position dans l’espace. Dans l’article 3, nous avons donc voulu déterminer l’origine de cette incertitude. Dans ce troisième article, deux hypothèses étaient à l’étude. La première suggérait que l’augmentation de l’incertitude rapportée dans le contexte virtuel de la précédente étude était due à une perte d’information visuelle relative à la configuration du bras. La seconde suggérait plutôt que l’incertitude provenait de l’information visuelle et proprioceptive qui n’est pas parfaitement congruente dans un contexte virtuel comparativement à un contexte naturel (le curseur n’est pas directement aligné avec le bout du doigt, par exemple). Les données n’ont pas supporté notre première hypothèse. Plutôt, il semble que l’incertitude soit causée par la dissociation de l’information visuelle et proprioceptive. Nous avons aussi démontré que l’information relative à la position de la main disponible sur la base de départ influence largement les processus de contrôle en ligne, même lorsque la vision de l’effecteur est disponible durant le mouvement. Ce résultat suggère que des boucles de feedback interne utilisent cette information afin de moduler le mouvement en cours d’exécution.

Programme expérimental «Bouger à l’heure juste» pour améliorer le statut pondéral d’adultes en surpoids.

Alors que la prévalence de l’obésité est un problème d’ampleur mondiale, les avenues permettant de mieux utiliser l’exercice (Ex) s’avèrent d’un grand intérêt. L’Ex peut réduire l'appétit et l'apport énergétique, soit l’effet anorexigène de l'Ex. Des études récentes de notre laboratoire ont montré l’importance du moment de la pratique d’Ex, pour diminuer l’apport énergétique. Cependant, aucune ne certifie que le positionnement dans le temps de l'Ex maximise la réduction de masse corporelle en contexte naturel. Le devis croisé de l’étude visait donc à déterminer s’il existe un positionnement idéal de l’Ex, afin de potentialiser la perte de poids corporel et d'adiposité, en comparant l'effet de deux programmes sur l’anthropométrie d’adultes en surpoids. Huit adultes montréalais volontaires (18-45 ans) en surpoids ou obèses ont complété l’étude. Aléatoirement, ils ont effectué deux programmes d'Ex (2 x 15 min. d’Ex par intervalles quotidiennement) de quatre semaines : 1) Ex avant les repas (ExMeal) vs 2) Ex à tout moment, sauf dans l'heure précédent les repas (MealEx). Les consultations hebdomadaires à l'Université de Montréal comprenaient : les mesures anthropométriques, les questionnaires standardisés sur la pratique d’activités physiques et l’alimentation, ainsi que le suivi des entrainements faits en milieu naturel. Les analyses Mann- Whitney U ont révélé des résultats similaires concernant le profil anthropométrique, la pratique d’Ex à l’intérieur et hors du programme et l’ingestion calorique (contenu calorique et % de l’énergie des glucides, protéines et lipides), entre les programmes ExMeal et MealEx (p > 0.05). Cependant, le programme ExMeal a été associé à une ingestion calorique sous forme de protéines de 2,8% plus importante (p= 0.05). D’autres analyses exploratoires, ont fait ressortir que c’est surtout la séquence mensuelle des évènements qui était liée à une réduction du pourcentage de gras et à une assiduité plus importante aux Ex structurés lors du premier mois. Par ailleurs, même si plusieurs études ont vérifié et confirmé l’effet anorexigène de l’Ex aigu dans certaines conditions, il semble que l’effet à plus long terme sur le profil anthropométrique ne soit pas démontré avec cette étude pilote. Enfin, des facteurs comme le statut d’adiposité, la structure du programme, la durée des séances d’Ex et la pratique en milieu naturel peuvent avoir rendu plus difficile l’amélioration du profil anthropométrique. Mots-clés : Exercice, positionnement, ingestion calorique, perte de poids, adultes, obésité.

Anticipatory effects in the FTSE 100 index revisions

This paper examines the price impact of trading due to expected changes in the FTSE 100 index composition. We focus on the latter index because it employs publicly-known objective criteria to determine membership and hence it provides a natural context to investigate anticipatory trading e ects. We propose a panel-regression event study that backs out these anticipatory e ects by looking at the price impact of the ex-ante proba-bility of changing index membership status. Our ndings reveal that anticipative trading explains about 40% and 23% of the cumulative abnormal returns of additions and deletions, respectively. We con rm these in-sample results out of sample by tracking the performance of a trading strategy that relies on the addition/deletion probability estimates. The perfor-mance is indeed very promising in that it entails an average daily excess return of 11 basis points over the FTSE 100 index.

Entry mode choice and market selection of born globals in developing countries: a multiple-case study of the ecuadorian software sector

O fenômeno "Born global" refere-se a empresas que consideram o mercado global como seu contexto natural e que iniciam seu processo de internacionalização muito cedo após sua criação. As teorias tradicionais como o modelo de Uppsala não conseguem explicar este processo. Portanto, outras teorias têm surgido, como a perspectiva de redes. Existem alguns estudos relacionados a esta área, principalmente realizados em países desenvolvidos com pequenos mercados e economias abertas. No entanto, poucos estudos têm sido feitos em economias em desenvolvimento. Além disso, o número de pesquisas quanto à escolha do modo de entrada e seleção de mercados das empresas “born global” é bastante limitado. Consequentemente, este estudo pretende descrever os principais fatores que influenciam a escolha do modo de entrada e seleção de mercados das empresas, de economias em desenvolvimento, nascidas globais. O foco da pesquisa é a indústria de software e um estudo de casos múltiplo foi realizado com três empresas no Equador. A metodologia incluiu entrevistas com fundadores, bem como a coleta de dados secundários. Com base na evidência empírica, verificou-se que os principais fatores que influenciam a escolha do modo de entrada são as restrições financeiras, as receitas esperadas, a velocidade de internacionalização, mercados nicho e a experiência empresarial anterior dos fundadores. Por outro lado, a seleção de mercado é influenciada por semelhanças de língua e cultura, mercados nicho e relações em rede.

Questões de terminologia português-francês de atas de assembleia: uma contribuição à tradução juramentada

Pós-graduação em Estudos Linguísticos - IBILCE