Le motif d’empaquetage le long du sillon: une nouvelle entité structurale récurrente dans les ARN ribosomiques

La plupart des molécules d’ARN doivent se replier en structure tertiaire complexe afin d’accomplir leurs fonctions biologiques. Cependant, les déterminants d’une chaîne de polynucléotides qui sont nécessaires à son repliement et à ses interactions avec d’autres éléments sont essentiellement inconnus. L’établissement des relations structure-fonction dans les grandes molécules d’ARN passe inévitablement par l’analyse de chaque élément de leur structure de façon individuelle et en contexte avec d’autres éléments. À l’image d’une construction d’immeuble, une structure d’ARN est composée d’unités répétitives assemblées de façon spécifique. Les motifs récurrents d’ARN sont des arrangements de nucléotides retrouvés à différents endroits d’une structure tertiaire et possèdent des conformations identiques ou très similaires. Ainsi, une des étapes nécessaires à la compréhension de la structure et de la fonction des molécules d’ARN consiste à identifier de façon systématique les motifs récurrents et d’en effectuer une analyse comparative afin d’établir la séquence consensus. L’analyse de tous les cas d’empaquetage de doubles hélices dans la structure du ribosome a permis l’identification d’un nouvel arrangement nommé motif d’empaquetage le long du sillon (AGPM) (along-groove packing motif). Ce motif est retrouvé à 14 endroits dans la structure du ribosome de même qu’entre l’ARN ribosomique 23S et les molécules d’ARN de transfert liées aux sites ribosomaux P et E. Le motif se forme par l’empaquetage de deux doubles hélices via leur sillon mineur. Le squelette sucre-phosphate d’une hélice voyage le long du sillon mineur de l’autre hélice et vice versa. Dans chacune des hélices, la région de contact comprend quatre paires de bases. L’empaquetage le plus serré est retrouvé au centre de l’arrangement où l’on retrouve souvent une paire de bases GU dans une hélice interagissant avec une paire de bases Watson-Crick (WC) dans l’autre hélice. Même si la présence des paires de bases centrales GU versus WC au centre du motif augmente sa stabilité, d’autres alternatives existent pour différents représentants du motif. L’analyse comparative de trois librairies combinatoires de gènes d’AGPM, où les paires de bases centrales ont été variées de manière complètement aléatoire, a montré que le contexte structural influence l’étendue de la variabilité des séquences de nucléotides formant les paires de bases centrales. Le fait que l’identité des paires de bases centrales puisse varier suggérait la présence d’autres déterminants responsables au maintien de l’intégrité du motif. L’analyse de tous les contacts entre les hélices a révélé qu’en dehors du centre du motif, les interactions entre les squelettes sucre-phosphate s’effectuent via trois contacts ribose-ribose. Pour chacun de ces contacts, les riboses des nucléotides qui interagissent ensemble doivent adopter des positions particulières afin d’éviter qu’ils entrent en collision. Nous montrons que la position de ces riboses est modulée par des conformations spécifiques des paires de bases auxquelles ils appartiennent. Finalement, un autre motif récurrent identifié à l’intérieur même de la structure de trois cas d’AGPM a été nommé « adenosine-wedge ». Son analyse a révélé que ce dernier est lui-même composé d’un autre arrangement, nommé motif triangle-NAG (NAG-triangle). Nous montrons que le motif « adenosine-wedge » représente un arrangement complexe d’ARN composé de quatre éléments répétitifs, c’est-à-dire des motifs AGPM, « hook-turn », « A-minor » et triangle-NAG. Ceci illustre clairement l’arrangement hiérarchique des structures d’ARN qui peut aussi être observé pour d’autres motifs d’ARN. D’un point de vue plus global, mes résultats enrichissent notre compréhension générale du rôle des différents types d’interactions tertiaires dans la formation des molécules d’ARN complexes.

Structural rules for the formation of backbone-backbone interactions between closely packed RNA double helices

Les interactions entre les squelettes sucre-phosphate de nucléotides jouent un rôle important dans la stabilisation des structures tertiaires de larges molécules d’ARN. Elles sont régies par des règles particulières qui gouverne leur formation mais qui jusque là demeure quasiment inconnues. Un élément structural d’ARN pour lequel les interactions sucre-phosphate sont importantes est le motif d’empaquetage de deux doubles hélices d’ARN le long du sillon mineur. Ce motif se trouve à divers endroits dans la structure du ribosome. Il consiste en deux doubles hélices interagissant de manière à ce que le squelette sucre-phosphate de l’une se niche dans le sillon mineur de l’autre et vice versa. La surface de contact entre les deux hélices est majoritairement formée par les riboses et implique au total douze nucléotides. La présente thèse a pour but d’analyser la structure interne de ce motif et sa dépendance de stabilité résultant de l’association optimale ou non des hélices, selon leurs séquences nucléotidiques. Il est démontré dans cette thèse qu’un positionnement approprié des riboses leur permet de former des contacts inter-hélices, par l’entremise d’un choix particulier de l’identité des pairs de bases impliquées. Pour différentes pairs de bases participant à ce contact inter-hélices, l’identité optimale peut être du type Watson-Crick, GC/CG, or certaines pairs de bases non Watson-Crick. Le choix adéquat de paires de bases fournit une interaction inter-hélice stable. Dans quelques cas du motif, l’identité de certaines paires de bases ne correspond pas à la structure la plus stable, ce qui pourrait refléter le fait que ces motifs devraient avoir une liberté de formation et de déformation lors du fonctionnement du ribosome.

Étude du crabe rouge profond Geryon quinquedens en Côte d'Ivoire. 1 - Prospection le long du talus continental: résultats des pêches

From Aug 1975 to Jan 1976 a fishing survey for deep-sea red crab Geryon quinquedens was executed along the Ivorian coast between 3{degree} and 7{degree}30'W. Three regions could be distinguished: a central one with poor catches (1.6 kg/trap/20h); an east region with the best catches (5 kg/trap/20h); and a west region, also with good catches (4.5 kg/trap/20h). For the whole survey, catches only took place between 300 and 700m, the best at 400 m. A distinct sexual segregation was observed according to bathymetry with the percentage of males increasing with depth. Nearly the same abundance was observed in Côte d'Ivoire, in Congo and North Angola, while in South Angola catches are somewhat higher.

Biomasses du phytoplancton et du zooplancton dans l'Atlantique tropical le long du méridien 1O' W (Résultats de la campagne Capricorne 7314)

The standing stock of chlorophyll, the quantities of copepods collected with a 30 liter Niskin bottle and the standing stock of zooplankton collected with a 'Bongo' net were measured from 0 to 200 m depth during a cruise along 10' W from 1' N to 12' S. These parameters are correlated to hydrological conditions measured simultaneously. 6 zonal areas have been delimited and described; the north equatorial convergence, the northern flow of the south equatorial counter-current, the trade winds drift, the south equatorial counter-current and the Benguela's drift.

Le rôle du motif hydrophobe VAVIM situé au niveau de IVS6 dans les mécanismes d'activation et d'inactivation du canal calcique Caᵥ2.3

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le rôle du motif hydrophobe VAVIM situé au niveau de IVS6 dans les mécanismes d'activation et d'inactivation du canal calcique Ca�2.3

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Morphologie et reproduction des plantes le long de gradients altitudinaux.

Les communautés végétales sont connues pour changer avec l'altitude. Certains traits morphologiques présents chez les végétaux qui les composent sont adaptés à un type de milieux et y sont représentés préférentiellement. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés à la variation des traits présents chez les plantes le long du gradient altitudinal. Nous avons ainsi étudié dix transects altitudinaux en milieux ouverts et en forêts dans les Alpes valaisannes, vaudoises et dans le Jura. Par ce biais, nous avons pu mettre en évidence une variation importance de la dominance de certains traits le long de l'altitude. Nous discutons les mécanismes évolutifs ayant modelés les motifs observés.

Ordonnances des rois Philippe le Long, Philippe VI, Charles VI, Charles VII et Louis XI sur les matières bénéficiales et sur le domaine. Copies.

Contient : 1 Acte de CHARLES VI, du 6 octobre 1385. En latin. « Pour la reparation des edifices des eglises » ; 2 Acte de CHARLES VII. Chinon, 10 mars 1431. « Nul de quelque estat et dignité, prérogative, preeminence ou auctorité qu'il soit, ne sera receu à tenir et avoir le gouvernement ou administracion d'aucun archeveschiéz (sic), eveschié, abbaye, dignité, prieuré ou autre benefice ecclesiastique en nostredict royaume et seignorie, s'il n'est natif d'icellui nostre royaume, et seignorie et feal et bienveullant de nous » ; 3 Bulle de MARTIN V, du 1er mai 1429. En latin. « Comme au roy appartient de congnoistre des benefices en matiere possessoire » ; 4 Acte de CHARLES VI, du 26 mai 1404. « Nous, actendu ... les bons et aggreables services que nous ont fait et font continuelment ... nos dicts conseilliers, greffiers, notaires, advocas, procureurs et huissiers, et esperons qu'ilz nous facent, ou temps advenir, ne voulons ne entendons » que au « fait de l'aide nouvellement mis sus pour resister à l'entreprinse de Henry de Lenclaustre, soy disant roy d'Angleterre... ils soient aucunement comprins » ; 5 Acte de CHARLES VI, du 5 mars 1388-9. Défense à l'évêque d'Amiens, à son official et à ses archidiacres, de faire comparaître devant eux ceux qui, étant mariés, sont inculpés d'adultère, et de les condamner à une amende ; 6 Acte de CHARLES VI, du 30 juillet 1406. Le roi accorde aux habitants du Cambrésis d'hériter de leurs parents décédés en France; pourvu qu'il en soit de même pour les Français dont les parents décéderaient en Cambrésis ; 7 Acte de CHARLES VI, du 17 avril 1410. En faveur des membres du l'Université qui ont été pourvus de benefices « selon les statuz et ordonnances du concile », pour les garantir contre toute entreprise qui pourroit troubler leur possession ; 8 Acte de CHARLES VI, du 3 mai 1412. « Concessio quod gentes parlamenti, racione feodorum suorum, non arment se cum rege, in armata per eum facta Bicturis et alibi, contra certos subditos suos et inobedientes, ut sciebatur » ; 9 Acte de JEAN DE BROGNIER, évêque d'Ostie, cardinal de la sainte Eglise romaine, et vice-chancelier, du 1er avril 1410. En latin. « Transcriptum certarum conclusionum et cappitulorum in cappitulo Pisano factarum super facto beneficiorum durante neutralitate et alias collatorum » ; 10-14 Actes en latin de CHARLES VI ; 10 Paris, 18 février 1406. « Ordinacio super reduccione libertatum Ecclesie gallicane » ; 11 Même date. « Confirmacio arresti super exactione financiarum gencium ecclesiarum prolati » ; 12 11 septembre 1406. « Arrestum per modum provisionis super facto exaccionum curie romane » ; 13 Paris, après le 27 mars 1418. « Reductio perpetua ecclesiarum Francie et Delphinatus ad suas libertates antiquas » ; 14 Paris, 9 septembre 1418. « Revocacio reductionis ecclesiarum gallicane et Dalphinatus Viennensis ad suas libertates antiquas » ; 15 « Opposition du procureur du roy » et du parlement « à l'enterinement et publication des lectres revocatoires de celles de la reduccion de l'Eglise de France à ses anciennes libertez ». 15 février et 30 mars 1419 ; 16 « Extrait des ordonnances faictes touchant l'alienacion du domainne de la coronne de France », depuis le mois de décembre 1360 jusqu'au 18 octobre 1425 ; 17 « Ce sont les droicts de souveraineté et de ressort et autres drois roiaulx appartenans seul (sic) et pour le tout au roy nostre sire, et desquelx et deppendences d'iceulz, et de tous autres droiz royaulz et de souveraineté, qui par exprès icy ne peuvent estre exprimés, le gouverneur à ce ordonné aura la cognoissance, la garde et la conservation. Et ne soufferra que autrement en soit usé par le roy de Naverre ne par ses gens, ne par quelzconques autres ; et lesquels droiz ont esté baillés par manière d'instruction à maistre Arnaux de Lux, secretaire du roy et gouverneur dessusdict, le VIIIe jour de may mil CCC LXXII » ; 18 « C'est l'advis et instruction fait sur la conservacion des souverainetés et ressors et autres drois roiaulx appartenans au roy en la ville, baronie et rectorie de Montpellier, baillés au roy de Navarre, lesquelz drois et souverainetés sont toujours appartenans au roy en tout son roiaume, et par especial aussi ont été reservés au bail de lad. terre, laquelle instruction a esté baillée à maistre Arnault de Lar, secretaire du roy et gouverneur desd. souverainetés, le VIIIme jour de may l'an mil CCCLXXII » ; 19 Acte de PHILIPPE LE LONG, du 24 fevrier 1320-1321, par lequel il fait rentrer dans le domaine de la couronne les droits, les terres et les bâtiments que les héritiers de Pierre Le Hideux détenaient indûment ; 20 Acte de PHILIPPE VI DE VALOIS : donne un arrêt par lequel le comte de Vendôme, Bouchard, qui avait envahi à main armée les terres du comte de Blois, est condamné à raser la tour qu'il avait fait construire à Vendôme, etc. En latin. 23 janvier 1328-9 ; 21 « Lettres de nomination de la court, que prengnent les conseillers pour leurs benefices » ; 22 « Coppie des ordonnances et declaracions faictes par le roy nostre sire de ses droiz royaulx ès duchiés de Touraine, Anjou et le Maine, par la bonne et meure deliberacion de son conseil, ouquel estoient lors les seigneurs de son sang et lignage, les gens de son grant conseil et autres, pour ce assemblez, du temps de feu monseigneur le duc d'Anjou, et depuis ce observées et gardées » ; 23 « Extraict du livre et registre des plaidoiries de la court de parlement, videlicet du parlement commançant l'an mil IIIC. IIIIXX et cinq, le lendemain de la Saint Martin. Du XXIIe jour de fevrier, oud. an mil IIIC. IIIIXX et cinq. Entre messire Denis comparant, presbtre, d'une part, et M. Jehan de Chacteu, bailli de Meaulx, d'autre part », était débat à cause d'un prisonnier de Provins, que l'archevêque de Sens disait être clerc, et qu'il devait jouir du privilège de clergie, tandis que le bailli de Meaux prétendait qu'il était laic » ; 24 Autre extrait concernant les dîmes. Acte donné à Toulouse le 17 juin 1417, par « Galaubras de Panaffaco » ; 25 « Sentence entre Dame Pericte de La Rivière, dame de La Rocheguion, demanderesse et complaignante, en cas de saisine et de nouvelleté d'une part, et le conte de Joigny, defendeur et opposant oudict cas, d'autre part ». Paris, 23 septembre 1460 ; 26 Acte en latin de LOUIS XI, du premier février 1462-3. Même objet que l'acte précédent ; 27 « De regalia ». Exercice de la régale à Chartres sur l'évêché, après la mort de Philippe de Boys Giloud en 1418, jusqu'au départ des Anglais ; 28 « L'ordonnance du roy LOYS » XI « faite ... à Paris, le IXe jour de septembre, l'an mil IIIIe ; LXI ... touchant l'alienation du demainne » ; 29 Acte de CHARLES VII sur les revenus des eglises et leur emploi. Inachevé. En latin ; 30 Avis pour « monstrer clerement le pays de Waise, la ville et chasteau de Ruplemonde, ou pays et conté de Flandres, que monseigneur de Bourgongne dit estre de l'empire, estre neuement en ce royaume, et tenu à une seule foy et hommaige, avec lad. conté de Flandres, du roy nostre sire, et que les causes des terres et choses scituées et assises oud. paÿs, ville et chasteau, ont de tout temps et ancienneté acoustumé venir par appel et ressort en la court de parlement »

Cartographie semi-automatisée des chutes de pierres le long d’infrastructures linéaires

La caractérisation détaillée de vastes territoires pose un défi de taille et est souvent limitée par les ressources disponibles et le temps. Les travaux de cette maîtrise s’incorporent au projet ParaChute qui porte sur le développement d’une Méthode québécoise d’Évaluation du Danger des Chutes de Pierres (MEDCP) le long d’infrastructures linéaires. Pour optimiser l’utilisation des ressources et du temps, une méthode partiellement automatisée facilitant la planification des travaux de terrain a été développée. Elle se base principalement sur la modélisation des trajectoires de chutes de pierres 3D pour mieux cibler les falaises naturelles potentiellement problématiques. Des outils d’automatisation ont été développés afin de permettre la réalisation des modélisations sur de vastes territoires. Les secteurs où l’infrastructure a le plus de potentiel d’être atteinte par d’éventuelles chutes de pierres sont identifiés à partir des portions de l’infrastructure les plus traversées par les trajectoires simulées. La méthode a été appliquée le long du chemin de fer de la compagnie ArcelorMittal Infrastructures Canada. Le secteur couvert par l’étude débute à une dizaine de kilomètres au nord de Port-Cartier (Québec) et s’étend sur 260 km jusqu’au nord des monts Groulx. La topographie obtenue de levés LiDAR aéroportés est utilisée afin de modéliser les trajectoires en 3D à l’aide du logiciel Rockyfor3D. Dans ce mémoire, une approche facilitant la caractérisation des chutes de pierres le long d’un tracé linéaire est présentée. Des études de trajectoires préliminaires sont réalisées avant les travaux sur le terrain. Les informations tirées de ces modélisations permettent de cibler les secteurs potentiellement problématiques et d’éliminer ceux qui ne sont pas susceptibles de générer des chutes de pierres avec le potentiel d’atteindre les éléments à risque le long de l’infrastructure linéaire.

Observations hydrologique et dynamique le long de deux radiales du plateau continental ivoirien durant l'année focale 1983

In this report, vertical distributions of the temperature and horizontal velocity components of the currents, got from the two sections BELIER (305 1'W) and VRIDI (4°O 5'W), carried out once a week during the 1983 year, on the Continental shelf of Ivory Coast, are shown.

Les stratégies visant à améliorer l’acceptabilité des voies de contournement dans les petites municipalités du Québec : le cas de quatre municipalités le long de la route 117 dans la région des Laurentides

Cette recherche explore les différentes stratégies mises en place afin de minimiser les impacts négatifs encourus à la suite de la mise en service d'une voie de contournement pour les petites municipalités du Québec. Les stratégies identifiées ont été relevées dans la littérature, dans la documentation municipale ainsi que dans des études de cas, soit par des relevés terrains et des entretiens sur le territoire de quatre (4) municipalités. Les stratégies de planification mises sur pied visent essentiellement la configuration des entrées de villes, la signalisation ainsi que les programmes de revitalisation des noyaux urbains. Il ressort de l'analyse que la bonne acceptation sociale des voies de contournement est liée à la présence de concertation entre les différentes parties prenantes d'un projet tout au long de celui-ci. De plus, le temps écoulé entre les premiers balbutiements du projet et la mise en service d'une voie de contournement doit être d'une durée acceptable afin que des stratégies planifiées concordent avec le contexte économique et culturel dans lequel s'insèrera le projet. La recherche dresse ainsi le portrait des stratégies planifiées pour les municipalités situées le long de la route nationale 117 et ayant des voies de contournement. Plus spécifiquement, l'étude de cas porte sur les municipalités de Mont-Tremblant (secteur de Saint-Jovite), La Conception, Labelle et Rivière-Rouge dans la région des Laurentides.

Étude des mouvements de sédiments le long de la Grande Côte Nord du Sénégal, entre Saint Louis et Potou : contribution à la connaissance de l'enviornnement pour améliorer la production agricole

Project de Coopération Internationale pour le Développement complété par l'Université de Las Palmas de Gran Canaria (ULPGC) et l'Université Gaston Berger, financié par la Direction Générale pour les relations avec l'Afrique du Gouvernement des Canaries et géré par le Centre Universitaire de Coopération Internationale pour le Développement (CUCID) de l'ULPGC et l'FULP, Setembre 2010-Février 2012.

Etude d'une méthode de recherche du mínimum dans une espace A N dimensions sans contrainte + quelques considerations sur deux méthodes de minimisation le long d'une direction dans l'espace

Les méthodes d'optimisation statiques(c'est-a-dire des systemes dont les parametres n'.évoluent pas avec le temps) peuvent se diviser en deux grandes classes : les méthodes directes et les méthodes indirectes. Les premieres ocalisent le vecteur optimum par des mouvements tratégiques dans l'espace correspondant. Elles nécessitent la connaissance de la valeur de la fonction critere a chaque point, mais non la forme algébrique, ni ses dérivées.

Les Olim : ou Registres des arrêts rendus par la Cour du Roi : sous les Règnes de Saint Louis, de Philippe le Hardi, de Philippe le Bel, de Louis le Hutin et de Philippe le Long /

The 4 vols cover the period 1254-1318.