Évaluation des performances de couverture d'un GARCH multivarié à corrélations conditionnelles dynamiques de type Engle (2002).

Rapport de recherche

Desigualdades na autoavaliacao da saude bucal em adultos

OBJETIVO Analisar a associação entre autoavaliação da saúde bucal em adultos e desigualdades sociodemográficas. MÉTODOS Estudo transversal com 2.016 adultos de 20 a 59 anos de idade, de Florianópolis, SC, em 2009. A amostra foi obtida por duplo estágio (setores censitários e domicílios). Os dados foram coletados por entrevistas domiciliares face a face. O desfecho foi autoavaliação da saúde bucal. As variáveis exploratórias foram caracterizadas em blocos demográficos, socioeconômicos, de utilização de serviços e de condições bucais autorreferidas. Foi realizada análise de regressão multivariável de Poisson e estimadas as razões de prevalências e respectivos intervalos de 95% de confiança. RESULTADOS A prevalência de autoavaliação negativa da saúde bucal foi de 33,2% (IC95% 29,8;36,6). Idade avançada, referir-se como pardo, possuir menor escolaridade, ter consultado o dentista há três anos ou mais, ter realizado a última consulta em consultório público, possuir menos de dez dentes naturais presentes em pelo menos um arco, perceber necessidade de tratamento odontológico, apresentar sensação de boca seca e dificuldade de alimentação em virtude dos dentes foram associados à autoavaliação negativa da saúde bucal na análise ajustada. CONCLUSÕES A autoavaliação da saúde bucal reflete as desigualdades em saúde e está relacionada às piores condições socioeconômicas, menor uso de serviços de saúde e pior condição bucal autorreferida.

Fatores associados às dificuldades de adultos na mastigação

OBJETIVO : Estimar a prevalência de dificuldade de adultos na mastigação, segundo sexo, e analisar os fatores associados. MÉTODOS : Estudo transversal de base populacional com adultos de 20 a 59 anos de idade (n = 2.016), de Florianópolis, SC, em 2009, por meio de amostragem em dois estágios, setores censitários e domicílios. A dificuldade na mastigação foi investigada por meio de pergunta sobre dificuldade de mastigação devida a problemas com os dentes ou dentadura. Analisaram-se os fatores  demográficos, socioeconômicos, utilização dos serviços de saúde para consulta odontológica e condição bucal autorreferida. Foi realizada regressão logística multivariável, estratificada por sexo. RESULTADOS : A taxa de resposta foi de 85,3% (n = 1.720). A prevalência de dificuldade na mastigação foi de 13,0% (IC95% 10,3;15,8) e 18,0% (IC95% 14,6;21,3) em homens e em mulheres, respectivamente. Mulheres e homens com 50 anos ou mais, aqueles com dez dentes naturais ou menos e os que manifestaram dor dentária tiveram mais chance de apresentar dificuldade na mastigação. O efeito conjunto da perda e da dor na dificuldade na mastigação foi cerca de quatro vezes maior entre as mulheres. CONCLUSÕES : A magnitude das associações entre variáveis socioeconômicas, demográficas e de condição bucal autorreferidas foi diferente para homens e mulheres, em geral maiores para as mulheres, destacando-se a dor dentária. Os resultados sugerem que o impacto das condições bucais varia segundo o sexo.

Perdas dentárias no Brasil: análise da Pesquisa Nacional de Saúde Bucal 2010

OBJETIVO: Analisar a perda dentária com base em estimativas do número médio de dentes perdidos, prevalência de ausência de dentição funcional e edentulismo em adolescentes, adultos e idosos brasileiros, comparando-a com resultados de 2003. MÉTODOS: Os dados referem-se à Pesquisa Nacional de Saúde Bucal (SBBrasil 2010): adolescentes de 15 a 19 anos (n = 5.445), adultos entre 35 e 44 anos (n = 9.779) e idosos entre 65 e 74 anos (n = 7.619). O número de dentes perdidos, a prevalência de indivíduos sem dentição funcional (< 21 dentes naturais) e de edentulismo (perda total dos dentes) foram estimados para cada grupo etário, capitais e macrorregiões brasileiras. Foram realizadas análises de regressão logística (perdas dentárias) e de Poisson (ausência de dentição funcional e edentulismo) multivariáveis para identificar fatores socioeconômicos e demográficos associados a cada desfecho. RESULTADOS: A prevalência de perdas dentárias entre adolescentes foi de 17,4% (38,9% em 2002-3), variando de 8,1% entre os estratos de maior renda a quase 30% entre os menos escolarizados. Entre adolescentes, as mulheres, pardos e pretos, os de menor renda e escolaridade apresentaram maiores prevalências de perdas. Ausência de dentição funcional ocorreu em aproximadamente ¼ dos adultos, sendo superior nas mulheres, nos pretos e pardos, nos de menor renda e escolaridade. A média de dentes perdidos em adultos declinou de 13,5 em 2002-3 para 7,4 em 2010. Mais da metade da população idosa é edêntula (similar em 2002-3); maiores prevalências de edentulismo em idosos foram observadas em mulheres, nos de menores renda e escolaridade. A média de dentes perdidos em adolescentes variou de 0,1 (Curitiba e Vitória) a 1,2 (interior da região Norte). Entre adultos, a menor média encontrada foi 4,2 (Vitória) e a maior 13,6 (Rio Branco). CONCLUSÕES: Houve importante redução nas perdas dentárias em adolescentes e adultos em comparação com dados de 2003, mas não entre os idosos. As perdas dentárias apresentam marcadas desigualdades sociais e regionais.

Dépistage et traitement de l'infection tuberculeuse latente chez les requérants d'asile récemment arrivés dans le canton de Vaud Dépistage et traitement de l'infection tuberculeuse latente chez les requérants d'asile récemment arrivés dans le canton de Vaud

I. Facteurs associés avec l'infection tuberculose latent chez les requérants d'asile entrant dans le canton de Vaud : Une étude transversale dans le canton de Vaud. Objectifs : Les objectifs de cette étude étaient l'identification des facteurs associés à l'infection tuberculeuse latente (ITBL) chez les requérants d'asile récemment arrivés au Canton de Vaud et leur utilisation pondérée pour l'élaboration d'un score prédictif qui pourrait permettre la meilleure sélection des individus à dépister avec les Interferon Gamma Release Assays (IGRA). Méthode : Le protocole de l'étude prévoyait l'inclusion des requérants d'asile de plus de 16 ans, récemment arrivés dans deux centre de requérant du canton de Vaud ceux de Sainte-Croix et de Crissier. De septembre 2009 à juillet 2010 les requérants d'asile ont bénéficié lors des visites au centre de soins infirmier (CSI) d'informations sur l'ITBL et le protocole et les enjeux de l'étude. Les requérants d'asile ont d'emblée été informées que leur participation à l'étude n'aurait pas d'impact sur le débouché de leur dossier d'asile et qu'il n'y aurait pas de compensation financière à leur participation. Après avoir signé le consentement éclairé les requérants d'asile bénéficiaient d'une entrevue avec l'infirmière du centre où un questionnaire démographique et médical était remplit. 10cc de sang étaient prélevés à la fin de l'entrevue pour l'examen IGRA. Les patients présentant des symptômes évocateurs de tuberculose active ou un anamnèse de traitement pour une tuberculose active étaient exclus de l'étude et adressés au médecin référant du centre pour une visite médicale. Selon les résultats du test T-SPOT.TB (IGRA), les requérants étaient classés en deux groupes : positifs et négatifs. Le groupe IGRA positif était adressé au médecin référant. L'analyse statistique des données de l'étude a été réalisée par le logiciel STATA 11.2. Les coefficients de l'analyse multivariée ont été combinées pour la création d'un score pronostic dont la puissance de discrimination a été évaluée par une courbe ROC. Le protocole de l'étude avait reçu l'aval de la commission d'éthique de l'Université de Lausanne. Résultats : Durant la période de l'étude, 788 requérants d'asile ont été hébergés dans les deux centres de l'étude. 639 avaient plus de 16 ans et 393 d'entre eux ont participé à l'étude (61.50%). 295 (75.06%) avaient un IGRA négatif et 98 (24.93%) étaient positifs. A noter que parmi les 98 positifs, 5 avaient une tuberculose active non détecté précédemment. Les analyses univarié et multivarié ont permis d'identifier 6 facteurs associées à l'ITBL : Région d'origine, moyen de transport, état civil, âge, toux et antécédent d'exposition à la tuberculose. Le score élaboré en combinant ces 6 facteurs présente un AUC de 81% avec une sensibilité de 80%, une spécificité de 70% et des valeurs prédictive positive et négative respectivement de 45% et 92% quant un seuil de 13 est utilisé. Conclusion : Les requérants d'asile qui immigrent en Suisse proviennent de pays où l'incidence de la tuberculose est supérieure à celle des pays de l'Europe occidentale et présentent un risque élevé pour l'infection tuberculose latente (ITBL). L'origine comme seul facteur n'est pas suffisant pour stratifier le risque d'ITBL et ne peut pas justifier la prescription d'un traitement préventif d'ITBL. L'introduction des tests de détection, hautement spécifiques de l'infection au M. tuberculosis tel que les IGRA ainsi que le taux élevé de réussite des traitements préventifs de l'infection latente ont ouvert la voie à un dépistage précoce de l'ITBL qui compléterait le dépistage de la tuberculose active actuellement effectué à la frontière. Afin de mieux cibler le dépistage par ces tests une meilleure sélection des individus à dépister est impérative. Elle pourrait se faire en évaluant le score individuel de risque ITBL par requérant. -- II. Taux élevé d'adhérence au traitement préventif de l'infection tuberculeuse latente prescrit à un collectif de requérants d'asile dans un canton suisse. Objectifs: L'efficacité du traitement préventif de l'infection tuberculeuse latente dépend de l'adherence du sujet au traitement. Un traitement bien conduit pour une duré prévue est en mesure de prévenir l'activation des cas d'infection tuberculeuse latente (ITBL). Le plus grand enjeu dans un programme préventif pour la tuberculose est, outre de cibler la détection des individus les plus à risque pour l'ITBL, de pouvoir traiter efficacement le collectif dépisté positif. Cette étude évaluait la faisabilité d'un traitement préventif court parmi un collectif de requérants d'asile porteurs d'une ITBL dans le canton de Vaud. Méthode: Nous avons effectué une étude prospective de cohorte parmi des requérants d'asile récemment attribués dans le canton de Vaud, âgés de plus de 16 ans et qui avaient été dépistés positifs par IGRA. L'ensemble du collectif selon le protocole de l'étude était adressé au médecin référant afin d'exclure une tuberculose active et pour discuter du traitement préventif si le diagnostic d'ITBL était confirmé. Lors de la première visite médicale, outre l'examen clinique, un bilan radiologique avec une radiographie du thorax et un bilan de la biologie hépatique ainsi qu'un test de dépistage HIV était proposé à l'ensemble du collectif. En cas de suspicion clinique ou d'image radiologique suspecte de tuberculose active le sujet était adressé pour des examens complémentaires. Les sujets porteurs d'ITBL se voyaient proposés, en l'absence de contre indications, un traitement de rifampicine de quatre mois. En acceptant de participer à l'étude ils s'engageaient de se présenter à leur contrôle médical mensuel où était évaluée l'adhérence au traitement et l'apparition d'effets indésirable ou de complications. Si l'adhérence était jugée correcte l'ordonnance du traitement était renouvelée d'un mois et le requérant recevait son prochain rendez-vous de contrôle. L'adhérence était considéré satisfaisante si le patient était adhérent à son schéma de visites médicales et demandait le renouvellement de son ordonnance. Si le requérant d'asile ne se présentait pas à deux contrôles il était considéré comme non adhérent et son traitement est suspendu. Résultats : Notre collectif comptait 98 sujet présument atteint de ITBL sur la base du test T-SPOT.TB ce qui représentait 24.9% du collectif initial. L'âge moyen était de 26.7 ans, 74% était des hommes. La majorité étaient des africains: 66 %, 17% étaient asiatiques et les populations balkaniques et de l'exunion soviétique étaient représentés à part égale d'huit pourcent. Parmi notre collectif nous n'avions pas de sujet immunodéficient notamment HIV positif. Des 98 sujets, 11 ne se sont pas présenté à leur visite médicale initiale. La visite médicale initiale a permis la détection de 8 patients porteurs d'une tuberculose active, dont cinq ont reçu un traitement antituberculeux, ou d'une autre affection pulmonaire non tuberculeuse. Chez deux patients il y avait une contre-indication au traitement préventif et deux avaient un anamnèse positif de traitement antituberculeux non précédemment déclaré. Le traitement préventif a été prescrit à 74 requérants d'asile. Durant le suivi mensuel trois requérants ne se sont pas présentés lors de la première visite de suivi, trois lors de la seconde et sept lors de la troisième pour un total de 13 sujets. Chez deux sujets le traitement préventif a du être suspendu à cause d'une adhérence problématique secondaire à des abus de substances illégales. Durant le suivi, nous n'avons pas eu de sérieuses complications ni d'effets indésirables au traitement qui auraient nécessité son arrêt. En final 60/75 des sujets ont achevé leur traitement soit 80% du collectif. Conclusion: Malgré la vulnérabilité et la volatilité inhérente à cette population qui est d'ailleurs la plus à risqué de réactivation d'une ITBL, cette étude montre que il est possible d'obtenir de taux d'adhérence très élevés au traitement préventif. Nous considérons que les conditions qui ont permis ces résultats sont la prescription d'un schéma de traitement préventif court, un suivi médico-soignant régulier et l'hébergement contrôlée et stable où résidait notre collectif.

La "Génération Sandwich" en Suisse romande: mieux comprendre les facteurs associés avec la santé perçue afin de mieux agir en promotion de la santé

La coexistence des charges professionnelles, familiales, et d'aide à des ascendants expose la Génération Sandwich (GS) à des risques potentiels pour sa santé. Toutefois, les connaissances sur la GS sont insuffisantes pour permettre aux infirmières du secteur de la santé au travail de développer des interventions en promotion de la santé basées sur des preuves. La présente étude vise à dresser le portrait des travailleurs de la GS en examinant les liens entre leurs caractéristiques, leurs charges co-existantes et leur santé perçue. Cette recherche repose sur un devis descriptif corrélationnel multivarié. Un questionnaire électronique a permis de récolter les données de 844 employés d'une administration publique suisse. L'examen montre que 23 % de l'échantillon appartient à la GS. Cette appartenance dépend essentiellement de l'âge des ascendants, de la co-résidence avec ces derniers, de la présence d'enfants dans le ménage. Les scores de santé physique des membres de la GS sont meilleurs que ceux de santé mentale. L'hétérogénéité de leurs caractéristiques transparaît dans trois clusters. Enfin, seul le score de santé physique diffère selon le sexe et les groupes. Cette étude fournit des connaissances sur la GS pour fonder des interventions préventives ciblées.

Species distribution models for conservation-oriented studies in Switzerland : filling data and tools gaps

SUMMARYSpecies distribution models (SDMs) represent nowadays an essential tool in the research fields of ecology and conservation biology. By combining observations of species occurrence or abundance with information on the environmental characteristic of the observation sites, they can provide information on the ecology of species, predict their distributions across the landscape or extrapolate them to other spatial or time frames. The advent of SDMs, supported by geographic information systems (GIS), new developments in statistical models and constantly increasing computational capacities, has revolutionized the way ecologists can comprehend species distributions in their environment. SDMs have brought the tool that allows describing species realized niches across a multivariate environmental space and predict their spatial distribution. Predictions, in the form of probabilistic maps showing the potential distribution of the species, are an irreplaceable mean to inform every single unit of a territory about its biodiversity potential. SDMs and the corresponding spatial predictions can be used to plan conservation actions for particular species, to design field surveys, to assess the risks related to the spread of invasive species, to select reserve locations and design reserve networks, and ultimately, to forecast distributional changes according to scenarios of climate and/or land use change.By assessing the effect of several factors on model performance and on the accuracy of spatial predictions, this thesis aims at improving techniques and data available for distribution modelling and at providing the best possible information to conservation managers to support their decisions and action plans for the conservation of biodiversity in Switzerland and beyond. Several monitoring programs have been put in place from the national to the global scale, and different sources of data now exist and start to be available to researchers who want to model species distribution. However, because of the lack of means, data are often not gathered at an appropriate resolution, are sampled only over limited areas, are not spatially explicit or do not provide a sound biological information. A typical example of this is data on 'habitat' (sensu biota). Even though this is essential information for an effective conservation planning, it often has to be approximated from land use, the closest available information. Moreover, data are often not sampled according to an established sampling design, which can lead to biased samples and consequently to spurious modelling results. Understanding the sources of variability linked to the different phases of the modelling process and their importance is crucial in order to evaluate the final distribution maps that are to be used for conservation purposes.The research presented in this thesis was essentially conducted within the framework of the Landspot Project, a project supported by the Swiss National Science Foundation. The main goal of the project was to assess the possible contribution of pre-modelled 'habitat' units to model the distribution of animal species, in particular butterfly species, across Switzerland. While pursuing this goal, different aspects of data quality, sampling design and modelling process were addressed and improved, and implications for conservation discussed. The main 'habitat' units considered in this thesis are grassland and forest communities of natural and anthropogenic origin as defined in the typology of habitats for Switzerland. These communities are mainly defined at the phytosociological level of the alliance. For the time being, no comprehensive map of such communities is available at the national scale and at fine resolution. As a first step, it was therefore necessary to create distribution models and maps for these communities across Switzerland and thus to gather and collect the necessary data. In order to reach this first objective, several new developments were necessary such as the definition of expert models, the classification of the Swiss territory in environmental domains, the design of an environmentally stratified sampling of the target vegetation units across Switzerland, the development of a database integrating a decision-support system assisting in the classification of the relevés, and the downscaling of the land use/cover data from 100 m to 25 m resolution.The main contributions of this thesis to the discipline of species distribution modelling (SDM) are assembled in four main scientific papers. In the first, published in Journal of Riogeography different issues related to the modelling process itself are investigated. First is assessed the effect of five different stepwise selection methods on model performance, stability and parsimony, using data of the forest inventory of State of Vaud. In the same paper are also assessed: the effect of weighting absences to ensure a prevalence of 0.5 prior to model calibration; the effect of limiting absences beyond the environmental envelope defined by presences; four different methods for incorporating spatial autocorrelation; and finally, the effect of integrating predictor interactions. Results allowed to specifically enhance the GRASP tool (Generalized Regression Analysis and Spatial Predictions) that now incorporates new selection methods and the possibility of dealing with interactions among predictors as well as spatial autocorrelation. The contribution of different sources of remotely sensed information to species distribution models was also assessed. The second paper (to be submitted) explores the combined effects of sample size and data post-stratification on the accuracy of models using data on grassland distribution across Switzerland collected within the framework of the Landspot project and supplemented with other important vegetation databases. For the stratification of the data, different spatial frameworks were compared. In particular, environmental stratification by Swiss Environmental Domains was compared to geographical stratification either by biogeographic regions or political states (cantons). The third paper (to be submitted) assesses the contribution of pre- modelled vegetation communities to the modelling of fauna. It is a two-steps approach that combines the disciplines of community ecology and spatial ecology and integrates their corresponding concepts of habitat. First are modelled vegetation communities per se and then these 'habitat' units are used in order to model animal species habitat. A case study is presented with grassland communities and butterfly species. Different ways of integrating vegetation information in the models of butterfly distribution were also evaluated. Finally, a glimpse to climate change is given in the fourth paper, recently published in Ecological Modelling. This paper proposes a conceptual framework for analysing range shifts, namely a catalogue of the possible patterns of change in the distribution of a species along elevational or other environmental gradients and an improved quantitative methodology to identify and objectively describe these patterns. The methodology was developed using data from the Swiss national common breeding bird survey and the article presents results concerning the observed shifts in the elevational distribution of breeding birds in Switzerland.The overall objective of this thesis is to improve species distribution models as potential inputs for different conservation tools (e.g. red lists, ecological networks, risk assessment of the spread of invasive species, vulnerability assessment in the context of climate change). While no conservation issues or tools are directly tested in this thesis, the importance of the proposed improvements made in species distribution modelling is discussed in the context of the selection of reserve networks.RESUMELes modèles de distribution d'espèces (SDMs) représentent aujourd'hui un outil essentiel dans les domaines de recherche de l'écologie et de la biologie de la conservation. En combinant les observations de la présence des espèces ou de leur abondance avec des informations sur les caractéristiques environnementales des sites d'observation, ces modèles peuvent fournir des informations sur l'écologie des espèces, prédire leur distribution à travers le paysage ou l'extrapoler dans l'espace et le temps. Le déploiement des SDMs, soutenu par les systèmes d'information géographique (SIG), les nouveaux développements dans les modèles statistiques, ainsi que la constante augmentation des capacités de calcul, a révolutionné la façon dont les écologistes peuvent comprendre la distribution des espèces dans leur environnement. Les SDMs ont apporté l'outil qui permet de décrire la niche réalisée des espèces dans un espace environnemental multivarié et prédire leur distribution spatiale. Les prédictions, sous forme de carte probabilistes montrant la distribution potentielle de l'espèce, sont un moyen irremplaçable d'informer chaque unité du territoire de sa biodiversité potentielle. Les SDMs et les prédictions spatiales correspondantes peuvent être utilisés pour planifier des mesures de conservation pour des espèces particulières, pour concevoir des plans d'échantillonnage, pour évaluer les risques liés à la propagation d'espèces envahissantes, pour choisir l'emplacement de réserves et les mettre en réseau, et finalement, pour prévoir les changements de répartition en fonction de scénarios de changement climatique et/ou d'utilisation du sol. En évaluant l'effet de plusieurs facteurs sur la performance des modèles et sur la précision des prédictions spatiales, cette thèse vise à améliorer les techniques et les données disponibles pour la modélisation de la distribution des espèces et à fournir la meilleure information possible aux gestionnaires pour appuyer leurs décisions et leurs plans d'action pour la conservation de la biodiversité en Suisse et au-delà. Plusieurs programmes de surveillance ont été mis en place de l'échelle nationale à l'échelle globale, et différentes sources de données sont désormais disponibles pour les chercheurs qui veulent modéliser la distribution des espèces. Toutefois, en raison du manque de moyens, les données sont souvent collectées à une résolution inappropriée, sont échantillonnées sur des zones limitées, ne sont pas spatialement explicites ou ne fournissent pas une information écologique suffisante. Un exemple typique est fourni par les données sur 'l'habitat' (sensu biota). Même s'il s'agit d'une information essentielle pour des mesures de conservation efficaces, elle est souvent approximée par l'utilisation du sol, l'information qui s'en approche le plus. En outre, les données ne sont souvent pas échantillonnées selon un plan d'échantillonnage établi, ce qui biaise les échantillons et par conséquent les résultats de la modélisation. Comprendre les sources de variabilité liées aux différentes phases du processus de modélisation s'avère crucial afin d'évaluer l'utilisation des cartes de distribution prédites à des fins de conservation.La recherche présentée dans cette thèse a été essentiellement menée dans le cadre du projet Landspot, un projet soutenu par le Fond National Suisse pour la Recherche. L'objectif principal de ce projet était d'évaluer la contribution d'unités 'd'habitat' pré-modélisées pour modéliser la répartition des espèces animales, notamment de papillons, à travers la Suisse. Tout en poursuivant cet objectif, différents aspects touchant à la qualité des données, au plan d'échantillonnage et au processus de modélisation sont abordés et améliorés, et leurs implications pour la conservation des espèces discutées. Les principaux 'habitats' considérés dans cette thèse sont des communautés de prairie et de forêt d'origine naturelle et anthropique telles que définies dans la typologie des habitats de Suisse. Ces communautés sont principalement définies au niveau phytosociologique de l'alliance. Pour l'instant aucune carte de la distribution de ces communautés n'est disponible à l'échelle nationale et à résolution fine. Dans un premier temps, il a donc été nécessaire de créer des modèles de distribution de ces communautés à travers la Suisse et par conséquent de recueillir les données nécessaires. Afin d'atteindre ce premier objectif, plusieurs nouveaux développements ont été nécessaires, tels que la définition de modèles experts, la classification du territoire suisse en domaines environnementaux, la conception d'un échantillonnage environnementalement stratifié des unités de végétation cibles dans toute la Suisse, la création d'une base de données intégrant un système d'aide à la décision pour la classification des relevés, et le « downscaling » des données de couverture du sol de 100 m à 25 m de résolution. Les principales contributions de cette thèse à la discipline de la modélisation de la distribution d'espèces (SDM) sont rassemblées dans quatre articles scientifiques. Dans le premier article, publié dans le Journal of Biogeography, différentes questions liées au processus de modélisation sont étudiées en utilisant les données de l'inventaire forestier de l'Etat de Vaud. Tout d'abord sont évalués les effets de cinq méthodes de sélection pas-à-pas sur la performance, la stabilité et la parcimonie des modèles. Dans le même article sont également évalués: l'effet de la pondération des absences afin d'assurer une prévalence de 0.5 lors de la calibration du modèle; l'effet de limiter les absences au-delà de l'enveloppe définie par les présences; quatre méthodes différentes pour l'intégration de l'autocorrélation spatiale; et enfin, l'effet de l'intégration d'interactions entre facteurs. Les résultats présentés dans cet article ont permis d'améliorer l'outil GRASP qui intègre désonnais de nouvelles méthodes de sélection et la possibilité de traiter les interactions entre variables explicatives, ainsi que l'autocorrélation spatiale. La contribution de différentes sources de données issues de la télédétection a également été évaluée. Le deuxième article (en voie de soumission) explore les effets combinés de la taille de l'échantillon et de la post-stratification sur le la précision des modèles. Les données utilisées ici sont celles concernant la répartition des prairies de Suisse recueillies dans le cadre du projet Landspot et complétées par d'autres sources. Pour la stratification des données, différents cadres spatiaux ont été comparés. En particulier, la stratification environnementale par les domaines environnementaux de Suisse a été comparée à la stratification géographique par les régions biogéographiques ou par les cantons. Le troisième article (en voie de soumission) évalue la contribution de communautés végétales pré-modélisées à la modélisation de la faune. C'est une approche en deux étapes qui combine les disciplines de l'écologie des communautés et de l'écologie spatiale en intégrant leurs concepts de 'habitat' respectifs. Les communautés végétales sont modélisées d'abord, puis ces unités de 'habitat' sont utilisées pour modéliser les espèces animales. Une étude de cas est présentée avec des communautés prairiales et des espèces de papillons. Différentes façons d'intégrer l'information sur la végétation dans les modèles de répartition des papillons sont évaluées. Enfin, un clin d'oeil aux changements climatiques dans le dernier article, publié dans Ecological Modelling. Cet article propose un cadre conceptuel pour l'analyse des changements dans la distribution des espèces qui comprend notamment un catalogue des différentes formes possibles de changement le long d'un gradient d'élévation ou autre gradient environnemental, et une méthode quantitative améliorée pour identifier et décrire ces déplacements. Cette méthodologie a été développée en utilisant des données issues du monitoring des oiseaux nicheurs répandus et l'article présente les résultats concernant les déplacements observés dans la distribution altitudinale des oiseaux nicheurs en Suisse.L'objectif général de cette thèse est d'améliorer les modèles de distribution des espèces en tant que source d'information possible pour les différents outils de conservation (par exemple, listes rouges, réseaux écologiques, évaluation des risques de propagation d'espèces envahissantes, évaluation de la vulnérabilité des espèces dans le contexte de changement climatique). Bien que ces questions de conservation ne soient pas directement testées dans cette thèse, l'importance des améliorations proposées pour la modélisation de la distribution des espèces est discutée à la fin de ce travail dans le contexte de la sélection de réseaux de réserves.

Do youths gamble? You bet! A Swiss population-based study

Cette recherche sur les jeux d'argent et de hasard au sein de la population des jeunes résidents Suisses avait trois objectifs. Pour avoir des données de base, nous nous sommes d'une part intéressés à la prévalence de ce comportement et, basé sur des critères de fréquence, avons mis en évidence une population plus à risque de subir des conséquences néfastes du jeu;à savoir ceux qui jouent au minimum une fois par semaine. Le deuxième objectif était de déterminer s'il existait une association entre la fréquence du jeu et 1) l'utilisation de substances, 2) une mauvaise santé mentale et/ou 3) un faible support social, comme cela a été décrit dans la littérature pour les joueurs pathologiques. Finalement, pour savoir si les joueurs fréquents étaient «fixés» sur un seul type de jeu ou au contraire jouaient de manière non-sélective, nous avons effectué la corrélation entre la fréquence de jeu et le nombre de jeux différents dans lesquels les jeunes étaient impliqués.Pour ces analyses, nous avons utilisé la base de données de l'Enquête Suisse sur la Santé 2007, une étude transversale interrogeant des résidents suisses âgés de 15 ans ou plus. Cette enquête a été menée en deux étapes: 1) un questionnaire téléphonique (taux de réponse: 66.3%) puis 2) un questionnaire écrit (taux de réponse: 80.5% de ceux qui ont répondu à l'interview téléphonique). En tenant compte de la pondération pour l'échantillon de participants ayant répondu aux deux types d'interviews, nous avons considéré uniquement les personnes âgées de 15 à 24 ans. Au total 1116 (582 hommes) participants ont été retenus pour notre étude.Pour répondre au second objectif, nous avons comparé trois groupes. Les non-joueurs (NJ, n=577), les joueurs occasionnels (JO, n=388) et les joueurs fréquents (JF, n=151) ont été étudiés d'abord grâce à des analyses bivariées, puis à une régression multinomiale permettant de tenir compte des facteurs confondants. La sélection des variables pour la régression a été basée sur une méthode «bootstrap» permettant de produire des résultats représentatifs de la population entière et pas uniquement de l'échantillon analysé.Nous avons procédé de manière similaire pour répondre à la troisième question de recherche, mais en comparant uniquement les joueurs occasionnels et les joueurs fréquents.Les résultats ont mis en évidence que 48.3% des jeunes résidents suisses étaient impliqués dans au moins un type de jeu dans l'année précédente. Par ailleurs, 13.5% (n=151) des 15 à 24 ans jouaient au minimum une fois par semaine.Au niveau bivarié, la fréquence de jeu était associée à des facteurs sociodémographiques comme le sexe masculin, l'âge (les JO étant les plus âgés), et le revenu personnel. La fréquence de jeu était également significativement associée au fait de fumer du tabac quotidiennement, d'être actuellement fumeur de cannabis et d'avoir une consommation d'alcool à risque (beuveries). La mauvaise santé mentale (épisode de dépression majeure ou détresse psychologique) et le faible support relationnel (personne de confiance dans l'entourage ou activités de loisirs) n'étaient pas associés à la fréquence de jeu de manière significative, bien qu'une nette tendance en faveur des NJ ait pu être mise en évidence. Au niveau multivarié, les JO et JF étaient plus âgés, plus souvent de sexe masculin et habitaient plus souvent en Suisse romande que les NJ. Les JO étaient plus à risque que les NJ de se soumettre à des beuveries de manière occasionnelle et les JF étaient plus à risque que les NJ d'être des fumeurs de tabac quotidiens.En comparant les JO et les JF, nous avons obtenu une correlation élevée (r=0.85;p<0.0001) entre la fréquence de jeu et le nombre de jeux dans lesquels les jeunes étaient impliqués. Ceci indiquant que les JF ne semblent pas très sélectifs quant au type de jeu auquel ils jouent.Dans la mesure où le jeu est un comportement très prévalent au sein de la population des jeunes résidents suisses, il doit probablement être vu comme une conduite faisant partie des comportements exploratoires de l'adolescence. Néanmoins, au vu des comportements à risque qui y sont associés, la question du jeu devrait être soulevée par les médecins s'occupant de jeunes adultes à des fins de prévention.

Impact of genetic polymorphisms in cytomegalovirus glycoprotein B on outcomes in solid organ transplant recipients with cytomegalovirus disease

Le cytomégalovirus (CMV) est le pathogène viral le plus important après transplantation d'organe. Le risque de développer une maladie à CMV chez les patients transplantés dépend d'une combinaison de facteurs de l'hôte et de facteurs viraux. Par exemple, il est bien établi que le status sérologique à CMV du donneur et du receveur est un facteur de risque très important pour développer une maladie à CMV, notamment chez le sous-groupe de patients donneurs positifs / receveurs négatifs (D+/R-). Par contre, il n'est pas complètement élucidé si des polymorphismes viraux spécifiques peuvent influencer l'évolution en la réponse thérapeutique chez des patients avec une infection à CMV. Nous avons évalué le rôle des différents génotypes de la glycoprotéine Β (gB) du CMV sur l'évolution clinique et virologique de la maladie à CMV chez des patients transplantés d'organe sous traitement antiviral.¦Pour ce faire, nous avons étudié 239 patients transplantés d'organe inclus dans une étude multicentrique évaluant deux médicaments antiviraux utilisés comme traitement de la maladie à CMV. Le génotypage de la gB du CMV a été réalisé en utilisant une PCR quantitative en temps réel au début du traitement antiviral. Les polymorphismes de la gB du CMV permettent la discrimination de quatre génotypes distincts (gBl, gB2, gB3 et gB4). Nous avons défini une infection mixte comme la présence simultanée de plus d'un génotype chez un patient avec maladie à CMV.¦La prévalence des différents génotypes de la gB a été 26% pour la gBl, 10% pour la gB2, 10% pour la gB3, et 5% pour la gB4, alors que les infections mixtes étaient présentes dans 49% des cas. Les patients D+/R+ présentaient plus fréquemment une infection mixte que les patients D+/R- (40% vs 12%, ρ <0.001). Les patients avec une infection mixte présentaient une médiane de la charge virale à CMV plus élevée et un temps d'éradication virale plus long comparé à des patients avec une infection par un génotype unique (p=0.005 et p=0.026, respectivement). Dans un modèle multivarié, les infections mixtes étaient un prédicteur important de l'échec de l'éradication de virus au jour 21 du début du traitement antiviral (rapport de côtes entre l'infection mixte vs. infection par un génotype unique = 2.66, intervalle de confiance à 95%= 1.31 à 5.38, p= 0.007). Aucun effet du génotype gB sur le développement d'une récidive clinique ou virologique de l'infection à CMV a été observé.¦Ces résultats indiquent qu'aucun génotype spécifique de la gB ne semble conférer un avantage de virulence au CMV. Cependant, les infections mixtes avec plusieurs génotypes de la gB sont associées à une charge virale plus élevée et à un retard de l'éradication virale suite au traitement antiviral.

Linjasekoittimensekoituskyvyn määrittäminen

Työn tavoitteena oli kehittää sekoituskyvyn empiirinen monimuuttujafunktio eräälle dynaamiselle linjasekoittimelle. Monimuuttujafunktio oli tarkoitus kehittää sekoittimen kierrosnopeuden, virtaavien materiaalien ja tilavuusvirtausten perus-teella. Työn kirjallisuusosassa tarkasteltiin pääosin dynaamisia linjasekoittimia ja niiden toimintaperiaatteita sekä sekoituskyvyn määrittämiseen soveltuvia mittausmene-telmiä. Sekoitettavien aineiden epähomogeenisuus määritettiin mittaamalla termoelemen-teillä sekoittimen jälkeisen virran lämpötilavaihtelut. Sekoitettavina aineina käy-tettiin kolmea erilaista seosta: vesi-vesi-, kuitususpensio-vesi- ja karboksyylime-tyyliselluloosa-vesiseoksia. Muita muuttujia kokeissa olivat neljä eri sekoittimen kierrosnopeutta, neljä eri päävirran tilavuusvirtausta ja kolme päävirran sekäsii-hen lisättävän sivuvirran suhdetta. Monimuuttujafunktiokehitettiin vain kuitususpensio-vesiajojen pohjalta muilla seoksilla tehtyjen koeajojen osittaisen epäonnistumisen vuoksi. Hallitsevaksi pa-rametriksi monimuuttujafunktiossa osoittautui sekoittimen kierrosnopeus. Osittai-nen epäonnistuminen kokeissa johtui osaksi termoelementtien käytön sopimatto-muudesta sekoituskyvyn määrittämiseen ja osaksi sekoitettavien aineiden valin-nasta. Jatkotutkimuksiaajatellen muista sekoituskyvyn mittaamiseen käytettävissä olevista menetelmistäkäyttökelpoisimmaksi arvioitiin sähkötomografia.

Simulation-Based Finite and Large Sample Tests in Multivariate Regressions.

In the context of multivariate linear regression (MLR) models, it is well known that commonly employed asymptotic test criteria are seriously biased towards overrejection. In this paper, we propose a general method for constructing exact tests of possibly nonlinear hypotheses on the coefficients of MLR systems. For the case of uniform linear hypotheses, we present exact distributional invariance results concerning several standard test criteria. These include Wilks' likelihood ratio (LR) criterion as well as trace and maximum root criteria. The normality assumption is not necessary for most of the results to hold. Implications for inference are two-fold. First, invariance to nuisance parameters entails that the technique of Monte Carlo tests can be applied on all these statistics to obtain exact tests of uniform linear hypotheses. Second, the invariance property of the latter statistic is exploited to derive general nuisance-parameter-free bounds on the distribution of the LR statistic for arbitrary hypotheses. Even though it may be difficult to compute these bounds analytically, they can easily be simulated, hence yielding exact bounds Monte Carlo tests. Illustrative simulation experiments show that the bounds are sufficiently tight to provide conclusive results with a high probability. Our findings illustrate the value of the bounds as a tool to be used in conjunction with more traditional simulation-based test methods (e.g., the parametric bootstrap) which may be applied when the bounds are not conclusive.

Testing Mean-Variance Efficiency in CAPM with Possibly Non-Gaussian Errors : An Exact Simulation-Based Approach

In this paper we propose exact likelihood-based mean-variance efficiency tests of the market portfolio in the context of Capital Asset Pricing Model (CAPM), allowing for a wide class of error distributions which include normality as a special case. These tests are developed in the frame-work of multivariate linear regressions (MLR). It is well known however that despite their simple statistical structure, standard asymptotically justified MLR-based tests are unreliable. In financial econometrics, exact tests have been proposed for a few specific hypotheses [Jobson and Korkie (Journal of Financial Economics, 1982), MacKinlay (Journal of Financial Economics, 1987), Gib-bons, Ross and Shanken (Econometrica, 1989), Zhou (Journal of Finance 1993)], most of which depend on normality. For the gaussian model, our tests correspond to Gibbons, Ross and Shanken’s mean-variance efficiency tests. In non-gaussian contexts, we reconsider mean-variance efficiency tests allowing for multivariate Student-t and gaussian mixture errors. Our framework allows to cast more evidence on whether the normality assumption is too restrictive when testing the CAPM. We also propose exact multivariate diagnostic checks (including tests for multivariate GARCH and mul-tivariate generalization of the well known variance ratio tests) and goodness of fit tests as well as a set estimate for the intervening nuisance parameters. Our results [over five-year subperiods] show the following: (i) multivariate normality is rejected in most subperiods, (ii) residual checks reveal no significant departures from the multivariate i.i.d. assumption, and (iii) mean-variance efficiency tests of the market portfolio is not rejected as frequently once it is allowed for the possibility of non-normal errors.

Finite-Sample Diagnostics for Multivariate Regressions with Applications to Linear Asset Pricing Models

In this paper, we propose several finite-sample specification tests for multivariate linear regressions (MLR) with applications to asset pricing models. We focus on departures from the assumption of i.i.d. errors assumption, at univariate and multivariate levels, with Gaussian and non-Gaussian (including Student t) errors. The univariate tests studied extend existing exact procedures by allowing for unspecified parameters in the error distributions (e.g., the degrees of freedom in the case of the Student t distribution). The multivariate tests are based on properly standardized multivariate residuals to ensure invariance to MLR coefficients and error covariances. We consider tests for serial correlation, tests for multivariate GARCH and sign-type tests against general dependencies and asymmetries. The procedures proposed provide exact versions of those applied in Shanken (1990) which consist in combining univariate specification tests. Specifically, we combine tests across equations using the MC test procedure to avoid Bonferroni-type bounds. Since non-Gaussian based tests are not pivotal, we apply the “maximized MC” (MMC) test method [Dufour (2002)], where the MC p-value for the tested hypothesis (which depends on nuisance parameters) is maximized (with respect to these nuisance parameters) to control the test’s significance level. The tests proposed are applied to an asset pricing model with observable risk-free rates, using monthly returns on New York Stock Exchange (NYSE) portfolios over five-year subperiods from 1926-1995. Our empirical results reveal the following. Whereas univariate exact tests indicate significant serial correlation, asymmetries and GARCH in some equations, such effects are much less prevalent once error cross-equation covariances are accounted for. In addition, significant departures from the i.i.d. hypothesis are less evident once we allow for non-Gaussian errors.

Exact Skewness-Kurtosis Tests for Multivariate Normality and Goodness-of-fit in Multivariate Regressions with Application to Asset Pricing Models

We study the problem of testing the error distribution in a multivariate linear regression (MLR) model. The tests are functions of appropriately standardized multivariate least squares residuals whose distribution is invariant to the unknown cross-equation error covariance matrix. Empirical multivariate skewness and kurtosis criteria are then compared to simulation-based estimate of their expected value under the hypothesized distribution. Special cases considered include testing multivariate normal, Student t; normal mixtures and stable error models. In the Gaussian case, finite-sample versions of the standard multivariate skewness and kurtosis tests are derived. To do this, we exploit simple, double and multi-stage Monte Carlo test methods. For non-Gaussian distribution families involving nuisance parameters, confidence sets are derived for the the nuisance parameters and the error distribution. The procedures considered are evaluated in a small simulation experi-ment. Finally, the tests are applied to an asset pricing model with observable risk-free rates, using monthly returns on New York Stock Exchange (NYSE) portfolios over five-year subperiods from 1926-1995.

Prediction of hypertensive disorders in pregnancy by combined uterine artery Doppler, serum biomarkers and maternal characteristics

Objectif: Évaluer l'efficacité du dépistage de l’hypertension gestationnelle par les caractéristiques démographiques maternelles, les biomarqueurs sériques et le Doppler de l'artère utérine au premier et au deuxième trimestre de grossesse. Élaborer des modèles prédictifs de l’hypertension gestationnelle fondées sur ces paramètres. Methods: Il s'agit d'une étude prospective de cohorte incluant 598 femmes nullipares. Le Doppler utérin a été étudié par échographie transabdominale entre 11 +0 à 13 +6 semaines (1er trimestre) et entre 17 +0 à 21 +6 semaines (2e trimestre). Tous les échantillons de sérum pour la mesure de plusieurs biomarqueurs placentaires ont été recueillis au 1er trimestre. Les caractéristiques démographiques maternelles ont été enregistrées en même temps. Des courbes ROC et les valeurs prédictives ont été utilisés pour analyser la puissance prédictive des paramètres ci-dessus. Différentes combinaisons et leurs modèles de régression logistique ont été également analysés. Résultats: Parmi 598 femmes, on a observé 20 pré-éclampsies (3,3%), 7 pré-éclampsies précoces (1,2%), 52 cas d’hypertension gestationnelle (8,7%) , 10 cas d’hypertension gestationnelle avant 37 semaines (1,7%). L’index de pulsatilité des artères utérines au 2e trimestre est le meilleur prédicteur. En analyse de régression logistique multivariée, la meilleure valeur prédictive au 1er et au 2e trimestre a été obtenue pour la prévision de la pré-éclampsie précoce. Le dépistage combiné a montré des résultats nettement meilleurs comparés avec les paramètres maternels ou Doppler seuls. Conclusion: Comme seul marqueur, le Doppler utérin du deuxième trimestre a la meilleure prédictive pour l'hypertension, la naissance prématurée et la restriction de croissance. La combinaison des caractéristiques démographiques maternelles, des biomarqueurs sériques maternels et du Doppler utérin améliore l'efficacité du dépistage, en particulier pour la pré-éclampsie nécessitant un accouchement prématuré.