Efficient topology estimation for large scale optical mapping

Large scale image mosaicing methods are in great demand among scientists who study different aspects of the seabed, and have been fostered by impressive advances in the capabilities of underwater robots in gathering optical data from the seafloor. Cost and weight constraints mean that lowcost Remotely operated vehicles (ROVs) usually have a very limited number of sensors. When a low-cost robot carries out a seafloor survey using a down-looking camera, it usually follows a predetermined trajectory that provides several non time-consecutive overlapping image pairs. Finding these pairs (a process known as topology estimation) is indispensable to obtaining globally consistent mosaics and accurate trajectory estimates, which are necessary for a global view of the surveyed area, especially when optical sensors are the only data source. This thesis presents a set of consistent methods aimed at creating large area image mosaics from optical data obtained during surveys with low-cost underwater vehicles. First, a global alignment method developed within a Feature-based image mosaicing (FIM) framework, where nonlinear minimisation is substituted by two linear steps, is discussed. Then, a simple four-point mosaic rectifying method is proposed to reduce distortions that might occur due to lens distortions, error accumulation and the difficulties of optical imaging in an underwater medium. The topology estimation problem is addressed by means of an augmented state and extended Kalman filter combined framework, aimed at minimising the total number of matching attempts and simultaneously obtaining the best possible trajectory. Potential image pairs are predicted by taking into account the uncertainty in the trajectory. The contribution of matching an image pair is investigated using information theory principles. Lastly, a different solution to the topology estimation problem is proposed in a bundle adjustment framework. Innovative aspects include the use of fast image similarity criterion combined with a Minimum spanning tree (MST) solution, to obtain a tentative topology. This topology is improved by attempting image matching with the pairs for which there is the most overlap evidence. Unlike previous approaches for large-area mosaicing, our framework is able to deal naturally with cases where time-consecutive images cannot be matched successfully, such as completely unordered sets. Finally, the efficiency of the proposed methods is discussed and a comparison made with other state-of-the-art approaches, using a series of challenging datasets in underwater scenarios

Aspectos das relações entre o mosaico e a arquitectura no mundo romano. Iconografia e iconologia do tema da muralha no mosaico romano

Tese de Doutoramento em História da Arte da Antiguidade.

Transições de signos: os motivos representados num mosaico da Ulla romana de Pisões

Este trabalho é um breve percurso por alguma iconografia da Antigüidade Clássica e Tardia, tendo como ponto de partida as figurações patentes num mosaico de Pisões. A comunicação oral do tema apoiou-se num pequeno corpus de imagens da Antigüidade, recolhido no nosso território que, no presente trabalho, será, na sua maioria, referido em notas. A uilla romana de Pisões localiza-se a cerca de 10 Km a Sul de Beja, na freguesia de S. Tiago Maior. A sua par urbana ou residência do proprietário apresenta uma grandeza e complexidade arquitectônicas condizente com a riqueza decorativa dos seus pavimentos musivos, caracterísdca das uillae do Baixo Império. A sua ocupação ter-se-á prolongado até época bastante avançada da Andguidade, de acordo com materiais nela recolhidos, datáveis do séc. I ao VIII d.c

A Capela de S. João Baptista: o esplendor do mosaico vítreo - Caracterização dos elementos colorantes

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Conservação e Restauro

O labirinto no mosaico pavimental romano

Revista do IHA, N.3 (2007), pp.40-51

Opera mvsiva: Uma breve reflexão sobre a origem, difusão e iconografia do mosaico romano

Revista do IHA, N.3 (2007), pp.52-83

Mosaico da “Casa da Medusa” Alter do Chão

in Varia: notícia, Revista do IHA, N.5 (2008), pp.288-289

Um Stibadium com mosaico na Villa Romana do Rabaçal. De cenário áulico a chão de culto cemiterial – de chão agricultado às primícias arqueológicas

A nossa reflexão abordará a questão da presença de um stibadium, leito semicircular com mesa, construído em alvenaria no interior de um ninfeu decorado com mosaico, numa posição frontal, simétrica e sobreelevada em relação ao ingresso na sala do triclinium, bem como a sua ligação com o ritual do conuiuium, na pars urbana da Villa romana do Rabaçal. Estas estruturas, descobertas nas campanhas de trabalhos arqueológicos aqui realizados entre 1986 e 1992, foram desde então interpretadas como fazendo parte de um jardim interior, dado terem sido nelas assinalada a existência, a um nível inferior, de um conjunto de cinco canaletas ligadas, aparentemente, a um tanque exterior. Inconformados com esta interpretação, observámos de novo em 1997, ao pormenor, esta construção absidal, tendo em conta a sua axialidade e o facto de nela ter sido incorporado um sistema de canalizações que permitiam, porventura, ou espalhar água por todo o pavimento de mosaico do triclinium, sala rectangular de maior aparato decorativo da pars urbana da Villa, ou, pelo contrário, melhor isolar da humidade o interior do pavimento da sala em sigma. Esta discussão será o ponto central da nossa comunicação. Serão ainda abordadas, em jeito de epílogo, questões relacionadas com a continuidade da ocupação da Villa na Antiguidade Tardia, sua provável ocupação em época suévica e a continuidade da utilização do local como espaço de habitação e de culto cemiterial até ao século XVI.

A propósito de um mosaico egitaniense. dionisismo, geometrismo e cristianismo

Um mosaico descoberto por D. Fernando de Almeida em terras egitanienses revela-se extremamente significante no contexto das transformações verificadas na cidade e no campo durante a Antiguidade Tardia. Consideramos este mosaico, pela desconstrução, geometrismo e abstraccionismo que revela, de grande importância para uma reflexão sobre a influência dos comportamentos típicos da Antiguidade Tardia também na arte do mosaico. Partiremos de uma descrição geral para uma leitura de pormenor, tendo em vista a percepção formal e a simbólica das partes na sua relação com o todo. Procuraremos os paralelos mais próximos, tentando descortinar a relação entre o geometrismo e as sugestões dionisíacas num contexto em que o cristianismo já se havia afirmado com veemência sobre o paganismo.

"O banquete nupcial” num mosaico hispano-romano do séc. II d. C.

Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), Fundação Calouste Gulbenkian, Fundação Millennium bcp, Direcção Geral do Livro e das Bibliotecas/MC

Caracterización biológica y molecular de un rhabdovirus causal de mosaico estriado amarillo, en maíz (Zea mays L.) en la provincia de Córdoba.

La familia Rhabdoviridae incluye varios patógenos económicamente importantes de cultivos, entre los más de 70 virus que afectan plantas. Estos últimos se clasifican en los géneros Cytorhabdovirus y Nucleorhabdovirus, dependiendo de si producen inclusiones en el espacio perinuclear, o si desarrollan viriones citoplasmáticos. Los integrantes de esta familia infectan gran cantidad de monocotiledóneas y dicotiledóneas y la mayoría son dependientes de transmisión por insectos. Las interacciones virus-vector son altamente específicas, y se ha registrado la replicación en insectos, del rhabdovirus que transmiten a las plantas. Cada especie de rhabdovirus induce un amplio espectro de síntomas en sus plantas huéspedes, y estos van desde la falta de efectos discernibles hasta la muerte total de la planta. El maíz (Zea mays L.) es el cultivo más ampliamente distribuido a nivel mundial y uno de los principales cultivos de cereales, ubicándose tercero en el ranking de producción en el mundo. En maíz se ha citado la presencia de varios rhabdovirus, entre estos American wheat striate mosaic virus (AWSMV), Cereal chlorotic mottle virus (CCMV), Maize mosaic virus (MMV), Maize sterile stunt virus (strains of Barley yellow striate virus), Northern cereal mosaic virus (NCMV) y Maize fine streak virus (MFSV). Ninguno de ellos reportado en Argentina. Desde 2001 un rhabdovirus es observado, por sintomatología y microscopía electrónica, en plantas de maíz de diferentes localidades de la provincia de Córdoba. Esta virosis pudo ser transmitida en dos oportunidades a plantas de maíz sanas mediante Peregrinus maidis y logró amplificarse mediante RT-PCR con iniciadores degenerados, el gen de la polimerasa L. Nuestra hipótesis es que el agente causal de la sintomatología de mosaico estriado amarillo en maíz sería un rhabdovirus emergente en Argentina, diferente de Maize mosaic virus (MMV), transmitido por delfácidos, que puede aislarse y mantenerse en condiciones controladas. El objetivo del presente trabajo es generar conocimientos biológicos, moleculares y epidemiológicos sobre el agente causal de la sintomatología en maíz de mosaico estriado amarillo. Para ello se colectarán plantas de maíz con sintomatología de mosaico estriado amarillo, en distintas localidades donde se presente la sintomatología. Las muestras se observarán al microscopio electrónico en cortes ultrafinos y en “leaf dip". Los viriones se purificarán, extraerá el RNA de los mismos, y obtendrá la secuencia de nucleótidos, para compararla con otras publicadas de virosis vegetales y se obtendrán homologías. Se realizarán transmisiones experimentales de esta virosis, por incisiones vasculares y mediante el empleo de diferentes especies de insectos vectores. Importancia del proyecto El avance de patógenos tropicales hacia zonas templadas es una de las causas de la aparición de las virosis emergentes, que se caracterizan por producir epifítias al ingresar a nuevos ecosistemas. El Maize mosaic virus (MMV) es un rhabdovirus que produce una de las virosis más importantes del maíz en el continente americano. Determinar la identidad del agente etiológico del mosaico estriado amarillo y establecer su relación con MMV es fundamental para desarrollar medidas proactivas y diseñar estrategias de manejo de esta nueva enfermedad.

Mamíferos de médio e grande porte e sua relação com o mosaico de habitats na cuesta de Botucatu, Estado de São Paulo, Brasil

A região da cuesta de Botucatu caracteriza-se por um gradiente topográfico contendo um mosaico de ambientes com diferentes formações de vegetação natural (floresta estacional semidecidual, cerrado e matas ciliares), além de áreas antropizadas com a predominância de pastagens, plantações de cana-de-açúcar, laranja, e reflorestamentos de eucalipto, com paisagem fragmentada. Inserida nesta região, a Fazenda Experimental Edgardia, pertencente à Universidade Estadual Paulista, Campus de Botucatu, representa uma amostra desta heterogeneidade ambiental, tendo grande importância para a conservação da biodiversidade, tanto de flora como fauna. Entretanto, poucos são os estudos sobre a sua fauna, principalmente de mamíferos. O presente trabalho teve como objetivo conhecer a fauna de mamíferos de médio e grande porte nesta área, e sua relação com o mosaico de habitats. Foram obtidos registros indiretos da presença de mamíferos através de vestígios (pegadas e fezes) em transectos (trilhas pré-existentes), ao longo de um ano. De março de 2004 a março de 2005 foram registradas 18 espécies de mamíferos silvestres de médio e grande porte. Quanto à ocorrência destacou-se Mazama sp., presente em todos os ambientes, com maior abundância relativa no ambiente de transição de floresta/Cerradão. Puma concolor (Linnaeus, 1771), Leopardus pardalis (Linnaeus, 1758), Cerdocyon thous (Linnaeus, 1766), Procyon cancrivorus (Cuvier, 1798) e Dasypus novemcinctus (Linnaeus, 1758) também foram encontradas em praticamente todos os ambientes, e espécies como Chironectes minimus (Zimmermann, 1780), Cuniculus paca Linnaeus, 1766, Eira barbara (Linnaeus, 1758) e uma espécie do gênero Conepatus Gray, 1837 estiveram restritas a ambientes específicos. A análise de correspondência mostrou oito espécies com ocorrência em todos os ambientes: sete mais associadas aos ambientes de várzea, floresta e pastagem e três aos ambientes de cultura de arroz, transição entre floresta/Cerradão e vegetação natural em estádio sucessional secundário. Os resultados sugerem que a fauna de mamíferos de médio e grande porte na Fazenda Experimental Edgardia está sujeita às modificações ambientais que a região vem sofrendo. Embora existam preferências de algumas espécies por determinados hábitats, parece ocorrer certa plasticidade em relação às modificações de seus hábitats originais.