Diseño de una herramienta para la visualización de moleculas

L'objectiu d'aquest TFC consisteix a desenvolupar i implementar l'eina de visualització molecular opengl: HVM. Aquesta aplicació, que permet la visualització i la inspecció de molècules, és de gran utilitat en àrees com la química, la farmàcia, la docència, etc., i admet definicions de molècules mitjançant un fitxer d'entrada (una variació simplificada del format XMOL XYZ), construint-ne el model, cosa que afavoreix que s'hi pugui navegar, com també la selecció i la identificació dels seus elements i el càlcul de distàncies i angles de torsió entre ells. A més, permet la definició d'un eix sobre el qual es pot generar una rotació del model i gravar una seqüència de sortida.

Angiogénesis y vascularización en el microambiente uterino placentario en porcinos

La placenta es un órgano transitorio formado durante la gestación, a través del cual se relacionan fisiológicamente membranas maternas y embrionarias. Constituye un tejido esencial ya que de la correcta comunicación materna/fetal depende la aceptación del conceptus, la viabilidad de los embriones, el éxito de la preñez y la sobrevida postnatal de los fetos. El cerdo presenta una placenta corialantoidea que se caracteriza por una aposición entre los epitelios uterino y coriónico, entre los cuales se interdigitan las microvellosidades maternas y fetales, involucrando un vasto incremento en el área de contacto sin pérdida de la continuidad de las membranas. Éstas persisten hasta el final de la gestación, pero la distancia entre los vasos sanguíneos uterinos y fetales se reduce a medida que avanza la preñez a fin de hacer más eficiente la difusión. En el cerdo, para que se produzca una preñez exitosa seguida de una gestación normal debe ocurrir, a nivel de la placenta una correcta vascularización que permita un adecuado establecimiento y desarrollo de los embriones/fetos. La angiogénesis placentaria es un factor primordial durante la gestación, ya que es necesario un incremento en el flujo sanguíneo a medida que avanza la preñez, aumentando el transporte de nutrientes desde la madre para satisfacer las demandas metabólicas del conceptus. Al inicio de la preñez porcina se observa una vascularización endometrial involucrada en el establecimiento y crecimiento placentario. Fisiológicamente, para que se produzca una preñéz exitosa debe ocurrir una correcta remodelación celular placentaria y vascular, indispensable para el crecimiento fetal y el desarrollo placentario; para ello se expresan diferentes moleculas presentes en el microambiente materno/fetal, tales como VEGF y sus receptores, y las proteínas de matriz extracelular: osteopontina, fibrinógeno, colágeno, desmina, vimentina y fibronectina. El propósito de este trabajo es estudiar la angiogénesis, la vascularización y la caracterización de la matriz extracelular, en muestras de tejido placentario de cerdas de razas mestizas. Para ello se propone determinar el número de vasos sanguíneos placentarios, su clasificación de acuerdo al calibre y ubicación y la localización de VEGF, sus receptores, osteopontina, fibrinógeno, colágeno, desmina, vimentina y fibronectina. Además, se determinará la remodelación celular vascular a través de microscopía óptica de alta resolución (MOAR) y microscopía electrónica de transmisión. Todas las determinaciones se realizarán durante la placentación porcina: al inicio (30 días), la mitad (60 y 80 días) y al final de la gestación (114 días). Poder reconocer algunos de los procesos fisiológicos que desencadenan la remodelación celular y la vascularización durante el establecimiento y crecimiento placentario porcino, permitirá profundizar el conocimiento de los mecanismos que posibilitan un apropiado intercambio sanguíneo materno-fetal durante la gestación en porcinos. La identificación y el estudio de las moléculas que intervienen en la integridad y sostén tisular-vascular que sirven de contexto en los procesos de angiogénesis y vascularización redundará en el futuro en beneficios aplicables a la producción porcina.

Didàctica de l'àrea de ciències experiementals a l'ESO. 'Didáctica del área de las ciencias experimentales en la ESO'.

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Simulação computacional por dinâmica molecular de propriedades de equilíbrio e espectroscópicas de misturas líquidas CS2/C6H6

Propriedades de equilíbrio e espectroscópicas são determinadas para a mistura líquida CS2/C6H6 na temperatura de 298K e nas frações molares de benzeno iguais a 0,25, 0,50 e 0,75, usando simulação computacional por Dinâmica Molecular. As interações intermoleculares são descritas em relaçãao a todos os átomos por um potencial Lennard-Jones (12/6), com as interações eletrostáticas representadas por quadrupolos pontuais, localizados nos centros de massa das mol´eculas. Um segundo potencial também é considerado, onde a distribuição de cargas na molécula é usada para descrever as interações eletrostáticas. Dados termodinâmicos e propriedades estruturais, descritas através de funções de distribuição radial e de correlação angular, são calculados. Os resultados obtidos com os dois potenciais mostram boa concordância com os dados experimentais. A análise das frações molares locais e das energias internas indica que a mistura líquida CS2/C6H6 apresenta comportamento aproximadamente ideal. As funções de distribuição radial e de correlação angular evidenciam uma configuração preferencialmente paralela entre as moléculas de CS2 e C6H6 a distâncias menores em relação a distância do máximo da função de distribução , correspondente a primeira camada de coordenação . Nesta região, a configuração perpendicularé fracamente favorecida em relação as demais orientações. Funções de correlação temporal da polarizabilidade coletiva e da polarizabilidade molecular, correspondentes aos espalhamentos Rayleigh e Raman, respectivamente, são calculadas a partir do modelo de interação dipolo induzido por dipolo de 1a ordem. As funções de correlação são divididas nas contribuições orientacional, induzida por colisão e cruzada, e nas contribuições dos componentes. Propriedades de equilíbrio como anisotropia efetiva e intensidades integradas são determinadas para as misturas e líquidos puros. Os resultados indicam que a correlação orientacional entre as moléculas de CS2 é a maior responsável pelos espectros Rayleigh e espectros Raman deste componente. A maior participação do benzeno ocorre no espalhamento Raman com uma maior correlação na contribuição induzida por colisão. A separação na escala temporal entre a dinâmica reorientacional e induzida por colisão determinada na simulação é menor em relação ao experimento. Tempos de correlação da contribuição induzida por colisão são maiores nas misturas em relação aos líquidos puros no espalhamento Rayleigh, conforme o experimento, e estão relacionados a contribuições significativas das funções de correlação entre os componentes CS2 e benzeno a tempo longo. Funções de correlação temporal do momento dipolar coletivo são determinadas a partir do modelo dipolo induzido por quadrupolo e analisadas em termos de contribuições isotrópicas, anisotrópicas e cruzadas, como também de contribuições dos componentes. A relação entre estes termos é concordante com os parâmetros moleculares de anisotropia e quadrupolo dos componentes. Os resultados da simulação indicam absorbância de excesso para as misturas em uma ordem semelhante a do experimento. O tempo de correlação maior na mistura de fração molar de benzeno igual a 0,25, também encontrado no experimento, está relacionado a elevada contribuição a tempo longo da função de correlação entre dipolos induzidos em moléculas de CS2 por moléculas de C6H6. Os espectros calculados na simulação e os espectros experimentais do espalhamento de luz despolarizado Rayleigh apresentam boa concordância, validando os modelos de potenciais de interação e de indução usados. No entanto, diferenças são encontradas no infravermelho longínquo. Modi cações no modelo simplificado de indução são propostas.

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Controle e caos na formação de moléculas com pulso de laser

We investigate the formation of molecules under the action of external field acting during the atomic collision. To describe this process, the collision of atomic pairs, we use the Morse oscillator model driven The study was developed from the standpoint of classical mechanics by analyzing the sensitivity of the system with respect to initial conditions, the verification of chaotic dynamics associated with the process of formation of molecules with laser and analysis of system dynamics and the likelihood of photoassociation in response to the external field parameters

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Controle da dinâmica caótica do oscilador de morse forçado

In this work, the dissociation dynamics of heteronuclear diatomic molecules is investigated by means of the classical driven Morse oscillator. The interaction of the molecule and the laser field is represented through the product of the molecule dipole function and the electric field of the laser. This interaction may lead to the breaking of the chemical bound, that is, to the dissociation of the molecule. The work was developed in two parts. In the first part, we studied the dissociation as a function of the range of the permanent dipole. In the second part, we maximized the dissociation probability manipulating the parameters of the external field. We have observed that the dissociation can be controlled by means of variations of parameters associated with the range of the permanent dipole