Paediatric leukaemia DNA methylation profiling using MBD enrichment and SOLiD sequencing on archival bone marrow smears

BACKGROUND: Acute Lymphoblastic Leukaemia (ALL) is the most common cancer in children. Over the past four decades, research has advanced the treatment of this cancer from a less than 60% chance of survival to over 85% today. The causal molecular mechanisms remain unclear. Here, we performed sequencing-based genomic DNA methylation profiling of eight paediatric ALL patients using archived bone marrow smear microscope slides. FINDINGS: SOLiD™ sequencing data was collected from Methyl-Binding Domain (MBD) enriched fractions of genomic DNA. The primary tumour and remission bone marrow sample was analysed from eight patients. Four patients relapsed and the relapsed tumour was analysed. Input and MBD-enriched DNA from each sample was sequenced, aligned to the hg19 reference genome and analysed for enrichment peaks using MACS (Model-based Analysis for ChIP-Seq) and HOMER (Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment). In total, 3.67 gigabases (Gb) were sequenced, 2.74 Gb were aligned to the reference genome (average 74.66% alignment efficiency). This dataset enables the interrogation of differential DNA methylation associated with paediatric ALL. Preliminary results reveal concordant regions of enrichment indicative of a DNA methylation signature. CONCLUSION: Our dataset represents one of the first SOLiD™MBD-Seq studies performed on paediatric ALL and is the first to utilise archival bone marrow smears. Differential DNA methylation between cancer and equivalent disease-free tissue can be identified and correlated with existing and published genomic studies. Given the rarity of paediatric haematopoietic malignancies, relative to adult counterparts, our demonstration of the utility of archived bone marrow smear samples to high-throughput methylation sequencing approaches offers tremendous potential to explore the role of DNA methylation in the aetiology of cancer.

Progenitori endoteliali nei pazienti con Chronic Kidney Disease - Mineral and Bone Disorder (CKD-MBD) in fase uremica: effetti del trattamento con vitamina D.

L'insufficienza renale cronica (CKD) è associata ad un rischio cardiovascolare più elevato rispetto alla popolazione generale: fattori come uremia, stress ossidativo, età dialitica, infiammazione, alterazioni del metabolismo minerale e presenza di calcificazioni vascolari incidono fortemente sulla morbosità e mortalità per cause cardiovascolari nel paziente uremico. Diversi studi hanno verificato il coinvolgimento dei progenitori endoteliali (EPC) nella malattia aterosclerotica ed è stato dimostrato che esprimono osteocalcina, marcatore di calcificazione. Inoltre, nella CKD è presente una disfunzione in numero e funzionalità delle EPC. Attualmente, il ruolo delle EPC nella formazione delle calcificazioni vascolari nei pazienti in dialisi non è stato ancora chiarito. Lo scopo della tesi è quello di studiare le EPC prelevate da pazienti con CKD, al fine di determinarne numero e fenotipo. È stato anche valutato l'effetto del trattamento in vitro e in vivo con calcitriolo e paracalcitolo sulle EPC, dato il deficit di vitamina D dei pazienti con CKD: il trattamento con vitamina D sembra avere effetti positivi sul sistema cardiovascolare. Sono stati valutati: numero di EPC circolanti e la relativa espressione di osteocalcina e del recettore della vitamina D; morfologia e fenotipo EPC in vitro; effetti di calcitriolo e paracalcitolo sull’espressione di osteocalcina e sui depositi di calcio. I risultati dello studio suggeriscono che il trattamento con vitamina D abbia un effetto positivo sulle EPC, aumentando il numero di EPC circolanti e normalizzandone la morfologia. Sia calcitriolo che paracalcitolo sono in grado di ridurre notevolmente l’espressione di OC, mentre solo il paracalcitolo ha un effetto significativo sulla riduzione dei depositi di calcio in coltura. In conclusione, il trattamento con vitamina D sembra ridurre il potenziale calcifico delle EPC nell’uremia, aprendo nuove strade per la gestione del rischio cardiovascolare nei pazienti affetti da CKD.

Field and depot maintenance manual (including field and depot maintenance repair parts) for starter, engine, electrical, assembly (2920-852-5483) (Electric Auto-Lite model MBD-4043UT).

"September 1963."

Manifestaciones dentales en pacientes con anorexia y bulimia tipo compulsivo purgativo - Bogotá 2007

La incidencia de la anorexia y bulimia de tipo compulsivo purgativo en la población de mujeres a nivel mundial se ha incrementado en las últimas décadas, dejando daños irreversibles en boca; la presente investigación tiene como objetivo identificar las manifestaciones dentales presentes en pacientes con estos trastornos. Estudio observacional descriptivo de series de casos conformada por 15 mujeres voluntarias, con edad promedio de 22.67 ± 4.3 años, previamente diagnosticadas con bulimia y anorexia de tipo compulsivo purgativo, con 2 años de evolución que reciben tratamiento en centros terapéuticos de Bogotá. La recolección de información se realizó en instituciones, mediante una encuesta y examen clínico odontológico.

Non-referenced genome assembly from epigenomic short-read data

Current computational methods used to analyze changes in DNA methylation and chromatin modification rely on sequenced genomes. Here we describe a pipeline for the detection of these changes from short-read sequence data that does not require a reference genome. Open source software packages were used for sequence assembly, alignment, and measurement of differential enrichment. The method was evaluated by comparing results with reference-based results showing a strong correlation between chromatin modification and gene expression. We then used our de novo sequence assembly to build the DNA methylation profile for the non-referenced Psammomys obesus genome. The pipeline described uses open source software for fast annotation and visualization of unreferenced genomic regions from short-read data.

Avaliação química e biológica do fungo endofítico Schizophyllum commune isolado de Alchornea glandulosa

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo químico e biológico do fungo endofítico Phomopsis sp. isolado da Senna spectabilis

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo químico e biológico de fungos endofíticos isolados das folhas de Styrax camporum Pohl (Styracaceace)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo químico e biológico de fungos endofídicos associados a Senna spectabilis

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo químico e biológico dos fungos endofílicos associados com a espécie vegetal Alibertia macrophylla (Rubiaceae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Burrow morphology of Uca uruguayensis and Uca leptodactylus (Decapoda: Ocypodidae) from a subtropical mangrove forest in the western Atlantic

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Peritoneal dialysis per se is a risk factor for sclerostin-associated adynamic bone disease

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Como os sintomas de transtornos mentais e comportamentais influenciam a memória operacional de universitários?

Pós-graduação em Psicologia do Desenvolvimento e Aprendizagem - FC