Hibridização reversa e sequenciamento na genotipagem do vírus da hepatite C

INTRODUÇÃO: Os métodos de genotipagem do vírus da hepatite C têm sido muito discutidos. O objetivo deste trabalho foi comparar as metodologias de hibridização reversa e sequenciamento direto para a genotipagem do vírus da hepatite C. MÉTODOS: Noventa e uma amostras de plasma de pacientes assistidos na Faculdade de Medicina de Botucatu da Universidade Estadual Paulista foram utilizadas. A genotipagem por hibridização reversa foi realizada utilizando o kit comercial INNO-LiPA® v.1.0. O sequenciamento direto foi efetuado em sequenciador automático utilizando protocolos in house. RESULTADOS: A genotipagem por sequenciamento direto mostrou-se eficiente na resolução dos resultados inconclusivos pelo kit comercial. O kit mostrou resultados errôneos em relação à subtipagem viral. Além disso, a genotipagem por sequenciamento direto revelou um erro do kit com relação à determinação genotípica questionando a eficiência do método também para a identificação do genótipo viral. CONCLUSÕES: A genotipagem realizada por meio de sequenciamento direto permite uma maior acurácia na classificação viral quando comparada à hibridização reversa.

Detecção do Grapevine virus A e Grapevine virus B por hibridização "dot-blot" com sondas moleculares não radioativas

O vírus A da videira (Grapevine virus A, GVA) e o vírus B da videira (Grapevirus virus B, GVB) estão associados à acanaladura do lenho de Kober ("Kober stem grooving") e ao fendilhamento cortical da videira ("grapevine corky bark"), respectivamente. Este trabalho descreve o uso de sondas moleculares de cDNA na detecção de isolados do GVA (GVA-SP) e do GVB (GVB-C-SP e GVB-I-SP) em videiras (Vitis spp.) e fumo (Nicotiana occidentalis). As sondas marcadas com digoxigenina foram produzidas por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos específicos para os genes da proteína capsidial. Os RNA totais foram extraídos de 45 plantas de diversas variedades de videira e de 13 plantas de fumo inoculadas mecanicamente com o GVB. Os RNA extraídos das plantas infetadas, indexadas biologicamente, hibridizaram com as sondas, não se verificando reação com plantas sadias. Para confirmar os resultados de hibridização, foram também feitos testes de RT-PCR. A utilização de hibridização "dot-blot" com sondas de cDNA mostrou-se eficaz na detecção dos vírus com especificidade e sensibilidade, ressaltando-se que, preferencialmente, folhas maduras e ramos dormentes devem ser utilizados nos testes diagnósticos para o GVB e GVA, respectivamente.

Análise do gene PTEN por hibridização in situ fluorescente no carcinoma de células renais

OBJETIVO: avaliar a frequência de deleção do gene PTEN no carcinoma de células renais e o impacto da deleção nas taxas de sobrevida global e livre de doença. MÉTODOS: foram analisados 110 pacientes portadores de carcinoma de células renais submetidos à nefrectomia radical ou parcial entre os anos de 1980 e 2007. Em 53 casos foi possível a análise do gene PTEN pelo método de hibridização in situ fluorescente através da técnica de "tissue microarray". Para a análise estatística, os pacientes foram classificados em dois grupos, de acordo com a presença ou ausência de deleção. RESULTADOS: o tempo médio de seguimento foi de 41,9 meses. Deleção hemizigótica foi identificada em 18 pacientes (33,9%), ao passo que deleção homozigótica esteve presente em três (5,6%). Em aproximadamente 40% dos casos analisados havia deleção. Monossomia e trissomia foram detectadas, respectivamente, em nove (17%) e dois pacientes (3,8%). Em 21 pacientes (39,6%), a análise por hibridização in situ do gene PTEN foi normal. Não houve diferenças estatisticamente significativas nas taxas de sobrevida global (p=0,468) e livre de doença (p=0,344) entre os pacientes portadores ou não de deleção. Foram fatores independentes para a sobrevida global: estádio clínico TNM, sintomatologia ao diagnóstico, alto grau de Fuhrmann performance status (Ecog) e recorrência tumoral. A livre de doença foi influenciada unicamente pelo estádio clínico TNM. CONCLUSÃO: deleção do gene PTEN no CCR foi detectada com frequência de aproximadamente 40% e sua presença não foi determinante de menores taxas de sobrevida, permanecendo os fatores prognósticos tradicionais como determinantes da evolução dos pacientes.

Tipagem e estado físico de papilomavírus humano por hibridização in situ em lesões intra-epiteliais do colo uterino

OBJETIVO: realizar estudo molecular (hibridização in situ) de pacientes com lesões intra-epiteliais do colo uterino, visando investigar a freqüência e o estado físico do papilomavírus humano (HPV). MÉTODOS: cortes histológicos de biopsias do colo uterino de 84 pacientes foram avaliados pela hibridização in situ, com sonda de amplo espectro, que permite identificação dos HPVs dos tipos 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 42, 45 e 56, e com sondas específicas para HPV dos tipos 6, 11, 16, 18, 31 e 33. Os padrões físicos de marcação do DNA dos HPV encontrados foram: epissomal, quando todo o núcleo ficou corado pela biotina (marrom); integrado, onde se visualizaram um ou dois pontos marrons no núcleo hibridizado, ou misto, com a associação dos dois padrões anteriores. Das 84 pacientes avaliadas, 31 (36,9%) tinham lesões intra-epiteliais de baixo grau (LIE-BG) e 53 (63,1%) tinham lesões intra-epiteliais de alto grau (LIE-AG) ao exame histológico. Para a análise estatística foi empregado o teste exato de Fisher. RESULTADOS: do total dos casos, 46 (54,7%) foram positivos para DNA de HPV pela sonda de amplo espectro. Na tipagem dos vírus, o HPV-16 foi mais freqüente nas LIE-AG, com 12 casos - 22,6% (p<0,05). As freqüências dos outros tipos de HPV não foram diferentes entre os casos com LIE-BG e LIE-AG. Na avaliação do estado físico do DNA de HPV, os percentuais de padrões epissomais (mais comum nas LIE-BG) e integrados não foram diferentes entre os dois grupos. Houve predomínio do tipo misto nas LIE-AG em relação às LIE-BG: 26,4% e 3,2%, respectivamente (p<0,01). O estado físico do DNA do HPV, integrado ao da célula hospedeira, foi mais freqüente nos casos mais graves. CONCLUSÕES: o HPV-16 foi o mais freqüente nas LIE-AG. As freqüências dos outros tipos de HPV não foram diferentes quando se compararam os casos com LIE-BG e LIE-AG. O estado físico do DNA do HPV, integrado ao da célula hospedeira, foi mais freqüente nos casos mais graves.

Hibridização organizacional e cultural: o caso da integração pós-aquisição de uma escola de negócios a uma universidade no Brasil

O fenômeno da hibridização tem sido estudado em diversos campos do conhecimento, tais como a Economia, as Ciências Sociais, as Ciências Políticas e os Estudos Culturais. No campo dos Estudos Culturais, o hibridismo e a hibridização têm sido utilizados para analisar as culturas e as interações culturais. No campo dos Estudos Organizacionais, as pesquisas sobre hibridismo e hibridização tratam o tema de maneira ainda superficial. Este estudo teve como objetivo analisar a hibridização como fenômeno organizacional e cultural. Foi realizado um estudo de caso sobre o processo de integração pós-aquisição de uma escola de negócios a uma universidade, ambas no Brasil. Este estudo procurou compreender a origem da hibridização, as dimensões organizacionais e culturais nas quais a ela se manifestou, as dinâmicas que gerou, e os impactos para as análises organizacionais e culturais e para a prática gerencial. O estudo de caso conduzido teve caráter qualitativo e exploratório, e se fundamentou em 41 entrevistas com integrantes de ambas as instituições. Os resultados mostraram que: primeiro, as instituições estudadas assumiram formas organizacionais e culturais que variaram entre mais ou menos homogêneas ao longo de suas histórias e durante o processo de integração; segundo, que a condição híbrida pareceu ser um estado (organizacional e cultural) constante que, no entanto, variou de formas mais conflituosas a mais amigáveis no decorrer da interação; terceiro, que ocorreram dois tipos de hibridização, a dialética e a dialógica; e quarto, que a condição híbrida parece ser a possibilidade de superação das dicotomias que surgem.

Compósitos poliméricos a base de fibras de licuri: efeitos da hibridização e do envelhecimento ambiental acelerado

The gradual replacement of conventional materials by the ones called composite materials is becoming a concern about the response of these composites against adverse environmental conditions, such as ultraviolet radiation, high temperature and moist. Also the search for new composite using natural fibers or a blend of it with synthetic fibers as reinforcement has been studied. In this sense, this research begins with a thorough study of microstructural characterization of licuri fiber, as a proposal of alternative reinforcement to polymeric composites. Thus, a study about the development of two composite laminates was done. The first one, involving only the fiber of licuri and the second comprising a hybrid composite based of fiber glass E and the fiber of licuri, in order to know the performance of the fiber when of fiber across the hybridization process. The laminates were made in the form of plates using the tereftálica ortho-polyester resin as matrix. The composite laminate made only by licuri fiber had two reinforcing fabric layers of unidirectional licuri and the hybrid composite had two reinforcing layers of unidirectional licuri fabric and three layers of fiber short glass-E mat. Finally, both laminates was exposed to aging acceleration in order to study the influence of environmental degradation involving the mechanical properties and fracture characteristics thereof. Regarding the mechanical properties of composites, these were determined through uniaxial tensile tests, uniaxial compression and three bending points for both laminates in original state, and uniaxial tensile tests and three bending points after accelerated aging. As regards the study of structural degradation due to aging of the laminates, it was carried out based on microscopic analysis and microstructure, as well as measuring weight loss. The characteristics of the fracture was performed by macroscopic and microscopic (optical and SEM) analysis. In general, the laminated composites based on fiber licuri showed some advantages in their responses to environmental aging. These advantages are observed in the behavior related to stiffness as well as the microstructural degradation and photo-oxidation processes. However, the structural integrity of this laminate was more affected in case the action of uniaxial tensile loads, where it was noted a lower rate of withholding his last resistance property

Arquitetura multiagente baseada em nuvem de partículas para hibridização de metaheurísticas

This thesis proposes an architecture of a new multiagent system framework for hybridization of metaheuristics inspired on the general Particle Swarm Optimization framework (PSO). The main contribution is to propose an effective approach to solve hard combinatory optimization problems. The choice of PSO as inspiration was given because it is inherently multiagent, allowing explore the features of multiagent systems, such as learning and cooperation techniques. In the proposed architecture, particles are autonomous agents with memory and methods for learning and making decisions, using search strategies to move in the solution space. The concepts of position and velocity originally defined in PSO are redefined for this approach. The proposed architecture was applied to the Traveling Salesman Problem and to the Quadratic Assignment Problem, and computational experiments were performed for testing its effectiveness. The experimental results were promising, with satisfactory performance, whereas the potential of the proposed architecture has not been fully explored. For further researches, the proposed approach will be also applied to multiobjective combinatorial optimization problems, which are closer to real-world problems. In the context of applied research, we intend to work with both students at the undergraduate level and a technical level in the implementation of the proposed architecture in real-world problems

Hibridização reversa e sequenciamento na genotipagem do vírus da hepatite C

INTRODUÇÃO: Os métodos de genotipagem do vírus da hepatite C têm sido muito discutidos. O objetivo deste trabalho foi comparar as metodologias de hibridização reversa e sequenciamento direto para a genotipagem do vírus da hepatite C. MÉTODOS: Noventa e uma amostras de plasma de pacientes assistidos na Faculdade de Medicina de Botucatu da Universidade Estadual Paulista foram utilizadas. A genotipagem por hibridização reversa foi realizada utilizando o kit comercial INNO-LiPA® v.1.0. O sequenciamento direto foi efetuado em sequenciador automático utilizando protocolos in house. RESULTADOS: A genotipagem por sequenciamento direto mostrou-se eficiente na resolução dos resultados inconclusivos pelo kit comercial. O kit mostrou resultados errôneos em relação à subtipagem viral. Além disso, a genotipagem por sequenciamento direto revelou um erro do kit com relação à determinação genotípica questionando a eficiência do método também para a identificação do genótipo viral. CONCLUSÕES: A genotipagem realizada por meio de sequenciamento direto permite uma maior acurácia na classificação viral quando comparada à hibridização reversa.

Detecção do Grapevine virus A e Grapevine virus B por hibridização dot-blot com sondas moleculares não radioativas

O vírus A da videira (Grapevine virus A, GVA) e o vírus B da videira (Grapevirus virus B, GVB) estão associados à acanaladura do lenho de Kober (Kober stem grooving) e ao fendilhamento cortical da videira (grapevine corky bark), respectivamente. Este trabalho descreve o uso de sondas moleculares de cDNA na detecção de isolados do GVA (GVA-SP) e do GVB (GVB-C-SP e GVB-I-SP) em videiras (Vitis spp.) e fumo (Nicotiana occidentalis). As sondas marcadas com digoxigenina foram produzidas por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos específicos para os genes da proteína capsidial. Os RNA totais foram extraídos de 45 plantas de diversas variedades de videira e de 13 plantas de fumo inoculadas mecanicamente com o GVB. Os RNA extraídos das plantas infetadas, indexadas biologicamente, hibridizaram com as sondas, não se verificando reação com plantas sadias. Para confirmar os resultados de hibridização, foram também feitos testes de RT-PCR. A utilização de hibridização dot-blot com sondas de cDNA mostrou-se eficaz na detecção dos vírus com especificidade e sensibilidade, ressaltando-se que, preferencialmente, folhas maduras e ramos dormentes devem ser utilizados nos testes diagnósticos para o GVB e GVA, respectivamente.

Papilomavírus humano (HPV) em lesões benignas e malignas de mucosa oral pelos métodos de imuno-histoquímica e hibridização in situ

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise comparativa das metodologias de hibridização reversa e sequenciamento direto para a genotipagem do vírus da hepatite C

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação da microinfiltração marginal e da resistência adesiva em dentes restaurados com inlays de resina composta. Efeito da hibridização imediata do preparo cavitário

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Isolamento e caracterização de microssatélites em Búfalo de rio (Bubulus bubalis) a partir da construção de bibliotecas genômicas parciais com hibridização seletiva

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Influência do laser Nd:YAG na qualidade da hibridização da dentina bovina empregando sistema adesivo convencional ou autocondicionante: análise em MEV

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)