A buffering layer to support derived types and proprietary networks for Java HPC

MPJ Express is our implementation of MPI-like bindings for Java. In this paper we discuss our intermediate buffering layer that makes use of the so-called direct byte buffers introduced in the Java New I/O package. The purpose of this layer is to support the implementation of derived datatypes. MPJ Express is the first Java messaging library that implements this feature using pure Java. In addition, this buffering layer allows efficient implementation of communication devices based on proprietary networks such as Myrinet. In this paper we evaluate the performance of our buffering layer and demonstrate the usefulness of direct byte buffers. Also, we evaluate the performance of MPJ Express against other messaging systems using Myrinet and show that our buffering layer has made it possible to avoid the overheads suffered by other Java systems such as mpiJava that relies on the Java Native Interface.

A buffering layer to support derived types and proprietary networks for Java HPC

MPJ Express is our implementation of MPI-like bindings for Java. In this paper we discuss our intermediate buffering layer that makes use of the so-called direct byte buffers introduced in the Java New I/O package. The purpose of this layer is to support the implementation of derived datatypes. MPJ Express is the first Java messaging library that implements this feature using pure Java. In addition, this buffering layer allows efficient implementation of communication devices based on proprietary networks such as Myrinet. In this paper we evaluate the performance of our buffering layer and demonstrate the usefulness of direct byte buffers. Also, we evaluate the performance of MPJ Express against other messaging systems using Myrinet and show that our buffering layer has made it possible to avoid the overheads suffered by other Java systems such as mpiJava that relies on the Java Native Interface.

Integração modular em visualizadores médicos e aposição da marcação CE do Dispositivo Médico

Neste documento ´e feita a descrição detalhada da integração modular de um script no software OsiriX. O objectivo deste script ´e determinar o diâmetro central da artéria aorta a partir de uma Tomografia Computorizada. Para tal são abordados conceitos relacionados com a temática do processamento de imagem digital, tecnologias associadas, e.g., a norma DICOM e desenvolvimento de software. Como estudo preliminar, são analisados diversos visualizadores de imagens médica, utilizados para investigação ou mesmo comercializados. Foram realizadas duas implementações distintas do plugin. A primeira versão do plugin faz a invocação do script de processamento usando o ficheiro de estudo armazenado em disco; a segunda versão faz a passagem de dados através de um bloco de memória partilhada e utiliza o framework Java Native Interface. Por fim, é demonstrado todo o processo de aposição da Marcação CE de um dispositivo médico de classe IIa e obtenção da declaração de conformidade por parte de um Organismo Notificado. Utilizaram-se os Sistemas Operativos Mac OS X e Linux e as linguagens de programação Java, Objective-C e Python.

Comunicação Android com câmaras ONVIF e gestão de Perfis de Media

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia de Telecomunicações e Informática

Manipulação remota de um braço mecânico (Scorbot ER - III) utilizando a rede mundial de computadores

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

DTN discovery and routing: from space applications to terrestrial networks.

L'argomento di questa tesi è l'architettura di rete Delay-/Disruption-Tolerant Networking (DTN), progettata per operare nelle reti “challenged”, dove la suite di protocolli TCP/IP risulta inefficace a causa di lunghi ritardi di propagazione del segnale, interruzioni e disturbi di canale, ecc. Esempi di reti “challenged” variano dalle reti interplanetarie alle Mobile Ad-Hoc Networks (MANETs). Le principali implementazioni dell'architettura DTN sono DTN2, implementazione di riferimento, e ION, sviluppata da NASA JPL per applicazioni spaziali. Una grande differenza tra reti spaziali e terrestri è che nello spazio i movimenti dei nodi sono deterministici, mentre non lo sono per i nodi mobili terrestri, i quali generalmente non conoscono la topologia della rete. Questo ha portato allo sviluppo di diversi algoritmi di routing: deterministici per le reti spaziali e opportunistici per quelle terrestri. NASA JPL ha recentemente deciso di estendere l'ambito di applicazione di ION per supportare anche scenari non deterministici. Durante la tesi, svolta presso NASA JPL, mi sono occupato di argomenti diversi, tutti finalizzati a questo obiettivo. Inizialmente ho testato la nuova implementazione dell'algoritmo IP Neighbor Discovery (IPND) di ION, corretti i bug e prodotta la documentazione ufficiale. Quindi ho contribuito ad integrare il Contact Graph Routing (CGR) di ION nel simulatore DTN “ONE” utilizzando la Java Native Interface (JNI) come ponte tra il codice Java di ONE e il codice C di ION. In particolare ho adattato tutte le librerie di ION necessarie per far funzionare CGR all'interno dell'ambiente di ONE. Infine, dopo aver analizzato un dataset di tracce reali di nodi mobili, ho contribuito a progettare e a sviluppare OCGR, estensione opportunistica del CGR, quindi ne ho curato l'integrazione in ONE. I risultati preliminari sembrano confermare la validità di OCGR che, una volta messo a punto, può diventare un valido concorrente ai più rinomati algoritmi opportunistici.

Leveraging Existing Plasma Simulation Codes

This paper describes the process of wrapping existing scientific codes in the domain of plasma physics simulations through the use of the Sun’s Java Native Interface. We have created a Java front-end for a particular functionality, offered by legacy native libraries, in order to achieve reusability and interoperability without having to rewrite these libraries. The technique, introduced in this paper, includes two approaches – the one-to-one mapping for wrapping a number of native functions, and using peer classes for wrapping native data structures.

A Java expression evaluator for nonlinear programming

Finding the optimal value for a problem is usual in many areas of knowledge where in many cases it is needed to solve Nonlinear Optimization Problems. For some of those problems it is not possible to determine the expression for its objective function and/or its constraints, they are the result of experimental procedures, might be non-smooth, among other reasons. To solve such problems it was implemented an API contained methods to solve both constrained and unconstrained problems. This API was developed to be used either locally on the computer where the application is being executed or remotely on a server. To obtain the maximum flexibility both from the programmers’ and users’ points of view, problems can be defined as a Java class (because this API was developed in Java) or as a simple text input that is sent to the API. For this last one to be possible it was also implemented on the API an expression evaluator. One of the drawbacks of this expression evaluator is that it is slower than the Java native code. In this paper it is presented a solution that combines both options: the problem can be expressed at run-time as a string of chars that are converted to Java code, compiled and loaded dynamically. To wide the target audience of the API, this new expression evaluator is also compatible with the AMPL format.

Java Mobile Media API porting in Symbian Operating System

Työssä tutkitaan, kuinka Symbian käyttöjärjestelmälle voidaan tehdä siirrettäviä ohjelmia. Työssä käydään läpi menetelmiä, jotka helpottavat ohjelmistojen siirrettävyyttä uudelle alustalle. Uuteen älypuhelimeen voi tulla monia uusia komponentteja. Laite voi muuttua piiritasolla, käyttöjärjestelmästä voi tulla uusi versio sekä siirrettävästä ohjelmasta voi tulla uusi versio. Kaikki nämä vaikuttavat ohjelman siirrettävyyteen. Työssä tehtiin Java-rajapinnan siirto uudelle alustalle. Prosessin aikana löydettiin tärkeitä tekijöitä, jotka vaikuttavat ohjelmiston siirrettävyyteen. Siirrettävyys sinänsä pitäisi ottaa huomioon ohjelmistoprosessin jokaisessa vaiheessa. Älypuhelimista tulee jatkuvasti uusia versioita. Tämä tekee ohjelmien siirrettävyydestä hyvin tärkeän tekijän ohjelmistojen suunnittelussa. Hyvin suunniteltu ohjelma on helpompi ylläpitää, päivättää ja siirtää myöhemmin.

JFloat: uma biblioteca de ponto flutuante para a linguagem Java com suporte a arredondamento direcionado

This work presents JFLoat, a software implementation of IEEE-754 standard for binary floating point arithmetic. JFloat was built to provide some features not implemented in Java, specifically directed rounding support. That feature is important for Java-XSC, a project developed in this Department. Also, Java programs should have same portability when using floating point operations, mainly because IEEE-754 specifies that programs should have exactly same behavior on every configuration. However, it was noted that programs using Java native floating point types may be machine and operating system dependent. Also, JFloat is a possible solution to that problem

Simulació d'arquitectures VLIW

L'objectiu d'aquest projecte es dissenyar i implementar en Java una interfície gràfica que permeti simular l'arquitectura VLIW. Ha d'interactuar amb un simulador ja existent, VEX, i amb l'usuari. VEX permet analitzar, desenvolupar i depurar codi escrit en C sobre un processador VLIW configurable, des dels recursos hardware fíns al comportament de la "caché". L'interfície gràfica desenvolupada es diu JavaVEX. Té el gran avantatge d'evitar la introducció de les comandes de text que necesita VEX perquè son substituïdes per elements. És una eina més intuïtiva, ràpida i eficient. JavaVEX mostra informació sobre el codi C traduït a instruccions VLIW de fins a 4 operacions. També mostra els resultats de les instrucciones VLIW simulades. JavaVEX s'ha incorporat a un LiveCD. Així es pot executar l'aplicació sobre qualsevol ordinador. La finalitat docent de JavaVEX és ser utilitzada en les pràctiques de l'assignatura Arquitectura per a Computadors 2.

Integrating Metalib and SFX into the BV-SSPA

Introduction To guarantee the success of a virtual library it is essential that all users can access all the library resources independently of the user’s location. Achieving this goal in the Andalusian Public Health System has been a particularly difficult task, due to it is made up of 10 research centers and 95.000 health-care professionals. Aims Since the BV-SSPA started three years ago, one of its mayor aims has been to provide remote access to all its resources in this complex scenario, as well as facilitate the access to the virtual library to both professionals and citizens. IP access was guaranteed because health-care professionals could access everything from their workplaces thanks to the intranet, but it was restricted when they were not there. The BV-SSPA solved this problem by installing a federated authentication and authorization system called PAPI and a PAPI rewriting proxy. After three years the BV-SSPA has met a new challenge: adapting its federated access system to Metalib and SFX, specifically the access management module PDS had to be connected with the existing PAPI system. This new challenge came along with the introduction of a new metasearcher and link resolver. Material and Methods Initially there were three independent systems: • A Metalib and SFX PDS module, • A federated authentication and authorization system: PAPI. • A PAPI Rewriting Proxy. The chosen solution went through the reutilization of the existing software. To achieve this goal, a PHP connector between these applications was developed and several modules in the PDS configuration were modified. On the other hand, providing a simplified access to Metalib has been solved using Xerxes and integrating it in a Drupal website. Results Thanks to this connector the BV-SSPA was able to get all its users remotely accessing its new metasearcher without changing the way they used to validate, or without having to remember a new username and password. Futhermore, thanks to Xerxes, it is possible to use Metalib from a simple interface and without having to leave the BV-SSPA website to go its native interface.

Verkkokäyttöliittymäohjelmiston toteuttaminen TradeXpress-tietojärjestelmään.

Työssä perehdytään verkkokäyttöliittymien suunnitteluun ja toteutukseen. Erityisen huomion kohteena ovat Java-ohjelmointikieli ja ohjelmistosuunnittelussa suurta huomiota herättäneet suunnittelumallit. Java on kehittynyt lyhyen elinikänsä aikana huomattavasti, ja viimeaikaiset vakioluokkakirjastot ovat mahdollistaneet monipuolisten ja siirrettävien ohjelmistojen toteuttamisen. Vaikka Java ei sovellukaan kaikkiin tarkoituksiin, on se luotettavuutensa, siirrettävyytensä ja luokkakirjastojensa ilmaisuvoiman ansiosta hyvin houkutteleva kieli käyttöliittymien tekemiseen. Suunnittelumallit ovat merkittävä osa ammattimaista oliosuunnittelua. Ne tarjoavat valmiita ratkaisuja yleisiin suunnitteluongelmiin ja säästävät siten aikaa suunnittelu- ja toteutusvaiheissa. Suunnittelumallit voidaan jakaa kolmeen ryhmään: luontimallit, rakennemallit ja toiminnalliset mallit. Käytännön osuudessa tarkastellaan Java-käyttöliittymän toteutusta olemassa olevaan Soneran TradeXpress-tietojärjestelmään. Tässä tehtävässä Java ja suunnittelumallit ovat olleet keskeisellä sijalla. Java-käyttöliittymä, JavaGUI, koostuu kahdesta osasta: asiakasappletista ja Jrls-palvelimesta. Näiden kahden väliseen tiedonsiirtoon käytetään pääasiassa Javan RMI-yhteyskäytäntöä. Jrls-palvelin toimii asiakkaana RLS-palvelimelle erityisen RLS-yhteyskäytännön avulla.

Framework de controlo de acessos para Triple-stores com interface Sail API

Grande parte dos triples-stores são open source e desenvolvidos em Java, disponibilizando interfaces standards e privadas de acesso. A grande maioria destes sistemas não dispõe de mecanismos de controlo de acessos nativos, o que dificulta ou impossibilita a sua adopção em ambientes em que a segurança dos factos é importante (e.g. ambiente empresarial). Complementarmente observa-se que o modelo de controlo de acesso a triplos e em particular a triplos descritos por ontologias não está standardizado nem sequer estabilizado, havendo diversos modelos de descrição e algoritmos de avaliação de permissões de acesso. O trabalho desenvolvido nesta tese/dissertação propõe um modelo e interface de controlo de acesso que permite e facilite a sua adopção por diferentes triple-stores já existentes e a integração dos triples-stores com outros sistemas já existentes na organização. Complementarmente, a plataforma de controlo de acesso não impõe qualquer modelo ou algoritmo de avaliação de permissões, mas pelo contrário permite a adopção de modelos e algoritmos distintos em função das necessidades ou desejos. Finalmente demonstra-se a aplicabilidade e validade do modelo e interface propostos, através da sua implementação e adopção ao triple-store SwiftOWLIM já existente, que não dispõe de mecanismo de controlo de acessos nativo.

Java Specification Request development on a mobile device

Nykyaikaiset Java-teknologiaa sisältävät matkapuhelimet kehittyvät vauhdikkaasti prosessoritehon, muistin määrän sekä uusien käyttöjärjestelmäversioiden tarjoamien ominaisuuksien myötä. Laitteiden näyttöjen koko tulee pysymään pienenä,mutta silti moninaista multimediasisältöä äänen, videon ja kuvan osilta voidaanhuomattavasti parantaa JSR 234:n eli kehittyneen multimedialaajennuksen avulla.Erityisesti edistyneet ääniominaisuudet ovat tervetullut lisä, sillä viime aikojen kehitys matkapuhelimissa on saanut aikaan niiden muuntumisen myös kannettavaksi musiikkisoittimiksi. Diplomityössä JSR 234 -spesifikaation tietty osa kehitettiin ympäristössä, joka koostui Series 60 -ohjelmistoalustankolmannesta versiosta sekä Symbian OS v9.1 käyttöjärjestelmästä. Tuloksena syntynyt Java-rajapinta tarjoaa sovelluskehittäjille yksinkertaisemman lähestymistavan Symbianin efektirajapintaan piilottaen samalla alla olevan käyttöjärjestelmänmonimutkaisuuden. Toteutuksen täytyy olla läpikotaisin testattu, jotta voidaan varmentua sen noudattavan tarkkaan JSR 234 -spesifikaatiota. Työssä on esitelty useita eri testausmenetelmiä tarkoituksena saavuttaa projektissa paras mahdollinen laatu.