Same nolmay catechesis, thet är, wår christeligha hufwud stycken, eller troos articklar medh s.d. Luth. förklarning vppå lappespråk förwendt och aff then edle och wälborne herre, her Johan Skytte, frijherre til Duderoff, herre til Grönsöö, strömsrŭ och Elffwesiö, riddare, Sweriges rijkes rådh och general gubernator i Liffland och Ingermanneland, laghman öffuer Norre Finland, sampt Vbsala Academiae cantzler, etc. Bestelt til at tryckias medh eghen omkostnadt. Procurante, O. P. N

Arkit: A-B8 C4.

Same nolmay catechesis, thet är, wår christeligha hufwud stycken, eller troos articklar medh s.d. Luth. förklarning vppå lappespråk förwendt och aff then edle och wälborne herre, her Johan Skytte, frijherre til Duderoff, herre til Grönsöö, strömsrŭ och Elffwesiö, riddare, Sweriges rijkes rådh och general gubernator i Liffland och Ingermanneland, laghman öffuer Norre Finland, sampt Vbsala Academiae cantzler, etc. Bestelt til at tryckias medh eghen omkostnadt. Procurante, O. P. N

Arkit: A-B8 C4.

Same nolmay catechesis, thet är, wår christeligha hufwud stycken, eller troos articklar medh s.d. Luth. förklarning vppå lappespråk förwendt och aff then edle och wälborne herre, her Johan Skytte, frijherre til Duderoff, herre til Grönsöö, strömsrŭ och Elffwesiö, riddare, Sweriges rijkes rådh och general gubernator i Liffland och Ingermanneland, laghman öffuer Norre Finland, sampt Vbsala Academiae cantzler, etc. Bestelt til at tryckias medh eghen omkostnadt. Procurante, O. P. N

Arkit: A-B8 C4.

Aus lichteren Tagen : mit ungedruckten Briefen Anastasius Grüns und Ludwig Augus Frankls

Ludwig August Frankl

Aus lichteren Tagen : mit ungedruckten Briefen Anastasius Grüns und Ludwig Augus Frankls

Ludwig August Frankl

Aus lichteren Tagen : mit ungedruckten Briefen Anastasius Grüns und Ludwig Augus Frankls

Ludwig August Frankl

Anastasius Grüns Werke.

Each vol. has also special t.-p.

Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropy

Background: The inference of gene regulatory networks (GRNs) from large-scale expression profiles is one of the most challenging problems of Systems Biology nowadays. Many techniques and models have been proposed for this task. However, it is not generally possible to recover the original topology with great accuracy, mainly due to the short time series data in face of the high complexity of the networks and the intrinsic noise of the expression measurements. In order to improve the accuracy of GRNs inference methods based on entropy (mutual information), a new criterion function is here proposed. Results: In this paper we introduce the use of generalized entropy proposed by Tsallis, for the inference of GRNs from time series expression profiles. The inference process is based on a feature selection approach and the conditional entropy is applied as criterion function. In order to assess the proposed methodology, the algorithm is applied to recover the network topology from temporal expressions generated by an artificial gene network (AGN) model as well as from the DREAM challenge. The adopted AGN is based on theoretical models of complex networks and its gene transference function is obtained from random drawing on the set of possible Boolean functions, thus creating its dynamics. On the other hand, DREAM time series data presents variation of network size and its topologies are based on real networks. The dynamics are generated by continuous differential equations with noise and perturbation. By adopting both data sources, it is possible to estimate the average quality of the inference with respect to different network topologies, transfer functions and network sizes. Conclusions: A remarkable improvement of accuracy was observed in the experimental results by reducing the number of false connections in the inferred topology by the non-Shannon entropy. The obtained best free parameter of the Tsallis entropy was on average in the range 2.5 <= q <= 3.5 (hence, subextensive entropy), which opens new perspectives for GRNs inference methods based on information theory and for investigation of the nonextensivity of such networks. The inference algorithm and criterion function proposed here were implemented and included in the DimReduction software, which is freely available at http://sourceforge.net/projects/dimreduction and http://code.google.com/p/dimreduction/.

Evolution of the gene regulatory network controlling flower dorsoventral asymmetry

Tese de Doutoramento em Biologia de Plantas.

Giving SBML support to ByoDyn

Report for the scientific stay at the California Institute of Technology during the summer of 2005. ByoDyn is a tool for simulating the dynamical expression of gene regulatory networks (GRNs) and for parameter estimation in uni- and multicellular models. A software support was carried out describing GRNs in the Systems Biology Markup Language (SBML). This one is a computer format for representing and storing computational models of biochemical pathways in software tools and databases. Supporting this format gives ByoDyn a wide range of possibilities to study the dynamical properties of multiple regulatory pathways.

Modeling stochasticity and robustness in gene regulatory networks.

MOTIVATION: Understanding gene regulation in biological processes and modeling the robustness of underlying regulatory networks is an important problem that is currently being addressed by computational systems biologists. Lately, there has been a renewed interest in Boolean modeling techniques for gene regulatory networks (GRNs). However, due to their deterministic nature, it is often difficult to identify whether these modeling approaches are robust to the addition of stochastic noise that is widespread in gene regulatory processes. Stochasticity in Boolean models of GRNs has been addressed relatively sparingly in the past, mainly by flipping the expression of genes between different expression levels with a predefined probability. This stochasticity in nodes (SIN) model leads to over representation of noise in GRNs and hence non-correspondence with biological observations. RESULTS: In this article, we introduce the stochasticity in functions (SIF) model for simulating stochasticity in Boolean models of GRNs. By providing biological motivation behind the use of the SIF model and applying it to the T-helper and T-cell activation networks, we show that the SIF model provides more biologically robust results than the existing SIN model of stochasticity in GRNs. AVAILABILITY: Algorithms are made available under our Boolean modeling toolbox, GenYsis. The software binaries can be downloaded from http://si2.epfl.ch/ approximately garg/genysis.html.

Multimodal stimulus coding by a gustatory sensory neuron in Drosophila larvae.

Accurate perception of taste information is crucial for animal survival. In adult Drosophila, gustatory receptor neurons (GRNs) perceive chemical stimuli of one specific gustatory modality associated with a stereotyped behavioural response, such as aversion or attraction. We show that GRNs of Drosophila larvae employ a surprisingly different mode of gustatory information coding. Using a novel method for calcium imaging in the larval gustatory system, we identify a multimodal GRN that responds to chemicals of different taste modalities with opposing valence, such as sweet sucrose and bitter denatonium, reliant on different sensory receptors. This multimodal neuron is essential for bitter compound avoidance, and its artificial activation is sufficient to mediate aversion. However, the neuron is also essential for the integration of taste blends. Our findings support a model for taste coding in larvae, in which distinct receptor proteins mediate different responses within the same, multimodal GRN.

Ilmanlaatu Uudellamaalla vuonna 2010

Ilmanlaatuindeksin perusteella arvioituna ilmanlaatu oli vuonna 2010 Keravalla ja Lohjalla enimmäkseen hyvää tai tyydyttävää. Välttävän, huonon ja erittäin huonon ilmanlaadun tilanteita oli melko vähän. Hengitettävät hiukkaset olivat pääosin syynä huonoon ja erittäin huonoon ilmanlaatuun. Hengitettäville hiukkasille annetut raja-arvot eivät vuonna 2010 ylittyneet Keravalla ja Lohjalla. Hengitettävien hiukkasten vuorokausipitoisuudelle annettu ohjearvo ylittyi Keravan mittausasemalla ainoastaan huhtikuussa, Lohjalla ei lainkaan. Hengitettävien hiukkasten pitoisuudet olivat sekä Keravalla että Lohjalla matalammat kuin aiempina vuosina. Runsaslumisen talven vuoksi kevään 2010 katupölykausi käynnistyi hitaasti ja melko myöhään, maaliskuun puolivälin tienoilla. Maaliskuun ja huhtikuun alun sateinen ja kostea sää hillitsivät kuitenkin pölyämistä niin, että pisin yhtenäinen pölyämisjakso osui 5.4.–19.4. väliselle ajalle. Toukokuun puolivälissä pölyäminen jatkui, erityisesti vilkasliikenteisissä ympäristöissä. Pienhiukkasten vuosipitoisuus oli Lohjalla selvästi raja-arvoa alempi, mutta hieman edellisvuotta korkeampi. Sekä jatkuvatoimisissa mittauksissa että passiivikeräinkartoituksissa saadut typpidioksidipitoisuudet olivat selvästi raja- ja ohjearvojen alapuolella. Pitoisuudet olivat yleisesti korkeammat kuin vuonna 2009 tai 2008. Otsonipitoisuudet ylittivät sekä terveys- että kasvillisuusperusteiset pitkän ajan tavoitteet. Sen sijaan vuodelle 2010 annetut tavoitearvot eivät ylittyneet. Vuonna 2010 pitoisuudet olivat edellisvuotta korkeammat. Pääkaupunkiseudulla tehtyjen mittausten ja päästökartoitusten perusteella rikkidioksidin, hiili-monoksidin, bentseenin ja lyijyn pitoisuudet olivat raja-arvojen alapuolella ja arseenin, kadmiumin ja nikkelin pitoisuudet vastaavasti tavoitearvoja alempia. Polyaromaattisten hiilivetyjen pitoisuuksista on riittämättömästi tietoja toistaiseksi. Eri päästölähteiden yhteenlasketut typenoksidien, hiukkasten, rikkidioksidin, hiilimonoksidin ja haihtuvien orgaanisten yhdisteiden päästöt lisääntyivät vuonna 2010 Uudenmaan ELY-keskuksen seuranta-alueella vuoteen 2009 verrattuina.

Ilmanlaatu Uudellamaalla ja Itä-Uudellamaalla vuonna 2009

Ilmanlaatuindeksin perusteella arvioituna ilmanlaatu oli vuonna 2009 Lohjalla ja Tuusulassa enimmäkseen hyvää tai tyydyttävää. Välttävän, huonon ja erittäin huonon ilmanlaadun tilanteita oli melko vähän. Hengitettävät hiukkaset olivat pääosin syynä huonoon ja erittäin huonoon ilmanlaatuun. Korkeiden typpidioksidipitoisuuksien vuoksi ilmanlaatu oli huono joulukuun inversiotilanteessa. Hengitettäville hiukkasille annetut raja-arvot eivät vuonna 2009 ylittyneet Tuusulassa ja Lohjalla. Hengitettävien hiukkasten vuorokausipitoisuudelle annettu ohjearvo ylittyi Tuusulan mittausasemalla ainoastaan maaliskuussa, Lohjalla ei lainkaan. Pienhiukkasten vuosipitoisuus oli Lohjalla selvästi raja-arvoa alempi. Sekä jatkuvatoimisissa mittauksissa että passiivikeräinkartoituksissa saadut typpidioksidipitoisuudet olivat selvästi raja- ja ohjearvojen alapuolella. Pitoisuudet olivat hieman korkeammat kuin vuonna 2008. Kevään 2009 katupölykausi alkoi maaliskuun viimeisellä viikolla ja päättyi vapun jälkeisellä viikolla. Katupölykausi kesti noin puolitoista kuukautta, mutta ei ollut erityisen voimakas. Tuusulassa ja Lohjalla pitoisuudet olivat melko korkeita verrattuna esimerkiksi pääkaupunkiseudun vastaaviin mittausasemiin. Joulukuun 18-19. päivinä ilmanlaatu heikkeni huomattavasti heikkotuulisen inversiotilanteen vuoksi. Lohjalla ja Tuusulassa mitattiin vuoden korkeimmat pienhiukkasten ja typpidioksidin pitoisuudet. Otsonin pitoisuudet olivat vuonna 2009 edellisvuosia matalammat. Otsonipitoisuuksille annettu terveysperusteinen pitkän ajan tavoite kuitenkin ylittyi, kasvillisuusperusteinen sen sijaan ei ylittynyt. Pääkaupunkiseudulla tehtyjen mittausten ja päästökartoitusten perusteella rikkidioksidin, hiilimonoksidin, bentseenin ja lyijyn pitoisuudet olivat raja-arvojen alapuolella ja arseenin, kadmiumin ja nikkelin pitoisuudet vastaavasti tavoitearvoja alempia. Polyaromaattisten hiilivetyjen pitoisuuksista on riittämättömästi tietoja toistaiseksi. Eri päästölähteiden yhteenlasketut typenoksidien, hiukkasten ja haihtuvien orgaanisten yhdisteiden päästöt vähenivät vuonna 2009 Uudenmaan ELY-keskuksen seuranta-alueella vuoteen 2008 verrattuina. Rikkidioksidin päästöt sen sijaan kasvoivat muutaman prosentin.

Ilmanlaatu Uudellamaalla 2011

Ilmanlaatuindeksin perusteella arvioituna ilmanlaatu oli vuonna 2011 Porvoossa ja Lohjalla enimmäkseen hyvää tai tyydyttävää. Välttävän, huonon ja erittäin huonon ilmanlaadun tilanteita oli melko vähän. Katujen keväinen pölyäminen oli syynä huonoon ja erittäin huonoon ilmanlaatuun. Hengitettäville hiukkasille annetut raja-arvot eivät vuonna 2011 ylittyneet Porvoossa ja Lohjalla. Hengitettävien hiukkasten vuorokausipitoisuudelle annettu ohjearvo ylittyi Porvoon mittausasemalla ainoastaan huhtikuussa, Lohjalla ei lainkaan. Hengitettävien hiukkasten pitoisuudet olivat sekä Porvoossa että Lohjalla matalammat kuin aiempina vuosina. Kevään katupölykausi alkoi maaliskuun puolivälin paikkeilla, mutta lumipeite ja ajoittaiset sadekuurot hillitsivät katujen pölyämistä huhtikuun alkupuolelle asti. Lievä pölyäminen jatkui toukokuun puoliväliin saakka. Pienhiukkasten vuosipitoisuus oli Lohjalla selvästi alle raja-arvon ja likimain samalla tasolla kuin vuonna 2010. Sekä jatkuvatoimisissa mittauksissa että passiivikeräinkartoituksissa saadut typpidioksidipitoisuudet olivat selvästi raja- ja ohjearvojen alapuolella. Pitoisuudet olivat mittauspaikasta riippuen matalammat tai samaa tasoa kuin vuonna 2010. Otsonipitoisuudet ylittivät sekä terveys- että kasvillisuusperusteiset pitkän ajan tavoitteet. Sen sijaan vuodelle 2010 annetut tavoitearvot eivät ylittyneet. Vuonna 2011 pitoisuudet olivat edellisvuotta korkeammat. Pääkaupunkiseudulla tehtyjen mittausten ja päästökartoitusten perusteella rikkidioksidin, hiilimonoksidin, bentseenin ja lyijyn pitoisuudet olivat raja-arvojen alapuolella ja arseenin, kadmiumin ja nikkelin pitoisuudet vastaavasti tavoitearvoja alempia. Polyaromaattisten hiilivetyjen pitoisuuksista on riittämättömästi tietoja toistaiseksi. Energiantuotannon, teollisuuden ja autoliikenteen yhteenlasketut typenoksidien, hiukkasten, rikkidioksidin, hiilimonoksidin ja haihtuvien orgaanisten yhdisteiden päästöt vähenivät vuonna 2011 vuoteen 2010 verrattuina.