Estudi sobre el ritme de restauració de les activitats extractives de Catalunya

L’objecte d’aquest projecte és determinar si el ritme restaurador de les activitats extractives és el mateix que el de l’extracció del mineral. Per avaluar-ho s’ha analitzat la dinàmica de les explotacions mineres que exploten els quatre tipus principals de recursos a Catalunya, en el període de 10 anys (1993-2003), amb l’ajuda de Sistemes d’Informació Geogràfica (SIG). Per dur a terme aquest estudi s’ha emprat bases cartogràfiques diferents: els Mapes de cobertes del Sòl de Catalunya (MCSC) i el de les activitats extractives (EXTCATA). A partir de l’anàlisi dels resultats, es determina que si bé, en general, el procés de restauració dels espais afectats per les activitats extractives està sent molt important des de l’entrada en vigor de la Llei 12/1981, no es pot afirmar que aquests treballs es realitzin de forma compaginada amb els d’explotació.

Factors associated with health-related quality of life after successful kidney transplantation: a population-based study

Kidney transplantation improves the quality of life of end-stage renal disease patients. The quality of life benefits, however, pertain to patients on average, not to all transplant recipients. The aim of this study was to identify factors associated with health-related quality of life after kidney transplantation. Population-based study with a cross-sectional design was carried out and quality of life was assessed by SF-36 Health Survey Version 1. A multivariate linear regression model was constructed with sociodemographic, clinical and laboratory data as independent variables. Two hundred and seventy-two kidney recipients with a functioning graft were analyzed. Hypertension, diabetes, higher serum creatinine and lower hematocrit were independently and significantly associated with lower scores for the SF-36 oblique physical component summary (PCSc). The final regression model explained 11% of the PCSc variance. The scores of oblique mental component summary (MCSc) were worse for females, patients with a lower income, unemployed and patients with a higher serum creatinine. The regression model explained 9% of the MCSc variance. Among the studied variables, comorbidity and graft function were the main factors associated with the PCSc, and sociodemographic variables and graft function were the main determinants of MCSc. Despite comprehensive, the final regression models explained only a little part of the heath-related quality of life variance. Additional factors, such as personal, environmental and clinical ones might influence quality of life perceived by the patients after kidney transplantation.

Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis

Le nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré. Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion). Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité. Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage.