Predição de sítios de ligação para a cisplatina e transplatina baseada em ligações de hidrogênio

Pós-graduação em Biofísica Molecular - IBILCE

Papel das hemaglutininas 67-72p de Corynebacterium diphtheriae na ligação a proteínas plasmáticas, superfícies celulares, invasão e indução de apoptose

Corynebacterium diphtheriae pode ser isolado tanto de quadros de difteria clássica, quanto de infecções sistêmicas, como endocardite. O fibrinogênio (Fbn) e a fibronectina (Fn) são glicoproteínas presentes na matriz extracelular de tecidos conjuntivos. A influência destas proteínas na patogênese das infecções locais e invasivas causadas por C. diphtheriae é objeto de estudo devido ao fato do bacilo diftérico poder ser encontrado em lesões nas quais o Fbn e a Fn são predominantes, incluindo a pseudomembrana diftérica e vegetações cardíacas presentes na endocardite infecciosa. São crescentes as evidências de que o C. diphtheriae pode, além de aderir, ser internalizado por células em cultura. No presente estudo, investigou-se a participação de C. diphtheriae e das proteínas de superfície 67-72p na aderência à Fn e ao Fbn de plasma humano e a eritrócitos. A aderência às células HEp-2 e internalização também foram analisadas. A participação de 67-72p nos mecanismos de morte celular foi avaliada através das colorações por Azul de Tripan e 46-diamidino-2-fenil indol (DAPI), pelo ensaio de redução utilizando dimetil-tiazol-difenil tetrazólio (MTT) e por citometria de fluxo. As 67-72p foram extraídas da superfície da amostra toxigênica C. diphtheriae subsp. mitis CDC-E8392 através de processos mecânicos e precipitação com sulfato de amônio saturado. Análises por SDS-PAGE e immunoblotting detectaram a presença das bandas protéicas de 67 e 72kDa nas amostras toxinogênicas e atoxinogênicas analisadas, as quais pertenciam aos biotipos fermentador e não fermentador de sacarose. C. diphtheriae foi capazes não só de formar agregados na presença de plasma de coelho, mas também de converter Fbn em fibrina independentemente da presença do gene tox. No entanto, a amostra atoxinogênica ATCC 27010 (tox-) foi menos aderente ao Fbn do que a homóloga ATCC 27012 (tox+). A interação bacteriana com eritrócitos foi inibida somente pela Fn. Ligações entre Fn e/ou Fbn com 67-72p foram demonstradas por dot blotting, ELISA e/ou ensaios utilizando fluorescência. As 67-72p foram capazes de inibir as interações bacterianas com o Fbn, indicando que 67-72p podem participar do processo de aderência do patógeno aos tecidos do hospedeiro. Através da microscopia óptica, demonstrou-se a ligação de 67-72p adsorvidas em microesferas de látex com células HEp-2. Anticorpos de coelho do tipo IgG anti 67-72p interferiram somente com a expressão do padrão de aderência do tipo difuso, normalmente apresentado pela amostra CDC-E8392. A Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET) e a inibição da internalização bacteriana pela IgG anti 67-72p ou por 67-72p indicaram o papel de 67-72p como invasina. Alterações do citoesqueleto de células HEp-2 com acumulação de actina polimerizada, induzida por microesferas sensibilizadas com 67-72p, foi observada pelo fluorescent actin staining (FAS) test. Foi visualizado um aumento no número de bactérias viáveis no compartimento intracelular após tratamento de células HEp-2 ou dos microrganismos com Fn. A presença de partículas de látex adsorvidas com 67-72p no interior de vacúolos frouxos em células HEp-2 sugeriu que estas proteínas podem causar efeito citotóxico. A avaliação através das colorações com Azul de Tripan, DAPI e os ensaios de redução utilizando MTT demonstraram um decréscimo na viabilidade de células tratadas com 67-72p. As mudanças morfológicas observadas 3 horas após o início do tratamento com 67-72p incluíram vacuolização, fragmentação nuclear e formação de corpúsculos apoptóticos. A citometria de fluxo revelou um decréscimo de 15,13% no volume/tamanho de células tratadas com 67-72p. Além disso, o ensaio utilizando Iodeto de Propídio (IP) e Anexina V (AV)-FITIC demonstrou que havia 66,1% de células vivas (IP-/AV-), 16,6% de células em apoptose inicial (IP-/AV+) e 13,8% de células em apoptose tardia ou necrose secundária. Em conclusão, as 67-72p estão diretamente envolvidas na interação com Fn e Fbn. As proteínas não fimbriais 67-72p são hemaglutininas implicadas na aderência a células respiratórias e na internalização. Além disso, estas proteínas podem atuar como fatores de virulência em potencial para induzir apoptose de células epiteliais nos estágios iniciais da difteria e nas infecções invasivas causadas pelo C. diphtheriae

Growth and characterization of ZnO films on (0 0 1), (1 0 0) and (0 1 0) LiGaO2 substrates

ZnO films were fabricated on LiGaO2 (0 0 1), (10 0) and (0 10) planes by RF magnetron sputtering. The structural, morphological and optical properties of as-grown ZnO films were investigated by X-ray diffraction (XRD), atomic force microscopy (AFM), Raman spectra and photoluminescence (PL) spectra. It is found that the orientation of ZnO films is strongly dependent on the substrate plane. [0 0 0 11, [1 (1) over bar 00] and [11 (2) over bar0] oriented ZnO films are deposited on LiGaO2 (001), (100) and (010), respectively. AFM shows the (0001) ZnO film consists of well-aligned regular hexagonal grains. Raman spectra reveal a tensile stress in the (0 0 0 1) ZnO film and a compressive stress in (110 0) and (112 0) ZnO films. PL spectra of all ZnO films exhibit only a near-band-edge UV emission peak. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

Analise computacional para estudo de genômica funcional. I. Identificação do domínio de ligação de calmodulina em proteinas HSP70 e BIP.

2003

A biblioteca escolar/centro de recursos educativos e o currículo - que (inter)ligação?: o caso de Vendas Novas

Este trabalho de investigação centra-se na importância do conhecimento da inter (ligação) entre a Biblioteca Escolar/Centro de Recursos Educativos e o currículo. A problemática da investigação é lançada pela questão que constitui o ponto de partida deste trabalho: “ De que forma é que a Biblioteca Escolar/Centro de Recursos Educativos interage com o Currículo como um recurso do processo de ensino-aprendizagem? “ Tendo como base esta problemática, o corpo da dissertação é constituída por duas panes. A primeira respeitante ao quadro teórico e a segunda referente ao estudo empírico. No quadro teórico procedemos a uma aproximação conceptual à problemática em estudo. Tecemos considerações acerca da evolução da biblioteca escolar, conhecendo igualmente os princípios e as formas de atuar do Programa Rede de Bibliotecas Escolares e a principal legislação sobre este assunto. Refletimos acerca do currículo do ensino pré-escolar e do 1° ciclo do ensino básico, níveis com os quais realizámos a componente empírica do trabalho, identificando a Biblioteca Escolar/Centro de Recursos Educativos como constituindo um recurso fundamental no processo de ensino aprendizagem, no contexto da diferenciação curricular, chamando igualmente a atenção para a importância das parcerias no âmbito da articulação entre o ambiente educacional e o território. A dimensão empírica da pesquisa envolveu a conceção e a testagem de instrumentos de recolha de dados, nomeadamente a análise documental, a observação direta em contexto de Biblioteca Escolar, a realização de entrevistas semi-directivas e a aplicação de um inquérito por questionário aos alunos do 1° ciclo do ensino básico. O conhecimento produzido permitiu-nos responder à problemática objetivada no início da investigação, evidenciando que a Biblioteca Escolar/Centro de Recursos Educativos interage com o Currículo como um recurso do processo de ensino aprendizagem, constituindo-se como um centro de motivação da comunidade educativa que potencia um conjunto de aprendizagens das quais se destacam a leitura e a escrita e as atividades de pesquisa, através da metodologia de projeto. A BE/CRE complementa e enriquece o trabalho da sala de aula, quer ao nível das áreas curriculares disciplinares, quer ao nível das áreas curriculares não disciplinares. Com base nas conclusões resultantes da investigação empírica, terminámos com a formulação de algumas sugestões e recomendações que a evolução do estudo nos foi aconselhando. /ABSTRACT - This research work focuses the importance of the school library/educational resource centre and its connection with the school curriculum. The research was focussed on the following question: “How can the school library/educational resource Centre interact with the curriculum as a teaching resource?” Based on this question, the dissertation includes two distinctive parts. The former concerns the theoretical framework and the latter the empirical study case. As far as the theoretical framework is concerned, we have studied the conceptual facts and drew some major conclusions about the evolution of the school library, taking into account the rules and proceedings of the School Library Network Programme and the legislation on the issue. We went through the curriculum of the kindergarten and the primary school on which we developed our study case. The school library/educational resource centre was, therefore, identified as a fundamental resource in the learning/teaching process for the curricula differentiation. We also emphasized the importance of partnerships to enhance the articulation between the educational environment and school territory. The empirical research included both the conception and the testing of some important data collecting techniques, namely the documentary analysis, direct observation in a School Library, half-directed interviews and a questionnaire which was answered by primary school students. The knowledge acquired allowed us to find possible answers for the question we have asked at the beginning of our research. We can conclude that the School Library/Educational Resource Centre does interact with the curriculum as motivation to improve the process of learning, such as reading and writing, of the educational community. The project work also gains a new perspective as the school library/educational resource centre enriches and complements the classroom work both on the curriculum subjects and non- subject curricular areas. Based on the conclusions we drew from our study case, we make suggestions and recommendations for further research.

Estudo ambiental da nova ligação ferroviária de alta velocidade Faro - Huelva

Com a publicação do Decreto-Lei n.º 232/2007, de 15 de Junho, a Avaliação Ambiental Estratégica (AAE) tornou-se um procedimento técnico de carácter obrigatório em Portugal. Pretende-se com este trabalho abordar esta temática com o objectivo de verificar a melhor hipótese de traçado para a ligação ferroviária de alta velocidade Faro-Huelva, através da comparação de dois métodos de avaliação. A área em estudo pertence Sotavento Algarvio, abrangendo os concelhos de Faro, Olhão, S. B. de Alportel, Tavira, Alcoutim, Castro Marim e Vila Real de Santo António. A metodologia utilizada será a sobreposição de mapas (com recurso a Sistemas de Informação Geográfica) e as matrizes de Leoplod, metodologias mais aplicadas a estudos de Avaliação Ambiental para o sector dos Transportes. A utilização destas metodologias permitirá averiguar qual a mais consistente para estes estudos de caso, facultando a informação de maior relevo aos decisores e às entidades. Verificou-se que a criação de uma linha ferroviária de Alta Velocidade no Algarve é possível, tendo em atenção os factores ambientais, de forma a minimizar o seu impacte. Pela análise matricial, os principais impactes negativos derivados deste projecto são maioritariamente decorrentes da fase de construção, e associam-se à ocupação e compactação dos solos de forma irrevogável, afectando zonas edificadas e zonas agrícolas e florestais, ocupação de solos REN e RAN, Zonas de Especial Conservação. Os positivos decorrem essencialmente da fase de exploração, associados às vantagens da utilização deste meio de transporte, como é o caso do desenvolvimento económico da região e do país, encurtando a distância e o tempo entre a Algarve e Espanha, com ligação a toda a Europa.

Análise do transporte ferroviário de mercadorias associado à problemática da diferença de bitola entre linhas da rede ferroviária: estudo do caso prático: ligação do porto de Aveiro ao corredor internacional de mercadorias E-80

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil

Desenvolvimento e estudo de modelos de FACTS para o trânsito de energia: aplicação ao estudo das condições técnicas de ligação de linhas MAT

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica Ramo de Energia

Governação das sociedades e a sua ligação ao desempenho

A concretização do presente trabalho teve por objetivo estudar se existe uma relação entre governação das sociedades e o desempenho da sociedade. Através de vários contributos teóricos e tendo por base inúmeros autores que escrevem sobre a matéria em questão, procedeu-se à revisão da literatura, onde foram abordados os conceitos, origens, marcos históricos e evolução em Portugal do tema governação das sociedades. Verificou - se o que vários autores escreveram sobre o relacionamento da governação das socidades e o desempenho da orgnização. Em termos de estudo, a amostra utilizada, foram as sociedades integrantes do PSI20, foram analisados os relatórios de gestão (que icluiam as demonstrações financeiras e relatórios de governo das sociedades) das sociedades integrantes da amostra, os setores de actividade onde as sociedades atuam, e os valores médios das demonstrações financeirase indicadores de sintese de cada sector de actividade. Por fim foram ainda verificados os relatórios anuais da CMVM sobre governo das sociedades cotadas para extrair os dados que necessitavamos para validar as asserções construidas. O horizonte temporal do estudo foi de 6 anos nomeadamente de 2007 a 2012 . O estudo pretendia verificar as asserções que construimos como modelo de análise seriam verdadeiras, e assim demonstrar que existia uma relação entre governação das sociedades e o desempenho alcançado pela sociedade. Esta relação foi validada em 40%. Sugerimos que no futuro se deveria tentar efectuar este estudo, recorrendo a métricas como o EVA ou Resultado Residual, num horizonte temporal diferente, pois os valores alcançados devem-se à grave crise financeira que se fazia sentir em Portugal no periodo em análise.

O designer de produto como elemento de ligação nas equipas multidisciplinares

A possibilidade de manter os mais importantes elementos do design criados pelo designer será possível através de uma mistura de estratégia e conhecimento que o designer deverá ser capaz de gerir da maneira mais proveitosa. O comportamento individual e reservado, geralmente assumido e projetado aos outros intervenientes no processo de desenvolvimento de novos produtos, por parte do designer, já não são suficientes para enfrentar as necessidades cada vez mais competitivas da indústria e do mercado. As ideias e os conceitos que podem ser transmitidas ao designer por um grupo de trabalho permitem a aquisição de múltiplas visões acerca do mesmo objeto em termos de conceito, utilização, produção e mercado, que seriam impossíveis de serem fornecidas por um único indivíduo devido a uma observação subjetiva e à limitação de experiências. A metodologia da investigação multidisciplinar é, sem dúvida, o caminho mais importante a seguir e deverá ser introduzido no ensino de design das escolas desde o princípio e especialmente desde que o Acordo de Bolonha veio reduzir drasticamente as horas de contato entre alunos e docentes.

Evolução tecnológica dos sistemas de conversão de Energia Eólica para ligação à rede

Desde muito cedo, na história da humanidade, que a energia eólica é aproveitada pelo homem, primeiro sob a forma de energia mecânica e mais recentemente sob a forma de energia elétrica. O crescimento rápido do consumo de eletricidade, no final do século XIX, motivou a aplicação do princípio de funcionamento dos tradicionais moinhos de vento à conversão da energia eólica em energia elétrica. No entanto, foi após os choques petrolíferos da década de 1970 que as atividade de Investigação e Desenvolvimento (I&D) se intensificaram de forma significativa conduzindo à instalação das primeiras turbinas eólicas comerciais no início da década de 1980 na Europa e nos EUA. Desde então, as tecnologias de conversão da energia eólica têm registado um desenvolvimento considerável que se estende desde as técnicas de construção cada vez mais robustas até à utilização de sistemas de conversão com possibilidade de serem explorados em velocidade variável, com consequências refletidas ao nível do aumento progressivo da potência unitária instalada e da diminuição do custo do kWh gerado.

Caracterização de interações entre subunidades do complexo de iniciação da tradução EIF4F e homólogos da proteína de ligação ao poli-A (PABP) de Leishmania sp

Os tripanossomatídeos são caracterizados por processos moleculares diferenciados como a transcrição policistrônica e regulação pós-transcricional da expressão gênica. Em mamíferos, a tradução se inicia com a ligação do complexo eIF4F (formado pelos eIF4A, eIF4E e eIF4G) a extremidade 5' dos mRNAs, o que facilita seu reconhecimento pelo ribossomo. A atividade do eIF4F é reforçada pela proteína de ligação a cauda poli-A (PABP), na extremidade 3' dos mRNAs, que interage com o eIF4G. Dois complexos do tipo eIF4F foram identificados em tripanossomatídeos: o primeiro formado pelos EIF4G3, EIF4E4 e EIF4AI com a PABP1; e um outro baseado na interação do EIF4G4 com o EIF4E3 e o EIF4A1. Este trabalho buscou caracterizar as interações entre as subunidades destes complexos e sua associação com PABPs de Leishmania, avaliando o efeito de mutações em motivos específicos. Proteínas recombinantes foram geradas fusionadas a GST e avaliadas quanto a sua habilidade de interagir com parceiros marcados radioativamente em ensaios do tipo pull-down. Para o EIF4G3, mutações individuais em dois resíduos vizinhos (I8A e R9A), afetaram a interação com o EIF4E4 e a mutação de ambos os resíduos equivalentes do EIF4G4 (IL25-26AA) também impediu sua ligação ao EIF4E3, sugerindo um motivo comum para a ligação aos seus parceiros. As proteínas EIF4E3 e EIF4E4 foram avaliadas quanto à capacidade de interagir com a PABP2 e PABP1 respectivamente, e mutações em motivos conservados nas regiões N-terminais dos EIF4E (Boxes A, B e C) aboliram sua interação com os homólogos da PABP. Para identificar que regiões da PABP1 estão relacionadas às interações com o parceiro EIF4E4, foram obtidas proteínas PABP1 mutantes em motivos conservados e observou-se que a mutação no motivo TGM, C-terminal, aboliu sua interação com o EIF4E4. Com estas abordagens conseguiu-se avançar na definição das interações entre as referidas subunidades do eIF4F e PABP, identificando-se diferenças relevantes em relação a outros eucariotos

Análise da expressão heteróloga de protéinas com domínios de ligação a RNA em Leishmania infantum

Os tripanossomatídeos possuem uma combinação não usual de mecanismos moleculares, e seus processos de regulação de expressão gênica ocorreram a nível pós-transcricional. Acredita-se que essa regulação envolva tanto o controle da estabilidade dos mRNAs, como sua tradução em proteínas, eventos em que atua a proteína de ligação à cauda poli-A (PABP - Poly-A Binding Protein), uma das principais proteínas de ligação a RNAs em eucariotos. Um grande número destas proteínas está presente nos tripanosomatídeos, se caracterizando por possuírem domínios típicos de ligação a RNA, como o domínio RRM (RNA Recognition Motif). Dentre estas se destacam as proteínas de ligação a sequências ricas em uridina (UBPs), que se mostraram capazes de interagir com homólogos de PABP. Outras proteínas hipotéticas contendo domínios de ligação a RNA foram identificadas em ensaios que buscavam parceiros diferenciais para os três homólogos de PABP de Leishmania. Este trabalho se propôs a contribuir na caracterização funcional das proteínas UBPs e das proteínas hipotéticas, através da otimização de sua expressão de forma heteróloga em L. infantum, fusionadas ao epítopo HA. Para isto, os genes codificantes dos três homólogos de UBPs, e de cinco outras proteínas de ligação a RNA que parecem interagir com PABPs, foram amplificados e clonados em vetor de expressão de Leishmania. As construções geradas foram transfectadas em L. infantum e a expressão de seis destas proteínas avaliada. Os resultados obtidos mostram uma variação no reconhecimento das proteínas geradas com anticorpos comerciais anti-HA, que parecem depender da sequência de aminoácidos da sua extremidade C-terminal. Diferenças significativas nos seus níveis de expressão também foram observadas. Entre os três homólogos de UBP, dois destes se mostraram mais abundantes enquanto que os três são representados por mais de uma banda, indicando possíveis modificações pós-traducionais

Modelo da ligação entre concreto e armadura na análise de estruturas de concreto pelo método dos elementos finitos

Este trabalho apresenta um modelo computacional para análise tridimensional de peças de concreto armado, utilizando o método dos elementos finitos. São utilizados modelos constitutivos elasto-viscoplásticos para representar o comportamento dos materiais, quando submetidos a cargas de curta ou longa duração. Se a estrutura está submetida a cargas de curta duração, o modelo desenvolvido fornece, quando alcançado o estado estável, a solução do problema elastoplástico. Em contrapartida, se a estrutura está submetida a cargas de longa duração, o modelo pode representar o comportamento viscoelástico com envelhecimento do concreto. Foi utilizado um modelo de camadas superpostas para assegurar uma representação adequada do comportamento real do concreto ao longo do tempo. Deste modo, admite-se que o concreto é constituído por um número conveniente de camadas, que apresentam a mesma deformação. Para a fissuração do concreto, utilizou-se um modelo de fissuras distribuídas, que leva em consideração a contribuição do concreto entre fissuras O objetivo deste estudo é a modelagem da armadura e do reforço nas peças de concreto armado, através de um modelo de aderência entre o concreto e o material adjacente. A armadura é introduzida no modelo como uma linha de material mais rígido dentro do elemento de concreto. E, a consideração da degradação da aderência é realizada através de um modelo onde os efeitos da aderência imperfeita são incluídos pela introdução de graus de liberdade para os deslocamentos relativos entre os materiais. Os resultados obtidos com este programa computacional são comparados com valores experimentais disponíveis na literatura, visando validar o modelo matemático e a metodologia numérica.