Analysis of HIV- type 1 protease and reverse transcriptase in Brazilian children failing highly active antiretroviral therapy (HAART)

The aim of this study was to evaluate the genotypic resistance profiles of HIV-1 in children failing highly active antiretroviral therapy (HAART). Forty-one children (median age = 67 months) receiving HAART were submitted to genotypic testing when virological failure was detected. cDNA was extracted from PBMCs and amplified by nested PCR for the reverse transcriptase and protease regions of the pol gene. Drug resistance genotypes were determined from DNA sequencing. According to the genotypic analysis, 12/36 (33.3%) and 6/36 (16.6%) children showed resistance and possible resistance, respectively, to ZDV; 5/36 (14%) and 4/36 (11.1%), respectively, showed resistance and possible resistance to ddI; 4/36 (11.1%) showed resistance to 3TC and D4T; and 3/36 (8.3%) showed resistance to Abacavir. A high percentage (54%) of children exhibited mutations conferring resistance to NNRTI class drugs. Respective rates of resistance and possible resistance to PIs were: RTV (12.2%, 7.3%); APV (2.4%, 12.1%); SQV(0%, 12.1%); IDV (14.6%, 4.9%), NFV (22%, 4.9%), LPV/RTV (2.4%, 12.1%). Overall, 37/41 (90%) children exhibited virus with mutations related to drug resistance, while 9% exhibited resistance to all three antiretroviral drug classes.

The impact of the nelfinavir resistance-conferring mutation D30N on the susceptibility of HIV-1 subtype B to other protease inhibitors

The human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) protease mutation D30N is exclusively selected by the protease inhibitor (PI) nelfinavir and confers resistance to this drug. We demonstrate that D30N increases the susceptibility to saquinavir (SQV) and amprenavir in HIV-1 subtype B isolates and that the N88D mutation in a D30N background neutralizes this effect. D30N also suppresses indinavir (IDV) resistance caused by the M46I mutation. Interestingly, in patients with viruses originally containing the D30N mutation who were treated with IDV or SQV, the virus either reversed this mutation or acquired N88D, suggesting an antagonistic effect of D30N upon exposure to these PIs. These findings can improve direct salvage drug treatment in resource limited countries where subtype B is epidemiologically important and extend the value of first and second line PIs in these populations.

Urinary NO3 excretion and renal failure in indinavir-treated patients

Treatment with indinavir (IDV), a protease inhibitor, is frequently associated with renal abnormalities. We determined the incidence of renal failure (creatinine clearance <80 mL min-1 1.73 (m²)-1) in HIV patients treated with highly active antiretroviral therapy, including IDV, and investigated the possible mechanisms and risk factors of IDV nephrotoxicity. Thirty-six patients receiving IDV were followed for 3 years. All were assessed for age, body weight, duration of infection, duration of IDV treatment, sulfur-derivative use, total cholesterol, triglycerides, magnesium, sodium, potassium, creatinine, and urinalysis. We also determined renal function in terms of creatinine clearance, urine osmolality and fractional excretion of sodium, potassium, and water. Urinary nitrate (NO3) excretion was measured in 18 IDV-treated patients and compared with that of 8 patients treated with efavirenz, a drug without renal side effects. Sterile leukocyturia occurred in 80.5% of the IDV-treated patients. Creatinine clearance <80 mL min-1 1.73 (m²)-1 was observed in 22 patients (61%) and was associated with low body weight and the use of sulfur-derivatives. These patients also had lower osmolality, lower urine volume and a higher fractional excretion of water compared to the normal renal function group. Urinary NO3 excretion was significantly lower in IDV-treated patients (809 ± 181 µM NO3-/mg creatinine) than in efavirenz-treated patients (2247 ± 648 µM NO3-/mg creatinine, P < 0.01). The lower NO3 excretion suggests that IDV decreases nitric oxide production.

Reconstruction of geomagnetic activity and near-Earth interplanetary conditions over the past 167 yr – Part 1: A new geomagnetic data composite

We present a new composite of geomagnetic activity which is designed to be as homogeneous in its construction as possible. This is done by only combining data that, by virtue of the locations of the source observatories used, have similar responses to solar wind and IMF (interplanetary magnetic field) variations. This will enable us (in Part 2, Lockwood et al., 2013a) to use the new index to reconstruct the interplanetary magnetic field, B, back to 1846 with a full analysis of errors. Allowance is made for the effects of secular change in the geomagnetic field. The composite uses interdiurnal variation data from Helsinki for 1845–1890 (inclusive) and 1893–1896 and from Eskdalemuir from 1911 to the present. The gaps are filled using data from the Potsdam (1891–1892 and 1897–1907) and the nearby Seddin observatories (1908–1910) and intercalibration achieved using the Potsdam–Seddin sequence. The new index is termed IDV(1d) because it employs many of the principles of the IDV index derived by Svalgaard and Cliver (2010), inspired by the u index of Bartels (1932); however, we revert to using one-day (1d) means, as employed by Bartels, because the use of near-midnight values in IDV introduces contamination by the substorm current wedge auroral electrojet, giving noise and a dependence on solar wind speed that varies with latitude. The composite is compared with independent, early data from European-sector stations, Greenwich, St Petersburg, Parc St Maur, and Ekaterinburg, as well as the composite u index, compiled from 2–6 stations by Bartels, and the IDV index of Svalgaard and Cliver. Agreement is found to be extremely good in all cases, except two. Firstly, the Greenwich data are shown to have gradually degraded in quality until new instrumentation was installed in 1915. Secondly, we infer that the Bartels u index is increasingly unreliable before about 1886 and overestimates the solar cycle amplitude between 1872 and 1883 and this is amplified in the proxy data used before 1872. This is therefore also true of the IDV index which makes direct use of the u index values.

Reconstruction of geomagnetic activity and near-Earth interplanetary conditions over the past 167 yr – Part 2: A new reconstruction of the interplanetary magnetic field

We present a new reconstruction of the interplanetary magnetic field (IMF, B) for 1846–2012 with a full analysis of errors, based on the homogeneously constructed IDV(1d)composite of geomagnetic activity presented in Part 1 (Lockwood et al., 2013a). Analysis of the dependence of the commonly used geomagnetic indices on solar wind parameters is presented which helps explain why annual means of interdiurnal range data, such as the new composite, depend only on the IMF with only a very weak influence of the solar wind flow speed. The best results are obtained using a polynomial (rather than a linear) fit of the form B = χ · (IDV(1d) − β)α with best-fit coefficients χ = 3.469, β = 1.393 nT, and α = 0.420. The results are contrasted with the reconstruction of the IMF since 1835 by Svalgaard and Cliver (2010).

Reconstruction of geomagnetic activity and near-Earth interplanetary conditions over the past 167 yr - Part 3: improved representation of solar cycle 11

Svalgaard (2014) has recently pointed out that the calibration of the Helsinki magnetic observatory’s H component variometer was probably in error in published data for the years 1866–1874.5 and that this makes the interdiurnal variation index based on daily means, IDV(1d), (Lockwood et al., 2013a), and the interplanetary magnetic field strength derived from it (Lockwood et al., 2013b), too low around the peak of solar cycle 11. We use data from the modern Nurmijarvi station, relatively close to the site of the original Helsinki Observatory, to confirm a 30% underestimation in this interval and hence our results are fully consistent with the correction derived by Svalgaard. We show that the best method for recalibration uses the Helsinki Ak(H) and aa indices and is accurate to ±10 %. This makes it preferable to recalibration using either the sunspot number or the diurnal range of geomagnetic activity which we find to be accurate to ±20 %. In the case of Helsinki data during cycle 11, the two recalibration methods produce very similar corrections which are here confirmed using newly digitised data from the nearby St Petersburg observatory and also using declination data from Helsinki. However, we show that the IDV index is, compared to later years, too similar to sunspot number before 1872, revealing independence of the two data series has been lost; either because the geomagnetic data used to compile IDV has been corrected using sunspot numbers, or vice versa, or both. We present corrected data sequences for both the IDV(1d) index and the reconstructed IMF (interplanetary magnetic field).We also analyse the relationship between the derived near-Earth IMF and the sunspot number and point out the relevance of the prior history of solar activity, in addition to the contemporaneous value, to estimating any “floor” value of the near-Earth interplanetary field.

Centennial variations in sunspot number, open solar flux and streamer belt width: 1. correction of the sunspot number record since 1874

We analyse the widely-used international/ Zürich sunspot number record, R, with a view to quantifying a suspected calibration discontinuity around 1945 (which has been termed the “Waldmeier discontinuity” [Svalgaard, 2011]). We compare R against the composite sunspot group data from the Royal Greenwich Observatory (RGO) network and the Solar Optical Observing Network (SOON), using both the number of sunspot groups, N{sub}G{\sub}, and the total area of the sunspots, A{sub}G{\sub}. In addition, we compare R with the recently developed interdiurnal variability geomagnetic indices IDV and IDV(1d). In all four cases, linearity of the relationship with R is not assumed and care is taken to ensure that the relationship of each with R is the same before and after the putative calibration change. It is shown the probability that a correction is not needed is of order 10{sup}−8{\sup} and that R is indeed too low before 1945. The optimum correction to R for values before 1945 is found to be 11.6%, 11.7%, 10.3% and 7.9% using A{sub}G{\sub}, N{sub)G{\sub}, IDV, and IDV(1d), respectively. The optimum value obtained by combining the sunspot group data is 11.6% with an uncertainty range 8.1-14.8% at the 2σ level. The geomagnetic indices provide an independent yet less stringent test but do give values that fall within the 2σ uncertainty band with optimum values are slightly lower than from the sunspot group data. The probability of the correction needed being as large as 20%, as advocated by Svalgaard [2011], is shown to be 1.6 × 10{sup}−5{\sup}.

Centennial variations in sunspot number, open solar flux and streamer belt width: 2. Comparison with the geomagnetic data

We investigate the relationship between interdiurnal variation geomagnetic activity indices, IDV and IDV(1d), corrected sunspot number, R{sub}C{\sub}, and the group sunspot number R{sub}G{\sub}. R{sub}C{\sub} uses corrections for both the “Waldmeier discontinuity”, as derived in Paper 1 [Lockwood et al., 2014c], and the “Wolf discontinuity” revealed by Leussu et al. [2013]. We show that the simple correlation of the geomagnetic indices with R{sub}C{\sub}{sup}n{\sup} or R{sub}G{\sub}{sup}n{\sup} masks a considerable solar cycle variation. Using IDV(1d) or IDV to predict or evaluate the sunspot numbers, the errors are almost halved by allowing for the fact that the relationship varies over the solar cycle. The results indicate that differences between R{sub}C{\sub} and R{sub}G{\sub} have a variety of causes and are highly unlikely to be attributable to errors in either R{sub}G{\sub} alone, as has recently been assumed. Because it is not known if R{sub}C{\sub} or R{sub}G{\sub} is a better predictor of open flux emergence before 1874, a simple sunspot number composite is suggested which, like R{sub}G{\sub}, enables modelling of the open solar flux for 1610 onwards in Paper 3, but maintains the characteristics of R{sub}C{\sub}.

Implementação de um sistema autónomo para a geração de visualizações 3D de dados ambientais

Este trabalho foi realizado na Universidade da Madeira, no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, tendo como título “Implementação de um sistema autónomo para a geração de visualizações 3D de dados ambientais”. A visualização 3D tem vindo a ganhar terreno em áreas como o entretenimento, medicina, arquitetura e desenho de equipamentos, entre outros. Relativamente à visualização de dados ambientais (oceano e atmosfera) em 3D, esta é uma área pouco explorada. Como tal, foi proposto o estudo e criação de um sistema autónomo capaz de gerar imagens 3D de dados ambientais e disponibilizar as mesmas na web. O estudo iniciou-se com testes às ferramentas que permitem a visualização 3D de dados ambientais, de forma a escolher a que mais se adequa ao sistema a implementar. Após diversos testes às várias ferramentas, a que mais se destacou foi o IDV (Integrated Data Visualization), pelas suas funcionalidades e capacidade de ser executado de forma automática. A implementação do sistema foi efetuada ao longo de diversas etapas: pré-processamento dos dados; escolha das visualizações a disponibilizar na web; escrita do script responsável pelo processo; criação das páginas web para visualização das imagens e implementação de todo o sistema em ambiente Linux. Este sistema foi desenvolvido tendo em conta a adição de novas visualizações, assim como a alteração das visualizações existentes. A possibilidade de adicionar/alterar visualizações de forma simples também foi tida em conta, de forma a não ser necessário reestruturar todo o sistema.

Fatores de correção de escores visuais de conformação, precocidade e musculatura, à desmama, para idade da vaca ao parto, data juliana de nascimento e idade à desmama em bovinos da raça Nelore

Neste estudo, após a edição dos dados, foram utilizadas 87.372 informações de escores visuais de conformação (C), precocidade (P) e musculatura (M) à desmama de animais Nelore, provenientes de rebanhos comerciais. Os objetivos, neste trabalho, foram estudar os efeitos da idade da vaca ao parto (IDV), data Juliana de nascimento (DJN) e idade à desmama (ID) sobre C, P e M e estimar os fatores de correção para os mesmos. Os modelos utilizados incluíram os efeitos fixos de grupo contemporâneo (rebanho, retiro, ano e mês de nascimento, sexo e grupo de manejo ao nascimento e à desmama) e, como covariáveis, os efeitos de idade da vaca (para cada sexo do bezerro), de data juliana de nascimento e da idade do bezerro à desmama. Para a idade da vaca, usou-se um polinômio segmentado quadrático-quadrático. Para a data juliana de nascimento, foi utilizado um polinômio segmentado com três segmentos quadráticos, enquanto, para a idade do bezerro à desmama, foi empregado um polinômio ordinário quadrático. Todos os efeitos considerados no modelo influenciaram significativamente os escores visuais. A simples inclusão da estação ou do mês de nascimento no grupo contemporâneo não foi suficiente para corrigir diferenças em escores decorrentes do efeito da data de nascimento. Para avaliação genética dos animais para escores visuais à desmama, os mesmos devem ser ajustados para idade da vaca ao parto, data juliana de nascimento e idade do bezerro à desmama.

Efeito da idade da vaca e da data juliana de nascimento sobre o ganho médio diário de bezerros de corte no período pré-desmame

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estimativas de herdabilidade para idade ao primeiro parto de novilhas da raça Nelore

Estimaram-se parâmetros genéticos para idade ao primeiro parto (IPP) de, aproximadamente, 6.000 novilhas, utilizando-se três diferentes definições de grupo contemporâneo (GC). Foram considerados no modelo o efeito aleatório de animal e os efeitos fixos de GC, além dos efeitos linear e quadrático da idade da mãe da novilha ao parto (IDV). A primeira definição de grupo contemporâneo (GC1) considerou as variáveis fazenda, ano, estação de nascimento, grupo de manejo de nascimento, desmama e sobreano e tipo de serviço (monta natural, monta controlada ou inseminação artificial). A segunda definição de grupo contemporâneo (GC2) incluiu as mesmas variáveis de GC1, além de ano e estação do parto. A terceira definição de grupo contemporâneo considerou as variáveis ano e estação de nascimento, fazenda, ano e estação do parto e tipo de cobertura. As estimativas de herdabilidade para IPP foram de 0,16 ± 0,03, 0,09 ± 0,03 e 0,11 ± 0,02, considerando-se GC1, GC2 e GC3, respectivamente.

Efeito da Idade da Vaca ao Parto e da Data Juliana de Nascimento sobre Características Pré-desmama de Bezerros da Raça Gir

Objetivou-se com este trabalho estimar a influência da idade da vaca ao parto (IDV) e da data juliana de nascimento (DJN) sobre o peso à desmama (PD) e a média do ganho diário no período pré-desmama (GMD) de bezerros Gir, determinando fatores de correção para estes efeitos. Foram analisados 10.685 e 18.339 dados de PD e GMD de bezerros Gir, provenientes do Arquivo da Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ), pertencentes a 1229 e 1979 grupos contemporâneos (GC), respectivamente. PD e GMD foram pré-ajustados para o efeito da idade do bezerro à desmama. O efeito de IDV sobre PD e GMD foi modelado como polinômio segmentado quadrático-quadrático-quadrático, com nós, ou pontos de junção aos 4,1; 12,7 e 4,0; 8,2 anos, respectivamente, para machos e como polinômio segmentado quadrático-quadrático, com nó, ou ponto de junção aos 3,8 anos, para fêmeas sobre as duas características. A DJN foi modelada como um polinômio segmentado quadrático-quadrático com nó aos 126 dias para PD e 167 dias para GMD. Os resultados mostraram que a determinação dos fatores de correção para IDV deve ser feita, separadamente, para machos e fêmeas e, para DJN, deve-se considerar cada estação do ano, para que as diferenças entre elas sejam bem observadas. Os fatores de correção para o efeito da idade da vaca variaram de 0,94750 a 1,08033 sobre PD e 0,91714 a 1,07689 sobre GMD, para machos, e de 0,90937 a 1,07415 sobre PD e 0,96055 a 1,14007 sobre GMD, para fêmeas. Para o efeito de DJN, a amplitude foi de 0,9256 a 1,0340 sobre PD e 0,9112 a 1,0551 sobre GMD.

Distúrbios vocais, estresse e condições de trabalho e associação entre o tempo máximode fonação e a regulação autonômica cardíaca em professores de educação física do ensino fundamental de escolas públicas de Marília (SP)

Pós-graduação em Fonoaudiologia - FFC

Fatores de meio que influenciam o peso à desmama de bovinos da raça Nelore em diferentes regiões geográficas

Pós-graduação em Genética e Melhoramento Animal - FCAV